3.

1 Introduo

Definies:
Genoma: Conjunto completo de genes de um organismo
Transcriptoma: Conjunto completo de genes expressos sob certas condies
Proteoma: Conjunto completo de protenas

LGCM

URLGA

Nmero de ORFs

(define o potencial do genoma)

Nmero de genes Anlise do transcriptoma

(genes expressos em determinadas clulas e tecidos)

LGCM

URLGA

3.2 Mapeamento Genmico

Definies:
Mapa gentico: define a distncia entre mutaes em
termos de freqncia de recombinao
Mapa por restrio: Digesto do DNA com enzimas de restrio e medio da distncia entre os stios de quebra Mapa definitivo: conseguido atravs do seqenciamento do LGCM URLGA DNA

3.2 Variao genmica

Fenotpico: funo do gene afetada

Polimorfismo

Fragmento de restrio: stio alvo de enzima afetado Seqncia: anlise direta do DNA

RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism): diferena no mapa de restrio entre dois (ou mais) indivduos

URLGA

3.4- RFLPs and SNPs can be used for genetic mapping

RFLPs e SNPs so teis para a construo de mapas de ligao e testes de paternidade. Mapeamento gentico: marcadores: RFLPs, SNPs gentipo e/ou fentipo de interesse

freqncia de recombinao

3.4- RFLPs and SNPs can be used for genetic mapping

O conjunto de determinados stios de restrio, genes ou outros marcadores chama-se hapltipo. O alto polimorfismo de RFLPs e SNPs garante que cada indivduo tenha um componente gentico nico. paternidade

3.4- RFLPs and SNPs can be used for genetic mapping

Polimorfismos de restrio ocorrem aleatoriamente em todo o genoma. Existe a possibilidade de 100% de ligao entre o stio de restrio e o gene de interesse. diagnstico, mapeamento e isolamento do gene

3.4- RFLPs and SNPs can be used for genetic mapping

Polimorfismos de restrio ocorrem aleatoriamente em todo o genoma. Existe a possibilidade de 100% de ligao entre o stio de restrio e o gene de interesse. diagnstico, mapeamento e isolamento do gene

3.5- Why are genomes so large?

No h relao clara entre o tamanho do genoma e a complexidade gentica. No entanto, entre os diferentes filos h a necessidade de um aumento mnimo do genoma, o que pode ser refletido em um aumento da complexidade anatmica e fisiolgica.

3.5- Why are genomes so large?

No possvel concluir a partir do tamanho do genoma o nmero de genes de um indivduo. A complexidade no pode ser determinada apenas pelo tamanho do cdigo gentico.

3.6- Eukaryotic genomes contain both nonrepetitive and repetitive DNA sequences
Seqncias no repetitivas de DNA. Seqncias repetitivas de DNA. moderadamente repetitivas: 10 1000 cpias Transposons: podem ocupar mais da metade do genoma de um eucarioto muito repetitivas: milhares de cpias

3.6- Eukaryotic genomes contain both nonrepetitive and repetitive DNA sequences
Repeties podem ser um indicativo do potencial codificador do genoma, pois mRNAs originam-se geralmente de seqncias no repetitivas.

O nmero genes bacterianos varia uma ordem de magnitude

NMERO DE GENES EM BACTRIAS

O tamanho do genoma proporcional ao nmero de genes. Parasitas intracelulares obrigatrios: genoma de at 1,5 Mb Reduo do n de genes (metabolismo e regulao da expresso) Mycoplasma genitalium - ~ 470 genes

Archaea: genoma 1,5 3 Mb (1.500 2.700 genes)

Bactrias de vida livre: 1,5 < 8 Mb Aquifex aeolicus 1,5 Mb 1512 genes S. meliloti - ~ 7 Mb - ~ 6000 genes

Existe variao entre linhagens: E. coli 4,6 Mb (4249 genes) at 5,5 Mb (5361 genes).

FUNO GNICA ~ 60% dos genes podem ser identificados por homologia com genes conhecidos de outras espcies

Genes relacionados com metabolismo, estrutura celular, transporte e regulao da expresso gnica

~ 25% dos genes no se conhece funo

O nmero total de genes conhecido para algumas espcies

Em eucariotos parece no existir uma relao entre o tamanho do genoma e o n de genes dos organismos.

