Dinámica genómica evolutiva

de los peruanos antes,

durante y después del Imperio
Inca
Autores: Expositores: Citation: Harris D, Song W, Shetty A, et al.
• Harris, D • Ruiz Pérez, Evolutionary genomic dynamics of
• Song, W • Sánchez Villagaray, Peruvians before, during, and after the Inca
• Shetty, A • Sevillano Jimenez, Empire. PNAS. 2017; 115(28): E6526–E6535
• Levano, K • Urbano Soto
• Et al.
 INTRODUCCIÓN

Separación de las Rothhammer y Dillehay

poblaciones de Asia Oriental Presentan 3 rutas principales:
Los nativos americanos entraron en Trifurcación de Panamá y se separa
un periodo de aislamiento en en los Andes, la Amazonía y Regiones
Beringia durante 10.000 años. Costeras

Poblamiento de América
Skoglund y Reich
del Norte y del Sur La división inicial se
Poblamiento de las Américas En Monte Verde (sitio produjo alrededor de
Comenzó cuando la población arqueológico más antiguo) al ambos lados de los
ancestral de los nativos Sur de Chile, tardaron entre Andes, siendo
americanos divergieron de los 1000 a 2000 años y aunque colonizados desde el lado
asiáticos orientales hace 23.000 fue en un periodo corto aún costero.
años. siguen existiendo dudas.
 Conquista Española
Mezcla entre nativos americanos e
individuos con ascendencia europea Perú fue originalmente
y africana dando lugar al mestizo poblado entre 11684 y 12915
moderno o a la ascendencia años
predominantemente mezclada.

Principal civilización Proyecto del genoma Nos hace entender la

Imperio Inca: peruano historia evolutiva de
- Cambios demográficos Para empezar a construir la la región peruana y
- Reducción de la población historia genética de las
por la conquista española
las necesidades
poblaciones peruanas se
(siglo XVI) analizó: médicas genómicas
- Pandemias masivas - Datos de secuencia del para las poblaciones
Tuvieron profundo impacto en genoma completo de alta de ascendencia
los patrones de flujo genético cobertura nativa americana en
de los peruanos. - Datos de la matriz de todo el mundo.
genotipos
 RESULTADOS

● 13 poblaciones peruanas (mestizos de Amazonas, Andes y Costa).

● Panel de diversidad del Genoma Humano genotipado en la

matriz de orígenes humanos y el proyecto 1000 genomas fase 3
para variación genética nativa americana y global.

● Encontramos 7 grupo de ADMIXTURE (3 fuentes continentales del

viejo mundo y 4 grupos nativos americanos) los cuales representan
ascendencia amazónicas, andinas, centroamericanas y costeras.

● Todos los individuos secuenciados tienen haplotipos

mitocondriales nativos americanos y 103 (59 secuenciados)
estimaciones de ascendencia nativa americana al 99%.

● Los machos europeos fueron la principal fuente de mezcla

europea con los nativos americanos / las únicas poblaciones
peruanas que tienen que tienen una proporción del componente
centroamericano están en la Amazonía (Erick Homburger).

● El ASPCA se realizó dentro de orígenes ancestrales continentales

distintos, el componente de ascendencia europea y africana de
los genomas peruanos proviene predominantemente de
poblaciones españolas y de África Occidental.
 Biogeografía en Perú
ASPCA

