Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
Мур,
д-р педагогических наук
Автор книги Химия для чайников
Ричард Х. Лэнгли,
д-р философии
Автор нескольких популярных книг по химии и биохимии
Биохимия
чаиников
ДЛЯ V ®
Biochemistry
Ьу John Т. Moore, EdD, and
Richard Langley, PhD
чаиников
ДЛЯ V ®
Ки'iв
Комп'ютерне видавництво
"ДIАЛЕКТИКА''
2021
УДК 577.1
М91
Введение 17
Об этой книге 18
Принятые соглашения 18
Как пользоваться книгой 19
Простые предположения 19
Структура книги 20
Часть 1. Основы основ: базовые понятия 20
Часть 2. Фундамент биохимии: белки 20
Часть 3. Углеводы, жиры, нуклеиновые кислоты и другие соединения 20
Часть 4. Биоэнергетическая химия и метаболизм 21
Часть 5. Генетика: почему мы такие, какие есть 21
Часть 6. Великолепные десятки 21
Пиктограммы, используемые в книге 21
С чего начать 22
Ждем ваших отзывов! 22
Содержание 7
Вечная память: редкие аминокислоты 80
Базовые принципы взаимодействия аминокислот 80
Внутримолекулярные силы: взаимодействие аминокислоты с другими
молекулами 82
Зависимость взаимодействия от уровня рН 83
Объединение аминокислот: как оно происходит 85
Пептидная связь и дипептид 85
Трипептид: добавляем аминокислоту к дипептиду 86
Глава 5. Строение и функции белков 87
Белки: не только для питания 87
Первичная структура: есть у всех белков 89
Создаем белок: общий принцип 89
Упорядочивание аминокислот 90
Пример: первичная структура инсулина 91
Вторичная структура: есть у большинства белков 92
а-спираль 92
�-складчастая листовая структура 93
�-виток и Q-петля 96
Третичная структура: есть у многих, но не всех белков 96
Четвертичная структура: есть только у некоторых белков 97
Анализ белка как исследовательский метод 97
Выделение белков в клетке 98
Все точнее и точнее: определение последовательности аминокислот 1О1
8 Содержание
Сложности практического применения 122
И снова математика: графики Лайнувивера-Берка 123
Ингибирование: подавление ферментов 125
Конкурентное ингибирование 126
Неконкурентное ингибирование 126
График ингибирования 126
Регуляция ферментов 126
Содержание 9
Стероиды: прокачиваемся 167
Простагландины, тромбоксаны и лейкотриены: зачистка 168
10 Содержание
Проинсулин 203
Ангиотензиноген 205
Бей или беги: гормональное действие 206
Изучаем послание: гормональное регулирование 206
Модели гормонального действия 207
Содержание n
Мембранные липиды 257
Аминокислоты 258
Глава 14. Ароматная биохимия: азот и биологические системы 265
Азотное кольцо: пурины 265
Биосинтез пуринов 266
Стоимость синтеза 269
Синтез пиримидинов 270
Первый этап: карбамаилфосфат 271
Второй этап: оротат 272
Последний этап: цитидин 277
Обратно к истокам: катаболизм 277
Катаболизм нуклеотидов 278
Катаболизм аминокислот 278
Катаболизм гема 279
Избавляемся от ненужного: цикл образования мочевины 280
Снова об аминокислотах 283
Нарушения метаболизма 284
Подагра 284
Синдром Леша-Нихана 284
Альбинизм 285
Алкаптонурия 285
Фенилкетонурия 285
12 Содержание
Серповидно-клеточная анемия 310
Гемохроматоз 310
Муковисцидоз 310
Гемофилия 311
Болезнь Тея-Сакса 311
Глава 16. Расшифруй это! Транскрипция РНК 313
Виды РНК 314
Требования к РНК-полимеразе 314
Создание РНК: самое главное 315
Начало транскрипции РНК 315
Прокариотические клетки 317
Эукариотические клетки 321
Ничего секретного: генетический код 324
Кодоны 325
Коды запуска и завершения 327
Модель регуляции генов 328
Модель Жакоба-Моно 329
Регуляция генов у эукариот 332
Глава 17. Трансляция: синтез белков 337
Трудности перевода 337
Зачем нужна трансляция 338
Все вместе: рибосома 338
Участники трансляции 338
Капитан команды: рРНК 339
Перехват инициативы: иРНК 340
Игра в разгаре: тРНК 340
Выход в финал: активация аминокислот 342
Синтез белков 345
Активация 345
Инициация 345
Удлинение 346
Завершение 347
Гипотеза неоднозначного соответствия 347
Особенности трансляции в эукариотических клетках 349
Рибосомы 349
Инициатор тРНК 351
Инициация 351
Содержание 13
Удлинение и завершение 351
14 Содержание
Об авторах
Джон Мур родом из западных предгорий Северной Каролины. Он успеш
но окончил университет Северной Каролины в Эшвилле, получив степень
бакалавра по химии. Следующую научную степень - магистра Джон полу
чил в частном университете "Фурман" в Гринвилле, Южная Каролина. Отслу
жив в армии, он решил попробовать себя в преподавательской деятельности.
В 1971 Джон был принят преподавателем на факультет химии Государствен
ного университета Стефана Ф. Остина в Нокодочесе, Техас, где он работает
до настоящего времени. В 1985 г. он возобновил обучение и в 1991 г. получил
докторскую степень в Техасском сельскохозяйственном университете. Вместе
с одним из своих бывших студентов Джон принял участие в редактировании
большой обзорной статьи Chemistry for Kids, опубликованной в популярном
журнале The Journal ofChemical Education. В 2003 г. в печать вышла его первая
книга, Химия для чайников, а вскоре и вторая - Chemistry Made Simple. Джон
страстно увлекается готовкой и изготовлением оригинальных рукояток для но
жей из ценных пород дерева.
Ричард Лэнгли провел свое детство на юго-западе страны, в штате Огайо.
Он окончил Университет Майами в Оксфорде, шт. Огайо, где получил степень
бакалавра по химии и минералогии, а затем магистерскую степень отдельно
по химии. Следующим этапом обучения стал Университет штата Небраска, в
котором им была получена научшщ степень доктора химии. Получив в 1982 г.
соответствующую ученую должность в университет Висконсина в Ривер Фол
лс, Ричард вскоре перевелся в Государственный университет Стефана Ф. Ости
на. В последующие годы он, вместе с Джоном Муром, работал независимым
консультантом по составлению вопросов для экзаменов по углубленному изу
чению химии. Вместе с Джоном он принимал участие в разработке нескольких
образовательных проектов, среди которых 5 Steps to а 5 оп the АР: Chemistry,
Chemistry for the Utterly Confused и Organic Chemistry 11 For Dummies. Рич
увлекается изготовлением украшений и любит читать научную фантастику.
Посвящение
Моей жене, Робин, сыновьям Мэтью и Джейсону, моей удивительной пад
черице Саре, а также двум самым прекрасным внукам в мире - Зане и Сади.
Я люблю вас, ребята!
-Джон
Моей маме
-Рич
Благодарности
Мы не смогли бы написать эту книгу без поддержки нашего агента, Грейс
Фридсон. Также хотелось бы поблагодарить Вики Аданг за своевременные
предложениями и ценные идеи. Искренняя благодарность Бритни Купер за
внесенные исправления. Отдельной благодарности заслуживают технические
редакторы Мери Пик и Сара О'Брайен за важные комментарии и дополнения.
Кроме того огромное спасибо хочется выразить всем сотрудникам издатель
ства Wiley, которые помогли воплотить проект этой книги - от задумки до
выхода в печать.
Введение
В ваших руках второе издание книги Биохимия для чайников. Мы при
знательны, что вы выбрали именно ее для знакомства с удивительным миром
биохимии. Биохимия - это не самый простой раздел химии, понять который
на самом деле не так уж и сложно. Для этого достаточно проявить трудолюбие,
внимание к деталям, и огромное желания изучать и анализировать. Биохимия,
как и любой другой раздел химии, далеко не самая зрелищная научная дисци
плина. Вы предстоит научиться работать с разными химическими материала
ми, сравнивать предложенные объяснения и искать ответ на извечный вопрос,
почему реакция происходит так, а не иным образом.
Приложив достаточно усилий, вы успешно освоите первый курс биохимии.
Что более важно, он послужит основой для дальнейшего всестороннего изу
чения невероятно сложных биохимических реакций, происходящих в живых
организмах - не важно, одноклеточные они, состоят из нескольких клеток
или представляют человеческий организм. Подобно вкладу отдельного музы
кального инструмента в звучание оркестра, каждая химическая реакция нео
бычайно важна для всего организма, и иногда является неотъемлемой частью
происходящих в нем сложных процессов. Если инструменты оркестра звучат
правильно и слажено, то проигрываемая мелодия вызывает неподдельное вос
хищение, и ее хочется слушать снова и снова. Но если один или несколько
инструментов звучат неправильно или выбиваются из мелодии, то становит
ся ясно, что оркестр играет разлажено. Мелодия оказывается испорченной, и
возникает непреодолимое желание помочь оркестру. Все то же справедливо в
отношении организма. Если реакции в нем происходят правильно и своевре
менно, то организм работает четко и слаженно. Если же одна или несколько
реакций выполняются не так, как им положено, то организм начинает работать
с очевидными нарушениями. Чаще всего причинами сбоев в работе организма
выступают генетические заболевания, неправильный баланс электролитов и
другие расстройства. Но как они влияют на обмен веществ? Биохимия явля
ется тем разделом знаний, который содержит ответы на этот и многие другие
вопросы, а также предоставляет информацию о способах восстановления ор
ганизма и лечения многих распространенных заболеваний.
Об этой книге
Книга основана на материале стандартного курса биохимии, преподаваемо
го студентам колледжей. Во второе издание включен самый последний обуча
ющий материал, исправлены ошибки и восполнены пробелы первого издания.
Хочется верить, что настоящее издание стало более полным, чем первое. Мы
приложили максимум усилий, чтобы включить в него самый актуальный ма
териал, но научные знания постоянно совершенствуются. Тем не менее, базо
вые принципы любой научной дисциплины остаются неизменными. Как раз
на них мы и концентрируем ваше внимание. В книгу добавлены сведения о
практических аспектах применения биохимии, с которыми все мы встреча
етесь в повседневной жизни: криминальная экспертиза, клонирование, генная
инженерия, генетическое тестирование, а также генетически модифицирован
ные продукты.
Бегло просмотрев книгу, вы обнаружите в ней описание большого количе
ства химических структур и реакций. Большая часть накопленных научных
знаний в биохимии основана на изучении структур молекул, вовлеченных в
биохимические реакции. Функция следует за формой. Если вам посчастливи
лось изучать биохимию раньше, то вы, скорее всего, прослушали курс орга
нической химии. Изучая органическую химию, вы узнали о существовании
множества химических структур и функциональных групп. Вскоре вы удосто
веритесь, что многие из столь полюбившихся (или приводящих в бешенство)
механизмов органической химии прекрасно работают и в биохимии.
Если вы уже изучаете биохимию, то используйте эту, по-своему ценную
книгу, чтобы дополнить материал базовых учебников по этой дисциплине.
Если же вы приобрели ее в надежде получить общие познания в этом уди
вительном разделе химии, то постарайтесь не запутаться в деталях. Сначала
бегло просмотрите материал каждой главы. Как только найдете заинтересо
вавшую вас тему, остановитесь и принимайтесь за ее изучение. Акцентируйте
свое внимание на всем новом и интересном.
Принятые соглашения
Материал книги излагается в определенной логической последовательно
сти, полностью согласующейся с принятой в академическом курсе биохимии.
Чтобы представить информацию в наиболее простом и понятном для изучения
виде, в нем используются следующие стилистические обозначения.
18 Введение
» Новые термины выделены курсивом и сопровождаются детальным
описанием.
» Ключевые слова в маркированных списках выделены полужирным
начертанием.
Простые предположения
Мы прекрасно осведомлены об опасности суждений, и все же предполага
ем, что эта книга, скорее всего, окажется в руках:
» ученика, проходящего курс биохимии в колледже;
» студента, восполняющего знания биохимии для сдачи независимых
тематических экзаменов, например, квалификационных тестов;
» человека, интересующегося биохимией без привязки к профессио
нальным обязанностям;
» постоянного зрителя всевозможных телевизионных шоу, в которых
описываются принципы проведения всевозможных экспертиз.
Введение 19
Структура книги
Ниже приведен краткий обзор тем, рассматриваемых в различных частях
книги. Можете смело использовать его в качестве оглавления при составлении
стратегии обучения.
20 Введение
Часть 4. Биоэнергетическая химия и метаболизм
Рано и поздно все превращается в энергию. В главах этой части мы рас
смотрим энергетические потребности организма, и покажем, на что именно
в нем тратится энергия. Здесь вас ожидает встреча с наилучшим другом орга
низма - АТФ и предстоит разобраться с невероятно сложным циклом Кребса
(трикарбоновых кислот). В конце части вам придется освоить множество дур
но пахнущих химических реакций - в чем виноваты соединения азота - бу
дет точно нелегко, и вы прольете не один литр пота.
Введение 21
Такая пиктограмма предостерегает об опасностях или указывает на
то, что может привести к неприятностям. Не пытайтесь повторить
это дома.
ВНИМАНИЕ!
С чего начать
Ответ на вопрос, с чего начать изучение биохимии, на самом деле зависит
от уровня базовых знаний и сложности поставленных задач. Как и в любых
других изданиях для начинающих, каждая глава этой книги содержит макси
мально обособленный материал, так что вы можете сразу переходить к изуче
нию тем, вызывающих у вас наибольшие затруднения.
Мы надеемся, что изучение биохимии принесет вам искреннее удоволь
ствие, а эта книга сделает его предельно простым и увлекательным занятием,
независимо от причин, побудивших взять ее в руки.
22 Введение
Ос bl ОСНОВ:
ба
В ЭТОЙ ЧАСТИ ...
)) Важность биохимии
)) Состав и назначение животных клеток
)) Отличия между животными и растительными клетками
Почему биохимия
Легко предположить, что самым простым ответом на этот вопрос будет "По
чему бы и нет?" или "Потому, что ее важно знать!".
Первый ответ, на самом деле, не такой уж и уклончивый. Оглянитесь во
круг - живая природа повсюду. Все процессы, отвечающие за рост, размно
жение, старение и смерть, по своей сути имеют биохимическую природу. Для
стороннего наблюдателя живой мир, основанный на мириадах химических ре
акций, которые протекают внутри всех без исключения организмов, кажется
невероятно сложным. Их слаженность и строгая последовательность вызывает
неподдельный интерес и искреннее удивление.
Джон был необычайно поражен, когда впервые узнал о минимальной разни
це в структурах крахмала и целлюлозы: неужели столь "незначительное" отли
чие в единственной связи может выступать основной причиной различий меж
ду картофелем и деревом. Этот невероятный факт послужил толчком к углу
бленному изучению биохимических процессов, происходящих внутри живых
существ, в попытках докопаться до их сути. Не забывайте время от времени
отстраняться от сложных научных подробностей, чтобы насладиться разноо
бразием и красотой жизненных форм.
Прокариоты
Большинство наиболее распространенных бактерий относятся к прокари
отам. Несмотря на отсутствия ядра, у прокариотических клеток наблюдают
ся свои явно выраженные структуры. Их клеточная мембрана состоит из трех
компонентов: клеточная стенка, внешняя мембрана и плазматическая мем
брана. Такая клеточная мембрана контролирует проход веществ из и в клетку.
Вещества, обеспечивающие нормальное функционирование клетки, плавают
внутри нее в бульоне, называемом цитоплазмой. Упрощенный вариант прока
риотической клетки показан на рис 1.1.
Эукариоты
К эукариотам относятся животные, растения, грибы и простейшие (орга
низмы, которые не относятся к растениям, животным или грибам; многие из
них - одноклеточные, в то время как другие - многоклеточные, например во
доросли). Все мы - тоже эукариоты! Кроме ядра в клетках эукариотов содер
жатся многочисленные окруженные собственными мембранами компоненты,
называемые органеллами. Эукариотические организмы могут быть как одноя
дерными, так и многоядерными. В общем случае, клетки-эукариоты вмещают
больше генетического материала, чем клетки-прокариоты.
Клеточная
стенка
ДНК
Реснички
Митохондрии
Вакуоль
Эндоплазматическая
гранулярная сеть Рибосомы
Аппарат Гольджи
Гладкая
эндоплазматическая сеть
Плазматическая Лизосомы
мембрана
Центриоль
ода - это самое важное вещество для всего живого на нашей планете.
Люди в ней моются, купаются, плавают на кораблях и ловят рыбу. Она
используется для уборки жилых помещений и при производстве элект
роэнергии. Люди потребляют воду в разных формах: читая вода, чай, кофе,
пиво, другие напитки и блюда. Так или иначе, вода регулирует температуру
поверхности планеты и человеческого тела.
В биохимии вода выступает одним из главных действующих веществ. Чело
веческое тело на 70% состоит из воды. Вода играет важную роль в переносе
веществ внутрь и из клетки. А многочисленные водные соединения участвуют
во всевозможных реакциях организма.
В этой главе мы исследуем структуру молекулы воды и ее свойства. Опи
шем ее свойства как универсального растворителя. Кроме того рассмотрим
свойства кислот и щелочей и возможные равновесные состояния. Наконец по
знакомимся со шкалой рН и буферами, включая скандально известное уравне
ние Гендерсона-Хассельбаха. Итак, усаживайтесь поудобней, возьмите в руки
стакан с любимым напитком (водой?) и приготовьтесь к полному погружению!
Знакомство с водой
Вода крайне важна для всех форм жизни. Фактически, люди - это напол
ненные водой емкости большого размера. Вода заполняет от 60 до 95% объема
живых клеток организма, и 55% от этого количества содержится во внутрикле
точных жидкостях. Остальные (внеклеточные) 45% воды находятся в следую
щих органах и веществах:
» плазма (8%);
» интерстициальное (межклеточное) пространство и лимфа (22%);
» соединительная ткань, хрящи и кости (15%).
н /о --.....__ н
Рис. 2. 1. Схематическое
изображение молекулы воды
"
СН2
СН2
"
/
СН2
СН2
"
/
СН2 = Гидрофобный
СН2
"
/
СН2
СН2
/
СН3
Рис. 2.2. Структура типичной амфипатической (обладающей
как гидрофильными, так и гидрофобными свойствами) молекулы
Гидрофильная головка
Полярное
вещество (вода)
Стремясь к равновесию
Если ионы водорода (Н +) и гидроксильные ионы (ОН-) имеют одинаковые
концентрации, то такой раствор называется нейтральным. Если же концентра
ция ионов водорода больше, чем концентрация гидроксильных ионов, то рас
твор становится кислым. Если выше оказывается концентрация гидроксильных
ионов, то раствор становится щелочным. Эти химические состояния связаны с
химическим равновесием.
Кислые растворы, такие как лимонный сок, вполне ожидаемо имеют
кислый вкус. Щелочные растворы, подобные тонизирующим напит
кам, слегка горьковатые. (Добавление джина не приводит к измене
НА ПРАКТИКЕ
нию их горьковатого привкуса!)
Равновесие ионов водорода наблюдается во всех водных растворах. Вода
может выступать главным источником ионов водорода, но это происходит да
леко не всегда (что обычно и наблюдается). Вода способствует повышению
концентрации ионов водорода, поскольку она подвержена самоионизации, как
показывает следующее уравнение.
Шкала рН
Выражение концентрации ионов водорода в экспоненциальной форме, по
добной 1,0 · 10-1, не всегда удобно. К счастью, существует более простой спо
соб указать концентрацию ионов водорода - через значения рН. Для вычисле
ния уровня рН раствора применяется такое уравнение.
рН = -log [Н+ ].
Например, уровень рН раствора с концентрацией ионов водорода
1,0 · 10-7 М вычисляется следующим образом.
рН= -log (1,0 · 10-7) = 7,0.
В табл. 2.1 представлены подобные расчеты для нескольких типичных зна
чений концентрации ионов водорода.
[Н + ] рН Тип раствора
Вычисление рОН
По такой же формуле, что и рН, можно рассчитать уровень рОН, основан
ный на концентрации гидроксильных ионов. Для этого применяется уравнение
рОН = -log [OH-J. Концентрацию гидроксильных ионов также можно вычис
лить, исходя из соотношения концентрации ионов водорода и Kw (константы
равновесия).
Например, если [Н+] раствора равно 6,2 · 10-6, то его рН рассчитывается как
Теория Бренстеда-Льюиса
Ввиду высокой важности уровня кислотности (рН) в биологических систе
мах давайте рассмотрим наиболее признанную теорию, описывающую свой
ства кислот и оснований, - теорию Бренстеда-Льюиса. Согласно этой теории,
кислоты являются донорами ионов водорода (Н+), а щелочи - реципиентами.
к = �[ н�+]�[ с_нз_со---,,-о�-].
а [ СН 3 СООН]
Индекс а говорит о том, что вычисления проводятся для кислоты (acid).
Квадратные скобки указывают на то, что в расчетах принимаются во внимание
молярные концентрации веществ. Величину Ка можно выразить через значе
ние рКа, которое в свою очередь рассчитывается так же, как и рН.
рКа = -log Ка .
С точки зрения сопряженных кислот и оснований значение Ка можно опре
делить так:
Кь _[он-J[сл]
-
[
Как и Ка, коэффициент Кь изменяетсястолько
в] вследствие изменения концен
траций сопряженных кислоты и основания. .
Коэффициент Ка рассчитывается для каждой кислоты; ему соответствует ко
эффициент Кь сопряженного основания. Коэффициенты Ка и К6 сопряженной
пары кислота-основание связаны между собой - их можно выразить через
общий коэффициент Kw - константу ионизации воды.
К�ь = Kw = 1,0 · 10-14•
Наряду с этим для описания их взаимосвязи можно применять более корот
кую формулу.
рКа + рК6 = 14.
(Вам ведь нравится математика? В биохимии проводится немногим больше
математических расчетов, чем в органической химии, но, конечно же, не так
много, как в общей химии, так что держитесь!)
Коэффициент Кь основания, сопряженного с уксусной кислотой, непосред
ственно связан со следующим равновесным уравнением.
][ Н 2 Р0 4 ]_
+
К al _ [ н
- [НзРО4
] '
+
Н Р -
К• 2 = [ н ] [ О� ]_
[ Н 2 РО4
] '
+
к _ [ н ][ Ро�-]
за -
[ НРО�-]
Каждое следующее значение константы равновесия обычно значи
тельно меньше предыдущего. В табл. 2.2 приведены значения кон
стант равновесия для некоторых биологически важных кислот. Ее
ЗАПОМНИ!
можно использовать в качестве справочника, работая с буферными
системами или определяя, какая из кислот сильнее.
Чем выше значения [СА] и [СВ], тем больше буферная емкость раст
вора. Буферная емкость указывает, сколько кислоты или основания
можно добавить к буферу до того, как он перестанет функциони
ЗАПОМНИ!
ровать. В буфере, в котором [СА]= [СВ]= 1,0, заметно больше бу
ферная емкость для добавления как кислот, так и щелочей, чем в
буфере с [СА]= [СВ]= 0,1. Если в имеющемся буфере [СА]= 1,0,
а [СВ]= 0,1, то у него будет большая буферная емкость для добавле
ния оснований, чем для добавления кислот, поскольку исходно в
нем содержится больше кислоты, чем основания. Концентрация со
пряженной пары кислота-основание должна быть как можно ближе
к максимально возможной для того, чтобы сделать буфер предельно
гибким.
Н3 С -сн-сн2-снгсн2-СН3 2-метилгексан
1
СН3
/ СН 2'-.
СН2 СН 2
Циклогексан
1 1
СН 2 СН2
' /
СН2
Фтор(F) 1 одинарная
Хлор(CI) 1 одинарная
Йод(I) 1 одинарная
Водородные связи
Водородная связь, как подразумевает название, образуется у водорода. Атом
водорода связывается либо с атомом кислорода, либо с атомом азота. (В неор
ганической химии водородная связь тоже возможна и возникает при соедине
нии атома водорода с атомом фтора.) Водородные связи сильнее обычного ди
поль-дипольного взаимодействия, и намного сильнее лондоновских дисперси
онных сил. Водород, который связывает как атом азота, так и атом кислорода,
вполне ожидаемо сильно притягивается к различным соединениям, включаю
щим атомы азота и кислорода. Водородная связь может быть как внутримоле
кулярной, так и межмолекулярной.
Ионные взаимодействия
В биологических системах ионные взаимодействия определяют как вну
тримолекулярные, так и межмолекулярные связи. В отдельных случаях они
устанавливаются между катионами металлов, например Na+, и анионами,
подобными с1-. Но чаще всего катионом выступает аммоний-ион аминогруп
пы такой, как RNH;, а анион берется из уксусной кислоты - например
RCoo-. Противоположно заряженные ионы обладают очень большой силой
притяжения.
Провоцируя реакцию:
функциональные группы
У большинства углеродов есть один или несколько химически активных
участков, состоящих из специфически сгруппированных атомов. Как раз в та
ких местах и происходят химические реакции. Химически активные объедине
ния атомов называются функциональными группа.ми. Функциональные группы
содержат атомы, отличные от атомов углерода и водорода, и/или двойные или
тройные связи, которые определяют реактивность органической молекулы.
Ароматический углеводород
R-OH R-0-R'
Спирт Эфир
о о
11 11
R-C-H R-C-R'
Альдегид Кетон
о о
11 11
R-C-OH R-C-0-R'
Карбоксильная кислота Сложный эфир
R-SH
Фенол Тиол
R-S-R' R-S-S-R'
Тиоэфир Дисульфид
Рис. 3.3. Кислород- и серосодержащие функциональные группы
R-N-H R-N-R"
1 1
R' R'
о
11
R-C-N-R'
R"
Анилин Амид
Рис. 3.4. Некоторые азотсодержащие группы
о о о
11 11 11
но- Р-0-Р- о- Р- он
1 1 1
он он он
Трифосфорная кислота
о о
11 11
HO---P-OR HO---P-OR
1
он OR'
Монофосфорный сложный эфир Фосфорный сложный эфир
о
11
RO-P-OR"
1
OR'
Спирты
Спирты подвергаются окислению (теряют электрон, присоединяют кисло
род, теряют водород). При умеренном окислении первичного спирта, при кото
ром -ОН присоединяется к углеродному концу, получается альдегид, который
может подвергаться дальнейшему окислению до карбоновой кислоты. В анало
гичных условиях из вторичного спирта (-ОН присоединяется к углероду, свя
занному с двумя другими атомами углерода) получаются кетоны. Третичные
спирты (-ОН присоединяется к углероду, связанному с тремя другими атомами
углерода) не вступают в реакцию. Такое поведение предопределяет поведение
очень многих углеводов.
Альдегиды и кетоны
Альдегиды легко подвергаются окислению до карбоновых кислот, а кетоны
не окисляются. Восстановить альдегиды и кетоны до соответствующих спир
тов очень сложно - разве что с помощью ферментов (биологических катали
заторов).
При восстановлении сахара ведут себя, как при умеренном окислении кар
бонильной группы. При проведении теста Толлена используют нитрат сере
бра, который взаимодействует с восстановленными сахарами до образования
серебряного зеркала на внутренней поверхности стенки контейнера. В тестах
Бенедикта и Феллинга применяются соединения меди, а восстановленный са
хар выпадает в виде красного осадка. Эти простые органические качественные
тесты будут применяться нами при поведении биохимических опытов, рассма
триваемых в последующих главах.
Карбонильные группы альдегидов и кетонов могут взаимодействовать со
спиртами, образуя ацетали и полуацетали. В современной органической хи
мии используется только термины ацетали и полуацетали, хотя в ранних источ
никах можно встретить термин гемикиталь - специальный вид полуацеталя,
и кеталь - подвид ацеталя. Структуры этих соединений приведены на рис 3.6.
он он
1 1
R-C-H R-C-R
1 1
OR OR
Полуацеталь Гемикеталь
OR OR
1 1
R-C-H R-C-R
1 1
OR OR
Ацеталь Кеталь
Рис. 3.6. Ацетали, полуацетали,
гемикитали и кетали
Функциональные группы и рН
Биологические функции многих веществ зависят от уровня рН. Следова
тельно крайне важно понимать, какие из групп будут кислотными, а какие -
щелочными или нейтральными. Нейтральные функциональные группы ведут
себя одинаково вне зависимости от уровня рН. В табл. 3.2 указываются тип
функциональной группы (кислотная, нейтральная или щелочная) и их сила
(умеренная, слабая или очень слабая). Чем слабее вещество, тем менее вероят
но его влияние на рН раствора. Атомы водорода из моно- и диэфиров являются
кислотными.
Таблица 3.2. Кислотно-щелочные свойства биологически важных
функциональных групп
Дисульфиды Нейтральная
Амиды Нейтральная
Кетоны Нейтральная
Альдегиды Нейтральная
Одинаковые по форме, но
структурно разные: изомеры
Изомеры - это соединения с одинаковой молекулярной формулой,
но разным строением. (Отличия проявляются в том, как вещества
соединяются между собой.) Некоторые органические и биохимиче
ЗАПОМНИ!
ские соединения представлены в виде сразу нескольких изомеров.
В биологических системах (и не только в них) такие изомеры обла
дают разными свойствами. Наиболее распрост раненные виды био
логических изомеров - это цис-, трансизомеры и изомеры, образо
ванные с участием хирального углерода.
Цис- и трансизомеры
Существование двойной углерод-углеродной связи предопределяет возмож
ность получения изомеров. Двойные связи весьма ограничивают и сдерживают
движение молекул. Если группы по одну сторону от двойной связи стремят
ся остаться в таком положении, то такое соединение называют цис-изомером.
Если же группы стараются "разбежаться" по разные стороны образованной
ими связи, то такое соединение будет трансизомером. Внимательно изучите
рис. 3.7, чтобы лучше понять структуру цис-изомеров и трансизомеров.
н
"С=С/н "С=С/
CI Н
/
CI
" CI Н
/ " CI
Цис-изомер Трансизомер
Рис. 3.7. Цис- и трансизомеры
и хи ия
ГЛАВА 3 Игры с углеродом: орган ческая м 65
Если две группы, прикрепленные двойной связью к другим атомам углеро
да, размещаются в одной плоскости, то образование цис- и трансизомеров в
таком соединении невозможно. Цис-изомеры представлены обычными жир
ными кислотами, хотя в процессе приготовления пищи некоторые из них часто
преобразуются в трансизомеры.
Цис- и трансизомеры также возможны в кольцевых структурах. В цис-изо
мерах одинаковые группы размещаются вдоль одной стороны кольца, а в тран
сизомерах они распределяются в верхней и нижней частях кольца.
Хиральные углероды
В попытке надеть перчатку не на ту руку перейдем к изучению еще одного
свойства биологических соединений: направленности. Левовращающие моле
кулы поворачивают поляризованный световой пучок влево, а правовращающие
молекулы - поворачивают его вправо.
Определение хиральных молекул
Наличие ассиметричных или хиршzьных атомов углерода - это верный при
знак "направленной" молекулы.
К хиральному атому углерода прикрепляется четыре разных группы.
У подавляющего большинства биологических молекул присутствует
больше одного хирального атома, что, собственно, и делает их на
ЗАПОМНИ!
правленными. На рис. 3.8 показана хиральная структура молекулы
глюкозы.
сно
1
Н- с- он Хиральный углерод
1
но- с- Н Хиральный углерод
1
Н- с- он Хиральный углерод
1
Н- с- ОН Хиральный углерод
1
СН20Н
О-глюкоза
Рис. 3.8. Схематическое изображение молекулы глюкозы -
сахара с четырьмя хиральными атомами углерода
или - - +
Рис. 3.9. Построение проекции Фишера
D-глицеринальдегид L-глицеринальдегид
Рис. 3. 1 О. Проекционные формулы Фишера
различных стереоизомеров
а) б) в)
Рис. 4.2. Цвиттер-ион (а), протонированная форма (6)
и депротонированная форма (в)
» Валин (Val, V)
Некоторые из упомянутых выше аминокислот показаны на рис. 4.4.
У пролина необычная циклическая структура, которая оказывает сильное
влияние на структуру белка. Триптофан представляет промежуточное соеди
нение, поскольку-NН-группа его кольцевой структуры может вступать в ре
акцию с водой.
1
,fO
\
==
- н+
+н
+
·
0 1
H1N-C-C
1
,fO - н+
\0 + н
+
-
==
1
H,N-C-C
1
,f0
\0
R ОН R О R О
СН 3
о о
11 11
с-он HN-CH-C-OH
2
1
СН2
НN 1
ь С Н2
1
s
1
СН 3
о о
11 11
HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2
с5
1 1
С Н2
н
-=
Фенилаланин Триптофан
Рис. 4.4. Неполярные аминокислоты
Кислые аминокислоты
К кислым аминокислотам относят следующие соединения.
» Аспарагиновую аминокислоту (Asp, D)
» Глутаминовую аминокислоту (Glu, Е).
В боковых группах обеих аминокислот содержится карбоксильная кислот
ная группа. Вторичная карбоксильная кислотная группа представляет собой
более слабую кислоту (с более высоким рКа), чем первичная карбоксильная
кислотная группа. Это дополнительная карбоксильная группа обеспечивает
суммарный заряд -1 при физиологических значениях рН тогда, как у "нор
мального" цвиттер-иона общий заряд равен нулю. Карбоксильная боковая цепь
играет важную роль во многих белках, обеспечивая взаимодействие с ионами
металла и выступая в роли нуклеофила (богатая электронами группа, замещаю
щая одну из групп, присоединенных к углероду) во многих ферментах, а также
в ионных взаимодействиях. Аминокислоты этого типа изображены на рис. 4.6.
Основные аминокислоты
К основным относят следующие аминокислоты.
» Аргинин (Arg, R)
» Гистидин (His, Н)
» Лизин (Lys, К)
о о
11 11
HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2
1 1
СН2 сн-он
1 1
СН 2 СН 3
1
С=О
1
NH 2
Глутамин Треонин
о о
11 11
HN-CH-C-OH HN-CH-C-OH
6
2 2
1 1
СН2
1
SH
он
Цистеин Тирозин
Рис. 4.5. Полярные аминокислоты
Хотя согласно классификации все они считаются основным аминокислотам,
резкое изменение рН сказывается на их реактивности. В наибольшей степени
это касается гистидина. Все три аминокислоты включают основную группу,
способную принимать ион водорода. В случае лизина речь идет о простом
ионе аммония.
У аргинина формируется гуанидная группа. Гистидин образует имидазо
лиевую группу. (Сложно даже представить, как можно было выдумать такие
названия!) Как и в кислых аминокислотах, боковые цепи аминокислот этой
N H2 C=NH
1 1
1
NH2
Лизин Аргинин
о
11
HN-CH-C-OH
2
1
L
�
NH
Гистидин
Рис. 4.7. Основные аминокислоты
о о
11
HN-CH-C-OH HN-CH-C-OH
11
2 2
1 1
СН2 С Н2
1
С Н2 СН2
1 1
СН2 нс-он
NH2
1 1
СН 2
NH2
1
Орнитин Гидроксилизин
Рис. 4.8. Редко встречающиеся аминокислоты
Восстановление Окисление
NH/ Н
1 1
-оос-с-сн -s-s-cн -с-соо-
2 2
1 1
Н NH/
Рис. 4.9. Объединение двух молекул цистеина
и образование цистина
Реакции окисления и восстановления путем создания дисульфидных
связей применяются при завивке волос. Чем больше дисульфидных
связей, тем больше локонов! (И... характерного запаха!)
НА ПРАКТИКЕ
Объединение аминокислот:
как оно происходит
Белок - это цепочка из 150 соединенных вместе аминокислот (остатков).
Базовые принципы получения белков описаны в главе 5, но перед тем, как пе
реходить к ней, внимательно изучите этот раздел, в котором показано, как из
начально связываются две аминокислоты, и как к звеньям имеющейся цепи
присоединяются другие аминокислоты. Это процесс является полностью об
ратимым (как показывает пищеварение).
При изображении химической структуры аминокислот и связей в
ней придерживаются следующего общепринятого соглашения: сна
чала рисуются структуры из аммониевой группы первой аминокис
ЗАПОМНИ!
лоты (концевой атом азот), затем слева направо все остальные сое
динения, заканчивая карбоксильной группой (концевой атом углеро
да) последней аминокислоты.
о о
11 11
+н N--CH -C-N-CH-c-o-
J 1 1 1
Н Н СН3
'-----'
Пептидная связь
Рис. 4.10. Образование пептидной связи
:о:
11 ••
-C-N-
1
н
Рис. 4.11. Резонансная стабилизация пептидной связи
» Функции белков
>> Различия в структурах белков
>> Последовательность аминокислот в белке
Упорядочивание аминокислот
Как вы знаете, на одном конце первичной структуры размещается амино
группа, а на ее другом конце - карбоксильная группа. Обычно, конец с амино
группой рассматривается, как "начало" белка. Придерживаясь общепринятого
соглашения, при изображении или обозначении цифрами первичной струк
туры всегда нужно начинать с аминокислотного (N-концевого) остатка, а за
канчивать карбоксильным (С-концевым) остатком. Например, в гексапептиде
Met-Thr-Ser-Val-Asp-Lys (перечень сокращенных названий аминокислот см. в
главе 4) N-концевой аминокислотой будет метионин (Met), а С-концевой ами
нокислотой - лизин (Lys). Заметьте, что перестроение последовательности в
обратном порядке - Lys-Asp-Val-Ser-Thr-Met, приведет к получению гекса
пептида с таким же составом, но другими химическими свойствами, посколь
ку начинается с другой аминокислоты. Таким образом аминокислота, которая
теряет атом водорода в первом случае, потеряет группу -ОН во втором случае.
У полипептидной цепи есть основа, которая состоит из подобных, довольно
простых, повторяющихся единиц. Эта повторяющаяся последовательность по
казана на рис. 5.1. Вариации проявляются в форме боковых цепей - R-групп
аминокислот. Заметьте, что повторяющаяся единица (обозначаемая скобками),
представлена амина-углерод-карбонильной последовательностью, а к атому
углерода могут присоединяться разные R-группы
н о н о н о н о
1 11 1 11 1 11 1 11
-N-C-C-N-C-C-N-C-C-N-c-c-
1 1 1 1 1 1 1 1
н н н н
1
Cys-s--S
1 1
Cys-Ala-Ser-Val-Cys-Ser-Leu-Tyr-Gln-Leu-Glu-Asn-Tyr-Cys-Asn
1
s s
/
1
s s
/
1 /
Cys-Gly-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu-Tyr-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe-Phe
1
Leu-His-Gln-Asn-Val-Phe
1
Ala-Lys-Pro-Thr-Tyr
Рис. 5.2. Структура бычьего инсулина
а-спираль
В а-спирали (рис. 5.4) первичная структура закручивается в результате
я.
продольного загибания, приобретая форму скрученного в пружину стержн
ьной оси лен
Чаще всего ее представляют в виде закрученной вокруг продол
в.
ты. Каждый "завиток" такой ленты состоит из 3,6 аминокислотных остатко
Эти завитки возникают вследствие возникновения водородных связей между
связь
остатками, расположенными со всех четырех сторон. Каждая пептидная
дных связях: одна из них устанав ливаетс я
принимает участие в двух водоро
ей карбон ильной группо й, а вторая -
между сторонней NН-группой и соседн
между соседней NН-группой и сторонней карбонильной группой.
ру
Структурно спирали могут быть как правозакрученными, так и левозак
птиды являют ся правоза
ченными (см. глава 3). В базе все известные полипе
шое простр ан
крученными. В левозакрученной спирали присутствует неболь
ьной.
ственное затруднение, которое делает такую структуру менее стабил
ит три
Кератин - белок, входящий в состав меха, волос и ногтей - содерж
на
правозакрученных а-спирали, скрученные между собой в левостороннем
правлении.
н \ N-с---То--- н
�'---
\;\н R
R с/
1 R ;;° 11
N-C-C---9-_ l /"'
\ \''н ; N� Н
R Н / C- R
�'-----c-t------� / 'н
о /\ о
R Н
Рис. 5.4. Общая структура а-спирали и представление ее в виде
закрученной в спираль ленты
Отдельные аминокислоты дестабилизируют а-спираль. Например, пролин
образует дуги или "изгибы" в первичной структуре, которые подавляют обра
зование водородных связей. Группа остатков изолейцина разрывает вторичную
структуру вследствие пространственного затруднения, причиной которого яв
ляется большой размер его R-групп. Небольшие R-группы глицина, располо
женные только со стороны водорода, допускают излишнюю пространствен
ную свободу, обуславливающую дестабилизацию спирали. Наличие остатков
аспарагиновой кислоты и/или глутаминовой кислоты также дестабилизирует
структуру, поскольку отрицательный заряд боковых цепей отталкивает их друг
от друга. Аналогично к дестабилизации спирали приводят остатки других ами
нокислот - лизина, аргинина, серина и треонина.
