Для начала реакции необходима энергия активации(тепло, свет, механическая энергия), чтобы
молекулы участвующие в реакции, могли перейти в реакционноспособное (активное) состояние.
Механизм действия катализатора или фермента направлен на то, чтобы понизить энергетический
барьер или энергию активации процесса. Реакция идет как бы в обход энергетического барьера. В
чем практически и заключается повышение скорости реакции.
Катализатор (биологический или небиологический) повышает скорость химической реакции
(превращения субстрата S в продукт Р), изменяя ее путь таким образом, что каталитической реакции
свойственна более низкая величина энергии активации. При этом общая энергия суммарной реакции
не изменяется.
Катализатор может ускорять только самопроизвольно протекающую реакцию в обоих направлениях.
Ферменты
Каждый из этих классов подразделяют на подклассы, а их, в свою очередь, на более мелкие
группы подклассы.
В современной КФ каждому индивидуальному ферменту присвоен свой шифр, состоящий
из четырех разделенных точками чисел. Первое число показывает, к какому классу из
шести классов принадлежит фермент. Второе число указывает подкласс. Третье обозначает
подподкласс, а четвертое – порядковый номер фермента в его подклассе. Например,
фермент алкогольдегидрогеназа, катализирующий реакцию дегидрированию спиртов (R –
СH₂OH + HAД⁺ → R – CHO + HAДН + Н⁺), имеет шифр КФ 1.1.1.1. это означает, что он
относится к 1-му классу ферментов (оксидоредуктаз), действует на –СН–ОН-группу
окисляемого субстрата (1-й подкласс), что акцептором, на который переносится атом
водорода и электрон, является НАД (1-й подкласс), и, наконец, что фермент
алкогольдегидрогеназа стоит первым в списке такого рода ферментов.
Пример:
(характеристика фермента)
Систематическое название
Алкоголь:НАД-оксидоредуктаза
Рабочее название
Алкогольдегидрогеназа
Класс
1. Оксидоредуктазы
Подкласс
1.1. Действующие на СН-ОН-группу доноров
Подподкласс
1.1.1. с НАД+ или НАДФ+ в качестве акцептора
Классификационный номер
КФ 1.1.1.1.
Кофакторы
Никотинамидадениндинуклеотид. Железо или цинк.
КЛАССИФИКАЦИЯ ФЕРМЕНТОВ
В основу классификации ферментов (КФ) положен тип катализируемой реакции, а также те
превращения, которые претерпевают те или иные функциональные группы молекул субстратов. Все
ферменты (а к настоящему времени открыто более 2000 ферментов, и этот список продолжает
пополняться) разделены на 6 классов:
Оксидоредуктазы – катализируют окислительно-восстановительные реакции;
Трансферазы – осуществляют межмолекулярный перенос групп;
Гидролазы – катализируют гидролитическое расщепление субстратов;
Лиазы – осуществляют негидролитическое отщепление от субстратов различных химических
групп (NH₂, CO₂, H₂o, и др.) или присоединение по двойной связи молекул воды, а также других
метaболитов без участия энергии АТФ;
Изомеразы – катализируют реакции изомеризации органических субстратов;
Лигазы, или синтетазы, - катализируют синтетические реакции, сопровождаемые отщеплением
остатков фосфорной кислоты от АТФ или другого нуклеозидтрифосфата.
Оксидоредуктазы
К классу оксидоредуктаз относят ферменты, катализирующие с участием двух субстратов
окислительно-восстановительные реакции, лежащие в основе биологического окисления.
Различают следующие основные оксидоредуктазы:
-аэробные дегидрогеназы или оксидазы, катализирующие перенос протонов (электронов)
непосредственно на кислород;
-анаэробные дегидрогеназы, ускоряющие перенос протонов (электронов) на
промежуточный субстрат, но не на кислород;
-цитохромы, катализирующие только перенос электронов.
К этому классу относят также гемсодержащие ферменты каталазу и пероксидазу, катализирующие
реакции с участием перекиси водорода.
Коферменты: НАД, НАДФ, ФАД, ФМН, убихинон, глутатион
Фермент - алкогольдегидрогеназа
АН+В=А+ВН (восст.)
А+О=АО (окисл.)
Трансферазы.
К классу трансфераз относят ферменты, катализирующие реакции межмолекулярного
переноса различных атомов, групп атомов и радикалов (кроме водорода).
