Curso Académico 2009-2010

Departamento de Bioquímica y Biología Molecular

Facultad de Veterinaria
Campus de Lugo

AMINOACIDOS Y PROTEINAS
Estructura convencional de un aminoácido
Son moléculas simples caracterizadas por poseer un grupo amino y un grupo ácido.
Algunos aminoácidos son los constituyentes de las proteínas.
Además verifican otras funciones como ser neurotransmisores y precursores
de otras biomoléculas

- Los aminoácidos constitutivos de las

proteínas:
-Unidos a un mismo carbono asimétrico
o carbono : Grupo amino.
Grupo carboxílico.
Un grupo lateral R.
Estereoisomería
Ambas formas constituyen un tipo
de estereoisómeros denominados
ENANTIOMEROS.
Serie L. grupo amino  hacia la izda.
Serie D. grupo amino  hacia la dcha.
La existencia del carbono asimétrico
central o carbono  hace que las
moléculas de aminoácido sean
ópticamente activas.
La pertenencia a las series D o L se hace
en base a la posición del grupo amino
respecto a Ca. Si los aa son d o l la clasificación
se realiza respecto hacia donde hacen girar el
plano de la luz polarizada.
(No todos los L-aa son levógiros)
Son imágenes especulares de los
aminoácidos.
La gran mayoría de los aminoácidos
naturales son L-aa.
Los aminoácidos pueden ser:
proteinogénicos
derivados de proteinogénicos
no proteinogénicos

Aminoácidos presentes en las proteínas (Proteinogénicos)

Los aminoácidos se clasifican de acuerdo a las propiedades polares,
o a la carga eléctrica parcial de su grupo R (condiciona la solubilidad):

- aminoácidos con grupos R no polares alifáticos

- aminoácidos con grupos R polares sin carga

- aminoácidos con grupos R aromáticos

- aminoácidos con grupos R cargados positivamente

- aminoácidos con grupos R cargados negativamente

Aminoácidos
presentes en
las proteínas
Aminoácidos con grupos R no
polares alifáticos Grupos R apolares o
hidrofóbicos
Prolina
La conformación
de su grupo R
confiere una
rigidez notable a
la estructura de
las proteínas de
las que forma
parte reduciendo
la flexibilidad
estructural
 Aminoácidos con grupos R polares sin carga

Los grupos R confieren a estos aa

mas solubilidad en agua, puesto
que pueden formar puentes de
hidrógeno con el agua.

Serina: Grupo alcohol

Treonina: Solubilidad por el hidroxilo.
Cisteina: Grupo sulfidrilo
Asparagina: Grupo amino
Glutamina: Grupo amino.
 Aminoácidos con grupos R
aromáticos

Cadenas laterales de carácter aromático y

apolar. Intervienen en interacciones hidrofóbicas

Absorben luz ultravioleta:

Característico de las proteínas (280 nm)
 Aminoácidos con grupos R cargados
positivamente
Aminoácidos básicos

Carga neta positiva a pH 7.0

Lisina: grupo amino primario adicional

en la posición e de la cadena alifática

Arginina: posee un grupo guanidinio

Cargado positivamente.

Histidina: Posee un grupo imidazol

Todos poseen 6 átomos de carbono

 Aminoácidos con grupos R
cargados negativamente

Tienen un segundo grupo carboxilo

El grupo R posee una carga

neta negativa a pH 7.0

Aminoácidos ácidos
Aminoácidos presentes en las proteína
modificados después de la traducción
Aminoácidos no proteicos

L-DOPA

Creatina

Carnitina

Taurina
 Propiedades ácido-base de los aminoácidos

Todos los aminoácidos tienen al menos dos grupos ionizables y por eso su carga eléctrica depende del
pH del medio. Los grupos COOH en el carbono  son más ácidos que los ácidos monocarboxilicos
simples. El grado de basicidad del grupo -amino también es diferente.
Propiedades ácido-base de los aminoácidos

+
pI
Enlace peptídico, péptidos y proteínas

Para formar los péptidos y proteínas, los aminoácidos se unen mediante un tipo de
enlace denominado “enlace peptídico” o “enlace amidico”. En el interviene el grupo
carboxilo del primer aminoácido y el grupo amina del segundo.
Enlace peptídico

Se forma por eliminación de una moléculas de agua procedente de la reacción del

grupo carboxilo de un aminoácido (1) y el grupo amino de otro (2).

Es una reacción de condensación.

