Cours 3 - Chimie Du Vivant (BS)

BIO1540
La chimie de la vie
1
Lecture Campbell
Chapitre 2
L’organisation chimique fondamentale de la vie
• Chap. 2, concepts 2.1 à 2.4, p.31-48
Chapitre 3
L’eau et la vie
• Chap. 3, concepts 3.1 à 3.3, p.49-62
Chapitre 4
La carbone et la diversité moléculaire de la vie
• Chap. 4, Concepts 4.1 à 4.3, p. 63-74
Chapitre 5
Structure et fonction des molécules organiques complexes
• Chap. 5, Concepts 5.1 à 5.5, p. 75-102
2
À la fin du cours, vous serez en mesure de…
• Identifier et décrire les propriétés de la vie
• Décrire les niveaux d'organisation des êtres vivants (éléments chimiques purs ou combinés, molécules,
macromolécules, complexes moléculaires, organites, cellules, etc…)
• Nommer les différents éléments chimiques (éléments essentiels et éléments trace) importants pour la vie
• Expliquer comment les éléments naturels se combinent pour créer des molécules, des cellules, des tissus,
des systèmes organiques et des organismes (les différentes liaisons chimiques qui lient les molécules entre
elles)
• Décrire les propriétés de l'eau qui sont essentielles au maintien de la vie
• Expliquer pourquoi l'eau est un excellent solvant
• Donnez des exemples des propriétés cohésives et adhésives de l'eau.
• Discuter du rôle des acides, des bases, et des tampons dans l'homéostasie
• Expliquer pourquoi le carbone est important pour la vie
• Nommer et reconnaître les groupes fonctionnels dans les molécules biologiques
• Discuter du rôle des glucides dans les cellules et dans les matériaux extracellulaires des animaux et des
plantes 3
À la fin du cours, vous serez en mesure de…
• Nommer des monosaccharides, disaccharides et polysaccharides communs

• Décrire les quatre principaux types de lipides
• Expliquer le rôle des graisses dans le stockage de l'énergie
• Différencier les acides gras saturés et insaturés
• Décrire les phospholipides et leur rôle dans les cellules
• Définir la structure de base d'un stéroïde et certaines fonctions stéroïdes
• Expliquer comment le cholestérol aide à maintenir la nature fluide de la membrane plasmique
• Décrire les fonctions que les protéines effectuent dans la cellule et les tissus
• Discuter de la relation entre la composition en acides aminés et la fonction des protéines
• Décrire et reconnaître les quatre niveaux d'organisation des protéines
• Expliquer les liens entre la forme et la fonction des protéines
• Décrire la structure des acides nucléiques et définir les deux types d'acides nucléiques
• Décrire la structure et le rôle de l'ADN
• Décrire la structure et les rôles de l'ARN
4
Mots d’introduction
Oh non! Pas de la chimie!
5
Oui oui! Ça commence avec de la chimie!
• Les étudiants(tes) sont souvent surpris(es), parfois même découragés(es),
de voir que les manuels de références traitant de la biologie cellulaire
discutent d’autant de chimie.
• La biologie, la biologie cellulaire en particulier, dépend par contre
entièrement de la chimie et de la physique.
• Les systèmes biologique subissent les même lois fondamentales de la
chimie et de la physique et la structure et la fonction des cellules sont
basées sur ces lois.
• Il est donc impossible d’apprécier la biologie cellulaire sans une
connaissance de la chimie, ce serait comme essayer d’apprécier un bon vin
sans avoir de papilles gustatives!
6
Example d’utilisation de la chimie
Production d’acide
formique par les fourmis
afin de se défendre contre
des prédateurs potentiels.
7
5 thèmes généraux d’importance capitale pour la biologie
cellulaire
1. L’importance du carbone
La chimie de la cellule est essentiellement la chimie des composés carbonés. Les atomes de carbones ont des propriétés
uniques qui le rendent particulièrement adéquat en tant que squelette des molécules organiques.
2. L’importance de l’eau
La plupart des molécules d’intérêt biologiques sont solubles. L’eau possède aussi des propriétés uniques qui la rendent
particulièrement adéquate en tant que solvant universel
3. L’importance de la perméabilité sélective des membranes
La plupart des molécules d’intérêt biologiques sont petites, solubles et peuvent être transportées à travers la membrane
ou sont de grosse molécules qui ne peuvent pas franchir la membrane.
4. L’importance de la synthèse par la polymérisation des petites molécules
Les macromolécules sont fait de petites molécules attachées les unes aux autres.
5. L’importance de l’auto-assemblage
Les protéines et autres polymères sont capables de s’auto-assembler en des structures avec des niveaux d’organisation
plus élevés.
8
Chapitre 2
9
Concepts importants
Chapitre 2
• Concept 2.1: La matière est constituée d’éléments chimiques purs ou combinés;

