Вы находитесь на странице: 1из 3

����� ������ � ��������� ���

������ ������ ������� ���������, ������ �� � ��������� �����[en]. ��������� ������


����� ���������� �� �������� ��������� ����������� ������ � �������������
���������� ��������, ���������� � �������[17]. ����������� ��������� ������
��������� ������ �������� � ��������� ����� ��������, ��� ��� �������� ���������
�������� � ����� ������� ��������� ���������� �������� ������ ���������, ��� ����
�� �������� ��������� ��������[18].

��������� ��� ��� ���������� �������� ���������� �� ��������� ����������� ������, �


��������� �� ���� ������������ ����������� ��������� �� ��������� ��������
������������[1].

����� ������� ���������� ��������� ����, ���������� � �������������� ��� ���������


������
��������� ����
����� �������� ��� ���������� �������� �� �� �������������� ��� (����) � ������
�������� ������������[6]. ����� ���� ���� ������������ ��� ������ ����������
���������������� ������ �������� ������������� ������ �������� ����� M-MuLV[19]. ��
��������� ������� ���������� ��������, ������ � ����� ������������������ �������,
������ ���������� ����������� ��������������[en] � ������������������, ����������
�������� ���������� ��� ������ ���. ������ ����� ��������� �� ���� � ����, �������
��������� �� 95 % ���������� ��������� ��� ������. ����� ����� �������, ��������
�������� � ����(dT)-��������, ��� �������� �������� ������������������ ������.
������ ��� ���� ������ �������������������� ��� (������� ����������� ��� � ������),
������� � ��� ����������, ��������, SUPeR-seq, � ������������������ ��������� �����
����(dT)-������� ��������� ��������� (5�6) ��������� �����������.

������ ������ ���� ���� ������������ ���������� ���������. ����� ����������� �����
����� �������[en] (����. template switching), ��������, � ���������� STRT, Smart-
seq � Smart-seq2. �� ������� �� �������� ��������� M-MuLV �������� �� 3�-�����
������������� ���� ����������� ������� ��������. ��������������, ��� ������
��������� ������ ������ ���� � ����(dG)-���������[19].

������� � ���������� ����������� ��������������


��������� ����������������������� ������������� ������������ ����������
�������������� ���������[en], ���������� �� ������ ������. ������� �� ���������
������������, ��������� �� ������ ���������� ������, ���������� ����������
��������� �������[7][10] . � ������������� �� ���������������� ���������� ������
�������� ���������� ��� ���������� ���������� ����������� �������������� (����.
unique molecular identifiers, UMIs). UMI ����������� ����� ������������������ ��
4�8 ��������� ����������� (��������, 5 ����������� ��� 45=1024 ����������
������������������). ��������� UMI � ���������� ������� ������������� ���������
���������� �� ������� �����������, ��� �������� ���������� ������ ���������� �����
�� ���������� UMI, ��������� � ������������ ������������ ����. ������� � ����������
����������� �������������� ������ � ������� �� ����� �������� ������������, ��� ���
��������� ����� �������� �� ������� ������ ���� ����[7].

����� ������������ � �������������� ������������ ���������� � ������������ �


����������������� ����������, � ������������������ ������� ����������� ���������
������� � ���������� ����������� �������������� (UMI)[7].
����������� ����
� �� ����������, ����� ��� MARS-seq, CEL-seq � CEL-seq2, �� ������������ ����
����������� in vitro ����������� (����. in vitro transcription, IVT)[6]. ��� ������
������� �� ������������ ���� ������� ����������� �7[en] � ���������� ����� ��������
������������. �� ������������ in vitro ������������ � ����(dT)-������� �������
�������� �7. ���������� ���������� ���� � ������ ������ ���������� �������[6].
����������� ���� ����� ����� ������������ � ������ ������������ ������ �������
(���), ��������, � Drop-seq, SCRB-seq, SMART-seq � SMART-seq2. ������ ���� �����
����� ������ �������� � ��������� ���������� ������������. � ����� ����������
�������� ������� ������������� ���������� ����������� ���������������[7].

�� ������ � ����������������� �������� ���������� ����� ����������� ������, �����


��� ����������� �� ���� �������� ������[18].