La reacción NO está favorecida en el sentido de producir del dipeptido
El enlace peptidico genera una estructura planar muy rígida en torno
a la cual no existe libertad de rotación.
Si existe posibilidad de rotación entorno a los carbonos 
¿Que diferencias hay entre péptidos y proteinas?

- Polipéptidos poseen masa molecular inferior a 10000 daltones

- Proteínas poseen masa molecular superior a 10000 daltones

Insulina humana

glucagon
 Gly Ala Ser Asp Phe Val Tyr Cys

Grupo amino-terminal

Nomenclatura de los péptidos

Grupo carboxilo-terminal
 Nomenclatura de los péptidos y las proteinas

Gly Ala Ser Asp Phe Val Tyr Cys

Gly Ala Ser Asp Phe Val Tyr Cys

Amino-terminal Carboxilo-terminal

NH3+-Gly-Ala-Ser-Asp-Phe-Val-Tyr-Cys-COOH

Define la estructura primaria del péptido o la proteína: Orden consecutivo de los

aminoácidos partiendo de aquel que aporta el amino terminal y finalizando con
el portador del carboxilo terminal.
Estructura de las proteínas

La variedad de estructuras de proteínas puede ser infinita :

La media tiene 300-400 aa y una masa molecular entre 30 y 45 kDa.

Una proteína de 300 aa puede poseer 20300 combinaciones de aa.

La primera proteína secuenciada fue la Insulina (Sanger).

En la actualidad se conoce la secuencia de 10.000 proteínas:

E. coli contiene del orden de 3.000 proteínas diferentes

H. sapiens fabrica alrededor de 100.000 proteínas.

Estructura de la
insulina

F. Sanger
 Propiedades ácido-base de los péptidos y las proteínas

- La carga eléctrica de una proteína depende de las cargas de las cadenas R de los
aminoácidos que conforman la proteína o el péptido.

- En ningún caso la carga de los grupos amino y carboxilo implicados en el

enlace peptídico están implicadas en el comportamiento de la molécula.

- Los grupos amino terminal y carboxilo terminal están implicados en la carga

eléctrica general de la molécula pero en un menor grado.

- La carga de los grupos R de las distintas proteínas van a estar condicionadas

por el pH del medio y van a condicionar a su vez las interacciones entre los
diversos tramos de estructura primaria de la proteína.
PROTEINAS

Funciones: Catalítica Enzimas

Transporte Hemoglobina, Albúmina, Ligandos
AlmacenamientoOvoalbúmna, Gluten, Caseína
Estructural Colágeno, Queratinas
Motoras Actina, Miosina, Tubulina
Defensiva Inmunoglobulinas, Trombina, etc…
Señalización Hormonas, Factores de crecimiento
Receptores Rodopsina, Acetilcolina, Insulina,

Nomenclatura: - Albúminas : Solubles en agua. Albúmina. Enzimas

- Globulinas: Solubles en soluciones salinas. Inmuno-
globulinas
- Prolaminas: Insolubles an agua
- Glutelinas: Solubles en acido/base diluidas
- Protaminas: 80% Arginina
- Histonas: 90 % Arg, Lys o His
- Escleroproteinas: Insolubles en agua. Colageno.
Queratinas
ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura primaria de una proteína
Secuencia lineal de los aa.

Grupo carboxilo
terminal

Grupo amino
terminal
Estructura secundaria de las proteínas
- Disposiciones regulares y repetitivas en el espacio de aminoácidos
adyacentes en una cadena polipeptídica
Son generadas por enlaces de Hidrógeno

- Hélice Hoja plegada

ESTRUCTURA SECUNDARIA EN -HELICE
. El péptido se ordena en torno a un eje lineal
. Es como un cilindro rígido
. Los grupos R se orientan hacia fuera
. 3.6 aa por cada giro
. El paso de rosca mide 0,54 nm
. La hélice gira en el sentido de las agujas
de un reloj
. ¼ de la estructura de las proteínas globula-
res se orienta como -hélice
ESTRUCTURA SECUNDARIA EN HOJA PLEGADA O CONFORMACION B

Características

Hoja plegada en zig-zag lineal

Estabilizada por enlaces de Hidrógeno
Grupos R hacia el exterior de la hoja
Estructura mucho mas rígida
MOTIVOS DE REPETICION

- Para -hélices

-hélice que puede atravesar

una bicapa lipídica: Hay interacción
entre los grupos R hidrofóbicos y los
ácidos grasos de la bicapa.

