"САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ НАЦИОНАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ

УНИВЕРСИТЕТ ИНФОРМАЦИОННЫХ ТЕХНОЛОГИЙ МЕХАНИКИ И ОПТИКИ"

МЕГАФАКУЛЬТЕТ КОМПЬЮТЕРНЫХ ТЕХНОЛОГИЙ И УПРАВЛЕНИЯ

ЦЕНТР ХИМИЧЕСКОЙ ИНЖЕНЕРИИ

ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ПРОГРАММА БИОИНЖЕНЕРИЯ

КУРСОВАЯ РАБОТА
по дисциплине «Основы моделирования
биополимеров и биосистем»

«МОЛЕКУЛЯРНАЯ
ДИНАМИКА.УРАВНЕНИЯ ДВИЖЕНИЯ
НЬЮТОНА И ИХ ДИСКРЕТИЗАЦИЯ»

Выполнила: Александрова
Анастасия Владимировна

Группа №: В33202

Преподаватель: Неелов И. М.

Санкт-Петербург, 2022
 Содержание

Введение
I. Метод молекулярной динамики
1.1 Уравнения движения,
1.2 Потенциалы взаимодействия
1.2.1 Внутримолекулярные потенциалы
(потенциалы валентных связей, валентных углов,
двугранных углов)
1.2.2 Межмолекулярные потенциалы (потенциалы
Леннарда-Джонса и электростатический
(кулоновский) потенциал)
1.3 Периодические граничные условия
II. Постановка молекулярного моделирования с помощью
пакета GROMACS
2.1 Задание начальных координат с помощью молекулярного
редактора AVOGADRO
2.2 Запуск расчетов с помощью команды mdrun и получение
траектории системы
2.3 Просмотр траектории с помощью молекулярного
редактора PYMOL
2.4 Построение графиков графическим пакетом GRACE
III. Пример моделирования методом молекулярной динамики
пептида Val 10.

Заключение

Список источников

2
 ВВЕДЕНИЕ

Цель работы:
Задачи: