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X I A N - B O M O U ( 1 ) , Z E E S H A N A L I ( 1 ) , B O L I ( 1 ) , TA O - TA O L I ( 1 ) , H U A N Y I ( 1 ) , H O N G - M I N G
D O N G ( 2 ) , N O N G - Y U E H E ( 1 ) , YA N D E N G ( 2 ) , X I N Z E N G ( 3 )
Anderson Felix
Beatriz Dantas Guimarães
JOÃO PESSOA
2018
Mutações Genéticas Desenvolvimento de Doenças Estudo de SNPs novos marcadores
Desenvolvimento de métodos de genotipagem múltiplos SNPs (loci)
MULTIPLEX PCR
Placas de vidro plataforma para microarranjo fixação de sondas
de hibridização
Diagnósticos de doenças
Proteção ambiental e agricultura moderna
Expressão gênica
Rapidamente e
Detecção de mutações
precisamente analisar
Biblioteca genômica inúmeros genes
simultaneamente
Análise de polimorfismos
Objetivo
Desenvolvimento
de método de
genotipagem
múltipla
multiplex-PCR
com esferas microarranjo
magnéticas
4 SNPS SELECIONADOS ASSOCIAÇÃO CÂNCER GÁSTRICO
Todos os oligonucleótidos foram sintetizados e HPLC purificada por Sangon Biotech (Shanghai)
Polimerase TaqDNA e outra polimerase reagentes de reação em cadeia (PCR) foram obtidos de TaKaRa
O processo de hibridização foi realizado em uma incubadora (projetado pelo nosso grupo).
A intensidade de fluorescência na lâmina de vidro foi medido por LuxScan-10K / A (CapitalBio, China).
FABRICAÇÃO E MODIFICAÇÃO DAS ESFERAS MAGNÉTICAS
Fabricadas no grupo
Caracterizadas por microscopia eletrônica
Tetraetoxisilano (TEOS) revestir camada de SiO2 na superfície das esferas oxidação
Fixação de sondas na superfície (MB@SiO2) esferas com sondas
3 Amostras de CA Gástrico
Solução tampão obter ssDNA (DNA de cadeia simples) da superfície das sondas
Estágio 1 localizar e
amplificar os genes
específicos
Estágio 2 amplificar
fragmento a níveis
detectáveis
Um só tubo
Vários templates
Vários primers
Risco de erros (Templates Primers)
Fixação De Sondas Na Lâmina De Vidro
Lâmina
transferida para
solução de incubada em temperatura em
lavagem I e ambiente controlado por 40 min
II/2min
FABRICAÇÃO E MODIFICAÇÃO ESFERAS MAGNÉTICAS
Aproximadamente esféricas
Diâmetro 300-400nm
Superfície áspera
Após revestimento SiO2 esferas mais lisas e regulares melhor dispersão
Estudos mostram esferas com sílica são mais adequadas que esferas sem cobertura
1 : 0.7 : 1 : 1.5
4 bandas C677T
M235T
C677T M235T A1298C A-6G
A1298C
A-6G
Quando a razão
Quando a intensidade
entre sonda
de fluorescência da
selvagem / sonda
sonda selvagem / sonda
mutante era
mutante era maior
menor igual 0,35,
igual 3, o genótipo
o genótipo deste
deste locus / amostra
locus / amostra
foi identificado como Enquanto o genótipo deste locus / amostra foi identificado como foi identificado
tipo selvagem heterozigoto se o valor da sonda selvagem / sonda mutante
como tipo
estiver entre 0,8 e 1,2.
mutante
Os quatro loci produzidos sinal de fluorescência do mesmo,
porque a amostra em estudo era heterozigota para todos esses
loci
O locus M235T foi escolhido, como representante, para analisar o efeito
da temperatura de hibridização na genotipagem
Microarray Fabrication And Genotyping
C677T
M235T
A1298C
A-6G
*A amostra 1 foi genotipada como mutante no locus SNP no gene C677T enquanto as amostras 2 e 3 foram heterozigota para o mesmo
locus;
*As amostras 1 e 3 foram identificadas como tipo selvagem para ambos os loci no gene M235T e gene A-6G;
*A amostra 2 foi tipo mutante para o locus no gene A-6G;
*Todas as três amostras mostraram diferentes genótipos para o locus no gene A1298C
Genótipos pode ser reconhecido pelos locais especificados na lâmina de vidro por razões
de fluorescência.
As três amostras de câncer gástrico foram genotipadas para quatro loci SNP usando com
sucesso este método.
No entanto, este método tem o potencial para ser usado para o highthroughput
Genotipagem de SNPs
UNIVERSIDADE FEDERAL DA PARAÍBA
CENTRO DE CIÊNCIAS EXATAS E DA NATUREZA
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA CELULAR E MOLECULAR
X I A N - B O M O U ( 1 ) , Z E E S H A N A L I ( 1 ) , B O L I ( 1 ) , TA O - TA O L I ( 1 ) , H U A N Y I ( 1 ) , H O N G - M I N G
D O N G ( 2 ) , N O N G - Y U E H E ( 1 ) , YA N D E N G ( 2 ) , X I N Z E N G ( 3 )
Anderson Felix
Beatriz Dantas Guimarães
JOÃO PESSOA
2018