ГРАФЫ, СЕТИ, ЛАПЛАСИАНЫ, КРИВИЗНА

РИЧЧИ И ВСЕ ТАКОЕ.

Николай Макаренко, ГАО РАН

Макаренко Николай
ГАО РАН, Санкт-Петербург

«Нелинейная динамика в когнитивных исследованиях-2021»,

20-24 сентября 2021, ИПФ РАН, Нижний Новгород
Любой мозг это сеть.
Любой разум это сеть.
Разум это гиперсеть мозга
(Константин Анохин)
 The Quantitative Comparison Between the Neuronal
Network and the Cosmic Web

F. Vazza,A.Feletti Frontiers in Physics. 2020. v.8. Art.525731

ПЛАН ЛЕКЦИИ
•Дискретное исчисление:интегралы
•Топологический Анализ Данных
•Графы и сети: Как их строить
•Дискретный Лапласиан, Спектры и Кривизна
ИНТЕГРАЛ РИМАНА

Георг Фридрих
Бернхард Риман
(17.09.1826-20.07.1866)
 Curse of
 

Dimensionality

Чу́ дище обло, озо́ рно, 

огро́ мно, стозе́вно и
ла́ яй
 
r2  2  1  0.414...
r3  3  1  0.732...
..............................
1 r10  10  1  2.16  2
n
Vn  Cn r ; Cn   n2
  n 2   1
n 2 3 4 5 ... 2k
Cn  4 3  2 2 8 2 15 ...  k k !  0
ИНТЕГРАЛЫ ЛЕБЕГА

Анри Леон Лебег

(28.06.1875-6.07.1941)

Лекция: Соколов Д.Д. МГУ

https://www.youtube.com/watch?
v=3Pb4UpiGkPA
 ЦЕПИ И КОЦЕПИ
0-цепь –точки  0 ,  1 ,  2 ,....
1-цепь – интервалы  0,1 ,  1, 2 ,  2,3 ,....
Любая цепь с   i si i , si   0,1
Граница [AB]:   AB   B  A,  2  AB     B     A  0
Граница 1-цепи с   i si i ,   c    i si  i ,  :C1     C0   
Коцепь – дискретная функция на цепи

f  0 = 2;f  1 = 4;f  2 = 3, ....... f  0,1 = 3;f  1, 2 = 5;........

 ОСНОВНАЯ ТЕОРЕМА
АНАЛИЗА
ВНЕШНИЙ ДИФФЕРЕНЦИАЛ КОЦЕПИ

df  AB   f  B   f  A , d : C0     C1   

 df  f  B   f  A   f  B  A   f    AB  
AB

С
df  
 (С )
f , df  f 

a b  b a 
f  a  x, y  dx  b  x. y  dy df  dy  dx  dx  dy     dx  dy
y x  x y 
 b a 
c  x  y  dx  dy  c a  x, y  dx  b  x. y  dy .
 Quick Start в Алгебраическую Топологию
0-simplex 1-simplex 2-simplex

Граничный  :  n   n1
оператор

1  a, b   b  a 3-simplex

 2  a, b, c    b, c    a, c    a, b 

1 2  a, b, c   0
ГРУППЫ ЦЕПЕЙ,
ЦИКЛОВ, ГРАНИЦ
Ck : ck   i 1 ai i ,
k
Цепи
Циклы Z k : Ck  0, Z k  Ck
  ABC   Boundary
Границы Bk : Bk  Ck 1
  ACD   Cycle

  a, b   b  a a и b гомологичны b ~ a    a, b 

B  Z  С  H k  Z k Bk

Числа  k  rank H k
 Числа Бетти и Гомологии
0  3
1  #(1D holes)  1
 2  0,   3  1  2

C0  1   0  1
Z1  2  1  2
Z2  1  2  1

   i  1 i  1  2  1  0
i
 ТОПОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ
ОЦЕНКА ПЕРСИСТЕНТНЫХ ЧИСЕЛ БЕТТИ ПРИ ФИЛЬТРАЦИИ ПАТТЕРНА
ФИЛЬТРАЦИЯ ИЗОБРАЖЕНИЯ
 ДИАГРАММЫ
ПЕРСИСТЕНТНОСТИ

a  b f 1 (a)  f 1 (b)

• Компонента рождается в точке минимума

• Компонента умирает в точке максимума
• Продолжительность жизни –
ФИЛЬТРАЦИЯ ЧЕХА
 КОМПЛЕКС ЧЕХА И ТЕОРЕМА О НЕРВЕ
Для множества вершин v1 , v2 ,...., vk  S

Cech  S ,    i 1 B  vi ,  
k
Комплекс Чеха

Э.Чех
(1893-1960)

Cech  S ,   ~ S  
~
БАРКОДЫ И ДИАГРАММА ПЕРСИСТЕНТНОСТИ
 РАССТОЯНИЕ ВАСЕРШТЕЙНА

W p (  , )  inf E  d ( X , Y ) 
p p

Васерштейн
Леонид Нисонович
 КАК ВЕКТОРИЗОВАТЬ ДП?

1. Поместим в каждую точку ДП центр 2-D гауссовское ядро.

2. Найдем сумму всех гауссиан.
3. Перевычислим полученную функцию на новую решетку.

 
2
1   x bx  y by
2
  2  2 

1 2  x y
I ( p)    f  b 

 
e dydx
p ( bx ,by )B
2 x y

PD I(p) PDF
РИМАНОВА МЕТРИКА
НА ДИАГРАММАХ
ПЕРСИСТЕНТНОСТИ
 Информационная метрика Фишера-Рао

Пусть p  x,    pdf ,    1 , 2 ,....,  n 

R. A. Fisher  C. R. Rao

(1890-1962) (born 1920)

   
gik   e1 ,e 2   , 

 i  k 

Метрический тензор

Слишком сложно для вычислений!

Квантовая эвристика: эксперимент с
двумя щелями
Pi - вероятность пройти через щель i =1,2

P12 - вероятность пройти через щель или 1 либо через щель 2

если мы анализируем путь если мы смотрим результат

Sensor

Electron gun

Plate Absorber

- амплитуда вероятности или полуплотность

PDF живут в Банаховом пространстве с нормой
Для измерения нужна гильбертова норма
Переселим pdf на единичную сферу!

1. Замена координат yi  pi ;  p 1 
i i  i
yi
2
1

2. В касательном пространстве, определим метрику

Фишера-Рао:
2
1 dpi dpi p
ds   i dyi dyi   i d pi d pi   i
2
~
4 pi p

3. И скалярное произведение:  v1 , v 2   v1 v 2 cos  .

 v1 , v 2 
v i  d i  d pi   arccos
v1 v 2

Этот угол измеряет расстояния между pdf на сфере

 Связь энтропии Больцмана с
римановой метрикой.

Людвиг Больцман
S     log  d ( vol M ),   d ( vol M )  1 1844-1906
M M

dS
   ( t log   t ) d ( vol M )    t log  d ( vol M ), t   t
dt M M

t удовлетворяет уравнению теплопроводности: t  div(  log  )  

2
dS 
Поэтому:     log  d ( vol M )   d ( vol M ) - метрика Фишера-Рао
dt M M 

Изменение энтропии системы измеряется расстоянием Фишера-Рао!

(Boltzmann, L. Weitere Studien über das Wärmegleichgewicht unter

Gasmolekülen. SitzungsberKeisAkad Wiss 1872, 66, 275–370).
ГРАФЫ
И СЕТИ
ГРАФЫ И ДЕРЕВЬЯ В ИСТОРИИ
 Идеографическое письмо
Епископ Честера, полимат, основатель Лондонского
Королевского общества, Руководитель Оксфордского
И Кембриджского университетов. Женат на сестре
Оливера Кромвеля

Джон Уилкинс 
(1614-1672)
Гипотеза Сепира — Уорфа

Аналитический язык
Опыт о подлинной символике Тед Чан
Джона Уилкинса
и философском языке
Х.Л.Борхес
 Диаграмма Вороного

Вороной Георгий
Феодосьевич
(1868-1908)г.

v
q
e
pi
 ГРАФЫ: G  (V , E )

Леонард Эйлер
1707–1783 

......базовый объект — граф — может быть

объяснён и понят за пять минут….
The Two Cultures of Mathematics
Уильям Тимоти Гауэрс
ttp://mathcenter.spb.ru/nikaan/misc/Two_c
ultures.pdf
ГРАФ КАК СКЕЛЕТ ГЕОМЕТРИИ СЛОЖНОЙ СИСТЕМЫ
 КАК СТРОИТЬ ГРАФЫ?
SCALE SPACE, КРИТИЧЕСКИЕ СЕТИ, ТЕОРИЯ КАТАСТРОФ,
ПОЛЯ ЯКОБИ И КОМПЛЕКСЫ МОРСА СМЕЙЛА
 SCALE –SPACE

Andrew Iijima Taizo.

Witkin (1925-)
(1952-2010) F ( x,  )  G ( x ,  )  F ( x ) F ( x)  0

T. Iijima Bull. Electrotech. Lab 1962, v.26, 368

A.P. Witkin, Proc. 8th Int. Joint Conf. Art. Intell., 1983,1019.
J.Koenderink, Biol.Cybern. 1984. 50, 363
БЛЮРИНГ С ЯДРОМ ГАУССА
ft  x   f  gt   2
f  y  gt  y  x  dy
yR

g s  g t  g s t
1
gt  x   exp   x 2t 
2

2 t  

Для компакта Ω

f t t  f t   R  Аппроксимация
Лапласиана
f t n  0   R 
ft  f    0 ft 1  ft ~  ft  x 
БЛЮРИНГ И СЛАБОЕ ДИФФЕРЕНЦИРОВАНИЕ

f (weak)=  2
gt f  dy  gt f 
   f g dy 
yR

 2
gt f dy
yR

L  g

L  g L  g  L  g 
 КРИТИЧЕСКИЕ СЕТИ
Gu S., Zheng Y., Tomasi C. //Computer Vision–ECCV 2010. Springer,
2010. P. 663-676.

• Найдем устойчивый масштаб в Scale-Space.

• Локализуем экстремумы на диффузном образе
• Соединим минимумы с ближайшими максимумами.
• Полученный ациклический граф - критическая сеть
 КОМПЛЕКСЫ МОРСА-СМЕЙЛА

Stephen Smale
Marston Morse 15.07.1930 
(1892-1977)
 ГРАФОДИНАМИКА
Айзерман М. А., и др. Основы
графодинамики //Автомат.и телемех., 1977,
выпуск 7, С.135–151

Марк Аронович
Айзерман
1913-1992

E.Bradley, J.Stuart // Chaos, (1998), 8, 800-807

 СЕМАФОРНАЯ
АЗБУКА

Введена 13 декабря 1869 года приказом

по флоту № 161.
 ЯЗЫК ТАНЦА ПЧЕЛ

Иван Алексеевич
Карл фон Фриш
Левченко (1930-2012)
1886-1982

Аксель Михельсон
ЧТО МОЖНО СЧИТАТЬ НА ГРАФАХ?
 КРИВИЗНА В ВЕРШИНАХ:
t
curv ( A) 
v ( v  1) / 2
А
Rougemont J., Hingamp P.
BMC Bioinformatics,  V. 4, 15 (2003) curv( A)  5 10  1 2
МОТИВЫ:

M. Small, J. Zhang, et al.  Complex Sciences,

Ed. Jie Zhou, V. 2, p. 2078-2089, Springer (2009)
 КАК УСЛЫШАТЬ ДИНАМИКУ ГРАФА?
(Van Dam E. R., Haemers W. H. Which graphs are determined by their
spectrum? //Linear Algebra and its applications. 2003. v.373. 241)

