Tupandactylus imperator известен по четырём почти полным черепам.

Голотипом является
образец MCT 1622-R, череп и частичная нижняя челюсть, найденные в формации Крато,
датируемой границей аптского — альбского ярусов мелового периода, около 112 миллионов
лет назад[1]. Первоначально образцы были описаны как разновидность тапежары[2], но более
поздние исследования показали, что это отдельный род. Череп был беззубым и имел
заметный сагиттальный гребень, основа которого была костяной: передняя часть несла
высокий костяной стержень, расширяющийся вверх и назад, а заднюю часть гребня составлял
длинный зубец, выступающий назад. Большая часть гребня была составлена из мягкой ткани,
подобной кератину, поддерживаемая двумя костными распорками[3]. Дополнительный череп,
описанный в 2011 году (образец CPCA 3590), сохранил большую часть нижней челюсти,
показавшей, что, как и тапежара, T. imperator нёс большой, асимметричный килеподобный
гребень на нижней стороне переднего края нижней челюсти[4].
Некоторые образцы Tupandactylus сохранили остатки кератинового клюва на концах
челюстей. Тем не менее, кератиновый покров ограничивался гребенчатой частью нижней
челюсти. Один из образцов сохранил пикнофибры (перьеподобные волокна), охватывающие
задние части челюстей