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Cuarto Bloque
Bioquímica Genética
Jesús F. Torres-Peraza
MD PHD
Experimento de
Frederic Griffith
(1923)
T G A C
Modelo de la doble hélice del ADN
realizado en 1953 por los Drs. Watson y
Crick a sus 24 y 36 años de edad
respectivamente.
F. Crick
Premio Nobel en
Medicina y Fisiología de
Watson 1962.
Doble hélice de ADN
Dos cadenas antiparalelas de
polinucleótidos formadas por
nucleótidos unidos por
enlaces fosfodiester y unidas
entre ellas por puentes de
hidrógeno.
-Cada cadena tiene una
columna externa constituida
por Desoxiribosa y fosfatos.
-La orientación de las
cadenas es antiparalela (3-5
y 5-3).
-Las bases nitrogenadas,
unidas al carbono 1 de la
Desoxiribosa, se unen en la
región interna de la doble
hélice mediante puentes de
hidrógeno.
-Las cadenas son lineales.
Características:
-Diez pares de bases por vuelta (3.4 nm)
-Distancia entre bases: 0.34 nm)
-El eje de la hélice pasa por los puentes de hidrógeno.
-Presencia de SURCOS: Menor (1.2 nm) y Mayor (2.2 nm).
-2 puentes de hidrógeno entre A-T y 3 entre C-G. (estabilidad de la cadena)
Bases Nitrogenadas
Purinas:
Adenina y Guanina
Pirimidinas:
Citosina y Timina
Apareamiento
de una purina
con una
pirimidina
El código Genético: Un lenguaje de 4 letras y
aproximadamente 20 palabras y miles de
párrafos
ADN Proteínas
ADN como portador de la información genética
¿Que tipo de información está codificada en el ADN?
¿De que manera de traduce esa información?
Libros Genes
Secuencias de ADN que
contienen la
Genes información para
codificar un producto
génico.
Núcleo
2 22 13
ARNr ARNt Proteínas
Génico Extra-Génico
ADN codificante
EXONES
Los genes son El tamaño promedio de un gen humano es
discontínuos: de 27.000pb, pero basados en el código
genético (3pb:1aa) son necesario sólo
Poseen EXONES e 1.200pb para codificar una proteína
promedio de 400aa. Exones e intrones.
INTRONES
Pre-ARNm
ARNm
Exon
Tripsinégeno Intron
El procesamiento del ARN puede no ser tan directo:
Procesamiento Alternativo (Splicing)
Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4
Pre-RNA
RNAm 1 Proteína
1
RNAm 2 Proteína
2
RNAm 3 Proteína
3
Genoma Humano
ADN
2 22 13
ARNr ARNt Proteínas
Génico Extra-Génico
Extra-Génico
Génico
SINES LINES
(alu) Grupos Mini Satélite: Micro Satélite:
de Telómero Repartido
Genes:
6-24 pb 1-4 pb
RNAr
SINES: Elementos Nucleares Dispersos Cortos 0.1-20Kb Menor de 150pb
LINES: Elementos Nucleares Dispersos Largos
ADN repetitivo….elementos móviles
Aproximadamente entre el 60 y el 64% del genoma humano
está constituido por regiones intergénicas. Función
desconocida..ADN basura?
Tipos
Medianamente
Repetitivo
Dispersos TANDEM
Elementos Móviles
1.- Evolución.
2.- Mutaciones
Neurofibromatosis. Aparición de
tumoraciones no malignas en el
trayecto de los nervios.
Autosómica dominante producida
por el gen NF1.
3.-Medicina Forense:
Dispersos TANDEM
LINEs SINEs
Los genes de los ARNr (28s, 18s, y 5.8s) están repetidos más de
250 veces. Se encuentran 5 grupos de 50 genes. Están repartidos
en los brazos cortos de los cromosomas 13, 14, 15, 21 y 22.
NOTA: Las secuencias que codifican los diferentes tipos de ARN son genes. Fueron
clasificados como “extragénicos” sólo para facilitar la explicación de las secuencias
repetitivas del ADN.