D. melanogaster possui um genoma maior que o de C. elegans entretanto seu n de genes menor

Resultado de splicing alternativo A. taliana possui um genoma maior do que o do C. elegans

Somente 35% dos genes so cpia nica

Oryza sativa X Arabidopsis taliana

Genoma 4x maior, porm apenas 50% mais genes 42-45% do genoma constitudo por DNA repetitivo 80% dos genes de A. taliana esto presentes em Oryza sativa

Destes, 8000 so encontrados apenas em plantas

FUNO GNICA

Tamanho das protenas:

Aumenta de procariotos e archaea para eucariotos

PORM

Isto representa um aumento muito pequeno no tamanho do genoma destes organismos

Nmero de genes expressos?

Quantos tipos diferentes de genes existem?

Somente alguns genes so nicos e sua proporo diminui com o aumento do tamanho do genoma

O nmero de diferentes tipos de genes de um organismo em geral menor que o nmero total de genes deste organismo

Grande parte dos genes so agrupados em famlias, de acordo com a sequncia de seus exons.

Duplicao gnica

Mesma protena

Protenas relacionadas

Genes ortlogos genes que codificam protenas correspondentes em diferentes organismos.

80% de similaridade

Pseudogenes cpias de genes que se tornaram no-funcionais (devido a mutaes, principalmente).

Em homens e camundongos estima-se que 10% do total de genes so pseudogenes.

3.10 A conservao da organizao do genoma ajuda a identificao de genes.

Organizao dos genes ativos: - O primeiro exon vem imediatamente aps o promotor - Os exons interiores so flanqueados por regies de corte - O ltimo exon seguido pela regio 3 - A janela de leitura comea com cdon de iniciao e finaliza com o cdon de terminao.

LGCM

URLGA

Dificuldades na identificao dos genes ativos: -Algortmos utilizados para conectar exons no so muito eficientes quando os genomas so muito grandes e h grandes distncias entre os exons -Distinguir genes ativos de pseudogenes

-Essas dificuldades podem ser amenizadas comparando as regies dos genes com genomas de diferentes espcies.

3.11 O genoma humano tem menor nmero de genes do que o esperado

- Somente 1% do genoma humano consiste em regies codificadoras - O genoma humano tem entre 30.000- 40.000 genes - Os exons compreendem aproximadamente 5% do gene - H splicing alternativo em aproximadamente 60% dos genes humanos

3.12 Distribuio dos genes e de outras seqncias no genoma

45% 1% 24% 5% 3% 22% Transposons Exons Introns Grandes regies duplicadas (10-300kb) Pequenas repeties Outros DNAs intergnicos

Espcies mais complexas evoluem pela adio de novos genes

A comparao da seqncia do genoma humano com as seqncias encontradas em outras espcies, revela caractersticas do processo evolutivo.
Metabolismo bsico, replicao, transcrio e traduo

Poucos codificam para enzimas origem ancestral

Organelas, componentes do citoesqueleto

Diferenciao dos tecidos

Espcies mais complexas evoluem pela adio de novos genes

A comparao da seqncia do genoma humano com as seqncias encontradas em outras espcies, revela caractersticas do processo evolutivo.

Bactrias

Vertebrados

Adio de grupos gnicos, representando as novas funes necessrias em cada estgio

 Cerca de 1300 protenas so comuns ao proteoma de leveduras, vermes, moscas e humanos.

8% 10% 12% 22% 35%

Muitas protenas novas comparado com o de outros eucariotos

Proteoma humano

Relativamente, poucos domnios protecos novos A maioria comum ao reino animal Combinaes de domnios novas (arquiteturas protecas diferentes)

Adio de funes requeridas para a interao entre as clulas

Quantos genes so essenciais?

Manuteno de um gene ao longo da evoluo

Confere uma vantagem seletiva para o organismo

Mas quantos, realmente, so essenciais, ou seja, sua ausncia letal para o organismo ?

Anlise mutacional

Determinar o nmero de genes essenciais

Mycoplasma genitalium - ~2/3 dos genes so essenciais E. coli pouco menos da metade dos genes parece ser essencial S. cerevisiae 18,7% dos genes so essenciais para o crescimento em meio rico

Cerca de 50% dos genes envolvidos com a sntese protica so essenciais

 Anlise sistemtica dos efeitos da perda de funo para 86% dos genes de C. elegans

 Genes conservados tendem a preencher funes mais bsicas, e essenciais;

proporo de genes essenciais dentre aqueles que se apresentam em apenas uma cpia por genoma haplide. Muitos genes letais podem atuar to precocemente, que nunca vemos seus efeitos.
A maioria dos defeitos genticos conhecidos so devidos a mutaes de ponto

Mas como explicar a sobrevivncia de genes cuja deleo parece no ter efeito?

