1

Урок 12

Взаимодействие воды с N-метилацетамидом

На этом уроке, используя программу HYPERCHEM, вы предварительно

выполните вычисления с помощью молекулярной механики, затем
полуэмпирические вычисления, а затем вычислите заряды атомов.
Вы создадите модельную структуру N-метилацетамида (NMA), используете
геометрию связей, чтобы изменить цис-форму на транс и снова восстановите
начальную конфигурацию молекулы. Затем вычислите волновую функцию для
этой структуры до и после сольватации молекулы с молекулами растворителя
(водой).
Полученные в этом уроке навыки:

 Использование торзионного скручивания связи

 Оптимизация геометрии подмножества
 Использование моделирования влияния растворителя
 Выполнение вычисления волновой функции c последующим
вычислением зарядов атомов
 Слияние двух молекул в единую систему
Создание молекулы NMA
1. Чтобы очистить рабочее пространство выбрать на меню File пункт New.
2. Открыть диалоговую ячейку Label, и установить опции для Atoms, нажав
радиокнопку Symbol.
3. В диалоговом окне Default Element, выключить пункт Explicit Hydrogens, и
выбрать как скрытый элемент Carbon (Углерод).
4. Нажать кнопку для рисунка (Draw),расположенную на инструментальной
панели, и вывести 2-D эскиз следующей основы молекулы :

5. Изменить структуру так, чтобы она выглядела как на этом рисунке:

С помощью двойного L-щелчка на связи С-О превратить одинарную связь в

двойную.
6. Сделать двойной L-щелчок на инструменте Selection, нажать пункт Model
Builder и создать 3-D структуру данной молекулы.
 2

Изменение цис –формы в транс- форму NMA

В зависимости от того, как Вы вывели основу, Model Builder, образовал или
транс - NMA или цис - NMA. Model Builder использует как скрытые
установки - транс - торсионные углы.
Если основа выведена в порядке введения символов O-C-N-C или C-N-C-O, то
в результате будет выведена цис - форма NMA:

Если порядок введения символов будет: C-C-N-C или C-N-C-C, то результат

будет транс - NMA:

1. Вращая модельную структуру, определить, какая у неё форма: транс или

цис.
Если получилась цис-форма, показанная на первой иллюстрации, Вы должны
изменить её на транс - форму, присоединяя торзионную связь и
восстанавливая структуру так, как описано в последующих шагах. Если
построена транс - форма, то пропустите следующий раздел и перейдите к
разделу Оптимизация структуры NMA. "
Изменение цис - формы на транс
1. Нажать на инструментальной панели кнопку выделения (Select), и
установить в меню Select галочку напротив пункта Atoms.
2. Сделать L-перемещение от атома кислорода до атома водорода,
присоединенного к азоту для того, чтобы выделить четыре атома образующих
торзионный угол:

3. На меню Build, выбрать пункт Constrain Bond Torsion.

4. Установить вид связи связь на Trans, затем нажать кнопку OK.
5. Сделать R-щелчок в пустой области, чтобы отменить выделение угла.
6. Восстановить молекулу можно двойным щелчком на инструменте Selection.
 3
Текущая система должна теперь стать молекулой транс - NMA.

Следующие вычисления принимают ориентации метильных групп такими,

что связь C-H является транс - по отношении к связи C-O, но цис - к N-H
связи. Использование пункта Set Torsion на меню Edit позволяет получать по
мере необходимости любую торсионную конформацию.
Оптимизация структуры NMA.
Прежде, чем вычислять для молекулы волновую функцию, оптимизируйте
структуру, используя силовое поле AMBER.
1. Выбрать на меню Setup пункт Molecular Mechanics.
Если появляется ячейка с предупреждающим сообщением " ...Recalculate atom
types " – (Повторно вычислить типы атомов), выбрать "OK".
2. Выбрать как силовое поле AMBER, и выбрать пункт Mechanics Options.
3. Использовать следующие скрытые значения для силового поля:

4. Нажать кнопку OK, чтобы закрыть диалоговую ячейку Force Field Options.
5. Нажать кнопку OK, чтобы закрыть диалоговую ячейку Molecular
Mechanics Force Field. Вы можете быть предупреждены, что будет
необходимо повторно вычислить типы атомов; если это так, то нажмите
кнопку OK.
6. Выбрать на меню Setup пункт Select Parameter Set.
7. Выбрать пункт amber3, затем нажать кнопку OK.
8. Если появляется ячейка с предупреждающим сообщением " ...Recalculate
atom types? " – («Повторно вычислить типы атомов?»), выбрать "OK".
9. Выбрать на меню Compute пункт Geometry Optimization.
10. В диалоговом окне использовать установленные по умолчанию данные, но
RMS градиент установить на 0.001, и затем, чтобы начать вычисление, нажать
кнопку OK.
Через некоторое время, вычисление заканчивается, и HYPERCHEM показывает
результаты в строке состояния.
Вычисление зарядов атомов
На Уроке 11, вы вычислили заряды атомов для молекулы воды, производя
вычисление волновой функции. В следующем упражнении вычислить заряды
атомов и используете их при последующем вычислении молекулярной
механикой, для NMA вместе с молекулой воды.
Вычислять заряды атома:
1. Сначала, маркировать структуру зарядами из опции Labels.
Обозначения показывают, что все атомы имеют заряд по 0.00.
2. Выбрать на меню Setup пункт Semi-empirical (полуэмпирический).
3. Выбрать метод CNDO, а затем нажать кнопку OK.
 4
4. Выбрать на меню Compute пункт Single Point.
После того, когда будет выполнено вычисление, HYPERCHEM показывает
заряды на атомах.

