REGULACION DE LA EXPRESION

GENICA EN EUCARIONTES
EL PROMOTOR DE LA RNA POLIMERASA II
 SECUENCIAS REGULATORIAS PROXIMALES Y
DISTALES

-2000 ~ -1000 -200 -20 +1

En mamíferos, los genes presentan secuencias proximales ubicadas de -50 a -200 pb

río arriba del sitio de inicio de la transcripción y secuencias distales denominadas
enhancers ubicadas a –1000 hasta – 2000 pb. Ambos tipos de secuencias unen factores
de regulación que actúan sobre la maquinaria basal de transcripción dependiente de la
RNA polimerasa II. En levadura, sólo existen secuencias proximales denominadas
UAS (Upstream Activating Sequences).
UBICACIÓN DE LOS ENHANCERS DE MAMIFEROS
EFECTO SINERGICO DE LOS FACTORES DE
SECUENCIAS PROXIMALES
SECUENCIAS PROXIMALES DE MAMIFEROS
SECUENCIAS PROXIMALES DE MAMIFEROS

TATA box (Goldberg-Hogness box)

Secuencia TATAATAATAG.
En bacteria se denomina Pribnow box (secuencia TATAAT)

CG sites (CpG sites, CpG islands)

Repeticiones CG con frecuencia 1/10 en el promotor dentro de una
secuencia de 300-3000 pb, en comparación a 1/100 dentro del gen. Pueden ser
blanco fácil de metilaciones

CAAT box
Secuencia GGCCAATCT ubicada entre 60 y 100 pb río arriba del sitio +1.
No se encuentra en procariotas

OCT box (Octamer motif)

Secuencia ATTTGCAT. Se encuentra en repeticiones consecutivas río
arriba del sitio +1
 CG sites (CpG sites, CpG islands)

Promotor con CG islands Gen con escasos CG

 EL ENHANCER DE SV40 (Simian Virus 40)
Poliomavirus

Promotor y enhances de los genes tempranos del virus SV40

TATA box: core promoter element, funciona en conjunto con secuencia Inr
CG boxes: GGGCGG
72bp repeats: funcionan de forma eficiente al ubicarse tanto río arriba como río abajo del gen
SECUENCIAS ESPECIFICAS DE UNION DE
FACTORES DE REGULACION
Organismo Enhancer Secuencia
Mamíferos Sp-1 GGGCGG
CCCGCC
OCT-1 ATGCAAAT
TACGTTTA
GATA-1 TGATAG
ACTATC
MYO-D CAAATG
GTTTAC
p53 GGGCAAGTCT
CCCGTTCAGA
Levadura GAL4 CGGAGGACTGTCCTCCG
GCCTCCTGACAGGAGGC
MATα2 CATGTAATT
GTACATTAA
GCN4 ATGACTCAT
TACTGAGTA
Drosophyla Krüppel AACGGGTTAA
TTGCCCAATT
Bicoid GGGATTAGA
CCCTAATCT
LOS FACTORES DE REGULACION SE UNEN AL
SURCO MAYOR DEL DNA
 LOS DOMINIOS DE UNION Y ACTIVACION
DE LOS FACTORES REGULATORIOS

Región conectora

La mayor parte de los factores de regulación de la transcripción se unen al

DNA y presentan un dominio de unión al DNA y un dominio de activación
que están separados por una región conectora flexible y más accesible a
proteasas. Sólo algunos factores reguladores virales actúan sobre la
maquinaria basal sin unirse al DNA (VP16, E1a y otros).
LOS DOMINIOS DE UNION Y ACTIVACION SON
MODULARES

El dominio de unión a DNA tiene un papel independiente

al dominio de activación
 INTERACCION DE UN FACTOR DE REGULACION
CON EL COMPLEJO BASAL

Los factores regulatorios de secuencias proximales y distales interaccionan

con la maquinaria basal de transcripción gracias al curvamiento del DNA
favorecido por la unión de proteínas no histónicas del tipo HMG (High
Mobility Group). Los factores de regulación pueden interactuar directamente
con factores basales de transcripción o mediante coactivadores o TAFs
(Transcriptional Adapting Factors) que se unen a TBP para formar el factor
TFIID. Los TAFs de humano, levadura y Drosophila son alrededor de 10 a
12 y fueron purificados a homogeneidad y sus genes clonados.
 INTERACCION DE MULTIPLES FACTORES DE
REGULACION CON LA MAQUINARIA BASAL

