 La palabra proteína viene del griego protos que significa "lo más

antiguo, lo primero”.
 Las proteínas son biopolímeros (macromoléculas orgánicas) de elevado
peso molecular; compuestos químicos muy complejos que se
encuentran en todas las células vivas.
 Hay ciertos elementos químicos que todas ellas poseen, pero los
diversos tipos de proteínas los contienen en diferentes cantidades.
 Están constituidas básicamente por carbono (C), hidrógeno (H),
oxígeno (O) y nitrógeno (N); aunque pueden contener también azufre
(S) y fósforo (P) y, en menor proporción, hierro (Fe), cobre (Cu),
magnesio (Mg), yodo (Y).
Amino Acido

o Hidrogeno
o Grupo amino
o Grupo ácido
o Cadena Variable R

4
 Clasificación de aminoácidos

1. Aminoácidos alifáticos. Son los aminoácidos en los que el radical R

es una cadena hidrocarbonada abierta, que puede tener, además,
grupos —COOH y —NH2. Los aminoácidos alifáticos se clasifican en
neutros, ácidos y básicos.
1. Neutros. Si el radical R no posee grupos carboxilo ni amino.
2. Ácidos. Si el radical R presenta grupos carboxilo, pero no
amino.
3. Básicos. Si el radical R tiene grupos amino, pero no grupos
carboxilo
2. Aminoácidos aromáticos. Son aquellos cuyo radical R es una cadena
cerrada, generalmente relacionada con el benceno.
3. Aminoácidos heterocíclicos. Aquellos cuyo radical R es una cadena
cerrada, generalmente compleja y con algunos átomos distintos del
carbono y del hidrógeno.

5
 Aminoácidos Esenciales

 Son aquellos que los organismos

heterótrofos deben tomar de su  EN ADULTOS: 8
dieta ya que no pueden  Fenilalanina
sintetizarlos en su cuerpo (los  Isoleucina
autótrofos pueden sintetizarlos  Leucina
todos)  Lisina
 Metionina
 Las rutas metabólicas para su  Treonina
obtención suelen ser largas y  Triptófano
energéticamente costosas, por lo  Valina
que los vertebrados las han ido
perdiendo a lo largo de la
evolución (resulta menos costoso
obtenerlos en los alimentos).
 Propiedades de los aminoácidos

1. Los aminoácidos son compuestos

sólidos.
2. compuestos cristalinos
3. Presentan un elevado punto de
fusión.
4. Son solubles en agua.
5. Tienen actividad óptica

6. Presentan un comportamiento químico anfótero. Esto se debe a que a

pH=7 presentan una ionización dipolar, llamada zwitterion, que
permanece en equilibrio con la forma no iónica. Este estado varía con
el pH. A pH alcalino, el grupo carboxilo está ionizado (-COO-) y el
grupo amino no. A pH ácido, el grupo amino está ionizado (NH3+) y el
grupo carboxilo no.

8
Propiedades ácido base

9
La forma dipolar, en un medio
ácido, capta protones y se
comporta como una base y en un
medio básico libera protones y se
comporta como un ácido.

El pH en el cual el aminoácido
tiende a adoptar una forma dipolar
neutra, con tantas cargas positivas
como negativas, se denomina
punto isoeléctrico.

El carácter anfótero de los

aminoácidos permite la regulación
del pH, ya que se comporta como
un ácido o como una base según le
convenga al organismo.

10
El punto isoeléctrico es el valor de pH al
que el aminoácido presenta una carga
neta igual al cero

11
Alanina

12
13
 Ejercicios
 Prolina a pH 1,5; 11,7; 6,3

 Ácido aspártico a pH 1, 2,77, 10

 Como se disocian los grupos funcionales?

14
Unión de los aminoácidos.

 Los enlaces químicos entre aminoácidos se denominan enlaces

peptídicos y a las cadenas formadas, péptidos.
 Si el número de aminoácidos que forma un péptido es dos, se
denomina dipéptido, si es tres, tripéptido. etc.
 Si es inferior a 50 (10 según que textos) se habla de oligopéptido, y si
es superior a 50 se denomina polipéptido.
 Sólo cuando un polipéptido se halla constituido por más de cincuenta
moléculas de aminoácidos o si el valor de su peso molecular excede de
5 000 se habla de proteína.