R О Н R О Н R О
1
.,,,,...сн
11
/с
1
/N
1
.,,,,...сн
11
/с
1
/N
1
.,,,,...сн /с
11 /
'---.. "--._ '--.... '---.. "--._ '--.... '---..
� СН С N СН С N Clf
1
Н,
1
R
11
О Н,
1 1
R
11
,о Н,
1 1
R
R О Н R О Н R О
1
.,,,,...сн
11
/с
1
/N
1
.,,,,...сн
1
/с '---..
1
/N
1
.,,,,...сн
1
/с '---.. /
'---.. "--._ '--.... "--._ '--....
'-.,._N СН С N СН С N СН
1
Н
1
R
11
О
1
Н
1
R
11
О
1
Н
1
R
О R Н О R Н О R
11 1 1 11 1 1 11 сн
1
.......___Clf/ с
""'-- /
N
� / -----.__ / , .,,.,... и.........__ /
С
с
СН 'N
N
С
с с N
--.....___
СН
/ с
""'--
N'
,,,,.., ...____
1
R Н
1 1
О
1
R Н
1 11
О
1
R Н
1
R О Н R О Н R О
1
сн
1 1 1
сн
11 1 1
сн
1
.,,.,... ......_
У
/ с
"-...
СН
_,,,,,.. N
"-..
С/
,У/ с
--.....___
СН
/ N
'---._
С
.,,.,... '-...__N
/с --.....___ /
СН
1
Н
1
R О
11 1
Н R
1 О
11 Н
1 1
R
сн,
0-/
1
-----
Водородное
связывание н 1
1I
о
/
R о R н о R н
Рис. 5.6. Отдельные третичные структуры, встречающиеся в белках
Ферментативная
кинетика:ускоряемся
В ЭТОЙ ГЛАВЕ ...
)) Классификация ферментов
)) Кинетика ферментов
)) Ингибирование и регуляция
Оксидоредуктазы Окисления
Гидролазы Гидролиза
Окисление Восстановление
Потеря одного или более электронов Получение одного или больше электронов
Получение кислорода Потеря кислорода
Потеря атома водорода Получение атома водорода
о о
1
0-Р-о-+ R'OH Фосфотрансфераза -о-Р-о + ROH
1
1 о-1
R
1 1
о- R'
Рис. 6.1. Общая несбалансированная форма двух катализированных
реакций переноса
н
1
о
1
0-Р-о- + НОН Фосфатаза R-OH + НРО/-
1 о-1
R
Рис. 6.2. Общая форма двух катализированных реакций гидролиза
1
NН2
н
1
R-c -coo- Декарбоксилаза R сн + О=С=О
1 12
NН/
-
Рис. 6.3. Общая форма двух реакций, катализированных лиазами
L-аланин О-аланин
СНгОН СНгОН
С=О
1 С=О
1 1
н-с-он Эпимераза но-с-н
1
н-с-он о
1
н-с-он о
1 11 1 11
СН О СН О
г -i-о- г -i-о-
о о
D-рибулоза-5-фосфат D-ксилулоза-5-фосфат
Рис. 6.4. Примеры реакций, катализируемых рацемазой
и эпимеразой
Ацетил-СоА-синтетаза
Ацетат + CoA-SH + АТФ ========:: Ацетил-S-СоА + АМФ + РР;
Рис. 6.5. Реакции, иллюстрирующие действие лигаз: пируваткарбоксилазы
и ацетил-СоА-синтетазы
--- Субстрат
--- Фермент
1
___ Фермент-субстратный
комплекс
Субстрат
--- Фермент
1
___ Фермент-субстратный
комплекс
j-
Энергия
ЛG*-
(с ферментом)
Реагенты
!--ла
Продукты
Реакция
Рис. 6.8. Влияние фермента на протекание реакции
Скорость реакции ( V)
. . . . -···....... -••······-··
.. . ...
----Vmax
... . . .
•
.. :,'''
---t,----½ Vmax
1
Концентрация субстрата
Км
Рис. 6.9. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата
Исследование ферментов:
уравнение Михаэлиса-Ментен
Одним из прорывов в изучении ферментивной кинетики было получение
уравнения Михаэлиса-Ментен. Сегодня биохимики могут применять его для
обработки кинетических данных и описания поведения множества ферментов.
(Существуют исключения, в которых график зависимости скорости реакции от
концентрации субстрата отличается от приведенного на рис. 6.9.) В общем слу
чае результаты кинетических опытов описывают поведение аллостерических
(регуляторных) ферментов. Уравнение Михаэлиса-Ментен имеет следующий
вид.
V= Vmax [s]
[s]+Км'
где V - скорость реакции, [S] - концентрация субстрата, Vmax - максималь
ная скорость реакции, а Км - константа Михаэлиса. Как показано на рис. 6.9,
скорость катализа, V, увеличивается линейно при низкой концентрации суб
страта, но начинает выравниваться при повышении концентрации. Интерпре
тация начинается с проверки следующего общего пути реакции.
[E] -[Es])[s]_
[ES]= ( т
Км
Преобразование этого уравнения приводит к получению такой формулы.
[Е ]т /Км = [Е ]т [S]
[ES]=
I+[S]/Kм [S]+км ·
При подстановке этого выражения в формулу V = kz[ES] или (V = kcat[ES])
можно получить:
V= k2 [ Е ]т
[ s]
[S]+Км
Максимальная скорость реакции Vmax достигается, когда все молекулы
фермента связаны с субстратом. То есть [ES] = [Е ] т - Это позволяет заменить
V = kz[ES] на Vmax = kz[E] т - Такая подстановка приводит к преобразованию
предыдущей формулы в уравнение Михаэлиса-Ментен.
ax [S]
V= Vm .
[S]+Км
Это уравнение хорошо описывает данные, приведенные на рис. 6.9. При
очень низких концентрациях [S] << Км, V = (Vmax /K)[S]. Если [S] больше Км
к, ,
(высокая концентрация [S]), то V = vmax · Если [S] = ., ТО V = vmax /2.
Идеальное приложение
Уравнение Михаэлиса-Ментен объясняет поведение многих ферментов.
Значения К" и Vmax определяются относительно просто. Обычно эта задача за
ключается в анализе графика с помощью компьютерных программ, подбираю
щий наиболее подходящую кривую.
Значения Км варьируются в широких пределах. Значение зависит от при
роды фермента и субстрата, а также от различий во внешних факторах таких,
как температура, сила ионного взаимодействия и уровень рН. Поскольку Км
обозначает концентрацию субстрата, необходимого для заполнения полови
ны активных участков фермента, его можно рассматривать как минимальную
концентрацию субстрата, обеспечивающую должный уровень каталитической
-т:·
_[E][s]_k_ 1
КES -
[ES]
Км - это мера связывания в фермент-субстратном комплексе. Высо
кое значение Км указывает на то, что связывание слабое, в то время
ЗАПОМНИ!
как низкое значение свидетельствует о сильном связывании.
Значение Vmax определяет число оборотов фермента - количество молекул
субстрата, которые преобразуются в продукт за единицу времени до полно
го насыщения фермента. На его основе можно определить k2• (Константу k2
также часто называют каталитической константой, kc01 .) Если концентрация
активных участков, [Е]т, известна, то для вычисления применяется следующие
формулы.
Наклон =
Км/Vтах
1/[S]
Рис. 6. 1 О. График Лайнувивера-Берка
[S]/V 1
Наклон =
1 /Vmax
[S]
Рис. 6. 11. График Вулфа
=
.....--------- Наклон -Км
!
Vl[S]
Рис. 6. 12. График Иди-Хофсти
Конкурентное ингибирование
Конкурентный ингибитор проникает в активное место фермента и таким
образом предупреждает субстрат от входа в реакцию. Такая помеха приводит к
снижению числа формирующихся фермент-субстратных комплексов, а значит
уменьшает скорость катализа. В большинстве случаев часть ингибитора ими
тирует участок субстрата. Увеличение концентрации субстрата перекрывает
это ингибирование, из-за чего увеличивается вероятность того, что в активное
место проникнут молекулы субстрата, а не молекулы ингибитора.
Неконкурентное ингибирование
Неконкурентные ингибиторы не проникают в активные центры, но вместо
этого связывают некоторые другие участки фермента. Такие вещества обыч
но не имитируют субстрат. Этот вид ингибирования понижает число оборотов
фермента. В отличие от конкурентного ингибирования увеличение субстрата
не приводит к подавлению неконкурентного ингибирования. У этого вида ин
гибирования имеется множество форм и не существует простой описательной
модели.
График ингибирования
Для изучения ферментного ингибирования строятся графики Лайнувивера
Берка. На рис. 6.13 и 6.14 показано, как изменяется график в случае добав
ления неконкурентного и конкурентного фермента. По графику ферментного
ингибирования можно легко определить его класс. В неконкурентном фер
ментном ингибировании значение Км остается неизменным. В случае конку
рентного ингибирования постоянной оказывается величина Vmax ·
Регуляция ферментов
В общем случае нерегулированное увеличение концентрации субстрата
приводит к повышению скорости реакции. Наряду с этим увеличение концен
трации продукта вызывает обратный эффект. Регуляция продукта выступает
способом контроля реакции по принципу обратной связи. Тщательное регули
рование активности ферментов оказывается востребованным во многих случа
ях. Такое регулирование осуществляется четырьмя способами.
Без ингибирования
1/[S]
Рис. 6.13. ГрафикЛайнувивера-Берка, иллюстрирующий неконкурентное
ингибирование
Без ингибирования
Конкурентное ингибирование
1/[S]
Рис. 6. 14. ГрафикЛайнувивера-Берка, иллюстрирующий конкурентное
ингибирование
Очень вкусно:
углеводы
В ЭТОЙ ГЛАВЕ ...
Свойства углеводов
В этом разделе описаны только отдельные физические свойства углеводов
и некоторые их химические свойства.
В целом, названия большинства углеводов включают суффикс -оза.
Например, альдоза - моносахарид с карбонильной группой, пред
ставленной альдегидом. При этом у кетозы карбонильной группой
ЗАПОМНИ!
является кетон. При именовании органических соединений химики
часто указывают число атомов углерода в них. Например, пентоза
включает пять атомов углерода, а гексоза содержит шесть атомов
углерода. Указанные соединения представляют большой интерес
ввиду природного происхождения и участия во многих биохимиче
ских реакциях. Кроме того в природе встречаются такие углероды,
как триоза, тетроза и т.д. В результате комбинирования этих об
щих названий можно получить более информативные термины, в
частности альдогексоза и кетопентоза.
Хиральные углероды
Хиральными считаются углероды, к которым присоединяется четыре раз
ных группы, атома и/или группы атомов. Большинство углеводов содержат
один или больше хиральных углеродов. По этой причине они оптически ак
тивные: поворачивают поляризованный свет в разных направлениях и часто
по-разному активны в биологических системах. Проекции Фишера играю
важную роль в обозначении асимметричности структур, образуемых вокруг
каждого из хиральных атомов углерода. (Детально проекция Фишера, пока
занная на рис. 7.1, описана в главе 3.) В проекции Фишера вертикальные связи
�,,
или •
-
•
+
Рис. 7.1. Взаимосвязь трехмерных структур, образованных вокруг
хирального центра, и проекция Фишера
1
И-с-ОН
1
но -с-и
1
н--с--он Хиральный углерод с максимальным
1
снрн
Рис. 7.2. Структура 0-глюклозы
Н-с-ОН
1
Н-с-ОН
1
Н-с-ОН
1
Н-с-ОН
1
сн,он
1
сн,он
1
сн,он
1
сн,он
D-псикоза О-фруктоза D-сорбоза D-тагатоза
Рис. 7.14. Структуры O-кетогексоз
С)
Рис. 7.5. Кольцевая
форма пиранозы
СН2 0Н СН20Н
1 Аномерический углерод I
Ci
0 0
1 с=о
1
но-с-н
1
н--с-он
н-с-он
1
СН 2 0Н
он н
О-фруктоза а-О-фруктоза
Производные моносахаридов
Разнообразные производные моносахаридов образуются в результате изме
нения одной или большего количества функциональных групп. Давайте иссле
дуем некоторые из таких производных, используя в качестве базового моно
сахарида D-рибозу. Структуры двух форм D-рибозы представлены на рис. 7.9.
н о
,�
с
1
lJ- -1:l1
СН2 0Н ОН н-с-он
0 1
н--с--он
1с-с
н он1 он1 н 1
н--с--он
1 СН2 0Н
Рис. 7.9. Два варианта структуры О-рибозы
1
н--с--он
1 СН 2 0Н
Рис. 7. 7 О. O-рибитол
о� н, с ,::::,о
�с-ОН
1
н-с-он
1
Н-с-ОН
1
н-с-он
1
н--с--он
1
н-с-он
1
Н-с-ОН
1 СН 2 0Н
1
соон
Рис. 7. 11. 0-рибоновая или Рис. 7. 12. 0-рибоуроновая
альдоновая кислота или уроновая кислота
Моносахариды, подобно всем спиртам, могут вступать в реакцию с кис
лотами с образованием сложных эфиров. Биологически важной оказывается
реакция с фосфорной кислотой (с образованием сахарофосфата). В реакцию
может вступать любая из спиртовых групп. На рис. 7.13 приведена структу
ра D-рибоза-1-фосфата. ( 1 указывает на присоединение фосфатной группы
к атому С 1 ).
о
снрн
11
0--Р --он
lJ- -1:l1 lн
0
нlc-c
1 о1 н н
он
Рис. 7.13. D-рибоза-1-фосфат
D-глицеральдегид Дигидроацетон
Рис. 7. 7 4. Глицераль и дигидроацетон
!с-с !с-с
н он1 он1 н н он1 н1 н
Рибоза Дезоксирибоза
Рис. 7.15. Стрелками показано расположение спиртовых
групп, обеспечивающих образование {3-аномеров
1 с о
1 с о
н/ 1 н/1
с
1 н \1 1 н
с
\r с
l\ с /
lн
1" 1/\ 1с /
н
\r
с с с
1 1
он
1 1
он
н
Рис. н7.16. Структура мальтозы, основанная на а (1-4)-связи
СН2 0Н
1 o
-
i /1 \r
lн
r" _J/
o\{ \
н/1
1 н
1 lн
с----с
1
н
1
он
Рис. 7.17. Целлобиоза с f3 (1-4)-связью
1
с о
НО-СН2 ОН
н/1н
1
с
\1 с
l/li 0 'oo.... l
l�I" 'i/l"
"'-
Н 2
1 1
он н
с с
1
н он
1 �-О-фруктоза
а-О-глюкоза
но-сн 2
0 ......____
1�Н ОН'с
С
1"'-1 -- 1/1
Н с с СН2 -ОН
1 1
он н
Сахароза
Рис. 7. 7 8. Структура сахарозы, образованной в результате соединения
а-О-глюкозы с {3-O-фруктозой с помощью а (7-2) связи
Гиалуроновая кислота
Н СН2 ОSОз-
1 1 0
0
1/100-
с
�l\ 1/z-- �1 с
н / l о"- 1"'-. o l н
J\N��h---
он l
с4' н "-J " c ---!/!н -оw
н
2
1
Н
1
0S03 -
1
Н
1
NНSОз -
Гепарин
Рис. 7. 19. Повторяющиеся дисахариды в структурах гиалуроновой
кислоты и гепарина
Гликопротеины
Большинство белков, появляющихся в сыворотке крови, относятся к гли
копротеинам - белкам с прикрепленными к ним углеводами. Наличие угле
водов способствует увеличению гидрофильных свойств белков. В целом свя
зывание происходит путем присоединения к остаткам аспарагина, серина или
терионина. Некоторые растворимые и мембранные белки являются гликопро
теинами (в частности гормональные белки и мембранные рецепторы). Мы еще
неоднократно вернемся к изучению гликопротеина в последующих главах.
1-
Глицеральдегид
Треоза Эритроза
Липиды и мембраны
В ЭТОЙ ГЛАВЕ ...
)) Жизнь с липидами
)) Знакомство с триглицеридами
)) Немного о мембранах
)) Назначение стероидов и других липидов
Лейкотриены Простагландины
Тромбоксаны
Цереброзиды Ганглиозиды
Фосфатидилэтаноламины Фосфатидилхолины
Прочие фосфолипиды
Поведение липидов
В организме человека липиды служат аккумуляторами энергии, вы
ступают структурными компонентами (материал клеточной мембра
ны) и регулируют его функции. Действие многих липидов основано
на тех же принципах, что мыла и других моющих средств. Как у
ЗАПОМНИ!
Фосфоглицериды
Здесь спиртом является глицерин, к которому в виде сложных эфиров при
крепляются две жирные кислоты и фосфорная кислота. Эта базовая структу
ра является фосфатидатом - важным промежуточным звеном при синтезе
многих фосфоглицеридов. Наличие дополнительной группы, прикрепленной
к фосфату, дает возможность использовать фосфоглицериды в качестве строи
тельных блоков самых разнообразных соединений.
По соглашению эти соединения изображаются в виде структуры из трех
вертикально расположенных атомов углерода глицерина, в которой к треть
ему (от основания) атому углерода прикреплен фосфат. Фосфоглицериды, в
частности плазмагены и фосфотидаты, встречаются в мембранах почти любых
растительных и животных клеток. Они также известны под названием глице
рофосфолипиды.
nлазмагены
Плазмагены - это один из видов фосфоглицеридов. У первого углерода
глицерина есть углеводородная цепь, прикрепленная с помощью простой, а не
сложной, эфирной связи. Простые эфирные связи оказываются более устой
чивыми к химическим воздействиям, чем сложные. Ко второму (центрально
му) атому углерода с помощью сложного эфира присоединена жирная кислота.
Третий атом углерода чаще всего связывается с этаноламином или холином с
помощью фосфатного эфира. Эти соединения являются ключевыми компонен
тами мембран мышечных и нервных клеток.
НОСН2СН-СООН
NH2
Этаноламин Серин
Рис. 8.6. Спирты, входящие в состав липидов
Фосфатидилхолины
Фосфатидилхолины - это лецитины. Холином называют спирт, в котором
положительно заряженный ион четвертичного аммония связан с фосфатом,
имеющим отрицательный заряд. Лецитины присутствуют во всех живых ор
ганизмах. Например очень много лецитинов содержится в яичном желтке, ко
торый имеет важное коммерческое значение в пищевой промышленности, в
частности выступая эмульгирующим агентом в таких продуктах, как майонез.
В организме человека лецитины входят в состав мозговой и нервной тканей, а
также служат эмульгатором в легких.
Другие фосфолипиды
Существует множество других фосфолипидов, многие из которых являются
гликолипидами. К гликолипидам относятся фосфатидиловые сахара, в которых
спиртовая функциональная группа является частью углеводного соединения.
Фосфатидиловые сахара присутствуют в растениях и в некоторых микроор
ганизмах. Из-за большого числа гидроксильных групп этот углевод обладает
выраженными гидрофильными качествами.
Сфинголипиды
Сфинголипиды имеются и у растений, и у животных; особенно богаты на
них ткани головного мозга и нервные соединения. У таких липидов глицерин
замещается сфингозином (рис. 8.7). Спиртовая группа в сфингозине может об
разовывать сложный эфир, как и другие подобные группы в глицерине. Амино
группа позволяет образовывать амиды. Объединение жирной кислоты и сфин
гозина с помощью амидной связи приводит к возникновению церамида, высту
пающего промежуточным веществом при образовании других сфинголипидов.
1 1 1
сн3 (СН2)1-2 -сн=сн- н- н- н2
ОН NH2 ОН
Рис. 8.7. Структура сфингозина
Сфинrофосфолипиды
Сфингофосфолипиды содержат сфингозин, жирную кислоту, фосфат и хо
лин. Примером является сфингомиелин - важный составной элемент мие
линовой оболочки, окружающей аксоны всех нервных клеток. Среди прочих
заболеваний рассеянный склероз чаще всего вызывается повреждением миели
новой оболочки. Сфингомиелин является самым распространенным из сфинго
липидов, хотя в мембранах обнаруживается исключительно сфингозин.
Стероиды: прокачиваемся
Стероиды - это еще один класс липидов. У всех стероидов наличествует
сердцевина, показанная на рис. 8.11. Буквами А, В, С и D обычно обознача
ют кольцевые структуры. У разных стероидов свои дополнения к основной
структуре - это могут быть боковые цепи, другие функциональные группы и
ненасыщенные или ароматические кольца.