TAMAÑO vs COMPLEJIDAD del genoma.
Genoma No. de Genes
HUMANO 3.200Mb 35.000
HONGO 12.1Mb 5.800
Secuencias
de control
N O Genes
LINES
SINES
Resumen de las Características Generales del Genoma
Humano (Nuclear)
-Sólo un pequeño porcentaje (<5%) codifica para proteínas o ARN
estructurales y catalíticos)
-Gran parte del genoma (45%) está formado por elementos móviles:
LINES, SINES, Transposones.
El genoma no es compacto y es
altamente desordenado
Representación
esquemática del
genoma humano
Secuencias
repetidas:
LINES
SINES
Intrones
Control de la
transcripción
Genes
Genoma Humano
ADN
2 22 13
ARNr ARNt Proteínas
Génico Extra-Génico
Nuclear Mitocondrial
Cadena Doble hélice lineal Doble hélice circular
No. de genes 35.000 genes 37 genes
Tamaño 3.200Mb 16.6 kb
ADN 3-5% 93%
codoficante
Asociado a Si: Histonas, forma cromatina No asociado a proteínas, no
proteínas forma cromatina
Froma Si. 46 por cada núcleo diploide No. Cada célula tiene múltiples
cromosomas copias de la molécula de ADNmt.
Intrones Si No
Herencia Materna y paterna. Materna
Susceptibilida Menos susceptible a Más susceptible a Mutaciones
d Mutaciones
Código AUA: Isoleucina AUA: Metionina
genético AGA-AGG: Arginina AGA-AGG: STOP.
UGA: STOP. UGA: Triptófano
% codificante 5% 65% (24 de 37)
para ARN
Los componentes proteínicos La mitocondria depende de
constituyentes de la cadena proteinas codificadas por el
oxidativa son 80…pero la genoma nuclear para
mitocondria codifica sólo 13 garantizar sus funciones
La mitocondria no
exporta sus
productos génicos
Mit
ocond
rias Cigoto
as
ondri
Mitoc
Individuo SANO
Distribución
50%
Individuo SANO
50%
Distribución
AFECTADO
Individuo SANO
- +
Primer grado de condensación: El Nucleosoma.
NUCLEOSOMA
Unidad básica elemental de la cromatina y los cromosomas,
constituidos por un patrón regular de asociación del ADN con las
proteínas Histonas, principal componente proteico del material
genético en eucariotas.
Nucleosomas
Microfotografía
electrónica
Cociente de Condensación = 6
HISTONAS
Núcleo
octamérico
Ejemplo: Enzimas
Acetilasas y
Desacetilasas de
histonas: Unen o
quitan grupos acetil
a aminoácidos como
la Lisina.
Cociente de Condensación = 6
Grados de condensación de ADN
- +
Segundo grado de condensación: EL SELENOIDE.
Selenoide
Nucleosomas
Formación de lazos de
superenrollamiento del
selenoide.
Cada lazo está formado
por 50-100 kb.
Generalmente hay un
gen en cada lazo.
Grado de
condensación: 50.000
Participa una
Proteína
Nuclear de
Andamiaje.
La cromatina en la interfase puede tener grados variables de
condensación
Eucromatina:
-Forma menos condensada.
-Mayoritaria en la interfase.
-Contiene genes que se expresan constitutivamente.
-Es accesible a las enzimas ADN y ARN polimerasas, factores
de transcripción, etc.
Heterocromatina:
-Forma más condensada.
-Minoritaria en la interfase.
-Constitutiva (centrómero-telómero) vs Facultativa (genes)
Tinción de Klüver-Barrera
Corteza cerebral de rata
Heterocromatina
Eurocromatina
ADN
(1)
Nucleosoma (6)
Selenoide
(40)
GRADOS DE
CONDENSACIÓN Cromatina o
Cromosoma
DEL ADN
interfásico
(50.000)
Cromosoma
Metafásico
(100.000)
4to. Grado de condensación: El CROMOSOMA METAFÁSICO
Mayor grado de condensación: 100.000 veces.