15
 Unión Peptídica entre Aminoácidos
Unión Peptídica
H H
O
H O H O

=
N C CC N N C C

H OH H OH
H
R R

+ H2O CONDENSACIÓN

Los aminoácidos se unen entre sí mediante uniones peptídicas para formar

cadenas lineales no ramificadas.
16
Peptides and proteins
 Amide bond

17
Peptides and proteins
 No se puede generalizar la importancia
de una proteína o péptido con relación a
su numero de residuos.

18
 Se tiene una solución con la mezcla de los siguientes
péptidos:
 1) Ala-cys-glu-pro-val-met
 2)phe-tyr-trp-phe
 3)asp-glu-asp-hys
 Cómo se encuentran cargados cada una de ellos a
los siguientes pH:
 a) 3
 b) 5
 c) 7
 d) 9

19
 Pueden existir grupos o elementos diferentes a los
aminoácidos

20
Estructura de una
Proteína?

21
Proteínas fibrosas Proteínas globulares

Las proteínas fibrosas desempeñan un papel Las proteínas globulares se caracterizan por
estructural, en funciones de conexión, de doblar sus cadenas en una forma esférica
protección o de soporte apretada o compacta dejando grupos
hidrófobo hacia adentro de la proteína y
Entre las proteínas fibrosas podemos grupos hidrófilos hacia afuera, lo que hace
encontrar la alfa-queratina, componente que sean solubles en disolventes polares
principal del pelo y las uñas; el colágeno, como el agua.
presente en la piel, los tendones, huesos y
dientes. Cumplen funciones (enzimas, anticuerpos,
etc)
Generalmente insolubles en agua
 Estructura de las proteínas
La organización de una proteína viene definida por cuatro niveles
estructurales ( o cuatro niveles de organización) denominados:

1. ESTRUCTURA PRIMARIA
2. ESTRUCTURA SECUNDARIA
3. ESTRUCTURA TERCIARIA
4. ESTRUCTURA CUATERNARIA

Cada una de estas estructuras informa de la disposición de la anterior en

el espacio.

23
 Estructura primaria

La estructura primaria es la secuencia de aminoácidos de la proteína.

Nos indica qué aminoácidos componen la cadena polipeptídica y el

orden en que dichos aminoácidos se encuentran.

La secuencia de una proteína se escribe enumerando los aminoácidos

desde el extremo N-terminal hasta el C-terminal.

24
Estructura primaria

La función de una proteína depende de su secuencia de aminoácidos y

de la forma que ésta adopte. El cambio de un solo aa de la secuencia de
la proteína puede tener efectos muy importantes, como el cambio de un
solo aa en la hemoglobina humana que provoca la anemia falciforme.

25
Estructura primaria

Serina Glicina Tirosina Alanina Leucina 26

1. Análisis de aminoácidos. Estructura primaria

Se lleva a cabo la hidrólisis completa de los enlaces peptídicos

mediante el tratamiento con disolución acuosa de HCl 6M y
calefacción durante 24 h.

La mezcla de aminoácidos se separa mediante cromatografía de

intercambio iónico (basada en las diferentes propiedades ácido-
base) y se establece la proporción coloreando los residuos (con
ninhidrina).

El proceso se encuentra totalmente automatizado y sólo requiere del

orden de 10-5-10-7 g de péptido.
Separación de proteínas y aminoácidos
Separación de proteínas y aminoácidos:
electroforesis
ANÁLISIS DE AMINOÁCIDOS EN PÉPTIDOS Y PROTEÍNAS

-Existen distintos niveles en la estructura peptídica, uno de ellos es la estructura

primaria, que consiste en la secuencia ordenada de aminoácidos que forman la cadena
completa y que resulta, en gran medida, determinante del resto de los niveles
estructurales del péptido o la proteína.

- La determinación de ésta, por tanto, ha resultado un enorme avance para la bioquímica

(F. Sanger, premio Nobel de Química 1958). La estrategia básica consiste en :

1.Determinar qué aminoácidos están presentes y en qué relación molar.

