RepDNA INW

REPLIKASI DNA
1 MK. Metabolisme (Jurusan Kimia)
Oleh : Dr. I Nengah Wirajana

Universitas Udayana
 REPLIKASI DNA
 Ada 3 hipotesis yang berkembang mengenai
mekanisme replikasi DNA sebelum dapat
dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew

RepDNA INW
2
Meselson dan Frankiln Stahl (1958).

 Hipotesis Pertama dikenal sbg Model Replikasi

secara SEMIKONSERVATIF, yg dikemukakan
oleh Watson and Crick.
 Hipotesiskedua, Model Replikasi secara
KONSERVATIF : molekul DNA untai ganda
induk tetap bergabung, sedangkan kedua untai
DNA anakan terdiri atas molekul hasil sintesis

RepDNA INW
3
baru.

 Hipotesisketiga, Model Replikasi secara

DISPERTIF : molekul DNA induk mengalami
fragmentasi sehingga DNA anakan terdiri ats
campuran molekul lama (induk) dan molekul hasil
sintesis baru.
 Matthew Meselson
dan Frankiln Stahl
(1958) berhasil
MEMBUKTIKAN
Model Replikasi
secara

RepDNA INW
SEMIKONSERVATIF
secara eksperimental

4
 THE MESELSON-STAHL EXPERIMENT.
(a) Cells were grown for many
generations in a medium containing
only heavy nitrogen, 15N, so that all
the nitrogen in their DNA was 15N,
as shown by a single band (blue)
when centrifuged in a CsCl density

RepDNA INW
5
gradient.
(b) Once the cells had been
transferred to a medium containing
only light nitrogen, 14N, cellular
DNA isolated after one generation
equilibrated at a higher position in
the density gradient (purple band).
(c) Continuation of replication for a
second generation yielded two hybrid
DNAs and two light DNAs (red),
confirming semiconservative
replication.
DNA REPLICATION OVERVIEW
 DNA replication is an essential aspect of cellular
and viral reproduction.

RepDNA INW
6
 Replication of a double-stranded DNA results in
two double-stranded DNAs as products.

 Some important general points about DNA

replication are as follows:
1. The mechanism of replication is semi-conservative
each newly made strand is copied from one of the
parental strands and the products of replication are
two molecules, each containing one parental strand
and one newly synthesized strand.
2. DNA replication intermediates contain
"forked“ (garpu) structures at the site of
replication (Figure 24.1).

RepDNA INW
7
Figure 24.1: Simplified view of a replication fork
(gambaran yg disederhanakan dari “garpu replikasi”).
3. Replication is orderly and sequential (terjadi
berdasarkan contoh dan berurutan)--it begins at a
fixed point (called an origin) and closely follows
parental duplex unwinding (mulai pd titik yg
tepat/pasti (sering disebut origin atau disingkat ori)

RepDNA INW
8
dan segera diikuti dg pemisahan rantai ganda/double
helix DNA induk/asal)

4. DNA replication uses deoxyribonucleoside-5'-

triphosphates (dNTPs) to build the DNA chains.
Figure 24.4: Details of lagging strand
synthesis.

5. DNA replication is discontinuous--

RepDNA INW
9
synthesis of one strand (called the lagging
strand) lags behind the other (called the
leading strand) and occurs in pieces called
Okazaki fragments (Figure 24.4).
Replication of the leading strand is
continuous.
(Replikasi DNA merupakan sintesis DNA
diskontinyu pada salah satu untainya, yaitu
rantai lagging, yg di sebut fragmen Okazaki,
dan pada untai paralel yg lainnya terjadi
sintesis secara kontinyu pada rantai
leading)
 Replickasi tdd : 3 proses, yaitu: inisiasi,
elongasi, dan terminasi.

 Banyak macam protein diperlukan untuk

RepDNA INW
10
replikasi DNApada garpu replikasi (replication
fork).
 Melibatkan: polimerase DNA (DNA polymerases),
single-strand DNA binding proteins, helikase,
primase, topoisomerase, dan DNA ligase. Some of
these are multisubunit protein complexes.
 DNA polymerase FIGURE 24.2: THE DNA
mengkatalisis reaksi POLYMERASE REACTION.
kimia sintesis DNA
(Figure 24.2).

RepDNA INW
11
 Rantai DNA tumbuh
(bereplikasi) hanya dari
arah 5' to 3’.
 Gambar berikut menggambarkan “replication
fork” dalam E. coli, dengan banyak protein yg
berperan dalam replikasi DNA.

RepDNA INW
12
 Penjelasan gambar di atas :
 Replikasi pada untai leading dan untai lagging
terjadi pada untai berlawanan (arah) pada
“replication fork” yg sama dan terjadinya replikasi
pada kedua untai dg arah sama 5' to 3‘.

RepDNA INW
 Beberapa protein yg berperan pada gambar dijelaskan
sbb:

 Topoisomerase – enzim yg berperan membebaskan tekanan

puntiran (torsional stress) yg mengawali “replication fork”
ketika enzim helikase membuka rantai ganda (unwinds)
DNA.

 DNA polimerase – mengkatalisis reaksi kimia untuk

polimerisasi nukleotida. 13
 Helikase – enzim yng membuka ikatan rantai ganda
DNA yg mengawali kerja DNA polimerase. Setiap
untai DNA induk memiliki satu helikase sendiri.
Digabungkan jadi satu antara dua untai dg primase
oleh suatu kompleks yg disebut primosom.

RepDNA INW
 Primase – enzim yg mengkopi suatu templet/cetakan
untai DNA dg membuat untai RNA yg komplementer.
RNA ini berperan sebagai “priming site” tempat DNA
polymerase dapat mulai mensintesis untai DNA.

 Primosom – suatu kompleks yg mengandung primase

dan helikase. Kompleks ini membantu replikasi DNA
dg mensintesis primer RNA dan memperpanjangnya
dg membuka ikatan ganda DNA.
14
 Single-strand DNA-binding protein (SSB) –
mengikat DNA untai tunggal untuk menstabilkannya
sehingga permukan ikatan hidrogen pada basa-basa
DNA dg leluasa diorientasikan ke arah nukleotida
berikutnya.

RepDNA INW
 Sliding clamp (dorongan pengapit) - suatu protein
dimer yg melingkari untai DNA dan membantu
memegang DNA polimerase pada untai DNA.

 Primer RNA - suatu untai asam nukleat RNA yg ada

sebelumnya saat replikasi DNA berlangsung. Inisiasi
sintesis DNA memerlukan suatu untai asam nukleat yg
ada sebelumnya (preexisting nucleic acid strand).
Primer RNA dibuat oleh enzim primase.
15
 Fragmen Okazaki – rentang diskontinyu / putus-ptus
pendek dari DNA yg muncul dari replikasi untai lagging.
Fragmen Okazaki sesuai nama biokimiawan penemunya.
 DNA polimerase I dan DNA ligase – dua enzim yg
membuat penyambungan fragmen pendek Okazaki
menjadi untai kontinyu.

RepDNA INW
16
 DNA polimerase I memuliki aktivitas katalitik dan menggantikan
primer RNA dg DNA
 DNA ligase mengkatalisis ikatan kovalen untuk menggabungkan
untai lagging.
 Leading strand – untai DNA pada replication fork yg
bereplikasi secara kontinyu.
 Lagging Strand – untai DNA pada replication fork yg
bereplikasi pada fragmen Okazaki.
 RepDNA INW
17
DISKUSI