Recapitula las ubicaciones No agrupan la secuenciación

geográficas correspondientes del genoma completo (WGS)
de las muestras dentro del Determina la ni las muestras de matriz
Perú y la ubicación de las región geográfica basadas en la tecnología.
muestras dentro de América de estas
Central y del Sur poblaciones
basándose
únicamente en su
genética
Fundación del Perú
Mezcla de Nativos Americanos en Poblaciones
Mestizas. - HIPÓTESIS - los grupos mestizos tienen una mezcla entre
múltiples fuentes de nativos americanos peruanos
Pregunta adicional - ¿cuándo se produjo la mezcla
entre diferentes poblaciones nativas americanas en
la historia peruana?
 Se evaluó la distancia genética entre cada par de individuos peruanos mediante el análisis de identidad por pares (IBD).
Dado que el tiempo de generación del ancestro común más reciente entre dos individuos tiene una relación inversa con la
longitud de los segmentos de IBD compartidos entre sus genomas, se utilizó los segmentos de IBD compartidos para inferir la
relación individual en diferentes períodos de tiempo en la historia peruana se centro el análisis en la transición entre
civilizaciones preincas, el Imperio Inca y el dominio colonial español basado en el enriquecimiento de ciertas longitudes de
segmentos de IBD, y se combinó aún más con sus ancestros comunes a través del genoma de estos períodos de tiempo.
Antes del Imperio Inca (segmentos de IBD de 5–7,8 cM, alrededor de 1116–1438 d. C.), todas las poblaciones de los Andes se
agrupan. Durante el Imperio Inca (segmentos de IBD de 7.8–9.3 cM, alrededor de AD 1438–1532), identificamos separaciones
claras entre cuatro poblaciones de nativos americanos. Las Chopccas están en el centro de este patrón y mantienen
conexiones directas o mediante grupos mestizos con todas las demás poblaciones peruanas. Durante el período de tiempo
asociado con el Virreynato del Perú (segmentos de IBD de 9.3-21.8 cm, alrededor del año 1532-1810 d. C.), las poblaciones
de nativos americanos todavía están estrechamente conectadas, pero las Chopccas ya no son el conector intermedio
principal. Esto es consistente con la observación histórica de que la ubicación del dominio cultural se alejó de los Andes
hacia la costa y las principales ciudades. Además, los individuos mestizos comparten segmentos de IBD con múltiples
poblaciones nativas americanas. Por lo tanto, estos patrones durante los períodos de tiempo del Imperio Inca son
consistentes con el resultados GLOBETROTTER y brindan más apoyo para que las poblaciones mestizas compartan ancestros
de múltiples grupos de nativos americanos. Después de la independencia peruana (IBD ≥21.8cM, aproximadamente
AD1810AD hasta el presente), hubo menos individuos mestizos que compartieron segmentos de IBD con grupos de nativos
americanos, lo que indica que las poblaciones nativas americanas y mestizas se aislaron durante este tiempo. Estos
resultados de la IBD muestran que la mezcla entre las poblaciones de nativos americanos en los grupos mestizos comenzó
antes de la llegada de los españoles en el año 1532.
Tiempo de mezcla europea en poblaciones mestizas – HIPÓTESIS -
las personas que emigraron como resultado de la dinámica dentro del Imperio Inca y el dominio
colonial español tenían más probabilidades de mezclarse más tarde con las personas de ascendencia
española

 Para investigar más esta hipótesis, se usó TRACTS para estimar los principales eventos de mezcla entre los
ancestros europeos, africanos y nativos americanos que ocurrieron entre ∼AD 1836 y 1866. Esto sugiere
que la mayoría de la mezcla entre los españoles y los nativos americanos no ocurrió hasta
aproximadamente 300 años después de que España conquistó el Perú, lo que es consistente con lo que
otros han encontrado para América del Sur y puede corresponder a los cambios sociopolíticos de la
guerra peruana de independencia que ocurrió entre 1810 y 1824 dC. Tomado junto con nuestros
resultados de IBD, la mezcla entre grupos de nativos americanos probablemente ocurrió antes de la
Independencia peruana, y esa mezcla posterior entre europeos y estas mismas poblaciones nativas
americanas mezcladas condujo a los grupos mestizos modernos. Además, probamos estas
observaciones utilizando el método de IBD específico de ascendencia (ASIBD), que calculamos para
todas las muestras peruanas mediante la intersección de las llamadas tradicionales de IBD con
inferencias de ascendencia local. Para eliminar las influencias de los ancestros europeos y africanos
compartidos recientemente, nos centramos exclusivamente en los componentes genómicos de los
nativos americanos. El análisis ASIBD revela que los grupos mestizos son más propensos a compartir
segmentos de IBD con múltiples poblaciones nativas americanas de diferentes regiones geográficas en
todas las longitudes de segmento IBD que probamos (P <0.001). También observamos un flujo de genes
más reciente en las poblaciones peruanas de América Central, ya que estos dos grupos comparten
segmentos ASIBD predominantemente grandes, lo que también es consistente con nuestros resultados
de ADMIXTURE.
Diversidad genética e implicaciones clínicas
para las poblaciones de ascendencia nativa
americana.
 Dinámica de la migración en el Perú.
 Estas estimaciones de baja diversidad genética para las poblaciones americanas nativas y su conexión
mínima en las redes de IBD recientes también sugieren que las poblaciones nativas americanas están aisladas
y, por lo tanto, reciben un flujo genético externo mínimo. Este aislamiento se ve respaldado por nuestras
estimaciones de patrones de migración, que muestran una baja migración para las poblaciones nativas
americanas, y está de acuerdo con las observaciones previas de la diversidad genética genética. Además,
estos resultados son sólidos para las mezclas europeas y las exclusiones de las poblaciones individuales, con
dos excepciones. Primero, los Moches existen en un área de alta migración, pero esto cambia a un área de
baja migración cuando las muestras de Trujillo se eliminan del modelo. Por lo tanto, esto respalda la idea de
que Trujillo recibió más flujo de genes de otras poblaciones y los Moches no, lo que es consistente con nuestra
conclusión de baja migración y flujo de genes externo mínimo para las poblaciones de nativos americanos. En
segundo lugar, la eliminación de Lima representa una complicación notable para este patrón, ya que
aparece una ligera barrera de migración entre los Andes y la costa. Esto sugiere que Lima es un intermediario
crucial para la migración observada entre la costa y los Andes. Como nuestro análisis de migración no puede
indicar la direccionalidad de la migración, desarrollamos un enfoque alternativo basado en estimaciones de
ascendencia de escala fina entre las poblaciones mestizas para dar la proporción de contribuciones
genómicas originadas en otra región geográfica en la región local vs. opuesto. Encontramos la indicación de
migración asimétrica de los Andes a la costa donde la proporción de ascendencia andina que existe en los
individuos mestizos costeros es 4.6 veces mayor que la ascendencia costera que existe en los individuos
mestizos de los Andes (P = 0.038). Otras migraciones son del Ande al Amazonas (ratio = 6.3, P = 0.001), y de la
costa al Amazonas (ratio = 2.2, P = 0.002). Estos resultados sugieren que la dirección principal de la migración,
al menos en términos de individuos mestizos, es el descenso de las montañas de los Andes hacia las ciudades
en la costa y el Amazonas de menor altitud.
DISCUSION
 Antes de la independencia del Perú