I. ВЫЧИСЛИТЬ СПЕКТР ДИСКРЕТНОГО ЛАПЛАСИАНА

ˆ ( x)  1   f ( y )  f ( x) 
i
dx yi ~ x

II. ВЫЧИСЛИТЬ ДИСКРЕТНУЮ КРИВИЗНУ РИЧЧИ

НА РЕБРАХ

1
Rij     g ij   O x
2
3
 
(Weber M., et al.//Axioms. 2016. V. 5. p. 26).
 КОМБИНАТОРНЫЙ ЛАПЛАСИАН
F.R.K Chung, Spectral graph theory. American mathematical Society, 1997

 deg  v i  , i  j

L   1, v i ~ v j
0, if otherwise

 2 1 1 0 
 1 2 1 0 
x0 L 
 x0  h   x0  h   1 1 3 1
 
0 0  1 1
2  f  x0  h   f  x0  h    
f ( x0 )  lim h0 2 
 f  x0  
h  2 
T
 x1   2 1 1 0 
   
 x2    1 2  1 0   x  x  3x  x 

 x3   1 1 3 1 1 2 3 4  i ~3
( xi  x3 )   ( v 3 )
   
 x4   0 0  1 1 
 НЕПРЫВНЫЙ И ДИСКРЕТНЫЙ
ЛАПЛАСИАН


u ( x, t )  u ( x, t )  0, u ( x,0)  f ( x)
t
1
 x y 2 
u  x, t   H f ( x )  
t
f ( y ) H  x, y  d  ( y ); H  x, y    4 t  exp  
t t

S
 4t 

 1

f ( x)   u ( x, t ) t 0  limt  f ( x)   H t ( x, y ) f ( y )d  ( y ) 
t t S 
1
 limt   H t ( x, y)  f ( x)  f ( y )  d  ( y )
t S

ˆf ( x)  lim 1  4 t 
1 xi  x
2

t 0
t n
e i
4t
 f ( x)  f ( xi ) 
 КРИВИЗНА РИЧЧИ

Риччи-Курбастро
Грегорио
(1853-1925)

 2   s2 
 x  s   x  0 cos    x  0 1     x  0  1  2 
 2   2R 
КРИВИЗНА ОЛИВЬЕ РИЧЧИ И ЗАДАЧА
МОНЖА-КАНТОРОВИЧА
 ЗАДАЧА МОНЖА-КАНТОРОВИЧА

Леонид Канторович
Гаспар Монж (1912-1986
(1746-1818

РАССТОЯНИЕ ВАССЕРШТЕЙНА:
КРИВИЗНА ОЛИВЬЕ-РИЧЧИ ДЛЯ ГРАФА
КОЭФФИЦИЕНТ ФЛОРИСТИЧЕСКОГО СХОДСТВА
И КРИВИЗНА РИЧЧИ

a-принадлежит X, но не Y
b-принадлежит Y но не X
c-общие для Х и Y
d- отсутствующие и в Х и в Y
S  a bc d Поль Жаккар
18.11.1868
Kc S 9.05.1944
 ЭВОЛЮЦИЯ АЛГЕБРАИЧЕСКОЙ СЛОЖНОСТИ ГРАФА НА ТОП ТОЧКАХ

Сглаженная алгебраическая связность графа на АО 12673 и ее

первой
производной (справа) Значительные вариации приблизительно
за 1.5 суток до X-вспышек.
Наконец-то вся доступная для обзора Вселенная умещалась в моей
ладони. Свет отдаленной правды лежал на ее дразняще-
расплывающемся чертеже.
Больше всего она походила на беглый набросок, с натуры
нарисованный ребенком.
(Леонид Леонов. Мироздание по Дымкову)

Спасибо за внимание!
ng-makar@mail.ru
 КОМАНДА
Сектор Математического Моделирования ГАО РАН

Ирина Князева Федор Уртьев Дмитрий Волобуев Андрей Рыбинцев

Лаборатория Дискретной и Вычислительной Геометрии ЯРГУ

Игорь Антон Владислав Ольга Дунаева

Преображенский Лукьянов Алексеев

Ирина Макаренко Newcastle University Дмитрий Пак Волонтер

АВТОР РИСУНКОВ

Аня Курилович
(МФТИ, ФизТех, Москва)
КОЦЕПИ (ФОРМЫ), КОЦИКЛЫ, КОГРАНИЦЫ

d d  d   0
2

Замкнутая форма (коцикл):

d  0
Точная форма (кограница):

  d  d  d   0 2

ПРИМЕР ИЗ ФИЗИКИ

rot A  0, A    rot A  0

 dA   
# #
b
 0, d (d )  0
# b