СИНТЕЗ БЕЛКА

Биосинтез белков - это сложный многостадийный процесс синтеза и созревания

белков, который осуществляется во всех клетках про- и эукариот. Основные
стадии включают в себя транскрипцию, процессинг и экспорт и-РНК из ядра в
цитоплазму (только у эукариот), синтез аминоацил-т-РНК, трансляцию и
созревание белка.

Для того чтобы хранящаяся в ДНК информация могла быть использована, ее

необходимо переписать (транскрибировать) в последовательность РНК. При этом
ДНК служит только матрицей, т. е. она не меняется в процессе транскрипции.
Транскрибируемые последовательности ДНК, т. е. участки ДНК, которые кодируют
определенные белки, называются генами.
 Транскрипция
Транскрипция осуществляется ДНК-зависимыми РНК-полимеразами.
Инициация процесса начинается со связывания РНК-полимеразы с 3'-
концом промоторного участка, а именно с ТАТА-боксом. Далее, в процессе
элонгации, нуклеозидтрифосфаты связываются комплементарно на
кодирующей цепочке ДНК водородными связями и шаг за шагом
присоединяются к растущей молекуле РНК. Вскоре после начала элонгации
5'-конец транскрипта защищается «кэпом» (от англ. cap) – структурой из
нескольких модифицированных нуклеотидов.
Как только транскрипция доходит до
сайта полиаденилирования (обычно это
последовательность ...ААТААА...),
транскрипт отщепляется - терминация.
После этого полимераза прекращает
транскрипцию и диссоциирует от ДНК.
Далее мРНК подвергается сплайсингу -
вырезанию некодирующих участков и
сшивание последовательностей ,
сохраняющихся в «зрелой» молекуле, в
ходе процессинга РНК.
Генетический код - триплетный, т.е. одна аминокислота задается
последовательностью из трех нуклеотидов, называемой кодоном. Так как четыре
нуклеотида объединенные по три дают 64 варианта, а аминокислот всего 20, то
большинство аминокислот кодируется более чем одним кодоном или другими
словами: генетический код является вырожденным.
Поскольку генетический код считывается с мРНК , его обычно записывают, используя
четыре основания, присутствующие в РНК: U, C, A, G.
Трансляция начинается со стартового кодона, чаще всего это AUG, реже GUG, и
заканчивается на одном из терминирующих или стоп-кодонов: UAA,UAG,UGA.
Все кодоны, за исключением стоп кодонов, называются смысловыми. Стоп кодоны
еще называют нонсенс кодонами.
Транспортная РНК (тРНК, tRNA): специальная низкомолекулярная РНК, выполняющая
перенос аминокислот в рибосому для осуществления синтеза белка.
Эти небольшие молекулы, содержащиеся в цитоплазме клетки и состоящие из 70-90
нуклеотидов, способны сворачиваться таким образом, что образуют структуры,
напоминающие по форме клеверный лист. В клетке имеется столько же разных тРНК,
сколько кодонов, шифрующих аминокислоты. На вершине "листа" каждой тРНК имеется
последовательность трех нуклеотидов, комплементарных нуклеотидам кодона в иРНК,
их называют анти-кодоном.
Все тРНК имеют сходную пространственную укладку цепи, напоминающую лат. букву L,
причем антикодон, находящийся в центре полинуклеотидной цепи и на одном из
концов "L", доступен для контактов с мРНК.
Рибосомы представляют собой крупный
рибонуклеопротеидный комплекс, состоящий из
рибосомных белков, молекул рРНК и ассоциированных с
ними факторов трансляции. Рибосомы - немембранные
органеллы, на которых происходит синтез белка в клетке.
Они представляют собой сферические структуры с
диаметром около 20 нм. Эти самые мелкие клеточные
органеллы устроены чрезвычайно сложно. Электронно-
микроскопические изображения рибосом всех известных
организмов ясно показывают, что эти частицы построены
из двух неравных субчастиц.
Борозда, разделяющая две субчастицы, сильно
расширяется в одном месте: виден так называемый
"глаз" рибосомы. Именно в этой полости размещаются
основные субстраты рибосомы - молекулы пептидил-
тРНК и аминоацил-тРНК. Это тРНК-связывающий центр
рибосомы. Когда пептидил-тРНК занимает Р-участок, а
аминоацил-тРНК - А-участок на малой субчастице
рибосомы, концы остатков тРНК с присоединенными к
ним аминоацильными остатками взаимодействуют с
большой субчастицей рибосомы. Участок этого
взаимодействия на большой субчастице является
пептидилтрансферазным центром рибосомы.
Трансляция включает в себя следующие стадии: инициацию, элонгацию и
терминацию. В качестве инициирующего кодона в большинстве случаев выступает
триплет AUG, кодирующий аминокислоту метионин. Для инициации трансляции
необходимо также наличие определённых нуклеотидных последовательностей в районе
стартового кодона (последовательность Шайна—Дальгарно у прокариот и
последовательность Козак у эукариот), так как в противном случае инициация синтеза
белка происходила бы хаотично на всех AUG-кодонах.
Диссоциация рибосомы на
составляющие ее
субчастицы, малую и
большую, является
необходимой
предпосылкой для
инициации трансляции.
Малая субчастица после посадки на мРНК отлавливает тРНК с нужным кодом стартового
кодона МЕТ и закрепляет на себе, это происходит на участке А. На этом этапе в процесс
включается свободная большая рибосомная субчастица. Затем, действуя кодом тРНК,
как ключом, она находит стартовый кодон на мРНК. Происходит первый цикл
трансляции. Малая субчастица качнулась в принудительном порядке и переместила
стартовую тРНК с участка А на участок Р, освобождая место для следующей тРНК. Далее
происходит элонгация полипептида и как только рибосома доходит до стоп-кодона,
который не кодирует ни одну из аминокислот, полипептид освобождается из рибосомы
и рибосомные субчастицы диссоциируют друг от друга и от мРНК.
 Искусственный синтез белков. Твердофазный метод синтеза полипептидов.
Американский ученый Роберт Меррифилд в 1962 году предложил оригинальную идею
твердофазного метода синтеза полипептидов в колонке-реакторе.
Стадия 1. Получение защищенных аминокислот. Для блокирования аминогрупп часто
используют трет-бутилоксикарбонильную группу (сокр. англ.- Вoc).
Стадия 2. Присоединение концевой аминокислоты к полимерному носителю, например к
полистиролу с введенными в него хлорметильными группами.
Стадия 3. Удаление Вoc-
защитной группы с
присоединенной к полимерному
носителю аминокислоты мягкой
кислотной обработкой полимера.
Стадия 4. Проведение реакции
образования пептидной связи.
Через колонку пропускают
раствор, содержащий
аминокислоту с защищенной
аминогруппой в смеси с
реагентом, который обеспечивает
активацию карбоксильной
группы.
Стадии 3 и 4 повторяют до тех
пор, пока не закончится синтез
требуемого пептида.
Существуют также методы синтеза белков, копирующие природные процессы:
синтезируют фрагменты нуклеиновых кислот, настроенных на получение определенных
белков, затем эти фрагменты встраивают в живой организм (например, в бактерию),
после чего организм начинает вырабатывать нужный белок. Для доставки чужеродных
генов в клетки различных организмов применяется вектор — плазмида, бактериофаг
или любая другая форма ДНК или РНК, которые способны самостоятельно
реплицироваться в клетках и обеспечивать размножение (клонирование) и работу
(экспрессию) искусственно встроенных в них генов.
1. Выделение генов (отдельных
фрагментов ДНК) из клеток-доноров. В
отдельных случаях эту операцию
заменяют искусственным синтезом
нужных генов.
2. Создание векторной конструкции
(введение выделенного из донора
фрагмента ДНК в плазмидный вектор с
помощью специальных ферментов). В
генной инженерии широко используются
векторы, созданные на основе плазмид —
внехромосомных кольцевых молекул ДНК,
характерных для прокариот.
3. Введение полученной векторной конструкции в клетку нового хозяина (бактерию).
4. Клонирование фрагмента ДНК (увеличение копий вектора, содержащего введенную
ДНК), в ходе многочисленных делений бактериальной клетки.
 Ингибирование синтеза белка. Изучение всех тонкостей молекулярного механизма
синтеза белка и нуклеиновых кислот в клетках необходимо для нахождения препаратов,
избирательно тормозящих эти процессы в бактериальных клетках, не влияя на клетки
организма человека. Существует большая группа веществ, ингибирующая синтез ДНК,
РНК или белков. Некоторые из них нашли применение в медицине для лечения
инфекционных болезней и опухолевых новообразований, а другие для человека
оказались токсинами.
А. Ингибиторы репликации - противоопухолевые препараты.
Антибиотики, взаимодействующие с ДНК, нарушают её матричную функцию и вызывают
подавление процессов репликации и транскрипции. Их используют для лечения
злокачественных новообразований и называют противоопухолевыми препаратами.
Б. Ингибиторы транскрипции и трансляции - антибактериальные препараты.
К ингибиторам матричных синтезов, оказывающим противобактериальное действие,
относят вещества, блокирующие синтез РНК или белка.
Выводы
1. Биосинтез белка является одним из важнейших и сложнейших процессов в любом
живом организме.
2. Для правильного функционирования этого процесса очень важно конформационное
состояние каждой молекулы.
3. Изучение всех деталей процесса синтеза белка является перспективным
направлением для многих исследований, в том числе и методами ЯМР
спектроскопии.
4. Синтез белка относится к приоритетным направлениям в фармакологии, химической
промышленности.