Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
Определения
Методы разделения структуры
на домены
Классификации
Что такое “домен”?
Три определения:
•По функции
•По структуре
•По последовательности
Функциональный домен
(биохимия/биоинженерия)
Активность проверялась по
наличию нативного белка TS (без
вставки интеина)
Результат: белковый сплайсинг сохранялся
в тех случаях, когда удаленный участок не
затрагивал первые 96 и последние 35 а.о.
Интеин
1-181,
416-454
Площадь контакта
доменов не такая уж и
маленькая.
Белок димеризуется
Последовательность интеина консервативна.
PBX-домен и гомеодомен
OAR- домен, обнаруженныйтолько в
некоторых гомеодоменных
транскрипционных факторах
• Консервативность наблюдается
• Функция не установлена
Пример консервативности, которую
трудно характеризовать как домен:
гексапептид антеннапедиа
Структурный домен
(биоинформатика: 3D структуры)
Обособленная в пространстве часть
белка, его структурная единица,
имеющая
ДНК-связывающий домен
P22 репрессор
димеризуется ….
… и связывается с
ДНК
Сайт связывания –
палиндром.
Весь комплекс
обладает (неполной)
симметрией 2го
порядка
ATTTAAGACTTCTTAATT
Домен белка XXX
(жизнь)
• Субъективизм
• Образность
• Традиция
В полимеразах обычно определяют три
домена: fingers, palm, thumb
Product RNA
Thumb
NTP
Palm
Разные определения часто
дают похожие результаты!
Но не всегда…
Парный домен из
транскрипционного фактора
PAX5 человека (PDB 1K78)
19-81A
82-90A
91-142A
Совмещение – по двум
спиралям, всего по14
C атомам
Rmsd = 0.5 Å
Структурные домены парного домена
одинаково расположены на ДНК
Карта локального сходства последовательностей
двух структурных доменов эволюционного домена
PAX/Prd из белка PAX5 человека
Достоверного
сходства
последователь
ностей не
наблюдается
При этом последовательности PAX/prd
доменов консервативны по всех длине
Структурные домены
Методы детектирования
На чем основаны методы
• Домен имеет собственное гидрофобное
ядро (пример: алгоритм DETECTIVE
Swindells, 1995)
• Домен – это часть белка, внутри которой
много контактов аминокислотных
остатков, а между доменами – мало
контактов (пример: алгоритм DOMAK,
Siddiqui&Barton, 1995)
Siddiqui&Barton, 1995:
DOMAK
Сверху – вниз, от целого – к части!
SplitValue=(intA/extAB)*(intB/extAB)
График зависимости
индекса разделенности
от номера граничного
остатка
Деление по остатку 97 (пик на графике)
В алгоритме DOMAK проверяются
следующие разделения на части A и B
Алгоритм
• К полной цепи применяются методы 1 и 2. Выбирается
разделение с лучшим индексом
• К полученным двум доменам применяется та же
процедура. В случае, когда домен состоит из двух
сегментов, применяется также метод 3.
• Алгоритм останавливается в зависимости от пороговых
значений:
– MDS – минимальный размер домена (в числе остатков)
– MSS - минимальный размер сегмента
• Отдельная процедура предусмотрена для сегментов,
длина которых между MDS и MSS
• Найденные домены проверяются на “компактность”;
некомпактные – сливаются в один
Swindells, 1995
DETECTIVE
Снизу – вверх, наращивание частей!
2ACT. ACTINIDIN
(SULFHYDRYL PROTEINASE)
Каталаза Флаводоксин
(C-концевой домен)
Number of Number of
Number of
Class superfamilies families
folds
В последнем релизе
разделен на два домена
http://www.bio.cmu.edu/courses/03231/ProtStruc/ProtStruc.htm
DALI, Distance matrix
ALIgnment
Структурные мотивы
Вторичная и супервторичная
структура домена