 Se inició antes del Imperio Inca debido a los grupos americanos nativos y mestizos que
comparten segmentos con el que corresponden al tiempo que el Imperio Inca
 Los recientes patrones de migración dentro de Perú se centraron en el Imperio Inca y
los conquistadores españoles.
 También observamos que no hay migración asimétrica entre estas regiones con la
mayor parte de la migración de estar en el descenso de los Andes hacia las ciudades
de la Amazonía y la costa.
 Presenta una topografía global de la migración en el Perú que es representativa de
todos los rangos de tiempo desde el poblamiento inicial de la región
 Después de la independencia del Perú

 Atribuyen este migración a la influencia de la conquista europea

 Se demuestra que se produjo migración entre las tres regiones geográficas, aunque
en formas asimétricas de los Andes a otras partes del Perú, así como desde la costa
hasta la Amazonía
 Apoya nuestro modelo que el Imperio Inca y el dominio colonial español crearon
estas poblaciones diversas como resultado de una mezcla entre varias estirpes
estadounidenses Nativos, que luego llegaría a convertirse en las modernas
poblaciones mestizas
Dinámicas evolutivas

 Presentados de pueblo peruano proporciona una visión de la salud pública genética

 Es debido a la baja diversidad genética global de ambas poblaciones americanas
nativas y mestizas
 Es un patrón que se observa en todo el mundo y ha sido ampliamente documentada
en poblaciones aisladas del Viejo Mundo.
Métodos
1.RECOLECCION aprobado The Research y comité
Ético del Instituto Nacional
1. Consentimiento
Informado de la
DE DATOS de Salud del Perú comunidad nativa
americana o mestiza

2. Consentimiento
Informado

1. Lugar de nacimiento del

Los participantes de cohortes
participante y el de sus padres y de nativa americana
abuelos
2. Sus apellidos (región) • Matzes
• Uros
3. Edad
• Afroperuvianos
Los participantes de cohorte mestizas • Chopccas
CRITERIOS
fueron reclutados de las ciudades de • Mocher
Iquitos, Puno, Cuzco, Trujillo y Lima • Q’eros
• Nuahuas
• Matsiguenka
 2. Preparación de datos genómicos

 150 nativos americanos y mestizos.