CCAAT-enhancer
binding protein (C/EBP)
Fatores nucleares
de hepatocito (HNF)

Activator Protein 1
 PURIFICACION DE FACTORES DE REGULACION
POR COLUMNAS DE AFINIDAD

Purificación del factor de regulación Sp1 en columna de afinidad que contiene un

fragmento de DNA (secuencia GGGCCC) unido a una resina.
 ANALISIS DE UNION DE FACTORES DE
REGULACION A SECUENCIAS ESPECIFICAS

Análisis de migración electroforética retardada de un fragmento de DNA marcado en

un gel de acrilamida no desnaturante (gel mobility shift assay)
LOS DISTINTOS DOMINIOS DE UNION
AL DNA
LOS DOMINIOS DE UNION AL DNA DE LOS
FACTORES DE REGULACION

• Dominios con dedos de zinc del tipo C2H2 o C4

• Dominios homeobox

• Dominio con cierre de leucinas con región básica de

unión al DNA

• Dominio con hélice-loop-hélice con región básica de

unión al DNA
LOS DEDOS DE ZINC C2H2
El dedo de zinc está formado por 23 aa y
una región conectora de 7-8 aa.
Esta estructura se descubrió en el factor
de transcripción TFIIIA de la RNA
polimerasa III el cual contiene 9 dedos
de zinc.
El factor de regulación de mamíferos
Sp1 tiene 3 dedos de zinc, GAL4 de
levadura tiene 2 y ADR1 de Drosophila
tiene 2 dedos de zinc.
Las tres α-hélices con sus residuos R-R,
R-G y R-H interaccionan con el surco
mayor.
INTERACCION DE DE
DEDOS DE ZINC C2H2
CON SECUENCIAS
ESPECIFICAS
EL DEDO DE ZINC C4 DE LOS RECEPTORES DE
HORMONAS ESTEROIDALES

En el dedo de zinc de estos

receptores las Cis no son
reemplazables por His. Estos
receptores al unir la hormona
forman dímeros que son activos,
entran en el núcleo y se unen al
DNA.
SECUENCIAS DE UNION DE RECEPTORES DE
HORMONAS ESTROIDALES
 EL DOMINIO HOMEOBOX

El dominio homeótico está compuesto por 60 aa que forman 3 α-hélices de las

cuales la hélice 3 interactúa con el surco mayor del DNA, el extremo N terminal
de la hélice 1 interactúa con el surco menor. Este dominio se descubrió al
analizar la estructura de factores de regulación involucrados en el desarrollo de
Drosophila tales como los factores antenapedia, engrailed, eve y otros. La
estructura del dominio homeótico se parece al dominio helix-turn-helix de
factores represores procariontes (no confundir con helix-loop-helix).
 UN DOMINIO HOMEOTICO ESPECIAL,
EL DOMINIO POU

En este caso el dominio homeótico está unido por una región flexible al
dominio POU constituido por 4 alfa-hélices. El dominio POU se parece
también al dominio H-T-H de procariontes y tanto el dominio homeótico como
POU interaccionan con el surco mayor del DNA. Este dominio está presente en
los factores Oct-1 y Oct-2 los cuales regulan la expresión de genes de factores
de crecimiento, inmunoglobulinas, proteínas involucradas en el desarrollo en
humanos.
EL DOMINIO LEUCINE ZIPPER-REGION BASICA

Está formado por 30 aa con 4 a 5 leucinas conectado por una

región de 6 aa con un dominio de 20 aa rico en residuos básicos
que contactan el surco mayor del DNA. Este tipo de dominio
dimeriza entre dos subunidades de factores de regulación como
la familia CTF (CEBP), la familia AP-1 (jun-fos) y la familia
ATF (CREB).
Los miembros de una familia tienen distinta afinidad por la
secuencia de unión en el DNA ej. fos-fos no se une, jun-jun se
une mal y fos-jun se con alta afinidad. Este dominio también
está presente en el factor GCN4 de levadura.
EL DOMINIO HELICE-LOOP-HELICE-REGION
BASICA

Este dominio está compuesto por una región de

15-16 aa que constituyen 2 alfa-hélices unidas
por una región de largo variable a un dominio de
15 aa que contiene al menos 6 residuos básicos.

