Relacin estructura-actividad biolgica:

Un camino hacia la comprensin de la biocatlisis

Gabriela Irazoqui y Carmen Manta

Prof.Adjuntas de Bioqumica Facultad de Qumica

Niveles en la estructura de protenas

Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

Secuencia de aa

Hlices y Hojas

Dominios

Agregados de varios polipptidos

Supersecundaria: Motivos

Las protenas estn formadas por combinaciones de 20 -aminocidos

Aminocidos polares y con carga

Aminocidos con carga negativa
glutamato aspartato

Aminocidos polares
asparragina glutamina

Aminocidos con carga positiva

lisina serina treonina tirosina arginina histidina

Aminocidos no polares
Prolina (Pro) Fenilalanina (Phe)

Cadenas laterales no polares

Glicina (Gly)

Alanina (Ala)

Valina (Val) Metionina (Met) Triptofano (Trp)

Leucina (Leu))

Isoleucina (Ile)

Cistena (Cys)

Formacin del enlace peptdico

O N C C O

C C N C O O

O C O C C O N C C O

Resonancia del enlace peptdico

Coplanaridad del enlace peptdico

O O C

C O C C N N C C C N O C C C C C C O O C

C C

Hlices alfa

Hoja plegada

Estructura Supersecundaria
Motivos

Motivo

Figura extractada de Bioqumica de Stryer 4Edicin

Niveles en la estructura de protenas

Primaria Secundaria Terciaria Cuaternaria

Secuencia de aa

Hlices y Hojas

Dominios

Agregados de varios polipptidos

Supersecundaria: Motivos

Interacciones estabilizantes del plegamiento de una protena globular

Dominios

Dominios que se repiten en la cadena liviana de una inmunoglobulina*.

Figura extractada de Bioqumica de Stryer 4Edicin

Estructura de una inmunoglobulina

Formada por : dos cadenas pesadas (H) dos livianas (L)

L H H L
Diagrama esquemtico de IgG de conejo
puentes disulfuro intercadena ___ puentes disulfuro intercadena

Cadena pesada (H) 4 dominios

Cadena pesada (H) 4 dominios

Cadenas livianas (L) 2 dominios (c/u)

Termodinmica del Plegamiento Proteico

0 +

-TDS
DH
Interacciones internas Entropa conformacional

-TDS
Efecto hidrofbico Efecto neto

DGplegado< 0

DG

Extractado de Bioqumica de Mathews Van Holde

La secuencia de aminocidos determina la conformacin espacial de las protenas

Enzima activa (nativa) Adicin de urea y MSH

Experimento Anfinsen:
Ribonucleasa
Hay 105 formas de aparear las 8 Cys y solo una presenta actividad biolgica

Enzima inactiva (disulfuros reducidos)

Remocin de urea y MSH

Enzima activa (disulfuros formados correctamente).

CATALISIS EN LOS SISTEMAS BIOLOGICOS

Es esencial para permitir que muchas reacciones bioqumicas de importancia crucial se produzcan a una velocidad til en condiciones fisiolgicas.

Enzimas

ESTRUCTURALMENTE

En su gran mayora son protenas (excepcin algunos ARN)

ENZIMAS
PROPIEDADES MAS IMPORTANTES

aumentan muchsimo la velocidad de las reacciones (poder cataltico)

son muy especificas como son macromolculas que actan en los seres vivos funcionan en soluciones acuosas

a temperaturas que llamamos moderadas y presin ambiente

Una reaccin qumica transcurre en forma espontnea si : DG = DH T DS < 0 Sin embargo esto no quiere decir que se de a una velocidad apreciable

Qu es un Catalizador?
Es una molcula que acelera la velocidad de una reaccin sin participar en ella

Para que una reaccin qumica ocurra debe cumplirse:

Los reactivos (S) deben colisionar

La colisin debe ocurrir con la orientacin adecuada

Los reactivos deben poseer suficiente energa (Ea)

Perfil energtico de la reaccin (NO CATALIZADA) Estado de transicin Energa Libre, G

(estado de mayor energa)