2. Romper el péptido en pequeños fragmentos, separarlos y determinar su composición
en aminoácidos.
3. Identificar los aminoácidos de N y C terminales del péptido original y de cada
fragmento.
4. Organizar la información de manera que los fragmentos puedan unirse para revelar la
secuencia completa.
2. Hidrólisis parcial del péptido.

- La hidrólisis enzimática (petidasas, proteasas o enzimas proteolíticas) es una

hidrólisis selectiva que permite convertir el péptido en fragmentos más
pequeños.

- Por ejemplo, un grupo de enzimas pancreáticas, conocidas como

carbopeptidasas, catalizan sólo la hidrólisis del enlace peptídico del
aminoácido C-terminal. La tripsina, enzima digestivo del intestino, cataliza
sólo la hidrólisis de los enlaces peptídicos que involucran al grupo carboxilo
de la lisina o arginina. Así, otras muchas enzimas digestivas se usan en al
hidrólisis selectiva de péptidos.

O O O
H
N CH C
H
N CH C
H
N CH C
El sitio catalizado de la Quimotripsina
cuando R’ es un grupo aromático
R R' R''
3. Análisis de los residuos terminales.

- Una secuencia de aminoácidos es ambigua a no ser que se conozca el

sentido en que debe leerse. Es necesario conocer cuál es el extremo N y C-
terminal.

- la hidrólisis catalizada por carbopetidasas rompe el aminoácido C-

terminal, lo que permite identificarlo.

- Para identificar el aminoácido N-terminal se suele aprovechar que el

grupo amino puede actuar como nucleófilo (frente a la menor nucleofilia
de los N que forman parte de los enlaces amida).
 Mejora en la secuenciación de
péptidos: degradación de Edman y
secuenciación automatizada.

La degradación de Edman (P. Edman) permite el análisis secuencial

y automatizado de péptidos basada en un método estándar para
analizar el residuo N-terminal, simplemente empezando por el
extremo N-terminal y continuando hacia el C-terminal, identificando
un aminoácido detrás de otro.
 Ejercicio
 Se tienen dos formulaciones de suplementos proteicos cuyo análisis
por HPLC dio el perfil de aminoácidos que se da a continuación.
Asumiendo que las muestras son 100% proteína, calcule:
 El contenido de cada aminoácido
 Si las formulaciones son destinadas a un suplemento alimenticio que
debe ser rico en aminoácidos esenciales y en aminoácidos
ramificados, ¿qué formulación es mejor?
 Con base a lo visto en la clase anterior, qué ventajas y desventajas
tendría cada una de las formulaciones si: son derivadas de un cultivo
celular, son producidas por levaduras?
 Si la separación del producto se hace mediante precipitación, que pH
sería el adecuado para hacerlo.

35
 T retencion 47 48 21 69
A
Area 200 125 300 100

T retencion 21 40 88
B Area 200 375 150

36
Pruebas cualitativas

37
 Prueba aminoácidos azufrados

Prueba Ninhidrina

38
Estructura secundaria

La estructura secundaria es la disposición de la secuencia de

aminoácidos o estructura primaria en el espacio.

Los aminoácidos, a medida que van siendo enlazados durante la

síntesis de las proteínas, y gracias a la capacidad de giro de sus
enlaces, adquieren una disposición espacial estable, la estructura
secundaria.

Son conocidos tres tipos de estructura secundaria: la α-hélice, la hélice

de colágeno y la conformación β o lámina plegada β. La estructura
secundaria de la cadena polipeptídica depende de los aminoácidos que
la forman.

39
 Estructura secundaria

 Las interacciones no covalentes entre los restos laterales de los

aminoácidos dan origen a la estructura secundaria.

 Esta conformación viene dada por puentes de hidrógeno de la cadena

principal.

 La estructura secundaria puede ser:

 Conformación ɑ (Hélice)
 Conformación β (Hoja plegada) Conformación β

Conformación ɑ

40
α-hélice

• Estructura en forma de bastón.

• Los restos laterales de los

aminoácidos se ubican de forma
perpendicular al eje de la hélice.