Различают трансферазы, катализирующие перенос одноуглеродных остатков,
ацильных, гликозильных, альдегидных или кетонных, нуклеотидных остатков,
азотистых групп, остатков фосфорной и серной кислот и др.
Например: метил- и формилтрансферазы, ацетилтрансферазы, амино-трансферазы,
фосфотрансферазы и др.
Коферменты: пиридоксальфосфат, коэнзим А, метилкобаламин,тетрагидрофолиевая
ксилота
Фермент- фосфофруктокиназа
АВ+С=А+ВС
Гидролазы
В класс гидролаз входит большая группа ферментов, катализирующих расщепление
внутримолекулярных связей органических веществ при участии молекулы воды.
К ним относятся:
эстеразы – ферменты, катализирующие реакции гидролиза и синтеза сложных эфиров;
гликозидазы -ускоряющие разрыв гликозидных связей;
фосфатазы и пептидгидролазы -катализирующие гидролиз фосфоангидридных
и пептидных связей;
амидазы -ускоряющие разрыв амидных связей, отличных от пептидных, и др.
Коферменты отсутствуют
Фермент – ТАГ-липаза
АВ+Н2О=АОН+ВН
Лиазы
К классу лиаз относят ферменты, катализирующие разрыв связей С—О, С—С, С—N и
других, а также обратимые реакции отщепления различных групп от субстратов не
гидролитическим путем. Эти реакции сопровождаются образованием двойной
связи или присоединением групп к месту разрыва двойной связи.
Ферменты обозначают термином «субстрат-лиазы». Например, фумарат-
гидратаза (систематическое название «L-малат-гидролаза») катализирует обратимое
отщепление молекулы воды от яблочной кислоты с образованием фумаровойкислоты.
В эту же группу входят декарбоксилазы (карбокси-лиазы), амидин-лиазы и др.
Коферменты: пиридоксальфосфат, тиаминдифосфат, магний, кобальт
Фермент – пируватдекарбоксилаза
RCOCOOH=RCOH+CO2
Изомеразы
К классу изомераз относят ферменты, катализирующие взаимопревращения оптических и
геометрических изомеров в пределах одной молекулы .
Если изомеризация включает внутримолекулярный перенос группы, фермент получает
название «мутаза».
К этому же классу относят рацемазы и эпимеразы, действующие на амино-
и оксикислоты, углеводы и их производные;
Внутримолекулярные оксидоредуктазы, катализирующие
взаимопревращения альдоз и кетоз; внутримолекулярные трансферазы, переносящие
ацильные, фосфорильные и другие группы, и т.д.
Коферменты: пиридоксальфосфат, дезоксиаденозилкобаламин, глутатион, фосфаты
моносахаридов
Фермент - фосфоглюкомутаза
АВ=ВА
Лигазы (синтетазы)
К классу лигаз относят ферменты, катализирующие синтез органических веществ из двух
исходных молекул с использованием энергии распада АТФ (или другого
нуклеозидтрифосфата).
В качестве примера можно назвать L-глутамат: аммиак лигазу (рекомендуемое
сокращенное название «глутаминсинтета-за»), при участии которой из глутаминовой
кислоты и аммиака в присутствии АТФ синтезируется глутамин.
Коферменты: нуклеотидный (УТФ), витамин Н, фолиевый
Фермент - сукцинил-КоА-синтетаз
X+Y+ATP=XY+ADP+P
Специфичность
ферментов
Рис. 5-3. Структурные формулы: а - фумарата; б - малеината
Скорость ферментативной реакции зависит от концентрации субстрата [S] (рис. 5-5). При постоянной
концентрации фермента Е и низких концентрациях субстрата (которые тем не менее всегда намного
выше концентрации фермента, [S]>>[E]) скорость реакции (v) практически прямо пропорциональна
концентрации субстрата. При дальнейшем увеличении концентрации субстрата такая
пропорциональность увеличения скорости реакции теряется, а при высоких концентрациях субстрата
скорость реакции (v) перестает зависеть от концентрации субстрата. Это связано с тем, что все молекулы
фермента Е насыщены субстратом, и фермент находится в виде фермент-субстратного комплекса ES,
который затем распадается с высвобождением свободного фермента и продуктов реакции:
E + S ↔ ES → E + P
Именно поэтому связывание новых молекул субстрата с ферментом возможно только после превращения
предыдущей молекулы субстрата в продукт Р и высвобождения последнего от молекулы Е. При этом
принято считать, что во время работы фермента комплекс ES находится в равновесии с E и S.
КИНЕТИКА
ФЕРМЕНТАТИВНЫ
Х РЕАКЦИЙ
Такие концентрации субстрата, при которых скорость реакции перестает зависеть от
концентрации субстрата S, называют насыщающими, а скорость ферментативной реакции
при насыщающей концентрации субстрата - максимальной скоростью, которую обозначают
Vмакс. Помимо Vмакс график зависимости скорости реакции от концентрации субстрата
характеризуется для каждого фермента еще одной величиной - константой Михаэлиса (Км),
названной в честь ученого Леонора Михаэлиса, одного из основоположников теории
ферментативного катализа.
Константа Михаэлиса - концентрация субстрата, при которой скорость реакции
составляет половину максимальной. Она является мерой сродства фермента к своему
субстрату. Чем выше величина Км, тем ниже сродство фермента к субстрату, и
наоборот.
СВОЙСТВА ФЕРМЕНТОВ КАК БЕЛКОВ
Поскольку ферменты - биологические катализаторы белковой природы, им присущи все те свойства, которые
характерны белкам.
Молекулярная масса ферментов варьирует в широких пределах. Панкреатическая рибонуклеаза( 13 000 Да) и
лизоцим (14 600 Да) являются одними из самых маленьких ферментов животных, а молекулярная масса
олигомерных ферментов, таких, как цитохром с-оксидаза, может достигать 900 000 Да.
По типу структурной организации ферменты можно разделить на несколько групп:
Ферменты, образованные одной полипептидной цепью (лизоцим, рибонуклеаза).
Ферменты, состоящие из нескольких одинаковых (протеиназа вируса СПИДа) или разных (цАМФ-зависимая
протеинкиназа) субъединиц, соединенных нековалентными связями.
Ферменты, образованные несколькими полипептидными цепями, соединенными ковалентными
(дисульфидными) связями (химо-трипсин).
Полифункциональные ферментные ансамбли (синтаза жирных кислот).
Полиферментные надмолекулярные комплексы (дыхательная цепь митохондрий).
СТРУКТУРА
ФЕРМЕНТОВ
(рис. 5-6)
Помимо аминокислотных остатков, активные центры ферментов могут содержать небелковый компонент. В
зависимости от его природы различают кофакторы и коферменты. При их отсутствии белковая часть
фермента (апофермент) не функционирует, и только комплекс апофермента с кофактором и/или коферментом, который
называют холоферментом, проявляет каталитическую активность.
Кофакторами могут быть ионы металлов
Коферментами называют сложные органические соединения, которые часто являются производными водорастворимых
витаминов.
Ферменты могут содержать как кофермент (простетическую группу), так и ионы металлов. Ионы металлов могут либо
непосредственно участвовать в катализе, либо играть роль своеобразных мостиков, связывающих кофермент с
апоферментом.
В зависимости от прочности связи с апоферментом такие кофакторы подразделяют на коферменты и простетические
группы.
Коферменты связаны с апоферментом нековалентными связями и потому легко от него диссоциируют.
Простетические группы связаны с апоферментом ковалентно.
Кофакторы играют очень важную роль в ферментативном катализе:
Они способствуют либо изменению трехмерной структуры белка-
фермента, что улучшает взаимодействие фермента с субстратом, либо
изменению структуры субстрата.
Коферменты (простетические группы), как правило, выступают в
качестве дополнительных субстратов ферментативной реакции. Они
могут быть донорами или акцепторами определенных химических
группировок (например, метильной группы, аминогруппы) и
электронов.
Очень важную группу коферментов составляют вещества,
осуществляющие перенос восстановительных эквивалентов в
окислительно-восстановительных реакциях.
Коферменты - производные
водорастворимых
витаминов
Никотинамидадениндинуклеотид (НАД) и никотинамидадениндину-клеотидфосфат (НАДФ+) -
производные витамина РР (ниацина). Структурные формулы окисленных форм НАД+ и
НАДФ+ приведены на рис.
Рабочей частью молекулы, участвующей в окислительно-восстановительных реакциях, является
положительно заряженное никотинамидное кольцо (на рис. оно заштриховано), а остальная часть
молекулы (АДФ-рибоза) отвечает за связывание НАД+ (или НАДФ+) в активном центре ферментов.