Простагландины, тромбоксаны
и лейкотриены: зачистка
Арахидоновая кислота - полиненасыщенная жирная кислота с 20 атомами
углерода - применяется в качестве основного или вспомогательного старто
вого вещества при синтезе простагландинов, тромбоксанов и лейкотриенов.
Из арахидоновой кислоты клетки получают два вида веществ: лейкториены
и простагландины. Дополнительные простагландины и тромбоксаны получа
ются из простагландинов - производных арахидоновой кислоты. Все классы
этих соединений относятся к гормонам местного действия. В отличие от дру
гих гормонов они не поступают в кровоток и относятся к молекулам с корот
ким сроком жизни, которые изменяют активность как производящей их клетки,
так и соседних клеток.
Все эти соединения являются чрезвычайно действенными химическими ве
ществами, выступающими гормональными медиаторами. У них много других
медицинских применений, и они также могут вызвать проблемы со здоровьем.
Их часто называют эйкозаноидами (от греческого "двадцать") за содержание
ровно 20 атомов углерода (рис. 8.12).
Название простагландины пришло от убеждения, что источником соеди
нений является предстательная железа - впервые простагландины были вы
делены в 1935 году из семенной жидкости. Простагландины незначительно
отличаются друг от друга, но у всех них есть кольцо из пяти углеродов. Ми
нимальные структурные различия ведут к разному поведению, хотя все про
стагландины понижают артериальное давление, вызывают сокращение мягких
мышц и являются частью системного ответа на воспалительные процессы.
Простагландин (PGE2 )
Лейкотриен (В4 )
Рис. В. 7 2. Структуры арахидоновой кислоты, обычного
простагландина, тромбоксана и лейкотриена
Полинуклеотиды
И КОД ЖИЗНИ
В ЭТОЙ ГЛАВЕ...
Аденин (А), гуанин (Г) и цитозин (Ц) встречаются как в ДНК, так и в
РНК. Тимин (Т) обнаруживается только в ДНК, а урацил (У) встреча
ется исключительно в РНК. Модифицированные формы некоторых
ЗАПОМНИ!
из этих оснований присутствуют в отдельных молекулах нуклеино
вой кислоты. Обведенные кружком атомы водорода, показанные на
рис. 9.1, во время производства нуклеиновой кислоты утрачиваются
при комбинировании с другими компонентами. Полная структура
пяти оснований изображена на рис. 9.2. Последовательность этих
оснований хранит генетическую информацию.
с
1
нс/ �N
11 1
нс
...___ _,.,,,с�
N О
н
Гуанин (Г) Цитозин (Ц)
о о
Н 11
с
11
с
С 3
,,,.,,. ...___
'с NH нс/ '--NН
нс
11 1 11
нс /с�
1
...___ _,.,,,с� ...___
N О N �О
н н
, .-k
:'
н'':--- Н 0 + нуклеозид
\_ · он,:
1··
2
Сахар
Рис. 9.5. Общая реакция
образования нуклеозида
с
1/N -.._С .,...,- �N
�
нс 11 1
\N -с ........_ N,:;7СН 11 ,,,--...н+-о- нуклеозид
1 \ ,'
но-р---;,он
сн,
но'---
1 ;.-о -......._
c
l,11-
Н 1
с -- с
он
11,/cl
1 Н
он
он -т
Н2О + нуклеотид
Рис. 9.6. Структура нуклеозида Рис. 9.7. Упрощенное представление
аденозина реакции образования нуклеотида
ь
нуклеотид
нуклеотид
r �3
1 '-.__
н
Рис. 9.9. Упрощенное представление реакции
объединения двух нуклеотидов
о-
1
-о-Р-О-СН
2
j .........____
11
о c
1.,..,...- 0
l "Jf. c
Jf./ l
с--с
н 1� �нн
он � 3
Рис. 9. 1 О. Атомы углерода с номерами 5
и З аденозинмонофосфата
о-----·н-N
СН3 /
\
\ N
,,/-с�
нс� \ ,tc - c / �сн
\
__
/N_ lt _ ...N\ \\ /
N- C-N
HC�
N/
/ \\ \
Рис. 9.11. Водородные связи (пунктирные линии), образуемые
между аденином (справа) и тимином (слева)
\_J\
/
N ........_ /
\\о ......._N
.
··н -..;N/
/\�
....._N
\н
Рис. 9.12. Водородные связи (пунктирные линии), образуемые
между гуанином (справа) и цитозином (слева)
о------н-N ......-
н
сн .._с,f'
н 8
с с .,,,, N
\ � \\ N...._ ______N\,,f' ....__с �
N ........_ / \
lt
нс \\ /Н
/ С \ c-N
�N
О /
Рис. 9.13. Водородные связи (пунктирные линии), образуемые
\
между аденином (справа) и урацилом (слева)
д ир у и ис т и другие...
180 ЧАСТЬ З Углево ы, ж ы, н кле новые к ло ы
Глава 1 О
Витамины: просто
о сложном
В ЭТОЙ ГЛАВЕ ...
Витамин В1 (тиамин)
Тиамин (витамин В 1) участвует в углеводном обмене. В теле не накаплива
ется, как и остальные витамины группы В. Кроме того, продолжительная тер
мическая обработка пищи приводит к разрушению этого витамина. После вса
сывания в организме тиамин преобразуется в биологически активную форму
за счет присоединения пирофосфатной (дифосфатной) группы и, как результат,
образования тиаминпирофосфата (ТПФ). На рис. 10.1 показаны структуры
витамина В 1 и тиаминпирофосфата.
СН3
NH2 � ,,,,...- сн 2 -СН2 -ОН
1 / .-::С:::::с
,,,..,- с � ,,,,...- сн2 -N\ 1
N �С � -S
.,,,, с
11 ,:;:1/ сн
1 сн
'---
СНз N Тиамин
о о
СНз
NH2 �
11 11
СН -СН -О-Р-о-р-о-
1 / .-:::::::с/ 1 1
2 2
,,,..,-с
�
�
н -N \
,,,,...- с 2
� _s
1 о- o-
N с
11
.,,,, с
1
,:;:1/сн
сн
'---
СНз N Тиаминпирофосфат (ТПФ)
Рис. 10.1. Структуры витамина 8 1 (тиамина) и тиаминпирофосфата (ТПФ)
Витамин В2 (рибофлавин)
Рибофлавин (витамин В 2 ) незаменим при синтезе флавин-мононуклеотида
(ФМН) и флавин-адениндинуклеотида (ФАД). На рис. 10.2 показаны струк
туры этих веществ. ФМН и ФАД- это важные коферменты, вовлеченные в
многочисленные биохимические восстановительные процессы. В названии
рибофлавина кроется отсылка к рибитолу - спирту, полученному из рибозы.
Остальная часть рибофлавина представляет кольцевое образование изоаллок
сазина, производного флавина.
Заболеваний, вызванных недостатком рибофлавина, не существует;
однако, его нехватка приводит к воспалению и раздражению слизи
стой оболочки глаз, дерматитам и анемии. К источникам этого ви
тамина относятся соевые бобы, печень, молоко, сыр и зеленые
НА ПРАКТИКЕ
Витамин В3 (ниацин)
Термин ниацин (витамин В 3) связан с двумя соединениями: никотино
вой кислотой и никотинамидом. Эти два углевода, наряду никотинамид-аде-
1
Фасоль пинта - сорт фасоли с пестрой окраской.
СНз сн
1
N N //0
'с ,,..,...- .::::-с / --..___ �
с1/" --..___
с ,,.
11 1 1
,,., с.._____ 1/с "- -::1/с .._____ ,,.,.... N"-
1
сн3 сн N с н
11
о
о
,,,-СН /С-NН2
11
сн �с
-1/сн
11
сн
1
О-СН2 'N+
о�/ 1------ 0 -._1c
c
,I;I 1;1/
-о/ \ Нl с--с
Р
l
1 1 Н
А
О ОН ОН NН2
-о-!-о
о1
- нс/---с �N
11 1
1СН2 \N'__.c ........_ �сн
N
1 ------ 0 --- \
cl 'I;I l 1;1/c
Н
с--с
1 1 Н
он он
+
Никотинамид-адениндинуклеотид (НАД )
Рис. 10.3. Структуры никотиновой кислоты, никотинамида
и никотинамид-адениндинуклеотида (НАД +)
Витамин 8 6 (пиридоксин)
Витамин В6 состоит из трех компонентов: пиридоксина, пиридоксаля и пи
ридоксамина. Все три соединены в пиридоксальфосфат - форму, которая про
являет биологическую активность в организме. Структуры этих соединений
показаны на рис. 10.4. Пиридоксальфосфат выступает в качестве кофермента
СН2-ОН
н -....__с �о
1/"
1 1
но'---- ,,,.,.-с� ,,,..,.-сн 2 -он но'---- ,,,.,.-с� ,,,..,.-сн 2 -он
с --.:::::с с --.:::::с
11 1
.,,.с -....__ �сн
11
.,,.с -....__ �сн
1
СНз N СНз N
Пиридоксин Пиридоксаль
CH2-NH2
1
но'---- ,,,.,.-с� ,,,..,.-сн 2 -он
с --.:::::с
11
.,,.с -....__ �сн
1
СНз N
Пиридоксамин
н -....__ с �о о
но'----
1
,,,.,.-с
11
,,,..,.-сн2 -о-р-о-
�
с --.:::::с 1
°-
11
.,,.с -....__ �сн
1
СНз N
Пиридоксальфосфат
Рис. 10.6. Структуры пиридоксина, пиридоксаля,
пиридоксамина и пиридоксальфосфата
Авокадо, куриное мясо, рыба, орехи, печень и бананы - особо ценные ис
точники витамина В6• Термическая обработка снижает его концентрацию в пи
щевых продуктах. (Все же не стоит есть сырое куриное мясо только ради того,
чтобы восполнить недостаток витамина В6 в организме.)
Заболевания, вызванные дефицитом витамина В6, медицине неиз
вестны, но его низкое потребление приводит к раздражительности,
депрессии и спутанности сознания. Доказано, что большие дозы
НА ПРАКТИКЕ
Биотин
Биотин (рис. 10.5) является важным коферментом многочисленных реакций
карбоксилирования. Биотин- это переносчик углерода в жировом и углевод
ном обмене.
Фолиевая кислота
Фолиевую кислоту вырабатывают бактерии в нашем кишечнике, но поми
мо того она в больших количествах содержится в листовых овощах зеленого
цвета, сушеной фасоли и печени ( один из любимых продуктов питания Джо
на). Восстановление фолиевой кислоты переводит ее в активную форму- те
трагидрофолиевую кислоту. Обе структуры показаны на рис. 10.6. Кофермент
переносит углерод, обычно метил или формил, при синтезе гема, нуклеиновой
кислоты, холина и некоторых других соединений. И хотя соединение легко раз
рушается при термической обработке, кишечные бактерии обычно вырабаты
вают достаточное количество фолиевой кислоты для нормального протекания
обменных процессов.
Тетрагидрофолиевая кислота
Рис. 10.6. Структуры фолиевой и тетрагидрофолиевой кислот
Пантотеновая кислота
Название пантотеновая кислота (рис. 10.7) происходит от греческого
слова, означающего "отовсюду". Вполне ожидаемо ее источником выступает
очень большое количество продуктов питания, в том числе мука, яйца и мясо.
1СНз НI Н
I "
он
Рис. 10.7. Структура пантотеновой кислоты
Удивительный витамин В 12
Вита.мин В 12 - это единственное известное природное органическое соеди
нение, в состав которого входит металл. Он не образуется у высших растений,
и, по всей видимости, синтезировать его умеют только бактерии, живущие в
симбиозе со своими хозяевами. К несчастью, у высших животных, включая
человека, такие бактерии не обнаружены. Следовательно, нам приходится по
лучать витамин В 12 с пищей.
Название соединения цианокобаламин указывает на вхождение в его со
став цианида. Цианид искусственно образуется при выделении соединения и
не существует в природном состоянии. Витамин В 12 необходим для образо
вания двух коферментов: метилкобаламина (рис. 10.8) и 5-дезоксиаденозил
кобаламина.
Оба кофермента принимают участие в реакциях с перегруппировками. Ме
тилкобаламин участвует в реакциях с переносом метила. Кофермент 5-дезок
сиаденозилкобаламин задействуется в некоторых заместительных реакциях,
в которых атом водорода и группа, прикрепленная к расположенному рядом
углероду, меняются местами.
При плохом всасывании витамина В 12 обычно развивается перни
циозная анемия. Здоровые клетки желудка вырабатывают гликопро
теин, который способствует всасыванию витамина в кишечнике.
К витаминной недостаточности приводит нехватка именно этого
НА ПРАКП1КЕ
СН3
H2NOC-CH2 --.::::::::::
СНз
СН3
H2NOC
"-..
СН2
СНз
Витамин А
Витамин А - это не одно соединение, а целый комплекс биологически ак
тивных веществ, которые подвергаются биологическим реакциям внутри ор
ганизма. Родительским соединением витамина А выступает 11-трансретинол,
обнаруженный в молоке и яйцах. Витамин А встречается только у животных,
а у растений его предшественником является �-каротин (рис. 10.9), выступаю
щий провитамином. При расщеплении �-каротина образуются два активных
вещества витамина А. Любой �-каротин, который не становится витамином А,
используется в организме как антиоксидант.
�-каротин
Рис. 70.9. Структуры 7 7-трансретинола и {3-каротина. Заметьте, что
7 7 атом углерода располагается на пятой позиции основной цепочки
Витамин С
Витамин С - это еще одно название аскорбиновой кислоты (рис. 10.1 О).
Дегидроаскорбиновая кислота также обладает свойствами витамина С. Ви
тамин С относится к водорастворимым витаминам, поэтому организм легко
устраняет его избыток, и он совершенно нетоксичен при передозировке. Ви
тамин С является антиоксидантом. Как и витамин Е он помогает предотвра
щать повреждения, вызываемые окислителями. Также витамин С нужен для
всасывания железа и удержания его в двухвалентном состоянии. Витамин С
способствует преобразованию некоторых видов проливов из коллагена С в ги
дроксипролины, которые стабилизируют коллагеновые волокна.
НО -СН2-СН, /О
1 сн с 1/ О
""'
он \ /
но/
с =с
он "'
Рис. 10.1О. Структура
витамина С
СН3
СНз 1
\ ,,,.сн" ,,,.сн ,,,.снз
сн сн 'сн 'сн
,,,.сн2 1 � I
СНз
СН2 'с
1 1 СН2
/
н2с, ,,,,,.сн ._ СН2
'с
11
,,,,,.сн
нс
11
,,,.с '-.__ СН2
,::1/'
СН2 С
1 сн ,,,.сн 2
1
но,,,,,. 'сн2
Витамин D2
Рис. 10.11. Структуры эргостерола и витамина 02
Витамин Е
Токоферолы - это группа соединений, которые обладают функциями вита
мина Е. Самым эффективным из них является а-токоферол (рис. 10.13). Вита
мин Е поступает в организм вместе с самыми разными продуктами питания:
растительными маслами, орехами, цельнозерновыми крупами, листовыми ово
щами и др. Недостаточность витамина Е развивается крайне редко - чаще
всего она наблюдается у людей, придерживающихся специфических диет или
СНз
\ ,,,-СН2 ,,,-СН2 /СНз
СН ' СН2 , СН
СНз
,,,-СН2 1 CIJ / cl
СН2 'С� Нз
1 1 СН2
Н2С ........_.._ /СН---.. /
С СН2
11
сн
нс ,,,..,,
11
,,,,с........_.._ �СН2
СН2 С
1 1
/СН ,,,-СН2
но 'сн2 Витамин D3
Рис. 7 7. 72. Структуры 7-дигидрохолестерола и витамина 03
СНз
Витамин К
Витамин К 1 (рис. 10.14)-это одно из многочисленных соединений, отно
сящихся группе витаминов К. Виды витамина К различаются боковыми цепя
ми, прикрепленными к кольцевой структуре. Одна цепь - это обычно метил, а
в остальных, как правило, содержится не менее 20 атомов углерода.
СН3
Гормоны:
информационная
система организма
В ЭТОЙ ГЛАВЕ ...
Белковые гормоны
Белковые гормоны, или полипептиды, обычно вырабатываемые гипофизом
и гипоталамусом, варьируются от простых трипептидов до больших молекул
с более чем 200 аминокислотными остатками. Белковые гормоны представ
ляют разнообразную коллекцию углеводных молекул, среди которых инсулин
(см. глава 5).
СН2-СН2 О О
СН2-СН2
! \ 11 11 / \
сн-с-NН -СН-с-N, /СН2
I
с
,:?' '-. ,,,,
О N СН
Н СН2
СН=С
1 1
с=о
1
j \ NН2
N� / NН
сн
Тиреотропин-высвобождающий фактор
Рис. 11.1. Структуры ингибирующего высвобождение гормона
роста фактора и тиреотропин-высвобождающего фактора
Стероиды
Скорее всего вы уже знакомы со стероидами, которые применяются атле
тами для увеличения (или "накачивания") мышечной массы. Стероидные гор
моны, вырабатываемые в теле яичниками, яичками и надпочечниками явля
ются производными холестерина с молекулой примерно такой же величины.
К ним относятся эстрогены (женские половые гормоны), андрогены (мужские
1 1 1
--:?с '-- rc ..........__ ,,..сн2
О СН СН2
Прогестерон Тестостерон
Альдостерон
Рис. 11.2. Структуры прогестерона (эстрогена), тестостерона (андрогена)
и гормонов коркового слоя надпочечников (альдостерона и кортизола)
Проинсулин
Примером прогормона является инсулин, с помощью которого кон
тролируется уровень глюкозы в крови. При слишком большом коли
честве инсулина в крови наблюдается гипогликемия - недопусти
НА ПРАКТИКЕ
мо сильное падение уровня глюкозы. Если инсулина в крови очень
мало, то возникает гипергликемия - чрезмерно сильное повышение
уровня глюкозы. Съев сладкий десерт, например кусок торта, вы
вынудите организм задействовать весь доступный запас инсулина.
Если бы весь инсулин находился в кровотоке, то у вас сразу раз
вилась бы гипогликемия. Если бы в крови вообще не содержалось
инсулина, то наступила бы гипергликемия, которая прекратилась бы
только после синтеза достаточного количества инсулина из отдель
ных аминокислот. Как гипогликемия, так и гипергликемия приводят
к серьезным проблемам со здоровьем. Простое решение проблемы
заключается в накоплении достаточного количества неактивного ин
сулина, готового мгновенно вступить в действие
I
I"'
\
С=СН С=СН О
но-с/ \ -о-с/ 11 о-
\ -сн -сн-с-
� ;/ � ;/ 2
сн-сн с-сн I
NН 3
+
/
I
Трийодтиронин
он сн
.,.,сн
1 / 3
_,.,,,с-сн2 NН -
сн -::-с н
11 1
_,.,,,с -9'сн
но ...___,с
1
он
Адреналин
он
_,.,СН
1
_,.,,,с-СН2-NН2
сн -::-с н
11 1
_,.,,,с ...___,с-9'сн
но
1
он
Норадреналин
Рис. 11.3. Структуры тироксина, трийодтиронина,
адреналина и норадреналина
Ангиотензиноген
Ангиотензиноген - это прогормон ангиотензина II, гормона, который дает
команду коре надпочечников выделять альдостерон. (Кроме того ангиотен
зин II является самым сильным известным сосудосуживающим средством.).
Превращение прогормона в гормон выполняется в два этапа. На первом этапе
задействуется фермент ренин. Эта пептидаза, вырабатываемая в почках, рас
щепляет определенную пептидную связь между двумя остатками лейцина, в
результате чего образуется декапептид-ангиотензин /. На втором этапе задей
ствуется пептидаза, известная, как ангиотензин конвертирующий фермент.
Этот фермент, изначально образующийся в легких, расщепляет С-концевой ди
пептид-ангиотензин 1 для образования ангиотензина II. Такие биохимические
реакции протекают очень быстро, обеспечивая экстремально быструю актива
цию гормона.
1
КJSS (Кеер lt Simple, Silly - сделай это просто, глупышка); мнемонический прием
для запоминания.
Гипоталамус
Адрено
кортикотропный
гормон
Окситоцин Гормон Тиреотропный п ролактин Фолликуло-
роста гормон стимулирующий
гормон
с
1
;--с/ �N
сн 11 1
\N .-с--...._ �сн
N
О-СН2
О
{------ '--с
1 ...,_1;1с-с1;1�1
Н 1 1 Н
О=Р-о ОН
I_
Рис. 11.5. Структура циклической АМФ
АМПЛИФИКАЦИЯ
Прикрепление гормона к рецепторному участку провоцирует ответ, который
будет повторяться до тех пор, пока не будет разорвана связь с гормоном. На
пример, если ответом будет образование молекулы, то запускающий этот про
цесс гормон будет вызывать образование не одной молекулы, а непрерывного
потока молекул. Такой непрерывный синтез не прекращается до тех пор, пока
гормональная молекула будет оставаться на рецепторе. Согласно этому меха
низму одна молекула гормона может индуцировать образование тысяч других
молекул. Этот процесс, называемый амплификацией, приводит к более эффек
тивному результату, чем можно судить по низкой концентрации гормона.
Стероидное регулирование
В отличие от механизма вторичных мессенджеров в стероидном регулиро
вании гормоны проходят через мембрану и заходят в клетку. Этот механизм
применим к некоторым другим гормонам, например вырабатываемым щито
видной железой.
Впервые этой моделью было описано действие эстрадиола на ткани матки
у млекопитающих. Эстрадиол или эстроген проходит через клеточную бис
лойную мембрану, где связывается с эстроген-рецепторным белком. При этом
ковалентная связь не создается, а вместо этого индуцируется конформацион
ное изменение белка. Изменение формы позволяет белку пройти через обра
зованный "проем" внутрь клеточного ядра. Затем в клеточное ядро проходит
гормон-протеиновый комплекс, где связывается с определенным участком на
хромосоме. Такое объединение с хромосомой стимулирует транскрипцию для
производства иРНК, которая выходит из ядра и обеспечивает синтез белковых
молекул с помощью механизма трансляции.
У стероидной системы есть три отличительных преимущества перед меха
низмом вторичных мессенджеров. Во-первых, при стероидном регулировании
гормон проходит непосредственно через клеточную мембрану. Во-вторых, в
цитоплазме (внутриклеточной жидкости) присутствует готовый стероидный
молекулярный рецептор. И наконец, гормон действует на хромосомном уровне.
Жизнь и энергия
В ЭТОЙ ГЛАВЕ ...
При проведении исследований лучше работать с величиной ЛG0 '. Она пред
ставляет изменение ЛG0 при биологически более оправданном значении рН =
= 7([Н+] = 10-7 М), а не стандартном рН = О([Н+] = 1 М). В табл. 12.1 приведено
8G 0 КДж• моль-1
'
К
-17,1 1000
-11,4 100
-5,7 10
о
5,7 0,1
11,4 0,01
17,1 0,001
Как видно в табл. 12.1, чем больше значение К, тем более экзергонической
(спонтанной) будет реакция. Например, при К = 1 концентрация продукта В в
1ООО раз превышает концентрацию реагента А, и при этом выделяется 17 КДж
энергии на 1 моль вещества. Не забывайте, что в биологических системах кро
ме ЛG 0 ' также необходимо учитывать различия между [А] и [В]. Например,
повышение концентрации реагента приводит к усилению реакции, тогда как
увеличение концентрации продукта - к ее угнетению.
1
с
/.N -- / �
N
о
нс
//
11
С
\ ...-с, �сн
1
11
-о-р-о -р-о
11 N
N
о1 - о1 -
"'-сн 2
1.,,,,,,,,,,,,,-0 ......_........
с н н с
1��--c.( I
н
о1 н о1 н Н
Аденозиндифосфат (АДФ)
Рис. 12.2. СтруктураАДФ
1
с
/,N -..... / �
N
о
нс
/j
\ ,..,.......с
11
С
1
�сн
11 N .....,___
N
Аденозинмонофосфат (АМФ)
Рис. 12.3. Структура АМФ
NH2
1
/N -.._ / с�
N
о о
нс /j 1
С
1
\N _.с, �сн
-о-р-о-р-о 11 11 N
1
о- о1 -
'--сн2 0
1 ,...,..-- -....._
·, ' Mg 2: ,' 1�с-с'�1
с н' н с
Н 1 1 Н
он он
Аденозиндифосфат (АДФ)-Мg 2•
Рис. 12.4. Магниевые комплексы в АТФ и АДФ
АТФ 30,5
Фосфоаргинин 32,2
Ацетилфосфат 43,3
Фосфокреатинин 43,3
1,3-бифосфоглицерат 49,6
Фосфоэнолпируват 62,2
Семейство нукпеозидтрифосфатов
Как мы уже говорили, основная молекула-переносчик энергии - это АТФ.
Но другие нуклеозидтрифосфаты, такие как ЦТФ, ГМФ, ТТФ и УТФ также
могут выполнять функцию переноса энергии. Кроме того эти пять молекул
частично обеспечивают необходимой энергией процесс синтеза ДНК и РНК.
Все нуклеозидтрифосфаты дают примерно одинаковое количество энергии.
(Заметьте, АТФ необходима для синтеза других нуклеозидтрифосфатов.)
Биосинтез рибонуклеозидтрифосфата с общим названием НТФ начина
ется с выработки соответствующего монофосфата - НМФ. Для поэтапного
добавления следующих двух фосфатных групп требуется два узкоспецифич
ных фермента. Такими ферментами являются нуклеозидмонофосфаткиназа и
нуклеозиддифосфаткиназа. (Термином киназа обозначаются трансферазные
ферменты, которые переносят фосфатную группу нуклеозидтрифосфата.) На
рис. 12.6 приведен общий вид такой реакции.
1
-о -Р=О с
1
о-Фосфокреатинин
о
Н2С
11 СН-С
1 -о1 н о1
о
о =р- о-
/ "'
- о -Р= о
1
о-
1
о-
1,3-бифосфоглицерат
СН2 = С-С
;;°
1 '\.,_о-
о
1
о =р- о-
1
о-
Фосфоэнолпируват
Рис. 12.5. Структуры некоторых
высокоэнергетических молекул
Нуклеозиддифосфаткиназа
НДФ + АТФ НТФ + АДФ
Рис. 12.6. Две реакции, катализируемые
киназными ферментами
ЧТОПРОИСХОДИТПРИПОЛНОМГОЛОДАНИИ
Количество Количество
Химические преобразования повторений образованных
шага молекул АТФ
Всего 146
Гексокиназа
!С
Глюкоза-6-фосфат
АТФ
АДФ+Р;
Фосфослю,оизомераза 11
Фруктоза-6-фосфат
Фосфофруктокиназа !С АТФ
АДФ+Р;
Фруктоза-1,6-бифосфат Фаза!
Альдолаза l.
r
Дигидроксиацетонфосфат
-------\
с
==== Глицеральдегид-3-фосфат
Глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа
НАД +Р;
+
---------
НАДН + Н
Фаза 11
+
1,3-бифосфатглицерат
АДФ+Р;
Фосфоглицераткиназа
�
АТФ
Фосфоглицеромутаза 1l
3-фосфоглицерат
2-фосфоглицерат
Энолаза
к
µ,а
Фосфоэнолпируват
АДФ+Р;
Пируваткиназа
Пируват АТФ
Рис. 7 3. 7. Этапы гликолиза
н /с
l
он "сl !, lн
c '- он
l !,
он "с l lн
1 1
н он 1 1
н он
Глюкоза
Глюкоза-6-фосфат
,,..он ,,..о .,,,о
О О-СН2 СН2
� 0 О О-СН2 СН2 '-.. р-f"
� р/ 1 1 � / °
-о/ "-о- f,,....<1
н
1/1
с-с он
он---,..
-о /
Р
"- о-
1
1,1
1
c.,.....-i:( он'--с -о
1 /1
/ "
о-
1 н1 н с-с он
он 1 1
он н
Фруктоза-6-фосфат
Фруктоза-1,6-бифосфат
о н о
---.. �
о
11 с 11
о-р-о-
0� о-р-о- 1
1 / 1
с н-с-он
сн;
1 о- о-
о- 1 1
о=с СН2 1 н -с-о н
1 'о-р-о- о-
СН2 1
СН2 1 11
он о 'о-р-о-
"
Дигидроацетонфосфат Глицеральдегид-3-фосфат
о
11
о-
0�
/ 0� о- о- 1,3-бифосфоглицерат
/
с с о с о
0 � /
н-с-он
1 1 11 1 11
н-с-о-р-о- с-о-р-о-
1 о- 1 1 11 1
СН2 1 С Н2 о- СН2 о-
'о-р-о- 'ОН 0� /
о-
11
о
3-фосфоглицерат
2-фосфоглицерат
Фосфоэнолпируват
I
с=о
Пируват
1
СНз
Рис. 13.2. Молекулы, участвующие в гликолизе
Фаза 11
Фаза II начинается с синхронного фосфорилирования и окисления глиу
реальдегид-3-фосфата с образованием 1,3-бифосфоглицерата. Катализатором
такого преобразования выступает глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа.
Источником фосфатов является неорганический фосфат. НАД+ - вещество,
которое может служить как ферментом, так и окислителем. Он восстанавлива
ется до НАДН.
У 1,3-бифосфоглицерата есть высокоэнергетическая связь. В присутствии
ионов Mg2+ фосфоглицераткиназа катализирует прямой перенос фосфата из
1,3-бифосфоглицерата к АДФ. В результате образуется АТФ и 3-фосфоглице
рат. Поскольку образование АТФ сопровождается прямым переносом фосфата,
процесс называется субстратным фосфорилированием (не путайте с окисли
тельным фосфорилированием, описанным ниже). Затем фосфоглицеромутаза
катализирует перенос фосфатной группы от С-3 к С-2, таким образом превра
щая 3-фосфоглицерат в 2-фосфоглицерат.
В результате дегидратации происходит выделение воды с образованием
фосфоэнолпирувата (ФЭП), который включает высокоэнергетическую связь.
Ферментом, который катализирует реакцию, выступает энолаза.
Последним необратимым шагом является субстратное фосфорилирование.
Здесь, молекула АДФ получает фосфатную группу от ФЭП. Этому ферменту
нужны не только ионы Mg2+, но и ионы к+. Вторым продуктом реакции являет
ся пируват. Ух, ты! Глубоко вдохните перед тем, как двигаться дальше.
В течение фазы II две молекулы глицеральдегид-3-фосфата (из
фазы 1) образуют две молекулы пирувата с образованием четырех
ЗАПОМНИ!
молекул АТФ и двух молекул НАДН.
Перед пируватом, образовавшимся в процессе гликолиза, открывается не
сколько перспектив. При достаточном количестве доступного кислорода пи
руват переходит в цикл Кребса, цепь транспорта электронов, и становится на
путь окислительного фосфорилирования в виде ацетил-СоА. Это приводит к
повышенному образованию АТФ и общего числа молекул СО2. Если кислорода
недостаточно, то у позвоночных, включая нас с вами, пируват преобразуется в
сопутствующее вещество - лактат. У других организмов, таких как дрожжи,
co�r
ГДФ+Р;
Фосфоэнолпируваткарбо��наза ]� ГТФ
Фосфоэнолпируват
э,олаза
1µ,а
1l
2-фосфоглицерат
Фосфоглицеромутаза
3-фосфоглицерат
АТФ
Фосфоглицераткиназа �
� АДФ+Р;
Р; церат
( �:::
� ( Глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа
1l
Глицеральдегид-3-фосфат НАД +
Триозофосфа;изомераза )
Адолаза
1�
�
Фруктоза-6-фосфат Фруктоза-1,6-бифосфат
Фосфоглюкоизомераза
о
ТПФ 11
С0 2 + СН 3 -С
"'-.
н
Ацетальдегид
СН 3
Пируват
2. Реакция алкогольдекарбоксилазы
о
о
11 ◄
Zn 2+
11
СН3 -С '-....
СН 3 -С "'-. он
н
Ацетальдегид Этанол
+ +
НАДН + Н НАД
Рис. 13.4. Этапы спиртового брожения
1
СН2
1
СН2
1=
о
с о
1 11
НN-СН2-СН2-S-С-СНз
Цистеин Ацетил
Рис. 13.5. Структура ацетил-СоА
11
СНз-С-СоА СоА
Цитрат
Оксалоацетат
Изоцитрат
а-кетоглугарат
+
Малат НАД
СоА
Фумарат
СоА Сукцинил-СоА
Сукциsа,�
ФАДН2 �ГДФ + Р;
ФАД \ ,
ГТФ
Рис. 13.6. Цикл лимонной кислоты (Кребса)
о� ,,..,...о
с
сн
1
11сн
1
о �"'о-
с
Малат Оксалоацетат
Рис. 13.7. Структуры молекул, участвующих в цикле лимонной кислоты
СоА
Перенос к Сод
11
СНз-С-S-СоА
Ацетил-Сод
Рис. 13.8. Упрощенная схема поэтапного образования ацетил-СоА
Однако на образовании ацетил-СоА процесс не завершается. О кисленная
форма липоамида должна восстановиться. Катализирует этот шаг фермент
дигидролипоилдегидрогеназа. Два электрона при окислении перемещаются к
ФАД, а затем - к НАД+. Важные промежуточные вещества, образуемые на
этом шаге, показаны на рис. 13.9.
Тиаминпирофосфат (ТПФ)
Липоамид Ацетиллипоамид
Рис. 13.9. Структуры ТПФ, липоамида и ацетиллипоамида
Окислительное декарбоксилирование
Следующий шаг заключается в преобразовании изоцитрата в а-кетоглутарат
с промежуточным состоянием, представленным оксалосукцинатом. Изоцитрат
связывается с ферментом изоцитратдегидрогеназой. В это же время кофермент
НАД+ подвергается реакции восстановления. Как АТФ, так и НАДН относятся
к отрицательным факторам аллостерической регуляции активности изоцитрат
дегидрогеназы, а АДФ выступает ее положительным фактором. Это важный
механизм регуляции в производстве АТФ.
Восстановление оксалоацетата
Восстановление оксалоацетата завершает цикл, для чего требуется проведе
ния трех реакций, которые сообща превращают метилен в карбонильную груп
пу. Во-первых, атом водорода удаляется из каждых двух соседних атомов угле
рода, что в итоге приводит к образованию двойной связи. Потом к этой связи
добавляется молекула воды. Наконец, удаление двух атомов водорода приводит
к образованию соответствующей а-кетоновой группы. Сукцинатдегидрогеназа
катализирует первую из этих реакций. Простетическая группа, ФАД, принима
ет два атома водорода посредством ковалентных связей, образованных с фер
ментом. Следующий этап катализируется фумаразой. Финальное окисление
выполняется с участием фермента малатдегидрогеназы с двумя коферментами
нлд+. Оксалоацетат готов включиться в цикл заново.
Изолейцин
Ацетоацетил-Сод ----Ацетил-Сод -{ Лейцин
Триптофан
Аспарагин
Цитрат
г--.... (
� о,салоаце,а;
\
L
Фенилаланин
Тирозин
Фумарат
)
Изоцитрат
Изолейцин
Метионин
Треонин }-- Су,ц,е
Валин �
(
ос,
)
�
Аргинин
Глутамат
Глутамин
Г истидин
Пролин
Рис. 13.11. Роль аминокислот в гликолизе
Флавиновые дегидрогеназы
Ферментам этого типа (Е) нужна ФАД или ФМН в виде простетических
групп с прочными связями или коферментами. Опять же,вещества могут быть
как в окисленной, так и в восстановленной форме. С общей формой записи
реакции этого типа можно познакомиться ниже.
Z-H 2 + Е-ФАД !:::::; Z+Е-ФАДН 2
Z-H 2 + Е-ФМН !:::::; Z+ Е-ФМНН 2
НАДН-дегидрогеназа, в состав которой входит простетическая группа
ФМН, является ферментом, отвечающим за перенос электронов от НАДН к
следующему акцептору в цепи транспорта электронов. Существуют и другие
флавиновые дегидрогеназы такие,как сукцинатдегидрогеназа.
Окисленный убихинон
- 2Н +2Н
СН 3 ОН
1 с
1 СН 3
о "-.. / � /
с �с
11
Взаимоотношения компонентов
Звенья цепи переноса электронов сгруппированы в четыре комплекса
с ферментом Q (CoQ) и цитохромом с (cyt с) в качестве связующего звена.
Один из способов определения последовательности событий при транспорте
электронов показан на рис. 13.14. Эта же последовательно проиллюстрирова
на на рис. 13.15 - на этот раз в виде, подчеркивающем циклическую приро
ду отдельных этапов. Процесс происходит в четырех комплексах, связанных
с
// \\
с
нс ..,.- '-... / ....__ сн
R ь
8'---._с _..... с
\
N
I iс
/ ....__ с /
�
N- Fe -N
11 11
Окислительное фосфорилирование
Процесс окислительного фосфорилирования тесно связан с транспортом
электронов. Окисление восстановленных форм коферментов ФАДН2 и НАДН
возможно только в присутствии АДФ. Фосфорилирование происходит, когда
продукты окисления соединяются с АДФ, трансформируясь в АТФ.
Изучая окислительно-восстановительный потенциал НАДН и ФАДН2 для
восстановления кислорода, нужно провести следующие расчеты.
НАДН::::; НАД + + н + + 2е +0,32 В
+1.14 В
i
АТФ
!
cyt Ь
i
cyt с1
!
cy t с
и
ФАДН 2 � ФАД + 2Н + + 2е- +0,22 В
tj омплекс 11 о
СХ)
:;:
/Т1
:s;
j
Комплекс 111 К :х:
о ,:;
о
хх
2 (FcS) Н'
1::1
+ t:l. i::: \О
.
2н
Е""Е
1 с 1::1 rtl
1-
х
2н
cu /Т1
!
+ Q)
\ j �о :;:
АFc2+ ФМНН2
F,'•
, ' , нм· zн :s;
F,'• (
F," Fс з +
:::3 �
,О Q
F с з \ / C o H2 \/
:]'" ,о g;
'v. /
1::1 :iE
Н ' cu "" :s;
\ /
,о 1::1
:;:
:s;
.!)
Е х
'"'"
�
i:::
X 2c u g;
ytc i::: о
.!)
rtl
2cytaa,
··�··
cu :х: :,,:
' :::r :]'"
'..,.,
,
z -"" �
Q)
+ / c2-r 1
�, ... ,
Fc 3 Fc2 Fcз+ " F
+ 1 1 l.r) �
112 О, Fo" CoQ
:s;
\.
� 5- Q)
у
)
н+ u :::3
КомплексVI 2W 2W & Q)
) о
\._..______�у------- :s;
Комплекс 1 s:t
Предполагаемые механизмы
В настоящее время механизм окислительного фосфорилирования объясня
ется с помощью хемиосмотической теории. Она предполагает, что на преобра
зование АДФ в АТФ, существенно влияет концентрация ионов водорода. Про
цессы, происходящие в четырех комплексах на внутренней митохондриальной
мембране, в конце концов приводят к перемещению ионов водорода по сети.
В результате такого перемещения увеличивается концентрация ионов водо
рода в межмембранном пространстве. Обратное перемещение ионов водорода
через мембрану является необходимым условием синтеза АТФ.
Выработка АТФ
В результате реакции окисления глюкозы (гликолиз) и окисления пирувата
из каждой молекулы глюкозы образуется 36 молекул АТФ. Ниже приведено
описание этих реакции.
Окисление глюкозы:
Глюкоза+ 2 НАД++ 2 АДФ+ 2 Р;---+ 2 пирувата+
+ 2 НАДН + 2 н++ 2 Н 2O+ бАТФ.
Окисление пирувата:
2 пирувата+ 5 02+ 30 АДФ+
+ 30 Р;---+ 6 СО2+ 34 HzO+ 30 АТФ.
Общая реакция:
Глюкоза+ 2 НАД++ 5 02+ 32 АДФ+
+ 32 Р;---+ 6 СO 2+ 36 HzO+
+ 2 НАДН+ 2 н++ 36АТФ.
Последнее уравнение иллюстрирует общий принцип производства АТФ.
Подробно все реакции, включенные в него, рассмотрены в предыдущей главе.
Жирная кислота
АТФ
Ацил-СоА-синтета за
АМФ+РР;
2р'. .-----
о
11
R-C-S-CoA
н о
о
11 R-c =
1 11
c-C-S-CoA
CH3-C-S-CoA
1
Н Транс-р-эноил-Сод
о о Эноил-СоА-гидратаза
11 11
R-C-CH2-C-S-CoA
Р-кетоацил-СоА он о
1 11
R-CH-CH2-C-S-CoA
"
р-гидроксиацил-Сод
р-гидроксиацил-СоА':"дегидрогеназа
/ + +
НАДН +Н НАД
Рис. 13. 16. Основные этапы цикла {3-окисления
ДРУГИЕ ВОЗМОЖНОСТИ
CoA-SH
/70
СНз-С
--___ j"S-CoA
У
---<--_,_ о�С-СН -С-СНз
11
2
�-гидрокси-�-метилглутарил-СоА -о/
о
НАДН Ацетоацетат
НАД
он
о� 1
С-СНz-С-СНз
-о /
1 о
� -гидроксибутират 11
СН 3 -С-СН 3
Ацетон
Рис. 1З. 17. Образование кетоновых тел
Жирные кислоты
Жирные кислоты нужны для образования мембранных липидов. Тем не ме
нее главной причиной синтеза жирных кислот является преобразование избыт
ка углеводов пищи в запас жиров (живот не даст соврать). Ключевая молекула
процесса - ацетил-СоА.