• Los enlaces puente de hidrógeno se

establecen entre el hidrógeno unido
al nitrógeno y el oxígeno del grupo
carboxilo.

41
Conformación-β

• Son estructuras flexibles que no se pueden estirar.

• Los restos laterales se ubican hacia arriba y hacia abajo del plano de las
hojas.
42
 Conformación-β

• Los aminoácidos forman una cadena en forma de zigzag.

• No existen enlaces de hidrógeno entre los aminoácidos próximos de la

cadena polipeptídica. Si existen enlaces de hidrógeno, en los que participan
todos los enlaces peptídicos, dando una gran estabilidad a la estructura.

• Las dos cadenas se pueden unir de dos formas distintas; paralela y

antiparalela. Esta última es un poco mas compacta y aparece con mayor
frecuencia en las proteínas.

• Si la cadena con conformación β se repliega sobre si misma, se pueden

establecer puentes de hidrógeno entre segmentos, antes distantes, que ahora
han quedado próximos. Esto da lugar a una lámina en zigzag muy estable
denominada β-lámina plegada. Esta estructura también se puede formar
entre dos o mas cadenas polipeptídicas diferentes.

43
Conformación-β

ANTIPARALELA

PARALELA

44
 α-hélice Conformación-β

Limitada por la carga de Favorecida por

los grupos adyacentes aminoácidos cortos
(Ala ,Gly)
Ejercicio
 Se aisló y purificó una proteína desconocida de un
insecto. La composición de aminoácidos es la siguiente
Aminoácido Porcentaje en peso
Gly 45
Ala 30
Ser 12
Tyr 5
otros 8

Cuál es la estructura secundaria esperada

Puede hacer predicciones de su función biológica
Será soluble en agua?
 Estructura terciaria
 La conformación terciaria de una proteína
globular es la conformación
tridimensional del polipéptido plegado.

 Las interacciones que intervienen en el

plegamiento de la estructura secundaria
son:
 Interacciones hidrofóbicas entre
restos laterales no polares.
 Uniones de Van der Waals.
 Puentes de Hidrógeno.
 Interacciones salinas.
 Puentes Disulfuro.

 Las funciones de las proteínas dependen

del plegamiento particular que adopten.

 Esta estructura está altamente

influenciada por la estructura primaria.

47
 Estructura terciaria

• Es disposición espacial de la estructura secundaria de un polipéptido al

plegarse sobre sí misma originando una conformación globular.

• La conformación globular en las proteínas facilita su solubilidad en agua y en

disoluciones salinas. Esto les permite realizar funciones de transporte,
enzimáticas, hormonales, etc

• Las conformaciones globulares se mantienen estables por la existencia de

enlaces entre los radicales R de los aminoácidos.

Lámina β

Hélice α

48
 Residuos Residuos
hidrofóbicos polares

49
 Enlaces de hidrógeno en estructura terciaria
H
CH2 HO CH2 Y
Aceptores
HN N H HO CH S,T
R
Donadores
H
H N CH2 K
H
C,M CH2 S H
R H
N NH R
H C
NH2+
O H
E,G,N,Q C H O
R N C N,Q
H
Enlaces covalentes en estructura terciaria: disulfuro

S
 Enlaces covalentes en estructura terciaria: amida

H H N
H N
C O
D,E N
K
C
O C
O N H
N H
O C
R
R
C O
H N
H N
C O
R
 Interacciones que
intervienen en el
plegamiento de la
estructura terciaria

53
• En los tramos rectos, la cadena polipeptídica posee estructura
secundaria de tipo α-hélice o β-lámina

• En los codos o giros presenta secuencias sin estructura precisa.

• Existen combinaciones estables, compactas y de aspecto globular de α-

hélice y conformación-β que aparecen repetidamente en proteínas
distintas.

• Reciben el nombre de dominios estructurales y cada dominio se pliega

y se desnaturaliza casi independientemente de los demás.

• Evolutivamente, se considera que los dominios estructurales han servido

como unidades modulares para constituir diferentes tipos de proteínas
globulares.