-Centrómero
Elementos básicos
estructurales y funcionales -Telómeros
de los cromosomas -Orígenes de Replicación
mutación
ADN nativo ADN alterado
Todo el genoma es susceptible de sufrir mutaciones
Endógenas Exógenas
Errores de replicación Agentes químicos
Errores de recombinación Agentes físicos (radiaciones)
Reparación inapropiada del ADN Agenets biológicos
Depurinación de nucleótidos
Deaminación de bases Nitrogenadas
Transposones y Retrotransposones
Tipos de Mutaciones
Transiciones y Transversiones
Sustitución Silentes y no Silentes
Sustitución de
bases Eventos de Conversión Génica
(sustitución de múltiples bases)
Anormalidades Numéricas
cromósómicas Estructurales
Transiciones y Transversiones
Sustitución silentes y no silentes
Sustitución de
bases Eventos de Conversión Génica
(sustitución de múltiples bases)
Purinas Pirimidinas
A G C T
G A T C
Transversión: Cuando una base púrica (A-G) se
sustituye por una base pirimidínica (C-T) y
viceversa.
Ejemplos: (8 posibilidades)
Purinas Pirimidinas
A T T G
A C T A
G T C A
G C C G
Las sustituciones (además de las deliciones y las inserciones)
pueden tener o no efecto sobre el producto génico: Mutaciones
Silentes y No silentes.
Arginina Arginina
Amnoácidos Codónes
ACA
Treonina ACC Tercera letra
dif.
ACG
CTA
Leucina La primera letra
dif.
TTA
AGA
Arginina La primera letra
dif.
CGA
No Silentes: El cambio de un nucleótido del triplete
modifica el sentido (amionoácido) o el marco de lectura
codificado. También llamadas mutaciones no silenctes, o
con sentido falso, alterado o equivocado.
Alteración del sentido: Cambio del aa codificado
Glutamato Valina
Hemoglobina Hemoglobina
normal
mutada
Anemia falciforme
Marco de lectura
Codón de
Eliminación de las terminación
Codón secuencias de
de Inicio empalme (UAA, UAG, UGA)
Proteína 1 + 1 = 2
Codón de inicio
? ? ? ? ?
Proteína
Codón de inicio
Deleción de una
UNI NOM ASU NOS OND OSS TOP
letra una letra
Proteína ? ? ? ? ?
No siempre se produce alteración del marco de lectura
por deleciones o inserciones
Proteína 1 + 1 = 2
Inserción o deleción
múltiplo de 3
Proteína -1 aa 1 + = 2
Gen SUMAmut UNI UNO MAS UNO UNO SON DOS STOP
Proteína + 1 aa 1 + 1 1 = 2
Mecanismos de producción y reparación
de las mutaciones
1.-Errores durante la replicación del ADN. 1/109
REPLICACIÓN NORMAL
Siempre se replica
en dirección 5 al 3.
No se han
encontrado enzimas
que sinteticen ADN
en sentido 3 al 5.
Replicación del ADN
Participan las siguientes enzimas: (Conducente o continua) Helicasa, ADN
polimerasa o (Retardada) Helicasa, Primasa, ADN polimerasa y Ligasa
5
3
5
3
Apareamiento normal de bases
¿ Que son las formas TAUTOMÉRIAS ?
Forma Adquiere
Aparea Par normal Par
Tautoméric propiedade
con Anormal
a s de
A* (imina) G C A T A* C
G* (Enol) A T G C G* T
C* (Imina) T A C G C* A
T* (Enol) C G T C T* G
ADN polimerasa y
ADN Ligasa
Desaminación de bases. Pérdida de un grupo amino de las bases
nitrogenadas. Causadas también por ROS
Desaminación de bases. Apareamiento anormal de las bases
desaminadas
Base
Base Aparea
Desamina
Normal con
da
A Inosina C
G Xantina T
C U A
5-metil C Timina A
No se
T
desamia
U
A Mutación
C U T
C T
G G A
C
G
I
Mutación
C
A I G A G
T T C
A
T
X
T
G X A Mutación
G A
C C T
G
C
Mecanismo de reparación de la Desaminación: Excisión de base.