У человека жирные кислоты изначально образуются в печени; наш
организм умеет синтезировать все жирные кислоты, кроме двух:
линолиевой и линоленовой. Более того линолиевая и линоленовая
HAПPAKn'IKE
кислоты относятся к незаменимым жирным кислотам и должны
СоА-карбоксилаза
о о АДФ
� #
с-сн2 -с
"'.
-0/ s--сол
Малонил-Сод
Рис. 1З. 18. Синтез малонил-СоА
к
S-CoA -о/ S-CoA
Ацетил-Сод Малонил-СоА
KCoA-SH CoA-SH
о о о
СНз-< + �
�с-снгсf'
АПБ
Ацетил-АПБ j
-с! "-дnБ
Малонил-АПБ
+СО2'-...,/
!
о о
�
�C-CH
/
СНз
2 -cf
" АПБ
+
НАДФН Н �
+
+
НАДФ �
но о
\н-снгсf'
/
СНз АПБ
"
0
� -1 о
CH=CH-cf
СНз
/ " АПБ
НАДФН
+
�
+
НАДФ
Рис. 13.19. Синтез жирных кислот
Мембранные липиды
Липиды в мембране, как и другие молекулы, синтезируются из составляю
щих ее компонентов. Подробное описание синтеза жирных кислот приведено
в предыдущих разделах. Для получения соответствующего ацил-СоА жирные
кислоты нужно активировать с помощью ацетил-СоА. Восстановление диги
дроацетона в процессе гликолиза приводит к образованию глицерол-3-фос
фата, который при комбинации с соответствующей молекулой ацил-СоА дает
диглицерол-3-фосфат (фосфотидат) (рис. 13.20). Затем фосфотидат вступает в
реакцию с неактивным серином или активированным холином для того, чтобы
образовать соответствующий фосфоглицерид.
Таким же путем образуются сфинголипиды. В этом случае сфинголизин за
мещает глицерол. Синтез сфингозина начинается с реакции пальмитоила-СоА
с серином в присутствии кислоты. Эта реакция приводит к образованию ко
энзима А, углекислого газа и прекурсора сфингозина. Окисление прекурсора
приводит к образованию сфингозина (рис. 13.21).
Ацил-СоА может присоединить жирную кислоту к аминовой группе и об
разовать N-ацилсфингозин (церамид). Реакция спиртовой группы третьего
атома углерода церамида с активированным фосфотидилхолином дает сфин
гомиелин.
В результате реакции церамида с активированным моносахаридом запуска
ется синтез гликолипидов. Для завершения синтеза требуются дополнительно
активированные моносахара (например УДФ-глюкоза).
Холестерол - это еще один мембранный липид. Он помогает контролиро
вать текучесть клеток мембран, а также является предшественником стероид
ных гормонов. Полный цикл происходит в печени, где соединяются молекулы
ацетил-СоА. Таким образом, молекула холестерола состоит одновременно из
двух атомов углерода.
,.......o--c-R
11
СН 2 О
1 11
сн -o -c- R'
1
4"
о
С Н 2 -о
.........._
р
/ '----о -
-о
Фосфатидат
Рис. 13.20. Образование фосфогидратов
Аминокислоты
Синтез аминокислот запускается в случаях, когда рацион питания обеднен
белками. В организме взрослого человека синтезируется 11 из 20 аминокислот.
Аминокислоты, которые подлежат синтезу организмом, известны как незаме
нимые аминокислоты, и они должны содержаться в рационе питания. Список
заменимых и незаменимых кислот приведен в табл. 13.2.
Пальмитоил-СоА
+
н
сн2 -он
сн2 -он
1
СН -Nн 3 + 1
СН -Nн/ С +CoA-SH
1 О
2
сн-он 1
О сн-он
1 ]
сн � 1
(СН2)14
11
СН Н2 0 1
СН3
1
(СН2)12
СН3
Сфингозин
Рис. 13.21. Образование сфингозина
Гистидин Аланин
Изолейцин Аспарагин
Лейцин Аспартат
Лизин Цистеин
Метионин Глутамат
Фенилаланин Глутамин
Треонин Глицин
Триптофан Пролин
Валин Серин
о� /о
с
НС --Nн
+
1 3
СН 2
1
СН 2 СН 2
с
1 с
1
,:::::- " ,:::::- "
о о- о о-
а-кетоглутаровая кислота Глутамат
Рис. 13.22. Равновесие между глутаматом
и а-кетоглутаровой кислотой
Фенилаланин
Фенилаланингидроксилаза
нс =сн н о
но -с
/ 1 //
\с-сн-с-с
НС
�
-сн
// 2 1
NНз+ О
\_
Тирозин
Рис. 13.24. Синтез тирозина
о�с /о
'Н 3 N-сн
1 Глутамат
а-кетоглутарат
2-
СН2 -ОРО 3
3-фосфосерин
,;;;:::С..
:::?' ...
"oPo/-
Глутамат r·о глутаматфосфат
Глутамат-у-полуальдегид
НАДФН+н+
+
НАДФ
Пролин
Рис. 13.26. Синтез пролина
Биосинтез пуринов
Синтез пуринов начинается с активации D-рибоза-5-фосфата путем фосфо
рилирования. Во время реакции фосфатная группа от АТФ переходит к перво
му атому углерода С 1 в а-D-рибоза-5-фосфате, что приводит к образованию
5-фосфат-а-D-рибоза-1-пирофосфата (ФРПФ) и АМФ. Реакция интересна тем,
что фосфатная группа переходит в неизмененном состоянии (рис. 14.2). ФРПФ
также востребована в синтезе пиримидинов (см. раздел "Синтез пиримидинов"
далее).
о
11
-о- -о- н
r
о-
т�о
"
c c
1
l�l!- l!-� \
с-с
Н 1 1 он
он он
а-D-рибоза-5-фосфат
о
Е +
АМФ
АТФ
11
- о-Р-О-СН2 н
c1
О
1
0 - ,�t-t� \
н он
1
,,..........--- "
1
1
о
11
о-Р-о-р-о-
о
он
1
о-
1
о-
5-фосфат-а-D-рибоза-1-пирофосфат
Рис. 74.2. Активация
5-фосфат-а-0-рибоза- 7-пирофосфата (ФРПФ)
Номер
Название
фермента
Амидофосфорибозилтрансфераза
2 Фосфорибозилглицинамидсинтеттаза
З Фосфорибозилглицинамидформилтрансфераза
4 Фосфорибозилглицинамидсинтетаза
5 Фосфорибозиламиноимидазолсинтетаза
6 Фосфорибозиламиноимидазолкарбоксилаза
7 Фосфорибозиламиноимидазол-сукцинокарбоксамид
8 Аденилосукцинатлиаза
1О Фосфорибозиламиноимидазолкарбоксамидформилтрансфераза
11 ИМФ-циклогидролаза
СинтезАМФ
Чтобы преобразовать ИМФ в АМФ (аденозинмонофосфат), необходимо пе
ренести аминогруппу от аспартата. На это тратиться два этапа и энергия от ги
дролиза ГТФ (гуазинтрифосфата), которая уходит на присоединение аспартата
к ИМФ. Заканчивается все потерей молекулы фумарата. Фермент аденилсук
цинатсинтетаза катализирует первый шаг, а фермент аденилсукцинатлиаза
участвует в катализации второго этапа. Детально описанные выше реакции
проиллюстрированы на рис. 14.4.
,-..i_i� \
о о
о- 11 11
н о1 о-Р-о-р-о-
н о1 н
1 1
о- о-
5-фосфо-а-D-рибоза-1-пирофосфат
Глутамин +Н20
� Первый фермент
Глутамат + РР;
о
-о-11-о NH
--.........._ 1 2
-т;_,-0
,
о- '"'I;I
нт-т
он он н
I;I�\
АТФ+ глицин
� Второй фермент
Mg2+
АДФ+Р; 0
11
0 С - С Н2
/ _
11 NН2
-о-Р-О- С Н2 NH
1 1,.....,- 0
c
--.........._ 1
0_ с"'с-с
I;I I;I� \
1
Н 1 1 Н
ОН ОН
Рис. 14.3. Десять этапов превращения ФРПФ
в инозиновую кислоту (ИМФ) (см. далее)
СинтезГМФ
Превращение ИМФ в ГМФ (гуанозинмонофосфат) начинается с окисления
до ксантозин-5-фосфата, катализируемого ИМФ-дегидрогеназой. Кофермен
том на этом этапе выступает ион НАД+ . Следующий этап - перенос аминовой
группы от глутамата, который катализируется ГМФ-синтетазой. Энергией этот
этап обеспечивается за счет гидролиза молекулы АТФ (рис. 14.5).
ТГФ
о
11
0 /
C - CH
11 2 _N
-о-Р-о- сн2 NН 1
H
1c __- '- c I
0
1о- l...._It-
сн = о
с-с \
It-�
Н 1 Н
он о1 н
Глутамат + АДФ + Р;
NH
11
0 / -
C CH
11 2_N
-о-р-о- сн2
0 NНI H
1
1о- 1с __-н '-
н�с сн = о
1 ...._
Н 1
с-с\ Н
он о1 н
Рис. 14.З. Продолжение
Стоимость синтеза
Для биосинтеза АМФ и ГМФ нужна энергия, получаемая в результате ги
дролиза нескольких высокоэнергетических связей. Чтобы получить ИМФ из
D-рибоза-5-фосфата, достаточно гидролиза шести высокоэнергетических свя
зей: одной - в АТФ и пяти - в пирофосфате. Для преобразования ИМФ в
АМФ понадобится гидролизовать еще одну высокоэнергетическую связь
(в ГТФ). При этом преобразование ИМФ в ГМФ выполняется за счет гидроли
за двух высокоэнергетических связей: в АТФ и в пирофосфате.
Чтобы удовлетворить потребности в энергии, анаэробные организмы, на
пример бактерии, вызывающие столбняк или ботулизм, окисляют четыре мо
лекулы глюкозы - по 2 молекул АТФ на одну молекулу глюкозы. При этом
аэробным организмам, подобных вашим, для этих целей требуется окислить
всего одну молекулу глюкозы, из которой производится 36 молекул АТФ. Эти
Шестой фермент
NH2
1 /
соо-
0
11 О- Н
С=С
/ ,
-о-Р- N
-;::::-, N
1 1 _;.,-о '-----. с1
С
сн
? -..........._
с
0_ � 11-� \
1 с-с
Н 1 1 Н
он он
Рис. 14.З. Продолжение
Синтез пиримидинов
Принципы синтеза пиримидинов заметно отличаться от принятых в синтезе
пурина, рассмотренном выше. В этом случае перед присоединением к рибозе
синтезируются основания. Для синтеза кольцевой структуры нужны ионы би
карбоната, аспарагиновой кислоты и аммиака. Хотя возможно непосредствен
ное использование аммиака, обычно он образуется в результате гидролиза бо
ковой цепи глутамина.
АДФ + Р; i2 /11-Nн-c1 iz
О С=С соо-
11 / "-
N -......__ -::;:::--- N
-о-р-о-сн2 о
1
о-
1 _.,.---- -........__
cl�f!- f!-� \
1 сн c
с
Н 1-1
с Н
он он
о 11 о
- -Р- -сн2 о N-......__ -::;:::--- N
I сн
?�tt-
1 1 _.,.---- -........__
о-
нr-<г н
t!-�\
он он
Рис. 74.3. Продолжение
ТГФ
о� н
�С / NH2
1 1
HN с= о
о "С=С/
11 / "
- о-р- о -сн2
N
.........__ -::::::--, N
1
1___....-0 -........__
о- c�11-
I сн
c
l 11-.f \
с-с
Н 1 1 Н
он он
Десятый фермент
Н2О
HC-NH
jl "-с= о
о "-c = I"-
/
11
- о-р- о -сн 2 N -::::::--, N
1
о-
о
1 ___....- -........__
.........__
c
1сн
c�11- 11-.f \
l с-с
Н 1 1 Н
он он
-о
1
с-СН2 - Н-С
1
NН
'\_
О
c
1
1/..__ c / �N
о н с 11 1
11 \ -с ..____ �сн
-о-Р- N
О-СН2 N
1 1 ,..,.------о'---- C\
1
C ""-
о- J;I J;I�
Н 1 1 Н
l•c - c 1
он он
ф Аденилосукцинатлиаза
умарат
NH2
c
1
N
/j1 ..__ c / �N
о нс 11 1
11 \ -с ..____ �сн
- - - N
о о-т;-,
r о '-.__\
с н н�с
о- � lc-cl
Н 11 Н АМФ
он он
Рис. 14.4. Преобразование ИМФ в АМФ
о- 1 1...,...,-0 -......_,____ \
с н н с Инозиновая кислота
·�1
1 \:•
нт-тн
он он
НАД +Н2О
+
� Инозин-5-монофосфат-дегидрогеназа
НАДН +н +
0
11
N.._c/ c'--
# NН
о нс
11 1
11
-о-Р- \N ..-- с-....._ ,,,,....с ::::.-_о
О -СН2 N �
l
1
0-
.,,...,-
с1 н
о
н
-......_,____
· �1
\ н
1°""
с
нт-тн
он он
Глутамин+ АТФ + Н2О
Mg2+ ГМФ-синтетаза
Глутамат+ АМФ+ РР;
ГМФ
о о
11 11
-о_-,Р
/ ......_'о.,,,.,,,с '-..._.NН 2 АДФ
-о
Карбамоилфосфат
Рис. 74.6. Синтез карбамаилфосфата
Аспартат
о о
11 11
-�7' Р' / с
о ........,_NН2
Карбамоилфосфат
Карбониласпартат
Дигидрооротат
'(мн+н'
Оротат
Рис. 74.7. Образование оротата из карбамаилфосфата
l
сн
-о/ Н 1 1 Н
он он
Оротат
5-фосфорибозил-1-пирофосфат
1 "
�Р;
о
с,:?'
О N
О � / '--..
-о-р-о
11 с
1 1
1
о-
"-сн2 о
1 _......- .....___ /
N"- � сн
с
с н н с /
1�·-·�1 о= с
н о<гн <гнн
о \о
-
Оротидилат
+
v-н
�СО2
н о
О
,:?'
1 1
N
О � / '--..
-о-�-о
1
0_
"- сн2 о
1 _......- .....___ /
N' .:;:::, СН
сн
c c
l"-11- 11-� l
с-с
Н 1 1 Н
он он
Уридилат (УМФ)
Рис. 14.8. Преобразование оротата в уридилат (УМФ)
О
н
,/ N '-.._ ,::?'о
О О О
�с с
11 11 11
-о-Р-О-Р-О-Р-0
N сн
1 1
1 1 1 "--сн2 0
'-... -1/
0- 0- о- 1 / СН
cj.._......-
.►.� ��cl
............___
с-с
н 1 1 н
Глутамат он он УТФ
АДФ+Р;
о N NH2
'-::::::с
о о о �/�/
'С
11 11 11
-о-Р-О-Р-О-Р-0 1
N
1
1 1 1 "--сн2 '-... -1/сн
о- о- о- 1
о / сн
с _......-
н н с
..........____
1�-��1 Цитидин
н 1 1 н
он он
Рис. 14.9. Преобразование УТФ в ЦТФ
Катаболизм аминокислот
Гидролиз белков приводит к отделению аминокислот. Возможно повторное
использование этих аминокислот (хорошая это вещь - повторное использо
вание вещей), равно как применение их в синтезе других аминокислот или
производстве энергии для них. Процесс трансаминации позволяет переносить
аминогруппу любой аминокислоты, кроме лизина, пролина, треонина, и а-ке
тоновой кислоты. Ферменты, которые катализируют эту реакцию, относятся
к большой группе трансаминаз; общее представление о реакции можно по
лучить на рис. 14.11. Азот, который отделяться, переходит к а-кетоглутарату с
образованием глутамата.
NH/ о о 0 Nнз+ о
1 // +
R-C-C
11 //
R'-C-C
1 // +
�R·-c-c
1 "-о- "-о- 1 "-о
н
Аминокислота а-кетокислота Новая Новая
аминокислота а-кетокислота
Рис. 14.11. Общая реакция трансаминации
Кетогенные
Лейцин
аминокислоты
Аминокислоты
Изолейцин, лизин, фенилаланин, триптофан, тирозин
обоих типов
Катаболизм гема
Еще одним важным соединением азота является гем, присутствующий в
красных кровяных тельцах. Он встречается как в гемоглобине, так и в мио
глобине. Гемоглобин выделяется при разрушении старых эритроцитов. Гло
биновая часть гидролизируется до соответствующих аминокислот. Железо от
деляется от гема и накапливается в ферритине. Спустя ряд этапов из гема об
разуется билирубин. Временным хранилищем билирубина-до тех пор, пока
организм не удалит его, выступает желчный пузырь.
Описанный процесс происходит при образовании синяка. При травме воз
никает повреждение кровяных сосудов и образуется скопление крови. Боль
шие синяки изменяют цвет из-за распада гемоглобина, присутствующего в
кровяных скоплениях. Цвет, за который все так любят синяки, образуется при
последовательном распаде гемоглобина (красно-синий цвет) до биливердина
(зеленый), а затем до билирубина (желтый) и, наконец, до гемосидерина (золо
тисто-коричневый). По мере рассасывания этих продуктов в теле синяк блед
неет и исчезает.
Аланин
Цистеин
{� н }-- Пир уват
j Лейцин
Л и з ин
Фенилаланин
и розТ ин
;р�н
Трнин
ео
j Т
{�:�:�� l - Ацетил-Сод -
цин
рТ иптофа
н)
�( Циора,\
Acaaparn,
о,смоаце,а;
Аспартат )
Изолей ц ин
Метионин
Трни
еон
Валин
о
Карбамоилфосфат
Рис. 14.13. Образование карбамаилфосфата
Орнитин Карбамоилфосфат
Мочевина
)
Р;
Цитруллин
Аргинин
-------Аргиносукцинат
Фурумат
Рис. 14.14. Общее представление цикла образования мочевины
1 3
СН2 СН2
1
1 1
СН2 СН2
1 1
СН2 СН2
H-N-C-N-C-H H-N-C-NH 2
11 1 11
СН 2 Н СН 2 СН2
1 1 1 1
1
СН2 С СН 2
1 1
#
;,- ..,
о о- 1
СН 2
1
сн2
1
H-C-NH + H-C-NH
1
1 з 1 3
с с
о#
;,- ........._о-
о#
;,- ...____
о-
Агриносукцинат Агринин
о
// о
н .......__с ,,.,,с ........._о-
H2N-C-NH2
11
/с11
'--н
Мочевина
-о-,,
о
Фумарат
Рис. 14.15. Соединения, принимающие участие
в цикле образования мочевины
Аргинин* Аланин
Гистидин Аспарагин
Изолейцин Аспартат
Лейцин Цистеин
Лизин Глутамат
Метионин Глутамин
Фенилаланин Глицин
Треонин Пролин
Триптофан Серин
Валин Тирозин
* Заменимая у взрослых
Полноценный (нативный) белок полностью состоит из незаменимых
аминокислот. Не все белки имеют нативную природу, многие из них
являются неполноценными по составу. Чтобы избежать дефицита
НА ПРАКТИКЕ
аминокислот, людям необходимо употреблять пищу, включающую
полноценные белки.
Реакция трансаминации участвует в биосинтезе пролина, аланина, аспар
тата и глутамата. Преобразование аспартата в аспарагин и глутамата в глута
мин выполняется очень просто. Синтез пролина происходит в четыре этапа, на
первом из которых происходит преобразование глутамата. Образование сери
на начинается с гликолиза промежуточного соединения - 3-фосфоглицерата.
Нарушения метаболизма
В случае нарушения обменных процессов организма возникают проблемы
со здоровьем, которые подлежат медикаментозному лечению. В этом разделе
рассматриваются только некоторые из них.