les éléments combinées forment des composés
• Concept 2.2: Les propriétés d’un élément sont déterminées par la structure de
ces atomes
• Concept 2.3: Les liaisons chimiques
• Concept 2.4: Les réactions chimiques rompent et établissent les liaisons
chimiques
10
Concept 2.1: La matière est constituée d’éléments chimiques purs ou
combinés; les éléments combinées forment des composés
• Élément: substance impossible à décomposé en d’autres substances

plus simples au cours d’une réaction chimique.
• Composé: Substance formée de 2 ou plusieurs éléments combinés

dans des proportions définies.
Donnez-moi un exemple d’élément: _________________
Donnez-moi un exemple de composé: ________________
11
Concept 2.1: La matière est constituée d’éléments chimiques purs ou
combinés; les éléments combinées forment des composés
• Éléments essentiels: Éléments

sans lesquels la vie ne peut avoir
lieu (20 à 25% des 92 éléments
naturels)
• Éléments traces: Éléments

essentiels, mais dont les
organismes n’ont besoin qu’en
très petites quantités.
12
Concept 2.2: Les propriétés d’un élément sont déterminées par la
structure de ces atomes
Un élément est composé de:
Proton
Neutron
Électron
Et un noyau est composé de

:____________
La masse des atomes est mesurée en Dalton 13

• Seul les électrons participent aux réactions chimiques entre les atomes. Les noyaux demeurent
beaucoup trop éloignés.
• Le niveau énergétique des électrons détermine la réactivité d’un atomes.
• L’énergie potentielle d’un atome dépends de l’énergie contenu dans chacun de ses électrons.
• L’énergie potentielle est l’énergie qui pourrait éventuellement être libérée, sous les bonnes
conditions. Ex: l’eau en haut d’une chute.
• Plus l’électron est loin du noyau, plus sont énergie potentielle est grande (c’est moins de travail
de le retirer de son noyau à cause de l’attraction de charge: e- et noyau+)
14
Les couches électroniques ont

donc des niveaux énergétiques
différents
15
Concept 2.2: Les propriétés d’un
élément sont déterminées par la
Les électrons de valence sont les

électrons du dernier niveau
énergétique.
Ils déterminent les propriétés
chimiques de l’élément.
Un orbital est la région autour du
noyau où un électron passe la
plupart de son temps
16
Les isotopes
• Tous les atomes d'un élément ont le même nombre de protons, mais
le nombre de neutrons peut différer
• Les isotopes sont deux atomes d'un élément dont le nombre de
neutrons diffère
• Les isotopes radioactifs ou instables se désintègrent spontanément
en dégageant des particules et de l'énergie
Si un C14, qui est du carbone radioactif, perd un proton, est-ce que

c’est toujours du carbone? Pourquoi ou pourquoi pas?
17
Utilisation des isotopes
Traceurs radioactifs
• Les isotopes radioactifs sont souvent
utilisés comme outils de diagnostic en
médecine
• Les traceurs radioactifs peuvent être
utilisés pour suivre les atomes
Tissue de la
pendant le métabolisme gorge
• Ils peuvent également être utilisés en cancéreux
combinaison avec des instruments

d'imagerie sophistiqués
18
Utilisation des isotopes
Le datage au carbone ou datation radiométrique
• Un isotope «parent» se désintègre en isotope «fille» à un taux fixe,
exprimé en demi-vie
• En datation radiométrique, le rapport des différents isotopes est
mesuré et permet de calculer le nombre de demi-vies écoulées
depuis la formation du fossile ou de la roche.
• Les valeurs de demi-vie pour différents isotopes varient de secondes
ou de jours à des milliards d'années
19
Concept 2.3: Les liaisons chimiques
1. La liaison covalente:
2. La liaison ionique:
3. Les liaisons chimiques faibles:

• Van der Waals
• Hydrogène
20
1. La liaison covalente:
• Partage d’électrons de valence

• Forme les liens les plus forts
• Liaison simple ou double ou triple
• Nombre d’oxydation détermine la capacité de liaison d’un atome.
Représenté par le nombre d’électron qu’on atome doit perdre (signe +) ou gagner (signe -) afin
de combler son dernier niveau énergétique.
Exemple: Ca2+ ou Cl-
21
1. La liaison covalente
Qqs atomes d’importance biologique et leur valence
• Partage d’électrons de valence

• Forme les liens les plus forts
• Liaison simple ou double ou triple
• Nombre d’oxydation détermine la capacité Molécules organiques avec des liaisons simples
de liaison d’un atome.