- Para conformaciones 

Meandro-: Hojas plegadas antiparalelas

unidas mediante vueltas cortas.

: Hojas plegadas paralelas

conectadas por hélices
Proporción de los distintos aminoácidos
en distintas estructuras secundarias.
Dominio

Es un nivel de estructura intermedio entre la estructura secundaria

y la terciaria.

-Se trata de una región compacta, que constituye una unidad estructural particular
en el ámbito de una cadena polipeptídica mayor.
- Los dominios se pliegan independientemente dando lugar a estructuras
termodinámicamente estables.
- Una cadena polipeptidica puede contener varios dominios con funciones
especificas separadas.
 Dominios presentes en distintas proteína quinasa

.
• .
-barriles -sandwich
Estructura secundarias y propiedades de las proteínas
fibrosas

Estructura Características Ejemplos

Triple hélice Resistencia a tensión Colágeno

Hélice , entrecruzada Estructuras protectoras -queratinas

mediante enlaces
disulfuro

Conformación  Filamentos suaves y flexibles Fibroina (seda)

Estructura del Colágeno . Se encuentra en el tejido conjuntivo formando parte
de tendones, cartílagos y la matriz orgánica de
huesos y cornea de los ojos.
. Es una hélice levógira mas extendida que la -hélice
y con tres residuos de aa. por vuelta.

Rico en Glicina (30%) y

Prolina y sus derivados
hidroxilados (20%)

No está estabilizada por enlaces de hidrógeno sino

que la estructura se estabiliza por la superposición
de tres hélices que gira hacia la derecha
Estructura de la fibra de colágeno
30% Gly . El empaquetamiento se produce mediante
11% Ala Gly-X-Y enlaces covalentes entre residuos de Lisina
y Hidroxilisina o Prolina e hidroxiprolina.
20% Pro y 4,OHPro

- Los restos de Hidroxilisina e hidroxiprolina se forman después de la biosíntesis del

Colágeno mediante lo que se denomina una modificación postraduccional.
- Cuantos mas enlaces covalentes mayor rigidez de la fibra (Aumentan con la edad).
Estructura de la fibra de colágeno
Biosíntesis de colágeno
-QUERATINAS
- Forman estructuras del pelo, uñas, cuernos, cascos, pezuñas, etc..
- Es un componente importante del citoesqueleto.
- Rica en aminoácidos básicos: Lisina, Arginina e Histidina.

Dextrógira

Levógira

Enlaces disulfuro
Las hélices de queratina están entrelazadas por numerosos puentes disulfuro,
por lo que son mas estables.

El ondulado o rizado del cabello o lana, se basa en la ruptura de dichos puentes

disulfuro mediante compuestos tiolicos.

La forma al cabello se logra después mediante un secado en caliente pues por

oxidación se forman nuevos puentes disulfuro
Fibroína de la seda
Dos estructuras de hoja plegada antiparalelas ordenadas en numerosas capas superpuestas.
El 80% se compone de Glicina-Alanina-Serina. Son los aa. con grupos R mas pequeños.
Gli-Ala-Gli-Ala-Gli-Ser- es la secuencia mas repetida.
 Estructura terciaria

Es el plegamiento completo en 3D de un péptido o proteína

Se trata de la conformación mas estable de una proteína

Se encuentran implicados enlaces no covalentes:

Enlaces puentes de Hidrógeno

Enlaces de Van der Waals
Enlaces iónicos

Enlaces covalentes:

Puentes disulfuro
 Estructura terciaria de la mioglobina

M. Perutz
 Estructura cuaternaria de las proteínas

Algunas proteínas para llevar a cabo su actividad biológica necesitan

asociarse, de tal modo que la asociación en el espacio de las distintas
subunidades u monómeros generan un conjunto o multímero por medio
de interacciones débiles.
Estructura cuaternaria
La conformación de las proteínas es critica para su función

Desnaturalización: Pérdida de su conformación en 3D.

Pérdida de actividad biológica.

Causas: Cambios en el medio por variación de la Temperatura, pH,

presencia de solventes orgánicos, detergentes, etc.

Renaturalización: Recuperación de la actividad biológica.

 Forma espacial de las proteínas y conformación.

