Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
«NICOLAE TESTEMIȚANU»
CATEDRA DE BIOCHIMIE ȘI BIOCHIMIE CLINICĂ
МЕТАБОЛИЗМ НУКЛЕОТИДОВ.
РЕПЛИКАЦИЯ. ТРАНСКРИПЦИЯ.
ТРАНСЛЯЦИЯ
Svetlana Protopop
doctor în științe medicale,
conferențiar universitar
Структура и функции
нуклеотидов
Нуклеиновые кислоты
• Высокомолекулярные соединения,
состоящие из нуклеотидов.
• Типы:
• ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота)
• РНК (рибонуклеиновая кислота):
• мРНК
• рРНК
• тРНК
Функции нуклеиновых кислот
• Хранение и передача генетической
информации.
Нуклеотиды – мономеры нуклеиновых
кислот
3 компонента:
• Азотистое основание
• Пентоза
• Фосфорная кислота
Азотистые основания
Пуриновые:
• Аденин (А)
• Гуанин (G)
Пиримидиновые:
• Цитозин (C)
• Урацил (U)
• Тимин (T)
Пуриновые азотистые основания
6
1 N 5 N7
8
2
N 4 N9
3 H
NH2 Пурин O
N N N
HN
N N H2N N N
H H
Аденин (A) Гуанин (G)
Пиримидиновые
4
основания
3 N 5
2 6
N1
Пиримидин
NH2 O O
CH3
N HN HN
O N O N O N
H H H
Цитозин (C) Урацил (U) Тимин (Т)
Пентозы
3' 2'
OH OH OH
Рибоза Дезоксирибоза
Нуклеозиды
Азотистое основание + пентоза
N-гликозидная
O
связь O
NH
N NH
N1 O
N9 N NH2
HO H2C
O HO H2C
O
1'
1'
OH OH
OH
Уридин Дезоксигуанозин
Нуклеотиды
Нуклеозид + 1, 2, 3 остатка фосфорной кислоты
NH2
N N
O O O
N N
-O P O P O P H2C
O
O
O- O- O-
АМР
АDP OH OH
АТР
Нуклеотиды
NH2
N
O O O
N O
-O P O P O P H2C
O
O
O- O- O-
dCМР OH
dCDP
dCТР
Номенклатура нуклеозидов и
нуклеотидов
Азотистое Нуклеозид Нуклеотид
основание
Аденин Аденозин Аденозин-моно-,
ди- или трифосфат
Гуанин Гуанозин Гуанозин-моно-,
ди- или трифосфат
Цитозин Цитидин Цитидин-моно-,
ди- или трифосфат
Урацил Уридин Уридин-моно-, ди-
или трифосфат
Тимин Тимидин Тимидин-моно-,
ди- или трифосфат
Функции нуклеотидов
• Предшественники и мономеры нуклеиновых
кислот
• Макроэргические соединения
• Коэнзимы
• Активаторы определенных веществ
(примеры – УДФ-глюкоза, ЦДФ-холин)
• Вторичные посредники (циклические
нуклеотиды – цАМФ, цГМФ)
УДФ-глюкоза
O
HOH2C
H O H NH
OH H O O
N O
OH O P O P O H2C
H OH O
O- O-
OH OH
Циклические нуклеотиды
NH2 O
N N N NH
N N N N NH2
O H2C O H2C
O O
O O
P O OH P O OH
HO HO
АМРc GМРc
Минорные азотистые основания
и нуклеозиды
O
CH3 O
HN NH
N NH
+ 5
O
N N NH2 O HO H2C
H O
7-метилгуанин NH
N O OH OH
HO H2C
O Псевдоуридин
OH OH
Дигидроуридин
ОБМЕН ПУРИНОВЫХ И
ПИРИМИДИНОВЫХ
НУКЛЕОТИДОВ
Переваривание нуклеопротеинов в ЖКТ
Gln
Синтез пуриновых нуклеотидов
de novo
O O
HO P O H2C HO P O H2C
O OH O
OH O O
PRPP-синтетаза O P O P OH
OH
OH OH OH OH OH OH
Gln Glu OH OH
