INTEGRANTES

- Arroyo Achú Gabriel

- Lizano Villanueva Carlos
- - Moncada Cháves Alexis
 PAPER:
GEMSiRV: plataforma de
software para el genoma escala
metabólica modelo de
simulación, la reconstrucción y
visualización
 INTRODUCCIÓN
Las redes genoma escala metabólica (GEMS) son importantes para la
comprensión de los comportamientos celulares sistemas de nivel.
estas redes se han aplicado con éxito a los estudios de la evolución
bacterias, ingeniería metabólica, análisis de redes y la generación
biológica y la validación de las hipótesis bioquímicas novedosos.
Con el crecimiento disponibilidad de genomas completos, se espera
que el número de gemas a aumentar rápidamente. Sin embargo, las
reconstrucciones a escala del genoma tienen ido progresando a un
ritmo más lento. Recientemente, un recurso basado en la web (SEED
Modelo) fue construido para acelerar la construcción de nuevas
gemas mediante la generación de proyectos de modelos funcionales
sobre la base de genómica secuencias.
Mientras GEMs se pueden generar automáticamente a través de la
plataforma Modelo SEED, una alternativa, enfoque de abajo hacia
arriba ha sido muy respetado y aplicado ampliamente en la última
década debido a su experto exactitud opinión reforzado y
refinamiento iterativo que integrar ambas ventajas computacionales
y experimentales
 MÉTODOS

GEMSiRV se implementa utilizando el lenguaje Java, que se

está convirtiendo cada vez más popular en la comunidad
científica por su portabilidad. Nota que el Kit de
programación GNU lineal (GLPK) se requiere (las necesidades
de los usuarios para instalar este programa de solución) para
llevar a cabo GEMSiRV FBA. Para demostrar la características
de GEMSiRV, hemos construido un recurso web que incluye
ayuda en línea (http://sb.nhri.org.tw/GEMSiRV). El recurso de
la tela contiene instrucciones para la descarga de software,
instalación y operación, un repositorio de modelos
metabólicos, bases de datos de referencia, mapas
metabólicos y algunos útil cajas de herramientas.
 RESULTADOS

GEMSiRV consta de tres módulos principales:

(i) del módulo de reconstrucción red metabólica,

(ii) módulo de simulación y

(iii) del módulo de visualización.

Permite importación, corrección, análisis de simulación y

visualización de las gemas .
 METABÓLICA RED DE RECONSTRUCCIÓN

Importación y edición de modelos GEM existentes se pueden

utilizar como referencia para la construcción de modelos de
especies estrechamente relacionadas, y puede disminuir
considerablemente el tiempo y los esfuerzos requeridos en la
construcción de una nuevo modelo metabólico. La capacidad
de tomar GEM existentes para el desarrollo del modelo es,
pues, indispensable para sistemas integrados herramienta de
la biología. El lenguaje de marcado de Biología de Sistemas
(SBML) tiene ha desarrollado como un formato estándar para
el intercambio de datos entre diferentes herramientas de la
biología de sistemas.
A pesar de gemas en el
SBML formato puede
pasar muy fácilmente a
una variedad de
herramientas, la pérdida
de información durante
la importación de
archivos de SBML suele
ocurrir porque es difícil
para las herramientas
existentes para
acomodar
exhaustivamente la
amplia variedad de
características específicas
del modelo de datos.
Construcción de las bases de datos de referencia desde
un IPG es un conjunto de reacciones bioquímicas, una
base de datos de referencia que incluye abundante
información en relación con los metabolitos y reacciones
acelerar en gran medida el proceso de reconstrucción del
modelo. Considerando que la mayor parte de las joyas
publicados adoptaron las convenciones de nomenclatura
de BiGG o KEGG, recogimos metabolito y la reacción de la
información por separado de estos recursos la
construcción de cuatro bases de datos de referencia
metabólicos.
Proyecto de reconstrucción un modelo importado puede
utilizarse como una referencia para la elaboración de una
nueva joya si la especie de referencia es genéticamente cerca
de las especies objetivo. Dada una lista proporcionada por el
usuario de los genes ortólogos, GEMSiRV permite la
extracción automática de El modelo de referencia las
reacciones de ortólogos (es decir, reacciones que son
catalizadas por los productos proteicos de genes ortólogos)
que se ajusta a la reacción gen de la proteína (GPR)
asociaciones definidas en el modelo de referencia. Esta
función no sólo puede reducir en gran medida la los esfuerzos
necesarios para la construcción del modelo manual, pero
también ayudan a evaluar si las asociaciones GPR se
conservan entre la referencia y las especies objetivo.
 Modelo refinamiento En GEMSiRV, los usuarios pueden
seleccionar y perfeccionar el proyecto de modelos
generados por SEED o modelo GEMSiRV. Mediante el uso
de los módulos de simulación y visualización, los usuarios
pueden identificar metabolitos sin salida y reacciones
bloqueados en los modelos, que representan los huecos
modelo que deben ser corregidos por el usuarios.
Además, la base de datos de referencia construido en
GEMSiRV puede proporcionar reacciones metabólicas
candidatos para relleno de espacios.
 Simulación GEMSiRV implementa las funciones
principales FBA que se incluyen en la caja de
herramientas de COBRA . Con una programación lineal
incorporado solucionador, la interfaz intuitiva de
GEMSiRV permite a los usuarios realizar diversos análisis
in silico por sus GEM importados / construidos y generar
hipótesis biológicas de acuerdo con los resultados de la
simulación. El módulo de simulación GEMSiRV
proporciona las siguientes funciones
sin salida identificación de metabolitos Una red
metabólica se puede convertir en un matemático
basado matriz estequiométrica modelo. El modelo
matemático describe cómo las reacciones de red
están conectados entre sí y define los límites de la
sistema biológico (que por lo general se refiere a una
célula) y a través de fronteras intercambios
materiales. GEMSiRV puede examinar las conexiones
de todos metabolitos en una red e identificar y
marcar los metabolitos del punto muerto con una
cruz en el mapa de una red metabólica.
Optimización Objetivo Con una programación lineal
incorporado solucionador (por ejemplo GLPK), GEMSiRV se
puede utilizar para realizar simulaciones para los modelos de
redes metabólicas importados o de nueva construcción.
Por ejemplo, el usuario puede desear para simular el
crecimiento de un bacteriana especies en determinadas
limitaciones nutricionales. GEMSiRV puede entonces buscar
en el espacio de solución basada en la restricción de los flujos
de reacción y optimizar los flujos de la función objetivo de la
biomasa. La reacción fundentes se pueden guardar y se
presentan en el mapa de la red metabólica con el módulo de
GEMSiRV visualización.
Análisis de la variabilidad del flujo análisis de la variabilidad del flujo
puede ser utilizado para estudiar la redundancia de reacciones en una
red. GEMSiRV puede determinar el mínimo y el máximo de flujo para
cada reacción de el modelo y por lo tanto también puede identificar las
reacciones bloqueados (que Siempre llevar a cero los flujos). Estas
reacciones se pueden marcar con una cruzar en el mapa de una red
metabólica.