Représenté par le nombre d’électron qu’on
atome doit perdre (signe +) ou gagner (signe -)
afin de combler son dernier niveau Molécules organiques avec des liaisons doubles
énergétique. Exemple: Ca2+ ou Cl-

• Une liaison triple est plus forte qu’une liaison
simple. Molécules organiques avec des liaisons triples
Becker, World of the cell, 6th ed. p19 22

1. La liaison covalente
Un partage inégal des électrons provoque

une charge Liaison
partielle covalente
positive ou négative
polaire: Liaison covalente non-polaire:
pour chaque atome d'une molécule
23
2. La liaison ionique
• Un des éléments arrache un électron à l’autre élément.
• Les éléments partageant une liaison ionique auront des charges nettes opposées. L’un sera
un cation (+), l’autre un anion (-).
• Forme les liens les plus faibles, sujets aux conditions ioniques du milieu ou environnement
(ex: pH, température, etc…).
24
3. Les liaisons chimiques faibles
• Il n’est pas toujours désirable d’avoir de fortes interactions, surtout entre deux
macromolécules (ex: ADN, protéines, lipides, etc…)
• Ce sont des liaisons d’importance en biologie, car elles permettent de manipuler
les interactions inter et intramoléculaires de toutes les molécules et
macromolécules nécessaires à la vie.
• L’accumulation de multiples liaisons chimiquement faibles peut finir par former
des liens forts entre deux molécules ou autres objets (ex: Gecko)
• Les liaisons chimiques faibles
• renforcent la forme de grosses molécules
• aident les molécules à adhérer les unes aux autres
• sont réversibilité peut être avantageuse
25
Eau
• Liaison hydrogène: Lorsque la charge
partielle positive d’un atome
d’hydrogène déjà par covalence à un Liaison
autre atome électronégatif lui permet hydrogène
d’être attiré par un autre atome
électronégatif. S’établit le plus souvent Ammoniac
entre H et O et entre H et N.
26
• Force de Van der Waals: formée

lorsque des charges électroniques
trop petite pour faire des liens
ioniques exerce quand même un
attraction entre 2
molécules/atomes.
27
La forme tridimensionnelle des molécules informe leur fonction
De part le nature chimiques de leur valence, des liens qu’ils

forment et des attractions électronégatives qu’ils subissent, les
atomes qui s’assemblent auront une structure tridimensionnelle
défini.
Cette structure sera conservée tant que les même atomes sont
assemblés et leur fonction pourra du fait même être prévisible.
28
Concept 2.3: Les
liaisons chimiques
• Les molécules se reconnaissent,

interagissent et se répondent en
fonction de leur forme moléculaire
• Des molécules de formes similaires
peuvent avoir des effets biologiques
similaires
• Exemple, morphine et endorphines
naturellement produites
29
Concept 2.4: Les réactions chimiques rompent et établissent les
liaisons chimiques
• Réactions qui forment et décomposent la matière

• Implique qu’il y ai des réactifs et des produits
• Les réactions tendent vers l’équilibre
• Dans les systèmes organiques, cet équilibre est dynamique et souvent n’est
jamais atteint
30
Chapitre 3
L’eau et la vie
31
Mots d’introduction
La chimie de la cellule est aussi la chimie des molécules hydrosolubles,
car l’eau possède des propriétés uniques qui la rendent
particulièrement adéquate en tant que solvant universel des systèmes
biologiques:
1. Les molécules d’eau sont polaires

2. Les molécules d’eau sont cohésives
3. L’eau a un effet stabilisant sur la température
4. L’eau est un excellent solvant
32
Concepts important
Chapitre 3
L’eau et la vie
• Concept 3.1: Les liaisons covalentes polaires dans les molécules

d’eau permettent les liaisons hydrogènes
• Concept 3.2: Quatre propriétés émergentes de l’eau contribuent à
maintenir l’environnement terrestre propice à la vie
• Concept 3.3: Les conditions acides ou basiques influent sur les
organismes vivants
33
Concept 3.1: Les liaisons covalentes polaires dans les
molécules d’eau permettent les liaisons hydrogènes
Liaison covalente polaire:
Résulte d’une électronégativité
(charge) inégale entre 2 ou plusieurs
atomes assemblés en une molécules
L’eau est donc une molécule polaire:

• Permet la formation de lien
hydrogène entre les molécules.
• Ces liaisons sont dynamique et
bougent constamment d’une
molécule à l’autre
34
Concept 3.2: Quatre propriétés émergentes de l’eau
contribuent à maintenir l’environnement terrestre propice à la
vie
1. La cohésion des molécules d’eau