La conformación nativa de las proteínas es la orientación espacial mas

estable desde el punto de vista termodinámico, mediante el menor
gasto de energía.
Las conformaciones mas frecuentes son:
Hélice: Forma espiral
Fibra: Monómeros elongados unidos
Globular: Esferas (1)

La conformación nativa mas frecuente

las enzimas es la globular. Con un bolsillo
erior donde se encuentran los aa. hidro-
bicos y una superficie externa donde
án los aa. polares.
Tipos de conformación

La conformación está garantizada por:

Enlaces no covalentes
Enlaces puente de Hidrógeno
Fuerzas hidrofóbicas e hidrofílicas
Interacciones covalentes: puentes bisulfuro
¿ Como tiene lugar el plegamiento ?

- El proceso tiene lugar de un modo secuencial, de acuerdo a la estructura

primaria que impone las subsiguientes. Cada fase facilita la siguiente.
- Si el proceso tiene lugar desprotegido, las proteínas pueden interactuar
con otras rápidamente o en algunos casos pueden ser degradadas y no
llevar a cabo su función.

Las proteínas que adquieren su conformación que proporciona su actividad

biológica inmediatamente después de su síntesis deben ser ayudadas en su
plegamiento. La protección supone el éxito de su función.

La protección es realizada por unas proteínas especiales llamadas

CHAPERONAS o proteínas de choque térmico.
CHAPERONAS
Mecanismo de actuación de GroEL y GroES
 Relación de la perdida de conformación y la enfermedad
Enfermedad de Creutzfeld-Jacob: Humanos
Enfermedad de las vacas locas

Tanto la proteína nativa como la conformación patológica (Prión)

Poseen la misma secuencia.

B. Anormal PrPSC
A. Proteina normal.
PrPc. 45% Hoja plegada
Insoluble
En su mayor parte Insensible a proteasas
-hélices. Produce agregados en
Es soluble en agua la superficie de las
células que mueren.
 DEGRADACION DE PROTEINAS
(Digestión/Turnover)

Las células contienen mecanismos especializados para digerir proteínas:

- Para recuperar y reciclar proteínas de vida media corta

- Para reconocer y eliminar proteínas dañadas o mal plegadas que
pueden conducir a procesos patológicos

- Algunas proteínas son degradadas en el citosol por la acción de proteasas

que hidrolizan enlaces peptídicos.

- Otras proteínas son degradadas en los lisosomas vía fagocitosis

- Muchas proteínas son degradadas por complejos de enzimas proteolíticos

denominados PROTEOSOMAS mediante un mecanismo conocido por
proteolíisis mediada por Ubiquitina (UMP)
PROTEOSOMAS

- Son grandes complejos multienzímaticos.

- En el hombre existen entre 20000 y 30000 proteosomas.
- Cada proteosoma es un molécula de 2400 kDa constituida por cuatro partes:

1) Una unidad reguladora tapadera que reconoce proteínas ubiquitinizadas.

2) Una base de 4 () anillos de proteína con actividad proteasa (Donuts)
3) Una Tapadera base.

Cada tapadera posee 6 unidades de ATPasa.

 Digestión de proteínas
Comienza con la adición por la célula de Ubiquitina a proteínas que van a ser de-
gradadas.
La Ubiquitina son péptidos de 76 aa. Con secuencia muy conservada.
Ubiquitin ligasas (E1, E2 y E3) ligan la ubiquitina a la proteína a degradar.

La proteína unida a ubiquitina entra en la cámara del proteosoma donde las

proteasas del núcleo rompen los enlaces peptídicos dando lugar a péptidos.
La Ubiquitina se recicla con posterioridad.

Ubiquitina
FUNCIONAMIENTO DEL PROTEOSOMA
Heteroproteinas o Complejos proteicos

Glucoproteinas: Carbohidrato + Proteínas

Receptores de membrana

Nucleoproteínas: Acido nucleico + Proteínas

ADN + Histonas

Lipoproteínas: Lípido + Proteínas

LDL, HDL, VLDL

Estructura de las glicoproteinas
Complejo de Von Willebrand
NUCLEOPROTEINAS:

Histonas
Histonas
Proteínas con secuencias
muy conservadas.
Carga positiva que
compensa la carga negativa del ADN
LIPOPROTEINAS
Lipoproteina HDL
COMPLEJOS MULTIENZIMATICOS

PIRUVATO DESHIDROGENASA

PROTEINAS COENZIMAS
Pirofosfato de Tiamina
Coenzima A
A Piruvato deshidrogenasa 8 dímeros
Acido Lipoico
B Dihidrolipoil transacetilasa 8 trímeros FAD+
C Dihidrolipoil deshidrogenasa 6 dímeros NAD+
COMPLEJOS MULTIENZIMATICOS

ATP-Sintasa