Este dominio permite la dimerización de dos

subunidades relacionadas de una familia de
factores de regulación mediante la interacción
de los residuos hidrofóbicos y la unión al surco
mayor del DNA de la región básica.

Este dominio permite la dimerización de los

miembros de la familia myoD, myc, myf de
algunos factores que permiten la síntesis de
proteínas relacionadas con el desarrollo.
MECANISMOS GENERALES DE ACTIVACION DE
LOS FACTORES DE REGULACION

Respuestas a
estrés térmico

Respuestas a
hormonas esteroidales

Respuestas del
sistema inmunologico

Diferenciación del
tejido mesodérmico

Homeostasis de
los lípidos
 Respuestas a hormonas esteroidales

Los receptores de hormonas esteroidales (SHR) se encuentran inactivos en el citoplasma asociados a

proteínas chaperonas del tipo HSP. Al unirse a la hormona cambian su conformación liberándose de HSP
y dimerizando. Viajan al núcleo para activar directa o indirectamente los genes de respuesta.
 Respuestas del sistema inmunológico

En macrófagos infectados con HIV, la señal del factor de necrosis tumoral-α (TNFα) promueve la
fosforilación IκB y su disociación de NFκB, pudiendo este último entrar al núcleo y transcribir genes con
la RNApol II, entre ellos los genes del virus.
El factor IκBα, por otro lado al aumentarse artificialmente, impide que NFκB viaje libremente al núcleo
para activar la transcripción.
 Diferenciación del
Mesoderma

Implicación en el
síndrome
Saethre-Chotzen.

El gen TWIST pasa del

estado inactivo al estado
activo al cambiar de factor
acompañante, promoviendo
la diferenciación de
músculos y huesos

Al estar TWIST mutado,

cambia incorrectamente de
factor acompañante y es
incapaz de activar los genes
de diferenciación de tejidos
 Diferenciación del Mesoderma
Desarrollo neurológico

En células indiferenciadas (de Drosophyla) se expresan los genes Da y

Emc a la par, asociándose, Da se mantiene inactivo

Al iniciarse la diferenciación celular se expresan los genes proneurales

bHLH y se reprime la expresión de Emc

bHLH desplaza a Emc y se asocia a Da, promoviendo la expresión de

genes de diferenciación de tejido nervioso
 Sterol Reguator Element-Binding Protein
Homeostasis de los lípidos
SREBP está estabilizado
por el complejo SCAP-
SREBP en el retículo INSIG

SCAP se
desasocia de
INSIG y viaja
al Golgi

SREBP es
blanco de las
proteasas S1P
y S2P

SREBP se
libera al
citoplasma y
viaja al núcleo
LOS FACTORES DE REGULACION UNEN COMPLEJOS DE
REMODELAMIENTO Y ACETILASAS DE HISTONAS
COMPLEJOS DE REMODELAMIENTO Y
ACETILASAS
 FACTORES REPRESORES
DE LA TRANSCRIPCION EN
EUCARIONTES
Los factores de regulación que inhiben la
transcripción son menos abundantes que
los que activan la transcripción. El
mecanismo de acción de estos factores
inhibitorios puede ser:
-por competencia por el sitio de unión de
un factor de activación
- por ocultamiento del dominio de
activación del factor activador
- por interacción directa con la
maquinaria basal del factor inhibitorio
- por reclutamiento de complejos
inhibitorios de remodelamiento de la
cromatina
- por reclutamiento de desacetilasas de
histonas
FACTORES ACTIVADORES Y REPRESORES Y UNION CON
COMPLEJOS DE MODIFICACION DE HISTONAS
 MECANISMOS POST-TRANSCRIPCIONALES DE
REGULACION
La regulación post-transcripcional en eucariontes ocurre mayoritariamente a
nivel traduccional aunque también puede deberse al aumento de la degradación
de los RNAm. Estos mecanismos se basan principalmente en:

- la fosforilación de factores de traducción que se vuelven menos eficientes

para el proceso

- la unión de proteínas inhibitorias de la traducción al segmento 3´no traducido

(3´UTR) de los mRNAs

- La unión de proteínas inhibitorias a los factores de traducción eIF4E y eIF4G

- la degradación de mRNAs que tienen una cola de poliA más corta por acción
de exonucleasas 3´-5´ (30 A en vez de 200) o de RNAs que han sido cortados
por endonucleasas y/o que han perdido el cap en 5´