Máster en Biotecnología Industrial y Agroalimentaria

Asignatura: Tecnología de semillas y marcadores de ADN

• Cultivo del garbanzo:
– Segundo cultivo de grano más importante.
– Cultivado por agricultores en regiones áridas.

-Crecimiento demográfico
Disponibilidad per cápita
-Estreses bióticos y abióticos

Investigación y desarrollo de nuevas variedades mejoradas

con mayor rendimiento.

OBJETIVO: Identificación de regiones genómicas y genes candidatos

para la mejora molecular del garbanzo.
• Cartografía genética de QTLs :
– Componente importante para el desarrollo de nuevas líneas.

Genotipado de la población segregante con marcadores

polimórficos entre padres.

TAREA TEDIOSA

• QTL-seq basado en NGS (Next Generation Sequencing):

 Método rentable y rápido de cartografía de caracteres.
 Evita genotipado de una gran población.
 Mayor capacidad para identificar regiones genómicas más cortas.
 Cartografía y experimentos de clonación.
• Cartografía genética de QTLS :
– Componente importante para el desarrollo de nuevas líneas

Genotipado de la población segregante con marcadores

Enfoque QTL-seq
polimórficos para
entre identificar las regiones
padres.
genómicas candidatas para el peso de 100
semillas (100SDW) y el pesoTAREA
totalTEDIOSA
de la raíz seca
en relación
• QTL-seq al NGS:
basado en peso seco total de la planta (RTR)
bajo condiciones de sequía.
 Método rentable y rápido de mapeo de caracteres.
 Evita genotipado de una gran población.
 Mayor capacidad para identificar regiones genómicas más cortas.
 Cartografía y experimentos de clonación.
• POBLACIÓN RIL ICCRIL03 • POBLACIÓN ICC 4958 : Alto 100SDW y alto RTR
• POBLACIÓN ICC 1882 : Bajo 100SDW y bajo RTR
262 LÍNEAS
• Construcción de Bulks extremos: Resultados de fenotipado
de 262 RILs basados en 5 años de datos.

RTR
• Construcción de bibliotecas ILLUMINA:
– Dos para Bulks 100SDW
– Dos para Bulks RTR
– Una para ICC 4958

Resecuenciamiento del genoma mediante Illimina MiSeq

 • SNP-index: Identificar región responsable de diferencias en 100SDW y
RTR entre los diferentes bulks.
– Centrar posición SNP: Genoma de ICC 4958 referencia.

100SDW: Dos regiones

genómicas en dos
grupos de enlace
(CaLG01 y CaLG04)

RTR :Región
identificada en el
grupo de enlace 4
(CaLG04) reveló 26. De
26 SNPs, se
encontraron seis SNPs
en cinco genes
predichos (Ca_04493,
Ca_04586, Ca_04592,
Ca_04595 y
Ca_04602).
• Los marcadores CAPS / dCAPS representan ensayos rentables
para genotipado de SNPs para una población segregante:
Se diseñaron un total de 11 CAPS / dCAPS primers, para validar los cinco
genes SNPs identificados de 100SDW y seis para RTR.

Resultado: polimorfismo significativo.

CAPS dCAPS CAPS dCAPS

• Utilización de datos de genotipado de los cuatro marcadores
CAPS / dCAPS para desarrollar el enlace genético.
Resultado: longitud de onda de 25,18 cM para el grupo de enlace 4.
• Enfoque QTL-seq identificó la región genómica responsable de
RTR.
Gen prometedor: citocromo P450 Hidrolasa del ABA.

• Desarrollo de marcadores SNP:

 Implementar estrategias de selección en programas
de mejora genética.

• El estudio actual sugiere que los métodos de cartografía WGRS

basados en BSA pueden ser adoptados para otras características
importantes en la mejora de cultivos, evitando potencialmente las
limitaciones de costes y tiempo asociadas con la cartografía tradicional
de QTL y proporcionando un poderoso medio para definir rápidamente
regiones genómicas que contienen genes de interés.