���������� �������� ���������� � ��������������


� ����������� �� ������� ���������� ���������� ���������� ��������������
�������������� ������������, ��� �������, ����������� 3�- ��� 5�-�����������[6][7].
���������� ��������������� ������������� (���������� SMART-seq, SMART-seq2)
�������� ��� �������� ��������������� ���������� � ���������������� �������������,
����� ��� �������������� 3�-���������� (���������� CEL- seq, CEL-seq2, MARS-seq) �
5�-���������� (��������� STRT) ������� �� ������� ���������������� ����������. ���
������, ��� �������, ��������� ���������� ����������� ��������������.
�������������� ���������� ����������� �������� ������������� ������ �������� (����.
next generation sequencing, NGS), ����� ����������� �������������� �� ���������
Illumina. ���������� ������ �������� ����������� �������� ��������������[20].

������ ������

��������� ����� ����������� ��� ��������� ������, �� ������� ��������� ������


��������������[20]
�. �������� �������� ����������� ������������
�. ������� ����������� ������������ �������� ������: ������ ��������� ����, ������
�������� ������ � �����, ������ �������� ������ ��� �������� ��� ���� �������������
��������
�. ������ ���������� � ����� ����: �������������� � ������������
�������������� ������� ��� ������������������ ������� ����������� ������������� ���
��������� ������ ������ ��������� ������� ���������� ����� �� ���������
�����������. ����� �������� ����� ������� ���� ����� ��������� �����������
�������[20]:

������ �� ��������� ������: ������������, ������������ � ����������� ���������


����������;
������ �� ������ �����: ����������� ��������������� ��������������� �����,
����������� �����.
��������� ������� ���������� �����
����������� �������� ��������� ���������, ���������� ��� ��������������, ������� �
��� ��������� ����� (� ������� ��������� ���������, ������������ �� ������ �����)
[21]:

�������� �������� ��������� (FastQC, Kraken);


������������ ��������� �� ����������� �����[en] (TopHat2[22], HISAT[23] � ������);
������ ���������� ������������ ����������� ����� �� ������ �� ������ (��������
�������������� ������� FPKM/TPM[en] ��� ����� ���������� �����������
���������������);
��� ������������� (��������, ���� ��� ������ ������ ���� �������� � ������ ������ �
������� ������) � �������� ��������������� ������ (kBET[24]);
� ������, ���� ������������ �������� ��� ���������� ����������� ���������������,
���������� ����������� ������� (SCnorm[25], SAMstrt[26]);
�������������� ����������� ������ (��������[en]) (MAGIC[27], Autoimpute[28]).

������������ � ������������� ������� ������ ����������. ������ � ��� �������������


����, ������� � ��� ������������� ������. ������ ������� ��������� �������
���������� ���� � ������

������������ ������������ ������ �� ������� ���������� �����


�������� �������� ���������
��� ������������ ������������� �������� �������� �������� ������������� ������
������, ������ � ������ ��������� �������� �������� �� ����������� �������[29]. ��
������� �������� ����� ������������� ������ �������:

���������� ��������� �� ������;


���������� ��������� �����;
��������� ���������� ���� ��������� � ���������� ��������� ���������������� ���
(������� ��������� ����� �������� ������ ������������������ ��� ��� ����������
�������� � ������);
���������� ���������� ���� ��������� � ���, ���������� � ������������������ �������
�������� RNA spike-in[en];
������������� UMI (���������� ����������� ���������������).
��������� ������ � ����������� UMI � ��������� ��������
��������������� ��������� �������� ����[30]:

��������� ������� �����������, UMI � ��������� ������� ������� �� �������� � �����


� ������ ����;
�������� ��������� �� UMI � ��������� ��������, ������� ���-���������: �������� �
���������� ��������� �������� � UMI;
�� ������ ������ ������� �������, ������������� ���������� ��������� (� �������
���������� �������� ���������� ��������� ���������� ������ + UMI�) �������
���������� ����.

�������� ����� ������� ������ scRNA-seq � �������������� UMI � ����������


�������������
������ �� ��������� ������
������������
� ���� ������� ��������� ����������� ������ ��������� ������������ ������ ��
�������� �� �������� ���������� �����[31]. ��� ������������ ����� ����������
������� ���������: ������� k-�������[32], � �������������� ����� ���������
�������[33], ������������� ��������������[34] � ���������� �������. ������� ��
������ ��������, ������������ ��������� �� ������: ��������� ������ ����� ���������
�� ����������� ����� ��� ���������������� ��������[35][36]; ����� ������ ����������
��-�� ������� �����������. �� ���������� ���� �������� ����������� ����������������
������������, ���������� �������� ������ ������, ���������[31].

������� ����������� ������� ����������� � �������������� ������ ������� ���������


(�����) � ��������� t-SNE (������) �� ���������� ������
���������� �����������
��� ���������� ���������� �������������� �������� �������������, ������ ���������
����������,