H4P2O7 5-фосфорибозиламин
Синтез пуриновых нуклеотидов
de novo
O
N NH
O N N
HO P O H2C
OH O
OH OH
O
N NH
O N N
HO P O H2C
O
OH
NAD+, H2O
OH OH
N N
Asp, GTP N NH
O O N
N N NH O
HO P O H2C HO P O H2C
O OH O
OH
GDP, Pi
OH OH OH OH
Gln, ATP
фумарат Glu
NH2 O
N
AMP, PPi N
N NH
O N O N
N N NH2
HO P O H2C HO P O H2C
O OH O
OH
OH OH OH OH
Синтез АМФ и ГМФ
ИМФ NAD+, H2O
Asp, GTP
Аденилосукцинат- ИМФ-дегидрогеназа
синтетаза
GDP, Pi NADH+H+
Аденилосукцинат КМФ
Аденило- Gln, ATP
сукцинат-
ГМФ-синтетаза
лиаза
фумарат Glu
AMP, PPi
АМФ ГМФ
Синтез нуклеозиддифосфатов
и нуклеозидтрифосфатов
GMP + ATP → GDP + ADP
Фермент – гуанилаткиназа
GDP + ATP → GTP + ADP
Фермент – нуклеозиддифосфаткиназа
AMP + ATP ↔ 2 ADP
Фермент – аденилаткиназа
ADP + H3PO4 → ATP
Окислительное фосфорилирование
«Спасательный» путь синтеза пуриновых
нуклеотидов NH 2
N N
Аденин-
NH2 O N
фосфорибозил- HO P O H2C
N
N N трансфераза OH O
N N
H
OH OH
Аденин РRPP PPi
АМР
NH2 NH2
N N N N
N N Аденозинкиназа O N N
HO H2C HO P O H2C
O O
OH
АTР АDР
OH OH OH OH
Аденозин АМР
«Спасательный» путь синтеза пуриновых
нуклеотидов O
N NH
O N
O N
РRPP PPi HO P O H2C
N OH O
NH
N N
H OH OH
Гипоксантин Гипоксантин-гуанин- IМР
фосфорибозил- O
трансфераза N NH
O
O N
N N NH2
NH HO P O H2C
OH O
N N NH2
H
РRPP PPi
Гуанин OH OH
GМР
Регуляция синтеза пуриновых
нуклеотидов
Регуляция синтеза пуриновых
нуклеотидов
• ФРПФ синтетаза – аллостерический
фермент:
• Активатор – неорганический фосфат
• Ингибиторы – пуриновые нуклеотиды
• Амидофосфорибозилтрансфераза:
• Активатор – ФРПФ
• Ингибиторы – пуриновые нуклеотиды
Катаболизм пуриновых нуклеотидов
АМФ ГМФ
Н2О Н2О
Н3РО4 Н3РО4
аденозин гуанозин
Н2О Н3РО4
NН3 Рибозо-1-Р
инозин гуанин
Н3РО4 Н2О
Рибозо-1-Р NН3
гипоксантин ксантин
О2
О2 Н2О Н2О2 Н2О
Н2О2
Мочевая кислота
Катаболизм пуриновых нуклеотидов
O O
N Ксантиноксидаза N
HN HN
N N O N N
H H H
О2 Н2О Н2О2
Гипоксантин Ксантин
О2 Н2О
Ксантиноксидаза
Н2О2
O
H
HN N
O
O N N
H H
Мочевая кислота
Катаболизм пуриновых нуклеотидов
N N O N N
H H H
О2 Н2О Н2О2
Гипоксантин Ксантин
О2 Н2О
O Ксантиноксидаза
HN Н2О2
N O
H
N N HN N
H O
Аллопуринол – структурный O N N
H
H
аналог гипоксантина! Мочевая кислота
Лечение подагры
Механизм действия аллопуринола:
• Конкурентно ингибирует ксантиноксидазу,
останавливая катаболизм пуриновых
нуклеотидов на стадии гипоксантина,
растворимость которого в 10 раз выше
мочевой кислоты.
• Являясь псевдосубстратом, используется на
синтез нуклеотидов по «запасному пути»,
ингибируются регуляторные ферменты
синтеза нуклеотидов de novo.