Имеется сходство НАД+-связывающих доменов ферментов, катализирующих окислительно-
восстановительные реакции с помощью этого кофермента. Теперь, зная структуру НАД +, нетрудно
представить, что такое сходство во многом определяется именно тем, что все эти ферменты
должны разместить в своем активном центре один и тот же фрагмент молекулы.
Восстановление НАД(Ф)+ происходит путем присоединения
атома водорода и электрона.
Благодаря тому что и НАД+ и НАДФ+ связаны с
апоферментами нековалентно, восстановленные формы этих
коферментов могут диффундировать к другим ферментам,
где будет протекать обратная реакция (окисления
кофермента).
Примером использования НАД+ в качестве кофермента
может быть реакция окисления этанола, которую
катализирует фермент алкогольдегидрогеназа (АДГ):
Рис. 5-11.
С₂Н₅ОН + НАД⁺⇆ СН₃–СНО + НАДН + Н⁺ Восстановление
никотинамидаденидинуклеотидфосфата
Рис. 5-14.
Реакция дегидрирования
сукцината в митохондриях
Рис. 5-13.
Структурная формула флавиновых коферментов
Формулы других важнейших коферментов, производных водорастворимых витаминов, приведены на рис. 5-15, а в
табл. 5-1 - их основные биологические функции.
Высокая эффективность ферментативного катализа, реализуемая в мягких физиологических условиях внутриклеточной среды,
определяется уникальным соответствием между ферментом и субстратом, которое возникает в ходе их взаимодействия.
Связывание субстрата в активном центре, в котором участвуют силы, стабилизирующие пространственную структуру белка,
вызывает значительные изменения в расположении каталитических групп фермента. Это, в свою очередь, оказывает влияние и
на молекулу субстрата, структура которого деформируется, подстраиваясь под структуру активного центра. В процессе сложных
взаимодействий исходный фермент-субстратный комплекс (ES) претерпевает ряд изменений, в результате которых активный
центр становится комплементарен переходному состоянию субстрата (ES*). При этом выделяется небольшое количество энергии,
получившей название энергии связывания, которая и вносит основной вклад в достижение субстратом переходного состояния,
необходимого для совершения химической реакции (рис. ).
Этот механизм получил название индуцированного соответствия. Изменения в структуре активного центра, приводящие к
определенной ориентации каталитических групп, могут быть вызваны только специфическими для данного фермента
субстратами.
В случае ферментов, проявляющих относительную субстратную специфичность, взаимные влияния фермента и субстрата в ходе
преобразования фермент-субстратного комплекса будут различаться, поэтому эффективность каталитического превращения
родственных субстратов тоже не будет одинаковой. Так, эффективность реакции дегидрирования одноатомных спиртов,
катализируемой алкогольдегидрогеназой, зависит от структуры радикала и повышается с увеличением длины углеводородного
скелета.
РЕГУЛЯЦИЯ АКТИВНОСТИ
ФЕРМЕНТОВ
Среди множества ферментов, катализирующих химические реакции в клетках, объектами регуляции являются немногие из них. Они
получили название регуляторных, или ключевых.
Как правило, ключевые ферменты:
катализируют неравновесные (необратимые) реакции;
находятся в самом начале метаболического пути и(или) на развилке нескольких путей;
являются самыми медленными лимитирующими ферментами, определяющими скорость потока субстратов через весь
метаболический путь.
Возможность изменения скорости ферментативной реакции под действием разнообразных веществ, влияющих на активность
ферментов, является отличительной особенностью ферментов как биологических катализаторов. Такие вещества
называют регуляторами, или эффекторами.
Все способы регуляции скорости ферментативных реакций в организме человека можно разделить на две большие группы,
включающие:
изменение каталитической активности «имеющихся в наличии» молекул фермента;
изменение количества молекул фермента (или факторов, их регулирующих).
Первую группу относят к быстрым способам регуляции, позволяющим изменить активность ферментов в пределах считанных
секунд, вторую - к более медленным, поскольку для ее реализации, как правило, необходимо изменить скорость биосинтеза белка. На
это может уйти до нескольких часов или даже дней.
Способы изменения
активности фермента
Этот тип регуляции свойственен ферментам, в структуре которых, помимо активного центра, есть еще один центр,
называемый аллостерическим (от греч. allos - другой и stereos - пространственный). Он может находиться на значительном
расстоянии от активного центра. Как
правило, аллостерические центры обнаруживают у ферментов, обладающих четвертичной структурой. При этом
аллостерический центр может располагаться на одной субъединице, а активный центр на другой. Регуляторы присоединяются к
аллостерическому центру с помощью нековалентных связей. Это приводит к конформационным изменениям в структуре всей
молекулы, в результате чего каталитическая активность фермента либо увеличивается, либо снижается. Например, фермент
цАМФ-зависимая протеинкиназа катализирует реакцию фосфорилирования белка (рис. 5-27).