Participan las enzimas Glicosidasas de ADN
pueden ser
producto de la
Uracil ADN
Glicosidasa Enzima reparadora
Excisión de Base
AP endonucleasa y
Exonucleasa
Corrige bases
abásico
Desaminadas
ADN polimerasa y
ADN Ligasa
Las enzimas Glicosidasas son muy
Uracil ADN específicas: Para Uracilo, Xantina,
Glicosidasa Hipoxantina.
NOTA IMPORTANTE:
Helicasa
ADN polimerasa y
Mecanismo de reparación:
ADN Ligasa
EXCISIÓN DE
NUCLEÓTIDOS
Agentes alquilantes
D AÑO AL ADN Agente
alquilante
Transferasas: Enzimas muy
específicas para cada molécula
y nucleótido
Nucleótidos CH3
Modificados Enzima
ADN +
Covalentemente
MECANISMO DE REPARACIÓN
Metil-Guanina
Reversión Metil transferasa
directa del daño
CH3
Enzima
Eliminación de ADN +
residuo unido
mediante la unón
covalente a la
enzima
La enzima no se recicla
reparadora
ROS ROS
D AÑO AL ADN
Rayos X Rayos X
Desaminación Despurinación
(esto ya es un sitio abásico)
MECANISMO DE REPARACIÓN
M M
M M M
M M M
C A T G
G T A C
M
M
C A T G La metilación de la
hebra hija es
G T A C retardada, por lo que
M se puede diferenciar
M por pocos minutos la
C A T G hebra hija de la
parental
G T A C
M
El proceso de reparación de la bases mal apareadas lo inician las
proteínas MutS y MutL
Mal apareaiento
M M
S
M M
2
L
Actividad
Endonucleasa
S
M M
3 L
Bases mal apareadas (continuación)
M M
Helicasa
Exonucleasa
M M
ADN Polimerasa
+ ADN Ligasa
M M
BU
BU A
G
T BU
C
A A
A
G
T
Tipos de Mutaciones
Transiciones y Transversiones
Sustitución Silentes y no Silentes
Sustitución de
bases Eventos de Conversión Génica
(sustitución de múltiples bases)
Anormalidades Numéricas
cromósómicas Estructurales
Inserción-Deleción en secuencias repetitivas
Deslizamiento de la ADN Polimerasa durante la Replicación del ADN
5
3
5
3
El
deslizamiento
puede ocurrir
tanto en la
hebra molde
como la hebra
nueva
Lazo en
Lazo en hebra molde
hebra hija
Replicación
Inserción Replicación
Deleción
Las secuencias microsatélites y pequeñas secuencias en
tandem son puntos calientes para deleciones e insercions.
CAG
hebra hija
CAG
Polimerasa
5 3
CAG CAG CAG CAG CAG n: 11
Normal CAG
Normal Huntington
A partir de un umbral de
repeticiones se producirá la
expansión o deleción de tripletes
Síntesis de AN
Ruptura de la
doble hélice
Apareamiento
Endonucleas
a 5`limitada
Apareamiento
Resolución por
del corte y unión
cromosoma
roto con el
intacto
Síntesis de AN Modelo de Holliday de recombinación
homóloga
Unión de Holliday
Apareamiento
Resolución por
corte y unión
La recombinación
puede acarrear
mutaciones si ocurre
en secuencias génicas:
recombinación alélica
o intragénica: Produce
genes de fusión los
cuales pueden ser
afuncionales
También puede producir deleciones e inserciones
Recombinación
homóloga desigual:
entre dos cromosomas
homólogos
Recombinación
homóloga desigual:
entre dos cromátidas
hermanas
Secuencia
perdida
Exonucleasa
Molde del
cromosoma
homólogo
Ligasa
ATM
detecta la
doble
ruptura y
activa la
maquinaria
de RH
Unión por extremos no
homóloos
Conversión
Recombinación
Génica
Es Necesario el empleo de
un mecanismo de
reparación del mal
apareamiento para que
ocurra la conversión.
La Conversión
Génica rompe con
Célula con un par las reglas de la
de cromosomas segregación
homólogos
Alelo Pat. Alelo Mat.
Recombinación
homóloga
Zona de
reconversión
génica
50% 50%
La Conversión
Génica rompe con
Célula con un par las reglas de la
de cromosomas segregación
homólogos
Alelo Pat. Alelo Mat.
Recombinación
homóloga
Zona de Reconversión
reconversión
génica
100%
Conversión Génica como origen de mutaciones
Conversión inter-alélica Conversión inter-locus
Conversión Conversión
Génica Génica
Mecanismos:
-Modulación del ciclo celular (puntos de chequeo).
-Activación los mecanismos de reparación.
-Inducción de la apoptosis (si el daño es irreprable)
Otros problemas relacionados a la Replicación:
CORTAMIENTO TELOÉRICO DE LAS MOLÉCULAS DE ADN
Durante la replicación se
emplean Primers de ARN ARN
5` 3`
Primasa
5` 3`
Acortamiento de la molécula de ADN produciendo un segmento
3`libre
Esto ocurre en los 2 extremos del cromosoma
La horquilla de replicación crece en dos sentidos
Origen de replicación
Primer de ARN de la
hebra retardada
5 3
3 5
3
5
5
5 3
3 5
Los extremos 5 3
3`están 3 5
desapareados
5 3
3 5
El acortamiento se debe a que el final de los cromosomas lineales no
hay espacio para el primer de ARN del último fragmento de Okazaki
Acortamiento de los telómeros con cada replicación
TTAGGG
Al llegar al punto crítico la célula muere por activación de la P53…
…..Apoptosis
3.- Translocación de la
enzima: Se mueve hacia
el nuevo extremo
3`sintetizado
Mecanismo de acción de la Telomerasa
1
3
Secuencia nueva
(alargamiento del 3`)
La activación de la telomerasa permite a las células germinales y
troncales (células madre) “no envejezcan” y se multipliquen
indefinidamente. Ejemplo: Células madre hematopoyéticas.
Auto-renovación
Las células tumorales “no envejecen”.
También presentan la Telomerasa activada.
Formación del
Lazo-T:Triple
hebra de ADN
Asociaión con
proteínas no
histonas TRF 1 y 2
Formación de la
caperuza
protectora
Proteínas
ARNi
Genes tipo2: Transcritos por la ARN polimerasa II. ARNm para todas las
proteínas y para las RNP particiapantes en el splicing (snRNP).
Estas dos células poseen la misma
información genética.
¿ Que hace la diferencia ?
Control de la estabilidad y
Control del procesamiento del ARN
degradación del ARN
Control del transporte y Control de la actividad de la
localización del ARN proteína
Control transcripcional
Hebra 5`-3`:
Tiene sentido (codifica)
No se traduce por la ARN
polimerasa
Hebra 3`-5`:
Antisentido (no codifica)
Se traduce por la ARN
polimerasa
CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG Hebra 5`-3`:
GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC GTC Hebra 3`-5`:
ARN polim
CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG CAG ARNm
Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Proteína
Además de las secuencias codificantes existen secuencias no
codificantes que modulan la expresión……ELEMENTOS EN CIS
Potenciadores
o Silenciadores
1.-Ensamblaje de la
ARNpolimerasa con sus
Cada uno de estos Potenciadores: mediadores
elementos permite la Aumentan
interacción del ADN 2.-Atracción/repulsión, Unión,
Modificación
con proteínas que
(activación/desactivación) y
modifican o regulan la
actividad del Silenciadores: Posicionamiento en el
maquinaria Disminuyen promotor
transcripcional
1.- Unión de TBP (proteína activara) a la caja TATA.
2.- Unión del FT TAF II y la ARN polimerasa al core del
promotor (INR).