 Los individuos peruanos fueron secuenciados a un promedio de 35 x cobertura en Plataforma Illumina
HiSeqX10 del New York Genome Center (NYGC)
 Siguieron una secuenciación donde las lecturas se alinearon a hg19 duplicados y marcados con Picard
MarkDuplicates
 Se utilizo GATK UnifiedGenotyper para identificar conjuntamente el conjunto de todos los nucleótidos bialelicos
individuales variantes (SNV) que descubrieron en el genoma nuclear y mitocondrial de cada individuo
 Se utilizo el programa Haplogrp para determinar el haplogrupo mitocondrial de las 150 muestras unificadas
mitocondriales.
 130 individuos mestizos nativos y americanos y fueron genotipado en un chip Illumina de 2.5M.
 La población de 280 personas peruanos nativos americano y mestizos se creo un conjunto de datos para
eliminar todos los sitios de A-T y G-C para analizar las cadenas de ADN
 Se ejecuto el KING para determinar la relación adicional en el conjunto de datos combinados y para
determinar el numero optimo de individuos con parentesco
 3. ASPCA

 Se realizo el ASPCA PCADmix para los marcadores de acuerdo con su frecuencia de alelos
y desequilibro de ligamento con umbrales predeterminados
 Luego, ASPCA pero en base a los restantes 100.202 marcadores
 Para reducir el error de ASPCA en muestras generalmente pequeñas
1. > o igual al 30% ascendencia europea
2. > o igual al 10% de ascendencia africana
3. > o igual al 50% de ascendencia nativa americana.
 4. CROMOPAINTER y GLOBETROTTER.

 El cromopainter exploran utilizando datos de SNV de haplotipos muestreados en múltiples

poblaciones y reconstruye series de genomas en individuos con receptor de fragmentos genéticos
de posibles donantes
 El grupo de donantes contenía 47 poblaciones : 1 .Europeos 2. Africano 3. Nativo Americanos 4.
Asiáticos 5. Oceánico
 Estas poblaciones tenían que tener mas de dos muestras para evitar la espuria estimación de
ascendencia (excepto para las poblaciones peruana de Marsiguenka y Nahua) ya que ellos solo
tienen dos muestras y representan variación en la que están muy unidos. Las seis poblaciones
mestizas peruanos son tratados como receptores
 Se utilizaron los parámetros “constante de escala de recombinación” y “tasa de mutación del sitio”
donde se escogió cromosomas al azar (1,2,6,10,16) dando resultado de parámetros 225.08 y 0.00073
de individuos donantes y receptores
 El globotrotter estima las contribuciones ancestrales de diferentes poblaciones de donantes en
población receptora con información de ADN y se lograra describir la estructura de la población
 5. Migración direccional para
poblaciones mestizas

 Para entender la dirección de migración dentro del Perú, se definió un parámetro donde A y B son
poblaciones mixtas objetivo de dos regiones geográficas diferentes. a y b corresponden a la
ascendencia nativa de origen americano de estas dos regiones
 Se utiliza GLOBETROTTER
 Las tres regiones geográficas son:
1. Amazon (objetivo mestizo: Iquitos Fuente Nativa: Matsiguenka. Marzes y Nahua)
2. Costa (objetivo mestizo: Trujillo y Lima Fuente Nativa: Moches)
3. Los andes (objetivo mestizo Cuzco y Puno Fuente Nativa: Chopccas, Q’eros y Uros)
* Se encontró que parte de los andes (cuzco y puno) comparten genomas con Moches
 6. Análisis de árboles

 Todos los individuos identificados como ≥99% de ascendencia nativa americana, a través del análisis
ADMIXTURE el YRI, CEU y CHB
 Proyecto 1000 Genomas se extrajeron de la combinación final conjunto de datos y aplica los mismos
filtros que en el análisis de parentesco
 Se construyó un árbol usando TreeMix v1.12 sobre 500 bootstraps, con el YRI establecido como la raíz
del árbol y el clúster establecido en 1 SNV. Utilizamos PHYLIP árbol de consenso
 Luego usó MEGA para trazar el árbol de consenso.
 Modelo de migración y diversidad de EEMS

 Para crear un modelo contemporáneo de migración y diversidad en Perú, utilizamos superficies de

migración efectivas estimadas
 Proyecto del Genoma Peruano y las muestras de HGDP se encontró que Perú, Bolivia, Colombia y
Brasil con <1% de ascendencia africana.
 También se realizo EEMS en individuos con ≥99% de nativos de ascendencia estadounidense, eliminó
a Lima del análisis EEMS original para revelar cualquier efecto que la mezcla europea tuviera en
nuestro modelo.
 Se logro ejecutar modelos EEMS en todas las personas con <99% de ascendencia nativa americana;
sin embargo, las topografías de migración resultantes no era modelo de ascendencia optimo.