Синтез пиримидиновых нуклеотидов
Источники атомов
пиримидинового кольца
Gln
C
N C Asp
C C
N
CO2
Синтез пиримидиновых нуклеотидов de
novo
Карбамоилфосфат-
cинтетаза II NH2
Gln CO2 H2O C O Glu
O PO3H2
2 ATP 2 ADP
H3PO4
HOOC
CH2
NH2
Аспартат
CH COOH
H2N C O
O PO3H2
Аспартат-
транскарбамоилаза H3PO4
HO O
C
CH2
H2N
Карбамоиласпартат
C N CH COOH
O
H
Дигидрооротаза - H2 O
O
C
HN CH2
Дигидрооротат C CH COOH
O NH
Дигидрооротат- NAD+
дегидрогеназа NADH+H+
O
C
HN CH
Оротат C C COOH
O NH
PRPP
Оротатфосфорибозил-
трансфераза O H4P2O7
C
HN CH
C C COOH
O O N
-
O P O H2C
O
ОMP O-
OH OH
ОМР-декарбоксилаза - СО2
O
C
HN CH
C CH
O O N
UMP -
O P O H 2C
O
O-
OH OH
OH OH ATP
Gln
СТР-синтетаза
Glu ADP
NH2
H3PO4
C
N CH
C CH
O O O O N
-
O P O P O P O H2C CTP
O
O- O- O-
OH OH
Синтез дезоксирибонуклеотидов
O O O O AO
AO --
--
O P O P O H2C O P O P O H2C
O O
-
O O- O- O-
Рибонуклеотидредуктаза
OH OH OH
NADР+ NADРH+H+
Тиоредоксинредуктаза
Синтез дезоксирибонуклеотидов
• Синтезируются dАДФ, dГДФ, dЦДФ,
dУДФ.
• dНДФ + АТФ→ dНТФ + АДФ
• Ферменты – НДФ-киназы.
Синтез тимидиловых нуклеотидов O
O
C C CH3
HN CH HN C
C CH C CH
O O N O O N
- -
O P O H2 C O P O H2C
O O
O-
Тимидилатсинтаза O-
OH OH
dUMP dTMP
N5, N10-CH2-THF DHF
NADРH+H+
Gly DHF-редуктаза
Серингидроксиметил- THF
трансфераза NADР+
Ser
Противоопухолевые препараты
5-фторурацил
Является аналогом урацила.
Продукт его превращения
в организме (5-фтор-дУМФ)
является конкурентным
ингибитором
тимидилатсинтазы.
Используется в качестве
противоопухолевого
средства.
Противоопухолевые препараты
Рибозо-1-фосфат Pi
Уридин киназа
Уридин UМР
ATP ADP
«Спасательный» путь синтеза
пиримидиновых нуклеотидов
Тимидин фосфорилаза
Тимин Тимидин
Дезоксирибозо- Pi
1-фосфат
Тимидин киназа
Тимидин ТМР
ATP ADP
Катаболизм пиримидиновых нуклеотидов
-аланин -аминоизобутират
дезоксирибонуклеотидов в P
C
полинуклеотидной цепи.
P
• Связи между нуклеотидами – C
3´,5´-фосфодиэфирные связи. P
A
• Направление P
T
полинуклеотидной цепи – 5´→3´.
P
T
Первичная структура ДНК
Двойная спираль ДНК (модель Дж.
Уотсона и Ф. Крика, 1953 г.)
Две антипаралельные, комплементарные
полинуклеотидные цепи, закрученные вокруг
общей оси.
Связи между цепями – водородные.
• Антипаралельность – одна цепь 5´→3´, вторая
– 3´→5´.
• Комплементарность:
• А связывается с Т (2 водородные связи),
• Г связывается с Ц (3 водородные связи).
Двойная спираль ДНК
Правила Чаргаффа
1) молярная доля пуринов равна молярной доле
пиримидинов: А+Г = Т+Ц
2) А+Ц = Г+Т
3) А = Т и Г = Ц
4) коэффициент специфичности – отношение
Г+Ц/А+Т является важным для
характеристики вида.
• Для животных и большинства растений этот
коэффициент ниже 1 (от 0,54 до 0,94), у
микроорганизмов – от 0,45 до 2,57.
