Вопросы к экзамену по курсу «Основы молекулярной биологии»

Введение. История науки

1. Развитие представлений о ДНК как о носителе и источнике генетической информации:
эксперименты Гриффита, Эвери, Херши и Чейз, Мезельсона и Сталя. Правило Чаргаффа.
Открытие двойной спирали ДНК. Адапторная гипотеза Крика. Генетический код.
Центральная догма молекулярной биологии.

Структура и физико-химические свойства нуклеиновых кислот

1. Строение молекул ДНК и РНК: химический состав мономерных звеньев, 5'-3' –
фосфодиэфирная связь, N-гликозидная связь, комплементарные пары оснований; связи,
удерживающие между собой две полинуклеотидные цепи; стэкинг-взаимодействие.
2. Характеристика конформационных форм ДНК, их биологическое значение.
3. Суперспирализация ДНК. Топологические проблемы, возникающие в ходе матричных
процессов.
4. Топоизомеразы I и II типов, механизм их действия.
5. Физико-химические свойства ДНК: денатурация и ренатурация молекулы, температура
плавления, гиперхромный и гипохромный эффекты.
6. Основные типы РНК. Особенности вторичной структуры РНК. Эволюционная роль
РНК.

Устройство генома и упаковка ДНК

1. Геномы прокариот и эукариот. Организация, размер, плотность генов. Гены и
межгенные последовательности. Псевдогены. Типы повторяющихся последовательностей
и их встречаемость в геномах различных организмов.
2. Уровни компактизации генома. Эухроматин и гетерохроматин. Структурная
организация нуклеосом. Гистоны. Нуклеосомы и транскрипция. «Перемоделирование»
хроматина.

Репликация ДНК
1. Митоз и мейоз. Распределение генетического материала в ходе митоза и мейоза.
2. Механизм реакции полимеризации ДНК и его катализ. Экзонуклеазные активности
ДНК-полимераз и их роль в обеспечении точности воспроизведения ДНК.
3. Характеристика ДНК-полимерзы III E.coli: размеры, субъединичный состав,
ферментативные активности. Вилка репликации, события на отстающей нити.
Координация синтеза ДНК на комплементарных нитях.
4. Структура вилки репликации: события на ведущей и отстающей нитях.
Полунепрерывный синтез и фрагменты Оказаки. Участие в репликации вспомогательных
белков (SSB, хеликазы, праймазы, лигазы, топоизомеразы).
5. Инициации репликации у прокариот и эукариот: структура участка старта репликации.
Репликатор и инициатор. Регуляция инициации репликации.
6. Проблема репликации концов линейных хромосом эукариот и её решение. Теломеры.
Теломераза и особенности ее структурной организации.

Репарация ДНК
1. Мутации. Причины мутаций. Типы повреждений ДНК. Апуринизация.
Дезаминирование. Системы защиты генома от мутаций.
2. Ошибки при репликации ДНК. Таутомеризация азотистых оснований. Экспансия
триплетных повторов. Репарация неправильно спаренных оснований: механизм и
основные белки (комплекс MutLSH).
3. Прямая репарация тиминовых димеров, алкилированных оснований и одноцепочечных
разрывов в молекуле ДНК.
4. Эксцизионная репарация оснований.
5. Эксцизионная репарация нуклеотидов с помощью белков uvrABC.
6. SOS-репарация.
7. Рекомбинационная репарация.

Гомологичная рекомбинация
1. Механизм общей (гомологичной) рекомбинации: образование гетеродуплексов,
миграция ветви, разрешение структур Холлидея. Роль белков RecA, RecBCD и RuvABC в
рекомбинации у E.coli. Хи-сайт и его значение.

Сайт-специфическая рекомбинация и транспозиция

1. Сайт-специфическая рекомбинация. Сайты рекомбинации. Рекомбиназы. Типы
рекомбинантных продуктов.
2. Использование сайт-специфической рекомбинации для интеграции/вырезания фагов в
бактериальную хромосому.
3. Применение сайт-специфической рекомбинации в генной инженерии.
4. Мобильные генетические элементы: основные класы и механизмы транспозиции.
Автономные и неавтономные транспозоны.
5. Характеристика IS-элементов и транспозонов бактерий: структура и механизм
перемещения.
6. Ретротранспозоны: виды, структура, механизмы перемещения.

Транскрипция ДНК
1. Транскрипция у прокариот. Понятие о кодирующей и некодирующей (матричной)
цепях ДНК. Особенности структуры РНК-полимеразы. σ-фактор. Стадии
транскрипционного цикла. Репликация и транскрипция.
2. Структура бактериального промотора и механизм его распознавания РНК-полимеразой.
Инициация транскрипции у прокариот.
3. Завершение транскрипции у прокариот: Rho-зависимые и независимые терминаторы.
4. Транскрипция генов эукариот с помощью РНК-полимеразы II: расположение и
структура промотора, механизм его распознавания, транскрипционные факторы,
терминация транскриптов, особенности синтезированной мРНК.

Процессинг РНК
1. Модификация 5' и 3'-концов молекул мРНК эукариот. Ферменты и катализируемые ими
реакции. Значение модификации концов транскриптов.
2. Механизм сплайсинга пре-мРНК в ядре: определение границ интронов, роль
аденилового (А) нуклеотида, находящегося в районе точки ветвления, реакции
трансэтерификации.
3. Характеристика сплайсосомы: ее структурные компоненты, механизм
функционирования. мяРНК и мяРНП-частицы. Роль комплементарных взаимодействий в
протекании процесса сплайсинга.
4. Альтернативный сплайсинг. Регуляторы альтернативного сплайсинга. Значение
альтернативного сплайсинга. РНК редактирование.

Трансляция
1. Основные свойства генетического кода. Особенности кодового словаря.
2. Аминоацилирование тРНК как необходимый этап трансляции: механизм действия
аминоацил-тРНК-синтетаз.
3. тРНК: первичная, вторичная и третичная структура. Адапторная теория Крика.
4. Структура рибосом про- и эукариот, входящие в их состав рибосомные РНК и белки.
Функциональные участки рибосом: мРНК-связывающий участок, тРНК-связывающие А,
Р и Е участки.
5. Механизм инициации трансляции у прокариот. Инициирующие кодоны и сайт
связывания рибосом на мРНК. Инициаторная тРНК и белковые факторы инициации.
Инициация трансляции внутренних рамок считывания у полицистронных мРНК.
6. Механизм инициации трансляции у эукариот. Белковые факторы, взаимодействующие с
рибосомой и с мРНК. Роль кэп-структуры в инициации процесса. Влияние на инициацию
трансляции структур на 3'-конце мРНК. Механизм распознавания инициирующего кодона.
7. Механизм элонгации трансляции. Фактор элонгации 1 (ЕF-Тu или ЕF-1
у про- и эукариот соответственно) и поступление аминоацил-тРНК в рибосому. Реакция
транспептидации. Фактор элонгации 2 (ЕF-G или ЕF-2) и транслокация рибосомы.
8. Механизм терминации трансляции у про- и эукриот. Терминирующие кодоны,
белковые факторы терминации (RF1, RF2, RF3), гидролиз пептидил-тРНК. Фактор RRF и
диссоциация трансляционного комплекса.