Вы находитесь на странице: 1из 50

А.С.

Спирин

2006 г.

Лекция 4

Стадии трансляции и
элонгационный рабочий цикл
ЭПИЦИКЛ ТРАНСЛЯЦИИ
СОПРЯЖЕННАЯ ТРАНСКРИПЦИЯ-ТРАНСЛЯЦИЯ
(ПРОКАРИОТЫ)
Общая схема биосинтеза белков
(эукариоты)
Д Н К

ТРАНСКРИПЦИЯ

Р Н К

ПРОЦЕССИНГ И
ТРАНСПОРТ РНК
5' 3'

м Р Н К

ТРАНСЛЯЦИЯ
РИБОСОМА РИБОСОМА
3'

РИБОСОМА
5'

РАСТУЩИЙ
ПЕПТИД

т РН К

т РН К т РН К

СВОРАЧИВАНИЕ
ПРОЦЕССИНГ И
ТРАНСПОРТ
ПОЛИПЕПТИДА

БЕЛОК
КОНТУРЫ ДВУХ РИБОСОМНЫХ СУБЧАСТИЦ
70S РИБОСОМЫ В ДВУХ ПРОЕКЦИЯХ
РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
РАЗДЕЛЕНИЕ ФУНКЦИЙ МЕЖДУ РИБОСОМНЫМИ СУБЧАСТИЦАМИ
ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ КОМПЛЕКС РИБОСОМЫ
КОДОН-ЗАВИСИМОЕ СВЯЗЫВАНИЕ
АМИНОАЦИЛ-тРНК С РИБОСОМОЙ
РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
Антипараллельное кодон-антикодоновое спаривание
Антипараллельное кодон-антикодоновое спаривание
Спаривание
1-го основания антикодона с 3-им основанием кодона
anticodon, 1st codon, 3rd

G C I A

U A
G U

I U
C G

U C G
I
Спаривание
1-го основания антикодона с 3-им основанием кодона
anticodon, 1st codon, 3rd

G C I A

U A
G U

U
A → I I C G

U C G
I
Спаривание
1-го основания антикодона с 3-им основанием кодона
anticodon, 1st codon, 3rd anticodon, 1st codon, 3rd

G C I A

U A
G U

I U
C G

U C G
I
WOBBLE HYPOTHESIS
( F. Crick, 1966 )

ANTICODON CODON
1st POSITION 3rd POSITION

{ G
I
U
U

G A
I A
U U A G

C1' STANDARD: A U

X
U
C
C
U } U
G
A
C
C G
U G I C

U U
WOBBLE HYPOTHESIS
( F. Crick, 1966 )

ANTICODON CODON
1st POSITION 3rd POSITION

{ G
I
U
U

G A
I A
U U A G

C1' STANDARD: A U

X
U
C
C
U } U
G
A
C
C G
U G I C

U U
WOBBLE RULES
UNIVERSAL:

Anticodon, 5’ A U 3’, Codon


I C
U
A
G C
U
C G
U* A
G
MITOCHONDRIAL

U A
G
C
U
МОДИФИКАЦИИ ПЕРВОГО ОСНОВАНИЯ КОДОНА

O O

O CH 3 O CH 2 CO O H
H N H N

O N O N
R ib o s e R ib o se

M e th o x y u rid in e ( m o 5 U ) 5 -C a rb o x y m e th o x y u r id in e
(c m o 5 U o r V )

O H

N O H
H N N H
O CH 2

N N
R ib o s e H N

H 2N N N
In o s in e (I) R ib o s e

Q u e u o s in e (Q u o o r Q )
WOBBLE HYPOTHESIS
( F. Crick, 1966 )

ANTICODON CODON
1st POSITION 3rd POSITION

{ G
I
U
U

G A
I A
U U A G

C1' STANDARD: A U

X
U
C
C
U } U
G
A
C
C G
U G I C

U U
WOBBLE RULES
UNIVERSAL:

Anticodon, 5’ A U 3’, Codon


I C
U
A
G C
U
U* A
G
C G
MITOCHONDRIAL

U A
G
C
U
ФАКТОР-ЗАВИСИМОЕ СВЯЗЫВАНИЕ
Аа-тРНК С РИБОСОМОЙ
РАБОЧИЙ (ЭЛОНГАЦИОННЫЙ) ЦИКЛ РИБОСОМЫ
РАБОЧИЙ ЦИКЛ ТРАНСЛИРУЮЩЕЙ РИБОСОМЫ
(ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ)

Связывание
EF-Tu (EF1A)

GDP Form GTP Form


AMINOACYL -tRNA • EF-Tu (EF1A) • GTP
COMPLEX

tRNA

3 2
EF1A

1
РАБОЧИЙ ЦИКЛ ТРАНСЛИРУЮЩЕЙ РИБОСОМЫ
(ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ)
Последовательность событий
с участием фактора элонгации EF1A (EF-Tu)
(цикл EF1A)