3.- Inicio del proceso transcripcional
Modulación de la maquinaria transcripcional
por los elementos del promotor
Remodelación de la cromatina
por parte de la maquinaria
transcripcional
La maquinaria transcripcional es
capaz de modificar la posición de los
nucleosomas y el grado de Metilación
del ADN y de Acetilación de las
histonas: Algunos factores de
transcripción se asocian con
Acetilasas o desacetilasas de histonas
Activa:
Acetilada y
desmetilada
Inactiva:
Desacetilada y
Abierta: Cerrada:
metilada
Inactiva
Activa
El grado de metilación del ADN y de acetilación de las
histonas es uno de los principales mecanismos de control de
la expresión génica
Durante la
gametogénesis El alelo paterno será
Genes con
masculina el gen con silenciado, no se
impronta
impronta paterna es expresa, está
paterna
metilado IMPRONTADO
Durante la
El alelo materno será
Genes con gametogénesis
silenciado, no se
impronta femenina el gen con
expresa, está
materna impronta materna es
IMPRONTADO
metilado
Potenciadores
o Silenciadores
1.-Ensamblaje de la ARNpolim
sus mediadores
Cada uno de estos Potenciadores:
elementos permite la Aumentan
interacción del ADN 2.-Atracción/repulsión, Unión,
Modificación
con proteínas que
(activación/desactivación) y
modifican o regulan la
actividad del Silenciadores: Posicionamiento en el
maquinaria Disminuyen promotor
transcripcional
Factores de transcripción basales: todos
los genes (constitutivos e inducibles)
Cierre de Leucina
Hélice-giro-hélice
Hélice-lazo-hélice
CREB (CRE-binding protein)
CREB
AP-1
FOS/JUN
CREB P-CREB
Fos/Jun FOS/JUN
gen
Genes de respuesta
lenta
Tiroxina Hidroxilasa
Corticoides
Esteroideos Andrógenos
Estrógenos-Progesterona.
Ligandos
Hormona Tiroidea
No Esteroideos Vit. D
Ac. Retinoico
Recep HSP90
Esteriodeo
EST
Inactivo
Activo
EST
Recep
Esteriodeo
Núcleo
Mecanismo de acción anti-inflamatorio de los esteroides.
Esteroide
Receptor de
Esteroide IKβ2 NFKβ (gen pro-
inflamatorio)
Promotor del
gen del IKβ2
Factores de Transcripción
activados por ligandos no
Esteroideos
H. Tiroidea
Ac. Retinoco
H.T Inactivo
(monómero)
Recep
Hor.Tiroidea
Activo
H.T (heterodímero)
Recep
Hor.Tiroidea
Recep
Hor.Tiroidea
Núcleo
Procesamiento del ARN primario o nuclear: Maduración del ARN
Facilitan la traducción
Splicing de intrones
Formación de la caperuza y la
cola PoliA
Pre-ARN o
Splicing de intrones ARN ARN maduro
núclear
Splicing de intrones
5`: G-ppp-X X X X AG G X X X X A A A A A A A- 3`
Doble ataque nucleofílico
catalizado por snRNP
Activado
El splicing
puede ser
modulado Desactivado
El procesamiento del ARN puede no ser tan directo:
Procesamiento Alternativo (Splicing)
Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4
Pre-RNA
RNAm 1 Proteína
1
RNAm 2 Proteína
2
RNAm 3 Proteína
3
Inserción
Ejemplo de sustituciones
Ferritina Ferritina
Desadenilación
Modulación por
elementos de respuesta
Mecanismos
de Ribozimas
degradación
del ARN
ARN antisentido
ARN de interferencia
Desadenilación
75
Cuando se
alcanza el
umbral de 30
A, el ARNm se
30
hace
susceptible a
ARNasas
La estabilidad del ARNm puede ser modificada por señales
extracelulares, a través de elementos de respuesta
DICER
RISC+
Argonauta
(degrada la
hebra sentido)
Unión por
complementareidad
al ARNm diana
Ruptura proteolítica
Glicosilación
Fosforilaión
Acilación
Oxido-Reducción
Splicing de proteínas (inteínas)
Degradación