Подагра
Подагра возникает в результате чрезмерной выработки мочевой кислоты,
что ведет к отложению мочекислого натрия на участках тела с температурой
ниже нормальной (37 °С). Такие участки с пониженной температурой нахо
дятся в суставах конечностей. Мочекислый натрий может оседать в почках в
виде камней. Терапия включает соблюдение диеты и применение лекарствен
ных препаратов. Диета сводится к ограничению приема алкоголя и богатой
белками пищи (мяса), которые ухудшают состояние. Также часто назначаются
препараты, которые подавляют действие фермента, способствующего выработ
ке мочевой кислоты.
Подагра также может возникать вследствие нарушения углеводного обмена.
Дефицит глюкоза-6-фосфата обязывает фосфорилированные углеводы образо
вывать рибоза-5-фосфат вместо глюкозы. Избыток этого соединения приводит
к превышению допустимого уровня ФРПФ, что в конечном итоге сказывается
на синтезе пуринов. Избыток пуринов приводит к выработке чрезмерно боль
шего количества мочевины.
Синдром Леwа-Нихана
Синдром Леша-Нихана - еще один пример нарушения пуринового ката
болизма, приводящего к избытку мочевой кислоты. Пациенты с таким нару
шением выделяют мочевины в 4-5 раз больше, чем пациенты, страдающие по
дагрой. Эта врожденная патология связана с Х-хромосомой; нарушение пере
дается от матери к детям. В настоящее время болезнь считается неизлечимой.
Алкаптонурия
Алкаптонурией называется доброкачественное состояние, характеризую
щееся выделением мочи темного цвета. Состояние вызывается нарушениями
катаболического распада фенилаланина и тирозина. Неправильное действие
фермента приводит к накоплению и последующему выделению одного из про
межуточных соединений реакции.
Фенилкетонурия
Фенилкетонурия, или ФКУ является результатом недостатка фермента фе
нилаланин-4-монооксигеназы, который в конечном счете приводит к наруше
нию обмена фенилаланина. Следствием является накопление фенилаланина
в крови. Высокие уровни фенилаланина усиливают реакцию трансаминации
и приводят к образованию патологически высоких уровней фенилпирувата,
большие количества которого вызывает повреждение головного мозга у мла
денцев.
Повышенные уровни фенилаланина ведут к конкурентному ингибированию
ферментов, ответственных за образование меланина из тирозина. У больных
детей светлые волосы и кожа, как при альбинизме, потому что у них в меланин
превращается лишь небольшое количество тирозина.
Ранняя диагностика ФКУ у новорожденных играет важную роль в преду
преждении повреждений головного мозга. В настоящее время всем ново
рожденным проводят обязательный анализ крови на подверженность ФКУ.
В качестве дополнительного исследования проверяют активность фенилала
нин-4-монооксигеназы. Лечение состоит в строгой диете, призванной поддер
живать низкий уровень фенилаланина как минимум до трехлетнего возраста.
» Репликация
)) Рекомбинантная ДНК
)) Секвенирование ДНК
)) Генетические заболевания
1 1111 1 11 1 11 1 11 1 1 i i i 11 111 i
АА
1 1 ТГГЦЦАА
1 1 1 1 1 1
ТГГЦТАЦГГ
1 1 1 1 1 1 1
ТАГЦ
1 1 1 1
ТГ
1 1
Г
1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1
: : • 1 • • :
Водородные связи
Рис. 15. 1. Схематическое представление основных пар, присутствующих
в сегменте ДНК
\ �ова/
\нить
3 5
5
Рис. 7 5.3. Упрощенная схема репликации ДНК
5 3
Опережающая нить
�
Фрагменты
Оказаки
t"..
�� 5
3
/�
Отстающая нить
"'Присоединенные/
фрагменты
Рис. 7 5.4. Детальная схема репликации ДНК
ДНК-поnимеразы
ДНК-полимеразы - это ферменты, отвечающие за присоединение фраг
ментов нуклеотида-трифосфата, выступающих основными строительными
блоками нити ДНК. Этот процесс возможен исключительно в присутствии ша
блона ДНК (родительская ДНК). Перед тем, как фермент сможет соединиться
с нуклеотидом, этот нуклеотид должен связаться с соответствующим местом
в шаблоне.
В клетке должно присутствовать больше одной полимеразы. Например, у
Е. coli задачу по присоединению фрагментов нуклеотида-трифосфата выпол
няют три разных фермента. Эти ферменты могут также действовать как экзо
нуклеазы, которые функционально противоположны полимеразам - они уда
ляют нуклеотиды из нити ДНК.
Добавляются нуклеотиды всегда к третьему концу полинуклеотидной цепи.
ДНК-полимераза не может начать построение нуклеотида с нуля - полину
клеотид должен находиться рядом. Напротив, РНК-полимераза строит нить
с нуля. РНК-полимераза создает РНК-праймер, используя рибонуклеотиды в
начале репликации. Затем настает черед ДНК-полимеразы, которая добавляет
дезоксинуклеотиды к праймеру РНК. Для полимеризации необходимо присут
ствие двух ионов металла, чтобы сделать возможным присоединение нуклео
тида к полинуклеотиду.
Репликация ДНК должна осуществляться безошибочно, чтобы обеспечить
точную передачу генетической информации. Как оказалось, ДНК-полимеразы
выполняют свои функции с очень высокой точностью. Фермент прочно связы
вается с матрицей и поступающим нуклеотидом. Этот нуклеотид изначально
соединяется с шаблоном с помощью водородной связи. Если встраивается не
правильный нуклеотид, то последующее связывание с помощью полимеразы
оказывается неэффективным, и такой нуклеотид "отвергается". Помимо этой
проверки ДНК-полимераза также проверяет предыдущий нуклеотид, чтобы
�-- -----
,
Геликаза
,,
' ,,
--- ----------------
,,
>-----
Репликационная вилка
'
1
'
Белок, связывающийся
с одноцепочечной ДНК
РНК
Рис. 15.б. Образование праймера РНК
-
ДНК-лигаза соединяет фрагменты (рис. 15.7). (Ух ты! Если бы только люди
умели строить настолько точно и слаженно!)
Репликационная вилка
�
,'
--- Геликаза
ДНК-полимераза
-111-голофермент
Прямая репарация
При прямой репарации исправление ошибки происходит прямо на месте.
Фотореактивирующий фермент - ДНК-фотолиаза - связывается с циклобу
тановым кольцом, присутствующим в тиаминовом димере, используя энергию
света для расщепления этого димера на составляющие основания.
Эксцизионная репарация
В этом виде репарации исправление проблемы состоит в удалении и заме
щении основания. Эта операция выполняется по отношению к измененному
основанию. Изменение основания вызывается многими причинами, например
радиационным облучением или определенными химическими веществами.
Наличие измененных оснований обычно приводит к распознаванию повреж
дений в молекуле ДНК. Фермент, ведущий себя подобно гликолазе, расще
пляет гликозидную связь между основанием и дезоксирибозой с выделением
основания. В результате образуется АР-сайт, где АР обозначает апуриновый
или апиримидиновый. В апуриновом сайте отсутствует пуриновое основа
ние, а в апиримидиновом нет пиримидинового основания. АР-эндонуклеаза
распознает такое место и разрезает основную цепь ДНК в соответствующем
участке. Эндонуклеаза-фосфодиэстераза завершает удаление оставшейся
Гуанин Аденин
Рис. 75.9. Пурины
1
нс
1
,.,,,с�
11
нс ......._ ,.,,,с�
1
......._
N О N О
н н
Цитозин Тимин
Рис. 15.1О. Пиримидины
Акаталазия Каталаза
Альбинизм Тирозиназа
Муковисцидоз Трансмембранный регулятор муковисцидоза
Болезнь Фабри а-галактозидаза
Болезнь Гоше Глюкоцереброзидаза
Зоб йодтирозиндегалогеназа
Гемосидероз Гемосидероз
Гемофилия Антигемофильный фактор (Фактор VIII)
Гипераммонемия Орнитин-транскарбомилаза
Синдром Тимоти Мышечная фосфорилаза
Болезнь Ниманна-Пика Сфингомиелиназа
Фенилкетонурия Фенилаланин-гидроксилаза
Рестриктазы
Рестриктазы являются важными генетическими инструментами в генетиче
ских исследованиях, хотя и не имеют прямой связи с репликацией. Рестрик
тазы или рестрикционые нуклеазы способны разрезать ДНК на фрагменты.
Рестриктазы впервые были обнаружены в клетках таких прокариотов, как
Е. coli, в которых эти ферменты находят и разрушают чужую ДНК, например
у бактериофагов, но не затрагивают ДНК собственной клетки. Последние ис
следования обращают внимание на тот факт, что такими фрагментами можно
распорядиться так, что ДНК-лигазы смогут соединить их в новую нить ДНК.
Рестриктазы являются важным исследовательским инструментом in vitro, дей
ствующим как высокоточный молекулярный скальпель. В результате расще
пления обе нити ДНК могут остаться одинаковой длины или одна нить может
стать длиннее другой (ступенчатый разрыв).
Исследователи идентифицировали более 100 рестриктаз. Такие ферменты
опознают специфические участки и расщепляют ДНК на отдельные фрагмен
ты. Полученные фрагменты намного меньше, чем материнская ДНК, поэтому
с ними проще работать и подвергать дальнейшему анализу. Тестирование нити
ДНК при помощи ряда рестриктаз позволяет выделить характерный признак
отщепленного фрагмента. Фактически, такой подход позволяет построить точ
ную карту ДНК-структуры.
Рестриктаза
---------- ТТАА
Плазмида
мтт-�-7 Липкие концы
Рис. 7 5. 7 7. Открывание плазмиды с помощью рестриктазы кишечной палочки
ДНК-линкер связывается с молекулой ДНК, чтобы сделать ее восприим
чивой к определенной рестриктазе. Этот метод позволяет добавить когезив
ные окончания, характерные для любой рестриктазы, к почти любой молекуле
ДНК. Репликации подвергаются ДНК с завершенной структурой.
Плазмиды в некоторой степени являются добавочными хромосомами. Они
могут реплицироваться независимо от хозяйских хромосом. Таким образом,
клетка может иметь несколько копий определенной плазмиды. Как правило,
такая репликация делает плазмиды более полезными в качестве векторов, чем
хозяйские хромосомы. До настоящего момента значимость плазмид была по
казана только для бактерий.
Электрофорез в геле
Электрофорез в геле - это биохимическая техника, применяемая для от
деления и очищения белков и нуклеиновых кислот, различающихся по заряду,
размеру или структуре (рис. 15.12). Образец помещается в лунку внутри геля,
который представляет собой полимер, специально разработанный для этого
Анод
+
Q------- Большой слабоположительный заряд
------------
□ --------
-
Маленький сильноположительный заряд
Катод
он он он н
Рибоза Дезоксирибоза
но он
'--сн2 0
1,,.....,.,..- -......._ 1
c c
l..,._J;Iс-с1;1� l
Н 1 1 Н
н н
Дидезоксирибоза
Рис. 15. 13. Структуры рибозы и дидезоксирибозы
Методы анализа
Для анализа ДНК применяется несколько методик. К наиболее распростра
ненным из них относят ПДРФ, ПЦР и ДНК-типирование SТR-методом. В ПДРФ
(полиморфизм длин рестрикционных фрагментов) образец ДНК переварива
ется специфическим ферментом - рестрикционной эндонуклеазой. Этот фер
мент разрезает ДНК в определенной последовательности. Наличие или отсут
ствие таких мест в образце ДНК приводит к изменению длины ДНК-фрагмен
тов. Затем фрагменты отделяются с помощью метода гель-электрофореза.
ПДРФ - это один из методов генетического анализа ДНК, применяемых в
криминалистике. Он требует относительно большого количества ДНК-мате
риала, а образцы, содержащие грязь и плесень, анализировать с его помощью
сложно. Отчасти он бьш заменен более совершенной ПЦР-методикой, а затем
типированием SТR-методом.
-
Мать Ребенок отец 1 отец2
- -
- - - -
----------------
---------
-----►-
- ---- - -
-
Рис. 15. 14. Сравнение результатов генетического исследования
Гемохроматоз
Гемохроматоз - это одно из наиболее распространенных генетических
расстройств в США. Является наследственным заболеванием, при котором
организм всасывает и запасает слишком много железа. Избыток железа нака
пливается в печени, поджелудочной железе и коже (да, кожа тоже считается
органом!). Гемохроматоз вызывается мутацией гена HFE, регулирующего ус
ваивание железа из пищи. У человека гемохроматоз развивается в случае на
следования дефектного гена сразу от обоих родителей. Если мутировавший
ген наследуется только от одного родителя, то человек будет только носителем
болезни, но сама она не будет проявляться. Примерно у 5 кавказцев из 1 ООО
присутствуют оба мутировавших гена, а каждый десятый выступает носите
лем. Генетическое тестирование позволяет выявить гемохроматоз примерно в
90% случаев.
Муковисцидоз
Муковисцидоз - это хроническое и обычно смертельное генетическое забо
левание, при котором нарушается работа слизистых желез. При муковисцидозе
поражается пищеварительная и дыхательная системы. Около 55 тыс. человек
по всему миру страдают от муковисцидоза. Большинство из них - выходцы с
Гемофилия
Гемофилия - это генетическое нарушение, вызванное отсутствием факто
ра свертывания крови, возникающего вследствие мутации гена, сцепленного с
Х-хромосомой. У женщин две Х-хромосомы, поэтому, если одна из них связа
на с поврежденным геном, то вероятность того, что второй ген также имеет де
фект, очень небольшая. Но такая женщина является носителем заболевания. У
мужчин, тем не менее, только одна Х-хромосома - при повреждении связан
ного гена у него развивается гемофилия. Если женщина является носителем,
то ее сыновья получат гемофилию с вероятностью 50%, а дочери с такой же
вероятностью будут выступать носителями заболевания. Носителями гемофи
лии также будут дочери болеющего мужчины. Аномальный ген определяется в
результате генетических исследований.
Болезнь Тея-Сакса
Болезнь Тея-Сакса - это наследственное заболевание, при котором вслед
ствие мутации определенного гена в тканях мозга накапливается производная
жирной кислоты - липид с названием ганглиозид. Хотя этот аномальный ген
распространен преимущественно среди евреев, некоторые французские канад
цы и потомки французов из Луизианы также являются его носителями. Сим
птомы заболевания начинают проявляться еще в младенчестве. Смерть обычно
наступает до 5 лет. Хотя болезнь Тея-Сакса встречается очень редко, это одно
из первых генетических заболеваний, для которого было разработано массовое
и недорогое генетическое обследование. Первые скрининг-тесты были получе
ны еще в 1970-х годах, и сразу же в Израиле была запущена программа по бес
платному проведению генетического исследования среди населения. Благодаря
проведению интенсивного тестирования и консультированию сегодня болезнь
практически искоренена среди еврейского населения по всему миру.
» Назначение ДНК-полимеразы
» Транскрипция у прокариот и эукариот
>> Корректировка генов
С
1
//N ...._С / ��
N
\ - с11 1
Внутренний фосфат нс
-:?"сн
о о \ о N .....__
N
11 11 11
-о-р-о-р-о-р-о-сн2 о
1 1 1 1 _,- ----.____
о- о- о- сн нс
,�.
нт-тн
он он
.�,
/
Группа ОН третьего конца
Рис. 16.1. Структура АТФ
Прокариотические клетки
РНК-полимераза Е. coli содержит четыре субъединицы, которые объединя
ются в голофермент, обозначенный как a2 ��•cr. Субъединица cr обеспечивает
нахождение промотора и инициацию синтеза РНК. После запуска синтеза эта
субединица оставляет напоминание о себе в виде минимального фермента.
Каталитический участок минимального фермента содержит два двухвалент
ных иона металла, один из которых остается с ядром, а другой проникает в
рибонуклеозидтрифосфат и соединяется с отщепленным пирофосфатом.
Три аспартатных остатка способствуют связыванию ионов металла. Хотя
М
е к
о от а о
11 11 � 11
о- 1 - -1-- -1- -
1 ;_-
I;I
о
..______
I;I
- с
�c
- Р О Р О Р О-СН
l�c - c 1
о о о Н 1 1 Н
он он
я е з -------- 3
о о идтрифосф\ат
Вход щий нукл
о о
-
1 1
с
1 1 1
о-� -о -�-о- �-о - н;_- ..______ сн ани
о в е
0- о- 0- О о
1"t-t�1
Н 1 1 Н
он он
М
е к
а
о от о
11 1 1 �
1 - о- с1 н;_-
с
1 - о-р-
-о -р- 1 - о-р- I;I
о
..______
1;1� с
r
о о о l�c - c 1
Н 1 1 Н
о он
яо о 1 о ..______ 1
с
У хо 11
д щий ирофосфат
п 1 1
0--
о ;-
сн сн
� о
О с
в
ани
е
-
н1 н
l - l�c-cl
н н1
1 о-р-
о-р- 1 о- П ь
о- о- е в я вяз
р а с он он
Рис. 16.3. Связывание второго нуклеотида с меткой рррГ (вверху)
и присоединенные нуклеотиды в начале нити (внизу)
Эукариотические клетки
В отличие от прокариотических клеток, транскрипция и трансляция в эу
кариотических клетках проходит в разных областях, что обеспечивает более
строгий контроль за экспрессией генов. Другое отличие состоит в том, что в
эукариотических клетках наряду с рРНК и тРНК интенсивно вырабатывается
иРНК. Под воздействием РНК-полимеразы у иРНК образуется "колпачок" и
поли(А)хвост. Почти все молекулы иРНК сплайсированы, т.е. из них удалены
интроны, а оставшиеся экзоны (кодирующие белок) объединены между собой.
В виде интронов может представляться до 90% зарождающейся РНК.
Обычно в эукариотических клетках содержится три вида РНК-полимеразы.
» Тип I вырабатывает большинство форм РНК в ядрышках.
» Тип II вырабатывает иРНК и мяРНК в нуклеоплазме.
» Тип 111 производит тРНК и небольшое количество рРНК в нуклео
плазме. (Справедливости ради стоит заметить, что эта полимераза
производит только пре-формы РНК указанных молекул.)
У каждой из трех полимераз свой тип сайта инициации, или промотора. Эти
сайты, как и у прокариот, находятся на верхних, на нижних участках или вну
три самих генов. Помимо промоторов у полимераз встречаются гены-усилите
ли (энхансеры). Гены усилители повышают эффективность промоторов. Они
применяются для регуляции генов, и у одного промотора они могут находиться
о о
1 1
Н С-О-Р-О-Р-о-
------ --_:
0
1 1 1
1� �1
нr-'г н
о- о
1
он он о=р-о-
о
Основание 1 н2
1 _../"" 0 ------------- Колпачок 1
1
1
c,.J:I н�с
1�-с 1 /
Н 1 1 Н
о-.__сн
з
о=р-о-
о
Основание
1 о-----нс т1 н,
с .,.-,-----н Колпачок 2
lc-cl
� / '.(
Н 1 1 Н
о о
1 '---.. с нз
иРНК
Рис. 76.5. Колпачки в общей структуре иРНК
тРНК
о
о=р-о-сн
1
I;I�f
1 ;_-о ...____
о-
,�
с
н -Ун
0 1 он
'\. ,,,,,.о
1
н-с-NН + 3
1
Рис. 16.6. Прикрепление аминокислоты
к конечному аденозину
Кодоны
Генетический код содержит информацию, применяемую при син
тезе белков, и состоит из трехкомпонентных наборов (триплетов),
для обозначения которых используется четыре разные буквы. Под
ЗАПОМНИ!
кодоном понимают набор из трех компонентов, каждый из которых
представлен своей буквой. Терминологический словарь универсален
и применим к генетическим структурам всех известных организмов.
Модель Жакоба-Моно
Одновременное изменение уровней трех различных ферментов в результате
изменения единственного фактора окружающей среды предполагает наличие
связи между клеточными механизмами регуляции. Для объяснения принципов
генной регуляции биологи Франсуа Жакоб и Жак Моно предложили оперон
ную модель. В такой модели участвуют регулирующий ген, который воздей
ствует на ряд структурных генов, и контрольный сайт. Оператор и связанные с
ним структурные гены составляют оперон. Регулирующий ген отвечает за про
изводство репрессорного белка. Репрессорный белок связывается с контроль
ным сайтом и предотвращает экспрессию структурных генов, как показано на
рис. 16.9 (надпись "и т.д." предполагает возможность регуляции большего ко
личества структурных генов, выполняемой по такой же схеме).
Многочисленные структурные гены отвечают за производство одной боль
шой иРНК, и эта единственная нить РНК способна генерировать набор бел
ков. иРНК, кодирующая множество белков, называется полигенной или поли
цистронной.
Недостаток оперонов
Лактозный оперон (/ас-оперон) - это самый изученный оперон, который с
момента открытия в 1961 году расширил представление о механизме регуля
ции своего генома. Он представляет образцовую регуляторную систему. Лак
тозный оперон изображен на рис. 16.10.