• Los distintos dominios suelen estar unidos por zonas estrechas o

«cuellos», lo que posibilita un cierto movimiento rotacional. Así, al
separarse dos dominios, permiten la introducción de la molécula de
sustrato y, al acercarse, la fijan para actuar sobre ella.
54
Funciones de los Dominios:

A menudo un dominio realiza una función especifica y separada para la

proteína:
- Enlaza a un pequeño ligando
- “Atravesar” la membrana plasmática
- Contiene el sitio catalítico (enzimas)
- Enlazar al DNA (en factores de transcripción)
- Provee una superficie para enlazarse
específicamente a otra proteína.

55
 Estructura cuaternaria

1. La estructura cuaternaria es la unión mediante

enlaces débiles (no covalentes) de varias cadenas
polipeptídicas con estructura terciana, idénticas o
no, para formar un complejo proteico.
2. Cada una de estas cadenas polipeptídicas recibe
el nombre de protómero (subunidad o monómero)
3. Según el número de protómeros que se asocian.
las proteínas que tienen estructura cuaternaria se
denominan:
• Dímeros, como la hexoquinasa.
• tetrámero como la hemoglobina.
• Pentámeros, como la ARN-polimerasa.
• Polímeros, cuando en su composición
intervienen gran número de protómeros.
(cápsida del virus de la poliomielitis, que
consta de 60 subunidades proteicas, los
filamentos de actina y miosina de las células
musculares, etc).

56
 Estructura cuaternaria

 Las interacciones que estabilizan esta

estructura son en general uniones débiles:

 Interacciones hidrofóbicas.
 Puentes de hidrógeno.
 Interacciones salinas.
 Fuerza de Van der Waals.
 En algunas ocasiones puede haber enlaces
fuertes tipo puentes disulfuro, en el caso de
las inmunoglobulinas.

57
 El uso de subunidades menores para construir grandes estructuras
presenta varias ventajas:

• Reduce la cantidad de información genética necesaria.

• El ensamblaje y la disgregación se controlan fácilmente, ya que las

subunidades se asocian por enlaces débiles.

• Los mecanismos de corrección pueden excluir durante el ensamblaje las

subunidades defectuosas, con lo que disminuyen los errores en la
síntesis de la estructura.

Se pueden distinguir dentro de las estructuras cuaternarias dos tipos:

• Homotípicas: Las cadenas polipeptídicas son idénticas o casi idénticas.

• Heterotípicas: Las subunidades poseen estructuras muy diferentes.

58
 Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

Combinación Hélice Interacciones Subunidades iguales

ilimitada de
aminoácidos. grupos R
Hoja Plegada Subunidades distintas

Puente de Hidrógeno,
Unión Puente de Interacciones hidrofóbicas, Fuerzas diversas no
Peptídica Hidrógeno salinas, electrostáticas. covalentes.

Secuencia Conformación Asociación

59
Desnaturalización y renaturalización

Consiste en la pérdida de todas las estructuras de orden superior

(secundaria, terciaria y cuaternaria) quedando la proteína reducida
a un polímero con estructura primaria.

Consecuencias inmediatas son:

- Disminución drástica de la solubilidad de la

proteína, acompañada frecuentemente de
precipitación

- Pérdida de todas sus funciones biológicas

- Alteración de sus propiedades hidrodinámicas

Agentes desnaturalizantes

I. Físicos

1. Calor. La mayor parte de las proteínas experimentan

desnaturalizaciones cuando se calientan entre 50 y 60 ºC; otras se
desnaturalizan también cuando se enfrían por debajo de los 10 a 15 ºC.

2. Radiaciones

II. Químicos: todos los agentes que rompen interacciones

o enlaces presentes en la estructura nativa de la proteína:

1. Detergentes
2. Urea y guanidina a altas concentraciones
3. Altas concentraciones de sal y extremos de pH
4. Reactivos de grupos -SH
 Agentes desnaturalizantes
NH2
HOCH2 CH2 SH
C O Urea
2-mercaptoetanol
NH2
CH2 SH
HOCH NH2
C NH Guanidina
HCOH
NH2
CH2 SH
Ditiotreitol (DTT)
O
O S O-
O
Dodecilsulfato sódico (SDS, laurilsulfato)