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Estructura y funciones de protenas y enzimas

AMINOACIDOS


Estructura general

Aminocidos y neurotransmisores.
Dieta Triptfano

Serotonina

El pptido dulce

FORMACIN DE PPTIDOS

Niveles de estructura de las protenas


La estructura de las protenas se puede estudiar desde 4 niveles de complejidad:  Estructura primaria  Estructura secundaria  Estructura terciaria  Estructura cuaternaria.

Estructura primaria
Se refiere a la secuencia de aminocidos que la componen, ordenados desde el primer aminocido hasta el ltimo.  El primer aminocido tiene siempre libre el grupo amina, por lo que se le da el nombre de aminocido n-terminal.  El ltimo aminocido siempre tiene libre el grupo carboxilo, por lo que se denomina aminocido c-terminal.


Estructura secundaria
Es un nivel de organizacin que adquiere la molcula, dependiendo de cmo sea la secuencia de aminocidos que la componen.  La molcula se puede plegar sobre s misma. Las conformaciones resultantes pueden ser la estructura en a-hlice, la blaminar y la hlice de colgeno.


- hlice


Es una estructura helicoidal dextrgira. Adquieren esta conformacin protenas que poseen elevado nmero de aminocidos con radicales grandes o hidrfilos, ya que las cargas interactan con las molculas de agua que la rodean. La estructura se estabiliza, gracias a la gran cantidad de puentes de Hidrgeno que se establecen entre los aminocidos de la espiral.

-laminar


Tambin se denomina hoja plegada o lmina plegada. Es una estructura en forma de zig-zag, forzada por la rigidez del enlace peptdico y la apolaridad de los radicales de los aminocidos que componen la molcula. Se estabiliza creando puentes de Hidrgeno entre distintas zonas de la misma molcula, doblando su estructura. De este modo adquiere esa forma plegada.

Hlice de colgeno

Es una estructura helicoidal, formada por hlices ms abiertas y rgidas que en la estructura de -hlice.

Estructura terciaria


La estructura terciaria es la forma que manifiesta en el espacio una protena. Depende de la estructura de los niveles de organizacin inferiores. Puede ser una conformacin redondeada y compacta, adquiriendo un aspecto globular. Tambin puede ser una estructura fibrosa y alargada. La conformacin espacial de la protena condiciona su funcin biolgica. Las protenas con forma globular reciben el nombre de esferoprotenas. Las protenas con forma filamentosa reciben el nombre de escleroprotenas.

Estructura cuaternaria
Cuando varias protenas se unen entre s, forman una organizacin superior, denominada estructura cuaternaria. Cada protena componente de la asociacin, conserva su estructura terciaria. La unin se realiza mediante gran nmero de enlaces dbiles, como puentes de Hidrgeno o interacciones hidrofbicas.

Estructura cuaternaria


Cuando varias protenas se unen entre s, forman una organizacin superior, denominada estructura cuaternaria. Cada protena componente de la asociacin, conserva su estructura terciaria. La unin se realiza mediante gran nmero de enlaces dbiles, como puentes de Hidrgeno o interacciones hidrofbicas.

Propiedades de las protenas




Solubilidad: los radicales de los aminocidos permiten a las protenas interaccionar con el agua. Si abundan radicales hidrfobos, la protena ser poco o nada soluble en agua. Si predominan los radicales hidrfilos, la protena ser soluble en agua. Especificidad: aparece como consecuencia de la estructura tridimensional de la protena. La especificidad puede ser de funcin, si la funcin que desempea depende de esta estructura, o de especie, que hace referencia a la sntesis de protenas exclusivas de cada especie.

Desnaturalizacin: la conformacin de una protena depende del pH y de la temperatura de la disolucin en la que se encuentre. Cambiando estas condiciones, tambin puede cambiar la estructura de la protena. Esta prdida de la conformacin estructural natural se denomina desnaturalizacin. El cambio de pH produce cambios en las interacciones electrostticas entre las cargas de los radicales de los aminocidos. La modificacin de la temperatura puede romper puentes de Hidrgeno o facilitar su formacin. Si el cambio de estructura es reversible, el proceso se llama renaturalizacin.

Funciones de las protenas


Funcin Ejemplo
Elastina La actina y la miosina Albumina plasmtica Protenas grandes, generalmente con grupos fosfato, sirven para acumular y producir energa, si se necesita. Consiste en regular las constantes del medio interno, tales como pH o cantidad de agua. inmunoglobulinas Algunas protenas funcionan como mensajeros de seales hormonales, generando una respuesta en los ganos blanco.

Estructural Movimiento y contraccin Transporte Reserva energtica Homeosttica Defensiva Hormonal


Enzimtica

Las enzimas funcionan como biocatalizadores, ya que controlan las reacciones metablicas, disminuyendo la energa de activacin de estas reacciones.

Los enzimas aumentan la velocidad de reaccin de determinadas reacciones qumicas. Las reacciones qumicas son reversibles. Su sentido depende de: - Diferencia de energa - Concentracin de nutrientes.

Cada enzima cataliza una reaccin celular.  Sitio Activo. Resulta del plegamiento de las enzimas  Sustrato: sustancia reactiva sobre la cual acta la enzima.


Catabolismo de aminocidos


La degradacin se inicia por procesos que separan al grupo -amino. Estos procesos pueden ser reacciones de transferencia (transaminacin) o de separacin del grupo amino (desaminacin)

Vas metablicas del NH3




Desaminacin oxidativa de glutamato. Accin de bacterias de la flora intestinal. La va ms importante de eliminacin es la sntesis de urea en hgado, la cual se lleva a cabo en los hepatocitos mediante el ciclo de la urea.