Estado basal Estado basal

Coordenada de reaccin

Mecanismo de la accin enzimtica

Formacin del complejo ES

E+S

ES

EP

E+P

Interaccin dada por las mismas fuerzas dbiles que estabilizan la estructura proteica: puentes de H, interacciones hidrofbicas, inicas y de van der Waals

La formacin de cada interaccin dbil viene acompaada de una pequea liberacin de energa libre que estabiliza la interaccin

ENERGIA DE FIJACION

principal fuente de energa libre utilizada para disminuir la energa de activacin de las reacciones

SUSTRATOS

La proximidad y la orientacin del S y los aa catalticos promueven las reacciones qumicas

ENZIMA

Componente entropico desfavorable

ESTADO DE TRANSICIN

La energa de fijacin liberada por la unin entre el S y la E revierte esta perdida

PRODUCTO

G#= H#-T S# Energa del estado de transicin

Perfil energtico de la reaccin CATALIZADA

E+S

ES
Estado de transicin

EP

E+P

Energa Libre, G

no catalizada

Coordenada de reaccin

En resumen el mecanismo de catlisis enzimtica :

*Aumenta la probabilidad de una orientacin adecuada

Disminuye los movimientos relativos de las molculas que deben reaccionar Los sustratos se mantienen en la orientacin correcta, favoreciendo colisiones productivas

* Disminuye la Ea
La energa proveniente de la interaccin enzima-sustrato se llama energa de fijacin y es la principal fuente de energa libre utilizada para

disminuir la energa de activacin de las reacciones.

CARACTERISTICAS DE LA ACCION CATALITICA

1. Al final de la reaccin la enzima mantiene su configuracin inicial
2. La enzima NO modifica la constante de equilibrio de la reaccin NI las caractersticas termodinmicas del sistema 3. La enzima hace que la reaccin se aproxime ms rpido al equilibrio

4. La enzima afecta la velocidad de la reaccin

SITIO ACTIVO DE LAS ENZIMAS

Las molculas de sustrato se unen a un sitio particular en la protena, llamado sitio activo, donde tiene lugar la catlisis.
La unin del sustrato al sitio activo de la enzima depende de la misma clase de fuerzas (dbiles) que mantienen su estructura terciaria Sitio activo: bolsillo o una hendidura rodeada por cadenas laterales de aa que facilitan la unin del sustrato y/o intervienen en la catlisis.

Los aminocidos que conforman el sitio activo no son secuenciales

SITIO ACTIVO

AMINOACIDOS QUE CONTRIBUYEN A LA FIJACION DEL SUSTRATO AL SITIO

AMINOACIDOS CATALITICOS

GRUPOS CATALITICOS ESPECIFICOS CONTRIBUYEN A LA CATALISIS

Catlisis cido-base: se da la estabilizacin de intermedios cargados inestables por transferencia de H+ para formar una especie que se descompone mas fcilmente en los P

Catlisis covalente: implica la formacin de un enlace covalente transitorio entre la enzima y el sustrato.

Catlisis por iones metlicos: ayudan a orientar el S para que reaccione, o a estabilizar intermedios cargados, o a facilitar reacciones de xido-reduccin

ESPECIFICIDAD POR EL SUSTRATO:

En general un enzima cataliza una sola reaccin qumica o un grupo de reacciones estrechamente relacionadas. El sitio activo de la enzima tiene grupos funcionales ordenados de manera optima para formar una serie de interacciones dbiles con un sustrato determinado, en el estado de transicin complementariedad geomtrica complementariedad electrnica

ESPECIFICIDAD GEOMETRICA
La enzima es selectiva respecto a la identidad de los grupos qumicos de sus sustratos Enzimas: variacin grande en el grado de especificidad geomtrica Absoluta Pequeo rango de compuestos relacionados
(alcohol deshidrogenasa)

Permisivas (enz digestivas)

Estereoespecificidad conferida por la enzima.

COOCH2 OH C COOCH2 COOCITRATO

La superficie asimtrica de la enzima puede conferir estereoespecificidad en la reaccin de un sustrato simtrico.