Análisis de robustez La robustez análisis se puede utilizar para estudiar

cómo el cambio de un flujo de reacción puede afectar a otros flujos de
reacción o ciertas funciones objetivo (por ejemplo, la tasa de
crecimiento). En GEMSiRV, en la mayoría de los dos flujos de reacción
pueden ser alterados al mismo tiempo. Los resultados de la robustez
análisis, por tanto, se puede presentar como 2D (una flujo alterado) o
3D (dos flujos alterados)
El análisis esencialidad / reacción génica puede GEMSiRV simular la
supresión de una reacción al restringir su flujo a cero. Del mismo modo,
la simulación de delección de un gen puede hacerse deteniendo todo de
la reacción de los flujos que corresponde al gen de interés. Si la celda
(modelo) no logra crecer después de una reacción / se elimina gen in
sílico, esta reacción / gen es considerado como esencial para el in silico
de crecimiento (y, posiblemente, el crecimiento biológico) de la célula.
GEMSiRV puede realizar el análisis de la esencialidad de los genes y las
reacciones por separado, y determinar la relación entre el flujo objetivo
(el flujo de reacción / modelo suprimido gen-dividido por el flujo del
tipo salvaje).

Análisis de delección génica En GEMSiRV, la deleción del gen análisis se

lleva a cabo por in sílico la anulación de una o más de dos genes
simultáneamente, como se describe en la sección anterior. Tal in silico
knock-out pueden simular gen knockouts o biológicos restricciones
reguladoras de la transcripción (es decir, la supresión de reglamentación
de la expresión génica). GEMSiRV puede generar la restricción de base
flujos de reacción y un archivo de SBML para la ronda modelo in silico.
Tales modelos knock-out se pueden importar de nuevo en GEMSiRV de
otra red analiza o edición.
 DISCUSIÓN

El SEED sistemas de herramienta de la biología de modelo

reciente publicación tiene reducido en gran medida los
esfuerzos necesarios para construir gemas. Aplicando los
modelos construidos por este tipo de herramienta para más
estudios requiere una interfaz integrada, interactiva fácil de
usar para el modelo edición, simulación y visualización.
GEMSiRV está diseñado para acelerar la reconstrucción de la
red y para facilitar la generación de nuevas hipótesis
biológicas mediante el apoyo a los análisis de simulación de
las redes metabólicas y que proporcionan funcionalidades de
datos la integración y la visualización.
GEMSiRV también ofrece lista para el uso bases de datos de referencia,
mapas descargables metabólicos y publicada modelos metabólicos en su
página web. Por lo tanto, junto con GEMSiRV su recurso web puede
facilitar mucho las reconstrucciones de GEM, y puede acelerar el
desarrollo de aplicaciones biomédicas de metabólica reconstrucciones
de red. Una de las ventajas de GEMSiRV es que, a diferencia de otras
herramientas de red metabólicos, permite GEMSiRV todos los proyectos
en progreso que se intercambien o compartir fácilmente entre los
investigadores. Por lo tanto, puede facilitar información GEMSiRV
intercambios y comunicaciones (incluyendo la red metabólica modelos,
resultados de la simulación y los mapas de la red) en la investigación
comunidad para las reconstrucciones de la red metabólica de alta
calidad y aplicaciones.
INSTALACIÓN DEL
GEMSiRV
 INICIAMOS LA
RECONSTRUCCION
Bacillus subtilis, iYO844 (BiGG)
VISUALIZACIÓN DE RUTAS
METABÓLICAS
Shewanella oneidensis, iSO783 (BiGG)
 INICIAMOS LA
RECONSTRUCCION
VISUALIZACIÓN DE RUTAS
METABÓLICAS
Bacillus subtilis str. 168