2. La stabilisation de la température
3. La glace flotte à la surface de l’eau liquide
4. L’eau: le solvant fondamentale de la vie
35
Concept 3.2: Quatre propriétés émergentes de l’eau contribuent à
1. La cohésion des molécules d’eau
La cohésion des molécules d’eau est

assurée par les liaisons hydrogène qui
les retiennent ensemble
Permet à des objets de faible
poids de demeurer à la surface de
l’eau (tension superficielle créée
par les liaisons hydrogènes)
Permet à l’eau d’être
transportée contre la force
de gravité dans un arbre
36
2. La stabilisation de la température
La chaleur spécifique élevée de l’eau lui donne sa capacité à stabiliser la T°
ambiante. Sa T° varie donc moins, lorsqu’elle absorbe ou perd de la chaleur.
La chaleur spécifique d’une substance représente la quantité de chaleur

absorbée ou perdue par 1g de cette substance pour changer sa T° de 1°C.
C’est une mesure de résistance au changements de T°.
37
3. La glace flotte à la surface de l’eau liquide
Alors que d’autres substances se contractent en refroidissant, l’eau se
dilate. Cette dilatation brisera les cellules, qui éclateront sous la pression de
la glace.
38
4. L’eau: le solvant fondamentale de la vie

Grâce à sa propre polarité, l’eau peut
dissoudre une multitude de substances
polaires.
• Une solution est un liquide qui est un mélange

homogène de substances
• Un solvant est l'agent de dissolution d'une
solution
• Le soluté est la substance qui est dissolute
• Une solution aqueuse est une solution dans
laquelle l'eau est le solvant.
39
4. L’eau: le solvant fondamental de la

vie
Les substances hydrophiles ont une
affinité avec l’eau, sans pour autant se
dissoudre. Elles peuvent formées des
liens hydrogènes avec les molécules
d’eau
Les substances hydrophobes n’ont
aucune affinité avec l’eau. Elles sont ni
ioniques, ni polaires et ne peuvent
former des liens hydrogènes avec les
molécules d’eau. Protéine polaire
40
Concept 3.3: Les conditions acides ou basiques influent sur les
organismes vivants
Il arrive parfois qu’un atome hydrogène mis en commun entre deux molécules
d’eau se déplace de l’une vers l’autre:
Ion hydrogène = proton = H+
Ion hydroxyde = OH-
État d’équilibre
dynamique stable
H+ n’existe jamais seul dans une solution aqueuse, il forme toujours des
ions hydronium. Mais par convention, on l’écrit toujours H+.
41
organismes vivants
• La dissociation des molécules d'eau est rare, mais a un effet
important sur les organismes.
• Les changements de concentration en H + et OH− peuvent affecter
la chimie cellulaire
• Les concentrations de H + et OH− sont égales dans l'eau pure
• L’ajout d’acide ou de base modifie les concentrations de H + et
d’OH−
• L'échelle de pH est utilisée pour décrire si une solution est acide ou
basique
42
organismes vivants
Les acides et les bases:
Acides: Substance qui accroît la concentration des protons d’une solution
Bases: Substance qui réduit la concentration des protons d’une solution
Autres bases: réduisent indirectement la concentration de proton en se dissociant

pour former des ions hydroxyde
43
44
L’échelle de pH:
Mesure la concentration d’ions

H+ et OH-
Solution tampon:
Solution qui réduit la variabilité

de pH = [H+] et [OH-]
Pourquoi pensez-vous que le carbone est si
important en biologie cellulaire?
Chapitre 4
Le carbone et la diversité moléculaire de la vie
45
Concepts important
Chapitre 4
La carbone et la diversité moléculaire de la vie
• Concept 4.1: La chimie organique étudie les composés du carbone

• Concept 4.2: Les atomes de carbone peuvent former une grande
variété de molécules
• Concept 4.3: Le fonctionnement des molécules biologiques repose
sur quelques groupements chimiques
46
Concept 4.1: La chimie organique étudie les
composés du carbone Becker, World of Cell, 6th ed. p.20
Propriétés uniques du carbone qui le rendent

particulièrement adéquat en tant que squelette
des molécules d’importance biologique:
1. Stabilité des liens chimiques avec le carbone

2. Diversité de structure et fonction accrues
des molécules carbonées dues aux 4 e- de
valence.
Valence de 4 (4 liaisons covalentes possible)
3. Les molécules carbonées peuvent former
des isomères.
Énergie de liaisons
Même formule chimique, propriétés différentes biologiquement importante
47
Concept 4.2: Les atomes de carbone peuvent former une
grande variété de molécules
Hydrocarbures = C+H seulement
48
Concept 4.2: Les atomes de carbone peuvent former une
grande variété de molécules
Isomères: même formule chimique,
différente molécule,
propriétés différentes
49
Importance des énantiomères dans l’industrie
pharmaceutique
50
Concept 4.3: Le fonctionnement des molécules biologiques
repose sur quelques groupements chimiques
Groupements les plus communs
Les propriétés distinctives des
molécules organiques dépendent de:
• du squelette de carbone, et
Amine
• des composants moléculaires qui
Groupements chargés Groupement chargé
s'y rattachent négativement positivement
Des groupements caractéristiques