Рис. 5-27. Реакция
фосфорилирования белка
Рис. 5-28. Аллостерическая активация цАМФ-зависимой
протеинкиназы под действием цАМФ (схема): P -
регуляторные субъединицы; К - каталитические
субъединицы
Изоферментами называют каталитически сходные множественные формы фермента у организмов одного вида, отличаемые по своим
физико-химическим и иммунологическим свойствам.
Различают следующие изоферменты:
• Генетически независимые белки, кодируемые разными генами. Например, цитозольная и митохондриальная формы
малатдегидрогеназы (МДГ), катализирующие обратимую реакцию дегидрирования малата:
Таблица 5-5. Распределение
изоферментов лактатдегидрогеназы в
органах
Изоферменты ЛДГ различают по оптимуму рН, сродству к субстратам реакции, электрофоретической подвижности.
Преобладание того или иного изофермента в определенных тканях имеет большое биологическое значение. Например, в тканях с
преобладанием анаэробного метаболизма (скелетных мышцах, печени) присутствует ЛДГ 5. Данный изофермент нечувствителен к
ингибированию физиологическими концентрациями пирувата. Это способствует эффективному протеканию гликолиза (так
называют процесс расщепления глюкозы до молочной кислоты, сопровождаемый образованием АТФ) в анаэробных условиях.
ЛДГ1 находится в тканях с преимущественно аэробным типом метаболизма. Активность этого фермента ингибирует пируват. Это
препятствует накоплению лактата и создает условия для аэробного окисления пирувата.
ФЕРМЕНТЫ В МЕДИЦИНЕ
Исследование активности внутриклеточных ферментов в биоптатах тканей или форменных элементах крови позволяет обнаружить увеличение, снижение, а
также полное их отсутствие в организме. В одних случаях изменение активности ферментов может является критерием предрасположенности человека или
фактором риска развития определенных заболеваний, в других - позволяет диагностировать врожденные или приобретенные энзимопатии.
Например, повышение активности моноаминоксидазы (МАО) в тромбоцитах взрослых людей увеличивает, а снижение активности уменьшает риск развития
болезни Паркинсона. Дефицит или полное отсутствие фермента аденозиндезаминазы в лимфоцитах наблюдают при врожденном иммунодефиците.
Большинство ферментативных реакций в организме протекает внутри клеток в определенных субклеточных компартментах. В биологические жидкости, в
первую очередь в кровь, внутриклеточные ферменты попадают в результате гибели клеток или увеличения проницаемости клеточных мембран. Кроме того, в
крови циркулируют секреторные ферменты, уровень которых при различных заболеваниях также может изменяться.
Наиболее информативным для диагностики считают определение активности внутриклеточных ферментов, поскольку в норме их активность в сыворотке
(плазме) крови невысока или вообще не определяется (табл. 5-6).
Повышение активности внутриклеточных ферментов в крови могут быть как результатом некроза клеток (КК и АСТ при
инфаркте миокарда), так и повышения проницаемости клеточных мембран (АЛТ и АСТ при вирусном гепатите, КК при
мышечных дистрофиях).
С медицинской точки зрения знание преимущественной тканевой локализации изоферментов позволяет использовать их в
дифференциальной диагностике заболеваний. Увеличение активности ЛДГ1 и ЛДГ2 отмечают в сыворотке крови в течение
первых суток после возникновения инфаркта миокарда. Увеличение активности ЛДГ5 наблюдают при поражениях печени
(гепатите, интоксикациях, травматических повреждениях, циррозе).
Возможно и снижение активности секреторных ферментов по сравнению с нормальными величинами, которое может быть
обусловлено:
уменьшением числа клеток, секретирующих данный фермент (например, холинэстеразы при циррозе печени);
недостаточным синтезом конкретного фермента (например, церу-лоплазмина при гепатолентикулярной дегенерации);
увеличением в крови специфических ингибиторов (например, α1-протеиназного ингибитора, α2-макроглобулина и других
плазменных ингибиторов).
Энзимотерапия
Рис. 5-32. Реакция
окисления глюкозы
кислородом воздуха