Типы двойной спирали ДНК
• Правозакрученные А, В, С
• Левозакрученная Z
• Тип В двойной спирали ДНК:
• Один виток (шаг спирали) –
10 пар нуклеотидов
• Высота – 3,4 нм
• Диаметр – 1,8 нм
Типы двойной спирали ДНК
• Следующий уровень компактизации и
суперспирализации ДНК осуществляется с
участием гистоновых и негистоновых
белков.
• Гистоны – щелочные белки (содержат
много Lys и Arg).
• 5 типов гистоновых белков – Н1, Н2А, Н2В,
Н3, Н4.
Нуклеосомы
- 4 гистона образуют октамерный комплекс
(Н2А, Н2В, Н3, Н4)2, вокруг которого
накручивается двойная спираль ДНК,
совершая 1,75 оборота (146 пар
нуклеотидов).
• Между нуклеосомами имеется линкерная
ДНК (около 60 нуклеотидов), к которой
связывается гистон Н1.
Compactizarea
cromatinei
DNA
Firul de
cromatină?
~ 1,000
30 nm Solenoid ~40 / 50
Nucleosoma
= оctamer de
histone
H2a, H2b, H3, H4 Cromosoma metafazică/
146 / 200 bp DNA cromatina interfazică
Compactizare ~ 10,000
~10 ori
Репликация
Репликация ДНК
• Синтез ДНК на матрице ДНК (удвоение
содержания ДНК) – протекает в S-фазе клеточного
цикла, которая предшествует делению клетки.
• Полуконсервативная репликация – в каждой вновь
синтезированной молекуле ДНК – одна цепь –
исходная (родительская), а вторая – вновь
синтезированная (дочерняя).
• Направление репликации – 5´→3´.
• Принцип – комплементарность.
Полуконсервативная репликация
Необходимые условия для репликации
ДНК
• Инициация
• Элонгация
• Терминация
Инициация репликации
Включает:
• образование репликативной вилки –
(геликаза, SSB-белки)
• синтез праймера на лидирующей цепи
(праймаза)
• связывание первого дезоксирибонуклеотида
к затравке (ДНК-полимераза III).
Элонгация репликации
• Заключается в последовательном
присоединении дезоксирибонуклеотидов к
растущей цепи (ДНК-полимераза III).
• Синтез одной цепи происходит непрерывно
(ведущая цепь).
• Вторая цепь синтезируется фрагментами
Оказаки (отстающая цепь). Каждый фрагмент
начинается с затравки.
• Фрагмент Оказаки состоит из 1000-2000
нуклеотидов.
Элонгация репликации
Механизм действия
топоизомеразы I
Механизм действия
топоизомеразы I
Механизм действия
топоизомеразы I
Активный центр ДНК-полимеразы
ДНК-полимераза III
Образование петли в ходе
репликации
Удаление праймеров и их замена на
соответствующие дезоксирибонуклеотиды
Механизм действия ДНК-лигазы
Механизм действия ДНК-лигазы
Механизм действия ДНК-лигазы
Терминация репликации
Особенности репликации у эукариотов
• ДНК-полимеразы α, , γ, , .
• ДНК-полимеразы не обладают экзонуклеазной
активностью.
• Наличие большого числа точек начала
репликации.
• Фрагменты Оказаки короче (150-200
нуклеотидов).
• Скорость синтеза ниже – 3000 нуклеотидов в
минуту (у прокариотов – 16000).
• Наличие теломераз.
Наличие большого числа точек начала
репликации у эукариотов
Точность репликации
• Частота ошибок при репликации составляет
10-6 -10-7.
• Точность репликации обеспечивается 2-мя
факторами:
1. Соблюдением принципа комплементарности.
2. Экзонуклеазной активностью ДНК-
полимеразы.
Теломеры и теломеразы
• Теломеры – повторяющиеся
последовательности нуклеотидов ГГГТТА на
концах хромосом.
• Теломеры необходимы для сохранения
генетической информации.
• После завершения репликации 5´-концы
дочерних цепей ДНК недостроены, так как
после удаления праймеров эти фрагменты
остаются нереплицированными.