(1) EF1A·GTP + Aa-tRNA → Aa-tRNA· EF1A·GTP

(2) Aa-tRNA· EF1A·GTP + RS·mRNA → RS·mRNA·Aa-tRNA· EF1A·GTP

(3) RS·mRNA·Aa-tRNA· EF1A·GTP + H2O → RS·mRNA·Aa-tRNA· EF1A·GDP + PI

(4) RS·mRNA·Aa-tRNA· EF1A·GDP → RS·mRNA·Aa-tRNA + EF1A·GDP

(5) EF1A·GDP + EF1B (EF-Ts) → EF1A· EF1B (EF-Tu·Ts) + GDP

(6) EF1A· EF1B + GTP → EF1A·GTP + EF1B (EF-Ts)


ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
РАБОЧИЙ ЦИКЛ ТРАНСЛИРУЮЩЕЙ РИБОСОМЫ
(ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ)

Транспептидация
Три последовательные химические реакции
биосинтеза белка

(1) Aa + ATP → Aa~AMP + P~P

(2) Aa~AMP + tRNA → Aa~tRNA + AMP

(3) Aa~tRNA + Pept~tRNA → Pept-Aa~tRNA + tRNA


ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ

P site A site P site A site


tRNA'cc tRNA''cc tRNA'cc tRNA''cc
O O O O
CH2 O A CH2 O A A A
transpeptidation CH2 O CH2 O
+ +

O OH O OH OH OH O OH
O C C O C O
R' CH R'' CH R'' CH
NH NH2 NH
C O C O
R CH R' CH
NH NH
n
C O C O
CH3 S (CH2)2 CH R CH
NH NH n
C C O
H O CH3 S (CH2)2 CH
NH
C
H O
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ

АТАКА ТЕТРАЭДРИЧЕСКИЙ РАСПАД


ИНТЕРМЕДИАТ ИНТЕРМЕДИАТА
A site A site
tRNA tRNA

C 'i+ 1 α
C i+ 1

N i N
•• i+ 1
α
C i
C 'i

A P site B C P site
tRNA tRNA
Какой компонент рибосомы отвечает за катализ
реакции транспептидации?
(Что такое рибосомная пептидил-трансфераза?)

“The ribosome is a ribozyme:


The catalytic business of the ribosome is
conducted entirely by RNA.”

P. B. Moore and T. A. Steitz, 2003.


Домены рибосомной 23S РНК

PTC

PTC – ПЕПТИДИЛ-ТРАНСФЕРАЗНЫЙ ЦЕНТР


50S РИБОСОМНОЙ СУБЪЕДИНИЦЫ
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
ТРАНСПЕПТИДАЦИЯ
ТРАНСЛОКАЦИЯ
РАБОЧИЙ ЦИКЛ ТРАНСЛИРУЮЩЕЙ РИБОСОМЫ
(ЭЛОНГАЦИОННЫЙ ЦИКЛ)

Транслокация
EF-G (EF1A)
МОЛЕКУЛЯРНАЯ МИМИКРИЯ:

Aa-tRNA:EF1:GTP versus EF2 (EF-G)


БЕСФАКТОРНАЯ («НЕЭНЗИМАТИЧЕСКАЯ») ТРАНСЛОКАЦИЯ
РАБОЧИЙ ЦИКЛ ТРАНСЛИРУЮЩЕЙ РИБОСОМЫ:
БЕСФАКТОРНОЕ ШУНТИРОВАНИЕ
БЕСФАКТОРНАЯ («НЕЭНЗИМАТИЧЕСКАЯ») ТРАНСЛОКАЦИЯ
ОБЩИЕ ПРИНЦИПЫ ФУНКЦИОНИРОВАНИЯ РИБОСОМ

(1) Рибосома трифункциональна: она представляет собой


(а) декодирующее устройство (генетическая функция),
(б) пептидил-трансферазу (каталитическая функция), и
(в) транспортную молекулярную машину (функция
транслокации).
(2) Генетическая функция и каталитическая функция рибосомы четко
разделены между двумя рибосомными субъединицами -
малой и большой, соответственно.
(3) Двигательная функция (функция транслокации) требует
двух ассоциированных субъединиц.
(4) Как транслокация, так и связывание аминоацил-тРНК с рибосомой
катализируются белковыми факторами элонгации – EF1 и EF2 –
с потреблением ГТФ
(нуклеозидтрифосфат-зависимый катализ конформационных переходов).
(5) Функционирующая рибосома характеризуется
внутри-субъединичной и меж-субъединичной крупноблочной подвижностью,
которая вовлечена в транслокационный механизм.