Заряды, энергия и значение градиента, полученные вами, могут немного

отличаться от расчетных данных, показанных на рисунке.
5. Сохранить эту молекулу в виде файла nma.hin.

Сольватация карбоксильной группы

Слияние двух структур

В этом разделе, вы соедините молекулу NMA с молекулой воды из урока 11
и вычислите результат их взаимодействия.
Показать NMA и молекулу воды как единую систему:
1. Выбрать на меню File пункт Merge.
2. Открыть файл вода.hin.
Рабочее пространство одновременно показывает молекулу NMA и молекулу
воды.
Перемещение молекулы воды
Вы перемещаете молекулу воды на такое расстояние, на котором происходит
образование водородной связи между кислородом карбоксильной группы и
водородного атома из молекулы воды.
Для этого нужно выделить молекулы воды и правильно ориентировать
относительно остальной части системы.
1. Используя кнопку Select (выделение), сделать R-щелчок в пустой области
рабочего пространства, чтобы удостовериться, что ничего больше не выделено.
2. Маркировать обе структуры символами.
3. Поместить молекулы так, чтобы получить ориентацию, показанную на
следующей иллюстрации.
 5
Обратите внимание: Чтобы перемещать только одну молекулу, выделите
молекулу, которую вы хотите переместить, сделайте L-щелчок на
инструменте перемещения или вращения, и сделайте R-перемещение.
Чтобы быстро выделить всю молекулу, установите в меню Select пункт
Molecules, и сделайте L-щелчок инструментом Selection на любой части этой
молекулы.
Оптимизация всей системы
В этом упражнении, вы оптимизируете геометрию молекулы воды,
используя молекулярную механику. При выполнении оптимизации геометрии
на системе, в которой сделан выбор нескольких объектов (по крайней мере,
выбран не один атом), позиция выбранных атомов в течение оптимизации
будет изменена. Это означает, что даже если выбрана только одна молекула
воды при исполнении оптимизации, молекула NMA остается связанной с ней в
оптимальной позиции. Когда молекула воды находится уже в оптимальной
позиции, при желании, можно оптимизировать и целую систему.
Оптимизация системы с молекулой воды:
1. Выбрать на меню Setup пункт Molecular Mechanics.
2. Выбрать как метод AMBER, и нажать кнопку OK, чтобы использовать
выбранные скрытые параметры силового поля.
3. Выделить молекулу воды, если она еще не выделена. Вы можете получить
сообщение с предупреждением о том, что «типы атомов будут повторно
рассчитаны»; если это так, то нажмите кнопку OK.
4. Выбрать метод AMBER, и нажать кнопку OK, чтобы использовать
выбранные скрытые параметры силового поля.
5. Вы можете получить сообщение о предупреждении, что «типы атомов будут
повторно рассчитаны»; если это так, то нажмите кнопку OK. Выберите на
меню Compute пункт Geometry Optimization.
6. Использовать значение для расчетов RMS градиента равное 0.01.
В зависимости от начального расположения, используемого алгоритма
оптимизации, сходимости и так далее…, может потребовать значительное
число итераций, чтобы подстроить позицию молекулы воды, так как
межмолекулярные силы незначительные по сравнению с
внутримолекулярными силами.
7. Нажать кнопку OK, чтобы начать вычисление.
8. После того, как молекула воды будет оптимизирована, отменить выделение
молекулы воды, и выполнить оптимизацию геометрии на обеих молекулах
вместе.
Через некоторое время, вычисление заканчивается.

Повторное вычисление водородных связей:

1. Пометить на меню Display пункты Show hydrogen bonds и Recompute H
Bonds.
Конфигурация должна выглядеть подобно этой:
 6

Характеристика взаимодействующей системы.

Чтобы рассчитать сольватацию NMA, выполняется квантово-механическое

вычисление на взаимодействующей системе. Затем вы можете сравнить
полученные результаты с более ранним вычислением мономера NMA в воде.
Вычисление волновой функции для системы:
1. Выбрать на меню Setup пункт Semi-empirical.
2. Выбрать метод CNDO, затем нажать OK.
3. Выбрать на меню Compute пункт Single Point.
При этом вычисляется волновая функция для объединенной системы.
4. Используя пункт Labels, обозначить систему так, чтобы были показаны
вычисленные заряды атомов.
При этом видно перераспределение заряда, связанное с образованием
водородной связи. Ваши результаты должны быть подобны тем, которые
показаны на следующей иллюстрации:

Задание: Для лучшего усвоения пройденного материала сделайте

следующие упражнения и сохраните их в файле на своей дискете:
1. Для данной системы NMA c водой повторить оптимизацию с помощью
молекулярной механики с новыми зарядами. Вручную включить поляризацию,
переключаясь вперед и назад из оптимизации геометрии молекулярной
механикой и полуэмпирических вычислений зарядов. HYPERCHEM
перестраивает заряды атома, основанные на новой конфигурации атомов.
2. Привести распределение плотности заряда для различных видов систем
взаимодействия.