Теломеры и теломеразы
• Это происходит потому, что ДНК-полимераза ,
отвечающая за заполнение бреши,
образованной после удаления праймера, не
может синтезировать ДНК в направлении 3´→5
´.
• В ходе каждой репликации концы ДНК
укорачиваются.
• Такие потери не представляют опасности для
хромосом, потому что укорочение идет за счет
теломер.
Укорочение 5´-концов дочерних цепей
ДНК
Теломеры и теломеразы
• Укорочение теломер в большинстве клеток
по мере их старения – фактор,
определяющий продолжительность жизни
организма.
Теломеры и теломеразы
• В эмбриональных и других быстро
делящихся клетках (эпителий кишечника,
сперматозоиды) имеется фермент теломераза
(нуклеотидилтрансфераза), обеспечивающий
восстановление недореплицированных 5´-
концов ДНК.
• Теломераза содержит в качестве кофактора
фрагмент РНК, который служит матрицей
при синтезе теломер.
• Теломераза активна в раковых клетках.
Ингибиторы репликации –
ацикловир
Клеточные киназы
Ацикло-ГМФ ацикло-ГТФ
Ингибиторы репликации –
ацикловир
Ацикло-ГТФ (структурный аналог ГТФ)
ингибирует конкурентно вирусную ДНК-
полимеразу.
• ДНК-гликозилазы
• Эндонуклеазы
• Полимеразы
• ДНК-лигазы
Образование тиминового димера
Антикодоновая
петля
Транскрипция
Типы и функции основных РНК
• транспортные РНК (тРНК) – транспорт
аминокислот
• матричные РНК (мРНК) – являются матрицей
для синтеза белков
• рибосомальные РНК (рРНК) – входят в
состав рибосом, участвуют в синтезе белка
Первичная структура РНК
– последовательность рибонуклеотидов в
полинуклеотидной цепи.
• Связи между нуклеотидами –
3´,5´-фосфодиэфирные связи.
• Направление полинуклеотидной цепи – 5´→3
´.
Транспортные РНК
• Вторичная структура – «клеверный лист»
• Короткие молекулы – 70-95 нуклеотидов.
• Содержат много минорных оснований.
• Образуют петли.
• Третичная структура – буква «L».
• Функция – транспорт и адаптация
аминокислот к соответствующему кодону
на мРНК в процессе биосинтеза белка.
Транспортные РНК
• Акцепторный участок – содержит ЦЦА-
последовательность. Функция – связывание
аминокислоты.
• Антикодоновая петля – содержит триплет
нуклеотидов (антикодон), комплементарный
кодону на мРНК.
• Псевдоуридиловая петля – связывание к
рибосоме.
• Дигидроуридиловая петля – связывание
аминоацил-тРНК-синтетазы.
Транспортные РНК
Акцепторный участок
Псевдоуридиловая
петля
Дигидроуридиловая
петля
Антикодоновая
петля
Транскрипция
Псевдоуридиловая
Дигидроуридиловая петля
петля
Антикодоновая
петля
Минорные нуклеозиды тРНК
Этапы биосинтеза белка
• Активация аминокислот.
• Собственно-биосинтез белка:
1. Инициация
2. Элонгация
3. Терминация
Активация аминокислот
присоединение аминокислоты к
соответствующей ей тРНК (к 3´-концу).
Происходит в цитоплазме
Необходимые компоненты:
• Все аминокислоты
• Все тРНК
• АТФ, ионы магния
• Ферменты аминоацил-тРНК-синтетазы
Активация аминокислот
Суммарная реакция:
Аминокислота + тРНК + АТФ → Аминоацил-
тРНК + АМФ + Н4Р2О7
Реакция протекает в 2 этапа
Для активации используются 2 макроэргические
связи АТФ.
Специфичность аминоацил-тРНК определяется
тРНК (комплементарное взаимодействие
антикодона тРНК с кодоном мРНК)
Структура
аминоацил-тРНК
Аминоацил-тРНК-синтетазы
в активном центре содержится 4 участка:
1. Для связывания аминокислоты
2. Для связывания тРНК
3. Для связывания АТФ
4. Для связывания воды (центр коррекции –
отщепляет неправильную аминокислоту).