peuvent remplacer les hydrogènes
Thiol
attachés aux squelettes de molécules
organiques: ce sont des groupements Groupements neutres mais
polaires
fonctionnels
Becker, World of Cell, 6th ed. p.21
51
Concept 4.3: Le fonctionnement des molécules
biologiques repose sur quelques groupements chimiques
• Les groupes fonctionnels sont des composants de molécules organiques
impliquées dans des réactions chimiques
• Le nombre et la disposition des groupes fonctionnels confèrent aux molécules
des propriétés uniques
L'estradiol et la testostérone sont tous

deux des stéroïdes avec un squelette
carboné commun, sous la forme de
quatre cycles fusionnés
Ces hormones sexuelles ne diffèrent que

par les groupes chimiques attachés aux
anneaux du squelette carboné
52
Concept 4.3: Le fonctionnement des molécules biologiques
repose sur quelques groupements chimiques
Les sept groupements fonctionnels qui sont les plus important pour la
chimie de la vie:
• Hydroxyl
• Carbonyl
• Carboxyl
• Amine
• Thiol
• Phosphate
• Méthyle
53
54
L’ATP possède des groupements phosphates et est
particulièrement importante en biologie cellulaire
• Une molécule de phosphate, l'adénosine triphosphate
(ATP), est la principale molécule de transfert d'énergie
dans la cellule. ATP = adénosine triphosphate
• L'ATP consiste en une molécule organique appelée
adénosine attachée à une chaîne de trois groupes
phosphate
• L'ATP stocke l'énergie potentielle qui peut être libérée
dans une réaction avec de l'eau et être utilisée par la
cellule
L’ATP réagit avec de l’eau, ce

qui résulte en libération
d’énergie chimique
hydrolyse
55
Chapitre 5
56
Concepts important
Chapitre 5
• Concept 5.1: Les macromolécules sont des polymères synthétisés à partir de

monomères
• Concept 5.2: Les glucides servent de sources d’énergie et de matériaux de
structure
• Concept 5.3: Les lipides forment un groupe de molécules hydrophobes de
formes variées
• Concept 5.4: Les protéines possèdent plusieurs niveaux de structures, ce qui
leur confère des fonctions très variées
• Concept 5.5: Les acides nucléiques emmagasinent et transmettent l’information
génétique, et contribuent à son expression
57
Les molécules de la vie
• Tous les êtres vivants sont constitués de quatre classes de grandes
molécules biologiques:
• Sucres
• Lipides
• Protéines
• Acides nucléiques
• Les macromolécules sont de grosses molécules complexes composées
de nombreux atomes liés de manière covalente.
• La structure et la fonction moléculaires sont indissociables
58
Synthèse des macromolécules organiques
Précurseur inorganique Petite molécule organique Macromolécule
Nucléoside Acides
triphosphate nucléiques
Acides Protéines
aminés
Intermédiaires Glycérol
Métaboliques Stéroïdes Lipides
A. Gras
Glucose et autres Polysaccharides

monosaccharides
59
Les macromolécules
Concept 5.1: Les macromolécules sont des polymères synthétisés à partir de
monomères
60
Concept 5.1: Les macromolécules sont des
polymères synthétisés à partir de monomères
• Un polymère est une longue molécule constituée de nombreux
éléments constitutifs similaires.
• Les plus petites molécules répétitives qui servent de blocs de
construction s'appellent des monomères
• Trois des molécules organiques de la vie sont des polymères:
• Les glucides
• Protéines
• Acides nucléiques
61
Concept 5.1: Les macromolécules sont des polymères
synthétisés à partir de monomères
• Les polymères sont assemblés par des
protéines spécialisées: les enzymes.
• Les enzymes augmente la rapidité avec

laquelle les réactions chimiques se font
pour assembler (ou dégrader) les
polymères.
• Les polymères peuvent être composés

de molécules identiques (homéomères)
ou de molécules différentes
(hétéromères)
62
Différents niveaux
d’organisation
1- Petites molécules
organiques (monomères)
2- Macromolécules
(polymères)
3- Structure supramoléculaire
63
Concept 5.2: Les glucides servent de sources
d’énergie et de matériaux de structure
• Les monosaccharides ont des formules moléculaires qui sont
généralement des multiples de CH2O
• Le glucose (C6H12O6) est le monosaccharide le plus courant.
• Les monosaccharides sont classés par
• Localisation du groupe carbonyle
• Nombre de carbones dans le squelette carboné
64
La structure et la classification de certains
monosaccharides: les trioses
65
monosaccharides: les pentoses
66
monosaccharides: les hexoses
67
Concept 5.2: Les glucides servent de sources d’énergie et de
matériaux de structure
Un disaccharide se forme
lorsqu'une réaction de
déshydratation joint deux
monosaccharides
Ce lien s'appelle un lien

glycosidique
Lequel est un homéomère? A ou B?