TAREA. Aminas con importancia biolgica:  Histamina  Acido -aminobutrico (GABA)  Catecolaminas  Hormonas tiroideas  Melatonina


Destino metablico de los grupos amino




El N del grupo amino tiene diferentes destinos metablicos, pudiendo ser utilizado en la sntesis de aminocidos noesenciales (transaminacin), en la sntesis de bases nitrogenadas, porfirinas, creatina y otras molculas nitrogenadas, o puede ser eliminado. El grupo amino es removido como amoniaco (NH3 o NH4+), altamente txico, por lo que su eliminacin del organismo requiere la transformacin en sustancias menos txicas como cido rico o urea.

Destino metablico de los grupos amino




El metabolismo de los aminocidos implica la transferencia o remocin del grupo amino y el metabolismo del esqueleto carbonado o -cetocido correspondiente.
Protenas de la dieta Orina NH4+ L- a- aminocidos NH3 Glucosa - cetocidos - Urea - Aminacin - Transaminacin AcetilCoA y cuerpos Cetnicos Oxidacin a CO2 y H2O Protenas corporales

Metabolismo de lpidos

El transporte de amoniaco desde otros tejidos al hgado o rin se realiza como glutamina, gracias a la glutamina sintetasa que transforma el glutamato en glutamina, reaccin muy importante en la detoxificacin del cerebro. En el hombre entre 80 y 90% del N es eliminado como urea, cuya formacin es dependiente de ATP, el cul es tambin activador de la glutamato deshidrogenasa. En la sntesis de urea (H2N-CO-NH2), el C proviene del CO2 y los grupos NH2 son aportados por glutamato y aspartato.

En gran medida la toxicidad del amoniaco se debe a la formacin de glutamato y glutamina, lo que produce un dficit de a-cetoglutarato del ciclo de Krebs e inhibicin de la respiracin celular. Diversas deficiencias enzimticas del ciclo de la urea producen enfermedades debidas intoxicacin por amoniaco (amonio). Ejemplo. Hiperamonemia Tipo I por dficit de la enzima carbamilfosfato sintetasa.

Reaccin global de la sntesis de urea:


2 NH3 + CO2 + 3 ATP + 3 H2O Pi urea + 2 ADP + AMP +

Algunos cofactores
Cu+2 Fe+2 , K+2 Mg+2 Mn+2 Mo Ni+2 Se Zn+2 Fe+3 Citocromo oxidasa Citrocromo oxidasa, catalasa peroxidasa Piruvato quinasa Hexoquinasa, Glucosa -6-P, Priruvato quinasa Arginasa, Ribonucletido reductasa Dinitrogenasa Ureasa Glutatin peroxidasa Carbnico anhidrasa, alcohol DHAsa. Carboxipeptidasas A y B

Clasificacin de las enzimas


No. 1 2 3 4 Clase Oxidorreductasas Transferasas Hidrolasas Liasas Tipo de reaccin catalizada Transferencia de electrones Reacciones de transferencia de grupos Reacciones de hidrlisis Adicin de grupos a dobles enlaces o formacin de dobles enlaces por eliminacin de grupos Transferencia de grupos dentro de molculas dando formas isimricas Formacin de enlaces C-C, C-S, C-O y C-N mediante reacciones de condensacin acopladas a ruptura de ATP

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Isomerasas Ligasas

Ecuacin de MichaelisMenten


Reaccin modelo

La ecuacin de Michaelis y Menten describe como vara la velocidad de reaccin con la concentracin de sustrato:

Caractersticas de Km: la constante de Michaelis-Menten es caracterstica de una enzima y particular para un substrato. Refleja la afinidad de la enzima por ese substrato. Km es numricamente igual a la concentracin de substrato a la cual la velocidad de reaccin es la mitad de la Vmax (Km= Vmax/2). Este parmetro, Km no vara con la concentracin de enzima.

Significado de una Km pequea: un valor numrico pequeo de Km refleja una alta afinidad de la enzima por su substrato porque a una baja concentracin del mismo, la enzima a desarrollado ya la mitad de la velocidad mxima. Significado de una Km grande: el valor numrico grande de Km refleja una baja afinidad de la enzima por su substrato porque a una concentracin elevada del mismo, la enzima desarrolla la mitad de la velocidad mxima.

Relacin de la velocidad con la concentracin de enzima: la velocidad de la reaccin es directamente proporcional a la concentracin de la enzima a cualquier concentracin de substrato. Por ejemplo, si la concentracin de enzima es disminuida a la mitad, la velocidad inicial de la reaccin (v0) es reducida tambin a la mitad de la original.

Orden de la reaccin:


Cuando ?SA es mas pequea que la Km, la velocidad de la reaccin es aproximadamente igual a la concentracin de substrato.

La velocidad de reaccin se dice en estas condiciones es de primer orden con respecto al substrato. Cuando ?SA es mas grande que la Km, la velocidad es constante e igual a la Vmax. La velocidad de la reaccin es independiente de la concentracin de substrato y se dice que es de orden cero con respecto a la concentracin de substrato.

Si se grafica una doble recproca, es decir, el inverso de la velocidad (1/v0) contra el inverso de la concentracin de substrato (1/?SA), se obtiene una lnea recta. El regrfico de Lineweaver-Burke, tambin se denomina de dobles recprocas y se utiliza para calcular la Km y la Vmax as como para determinar el mecanismo de accin de los diversos tipos de inhibidores.