Правильное связывание аминокислоты к
соответствующей ей тРНК обеспечивает
точность трансляции!!!
Собственно-биосинтез белка
синтез полипептидной цепи протекает в
направлении N→C.
мРНК читается в направлении 5´→3´.
Инициация трансляции – необходимые
компоненты
• мРНК с инициирующим кодоном AUG
• Малая и большая субъединицы рибосомы
• Формил-метионил-тРНК
• ГТФ, ионы магния
• Факторы инициации – IF-1, IF-2, IF-3.
Инициация трансляции
• К малой субъединице присоединяется IF-3,
препятствующий связыванию большой
субъединицы.
1. Малая субъединица присоединяется к 5´ концу
мРНК напротив инициирующего кодона.
2. Формил-метионил-тРНК связывается к
инициирующему кодону за счет
комплементарного взаимодействия кодон-
антикодон.
Инициация трансляции
• В процессе связывания формил-метионил-
тРНК участвуют факторы инициации IF-1 и IF-
2 и происходит гидролиз ГТФ до ГДФ и Н3РО4.
3. Присоединяется большая субъединица
рибосомы.
• Образуется инициирующий комплекс,
состоящий из мРНК, целой рибосомы и
формил-метионил-тРНК, связанного в участке
Р рибосомы.
Инициация трансляции
Инициация трансляции
Инициация трансляции
Элонгация трансляции – необходимые
компоненты
• Иницииующий комплекс
• Все аминоацил-тРНК
• ГТФ, ионы магния
• Белковые факторы элонгации Tu, Ts и G
• Элонгация заключается в последовательном
присоединении аминокислот и протекает в
три этапа:
Элонгация трансляции
1. Связывание следующей аминоацил-тРНК к
мРНК напротив 2-го кодона, находящегося в
участке А рибосомы.
Правильное связывание обеспечивается
кодон-антикодоновым взаимодействием.
В процессе связывания аминоацил-тРНК
участвуют факторы элонгации Tu, Ts и
происходит гидролиз ГТФ до ГДФ и Н3РО4.
Элонгация трансляции
+
Элонгация трансляции
2. Транспептидация – образование пептидной
связи между первыми 2-мя аминокислотами
за счет переноса формил-метионина на 2-ю
аминокислоту.
Реакция катализируется ферментом
пептидилтрансфераза. Энергия – гидролиз
связи между аминокислотой и тРНК.
тРНК из участка Р остается свободной, а
тРНК из участка А содержит дипептид.
Элонгация трансляции (транспептидация)
Элонгация трансляции (транспептидация)
Элонгация трансляции
3. Транслокация – перемещение рибосомы к 3´-
концу мРНК на один кодон.
тРНК, связанная к инициирующему кодону,
остается вне рибосомы, а тРНК, содержащая
дипептид, перемещается из участка А в участок
Р.
Участок А свободен и располагается напротив 3-
го кодона.
В транслокации участвует фактор G и
происходит гидролиз ГТФ до ГДФ и Н3РО4.
Элонгация трансляции (транслокация)
+
Элонгация трансляции (транслокация)
Элонгация трансляции
процесс повторяется до достижения
рибосомой одного из терминирующих
кодонов.
Терминация трансляции – необходимые
условия
• Наличие на мРНК одного из
терминирующих кодонов
• Белковые факторы терминации R1, R2 и S.
• Когда в участке А рибосомы попадает один
из терминирующих кодонов,
присоединяются факторы терминации,
которые осуществляют следующие
процессы:
Терминация трансляции
1. Отщепление полипептидной цепи от тРНК.
2. Освобождение тРНК от рибосомы
3. Диссоциация рибосомы на субъединицы
4. Гидролиз мРНК
Терминация трансляции
Терминация трансляции
Терминация трансляции
Особенности трансляции у эукариот
• Модификация N- и C-концов
Отщепление Met или формил-Met с N-конца
Ацетилирование N-конца
• Частичный протеолиз
• Ковалентная модификация аминокислот
• Образование дисульфидных мостиков
Ковалентная модификация аминокислот
1 2
фенилпируват гидроксифенил-
пируват
фениллактат
гомогентизат
3
фенилацетат