68
Concept 5.2: Les glucides servent de sources d’énergie et de matériaux de structure
Polysaccharides
source d’énergie
Amidon
Glycogène
69
Concept 5.2: Les glucides servent de sources d’énergie et de
matériaux de structure
Importance des isomères en biochimie
Liaison glycosidique α1-4 Liaison glycosidique β1-4
70
Polysaccharides
comme matériaux
de structure
Cellulose
71
Polysaccharides comme La chitine se trouve dans les exosquelettes d'arthropodes

matériaux de structure La chitine fournit également un support structurel aux parois des cellules fongiques
72
Les macromolécules
Concept 5.3: Les lipides forment un groupe de molécules hydrophobes de formes
variées
73
Concept 5.3: Les lipides forment un groupe de molécules
hydrophobes de formes variées
• Les lipides sont la seule classe de grosses molécules biologiques qui

ne forment pas de polymères
• La caractéristique unificatrice des lipides est peu ou pas d'affinité
pour l’eau
• Les lipides sont hydrophobes car ils sont principalement constitués
d’hydrocarbures non polaires.
• Les lipides biologiquement importants comprennent
• les lipides,
• les phospholipides
• et les stéroïdes
74
• Les graisses sont construites à partir de glycérol et d'acides gras
• Le glycérol est un alcool à trois atomes de carbone avec un hydroxyle attaché à
chaque atome de carbone.
• Les acides gras consistent en un groupe carboxyle lié à une longue chaîne
hydrocarbonée
Triglycéride quand le glycérol

porte 3 acides gras.
Une des 3 réactions nécessaire pour

la synthèse des graisses.
Réaction de déshydratation ou
d’hydratation?
75
76
Les phosphoglycérolipides (qui sont des phospholipides) ont des têtes polaires
77
Plusieurs type de phospholipides existent:

• Phosphatidylcholine
• Phosphatidylsérine
• Phosphatidyléthanolmine (le plus commun dans les membranes plasmiques)
• Phosphatidylglycérol
• Phosphatidylinositol (rôle important dans la signalisation cellulaire)
Donc c’est la tête polaire du phospholipide qui change
78
Les phospholipides forment la

bicouche lipidique en milieu
aqueux, ce qui est la base de la
membrane cellulaire.
La famille des phospholipides

incluent:
• Les phosphoglycérolipides
• Les sphingolipides
79
Plusieurs types de stérols existent:
Le cholestérol (animaux)
L’ergostérol (levures)
Les phytostérols (plantes)
80
Les stéroïdes sont une famille de molécules diverses incluant

les hormones sexuelles
Avant Après
81
http://www.jmaxfitness.com/blog/im-on-steroids/
Les macromolécules
Concept 5.4: Les protéines possèdent plusieurs niveaux de structures, ce qui leur
confère des fonctions très variées
82
Concept 5.4: Les protéines possèdent plusieurs niveaux de
structures, ce qui leur confère des fonctions très variées
• Les protéines représentent plus de 50% de la masse sèche de la
plupart des cellules
• Les fonctions protéiques incluent:
• accélération (catalyse) des réactions chimiques
• support structurel
• espace de rangement
• transport
• communications cellulaires
• mouvement
• défense contre les substances étrangères
83
Plusieurs acides aminées (AA)

forment un polypeptide (ou chaine
polypeptidique)
Certains polypeptides forment des

protéines
Les propriétés des acides aminés

diffèrent par leurs chaînes latérales
appelées groupes R
84
La formation du lien peptidique est une hydratation ou une déshydratation?
• Les enzymes sont un type de protéine qui agissent comme catalyseur
pour accélérer les réactions chimiques.
• Les enzymes peuvent remplir leurs fonctions à plusieurs reprises,
fonctionnant comme des chevaux de travail qui exécutent les
processus de la vie
85
86
87
88
89
90
91
92
Animation: Protéine contractile et motrice
Animation: Protéine de défense
Animation: Enzymes
Animation: Protéines régulatrices de
l’expression des gènes
Animation: Protéines hormonales
Animation: Protéines réceptrices
Animation: Protéines sensorielles
Animation: Protéine de stockage
Animation: Protéine de structure
Animation: Protéines de transport
Acides aminés non polaires:
Ne pas
apprendre
par coeur
103
Acides aminés polaires:
Ne pas apprendre par