Redundncia Esses genes, na verdade, tm efeitos significantes sobre o fentipo no mnimo durante a evoluo, no sendo evidentes para ns.

Os genes so expressos em diferentes nveis

Em qualquer clula, a maioria dos genes so expressos em uma baixo nvel. Apenas um pequeno nmero de genes, cujos produtos so especializados para o tipo celular, so altamente expressos. A proporo de DNA representada em uma populao de mRNA pode ser determinada pela quantidade de DNA que pode hibridizar com o RNA. Tecidos somticos de eucariotos superiores, geralmente, expressam de 10 a 15 mil genes.

Metade da massa representa um nico mRNA

15% da reao, complexidade de 15 Kb, correspondendo a 7-8 espcies de mRNA

35% da reao, complexidade de 26 Mb, que corresponde a ~13000 espcies de mRNA

3.16 Quantos genes so expressos?

Clulas eucariticas expressam aproximadamente de 10.000 a 20.000 genes.

Quantos desses genes so expressos em diferentes tecidos?

Quantos genes so especficos para cada tecido?

Essas questes so geralmente respondidas analisando o transcriptoma.

Existem diferenas substanciais entre genes expressos em larga escala.

Mas os mRNAs abundantes representam uma pequena proporo dos genes expressos.

Para analisar diferenas entre transcritos de tecidos diferentes, necessrio saber a extenso das intersees no mRNA de pequena escala.

Por exemplo, ~75% dos genes expressos no fgado e no oviduto so iguais.

~12.000 genes so expressos tanto no fgado quanto no oviduto.

~5000 genes adicionais so expressos apenas no fgado.

~3000 genes adicionais so expressos apenas no oviduto.

mRNA expressos em pequena escala sobrepe-se extensivamente.

90% desse mRNA escasso so idnticos entre rim e fgado de camundongos.

Portanto, apenas 10% do mRNA nico para cada tecido.

Isso sugere que a maior parte dos genes exercem funes necessrias em todos tipos celulares. So constitutivos (housekeeping genes).

3.17 O nmero de genes expressos pode ser medido em massa

3.18 Organelas possuem DNA

Mitocnndria e cloroplastos possuem genomas que no apresentam herana Mendeliana.

Genomas de organelas realizam segregao somtica em plantas

Comparaes de DNA mitocondrial sugere que os seres humanos descendem de uma nica fmea que viveu a 200.000 anos na frica.

3.19 Genomas de organelas so DNAs circulares

que codificam as protenas das organelas

Formado, geralmente, por molculas circulares de DNA uma organela apresenta vrias cpias de seu genoma Genomas de cloroplastos so relativamente grandes

 mitocondrias mostram tamanhos variados de genoma o nmero de genes codificadores de protenas pequeno a maior parte codificadora de componentes das subunidades dos complexos da respirao I-IV genes codificadores de RNA Genoma mitocondrial apresenta introns, exceto nos mamferos

3.20 Organizao do DNA mitocondrial varivel

DNA mitocondrial de clulas animais compacto e codifica 13 protenas, 2 rRNAs e 22 tRNAs
no h introns e alguns genes se sobrepem as protenas esto envolvidas na respirao

mtDNA de levedura 5x maior do que o animal devido presena de longos introns

ocorre maior disperso de loci

3.21 Mitocondria evoluiu por endossimbiose

Clulas primitivas capturaram bactrias que forneciam as funes de mitocondrias e cloroplastos Homologias em seqncias sugerem que mitocondrias e cloroplastos evoluram separadamente organelas devem ter transferido genes essenciais para o ncleo da clula
- transferncia ocorreu ao longo de perodos evolucionrios e ainda continua - mudanas na seqncia so necessrias para o sucesso da expresso

3.22 O Genoma do cloroplasto codifica vrias protenas e RNAs

Cloroplastos apresentam DNA com tamanho variado: 120190 kb
codifica todos os rRNAs e tRNAs necessrios para a sntese protica, e aproximadamente 50 protenas os genes da organela podem ser transcritos e traduzidos pelo aparato da mesma

 a origem endossimbitica do cloroplasto enfatizada pelas relaes entre seus genes e seus correspondentes bacterianos muitos genes dos cloroplastos codificam protenas que compem complexos localizados nas membranas dos tilacides