/
Оператор и промотор
Рис. 16.9. Схема стандартного оперона
Промотор
/
Промотор
�
Оператор
Рис. 16.10.Диаграмма /ас-оперона
Аллолактоза
Рис. 16. 11. Дисахариды лактоза и аллолактоза
сн 3' ,..,...,с�
�N
с
11 1
нс ....___ N ,,,....с�О
посредники транскрипции
Инициация транскрипции в эукариотических клеткам выполняется под вли
янием различных факторов. При этом ни один из транскрипционных факторов
СНз ОН
Кольцо
· с�
,,,,. сн2 1 _..-- / О
Кольцо С -------IH2 'с
1 1 СН2
-....
,,,,. сн _,.,,,.. с н н,,,.,,- с "" /
сн �с ' с н с н2
11 1 1
,,,,,,. ё/....._ -::::- с"--- Хн2
НО СН СН2 �
/
Кольцо А Кольцо В
Рис. 16.13. Структура эстрогена
----
Nн -с-с-о-
1 NH +
+
1
s---с,/'
о
сн
1
2 / 3
н о
! ГАТ
1 1
Nн -с-с-о-
о
---- 1 11
Nн -с
+ CoA-S
сн / '----
сн н
'сн2- сн2- сн2
+ н+
Рис. 16.14. Реакция, катализированная гистонацетилтрансферазой (ГАТ)
Трансляция:
синтез белков
В ЭТОЙ ГЛАВЕ...
Трудности перевода
В биохимической трансляции четырехбуквенный алфавит, применяемый
для обозначения нуклеиновых кислот, переводится в двадцатибуквенный ал
фавит описания белков - именно так передается генетическая информация
на клеточном уровне. Трансляция происходит в рибосомах клетки, которые
содержат рибосомную РНК (рРНК). Информация, необходимая для трансля
ции, передается из ядра клетки в рибосомы с помощью инфор;wационной РНК
(иРНК). Информационная РНК связывается с рибосомой меньшего размера,
а транспортная РНК (тРНК) переносит аминокислоты к иРНК.
Зачем нужна трансляция
Целью трансляции является сбор строго заданного набора аминокислот в
определенном порядке для получения специфического белка ("специфиче
ского" означает обладающего специальными функциями). В этом процессе
информационная РНК выступает шаблоном или программой действий. Для
выполнения такой программы нужно как-то переместить аминокислоты к
иРНК - задача, рассчитанная на транспортную РНК.
У транспортной РНК есть два важных участка. Один из них предназначен
для прикрепления определенной аминокислоты. Например, только один спец
ифический вид тРНК переносит аминокислоту метионин. Другой участок, на
зьrваемый участком распознавания, содержит антикодон, представляющий
последовательность из трех оснований, комплементарных к кодону в иРНК.
Последовательность АУГ кодона в иРНК совпадает с последовательностью
УАЦ антикодона в тРНК. Все действия происходят в рибосоме - месте син
теза рРНК.
Участники трансляции
Для образования молекулы белка необходимо скоординированное взаимо
действие ряда участников процесса с рРНК. Кроме того, важную роль в кон
троле за синтезом белка играет структура рибосомы. В свою очередь структура
сн сн
1 1
2 2
1
сн,
1
сн,
Метионин Формилметионин
Рис. 17.2. Структуры метионина и формилметионина,
присоединенных к тРНК
/�с А Nн
\ __.-с1 '---- �с1 н
нс
N N
но ....____
сн2
1 ---------- 0------------
c� c
l с-с1;1-' l
Н 1 1 Н
он он
Рис. 17.З. Структура инозина
Дополнительная петля
1
-о-р-о-сн
Аденин
1 1 ;--, о�c
c
тРНК l-....ll-с-сl!-� l
Н 1 1 Н
о он
о=! "'- Альтернативный участок привязки
н ---
""-c
---- R
1
N+н,
Рис. 17.5. Пример структуры аминоацил-тРНК
АМФ
о
1
-о-р-о-сн �
1;--- 0
1
О lc-cl
c
f!.�
C
1
f!.
,.._
Н 1 1 Н
N�, / С ОН ОН
'\_
R-C О
н
Рис. 17.6. Структура аминоациладенилата
он сн, он
Серин Валин Треонин
Рис. 7 7. 7. Структура серина, валина и треонина
Треонин, несмотря на структурные различия, иногда может заменять серин.
К счастью, фермент снабжен функцией редактирования целевых соединений.
Участок редактирования находится рядом с реакционным центром, но они не
совпадают. Аналогичное редактирование умеют выполнять другие аминоа
цил-тРНК-синтетазы. У таких аминокислот как триптофан нет близких анало
гов, поэтому редактирование в подобных случаях не представляется возможным.
Синтез белков
В синтезе белков или полипептидов выделяются следующие основные этапы.
1. Активация
2. Инициация
3. Удлинение
4. Завершение
Эти основные этапы выделяются у любых живых организмах -
трансляция выполняется одинаково у людей, тюльпанов и даже гри
бов. Синтез белка выполняется в направлении от аминовой конце
ЗАПОМНИ!
вой группы к карбоксильной концевой группе.
В этом разделе мы детально рассмотрим все этапы синтеза, в которых при
нимают участие тРНК, иРНК и рРНК, а также ряд белковых факторов.
Активация
Как упоминалось ранее, во время активации аминокислота взаимодейству
ет с АТФ, образуя аминоациладенилат. В свою очередь аминоациладенилат
вступает в реакцию с определенной тРНК для образования аминоацил-тРНК
и АМФ - одного из главных игроков трансляционного процесса.
Инициация
Во время инициации иРНК прикрепляется к рибосоме, взаимодействуя с
субъединицей 30S молекулы рРНК, используя для этого последовательность
Шайна-Дальгарно. Затем антикодон первой тРНК присоединяется к кодону
АУГ (или ГУГ) иРНК. Этот кодон представляет сайт Р субъединицы 30S. Ами
нокислота прикрепляется к сайту Р субъединицы 50S. Субъединицы 30S и 50S
молекулы рРНК объединяются для образования рибосомы 70S ( сжимаясь и
высвобождая пространство для взаимодействия структур иРНК, тРНК и АА).
Комбинация двух субъединиц позволяет тРНК взаимодействовать сразу с обе
ими компонентами.
Удлинение
В процессе удлинения вторая активированная тРНК связывается с соответ
ствующим кодоном в сайте А (который примыкает к сайту Р) субъединицы 30S,
куда ее переносит белок, называемый фактором удлинения. (Ти у эукариот
и EF-Tu у прокариот). Комплекс из EF-Tu и активированной тРНК (в форме
ГТФ) защищает эфирную связь, удерживающую аминокислоту в тРНК. Кроме
того этот комплекс не позволяет активированной тРНК прикрепиться к сайту А,
если кодон не соответствует антикодону. Белок EF-Tu взаимодействует со всеми
тРНК, кроме инициирующей. Энергия, необходимая белку EF-Tu для того, что
бы доставить тРНК в рибосому, высвобождается при гидролизе молекулы ГТФ,
индуцированном белком, который называется фактором удлинения Тs.
Две аминокислоты проникают в центр рибосомальной пептидилтрансфера
зы. Аминогруппа аминоацил-тРНК на сайте А удерживается в позиции, удоб
ной для атаки эфирной связи комплекса аминоацил-тРНК на сайте Р. На этом
фоне образуется пептидная связь, что сопровождается отделением тРНК от
сайта Р. Теперь белок присоединяется к сайту А (субъединицы 30S).
Потеряв аминокислоту, тРНК больше не взаимодействует с рибосомой. Она
перемещает к сайту Е субъединицы 50S, а следующая РНК с прикрепленным
полипептидам движется к сайту Р (туннелю) этой же субъединицы. Теперь
рибосома должна переместиться, или, выражаясь научно, транслоцироваться
на один кодон. Для транслокации необходим фермент фактора удлинения G
(EF-G, или транслоказа - белок, способствующий транслокации). Вся необ
ходимая для этого этапа энергия высвобождается при гидролизе ГТФ до ГДФ.
Завершение
Сигнал завершения означает высвобождение белка, последней тРНК и иРНК.
А у
ц г
г У, ц
у А, Г
и У,Ц,А
Особенности трансляции
в эукариотических клетках
Трансляция происходит во всех клетках по одному и тому же принципу.
Однако в эукариотических клетках проявляются свои особенности. В них в
процессе трансляции принимает участие большее количество белков, а сами
этапы, как правило, более сложные.
Рибосомы
В рибосомах эукариотических клеток содержатся субъединицы 60S и 40S,
вместе образующие рибосому 80S. Субъединица 40S содержит форму 18S мо
лекулы рРНК, аналогичную форме 16S в субъединице 30S. Субъединица 60S
состоит из трех компонентов рРНК: 5S и 23S, выступающих аналогами 5S и
23S в прокариотической субъединице 50S, и уникального 5,8S рРНК.
Проект "Геном человека" был запущен правительством США в 1990 году. Из
начально планировалось, что он будет осуществляться в течение 15 лет, но
ввиду быстрого развития биотехнологий он был успешно завершен на 2 года
раньше положенного срока - в 2003 году. Курировали проект Министерство
энергетики США и Национальный институт здравоохранения.
Преследуемые цели
Проект преследовал следующие цели:
• идентифицировать все 20 000-25 ООО гена человеческой ДНК;
• определить последовательность примерно 3 миллионов пар оснований
человеческой ДНК;
• обеспечить сохранение полученной информации в базах данных;
Инициатор тРНК
В эукариотических клетках аминокислотой-инициатором является метио
нин, а не формилметионин. Как и в прокариотических клетках первая тРНК
должна обладать специальными функциями - полноценного связывания и пе
реноса метионина.
Инициация
В эукариотических клетках единственным инициирующим кодоном высту
пает АУГ, расположенный у ближайшего пятого конца иРНК. В отличие от
покариотических клеток кодон АУГ не предваряется богатой пурином после
довательностью. Субъединица рибосомы 40S прикрепляется к колпачку иРНК
и последовательно перемещает основания в направлении конца 3 до тех пор,
пока не достигнет кодона АУГ. Процесс сопровождается гидролизом АТФ,
катализируемый геликазой. В эукариотических клетках встречается гораздо
больше факторов инициации, называемых eIF, а не IF.
Удлинение и завершение
Аналогами факторов удлинения EF-Tu и EF-Ts прокариотических клеток
у эукариот являются белки EFla и EFl�y. Транслокация проходит с участием
эукариотического фактора EF2 в присутствии ГТФ. В отличие от прокариоти
ческих клеток, в которых удлинение выполняется с участием двух факторов
высвобождения, в эукариотических клетках присутствует всего один рели
зинг-фактор - eRFl. Белок eIFЗ действует подобно фактору IFЗ в прокари
отических клетках, предотвращая повторное объединение двух рибосомных
субъединиц.
}} Мутации и заболевания
}} гмо
J> Клонирование
Тест Эймса
Тест Эймса показывает, оказывает ли вещество влияние на структуру ДНК
(вызывает ли оно мутации). В этом тесте бактерии сальмонеллы подвергаются
воздействию целевого химического вещества (в частности пищевых добавок).
Впоследствии регистрируются изменения в характере и размере популяции
бактерий. Многие вещества, вызывающие мутации у бактерий, часто становят
ся причиной возникновения онкологических заболеваний у животных и людей.
Сегодня тест Эймса используется преимущественно для составления перечня
канцерогенных химических веществ.
Тест на ВИЧ
На сегодня разработаны эффективные тесты определения наличия в чело
веческом организме вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), вызывающего
синдром приобретенного иммунодефицита (СПИД). Анализу подвергаются
образцы мочи, сыворотки крови или слюны, а определяются антигены, анти
тела или нуклеиновые кислоты (входящие в состав РНК) ВИЧ. В исследова
ниях нуклеиновых кислот (NAT) распознается последовательность из 142-х
оснований, присутствующих в одном из генов ВИЧ. Для большей надежности
большинство банков крови подвергают хранящиеся у них образцы комбиниро
ванному тестированию на ВИЧ.
Внутриутробные исследования
В пренатальных исследованиях анализу обычно подвергаются образцы кро
ви или ткани плода для выявления потенциальных генетических аномалий. За
бор материала для этих тестов поводится в процессе амниоцентеза - взятия
образцов амниотической жидкости, содержащей клетки плода или крови из
пуповины. Подобные исследования выполняются для выявления хромосомных
отклонений, подобных синдрому Дауна или врожденных дефектов, приводя
щих к спинальному дизрафизму.
Тест на ФКУ
Фенилкетонурия (ФКУ)- это обменное нарушение, вызванное отсутстви
ем фермента с названием фенилаланингидроксилаза. У людей с таким заболе
ванием в организме накапливается фенилаланин, что приводит к умственной
отсталости. В США тест на ФКУ проводится в обязательном порядке у всех
новорожденных. Младенцам с положительным результатом рекомендована
строгая диета с низким содержанием фенилаланина, что позволяет им нор
мально развиваться. (Если вы проверите этикетки на банках с газированными
напитками, то обнаружите на многих из них предупреждение о содержании
фенилаланина.)
Генная инженерия
Под генной инженерией подразумевается изъятие гена у одного организма
и помещение его в другой. При этом реципиентом может выступать бактерия,
растение или животное. Один из самых известных примеров эффективного
применения технологий генной инженерии - это производство инсулина.
Раньше диабет лечился с помощью инсулина, получаемого от свиней или ко
ров, и хотя он очень похож на человеческий инсулин, во многих случаях его
применение вызывало определенные проблемы со здоровьем. Биохимики ре
шили задачу, поместив ген человеческого инсулина в клетки бактерий. В ре
зультате такие бактерии начали вырабатывать человеческий инсулин в процес
се трансляции (см. глава 17).
Клонирование
В 1996 году была клонирована овечка Долли - первое млекопитающее,
удачно клонированное из клеток взрослых животных. Разумеется, клониро
ванная овца была генетически идентична взрослой. Для создания клона ис
пользовались клетки из вымени 6-летней овцы, выращенные в лабораторных
условиях. Впоследствии из них извлекался генетический материал, который
помещался в неоплодотворенные яйцеклетки другой 6-летней овцы (собствен
ный генетический материал из последних был полностью удалён). Так поя
вилась Долли. После рождения Долли ученые успешно клонировали многих
других животных, а вот идея клонирования человека вызвала бурные споры во
всем мире, которые, вне всяких сомнений, не будут прекращаться еще несколь
ко десятилетий.
» Научный сотрудник
>> Биоинженерия и медицинские исследования
>> Карьерный рост в маркетинге и статистике
Научный сотрудник
Научные сотрудники часто включаются в состав исследовательских групп,
работающих в области биоинженерных технологий. Они могут разрабатывать
новые генетические методики, участвовать в проектах по клонированию и
даже помогать в создании новых лекарств или протоколов их применения.
Помимо выполнения профессиональных обязанностей - проведения биохи
мических процедур - научные сотрудники часто занимаются анализом полу
ченных данных и подготовкой технических отчетов и презентаций. Они также
принимают участие в исследованиях, которые впоследствии защищаются па
тентами. По мере карьерного роста могут возглавить собственные исследова
тельские группы.
Селекционер
Совместно с другими исследовательскими организациями селекционеры
разрабатывают и реализуют проекты по селекции растений. Они принимают
участие в разработке новых сортов сельскохозяйственных культур, устойчивых
к болезням и неблагоприятным погодным условиям, а также ищут пути повы
шения урожайности с применением биохимических технологий. Нередко вов
лекаются в процесс управления производством, налаживают связи с другими
производственными подразделениями и/или проводят консультации с целью
продвижения наиболее перспективных селекционных проектов.
Исследователь биотехнологий
Разработчики технологий изучают биохимические процессы в лаборатор
ных условиях и масштабируют полученные результаты на пилотные проекты,
который впоследствии выводятся на производственный уровень. Они опреде
ляют набор инструментов и оборудования, обеспечивающих проведение всех
необходимых биотехнических процессов, и устраняют несоответствия, вы
званные их масштабированием. Биоинженеры отвечают за повышение эффек
тивности производственных линий с заявленным уровнем качества. Они могут
работать в смежных отраслях, применяя знания биохимии в самых разных про
изводственных циклах.
Маркетолог
Специалисты по маркетинговым исследованиям отвечают за анализ рынков,
на которых работает их компания, определяют ассортимент ее продукции и
оценивают конкурентную среду. Они подготавливают технические презента
ции и пресс-релизы, а также собирают для руководства компании данные о
новых рыночных направлениях. Кроме того такие специалисты занимаются
Патентный поверенный
Патентные поверенные собирают информацию и подготавливают докумен
тацию по патентным заявкам. Они отслеживают успехи компании в исследова
тельской деятельности и рекомендуют подачу патентных заявок, подготавлива
ют вспомогательную документацию и ведут переговоры по патентным лицен
зиям и другим правовым соглашениям. Также они могут принимать участие в
слушаниях по вопросам патентного права и в апелляционных тяжбах.
Менеджер по продаже
лекарственных препаратов
Для человека с ученой степенью в области биохимии вполне естественно
строить карьеру в фармацевтическом бизнесе. Торговые представители фарма
цевтических компаний большую часть рабочего времени проводят в команди
ровках, взаимодействуя с работниками клиник, врачами, фармацевтами и дру
гими вовлеченными в отрасль людьми. Они хорошо разбираются в продукции
компании и стараются как можно убедительнее ознакомить все заинтересован
ные стороны в ее конкурентных преимуществах. Для успешного общения с
потенциальными клиентами они должны быть знакомы со статистическими
показателями и разбираться в сложных технических вопросах, интересующих
медицинское сообщество.
Специалист по биостатистике
Специалисты по биостатистике работают в отраслях, связанных с охраной
здоровья. Они обосновывают выбор направлений медицинских исследований,
а также занимаются сбором и анализом данных по решению таких актуаль
ных проблем, как прогрессирование болезни, обеспечение безопасности но
вых препаратов или протоколов лечения, влияние отдельных факторов риска
на состояние здоровья пациентов и т.п. Кроме того они участвуют в разработ
ке медицинских проектов и оценке их стоимости, определяя затраты, которые
обеспечивают должный уровень медицинского обслуживания. Специалисты
по биостатистике играют важную роль в проектировании исследований, пре
доставляя экспертную оценку тестируемого протокола, определяя параметры
образцов и устанавливая другие важные аспекты проекта.
Науково-популярне видання
Мур, Джон, Ленглi, Рiчард.
iii
Био.хи.,иия
воок
BESТSELLING
SERIES
q.,ur, ltaUJtUJtO�./J®2-е изqание
V СЕРИЯ
книг от
ДIIЛ,\1-':k.lИIOI
Основ'ны.е а.,и,и.но"uс.л,оJliы
о о о
11 11 11
HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2
1 1 1
СН 2 С Н2
f,
1
СН2 С Н2
1 1
LNH
СН2 СН 2
1 1
СН 2 NH
1
Гистидин
1
NH 2 C=NH
1
Лизин NH 2
Аргинин
о о о u
11 11 11 11
HN-CH-C-OH
2 HN
2 -СН-С-ОН HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2
1 1 1 1
СН 3 СН-СНз сн, СН-СН 3
Аланин
1 1
СН 3 СН-СН 3 сн,
1
Валин сн, СНз
Лейцин Изолейцин
о о о
11 11 11
со
HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2 HN-CH-C-OH
2
1 1 1
сн, сн, сн,
6
1
сн,
1
Пролин s
1
СН 3
Фенилаланин Триптофан
Метионин
Би,(JJСШ,(,И.Я,
BESТSELLING
воок
SERIES
f'fvLЯ .А®
'taUltUICOf:I
V
2-е uзqa1tue
СЕРИЯ
ll(JП�'\ЯPI ll,IX
книг от
NIAAl·:l-:TJ11..:L[
Кuс.лые a.,,UU/tOICUC.ЛOIJiЬt
о о
11 11
H 2N-CH-C-OH HN-CH-C-OH
1 2 1
СН2 СН2
1 1
С=О СН2
1 1
он С=О
1
Аспарагиновая он
кислота
Глутаминовая
кислота
Глутамин
о о о
11 11 11
H 2 N-СН-С-ОН H 2 N-CH-C-OH H 2 N-CH-C-OH
6
1 1 1
сн-он сн,
1 1
сн, SH
Треонин Цистеин
он
Тирозин
Категория: биология/химия/биохимия
ISBN 978-617-7874-64-4
� 1 О2 1
чаиников
для .., �
9 786177 874644 11