coeur 104
Acides aminés chargés:
Ne pas apprendre par coeur 105

Les liaisons qui retiennent les AA

ensemblent sont des liaisons peptidiques
Ne pas
apprendre
Lien peptidique
par coeur
106
• Contrairement à la plupart des polymères organiques, les molécules de

protéines adoptent une conformation tridimensionnelle spécifique.
• Cette structure est capable de remplir une fonction biologique spécifique
• Cette structure s'appelle la conformation native
• La conformation native a un grand nombre d'interactions favorables au sein de

la protéine
107
Interactions favorable dans les protéines
• Effet hydrophobe
• La libération de molécules d'eau de la couche de solvatation structurée autour de la molécule
lorsque les protéines se replient augmente l'entropie nette
• Liaisons hydrogènes
• L'interaction de N-H and C=O de la liaison peptidique conduit à des structures régulières
locales telles que les hélices- et les feuillets-
• Interactions électrostatic
• Interactions fortes à longue portée entre groupes toujours chargés
• Ponts ioniques, en particulier lorsqu’elles sont enfouies dans l'environnement hydrophobe,
stabilisent fortement la protéine
Les protéines possèdent 4 niveaux d’organisation structurel:
Structure primaire: Séquence linéaire d’acides aminés.
Structure secondaire: Organisation en feuillet β ou hélice α
Structure tertiaire: Forme tridimensionnelle stabilisée par les chaines latérales des
acides aminés formant la protéines
Structure quaternaire: Structure formée par l’association de plusieurs

polypeptides ou protéines formant une protéine fonctionnelle.
109
Niveau d’organisation Acides
aminés
des protéines
Structure primaire
• la séquence d'acides aminés

est comme l'ordre des lettres Structure primaire
dans un long mot
• La structure primaire est
déterminée par l'information
génétique
110
Niveau d’organisation
des protéines
Structure secondaire
hélices 
• résulte des liaisons hydrogène

Liaison hydrogène
entre les constituants Feuillet plissé 
récurrents
Brin 
• Les structures secondaires
typiques incluent:
• Les hélices , et
• Les feuillets plissés  Liaison hydrogène
111
Niveau d’organisation des protéines
Structure tertiaire
La structure tertiaire est la forme générale d'un

polypeptide et est déterminée par les interactions entre Liaison Interactions
les groupes R, et non par les interactions entre les hydrogène hydrophobes
constituants du squelette.
et de Van der
Waals
Ces interactions entre les groupes R incluent: Pont
• les liaisons hydrogène, disulfure
Liaison
• les liaisons ioniques, ionique
• les interactions hydrophobes
Polypeptide
• et les interactions de van der Waals.
De fortes liaisons covalentes appelées ponts disulfure

peuvent renforcer la structure de la protéine
112
Niveau d’organisation des protéines
Structure quaternaire
lorsque deux chaînes polypeptidiques Hème Globules rouges
ou plus forment une macromolecule Fer
Sous-unité bêta
Sous-unité alpha
Examples:
Sous-unité alpha
Collagène: plusieurs protéines fibreuses
enroulées comme une corde Sous-unité bêta
Hémoglobine
L'hémoglobine est une protéine globulaire

constituée de quatre polypeptides: deux
chaînes alpha et deux chaînes bêta.
113
114
La conformation des protéines est dictée non seulement par sa composition en

acides aminés et les liaisons que ceux-ci forment entre eux et avec d’autres
polypeptides, mais dépends aussi de son environnement.
Les conditions chimiques et physiques dans lesquelles baignent la protéines vont

changé sa conformation: pH, température, [sels], autres molécules.
Lorsque la protéine perd se conformation, elle est dénaturée.
Comme la conformation de la plupart des polypeptides est spontanée, il est

parfois possible que sous les bonnes conditions, une protéine dénaturée puissent
être renaturée.
115
Les protéines dénaturées

ne sont plus actives et ne
peuvent plus exercées
leur fonction
116
Afin d’échapper aux conditions environnementales qui pourraient

influencer la structure tridimensionnelle de la protéine en formation, des
chaperonines participent parfois au repliement adéquat des protéines.
117
Les macromolécules
Concept 5.5: Les acides nucléiques emmagasinent et transmettent l’information
génétique, et contribuent à son expression
118
Concept 5.5: Les acides nucléiques emmagasinent et transmettent
l’information génétique, et contribuent à son expression
• La séquence d'acides aminés d'un polypeptide est programmée par une unité
héritée appelée gène
• Les gènes sont constitués d’ADN, un acide nucléique composé de monomères
appelés nucléotides.
• Les acides nucléiques sont polymérisés par les enzymes nommées des
polymérases
• Les polymères d’acides nucléiques forment l’acide désoxyribonucléique (ADN) et
l’acide ribonucléique (ARN).
• L’ADN contient l’information, les ARNs ont diverse fonctions.
119
Lien
phosphodiester
120
Double hélice
Antiparallèle
121
Tableau récapitulatif p.99
Bien maitriser ces concepts

et notions.
Vous devez être en mesure de

reconnaître ces molécules et les
nommer.
Vous devez, par exemple, être

en mesure de me dessiner un
lien peptidique.
122
Conclusion
La chimie des cellules
123
5 thèmes généraux d’importance capitale pour la biologie
cellulaire
1. L’importance du carbone
La chimie de la cellule est essentiellement la chimie des composés carbonés. Les atomes de carbones ont des propriétés
uniques qui le rendent particulièrement adéquat en tant que squelette des molécules organiques.
2. L’importance de l’eau
La plupart des molécules d’intérêt biologiques sont solubles. L’eau possède aussi des propriétés uniques qui la rendent
particulièrement adéquate en tant que solvant universel
3. L’importance de la perméabilité sélective des membranes
La plupart des molécules d’intérêt biologiques sont petites, solubles et peuvent être transportées à travers la membrane
ou sont de grosse molécules qui ne peuvent pas franchir la membrane.
4. L’importance de la synthèse par la polymérisation des petites molécules
Les macromolécules sont fait de petites molécules attachées les unes aux autres.
5. L’importance de l’auto-assemblage
Les protéines et autres polymères sont capables de s’auto-assembler en des structures avec des niveaux d’organisation
plus élevés.
124
PROCHAIN COURS…
La cellule
Chapitre 6
Exploration de la cellule
Chap. 6, Concepts 6.1 à 6.7, p.103-137
125

Cours 3 - Chimie Du Vivant (BS)

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BIO1540

• Nommer des monosaccharides, disaccharides et polysaccharides communs

• Concept 2.1: La matière est constituée d’éléments chimiques purs ou combinés;

• Élément: substance impossible à décomposé en d’autres substances

• Composé: Substance formée de 2 ou plusieurs éléments combinés

Donnez-moi un exemple d’élément: _________________

Donnez-moi un exemple de composé: ________________

• Éléments essentiels: Éléments

• Éléments traces: Éléments

Un élément est composé de:

Et un noyau est composé de

La masse des atomes est mesurée en Dalton 13

• Le niveau énergétique des électrons détermine la réactivité d’un atomes.

Les couches électroniques ont

Les électrons de valence sont les

Si un C14, qui est du carbone radioactif, perd un proton, est-ce que

combinaison avec des instruments

3. Les liaisons chimiques faibles:

• Partage d’électrons de valence

• Partage d’électrons de valence

de liaison d’un atome.

énergétique. Exemple: Ca2+ ou Cl-

Becker, World of the cell, 6th ed. p19 22

Un partage inégal des électrons provoque

• Force de Van der Waals: formée

La forme tridimensionnelle des molécules informe leur fonction

De part le nature chimiques de leur valence, des liens qu’ils

• Les molécules se reconnaissent,

• Réactions qui forment et décomposent la matière

1. Les molécules d’eau sont polaires

• Concept 3.1: Les liaisons covalentes polaires dans les molécules

L’eau est donc une molécule polaire:

1. La cohésion des molécules d’eau

1. La cohésion des molécules d’eau

La cohésion des molécules d’eau est

La chaleur spécifique d’une substance représente la quantité de chaleur

4. L’eau: le solvant fondamentale de la vie

• Une solution est un liquide qui est un mélange

4. L’eau: le solvant fondamental de la

Acides: Substance qui accroît la concentration des protons d’une solution

Bases: Substance qui réduit la concentration des protons d’une solution

Autres bases: réduisent indirectement la concentration de proton en se dissociant

Mesure la concentration d’ions

Solution qui réduit la variabilité

• Concept 4.1: La chimie organique étudie les composés du carbone

Propriétés uniques du carbone qui le rendent

1. Stabilité des liens chimiques avec le carbone

Hydrocarbures = C+H seulement

Des groupements caractéristiques

L'estradiol et la testostérone sont tous

Ces hormones sexuelles ne diffèrent que

L’ATP réagit avec de l’eau, ce

• Concept 5.1: Les macromolécules sont des polymères synthétisés à partir de

Glucose et autres Polysaccharides

• Les enzymes augmente la rapidité avec

• Les polymères peuvent être composés

Ce lien s'appelle un lien

Lequel est un homéomère? A ou B?

Liaison glycosidique α1-4 Liaison glycosidique β1-4

Polysaccharides comme La chitine se trouve dans les exosquelettes d'arthropodes

• Les lipides sont la seule classe de grosses molécules biologiques qui

Triglycéride quand le glycérol

Une des 3 réactions nécessaire pour

Plusieurs type de phospholipides existent: