Национальный исследовательский университет ИТМО

(Университет ИТМО)

На правах рукописи

Масляев Михаил Александрович

Методы и алгоритмы идентификации по данным
физически обоснованных моделей в форме
дифференциальных уравнений

Диссертация на соискание учёной степени

кандидата физико-математических наук

Санкт-Петербург 2023
 Национальный исследовательский университет ИТМО
(Университет ИТМО)

На правах рукописи

Масляев Михаил Александрович

Методы и алгоритмы идентификации по данным
физически обоснованных моделей в форме
дифференциальных уравнений

Специальность 1.2.1.
«Искусственный интеллект и машинное обучение (физико-математические науки)»

Диссертация на соискание учёной степени

кандидата физико-математических наук

Научный руководитель:
кандидат физико-математических наук
Хватов Александр Александрович

Санкт-Петербург 2023
Диссертация подготовлена в: федеральное государственное автономное образовательное
учреждение высшего образования «Национальный исследовательский университет ИТМО».

Научный руководитель: кандидат физико-математических наук

Хватов Александр Александрович

Официальные оппоненты: Деркач Денис Александрович, PhD, федеральное

государственное автономное образовательное
учреждение высшего образования «Национальный
исследовательский университет «Высшая школа
экономики», директор института по прикладным
исследованиям и разработкам институт искусственного
интеллекта и цифровых наук

Якобовский Михаил Владимирович, доктор

физико-математических наук, профессор,
член-корреспондент РАН, федеральное государственное
учреждение "Федеральный исследовательский центр
Институт прикладной математики им. М.В. Келдыша
Российской академии наук", заместитель директора по
научной работе

Защита диссертации состоится в удаленном интерактивном режиме 25.12.2023 г. в 11:15 ссылка на

публичную трансляцию защиты: https://youtube.com/live/8ionXKx8Zcg?feature=share.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке Университета ИТМО по адресу:

Санкт-Петербург, ул. Ломоносова, д. 9 и на сайте https://dissovet.itmo.ru.

Ученый секретарь диссертационного совета 02.22.00 Университета ИТМО, кандидат технических

наук, доцент, Муромцев Дмитрий Ильич.
 ITMO University

As a manuscript

Masliaev Mikhail Aleksandrovich

Methods and algorithms for data-driven
identification of physically-based models in forms of
differential equations
Speciality 1.2.1.
Artificial Intelligence and Machine Learning (Physics and Mathematics)

Academic dissertation сandidate of physics and mathematics

Supervisor:
PhD
Hvatov Alexander A.

Saint-Petersburg 2023
The research was carried out at: ITMO University.

Supervisor: PhD
Hvatov Alexander A.

Official opponents: Derkach Denis A., PhD, HSE University, Director of the Institute for
Applied Research and Development Institute of Artificial Intelligence and
Digital Sciences

Yakobovskiy Mikhail V., Doctor of Physical and Mathematical Sciences,

Keldysh Institute of Applied Mathematics of Russian Academy of
Sciences, Deputy Director for Research

The defense will be held on 25.12.2023 at 11:15 at the meeting of the ITMO University Dissertation
Council 02.22.15, https://youtube.com/live/8ionXKx8Zcg?feature=share.

The thesis is available in the Library of ITMO University, Lomonosova St. 9, Saint-Petersburg, Russia and
on https://dissovet.itmo.ru website.

Science Secretary of the ITMO University Dissertation Council 02.22.00, PhD in engineering, Mouromtsev
Dmitry I.
 5

Оглавление

Стр.

Реферат . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

Synopsis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

Введение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65

1. Современные методы получения структуры и

коэффициентов моделей в виде дифференциальных
уравнений . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
1.1 Оператор LASSO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
1.2 Искусственные нейронные сети . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
1.3 Использование эволюционных алгоритмов . . . . . . . . . . . . . 81
1.4 Прочие методы получения моделей динамических систем по
данным . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
1.5 Выводы к главе 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

2. Метод машинного обучения модели в форме

дифференциального уравнения . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
2.1 Постановка задачи обучения модели в форме
дифференциального уравнения . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
2.2 Эволюционный алгоритм для обучения модели в форме
дифференциального уравнения . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
2.3 Сходимость предложенного метода . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
2.3.1 Выбор функции приспособленности . . . . . . . . . . . . . 92
2.3.2 Процедуры подготовки входных данных . . . . . . . . . . . 96
2.3.3 Сходимость алгоритма эволюционной оптимизации . . . . 107
2.4 Выводы к главе 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113

3. Метод для обучения модели в форме системы

дифференциальных уравнений с использованием
многокритериальной оптимизации . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
 6

3.1 Общая постановка задачи многокритериальной оптимизации для

обучения модели в форме системы дифференциальных уравнений 114
3.2 Многокритериальный эволюционный алгоритм для обучения
модели в форме системы дифференциальных уравнений . . . . . 117
3.3 Выводы к главе 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121

4. Валидация разработанных методов . . . . . . . . . . . . . . . . . 123

4.1 Валидация однокритериального метода обучения модели в
форме дифференциального уравнения . . . . . . . . . . . . . . . . 123
4.1.1 Экспериментальное исследование метода обучения
модели в форме дифференциального уравнения . . . . . . 123
4.1.2 Синтетические наборы данных, заданные
дифференциальными уравнениями в частных производных 130
4.1.3 Реальные данные: восстановление уравнения
теплопроводности . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
4.2 Валидация многокритериального метода обучения модели в
форме системы дифференциальных уравнений . . . . . . . . . . . 136
4.3 Выводы к главе 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141

Заключение . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143

Список сокращений и условных обозначений . . . . . . . . . . . . . 146

Список литературы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147

Приложение А. ПРИЛОЖЕНИЕ А. СВИДЕТЕЛЬСТВА О

РЕГИСТРАЦИИ ПРОГРАММ ДЛЯ ЭВМ . . . 156

Приложение Б. ПРИЛОЖЕНИЕ Б. ТЕКСТЫ ПУБЛИКАЦИЙ 159

 7

Реферат

Актуальность темы. В настоящее время в различных областях науки

возникает запрос на методы машинного обучения, позволяющие получать ком­
пактные, но информационно-ёмкие модели. В частности решение задач на осно­
ве, явлений, описываемых в форме динамических систем, требует новых мето­
дов машинного обучения, т.к. подобные задачи являются традиционно сложны­
ми для существующих методов машинного обучения. Для построения моделей
динамических систем традиционно применяют модели в форме дифференци­
альных уравнений, позволяющие не только анализировать текущее состояние
динамической системы и предсказывать изменения в ней на некотором интерва­
ле, но и обобщать знание о ней - определять фундаментальные законы и описы­
вать их в форме интерпретируемых математических моделей, в том числе в виде
систем дифференциальных уравнений. Классические методы построения моде­
лей динамических систем в форме дифференциальных уравнений и их систем
основываются на использовании аппарата функционального анализа и принци­
пов вариационного исчисления и законах сохранения, описывающих свойства
исследуемого явления. Подобный подход помимо того, что имеет ограниченную
применимость для неисследованных объектов, для которых не разработано ана­
литической модели, накладывает требования на квалификацию исследователя
и степень владения математическим аппаратом. В случае, когда невозможно ис­
пользовать классические методы (например, нет понимания о природе действу­
ющих на динамическую систему факторов), состояние системы всё ещё можно
воспроизвести на основе массивов наблюдений, получив модель при помощи ме­
тодов машинного обучения. Использование методов на данных, производящих
обучение и поиск уравнений путём проб и ошибок, позволяет имитировать ко­
гнитивную деятельность специалиста в предметных областях, где используются
модели на основе диффренциальных уравнений.
Использование уже существующих подходов, разработанных при решении
обратных задач математической физики, и направления идентификации моде­
лей динамических систем по данным, развивавшихся в рамках теории управле­
ния, допустимо лишь в случае, когда полностью известна информация о приро­
де динамической системы, в частности аналитическая форма (хотя, возможно,
 8

и с эмпирически подобранными параметрами) функционала действия или когда

известна динамическая аналогия для задач теории управления. Описательные
способности классических подходов ограничены, в том числе, количеством из­
вестных вариационных принципов и динамических аналогий, а значит и круг
моделей, которые можно получить данными методами ограничен. Для совре­
менных методов определения структуры модели в виде дифференциальных
уравнений по данным характерна повышенная гибкость и диапазон рассмат­
риваемых структур моделей в виде дифференциальных уравнений (как обык­
новенных, так и в частных производных) и их систем, однако необходимость
задания значительного числа параметров в совокупности с набором ограниче­
ний к структуре искомого дифференциального уравнения приводят зачастую к
задаче поиска в пространстве высокой размерности, содержащего все возмож­
ные структуры модели дифференциальных уравнений.
Высокая вычислительная сложность наивного подхода, в рамках которо­
го рассматриваются все возможные структуры дифференциальных уравнений,
составленных из ограниченного множества элементарных функций, для описа­
ния исследуемого процесса приводит к необходимости использования методов
элиминации перебора. В задаче символьной регрессии, которая также подразу­
мевает построение символьных моделей процессов, хотя и форме алгебраиче­
ских выражений, распространенным подходом для сокращения пространства
поиска являются генетические алгоритмы, оптимизирующие выражение как
граф вычислений. При приложении генетических алгоритмов к задаче поиска
структуры графа вычислений для дифференциальных уравнений оптимизация
графа, соответствующего уравнению при отсутствии ограничений на структу­
ру, приводит к переобучению, что в пространстве моделей соответствует гро­
моздкому уравнению, которое не может быть проинтерпретировано экспертом.
Задачу получения графа вычислений и его параметров (например, иногда удоб­
но рассматривать узлы графа как параметризованные функции для снижения
размерности задачи, а также удобно отдельно рассматривать числовые коэф­
фициенты перед слагаемыми как параметры узла) назовём задачей обучения
модели в форме дифференциальных уравнений. Данное исследование посвяще­
но решению проблемы обучения по данным модели в форме дифференциаль­
ных уравнений с неизвестной структурой и неопределёнными коэффициентами,
где искомая структура уравнения обучается при помощи алгоритма эволюцион­
 9

ной оптимизации в пространстве элементарных операций (например, операций

дифференцирования по заданной переменной), которое обладает меньшей раз­
мерностью, чем классическое пространство всевозможных слагаемых, при этом
за счёт разработанного алгоритма оптимизации избегается переобучение струк­
туры уравнения для возможности экспертной интерпретации процесса.
Объект исследования - модели машинного обучения в форме диффе­
ренциальных уравнений с неизвестной структурой и коэффициентами.
Предметом исследования являются методы обучения моделей в форме
дифференциальных уравнений с неизвестной структурой и коэффициентами.
Целью работы является повышение качества 1 получения структуры и
коэффициентов дифференциальных уравнений с помощью методов машинного
обучения за счёт за счет использования эволюционного алгоритма с расши­
ренным пространством поиска элементов структуры дифференциальных урав­
нений (которое состоит из комбинаций токенов - элементарных действий, на­
пример, операций дифференцирования до заданного порядка или функций от
сетки) и применения физически-обоснованных нейронных сетей (PINN) для вы­
числения функции приспособленности модели.
Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие
задачи:
1. Обосновать требования и направление исследований на основе анали­
тического обзора современных методов получения структуры и коэф­
фициентов моделей в форме дифференциальных уравнений.
2. Разработать метод и алгоритм обучения модели в форме дифференци­
ального уравнения (как обыкновенного, так и в частных производных),
соответствующего наблюдаемому состоянию динамической системы.
3. Разработать метод и алгоритм обучения модели в форме системы диф­
ференциальных уравнений (как обыкновенных, так и в частных произ­
водных), основанный на многокритериальной оптимизации.
4. Провести валидацию разработанных алгоритмов на основе эксперимен­
тальных исследований их качества на уравнениях-бенчмарках, признан­
1
Качество оценивается через метрики точности получения структуры и коэффициентов и робастности
получения структуры и коэффициентов на зашумленных данных. Оценка качества определения структуры
ДУ проводится при помощи расстояния Хэмминга (Structural Hamming distance, SHD) между строковыми
представлениями.
 10

ных международным сообществом, а также сравнений с ближайшими

аналогами.
На защиту выносятся:
1. Метод и реализующий его алгоритм обучения модели в форме диффе­
ренциальных уравнений с неизвестными структурой и коэффициента­
ми на основе эволюционного алгоритма оптимизации и метода числен­
ного решения начально-краевых задач физически-обоснованными ней­
ронными сетями (PINN) для вычисления функции приспособленности.
2. Метод и реализующий его алгоритм обучения моделей в форме систем
обыкновенных дифференциальных уравнений и уравнений в частных
производных на основе алгоритма многокритериальной эволюционной
оптимизации с независимым получением структуры и коэффициентов
модели для каждого из уравнений системы с учетом возможности за­
дания критериев точности относительно наблюдаемых параметров ди­
намических систем и структурной сложности модели.
Научная новизна представленной работы заключается в том, что впер­
вые были предложены методы обучения моделей в форме дифференциальных
уравнений и систем дифференциальных уравнений (как обыкновенных, так и в
частных производных) на основе алгоритмов эволюционной оптимизации, поз­
воляющих использовать априорные знания об исследуемой динамической систе­
ме (в виде набора исходных токенов) и выполнять обучение моделей в многокри­
териальной постановке. Подобный подход позволяет воспроизводить элементы
когнитивной деятельности исследователя-теоретика, на основе эксперименталь­
ных данных формирующего гипотезы о форме представления фундаменталь­
ных законов в виде дифференциальных уравнений.
Теоретическая значимость определяется тем, что предложенные мето­
ды позволяют свести задачи построения моделей в форме дифференциальных
уравнений к постановке, привычной для машинного обучения (при наличии дан­
ных в виде наблюдаемых характеристик динамических систем). То есть, резуль­
таты полученные в работе расширяют возможный набор моделей, применяемых
в задачах машинного обучения, включая в него модели в виде дифференциаль­
ных уравнений и их систем, тем самым расширяя теоретический класс задач,
решаемых методами автоматического машинного обучения.
 11

Практическая значимость выполненной работы заключается в том,

что разработанный алгоритм обучения модели в форме дифференциальных
уравнений, соответствующих наблюдаемому состоянию динамической системы,
может применяться в прикладных задачах для построения интерпретируемых
моделей машинного обучения на основе массивов данных о состояниях динами­
ческой системы. Инструмент использовался в экспериментах по обучению моде­
лей для задач в прикладных областях: тепло-массо обмена (моделирование ди­
намики плазмы, температуры в сплошной среде), океанологии (моделирование
океанического льда), робототехнике (воспроизведение динамики мягкой актив­
ной среды, soft active matter). В рамках исследования была создана библиотека с
открытым исходным кодом EPDE (https://github.com/ITMO-NSS-team/EPDE),
включающая в себя функциональность разработанного алгоритма, совмещен­
ную со вспомогательными инструментами.
Достоверность полученных результатов обеспечивается корректной по­
становкой задачи, использованием математических подходов для разработки
метода обучения в форме дифференциальных уравнений и экспериментальным
исследованием его составных элементов, в первую очередь процедур подготовки
данных и оценки качества дифференциальных уравнений, получаемых в про­
цессе обучения. Была проведена валидация, в рамках которой проверялась спо­
собность метода определять фундаментальные законы и соответствующие им
дифференциальные уравнения на синтетических данных, и на данных, описыва­
ющих реальные явления. Также было проведено сравнение с альтернативными
подходами получения моделей машинного обучения в форме дифференциаль­
ных уравнений.
Соответствие паспорту специальности 1.2.1:
– п. 5. Методы и технологии поиска, приобретения и использования зна­
ний и закономерностей, в том числе – эмпирических, в системах ис­
кусственного интеллекта. - в части создания методов и алгоритмов
обучения структуры и параметров моделей машинного обучения моде­
лей в форме дифференциальных уравнений на данных.
Обучение модели в форме дифференциальных уравнений предложен­
ным методом допускает использование экспертных знаний разного уров­
ня при введении ограничений на структуру уравнений и направлении
поиска, выполняемого при эволюционной оптимизации.
 12

– п. 16. Исследования в области специальных методов оптимизации,

проблем сложность и элиминации перебора, снижения размерности. -
в части разработки алгоритмов эволюционной оптимизации как метода
элиминации перебора в задаче построения дифференциального уравне­
ния и использования пространства сниженной размерности, состоящего
из элементарных функций. Применение оптимизационного алгоритма в
задаче обучения модели в форме дифференциальных уравнений по дан­
ным позволяет избавиться от необходимости перебора всех комбинаций
элементов из множества допустимых функций при построении структу­
ры.
Внедрение результатов работы. Результаты диссертационной работы
частично финансировались Министерством науки и высшего образования рос­
сийской федерации в рамках проекта “Методы и алгоритмы генерации мо­
делей композитного ИИ с учётом априорных знаний предметной области”
(FSER-2021-0012), частично финансировались и внедрены в рамках реализа­
ции программы исследовательского центра в сфере искусственного интеллек­
та «Сильный искусственный интеллект в промышленности» в целях дости­
жения результата федерального проекта «Искусственный интеллект» нацио­
нальной программы «Цифровая экономика Российской Федерации», договор
№70-2021-00141 от 02.11.2021.
Апробация работы. Основные результаты, полученные в процессе ис­
полнения работы, докладывались на следующих научных конференциях:
GECCO 2020 (The Genetic and Evolutionary Computation Conference, Кан­
кун, Мексика) (CORE A rank), 13th The Majorov International Conference
on Software Engineering and Computer Systems (MICSECS 2021, Санкт-Петер­
бург), IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2021, Краков, Поль­
ша) (CORE B rank), OL2A: International Conference on Optimization, Learning
Algorithms and Applications 2021 (Браганса, Португалия), IEEE Congress on
Evolutionary Computation, CEC 2022 (Падуя, Италия) (CORE B rank), GECCO
2023 (The Genetic and Evolutionary Computation Conference, Лиссабон (гибрид­
ный формат), Португалия) (CORE A rank), воркшоп AI4Science конференции
NeurIPS2023 (CORE A* rank).
Личный вклад. Автор лично провёл обоснование направления исследо­
ваний на основе аналитического обзора существующих современных методов
 13

получения по данным структуры и коэффициентов дифференциальных урав­

нений. На основе проведённого анализа и предположений о постановке практи­
ческих задач были предложены методы, выносимые на защиту, а также разра­
ботаны соответсвующие алгоритмы. Автор реализовал генетический алгоритм
обучения модели в виде дифференциального уравнения в работе [1]. Для работы
[2] автор реализовал строковое представление кандидатных особей и провёл ис­
следование эффективности подхода. В статьях [3, 8] автор проводил разработку
концепции обучения моделей в виде дифференциальных уравнений по данным,
выполнял валидацию исполненного подхода на синтетических наборах данных.
Автором был разработан программный комплекс, содержащий представленный
метод и адаптированный под специфику практических задач по моделированию
динамических систем по данным. В работе [4] автор провёл апробацию предло­
женного метода на данных гидрометеорологического реанализа. В работе [5]
автор исследовал применимость подхода в концепции моделирования на осно­
ве обобщённых графовых моделей. В работе [6] автором был проведён анализ
применимости функции приспособленности на основе методов автоматического
решения дифференциальных уравнений. Автор подготовил алгоритмическую
и программную сторону (интерфейс) для использования комплекса решения
дифференциальных уравнений на основе методов оптимизации. Для работы [7]
автор разработал метод обучения моделей в форме одиночных дифференциаль­
ных уравнений на основе многокритериальной эволюционной оптимизации, и
провёл эксперименты, валидирующие эффективность метода. При подготовке
работы [9] автор участвовал в разработке метода и реализующего его алгоритма
обучения моделей в форме систем дифференциальных уравнений по данным на
основе многокритериальной оптимизации. В работе [10] автор подготовил блок
методов обучения моделей в форме дифференциальных уравнений в рамках вы­
числительно-эффективного построения моделей машинного обучения на основе
эволюционных алгоритмов. Для исследования в статье [12] автор подготовил
программный комплекс и выполнял ряд экспериментов по обработке данных
для использования в алгоритме обучения моделей в форме дифференциальных
уравнений.
Публикации. Основные результаты по теме диссертации изложены в 11
печатных изданиях, из которых 7 — в тезисах докладов [1—7] и 4 в журналах,
индексируемых в системе SCOPUS: [8—11].
 14

Содержание работы

Во введении обосновывается актуальность темы диссертационной рабо­

ты и проводимых в её рамках исследований, формулируется цель и ставятся
задачи работы, обосновываются научная новизна и практическая значимость
представляемой работы.
Первая глава посвящена литературному обзору управляемых данными
методов структурного обучения дифференциальных уравнений. Современные
методы машинного обучения стремятся к интерпретируемости получаемых ре­
зультатов, и так как многие физические процессы описываются при помощи
дифференциальных уравнений, анализ которых позволяет понимать природу
воспроизводимой системы, задача поиска подобных моделей получила распро­
странение в современных исследованиях, посвящённых искусственному интел­
лекту.
Первый класс подходов основан на применении разреженной регрессии
(оператора LASSO) к заранее определённым библиотекам слагаемых - предик­
торов, на основе которых составляется аппроксимация временной динамики (в
работах принимается первая производная моделируемой переменной). Структу­
ра минимизируемого функционала, включающего в себя l1-норму вектора коэф­
фициентов уравнения, позволяет производить фильтрацию слагаемых входной
библиотеки, оставляя только те, которые имеют значимый вклад во временной
динамике. Основным недостатком подобного метода является ограниченность
получаемых структур (могут быть получены уравнения только первого поряд­
ка по времени) и требование к составлению библиотек слагаемых. Механизм
не может учитывать нелинейные компоненты дифференциальных уравнений
помимо тех, которые были явно заданы при инициализации алгоритма. Так­
же, неоднородность уравнения должна в явной форме подаваться в библиотеке
слагаемых.
Метод символьной регрессии позволяет получать дифференциальные
уравнения в произвольной форме, представляя их при помощи графа вычисле­
ний. В процессе оптимизации, уравнение представляется как граф-дерево, ли­
стьями принимаются входные величины, например, зависимые и независимые
переменные. За промежуточные и корневые узлы для структуры, описывающих
 15

дифференциальные уравнения, принимаются различные математические опе­

раторы, например, оператор дифференцирования. Для поиска структур урав­
нений используется эволюционный алгоритм графовой оптимизации, которая
проводится на основе максимизации нижнего предела доказательств (ELBO).
Несмотря на то, что алгоритм позволяет получать уравнения любых структур
(нелинейные, неоднородные, высоких порядков), он склонен к переобучению и
построению уравнений, недостаточно обобщающих воспроизводимый процесс,
описывая данные с их шумовой компонентой, а не физический процесс, их по­
рождающий. Также пространство поиска графов при отсутствии ограничений
на структуру получается слишком широким, что ухудшает сходимость алгорит­
ма.
Искусственные нейронные сети представляют третий класс управляемых
данными методов получения ДУ. В ряде работ рассматривается построение ап­
проксимации временной динамики при помощи свёрточных слоев, которые вос­
производят производные по пространству и позволяют получить нелинейные
слагаемые искомого уравнения. Альтернативный подход нацелены на представ­
ление процесса при помощи аппроксимации функции - решения уравнения при
помощи нейронной сети. Обусловленные физикой нейронные сети допускают
два режима работы: решение известных уравнений, то есть поиске нейронной
сети, соответствующей поставленным операторам уравнения и начальным/гра­
ничным условиям. Второй режим работы подразумевает получение новых урав­
нений по данным, или определении параметров уже известных физических за­
конов (обратная проблема), в том числе и неизвестных коэффициентов в форме
действительных чисел.
Вторая глава посвящена разработанному методу описания динамиче­
ских систем при помощи полученных по данных при помощи структурно­
го обучения моделей в форме дифференциальных уравнений: обыкновенных
дифференциальных уравнений в случае одномерных данных (временного ря­
да), или уравнений в частных производных при обработке многомерных про­
странственно-временных данных. Для исследуемой системы предполагается,
что неизвестная динамика в области Ω определяется в аналитической форме
при помощи некоторого соотношения (1), содержащего производные моделиру­
емой зависимой переменной 𝑢 по переменным 𝑡 (времени) и по переменным
𝑥1 , ... 𝑥𝑘 - пространственным переменным, из которых составлен вектор x.
 16

Можно обобщить постановку, установив предположение, что порядок частных

производных не известен. Далее будет рассмотрено, что производные высоких
порядков определяеются со значительной погрешностью, поэтому разработан­
ный подход лучше всего применим к дифференциальным уравнениям порядков
не выше 3-го. Под 𝐺𝑢 мы подразумеваем оператор начальных/граничных усло­
вий, заданный по краям Γ(·) моделируемой области Ω на временном интервале
[0, 𝑇 ]
⎧
⎨𝐿𝑢 = 𝐹 (𝑢, 𝜕𝑢 , 𝜕𝑢 , ..., 𝜕𝑢 , 𝜕 2 𝑢2 , 𝜕 2 𝑢2 , ... , 𝜕 2 𝑢 , ... ) = 0;
𝜕𝑥1 𝜕𝑥2 𝜕𝑡 𝜕𝑥1 𝜕𝑥2 𝜕𝑡2
(1)
⎩𝐺𝑢 = 0, 𝑢 ∈ Γ(Ω [0, 𝑇 ]);
×
Согласно такому подходу, полученные в качестве входных данных (x, y) ∈
Ω - измерения состояний системы представляют собой частное решение неиз­
вестного дифференциального уравнения. Таким образом, ставится задача не
построения модели отдельного явления, отражающего конкретное проявление
системы, а интерпретируемой обобщающей модели.
Ещё одним требованием к разрабатываемому подходу выступала гибкость
относительно типов определяемых уравнений: подходы на основе оператора
LASSO рассчитаны на получение аппроксимации временной динамики при по­
мощи сочетаний заданных функций и частных производных моделируемой пе­
ременной. Подобные условия существенно ограничивают класс определяемых
уравнений: из уравнений второго порядка, например, они способны определять
только параболические, вида 𝑢′𝑡 = 𝐹 (x, 𝑡, 𝑢, 𝑢′x , ...). Ни эллиптические, ни ги­
перболические уравнения не могут быть выражены как подобные зависимости,
что существенно ограничивает применимость подхода в описании систем в ста­
тичном состоянии, когда 𝑢(x, 𝑡) = 𝑢(x), и, соответственно 0 = 𝑢′𝑡 = 𝑢′′𝑡𝑡 = ....
Для построения дифференциальных уравнений в рамках предлагаемо­
го подхода предлагается использовать алгоритм эволюционной оптимизации,
решающий задачу построения структуры искомого уравнения. Генеративный
алгоритм предполагает представление слагаемых на основе набора элемен­
тов - токенов 𝑎𝑖𝑗 , типы которых определяются в зависимости от априорных
предположений о данных. Для токенов, описывающих произвольные функ­
ции от независимых переменных допускается наличие параметров 𝑎𝑖𝑗 (𝑡, x) =
𝑎𝑖𝑗 (𝑝1 , ... , 𝑝𝑁 , 𝑡, x). Для токенов, принадлежащих к множеству производных
𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕 2 𝑢
функции {(𝑢, 𝜕𝑥 1
, 𝜕𝑥2
, ..., 𝜕𝑡 , 𝜕𝑥2 , ...}, вводится обозначение 𝑡𝑗 . Во избежание фи­
1
 17

зически-необоснованных структур кандидатных решений оптимизационной за­

дачи, допустимые формы уравнений, рассматриваемые в рамках алгоритма,
ограничены линейными комбинациями слагаемых, составленных из подобных
элементарных функций, как представлено на формуле (2). При наличии в урав­
нении параметрических токенов, например, полиномиальной функции от коор­
динат, задача расширяется на поиск оптимальных значений параметров. Для
задания неоднородности вида 𝑓 (x, 𝑡) ≡ 𝑐𝑜𝑛𝑠𝑡 используется свободное слагаемое
𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 ∈ R.
Очевидно, что при подобной постановке задачи построения дифференци­
альных уравнений, исследователи должны заранее определить набор токенов,
из которых будут составляться дифференциальные уравнения. Задача расшире­
ния функциональности метода на случаи, когда не все элементарные функции
могут быть определены априорно, может решаться либо при помощи нейросе­
тевого приближения, либо в форме алгебраических выражений в замкнутой
форме.
∑︀ ∏︀
𝐿′ 𝑢 = 𝑖 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑐𝑖 − 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 = 0 , 𝑐𝑖 = 𝑗 𝑡𝑗 ,
(2)
𝑎𝑖 (𝑡, x) = 𝑎′𝑖 (𝑡, x) · 𝑏𝑖 , 𝑏 ∈ R
Перед выполнением основной части эволюционного алгоритма запускает­
ся процедура подготовки данных. Основной задачей начального этапа процесса
определения уравнения является вычисление тензоров производных для пред­
ставления соответствующих токенов в контексте структуры дифференциально­
го уравнения. В ряде случаев в системе можно определить не только значение
моделируемой величины, но и её производные, что делает подобную процедуру
подготовки данных избыточной. Однако, в общем случае мы предполагаем, что
для исследования доступны лишь измерениях состояния системы, и производ­
ные необходимо вычислять на их основе.
По причине того, что вычисление производных на основе значений функ­
ции на сетке является шумо-неустойчивой операцией, в то время как измерения
состояния реальных физических систем зачастую характеризуются значитель­
ными погрешностями, необходимыми составным элементом процедуры являет­
ся операция сглаживания и адаптированные под условия задачи методы диффе­
ренцирования. При недостаточно точно определённых значениях производных
алгоритм может не определять корректное управляющее процессом уравнение:
 18

в случаях низких величин шумовой компоненты в данных, подобный эффект

проявляется в отклонениях значений коэффициентов от ожидаемых, в то время
как при сильном зашумлении, эволюционный алгоритм сходится к уравнениям
с неправильными наборами слагаемых.
В качестве инструментов численного дифференцирования входных дан­
ных в рамках исследования рассмотрены 4 альтернативных подхода:
– конечно-разностные схемы;
– приближение функции в интервале, содержащем точку, для которой бе­
рётся производная, при помощи полинома (полинома Чебышева) и ана­
литическое вычисление производной (Фильтрация Савицкого-Голая);
– спектральные методы вычисления производных;
– автоматическое дифференцирование нейронной сети, использованной
для аппроксимации данных.
Операция снижения шума во входных данных выполняется при помощи
ядерного сглаживания. Несмотря на то, что применение подобных методов к
данным нарушает их структуру, предположение гладкости не противоречит
ожидаемой структуре данных, полученных на основе измерений состояния фи­
зических (в первую очередь, гидрометеорологических) данных. Операция сгла­
живания применяется для каждого временного среза 𝑡 на основе свёртки, пред­
ставленной на уравнении (3), данных с помощью функции Гаусса (4). В этом
соотношении 𝑠 - точка, для которой проводится сглаживание, 𝑠′ - точка, исполь­
зуемая для сглаживания, 𝜎 - параметр гауссовского ядра.
∫︁
𝑢˜(𝑠, 𝑡) = 𝐾𝜎 (𝑠 − 𝑠′ )𝑢(𝑠′ )𝑑𝑠′ ; (3)

2
′ 1 1 ∑︁
𝐾𝜎 (𝑠 − 𝑠 ) = 2
exp ( 2 (𝑠 − 𝑠′ )𝑖 ); (4)
2𝜋𝜎 2𝜎 𝑖=1

В дальнейшем данные локально аппроксимируются полиномами (жела­

тельно ортогональными, в этой работе использовались полиномы Чебышева),
которые дифференцировались аналитически.
Альтернативным подходом к сглаживанию входных данных является за­
мена входного поля 𝑢(x, 𝑡) на его аппроксимацию (5), полученную при помо­
щи обученной по данным нейронной сети на основе 𝑚 полносвязных слоёв:
𝑓 (𝑖) (x = 𝜎(𝑊 (𝑖) z(𝑖) + b(𝑖) ) - аффинных функций, где 𝑊(𝑖) - матрица весов ней­
 19

ронной сети, z(𝑖) - входные переменные, которые в случае первого слоя соот­
ветствуют независимым переменным (x, 𝑡), и b(𝑖) - вектор смещения. 𝜎(u) =
(𝑒𝑥𝑝[2u] − 1)/(𝑒𝑥𝑝[2u] − 1) - функция активации (гиперболический тангенс).

𝑢˜(x, 𝑡) = 𝑓 (𝑚) ∘ 𝑓 (𝑚−1) ∘ ... ∘ 𝑓 (1) (𝑥1 , ... , 𝑥𝑛 , 𝑡) (5)

Далее рассмотрим свойства нейронной сети подобной архитектуры к сгла­

живанию (то есть исключению высокочастотных шумовых компонент) в дан­
ных. В ряде исследований показывается, что в процессе обучения нейронной
сети сначала идёт приближение низкочастотных компонент данных, а лишь
затем нейронная сеть приближает высокочастотные, что в нашем случае соот­
ветствует переобучению.
После получения нейронных сетей для представления данных, производ­
ные могут быть получены на основе значений функции, представляющей дан­
ные, вне узлов сетки. Для уменьшения вычислительной погрешности в конечно­
разностном методе предлагается использовать уменьшенный шаг 𝛿𝑥𝑖 << Δ𝑥𝑖 ,
где Δ𝑥𝑖 - шаг сетки по оси, соответствующей координатной оси 𝑥𝑖 , на которой
заданы входные данные. Тогда можно использовать конечно-разностный метод
для вычисления первой производной по центральной схеме (6). В ней для обоб­
щения включим ось времени 𝑡 в координатный вектор x. Через 𝛿i обозначим
вектор, 𝑖-ая компонента равна 𝛿𝑖 , а остальные значения которого - 0.

𝜕𝑢(x) 𝑢(x + 𝛿i ) − 𝑢(x − 𝛿i )

= (6)
𝜕𝑥𝑖 2𝛿𝑖
В дальнейшей работе будут проводиться эксперименты, основанные на
внесении в данные искусственного шума, полученного из нормального распре­
деления с математическим ожиданием 𝜇 = 0 и среднеквадратичным отклоне­
нием 𝜎 = 𝑘 · 𝑢(𝑡, x). В таком случае можно определить уровень зашумлённости
входных данных как (7), где 𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 - значения исходного набора данных, а
𝑢𝑛𝑜𝑖𝑠𝑒𝑑 - значения после внесения шума.

||𝑢𝑛𝑜𝑖𝑠𝑒𝑑 − 𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 ||2

𝑁𝐿 = 100% (7)
||𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 ||2
Из результатов сравнительного эксперимента заметно, что использование
препроцессинга на основе нейронных сетей позволяет получить поля производ­
 20

Таблица 1 — Уровень шума (%) в исходной функции и её производных на

зашумлённых и сглаженных данных

𝜕𝑢 𝜕2𝑢
Время, с u 𝜕𝑡 𝜕𝑡2
Входные данные 0.12 60.55 1158.97
Сглаженные (полиномы) 0.13 5.56 36.1 154.0
Сглаженные (ИНС, 104 эпохи) 54.5 4.48 24.04 94.6

ных ближе к ожидаемым, однако это требует значительно больших вычисли­

тельных ресурсов.
Для практических приложений алгоритма рекомендуется использовать
алгоритм дифференцирования, использующий нейронную сеть для представ­
ления данных, а затем использующий конечно-разностные схемы для вычисле­
ния производных. Промежуточная нейронная сеть производит переход от сеточ­
ной функции, соответствующей данным, к непрерывной и гладкой на области
поиска, по сути представляя в параметрической форме частное решение иско­
мого дифференциального уравнения. Это позволяет использовать произвольно
малые шаги между точками в конечно-разностных схемах. Так как процесс
представления данных при помощи нейронных сетей является вычислительно­
затратным, в случаях, когда не предполагается значимый уровень шума во вход­
ных данных, рекомендуется использовать аналитическое дифференцирование
полиномов Чебышева, представляющих данные.
Далее, в диссертационной работе рассматриваются подробности реализо­
ванного эволюционного алгоритма. Первым аспектом является выбор оптималь­
ного кодирования кандидатного дифференциального уравнения. В работе [2]
было предложено графовое представлении уравнений, соблюдающее предполо­
жения о структуре уравнений. Подобный подход позволяет использовать опе­
раторы графовой оптимизации: для соответствия структуре уравнения, пред­
ложенной на формуле (2), в кодировке используется граф - дерево. В нём узлы­
листья содержат отдельные токены, промежуточные узлы - оператор умноже­
ния, комбинирующий токены в слагаемые, и корневой узел, содержащий опера­
тор суммирования полученных слагаемых.
При инициализации алгоритма случайным образом генерируются графы
начальной популяции кандидатных дифференциальных уравнений в соответ­
 21

ствии со следующей логикой: каждое уравнение должно содержать минимум

одно слагаемое, содержащее производную, а также избегается генерация повто­
ряющихся слагаемых в уравнениях. Для токенов, содержащих оптимизируемые
параметры составляется случайный набор исходных значений в рамках заранее
определённых интервалов. Для каждого созданного дифференциального урав­
нения одно слагаемое определяется в качестве “левой части уравнения”, таким
∑︀
образом структура принимает вид 𝑖, 𝑖̸=𝑖_𝑟𝑝𝑠 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑐𝑖 = 𝑎𝑖_𝑟𝑝𝑠 (𝑡, x)𝑐𝑖_𝑟𝑝𝑠 . Со­
относимое с левой частью дифференциального уравнения слагаемое должно
содержать производную во избежание получения алгебраических уравнений.
Отдельное исследование, отраженное в соответствующей главе диссерта­
ционной работе, было посвящено подбору функции приспособленности. Основ­
ным требованием к функции приспособленности является обеспечение наилуч­
шей сходимости алгоритма с точки зрения времени и гарантия максимума при­
способленности у кандидатного решения, соответствующего уравнению, луч­
шим образом описывающему динамику процесса. Были рассмотрены 2 возмож­
ные формализации задачи: оптимизация невязки оператора дифференциально­
го уравнения, рассмотренная на (8), и минимизация разности (9) между исход­
ными данными 𝑢 и решением уравнения 𝑢 ̃︀ в соответствующих узлах сетки.

∑︁
𝐿𝑢 = 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑏𝑖 𝑐𝑖 −→ min
*
− (8)
𝑎𝑖 ;𝑐𝑖
𝑖

|̃︀
𝑢(𝑡, x) − 𝑢(𝑡, x)| −→ min
*
: 𝐿′ 𝑢
̃︀ = 0 (9)
𝑎𝑖 ;𝑐𝑖

Функции приспособленности при решении задачи минимизации невязки

дифференциального оператора вводится по соотношению (10).

∑︁
−1
𝑓𝑓 𝑖𝑡𝑛𝑒𝑠𝑠 = (||𝐿||2 ) = (|| 𝑎*𝑖 (𝑡, x)𝑏𝑖 𝑐𝑖 − 𝑎*𝑖_𝑟ℎ𝑠 (𝑡, x)𝑐𝑖_𝑙ℎ𝑠 ||2 )−1 (10)
𝑖̸=𝑖_𝑙ℎ𝑠

В то время как процесс поиска уравнения при помощи подобной функ­

ции приспособленности на бесшумных данных будет сходиться к желаемому
вариант решения, в случае высоких погрешностей в значениях токенов могут
возникать проблемы со сходимостью к корректному управляющему уравнению.
Ожидаемая структура уравнения может не быть оптимальной с точки зрения
 22

введенной метрики оптимизации. Например, при работе с уравнением теплопро­

водности 𝑢𝑡 = ∇(𝛼∇𝑢), вторая производная функции-решения тождественно­
нулевая на всей области, и алгоритм может сойтись к структуре уравнения
𝑢𝑡𝑡 = 0, которая не описывает динамику системы.
Для решения проблемы сходимости алгоритма к неинформативным урав­
𝑢 − 𝑢||2 )−1 .
нениям была предложена функция приспособленности 𝑓𝑓 𝑖𝑡𝑛𝑒𝑠𝑠 = (||̃︀
При оценке приспособленности кандидатных дифференциальных уравнений
возникают сложности с использование классических численных методов реше­
ния ДУ: конечно-разностные и конечно-элементные методы требуют априорных
знаний об уравнениях, и в общем случае не могут применяться для произволь­
ных уравнений.
Алгоритм решения дифференциального уравнения требует корректно (по
крайней мере, “усреднено по моделируемой области”) поставленного дифферен­
циального оператора и начальных/граничных условий, соответствующих типу
переданной краевой задачи, выраженной в уравнении (11), для смоделирован­
ной функции 𝑢(𝑡, x), определенной в области определения (𝑡, x) ∈ Ω ⊂ R𝑘+1 ,
где 𝑘 — количество пространственных измерений. 𝐿 и 𝑏 — соответственно произ­
вольные (возможно, нелинейные) дифференциальный и граничный операторы,
причем последний определен на границе Γ.
⎧
⎨𝐿𝑢(𝑡,x) = 𝑓 ;
(11)
⎩𝑏𝑢(𝑡,x) = 𝑔, (𝑡, x) ∈ Γ

Для упрощения процесса построения граничных условий по данным, ис­

пользуемый тип граничных условий ограничен условиями Дирихле. Исполь­
зованию условий Неймана и Робена препятствует значительная погрешность
определения производных у границы моделируемой области. Несмотря на то,
что при помощи конечных разностей можно определить значения и на гранич­
ных узлах сетки, их точность ниже из-за схем аппроксимации более низкого
порядка. В случаях, когда уравнение имеет порядки выше первого по време­
ни или второго, возникает необходимость определять производные для задания
граничных операторов. Алгоритм обрезает области нахождения уравнения и
при помощи центральных конечно-разностных схем задаются производные.
Анализ использования предложенных подходов к оценке качества канди­
датных уравнений был проведён на основе сравнительного исследования, опи­
 23

санного в статье [7]. Данные, приведённые на рисунке (1), показывают, что

использование решений кандидатных уравнений для определения их пригод­
ности даёт значительный прирост сходимости лишь на умеренных значениях
внесённого шума. В таких случаях, доля успешных запусков, выражающийся
в При запуске алгоритма на чистых данных оба подхода гарантируют сходи­
мость. При высоких уровнях шума нарушается отбор значимых слагаемых на
основе LASSO-регрессии, что выражается в некорректно-разреженных векто­
рах коэффициентов даже при определении оптимального множества слагаемых
уравнения.

Рисунок 1 — Зависимость доли успешных запусков алгоритма на данных из

решения уравнения Кортевега-де Фриза от уровня шума во входных данных
при использовании рассматриваемых функций приспособленности.

Поиск модели в форме дифференциального уравнения в эволюционном

алгоритме производится при помощи операторов мутации и кроссовера, воздей­
ствующих на популяцию. При кодировании кандидатного уравнения в форме
графа, кроссовер представим как обмен подграфами (слагаемыми, или отдель­
ными множителями) между уравнениями. Основным назначением данного опе­
ратора является улучшение имеющихся особей: для повышения вероятности
получения единиц с более высокими значениями приспособленности следует
провести кроссовер между выбранными особями, уже обладающими достаточ­
но высокой приспособленностью.
Следующим важным элементом предлагаемого алгоритма является опера­
ция регуляризации. Её назначение — обнаружение краткой структуры уравне­
ния среди множества предложенных генетическим алгоритмом слагаемых. При
 24

отсутствии априорного понимания структуры уравнения и корректного числа

слагаемых вводится уравнение с избыточным набором кандидатных слагаемых,
для которого применяется фильтрация и определяются наиболее значимые эле­
менты. Основным инструментом на этом этапе является оператор наименьшего
абсолютного сжатия и отбора (LASSO). В отличие от других типов регрессии,
LASSO может уменьшить количество ненулевых элементов вектора коэффици­
ентов, присваивая нулевые значения предикторам, не являющимися значимыми
в аппроксимации целевой переменной.
Минимизируемый функционал, используемый в операторе LASSO (12) со­
ставляется как сумма двух слагаемых. Первое соответствует квадрату разности
между взвешенными значениями слагаемых правой части уравнения и значени­
ем левой части, обозначаемой как Ftarget , и вектором прогнозов, полученным
как внутреннее произведение матрицы признаков F и вектора весов. 𝛼, а вто­
рым в 𝐿1 -норме вектора весов, взятого с постоянной разреженности 𝜆:

‖F𝛼 − F𝑡𝑎𝑟𝑔𝑒𝑡 ‖22 + 𝜆‖𝛼‖1 → min (12)

𝛼

Основным недостатком оператора LASSO является его неспособность по­

лучить корректные значения коэффициентов: при его применении требуется ис­
пользование стандартизированных данных. Дополнительная линейная регрес­
сия по обнаруженным активным, то есть соответствующим ненулевым проме­
жуточным весам, слагаемым выполняется для получения результирующих фак­
тических коэффициентов уравнения. Действительнозначная компонента неод­
нородности 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 , введённая в соотношении (2), получается как смещение из
линейной регрессии.
Под сходимостью эволюционного алгоритма в отличии от общего случая
мы будем понимать не заполнение популяции совпадающими кандидатными
уравнениями (возможно и неоптимальными), как это часто принимается в тео­
рии эволюционной оптимизации, а появление в популяции особи, соответству­
ющей дифференциальному уравнению с минимальной ошибкой моделирования
системы. Вопрос сходимости детально исследован для генетических алгорит­
мов с хромосомами конечной длины, мы можем обобщить кодировку особи на
последовательности бинарных значений длины 𝑁 , равной числу всех возмож­
ных слагаемых в уравнении. Значение 1 соответствует наличию слагаемого в
уравнении, а 0 - отсутствию. При 𝑡 −→ inf вероятность получить оптимальное
 25

уравнение стремится к 1, однако это не даёт точных оценок времени работы

алгоритма, мы можем говорить лишь о вероятностях получения искомых кан­
дидатов. Дальнейший анализ проводится с точки зрения цепи Маркова, где за
состояния принимаются популяции, созданные алгоритмом: рассматривается
вероятность получения популяции, содержащей оптимальное уравнение. Полу­
ченное оптимальное уравнение не может быть потеряно в ходе эволюции: из-за
оператора элитизма подобный кандидат не может быть изменён, а минимальное
значение функционала ошибки гарантирует, что он не будет удалён в процессе
ограничения размера популяции.
Возможность получения оптимального дифференциального уравне­
ния обеспечивается сочетанием разведывательной и эксплуатационной
(exploration/expolitation trade-off) способности алгоритма: разведывательная
способность обеспечивается при помощи основного оператора мутации, в то
время как эксплуатационная (уточнение структуры особи с низким значением
минимизируемого функционала) - за счёт оператора мутации, заменяющего
неактивные слагаемые уравнения, и оператора кроссовера.
Третья глава посвящена деталям использования многокритериальной
оптимизации для задач построения моделей динамических систем в форме си­
стем дифференциальных уравнений.
В существующих решениях, системы обыкновенных дифференциальных
уравнений и уравнений в частных производных обычно находятся в векторной
форме, то есть методы поиска одиночного уравнения применяются к вектор­
ным переменным, или предусматривают построение каждого уравнения систе­
мы независимо, последовательно аппроксимируя временную динамику каждой
компоненты для каждой зависимой переменной. Такой подход ограничивает
тип и форму получаемых систем и не может соответствовать многим реальным
системам.
Рассмотрим систему из 𝑘-зависимых переменных u = (𝑢1 , ... , 𝑢𝑘 ), для
которых получается система из 𝑘 - уравнений, имеющая вид:
⎧
⎪
⎨ 𝐿1 (u) = 0
𝑆(⃗𝑢) = ... (13)
⎪
⎩
𝐿𝑘 (u) = 0
 26

В уравнении (13) одиночный оператор 𝐿𝑖 ∈ 𝐸𝑞 представляет дифферен­

циальное уравнение системы, сводимое к структуре из соотношения (2), 𝐸𝑞 –
множество всех возможных уравнений, которые можно получить с помощью
данного алгоритма. Поскольку соотношения в (13) является системой, предпо­
лагается, что все уравнения выполняются одновременно. Как и в случае эволю­
ционного определения одиночного уравнения, оптимизационная задача ставит­
ся с точки зрения минимизации невязки оператора или несоответствия решения
предложенного уравнения входным данным.
Приложение многокритериальной постановки задачи даёт возможность
настраивать обнаруженную систему в зависимости от предпочтений исследова­
теля. Например, для некоторых приложений точность воспроизведения данных
менее важна, чем сложность уравнения, или предполагается высокая степень
зашумления данных, и в определённых структурах нужно выделить часть, опи­
сывающую основную динамику системы. Для других процессов акцент ставится
на качестве предсказания на основе решения дифференциального уравнения, и
не так важна понятность модели. Первую группу критериев мы определим как
«метрики качества». Для заданного уравнения 𝐿 подобной метрикой качества
является норма воспроизведения данных, которая представляется в виде (14).

𝑖=𝑀
∑︁
𝑄(𝐿𝑗 ) = ||𝐿𝑗 (⃗𝑢𝑖 )|| (14)
𝑖=1

Вторую группу критериев мы называем «сложностью». Для данного со­

отношения 𝐿 метрика сложности связана с количеством активных (принадле­
жащих слагаемым с ненулевыми коэффициентами) токенов внутри уравнения,
которое обозначается как #(𝐿).

(𝐿𝑗 ) = #(𝐿𝑗 ) (15)

В работе [6] было рассмотрено, что путём изменения параметров алго­

ритма определения дифференциального уравнения (в основном постоянной
разреженности оператора LASSO), мы можем изменить компромисс между
качеством и сложностью в создаваемых уравнениях. Задача оптимизации в
пространстве, заданном метрикой качества и сложности уравнений, решает­
ся эволюционным алгоритмом, основанным на доминировании и разложении
(MOEA/DD).
 27

В этом эволюционном процессе кандидатные решения соответствуют си­

стемам дифференциальных уравнений. Кодирование работает следующим об­
разом: в дополнение к рассмотренным ранее графам, соответствующие отдель­
ным уравнениям системы, в хромосому включаются постоянные разреженности
для каждого уравнения: они объединяются в вектор (𝜆1 , 𝜆2 , ..., 𝜆𝑛_𝑒𝑞 , 𝜆𝑖 ∈ 𝑅+ ).
Мотивация этого представления основана на наблюдении, что при заданных ги­
перпараметрах алгоритм поиска уравнения сходятся к решению (или решениям,
если одно частное решение соответствует нескольким уравнениям), определён­
ному входными данными.
На начальном этапе эволюции, в соответствии со стандартным подходом,
предложенным алгоритмом MOEA/DD, мы должны оценить наилучшее дости­
жимое значение для каждой из оптимизируемых функций. Для метрики слож­
ности целесообразно установить значение 0, а для качество представления про­
цесса (L2 норма вектора ошибки в узлах сетки) такое же предположение мож­
но сделать лишь в определенной степени: возможный стохастический харак­
тер процессов или шумы, присутствующие в измерениях, ограничивают дости­
жимое качество. Поэтому можно провести тестовый прогон алгоритма поиска
уравнений, чтобы получить приближенно наилучшее качество решения. Далее,
чтобы начать эволюционный поиск, мы генерируем популяцию решений, нахо­
дя системы со случайными постоянными разреженности, и делим пространство
поиска на секции по векторам весов. С помощью механизма весов алгоритм со­
храняет разнообразие в популяции и распределяет кандидатные решения по
множеству Парето.
В эволюционном алгоритме многокритериальной оптимизации для значе­
ний метапараметров, определяющих структуру уравнений используются тра­
диционные методы изменчивости: операторы мутации и рекомбинации (крос­
совера). Оператор мутации включает изменение гена, содержащего параметр
построения уравнения, на приращение из нормального распределения 𝒩 (0, 𝜎)
с заранее заданной вероятностью 𝑝𝑚𝑢𝑡 ∈ (0, 1), как в уравнении (16).

(𝜆1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′1 , 𝜆′2 , ... , 𝜆′𝑛_𝑒𝑞 )

𝑝𝑖 ∼ 𝑈 (0,1)
(16)
if 𝑝𝑖 < 𝑝𝑚𝑢𝑡 then 𝜆′𝑖 = 𝜆𝑖 + 𝛿, 𝛿 ∼ 𝒩 (0, 𝜎)
else 𝜆′𝑖 = 𝜆𝑖
 28

Оператор рекомбинации предполагает создание новых особей с использо­

ванием выбранных родителей. Потомки должны обладать характеристиками,
напоминающими обоих родителей, что реализуется подбором значений генов
потомков в диапазоне между их родителями: новые значения параметров для
каждого гена в хромосомах потомков выбираются как взвешенная сумма их
родительские, имеющие коэффициент 𝛼 ∈ 𝑈 (0, 1). Схема рекомбинации систем
показана в уравнении (17).

(𝜆11 , 𝜆12 , ... , 𝜆1𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′1 ′1 ′1

1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 )
(𝜆21 , 𝜆22 , ... , 𝜆2𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′2 ′2 ′2
1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 )
𝑝𝑖 ∼ 𝑈 (0,1) (17)
if 𝑝𝑖 < 𝑝𝑥𝑜𝑣𝑒𝑟 then 𝜆′1 1
𝑖 = 𝛼 · 𝜆𝑖 + (1 − 𝛼) · 𝜆𝑖
2

else 𝜆′1 1 ′2
𝑖 = 𝜆𝑖 , 𝜆𝑖 = 𝜆𝑖
2

Выбор родительских особей для кроссовера проводится для каждой обла­

сти пространства целевой функции, определяемой векторами весов. С заданной
вероятностью для сохранения разнообразия в выборе родителей мы можем вы­
брать особь вне обрабатываемого подрегиона для участия в рекомбинации. В
другом случае, если в секторе, соотнесённом с весовым вектором, есть реше­
ния-кандидаты, мы делаем выборку среди них. Эволюция графовых структур,
соответствующих уравнениями, происходит по схемам, как в однокритериаль­
ном эволюционном алгоритме. Завершающим элементом MOEA/DD является
процедура обновления популяции.
В четвёртой главе приведены результаты валидации алгоритма на син­
тетических и реальных данных.
Приведены результаты валидации алгоритма на синтетических данных:
в качестве входных данных для алгоритма использовались решения заранее
известных дифференциальных уравнений. Полученное в таком случае частное
решение дифференциального уравнения имитирует доступное для наблюдателя
проявление моделируемой системы. Валидация проводилась на обыкновенных
дифференциальных уравнениях, включая нелинейные и высоких порядков, и
уравнениях в частных производных: уравнении теплопроводности, волновом,
Бюргерса, Кортевега-де Фриза, а также стационарные случаи (уравнение Пуас­
сона). Для иллюстрации работы алгоритма на входных данных с разным уров­
нем внесённого шума на таблице (2) приведены результаты построения урав­
 29

Рисунок 2 — Схема эволюционного алгоритма построения системы

дифференциальных уравнений на основе многокритериальной оптимизации.

нений (волнового, Бюргерса, солитонного решения Кортевега-де Фриза), оце­

ненные при помощи доли успешных запусков среди 20 независимых запусков.
Запуски проводились при достаточном числе итераций для обеспечения сходи­
мости алгоритма, для подготовки данных использовалось ядерное сглаживание
и вычисление производных при помощи полиномов Чебышева.
 30

Таблица 2 — Доля успешных поисков уравнений (%) при помощи

однокритериального алгоритма в зависимости от шума во входных
синтетических данных

Уровень шума Волновое ур. Ур. Бюргерса Ур. Кортевега-де Фриза

0 100 100 100
1.0 100 90 65
2.5 100 75 5
5.0 85 20 0
7.5 35 0 0
10.0 0 0 0
15.0 0 0 0

Можно отметить, что при обработке зашумлённых данных однокритери­

альный алгоритм имеет проблемы с определением корректных уравнений слож­
ной структуры. Вопрос повышения качества определения дифференциальных
уравнений при помощи многокритериального эволюционного алгоритма рас­
смотрен в следующей главе.
Особое внимание в исследовании было отведено апробации подхода к поис­
ку уравнений, описывающих реальные системы. Был поставлен эксперимент по
определению уравнения, описывающего динамику температуры в среде вокруг
проволоки-нагревателя. В теории, для процесса применимо уравнение теплопро­
водности в полярных координатах. Были исследованы два случая различных
сред: в первой процесс распространения тепла имеет диффузионную природу,
в то время как во второй присутствует конвекция. Уравнения, описывающие
диффузионное распространение тепла, имеют структуру (18) в которой 𝛼 ∈ R
- постоянная. Первичный эксперимент был совершён на синтетических данных
и были получены результаты (3). 𝜖 соответствует пренебрежимо малой вели­
чине, соответствующей машинной погрешности вычислений.

1 𝜕𝑢 𝜕 2 𝑢 𝜕𝑢
𝛼 +𝛼 2 = (18)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑡
Полученные по экспериментальным данным (10 независимых эксперимен­
тов) уравнения теплопроводности без конвекции можно описать при помощи со­
отношения (19), что соотносится с ожидаемыми значениями параметров. Неточ­
 31

2
1 𝜕𝑢 𝜕 𝑢 𝜕𝑢
Уровень шума 𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟2 𝜕𝑡 C
−7 −7
0 (1.5 ± 𝜖) · 10 (1.54 ± 𝜖) · 10 1 𝜖
−7 −7
0.1 (1.51 ± 𝜖) · 10 (1.53 ± 𝜖) · 10 1 𝜖
−7 −7
0.3 (1.4 ± 0.3) · 10 (1.5 ± 0.21) · 10 1 0.0023 ± 0.005
−7 −7
0.5 (1.45 ± 0.5) · 10 (1.5 ± 0.21) · 10 1 0.05 ± 0.026
−7 −7
0.7 (1.4 ± 0.7) · 10 (1.3 ± 0.4) · 10 1 0.1 ± 0.053
−7 −7
1 (1.3 ± 0.3) · 10 (1.1 ± 0.7) · 10 1 0.3 ± 0.1
Таблица 3 — Полученные коэффициенты перед слагаемыми уравнения
теплопроводности в цилиндрических координатах. Коэффициенты
нормализованы так, что перед слагаемым с 𝜕𝑢 𝜕𝑡 коэффициент - единица. 𝐶 -
соответствует свободному слагаемому.

ность в значениях коэффициентов связана с различными аппроксимациями

входных данных при помощи нейронных сетей.

−8 1 𝜕𝑢 −8 𝜕
2
𝑢 (︀ −8
)︀ 𝜕𝑢
(9.4 ± 0.11) · 10 + (9.423 ± 0.04) · 10 + 𝜖 ± 0.01 · 10 = (19)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟2 𝜕𝑡

Уравнение конвекции содержит в своей структуре неизмеренное (в общем

случае мы принимаем, что и неизмеримое) поле скорости. Классические методы
решения обратных задач не позволяют получить его в точной (аналитической)
форме, так что для её представления использовалась параметрическая функция
- произведение полиномов, зависящих от радиуса от нагревателя и времени.
Алгоритм определил структуру уравнения, как на соотношении (20), где 𝑣2 -
параметризованное поле скорости среды, что соответствует ожидаемой.
2
1 𝜕𝑢
−8 −9 𝜕 𝑢 𝜕𝑢 𝜕𝑢
4.1 · 10 · + 5.8 · 10 · 2 + 𝑣2 = (20)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑡
Валидация метода определения систем дифференциальных уравнений бы­
ла проведена на обыкновенных дифференциальных уравнениях и на уравне­
ниях в частных производных. Первый эксперимент был посвящён восстановле­
нию системы уравнений, описывающих модель Лотки-Вольтерра (систему “хищ­
ник-жертва”) и системы уравнений, определяющих осциллятор Лоренца. Ниже
приведены результаты, отражающие долю успешных запусков, когда желаемое
уравнение находилось на множестве Парето полученных кандидатных уравне­
ний.
 32

Таблица 4 — Доля успешных поисков систем уравнений 𝑅(%) и ошибка

моделирования (MAPE) в зависимости от шума во входных синтетических
данных

Модель Лотки-Вольтерра Модель Лоренца

Уровень шума, % 𝑅, % 𝑀 𝐴𝑃 𝐸 𝑅, % 𝑀 𝐴𝑃 𝐸
0 100 0.42 100 1.5
0.5 100 2.7 100 4.1
1.0 90 17 70 37
2.5 70 38 30 42
5.0 15 88 5 93

Результаты экспериментов по восстановлению систем дифференциальных

уравнений на основе данных приведены на таблице (4), где запуски алгоритма
оценивались по метрике MAPE (21) на тестировочном интервале, где оценива­
ется относительное отклонение предсказания 𝑓𝑖𝑝𝑟𝑒𝑑 от фактического значения
𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡 . Нужно отметить, что даже в случае некорректно определённых уравне­
ний значение MAPE не превышает 100%, так как алгоритм получает уравнения,
решения которых сходится к нулевым. Пример подобного воспроизведённого
уравнения представлен на рисунке (3).
𝑛
100 ∑︁ 𝑓𝑖𝑝𝑟𝑒𝑑 − 𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡
𝑀 𝐴𝑃 𝐸 = | 𝑓 𝑎𝑐𝑡
| (21)
𝑛 𝑖=0 𝑓𝑖
В рамках исследовательской работы был проведён анализ зависимости
корректности определения одиночных дифференциальных уравнения при по­
мощи эволюционного алгоритма многокритериальной оптимизации по данным
от уровня зашумленности данных в сравнении с подходом SINDy, основанным
на разреженной регрессии. Были выбраны синтетические данные, представляю­
щие осциллятор Ван дер Поля, систему Лотка-Вольтерра, и решение уравнения
в частных производных: Бюргерса и Кортевега-де Фриза. Пример результатов
экспериментов для уравнения Бюргерса представлен на таблице (5).
Можно определить, что как и в иных сценариях алгоритм корректно опре­
деляет структуру на данных с низким уровнем шума. При понижении качества
данных воспроизводится лишь часть динамики: например, для уравнения Бюр­
герса при высоких уровнях шума даже в тех уравнениях, где определены сла­
 33

Рисунок 3 — Пример предсказания состояния системы Лотки-Вольтерра на

основе полученных по данным уравнений.

Таблица 5 — Статистика включения корректного слагаемого в структуру

уравнения Бюргерса и соответствующие корректно-определённым слагаемым
коэффициенты для различных уровней шума во входных данаых. Сокращение
ист. обозначает структуру управления, по которому получали данные
EPDE
SINDy
NL, % 𝑢′𝑡 𝑢′′
𝑥𝑥 𝑢𝑢′𝑥
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 ист. 𝑢′𝑡 = 0.1𝑢′′ ′
𝑥𝑥 − 𝑢𝑢𝑥
0 100 1.001 ± 0 100 0.106 ± 0.0 100 −0.997 ± 0.0 𝑢′𝑡 = 0.1𝑢′′ ′
𝑥𝑥 − 1.001𝑢𝑢𝑥
1 90 0.830 ± 0.218 60 0.053 ± 0.002 10 −0.980 ± 0.0 𝑢′𝑡 = −0.248𝑢′𝑥 − 0.292𝑢𝑢′𝑥
2.5 80 0.599 ± 0.158 50 0.018 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = −0.265𝑢′𝑥 − 0.229𝑢𝑢′𝑥
5 100 0.674 ± 0.139 20 −0.012 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = −0.001𝑢𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 − 0.825𝑢𝑢𝑥
10 100 0.674 ± 0.103 40 0.004 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = 0.133𝑢𝑢′′
𝑥𝑥

гаемые с 𝑢′𝑡 и 𝑢′′𝑥𝑥 , слагаемое 𝑢𝑢′𝑥 заменяется на конструкции из других токенов,

что ведёт к ошибочным значениям коэффициентов.
Даже при такой достаточно низкой пороговой величине шума, алгоритм
показывает себя лучше, чем wSINDy с точки зрения сходимости: EPDE позво­
ляло на ряде запусков получать корректные структуры уравнений, в то время
как метод на основе разреженной регрессии теряет возможность определения
уравнения в экспериментах даже с уровнем шума около 1%. Однако, ценой по­
добного улучшения качества получения уравнений является повышенная вычис­
лительная сложность. При эволюционном поиске происходит увеличение затрат
времени более, чем в 102 раз (порядок минут на используемом наборе данных)
при фильтрации Савицкого-Голая на основе полиномов Чебышева для подготов­
 34

кой данных, и примерно в 103 (до порядков десятков минут) с использованием

ИНС.
В заключении приведены основные результаты работы.
При выполнении диссертационного исследования было предложено реше­
ние существующим проблемам и противоречиям в области обучения модели в
форме дифференциальных уравнений. Метод на основе эволюционной оптими­
зации не ставит жёсткие ограничения на структуры определяемых уравнений
и, соответственно, может быть применён в более широком классе задач.
В результате диссертационного исследования:
1. Исследовано современное состояние области методов получения струк­
туры и коэффициентов моделей в форме дифференциальных уравне­
ний и выдвинута гипотеза, что задача символьной регрессии по расши­
ренной библиотеке слагаемых может быть заменена на более гибкий
эволюционный алгоритм;
2. Разработан метод и реализующий его алгоритм обучения модели в фор­
ме дифференциальных уравнений с неизвестными структурой и коэф­
фициентами на основе эволюционных алгоритмов оптимизации и мето­
да численного решения начально-краевых задач физически-обоснован­
ными нейронными сетями (PINN) для вычисления функции приспособ­
ленности.
3. Разработан метод и реализующий его алгоритм обучения моделей в
форме систем обыкновенных дифференциальных уравнений и уравне­
ний в частных производных на основе алгоритма многокритериальной
эволюционной оптимизации с независимым обучением структуры и ко­
эффициентов модели для каждого из уравнений системы с учетом воз­
можности задания критериев точности относительно наблюдаемых па­
раметров динамических систем и структурной сложности модели, кото­
рый не ограничивает системы формой векторных уравнений и который
можно распространить на задачи обучения модели в форме одиночного
дифференциального уравнения для унификации метода и улучшения
сходимости эволюционного алгоритма.
4. Проведена валидация разработанных методов на синтетических и ре­
альных данных, отражающих широкий класс дифференциальных урав­
нений. В частности на бенчмарках, принятых в сообществе: обыкно­
 35

венных дифференциальных уравнениях (нелинейных, неоднородных),

уравнений в частных производных второго порядка (гиперболические,
параболические, эллиптические) и третьего порядка (на примере соли­
тонного и неоднородного случая уравнения Кортевега-де Фриза). Так­
же были рассмотрены системы ОДУ (система Лотка-Вольтерра и Ло­
ренца) и система уравнений в частных производных на примере урав­
нений Навье-Стокса. Также, проведено исследование элементов мето­
да обучения модели в форме дифференциальных уравнений: исполь­
зуемой в эволюционной оптимизации функции приспособленности кан­
дидатных дифференциальных уравнений, методов устойчивого диффе­
ренцирования.
Метод обучения модели в форме дифференциальных уравнений (как
обыкновенных, так и в частных производных) позволяет повысить точ­
ность определения структуры (SHD) на уравнениях-бенчмарках от 20
% (уравнение Бюргерса) до 5 раз (400 %) (уравнение Кортевега – де
Фриза) со средним значением прироста точности по всем бенчмаркам
в 2 раза (100 %) и увеличить робастность обучения, в виде максималь­
ной дисперсии шума, с 0.5 % (у ближайшего конкурента) до 10 % (для
разработанного метода) , при которой может быть получена структура
уравнения с точностью не менее 50%.
Метод обучения модели в форме системы дифференциальных уравне­
ний позволяет повысить точность определения структуры (SHD) на
уравнениях-бенчмарках на рассмотренных системах до 70 % в зависи­
мости от уровня шума и повысить робастность обучения в виде мак­
симальной дисперсии шума с 2.5 % (у ближайшего конкурента) до 8
% (для разработанного метода) для систем первого порядка и с 0 %
(у ближайшего конкурента) до 5 % (для разработанного метода) для
систем второго и выше порядков, при которой может быть получена
структура уравнения с точностью не менее 50%.
Дальнейшее развитие области диссертационного исследования может
быть связано с обучением моделей в форме стохастических дифференциальных
уравнений, а также с добавлением оператора интегрирования, который позво­
лит идентифицировать по данным интегро-дифференциальные уравнения. От­
дельным вопросом является дальнейшее улучшение шумоустойчивости алгорит­
 36

ма как за счёт инструментов дифференцирования, так и за счёт адаптирован­

ных операций разреживания структуры уравнения, вычисления коэффициен­
тов и оценки его приспособленности.
 37

Synopsis

Relevance of the research topic. Currently, in various fields of science

there is a demand for machine learning methods that can obtain compact but
information-intensive models. In particular, solving problem for the processes
described in the form of dynamic systems require new, case-specific machine learning
approaches due to being a common and traditionally troublesome problem in
machine learning. To build models of dynamic systems, models in the form of
differential equations are traditionally used, allowing not only to analyze the current
state of a dynamic system and predict changes in it over a certain interval, but also
to generalize knowledge about it - to determine fundamental laws and describe
them in the form of interpretable mathematical models, in including in the form
of systems of differential equations. Classical methods for constructing models of
dynamic systems in the form of differential equations and their systems are based
on the use of the apparatus of functional analysis and the principles of the calculus
of variations and conservation laws that describe the properties of the phenomenon
under study. Such an approach, in addition to having limited applicability for
unstudied objects for which no analytical model has been developed, imposes
requirements on the qualifications of the researcher and the degree of proficiency
in mathematical apparatus. In cases where it is impossible to use classical methods
(for example, there is no understanding of the nature of the factors acting on a
dynamic system), the state of the system can still be reproduced based on arrays of
observations, obtaining a model using machine learning methods. The use of data­
based methods that learn and search for equations through trial and error makes
it possible to simulate the cognitive activity of a specialist in subject areas where
models based on differential equations are used.
The use of already existing approaches developed in solving inverse problems
of mathematical physics, and the direction of identifying models of dynamic systems
from data developed within the framework of control theory, is permissible only in
the case when information about the nature of the dynamic system, in particular
the analytical form, is fully known (although, possibly with empirically selected
parameters) of the action functional or when a dynamic analogy for control theory
problems is known. The descriptive abilities of classical approaches are limited,
 38

among other things, by the number of known variational principles and dynamic
analogies, and therefore the range of models that can be obtained by these methods
is limited. Modern methods for determining the structure of a model in the form
of differential equations from data are characterized by increased flexibility and the
range of considered model structures in the form of differential equations (both
ordinary and partial derivatives) and their systems, however, the need to specify
a significant number of parameters in conjunction with a set of restrictions to the
structure of the desired differential equation often lead to the problem of searching
in a high-dimensional space containing all possible structures of the differential
equation model. The discovery of differential equations (SINDy, PDE-Net, etc.) is
largely limited in its uses to applied problems by the lack of universality of the
corresponding tools.
The high computational complexity of the naive approach, in which all possible
structures of differential equations composed of a limited set of elementary functions
are considered to describe the process under study, leads to the need to use
brute-force elimination methods. In the problem of symbolic regression, which also
involves the construction of symbolic models of processes, albeit in the form of
algebraic expressions, a common approach for reducing the search space is genetic
algorithms that optimize the expression as a computation graph. When applying
genetic algorithms to the problem of finding the structure of a calculation graph for
differential equations, optimization of the graph corresponding to the equation in the
absence of restrictions on the structure leads to overfitting, which in the model space
corresponds to a cumbersome equation that cannot be interpreted by an expert. The
task of obtaining a calculation graph and its parameters (for example, sometimes it
is convenient to consider the nodes of the graph as parameterized functions to reduce
the dimension of the problem, and it is also convenient to separately consider the
numerical coefficients in front of the terms as node parameters) we will call the
problem of learning a model in the form of differential equations. This study is
devoted to solving the problem of learning from model data in the form of differential
equations with an unknown structure and uncertain coefficients, where the desired
equation structure is learned using an evolutionary optimization algorithm in the
space of elementary operations (for example, differentiation operations with respect
to a given variable), which has a smaller dimension than the classical space of all
 39

possible terms, while due to the developed optimization algorithm, retraining of the
equation structure is avoided to allow expert interpretation of the process.
Object of the research - machine learning models in the form of differential
equations with unknown structure and coefficients.
Subject of the research are methods of training models on data in the form
of differential equations with unknown structure and coefficients.
Research objective of the work is to improve the quality 2 of equation
structure and coefficient detection, using machine learning models in the form
of differential equations by conducting the optimization in wide search space
(which consists of combinations of tokens - elementary operations, for example,
differentiation operations to a given order or functions from the grid) with the
development of an evolutionary algorithm for effective searching for the model’s
structure in a selected high-dimensional token space and using physics-based neural
networks (PINNs) to compute the model’s fitness function.
To achieve the set goal, it was necessary to solve the following
Research tasks::
1. Justify the requirements and direction of research based on an analytical
review of modern methods for teaching the structure and coefficients of
models in the form of differential equations.
2. Develop a method and algorithm for training a model in the form of a
differential equation (both ordinary and partial derivatives) corresponding
to the observed state of the dynamic system.
3. Develop a method and algorithm for training a model in the form of a
system of differential equations (both ordinary and partial derivatives),
based on multiobjective optimization.
4. Validate the developed algorithms on experimental studies of their quality
on benchmarks recognized by the international community, and on the basis
of the observed states of dynamic systems describing real data, as well as
comparisons with the closest analogues.
1. The method and the algorithm that implements it for training a
model in the form of differential equations with unknown structure and
coefficients based on evolutionary optimization algorithms and the method
2
The quality of measurement is assessed with metrics of obtained structures and coefficients accuracy, and the
robustness of obtaining the structures and the coefficients on noisy data. The assessment of the quality of the DE
structure detection is held with the Structural Hamming distance (SHD) between string representations.
 40

of numerically solving initial-boundary value problems using physics- based

neural networks (PINN) to calculate the fitness function.
2. The method and the algorithm that implements it for training models in
the form of systems of ordinary differential equations and partial differential
equations based on a multiobjective evolutionary optimization algorithm
with independent training of the structure and coefficients of the model
for each of the system equations, taking into account the possibility of
specifying accuracy criteria relative to the observed parameters of dynamic
systems and structural complexity of the model.
Scientific novelty: The main feature of the presented work is that for the
first time a method was proposed for training a model in the form of differential
equations from data based on an evolutionary optimization algorithm, which allows
the use of a priori knowledge about the dynamic system under study (in the form
of a set of initial tokens). This method makes it possible to reproduce elements of
the cognitive activity of a theoretical researcher who, based on experimental data,
forms hypotheses about the form of representation of fundamental laws in the form
of differential equations.
Theoretical significance is determined by the fact that the proposed
methods make it possible to reduce the problem of constructing models in the form of
differential equations to a formulation familiar to machine learning (in the presence
of data in the form of observable characteristics of dynamic systems). That is, the
results obtained in the work expand the arsenal of models used in machine learning
problems, including models in the form of differential equations and their systems,
thereby expanding the theoretical class of problems solved by automatic machine
learning methods.
Practical significance of the work performed is that the developed model
training algorithm in the form of differential equations corresponding to the
measurement data, describing dynamic system, can be used in applied problems
to build interpretable machine learning models based on data sets about the
states of a dynamic system. The tool was used in experiments to determine
models for simulating problems in applied areas: heat-mass exchange (modeling
plasma dynamics, temperature in a continuous medium), oceanology (modeling
ocean ice), robotics (reproducing the dynamics of a soft active medium, soft
active matter). As part of the research, an open source library EPDE was created
 41

(https://github.com/ITMO-NSS-team/EPDE), which includes the functionality of

the developed algorithm combined with auxiliary tools.
The degree of reliability of the work of the obtained results is ensured
by the correct formulation of the problem, the use of mathematical approaches to
develop a teaching method in the form of differential equations and the experimental
study of its constituent elements, primarily the procedures for preparing data and
assessing the quality of differential equations obtained in the learning process.
Validation was carried out, which tested the ability of the algorithm to determine
fundamental laws and their corresponding differential equations on synthetic data
and on data describing real phenomena. A comparison was also made with
alternative approaches to obtaining machine learning models in the form of
differential equations.
Compliance with specialty passport 1.2.1:
– p. 5. Methods and technologies for searching, acquiring and using knowledge
and patterns, including empirical ones, in artificial intelligence systems. -
in terms of creating methods and algorithms for learning the structure and
parameters of machine learning models in the form of differential equations
on data.
Training a model in the form of differential equations using the proposed
method allows the use of expert knowledge of different levels when
introducing restrictions on the structure of the equations and the direction
of the search performed during evolutionary optimization.
– p. 16. Research in the field of special optimization methods, problems
of complexity and elimination of enumeration, dimension reduction. - in
terms of the development of evolutionary optimization algorithms as a
method of eliminating bruite-force methods in the problem of constructing
a differential equation and using a reduced-dimensional space consisting of
elementary functions. The use of an optimization algorithm in the problem
of training a model in the form of differential equations from data allows us
to get rid of the need to enumerate all combinations of elements from the
set of admissible functions when constructing a structure.
Implementation of the results of the work: The results of the
dissertation work were partially funded by the Ministry of Science and Higher
Education of the Russian Federation within the framework of the project “Methods
 42

and algorithms for generating composite AI models taking into account a

priori knowledge of the subject area” (FSER-2021-0012), partially funded and
implemented as part of the implementation program of the research center in the
field of artificial intelligence “Strong artificial intelligence in industry” in order to
achieve the result of the federal project “Artificial Intelligence” of the national
program “Digital Economy of the Russian Federation”, agreement No. 70-2021-00141
dated 11/02/2021.
Approbation of the work. The main results obtained during the
development of the work were presented at the following scientific conferences:
GECCO 2020 (The Genetic and Evolutionary Computation Conference, Cancun,
Mexico) (CORE A rank), 13th The Majorov International Conference on Software
Engineering and Computer Systems (MICSECS 2021, St. Petersburg), IEEE
Congress on Evolutionary Computation (CEC 2021, Krakow, Poland) (CORE
B rank), OL2A: International Conference on Optimization, Learning Algorithms
and Applications 2021 (Braganca, Portugal), IEEE Congress on Evolutionary
Computation, CEC 2022 (Padua, Italy) (CORE B rank), GECCO 2023 (The Genetic
and Evolutionary Computation Conference, Lisbon (hybrid format), Portugal)
(CORE A rank), AI4Science workshop of the NeurIPS2023 conference (CORE A*
rank).
Individual contribution. The author personally justified the direction of
research based on an analytical review of existing modern methods for obtaining
the structure and coefficients of differential equations from data. Based on the
analysis and assumptions about the formulation of practical problems, methods were
proposed for defense, and corresponding algorithms were developed. The author
implemented a genetic algorithm for model learning in the form of a differential
equation in [1]. For work [2], the author implemented a string representation of
candidate individuals and conducted a study of the effectiveness of the approach.
In articles [3, 8], the author developed the concept of training models in the form
of differential equations from data, and validated the implemented approach on
synthetic data sets. The author has developed a software package containing the
presented method and adapted to the specifics of practical problems in modeling
dynamic systems from data. In [4], the author tested the proposed method on
hydrometeorological reanalysis data. In [5], the author explored the applicability
of the approach in the concept of modeling based on generalized graph models. In
 43

[6], the author analyzed the applicability of the fitness function based on methods for
automatically solving differential equations. The author has prepared the algorithmic
and software side (interface) for using a complex for solving differential equations
based on optimization methods. For work [7], the author developed a method for
training models in the form of single differential equations based on multicriteria
evolutionary optimization, and conducted experiments validating the effectiveness
of the method. In preparing the work [9], the author participated in the development
of the method and the algorithm that implements it for training models in the form
of systems of differential equations from data based on multicriteria optimization.
In [10], the author prepared a block of methods for training models in the form of
differential equations within the framework of computationally efficient construction
of machine learning models based on evolutionary algorithms. For the research in
article [12], the author prepared a software package and performed a series of data
processing experiments for use in an algorithm for training models in the form of
differential equations.
Publications. The main results on the topic of the dissertation are presented
in 11 publications, of which 7 — in abstracts of reports [1—7] and 4 in journals
indexed in the SCOPUS system: [8—11].

CONTENT

The introduction substantiates the relevance of the topic of the dissertation

work and the research carried out within its framework, formulates the goal and
tasks of the work, substantiates the scientific novelty and practical significance of
the presented work.
The first chapter is devoted to a literature review of data-driven methods
for deriving differential equations. Modern machine learning methods strive for
the interpretability of the results obtained, and since many physical processes are
described using differential equations, the analysis of which allows us to understand
the nature of the reproducible system, the task of searching for such models has
become widespread in modern research devoted to artificial intelligence.
 44

The first class of approaches is based on the application of sparse regression

(LASSO operator) to predetermined libraries of terms - predictors, on the basis of
which an approximation of time dynamics is compiled (in the practical applications,
the first derivative of the modeled variable is taken). The structure of the minimized
functional includes the l1-norm of the vector of coefficients of the equation, which
makes it possible to filter the terms of the input library, leaving only those that
have a significant contribution to the time dynamics. The main disadvantage of this
method is the limited nature of the resulting structures (only first-order equations
in time can be obtained) and the requirement for compiling libraries of terms. The
mechanism cannot take into account nonlinear components of differential equations,
except those that were explicitly specified when the algorithm was initialized. Also,
the heterogeneity of the equation must be presented explicitly in the library of terms.
The symbolic regression method allows obtaining differential equations in
arbitrary form, representing the expression with computational graphs. During the
optimization process, the equation is represented as a tree graph; the leaves are
inputs, for example, dependent and independent variables. Various mathematical
operators, for example, the differentiation operator, are taken as intermediate
and root nodes for the structure describing differential equations. To search for
equation structures, an evolutionary graph optimization algorithm is used, which
is carried out on the basis of maximizing the lower limit of evidence (ELBO).
Despite the fact that the algorithm allows you to obtain equations of any structure
(nonlinear, inhomogeneous, high orders), it is prone to overtraining and construction
of equations that do not sufficiently generalize the reproducible process, describing
the data with their noise component, and not the physical process that generates
them. Also, the search space for graphs in the absence of restrictions on the structure
turns out to be too wide, which worsens the convergence of the algorithm.
Artificial neural networks represent the third class of data-driven methods for
obtaining differential equations. A number of works consider the construction of an
approximation of time dynamics using convolutional layers, which reproduce spatial
derivatives and make it possible to obtain nonlinear terms of the desired equation.
An alternative approach aims to represent a process using function approximation
- solving an equation using a neural network. Physics-based neural networks allow
two modes of operation: solving known equations, that is, searching for a neural
network that matches the given equation operators and initial/boundary conditions.
 45

The second mode of operation involves obtaining new equations from data, or
determining the parameters of already known physical laws (the inverse problem),
including unknown coefficients in the form of real numbers.
The second chapter is devoted to the developed method for describing
dynamic systems using data-driven models in the form of differential equations:
ordinary differential equations in the case of one-dimensional data (time series),
or partial differential equations when operating multidimensional space-time data
data. For the system under study, it is assumed that the unknown dynamics in the
Ω region are determined in analytical form using a certain relation (22) containing
derivatives of the modeled dependent variable 𝑢 with respect to the variables 𝑡 (time)
and with respect to variables 𝑥1 , ... 𝑥𝑘 - spatial variables that make up the vector
x. We can generalize the statement by establishing the assumption that the order of
partial derivatives is unknown. Next, we will consider that derivatives of high orders
are determined with a significant error, therefore the developed approach is best
applicable to differential equations of orders no higher than 3. By 𝐺𝑢 we mean the
operator of initial/boundary conditions defined along the edges Γ(·) of the simulated
region Ω on the time interval [0, 𝑇 ].
⎧
⎨𝐿𝑢 = 𝐹 (𝑢, 𝜕𝑢 , 𝜕𝑢 , ..., 𝜕𝑢 , 𝜕 2 𝑢2 , 𝜕 2 𝑢2 , ... , 𝜕 2 𝑢 , ... ) = 0;
𝜕𝑥1 𝜕𝑥2 𝜕𝑡 𝜕𝑥1 𝜕𝑥2 𝜕𝑡2
(22)
⎩𝐺𝑢 = 0, 𝑢 ∈ Γ(Ω [0, 𝑇 ]);
×
According to this approach, the (x, y) ∈ Ω measurements of system states
obtained as input data represent a particular solution to an unknown differential
equation. Thus, the task is not to build a model of a separate phenomenon that
reflects a specific manifestation of the system, but to construct an interpretable
generalizing model.
Another requirement for the developed approach was flexibility regarding the
types of equations to be determined: approaches based on the LASSO operator
are designed to obtain an approximation of time dynamics using combinations of
specified functions and partial derivatives of the modeled variable. Such conditions
significantly limit the class of equations to be determined: among second-order
equations, for example, they are able to determine only parabolic equations of
the form 𝑢′𝑡 = 𝐹 (x, 𝑡, 𝑢, 𝑢′x , ...). Neither elliptic nor hyperbolic equations can be
expressed as similar dependencies, which significantly limits the applicability of
 46

the approach in describing systems in a static state, when 𝑢(x, 𝑡) = 𝑢(x), and ,
accordingly 0 = 𝑢′𝑡 = 𝑢′′𝑡𝑡 = ....
To construct differential equations within the framework of the proposed
approach, it is proposed to use an evolutionary optimization algorithm that solves
the problem of constructing the structure of the desired equation. The generative
algorithm assumes the representation of terms based on a set of elements - 𝑎𝑖𝑗 tokens,
the types of which are determined depending on a priori assumptions about the data.
For tokens that describe arbitrary functions of independent variables, the presence
of parameters 𝑎𝑖𝑗 (𝑡, x) = 𝑎𝑖𝑗 (𝑝1 , ... , 𝑝𝑁 , 𝑡, x)) is allowed. For tokens belonging to
𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕 2 𝑢
the set of derivatives of the function {(𝑢, 𝜕𝑥 ,
1 𝜕𝑥2
, ..., 𝜕𝑡 , 𝜕𝑥21 , ...}, the notation 𝑡𝑗 is
introduced.To avoid physically unfounded structures of candidate solutions to the
optimization problem, admissible forms equations considered within the framework
of the algorithm are limited to linear combinations of terms composed of similar
elementary functions, as presented in the formula (23).If the equation contains
parametric tokens, for example, a polynomial function of coordinates, the problem
is expanded to search optimal parameter values.To specify a heterogeneity of the
form 𝑓 (x, 𝑡) ≡ 𝑐𝑜𝑛𝑠𝑡, the free term 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 ∈ R is used.
Obviously, with such a formulation of the problem of constructing differential
equations, researchers must determine in advance the set of tokens from which
differential equations will be composed. The problem of expanding the functionality
of the method to cases where not all elementary functions can be determined a
priori can be solved either using a neural network approximation or in the form of
algebraic expressions in closed form.
∑︀ ∏︀
𝐿′ 𝑢 = 𝑖 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑐𝑖 − 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 = 0 , 𝑐𝑖 = 𝑗 𝑡𝑗 ,
(23)
𝑎𝑖 (𝑡, x) = 𝑎′𝑖 (𝑡, x) · 𝑏𝑖 , 𝑏 ∈ R
Before executing the main part of the evolutionary algorithm, the data
preparation procedure is launched. The main task of the initial stage of the equation
definition process is to compute derivative tensors to represent the corresponding
tokens in the context of the structure of the differential equation. In some cases, it
is possible to determine in the system not only the value of the modeled quantity,
but also its derivatives, which makes such a data preparation procedure redundant.
However, in the general case, we assume that only measurements of the state of the
system are available for research, and derivatives must be calculated based on them.
 47

Due to the fact that the calculation of derivatives based on function values
on a grid is a noise-unstable operation, while measurements of the state of real
physical systems are often characterized by significant errors, a necessary component
of the procedure is the smoothing operation and differentiation methods adapted to
the conditions of the problem. If the values of the derivatives are not accurately
determined, the algorithm may not determine the correct equation governing the
process: in cases of low values of the noise component in the data, a similar effect
manifests itself in deviations of the coefficient values from the expected ones, while
in the case of strong noise, the evolutionary algorithm converges to equations with
incorrect sets terms.
Four alternative approaches were considered as tools for numerical
differentiation of input data:
– finite difference schemes;
– approximation of a function in the interval containing the point for which
the derivative is taken using a polynomial (Chebyshev polynomials) and
analytical calculation of the derivative (Savitsky-Golay filtering);
– spectral methods for calculating derivatives;
– automatic differentiation of the neural network used to approximate the
data.
The operation of reducing noise in the input data is performed using kernel
smoothing. Despite the fact that the application of such methods to data violates
their structure, the assumption of smoothness does not contradict the expected
structure of data obtained based on measurements of the state of physical (primarily
hydrometeorological) data. A smoothing operation is applied for each time slice 𝑡
based on the convolution represented by the equation (24) given by the Gaussian
function (25). In this relation, 𝑠 is the point for which smoothing is carried out, 𝑠′
is the point used for smoothing, 𝜎 is the parameter of the Gaussian kernel.
∫︁
𝑢˜(𝑠, 𝑡) = 𝐾𝜎 (𝑠 − 𝑠′ )𝑢(𝑠′ )𝑑𝑠′ ; (24)

2
′ 1 1 ∑︁
𝐾𝜎 (𝑠 − 𝑠 ) = 2
exp ( 2
(𝑠 − 𝑠′ )𝑖 ); (25)
2𝜋𝜎 2𝜎 𝑖=1
 48

Subsequently, the data are locally approximated by polynomials (preferably

orthogonal; in this work, Chebyshev polynomials were used), which were
differentiated analytically.
An alternative approach to smoothing input data is to replace the input field
𝑢(x, 𝑡) with its approximation (26), obtained using a neural network trained on the
data based on 𝑚 fully connected layers : 𝑓 (𝑖) (x = 𝜎(𝑊 (𝑖) z(𝑖) +b(𝑖) ) - affine functions,
where 𝑊(𝑖) is the weight matrix of the neural network, z(𝑖) - input variables, which
in the case of the first layer correspond to independent variables (x, 𝑡), and b(𝑖) is
the displacement vector. 𝜎(u) = (𝑒𝑥𝑝[2u] − 1)/(𝑒𝑥𝑝[2u] − 1) - activation function
(hyperbolic tangent).

𝑢˜(x, 𝑡) = 𝑓 (𝑚) ∘ 𝑓 (𝑚−1) ∘ ... ∘ 𝑓 (1) (𝑥1 , ... , 𝑥𝑛 , 𝑡) (26)

Next, we will consider the properties of a neural network of such an architecture

for smoothing (that is, eliminating high-frequency noise components) in the data.
A number of studies show that in the process of training a neural network, low­
frequency data components are first approximated, and only then the neural network
approximates high-frequency ones, which in our case corresponds to retraining.
After obtaining neural networks to represent the data, derivatives can be
obtained based on the values of the function representing the data outside the
grid nodes. To reduce the computational error in the finite-difference method, it
is proposed to use a reduced step 𝛿𝑥𝑖 << Δ𝑥𝑖 , where Δ𝑥𝑖 is the grid step along the
axis corresponding to the coordinate axis 𝑥𝑖 , on which contains the input data. Then
you can use the finite difference method to calculate the first derivative according
to the central scheme (27). For generalization, we include the time axis 𝑡 in the
coordinate vector x. Let 𝛿i denote a vector whose 𝑖th component is equal to 𝛿𝑖 and
the remaining values of which are 0.

𝜕𝑢(x) 𝑢(x + 𝛿i ) − 𝑢(x − 𝛿i )

= (27)
𝜕𝑥𝑖 2𝛿𝑖
In following work, experiments are carried out based on introducing artificial
noise into the data, obtained from a normal distribution with mathematical
expectation 𝜇 = 0 and standard deviation 𝜎 = 𝑘 · 𝑢(𝑡, x). In this case, you can
define the noise level of the input data as (28), where 𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 are the values of the
original data set, and 𝑢𝑛𝑜𝑖𝑠𝑒𝑑 are the values after adding noise.
 49

||𝑢𝑛𝑜𝑖𝑠𝑒𝑑 − 𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 ||2

𝑁𝐿 = 100% (28)
||𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 ||2

Таблица 6 — Noise level (%) in the original function and its derivatives on noisy
and smoothed data

𝜕𝑢 𝜕2𝑢
Time, s u 𝜕𝑡 𝜕𝑡2
Input data 0.12 60.55 1158.97
Smoothed (polynomials) 0.13 5.56 36.1 154.0
Smoothed (ANN, 104 epochs) 54.5 4.48 24.04 94.6

From the results of the comparative experiment, it is noticeable that the use
of preprocessing based on neural networks makes it possible to obtain derivative
fields closer to the expected ones, but this requires significantly greater computing
resources.
For practical applications of the algorithm, it is recommended to use a
differentiation algorithm that uses a neural network to represent the data and then
uses finite difference circuits to calculate the derivatives. The intermediate neural
network makes a transition from a grid function corresponding to the data to a
continuous and smooth one on the search area, essentially representing in parametric
form a particular solution to the desired differential equation. This allows the use of
arbitrarily small steps between points in finite-difference schemes. Since the process
of representing data using neural networks is computationally expensive, in cases
where a significant level of noise in the input data is not expected, it is recommended
to use analytical differentiation of Chebyshev polynomials representing the data.
Further, the dissertation discusses the details of the implemented evolutionary
algorithm. The first aspect is the selection of the optimal encoding of the candidate
differential equation. In [2], a graph representation of equations was proposed that
respects assumptions about the structure of the equations. This approach allows the
use of graph optimization operators: to correspond to the structure of the equation
proposed in the formula (23), a graph-tree is used in the encoding. In it, leaf nodes
contain individual tokens, intermediate nodes contain a multiplication operator that
combines tokens into terms, and a root node containing an operator for summing
the resulting terms.
 50

When initializing the algorithm, graphs of the initial population of candidate

differential equations are randomly generated in accordance with the following
logic: each equation must contain at least one term containing a derivative,
and the generation of repeated terms in the equations is avoided. For tokens
containing optimized parameters, a random set of initial values is compiled within
predetermined intervals. For each differential equation created, one term is defined
∑︀
as the “left side of the equation”, so the structure becomes 𝑖, 𝑖̸=𝑖_𝑟𝑝𝑠 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑐𝑖 =
𝑎𝑖_𝑟𝑝𝑠 (𝑡, x)𝑐𝑖_𝑟𝑝𝑠 . The term associated with the left side of the differential equation
must contain a derivative in order to avoid obtaining algebraic equations.
A separate study, reflected in the corresponding chapter of the dissertation,
was devoted to the selection of the fitness function. The main requirement for
the fitness function is to ensure the best convergence of the algorithm in terms
of time and guarantee the maximum fitness of the candidate solution corresponding
to the equation that best describes the dynamics of the process. Two possible
formalizations of the problem were considered: optimization of the discrepancy
of the differential equation operator, considered in (29), and minimization of the
difference (30) between the initial data 𝑢 and the solution to the equation 𝑢 ̃︀ at the
corresponding grid nodes.

∑︁
𝐿𝑢 = 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑏𝑖 𝑐𝑖 −→ min
*
− (29)
𝑎𝑖 ;𝑐𝑖
𝑖

|̃︀
𝑢(𝑡, x) − 𝑢(𝑡, x)| −→ min
*
: 𝐿′ 𝑢
̃︀ = 0 (30)
𝑎𝑖 ;𝑐𝑖

The fitness function when solving the problem of minimizing the discrepancy
of the differential operator is introduced by the relation (31).

∑︁
−1
𝑓𝑓 𝑖𝑡𝑛𝑒𝑠𝑠 = (||𝐿||2 ) = (|| 𝑎*𝑖 (𝑡, x)𝑏𝑖 𝑐𝑖 − 𝑎*𝑖_𝑟ℎ𝑠 (𝑡, x)𝑐𝑖_𝑙ℎ𝑠 ||2 )−1 (31)
𝑖̸=𝑖_𝑙ℎ𝑠

While the process of finding an equation using such a fitness function on

noise-free data will converge to the desired solution, in the case of high errors in
the token values, problems may arise with convergence to the correct governing
equation. The expected structure of the equation may not be optimal in terms of the
introduced optimization metric. For example, when working with the heat equation
 51

𝑢𝑡 = ∇(𝛼∇𝑢), the second derivative of the solution function is identically zero

throughout the domain, and the algorithm can converge to the equation structure
𝑢𝑡𝑡 = 0, which does not describe the dynamics of the system.
To solve the problem of algorithm convergence to uninformative equations,
a fitness function 𝑓𝑓 𝑖𝑡𝑛𝑒𝑠𝑠 = (||̃︀𝑢 − 𝑢||2 )−1 was proposed. When assessing the
fitness of candidate differential equations, difficulties arise with the use of classical
numerical methods for solving differential equations: finite-difference and finite­
element methods require a priori knowledge about the equations, and in the general
case cannot be used for arbitrary equations.
The algorithm for solving a differential equation requires a correctly (at least
“averaged over the modeled domain”) differential operator and initial/boundary
conditions corresponding to the type of the transferred boundary value problem
expressed in the equation (32), for simulated function 𝑢(𝑡, x) defined in the domain
(𝑡, x) ∈ Ω ⊂ R𝑘+1 , where 𝑘 is the number of spatial dimensions. 𝐿 and 𝑏 are
arbitrary (possibly nonlinear) differential and boundary operators, respectively, the
latter being defined on the boundary Γ.
⎧
⎨𝐿𝑢(𝑡,x) = 𝑓 ;
(32)
⎩𝑏𝑢(𝑡,x) = 𝑔, (𝑡, x) ∈ Γ

To simplify the process of constructing boundary conditions from data, the

type of boundary conditions used is limited by Dirichlet conditions. The use of the
Neumann and Robin conditions is hampered by the significant error in determining
the derivatives at the boundary of the modeled region. Although finite differences
can also determine values at the boundary grid nodes, their accuracy is lower due to
lower order approximation schemes. In cases where the equation has orders higher
than the first or second in time, it becomes necessary to determine derivatives to
specify boundary operators. The algorithm cuts off the regions where the equation
is found and the derivatives are specified using central finite-difference schemes.
The next important element of the proposed algorithm is the regularization
operation. Its purpose is to detect a brief structure of the equation among the many
terms proposed by the genetic algorithm. In the absence of an a priori understanding
of the structure of the equation and the correct number of terms, an equation with
an excessive set of candidate terms is introduced, for which filtering is applied and
the most significant elements are determined. The main tool at this stage is the
 52

Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO). Unlike other types of
regression, LASSO can reduce the number of non-zero elements of the coefficient
vector by assigning zero values to predictors that are not significant in approximating
the target variable.
The minimized functional used in the LASSO operator (33) is composed as
the sum of two terms. The first corresponds to the squared difference between the
weighted values of the terms on the right side of the equation and the value on the
left side, denoted as Ftarget , and the vector of predictions obtained as the inner
product of the feature matrix F and the vector of weights. 𝛼, and the second in the
𝐿1 -norm of the weight vector taken with a constant sparsity 𝜆:

‖F𝛼 − F𝑡𝑎𝑟𝑔𝑒𝑡 ‖22 + 𝜆‖𝛼‖1 → min (33)

𝛼

The main disadvantage of the LASSO operator is its inability to obtain correct
coefficient values: its application requires the use of standardized data. Additional
linear regression on the detected active, that is, corresponding non-zero intermediate
weights, terms is performed to obtain the resulting actual coefficients of the equation.
The real-valued heterogeneity component 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 introduced in the relation (23) is
obtained as a bias from linear regression.
By the convergence of an evolutionary algorithm, in contrast to the general
case, we will understand not the filling of the population with matching candidate
equations (possibly non-optimal), as is often assumed in the theory of evolutionary
optimization, but the appearance in the population of an individual corresponding
to the differential equation with a minimum error in modeling the system. The issue
of convergence has been studied in detail for genetic algorithms with chromosomes of
finite length; we can generalize the encoding of an individual to a sequence of binary
values of length 𝑁 equal to the number of all possible terms in the equation. The
value 1 corresponds to the presence of a term in the equation, and 0 corresponds to
its absence. At 𝑡 −→ inf the probability of obtaining the optimal equation tends to 1,
but this does not give accurate estimates of the algorithm’s running time; we can only
talk about the probabilities of obtaining the required candidates. Further analysis
is carried out from the point of view of a Markov chain, where populations created
by the algorithm are taken as states: the probability of obtaining a population
containing the optimal equation is considered. The resulting optimal equation cannot
be lost during evolution: due to the elitism operator, such a candidate cannot be
 53

changed, and the minimum value of the error functional guarantees that it will not
be removed in the process of limiting the population size.
The possibility of obtaining an optimal differential equation is ensured by
a combination of exploration and exploitation (exploration/expolitation trade-off)
abilities of the algorithm: exploration ability is provided using the main mutation
operator, while operational ability (clarification of the structure of an individual
with a low value of the minimized functional) is provided by the mutation operator
, replacing the inactive terms of the equation, and the crossover operator.
The third chapter is devoted to the details of using multiobjective
optimization for problems of constructing models of dynamic systems in the form of
systems of differential equations.
In existing solutions, systems of ordinary differential equations and partial
differential equations are usually in vector form, that is, methods for finding a single
equation are applied to vector variables, or involve constructing each equation of
the system independently, sequentially approximating the time dynamics of each
component for each dependent variable. This approach limits the type and shape of
the resulting systems and cannot correspond to many real-world systems.
Let’s consider a system of 𝑘-dependent variables u = (𝑢1 , ... , 𝑢𝑘 ), for which
we obtain a system of 𝑘 - equations having the form:
⎧
⎪
⎨ 𝐿1 (u) = 0
𝑆(⃗𝑢) = ... (34)
⎪
⎩
𝐿𝑘 (u) = 0
In the equation (34), a single operator 𝐿𝑖 ∈ 𝐸𝑞 represents the differential
equation of the system, reducible to the structure from the relation (23), 𝐸𝑞 is
the set of all possible equations that can be obtained using this algorithm. Since
the relations in (34) are a system, it is assumed that all equations are executed
simultaneously. As in the case of the evolutionary definition of a single equation, the
optimization problem is posed from the point of view of minimizing the operator
discrepancy or the discrepancy between the solution of the proposed equation and
the input data.
The application of a multiobjective formulation of the problem makes it
possible to customize the detected system depending on the preferences of the
researcher. For example, for some applications, the accuracy of the data reproduction
 54

is less important than the complexity of the equation, or a high degree of data noise
is expected, and in certain structures it is necessary to isolate the part describing
the main dynamics of the system. For other processes, the emphasis is on the
quality of the prediction based on the solution of the differential equation, and the
understandability of the model is not so important. We will define the first group of
criteria as “quality metrics”. For a given equation 𝐿, a similar quality metric is the
data reproduction norm, which is represented in the form (35).

𝑖=𝑀
∑︁
𝑄(𝐿𝑗 ) = ||𝐿𝑗 (⃗𝑢𝑖 )|| (35)
𝑖=1

We call the second group of criteria “complexity”. For a given relation 𝐿,

the complexity metric is related to the number of active (belonging to terms with
non-zero coefficients) tokens within the equation, which is denoted as #(𝐿).

(𝐿𝑗 ) = #(𝐿𝑗 ) (36)

In [6] it was considered that by changing the parameters of the differential

equation definition algorithm (mainly the constant sparsity of the LASSO operator),
we can change the trade-off between quality and complexity in the generated
equations. The optimization problem in a space defined by a metric of quality and
complexity of equations is solved by an evolutionary algorithm based on dominance
and decomposition (MOEA/DD).
In this evolutionary process, candidate solutions correspond to systems of
differential equations. The encoding works as follows: in addition to the previously
discussed graphs corresponding to the individual equations of the system, constant
sparsities for each equation are included in the chromosome: they are combined
into a vector (𝜆1 , 𝜆2 , ..., 𝜆𝑛_𝑒𝑞 , 𝜆𝑖 ∈ 𝑅+ ). The motivation for this representation is
based on the observation that, given hyperparameters, the equation search algorithm
converges to a solution (or solutions if one partial solution corresponds to multiple
equations) defined by the input data.
At the initial stage of evolution, according to the standard approach proposed
by the MOEA/DD algorithm, we must estimate the best achievable value for each
of the optimized functions. For the complexity metric, it is advisable to set the
value 0, and for the quality of the process representation (L2 norm of the error
vector at grid nodes), the same assumption can be made only to a certain extent:
 55

the possible stochastic nature of the processes or noise present in the measurements
limits the achievable quality. Therefore, you can conduct a test run of the equation
search algorithm to obtain approximately the best quality solution. Next, to begin
the evolutionary search, we generate a population of solutions by finding systems
with random sparsity constants, and divide the search space into sections based on
weight vectors. Using the weight mechanism, the algorithm preserves diversity in
the population and distributes candidate solutions across the Pareto set.
In the evolutionary multiobjective optimization algorithm, traditional methods
of variability are used for the values of metaparameters that determine the structure
of the equations: mutation and recombination (crossover) operators. The mutation
operator involves changing the gene containing the equation construction parameter
by an increment from the normal distribution 𝒩 (0, 𝜎) with a predetermined
probability 𝑝𝑚𝑢𝑡 ∈ (0, 1), as in Eq. (37).

(𝜆1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′1 , 𝜆′2 , ... , 𝜆′𝑛_𝑒𝑞 )

𝑝𝑖 ∼ 𝑈 (0,1)
(37)
if 𝑝𝑖 < 𝑝𝑚𝑢𝑡 then 𝜆′𝑖 = 𝜆𝑖 + 𝛿, 𝛿 ∼ 𝒩 (0, 𝜎)
else 𝜆′𝑖 = 𝜆𝑖
The recombination operator involves the creation of new individuals using
selected parents. The offspring must have characteristics resembling both parents,
which is realized by selecting the values of the descendants’ genes in the range
between their parents: new parameter values for each gene in the offspring’s
chromosomes are selected as a weighted sum of their parents, having a coefficient
𝛼 ∈ 𝑈 (0, 1). The recombination scheme of the systems is shown in the equation
(38).

(𝜆11 , 𝜆12 , ... , 𝜆1𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′1 ′1 ′1

1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 )
(𝜆21 , 𝜆22 , ... , 𝜆2𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′2 ′2 ′2
1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 )
𝑝𝑖 ∼ 𝑈 (0,1) (38)
if 𝑝𝑖 < 𝑝𝑥𝑜𝑣𝑒𝑟 then 𝜆′1 1
𝑖 = 𝛼 · 𝜆𝑖 + (1 − 𝛼) · 𝜆𝑖
2

else 𝜆′1 1 ′2
𝑖 = 𝜆𝑖 , 𝜆𝑖 = 𝜆𝑖
2

The selection of parents for crossover is carried out for each region of the
objective function space defined by the weight vectors. With a given probability,
to maintain diversity in parental choice, we can select an individual outside the
 56

treated subregion to participate in recombination. In another case, if there are

candidate solutions in the sector associated with the weight vector, we select among
them. The evolution of graph structures corresponding to equations occurs according
to schemes, as in a single-criteria evolutionary algorithm. The final element of
MOEA/DD is the population update procedure.

Рисунок 4 — Scheme of an evolutionary algorithm for constructing a system of

differential equations based on multiobjective optimization.
 57

The fourth chapter presents the results of validating the algorithm on

synthetic and real data.
The results of validation of the algorithm on synthetic data are presented:
solutions of previously known differential equations were used as input data for the
algorithm. The partial solution of the differential equation obtained in this case
imitates the manifestation of the modeled system that is accessible to the observer.
Validation was carried out on ordinary differential equations, including nonlinear
and high-order ones, and partial differential equations: heat equation, wave equation,
Burgers equation, Korteweg-de Vries equation, as well as stationary cases (Poisson
equation). To illustrate the operation of the algorithm on input data with different
levels of introduced noise, the table (7) shows the results of constructing equations
(wave, Burgers, Korteweg-de Vries soliton solution), estimated using the share of
successful runs among 20 independent runs . The runs were carried out with a
sufficient number of iterations to ensure the convergence of the algorithm; kernel
smoothing and calculation of derivatives using Chebyshev polynomials were used to
prepare the data.

Таблица 7 — Proportion of successful searches for equations (%) using a

single-criteria algorithm depending on noise in the input synthetic data

Noise Level Wave eq. Burgers eq. Korteweg-de Vries eq.

0 100 100 100
1.0 100 90 65
2.5 100 75 5
5.0 85 20 0
7.5 35 0 0
10.0 0 0 0
15.0 0 0 0

It can be noted that when processing noisy data, a single-criteria algorithm has
problems with determining the correct equations of a complex structure. The issue
of improving the quality of determining differential equations using a multiobjective
evolutionary algorithm is discussed in the next chapter.
Particular attention in the study was given to testing the approach to searching
for equations that describe real systems. An experiment was carried out to determine
the equation describing the temperature dynamics in the medium around the heater
 58

wire. In theory, the heat conduction equation in polar coordinates is applicable to

the process. Two cases of different media were studied: in the first, the process of
heat propagation is of a diffusion nature, while in the second, convection is present.
The equations describing the diffusion propagation of heat have the structure
(39) in which 𝛼 ∈ R is a constant. The primary experiment was carried out on
synthetic data and the results were obtained (8). 𝜖 corresponds to a negligible value
corresponding to the machine error of calculations.

1 𝜕𝑢 𝜕 2 𝑢 𝜕𝑢
𝛼 +𝛼 2 = (39)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑡
2
1 𝜕𝑢 𝜕 𝑢 𝜕𝑢
Noise level 𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟2 𝜕𝑡 C
−7 −7
0 (1.5 ± 𝜖) · 10 (1.54 ± 𝜖) · 10 1 𝜖
−7 −7
0.1 (1.51 ± 𝜖) · 10 (1.53 ± 𝜖) · 10 1 𝜖
−7 −7
0.3 (1.4 ± 0.3) · 10 (1.5 ± 0.21) · 10 1 0.0023 ± 0.005
−7 −7
0.5 (1.45 ± 0.5) · 10 (1.5 ± 0.21) · 10 1 0.05 ± 0.026
−7 −7
0.7 (1.4 ± 0.7) · 10 (1.3 ± 0.4) · 10 1 0.1 ± 0.053
−7 −7
1 (1.3 ± 0.3) · 10 (1.1 ± 0.7) · 10 1 0.3 ± 0.1
Таблица 8 — Obtained coefficients in front of the terms of the heat conduction
equation in cylindrical coordinates. The coefficients are normalized so that before
the term with 𝜕𝑢𝜕𝑡 the coefficient is one. 𝐶 - corresponds to a free term.

The heat conduction equations without convection obtained from experimental

data (10 independent experiments) can be described using the relation (40), which
correlates with the expected values of the parameters. The inaccuracy in the
coefficient values is associated with various approximations of the input data using
neural networks.

−8 1 𝜕𝑢 −8 𝜕𝑢 (︀
2
−8
)︀ 𝜕𝑢
(9.4 ± 0.11) · 10 + (9.423 ± 0.04) · 10 + 𝜖 ± 0.01 · 10 = (40)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟2 𝜕𝑡

The convection equation contains in its structure an unmeasured (in the

general case we assume that it is also unmeasurable) velocity field. Classical methods
for solving inverse problems do not allow obtaining it in an exact (analytical) form,
so to represent it, a parametric function was used - the product of polynomials
depending on the radius from the heater and time. The algorithm determined the
 59

structure of the equation as in the relation (41), where 𝑣2 is the parameterized

velocity field of the medium, which corresponds to the expected one.
2
−8 1 𝜕𝑢 −9 𝜕 𝑢 𝜕𝑢 𝜕𝑢
4.1 · 10 · + 5.8 · 10 · 2 + 𝑣2 = (41)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑡
Validation of the method for determining systems of differential equations was
carried out on ordinary differential equations and partial differential equations. The
first experiment was devoted to the restoration of the system of equations describing
the Lotka-Volterra model (the “predator-prey” system) and the system of equations
defining the Lorentz oscillator. Below are the results reflecting the percentage of
successful runs when the desired equation was on the Pareto set of the resulting
candidate equations.

Таблица 9 — Proportion of successful searches for systems of equations 𝑅(%) and

modeling error (MAPE) depending on noise in the input synthetic data

Lotka-Volterra model Lorenz equations

Уровень шума, % 𝑅, % 𝑀 𝐴𝑃 𝐸 𝑅, % 𝑀 𝐴𝑃 𝐸
0 100 0.42 100 1.5
0.5 100 2.7 100 4.1
1.0 90 17 70 37
2.5 70 38 30 42
5.0 15 88 5 93

The results of experiments on restoring systems of differential equations based

on data are shown in the table (9), where runs of the algorithm were assessed using
the MAPE metric (42) on the testing interval, where the relative prediction deviation
𝑓𝑖 𝑠𝑒𝑠𝑡𝑖𝑚𝑎𝑡𝑒𝑑𝑖𝑝𝑟𝑒𝑑 from the actual value 𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡 . It should be noted that even in the
case of incorrectly defined equations, the MAPE value does not exceed 100%, since
the algorithm obtains equations whose solutions converge to zero. An example of
such a reproduced equation is presented in the figure (5).
𝑛
100 ∑︁ 𝑓𝑖𝑝𝑟𝑒𝑑 − 𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡
𝑀 𝐴𝑃 𝐸 = | | (42)
𝑛 𝑖=0 𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡
Further, the dissertation examines the features of using a multiobjective
approach to the problem of searching for a single differential equation. By analogy
 60

Рисунок 5 — An example of predicting the state of the Lotka-Volterra system

based on equations obtained from the data.

with the encoding of an individual to solve the problem of searching for a differential
equations system, the chromosome, in addition to the structure of individual
equations, includes parameters that determine the behavior of the equation graph
generation algorithm. The ability of the algorithm to evaluate candidate equations
not only in terms of the quality of reproduction of the physical process, but also
on the basis of the complexity of their structure, makes it possible to expand the
diversity of the population in the process of evolution. This idea can be illustrated by
the fact that simple equations with a complexity of “2 active tokens”, which do not
fully describe the dynamics of the process, but represent only part of the dynamics,
will remain in the population, and can participate in the search for an equation as
the simplest meaningful models. Thus, the algorithm has the ability to determine
relatively simple equations that do not determine the noise component of the data.
The results of experiments comparing the efficiency of single-objective and
multi-objective searches for partial differential equations with the same computing
resources are shown in the figure (6). Based on the data obtained, it can be
determined that even in the problem of searching for a single equation, the
multiobjective formulation of the optimization problem has a number of advantages,
providing faster and more reliable convergence, but they require an expert solution
to select the desired equation among the set of Pareto-optimal candidates.
 61

104

101 102

100 10− 1

6 × 100 10− 2

10− 4
0
4 × 10 10− 6
0
3 × 10 10− 8

10− 10
2 × 10 0 10− 2
Single Objective Multi-Objective Single Objective Multi-Objective Single Objective Multi-Objective

а б в

Рисунок 6 — MAE values on training data using a single- and multi-objective

approach using examples of the wave equation (а), Burgers equation (б), and
Korteweg-de Vries equation (в)

As part of the research work, an analysis was carried out of the dependence of
the correctness of determining single differential equations using an evolutionary
algorithm for multiobjective data optimization on the level of data noise in
comparison with the SINDy approach based on sparse regression. Synthetic data
were selected representing the Van der Pol oscillator, the Lotka-Volterra system,
and the partial differential equation solution: Burgers and Korteweg-de Vries. An
example of experimental results for the Burgers equation is presented in the table
(10).

Таблица 10 — Correct terms inclusion statistics for the Burgers’ equation and of
the corresponding coefficients, paired with obtained by SINDy for the specified
noise levels. The abbreviation g.t. denotes ground truth.
EPDE
SINDy
NL, % 𝑢′𝑡 𝑢′′
𝑥𝑥 𝑢𝑢′𝑥
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 ист. 𝑢′𝑡 = 0.1𝑢′′ ′
𝑥𝑥 − 𝑢𝑢𝑥
0 100 1.001 ± 0 100 0.106 ± 0.0 100 −0.997 ± 0.0 𝑢′𝑡 = 0.1𝑢′′ ′
𝑥𝑥 − 1.001𝑢𝑢𝑥
1 90 0.830 ± 0.218 60 0.053 ± 0.002 10 −0.980 ± 0.0 𝑢′𝑡 = −0.248𝑢′𝑥 − 0.292𝑢𝑢′𝑥
2.5 80 0.599 ± 0.158 50 0.018 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = −0.265𝑢′𝑥 − 0.229𝑢𝑢′𝑥
5 100 0.674 ± 0.139 20 −0.012 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = −0.001𝑢𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 − 0.825𝑢𝑢𝑥
10 100 0.674 ± 0.103 40 0.004 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = 0.133𝑢𝑢′′
𝑥𝑥

It can be determined that, as in other scenarios, the algorithm correctly

determines the structure on data with a low noise level. As the data quality decreases,
only part of the dynamics is reproduced: for example, for the Burgers equation at
high noise levels, even in those equations where the terms with 𝑢′𝑡 and 𝑢′′𝑥𝑥 are
 62

defined, the term 𝑢𝑢′𝑥 is replaced with constructions from other tokens, which leads
to erroneous coefficient values.
Even with such a fairly low noise threshold, the algorithm shows itself better
than wSINDy in terms of convergence: EPDE made it possible to obtain correct
equation structures in a number of runs, while the method based on sparse regression
loses the ability to determine the equation in experiments even with noise levels
about 1%. However, the price of such an improvement in the quality of obtaining
equations is increased computational complexity. During evolutionary search, the
time spent increases by more than 102 times (on the order of minutes on the data
set used) when filtering Savitsky-Golay based on Chebyshev polynomials for data
preparation, and by approximately 103 (up to orders of tens of minutes) using ANN.
The conclusion contains the main results of the work, which are as follows:
When performing the dissertation research, a solution was proposed to existing
problems and contradictions in the field of model training in the forms of differential
equations. The method based on evolutionary optimization does not impose strict
restrictions on the structures of the equations being determined and, accordingly,
can be applied to a wider class of problems.
As a result of the dissertation research:
1. The current state of the field of methods for obtaining the structure and
coefficients of models in the form of differential equations has been studied
and a hypothesis has been put forward that the problem of symbolic
regression using an extended library of terms can be replaced by a more
flexible evolutionary algorithm;
2. A method and an algorithm that implements it for training a model in
the form of differential equations with unknown structure and coefficients
have been developed based on evolutionary optimization algorithms and
a method for numerically solving initial-boundary value problems using
physically based neural networks (PINN) to calculate the fitness function.
3. A method and an algorithm that implements it have been developed for
training models in the form of systems of ordinary differential equations
and partial differential equations based on a multi-criteria evolutionary
optimization algorithm with independent learning of the structure and
coefficients of the model for each of the system equations, taking into
account the possibility of specifying accuracy criteria relative to the
 63

observed parameters of dynamic systems and the structural complexity

of the model, which does not limit the system to the form of vector
equations and which can be extended to model training problems in the
form of a single differential equation to unify the method and improve the
convergence of the evolutionary algorithm.
4. Validation and verification of the developed methods was carried out on
synthetic and real data, reflecting a wide class of differential equations. In
particular, on benchmarks accepted in the community: ordinary differential
equations (nonlinear, inhomogeneous), second-order partial differential
equations (hyperbolic, parabolic, elliptic) and third-order (using the
example of the soliton and inhomogeneous case of the Korteweg-de Vries
equation). Systems of ODEs (the Lotka-Volterra and Lorentz system) and
a system of partial differential equations using the example of the Navier­
Stokes equations were also considered. Also, a study was conducted of the
elements of the model training method in the form of differential equations:
the fitness function of candidate differential equations used in evolutionary
optimization, methods of stable differentiation.
The method of training a model in the form of differential equations
(both ordinary and partial derivatives) provided the increase in accuracy of
structure determination (SHD) on benchmark equations from 20% (Burgers
equation) to 5 times (400%) (Korteweg equation – de Vries) with an average
increase in accuracy for all benchmarks by 2 times (100%). The increase
of the training robustness, measured by maximum noise variance, which
does not prevent DE detection allowing the equation to be obtained with
an accuracy of at least 50 %, was from 0.5% (for the closest competitor) to
10% (for the developed method),
The model training method for the forms of systems of differential equations
provided the increase in accuracy of structure determination (SHD) on
benchmark systems up to 70% depending on the noise level and increase
the robustness of training in the form of maximum noise variance from
2.5% (for the closest competitor) up to 8% (for the developed method) for
first-order systems and from 0% (for the closest competitor) to 5% (for the
developed method) for systems of second and higher orders, at which the
structure of the equation can be obtained with an accuracy of at least 50%.
 64

Further development of the area of dissertation research may be associated

with training models in the form of stochastic differential equations, as well as
with the addition of an integration operator, which will allow identifying integro­
differential equations from data. A separate issue is the further improvement
of the noise resistance of the algorithm, both through differentiation tools and
through adapted operations for rarefying the structure of the equation, calculating
coefficients and assessing its fitness.
 65

Введение

Актуальность темы. В настоящее время в различных областях науки

возникает запрос на методы машинного обучения, позволяющие получать ком­
пактные, но информационно-ёмкие модели. В частности решение задач на осно­
ве, явлений, описываемых в форме динамических систем, требует новых мето­
дов машинного обучения, т.к. подобные задачи являются традиционно сложны­
ми для существующих методов машинного обучения. Для построения моделей
динамических систем традиционно применяют модели в форме дифференци­
альных уравнений, позволяющие не только анализировать текущее состояние
динамической системы и предсказывать изменения в ней на некотором интерва­
ле, но и обобщать знание о ней - определять фундаментальные законы и описы­
вать их в форме интерпретируемых математических моделей, в том числе в виде
систем дифференциальных уравнений. Классические методы построения моде­
лей динамических систем в форме дифференциальных уравнений и их систем
основываются на использовании аппарата функционального анализа и принци­
пов вариационного исчисления и законах сохранения, описывающих свойства
исследуемого явления. Подобный подход помимо того, что имеет ограниченную
применимость для неисследованных объектов, для которых не разработано ана­
литической модели, накладывает требования на квалификацию исследователя
и степень владения математическим аппаратом. В случае, когда невозможно ис­
пользовать классические методы (например, нет понимания о природе действу­
ющих на динамическую систему факторов), состояние системы всё ещё можно
воспроизвести на основе массивов наблюдений, получив модель при помощи ме­
тодов машинного обучения. Использование методов на данных, производящих
обучение и поиск уравнений путём проб и ошибок, позволяет имитировать ко­
гнитивную деятельность специалиста в предметных областях, где используются
модели на основе диффренциальных уравнений.
Использование уже существующих подходов, разработанных при решении
обратных задач математической физики, и направления идентификации моде­
лей динамических систем по данным, развивавшихся в рамках теории управле­
ния, допустимо лишь в случае, когда полностью известна информация о приро­
де динамической системы, в частности аналитическая форма (хотя, возможно,
 66

и с эмпирически подобранными параметрами) функционала действия или когда

известна динамическая аналогия для задач теории управления. Описательные
способности классических подходов ограничены, в том числе, количеством из­
вестных вариационных принципов и динамических аналогий, а значит и круг
моделей, которые можно получить данными методами ограничен. Для совре­
менных методов определения структуры модели в виде дифференциальных
уравнений по данным характерна повышенная гибкость и диапазон рассмат­
риваемых структур моделей в виде дифференциальных уравнений (как обык­
новенных, так и в частных производных) и их систем, однако необходимость
задания значительного числа параметров в совокупности с набором ограниче­
ний к структуре искомого дифференциального уравнения приводят зачастую к
задаче поиска в пространстве высокой размерности, содержащего все возмож­
ные структуры модели дифференциальных уравнений.
Высокая вычислительная сложность наивного подхода, в рамках которо­
го рассматриваются все возможные структуры дифференциальных уравнений,
составленных из ограниченного множества элементарных функций, для описа­
ния исследуемого процесса приводит к необходимости использования методов
элиминации перебора. В задаче символьной регрессии, которая также подразу­
мевает построение символьных моделей процессов, хотя и форме алгебраиче­
ских выражений, распространенным подходом для сокращения пространства
поиска являются генетические алгоритмы, оптимизирующие выражение как
граф вычислений. При приложении генетических алгоритмов к задаче поиска
структуры графа вычислений для дифференциальных уравнений оптимизация
графа, соответствующего уравнению при отсутствии ограничений на структу­
ру, приводит к переобучению, что в пространстве моделей соответствует гро­
моздкому уравнению, которое не может быть проинтерпретировано экспертом.
Задачу получения графа вычислений и его параметров (например, иногда удоб­
но рассматривать узлы графа как параметризованные функции для снижения
размерности задачи, а также удобно отдельно рассматривать числовые коэф­
фициенты перед слагаемыми как параметры узла) назовём задачей обучения
модели в форме дифференциальных уравнений. Данное исследование посвяще­
но решению проблемы обучения по данным модели в форме дифференциаль­
ных уравнений с неизвестной структурой и неопределёнными коэффициентами,
где искомая структура уравнения обучается при помощи алгоритма эволюцион­
 67

ной оптимизации в пространстве элементарных операций (например, операций

дифференцирования по заданной переменной), которое обладает меньшей раз­
мерностью, чем классическое пространство всевозможных слагаемых, при этом
за счёт разработанного алгоритма оптимизации избегается переобучение струк­
туры уравнения для возможности экспертной интерпретации процесса.
Объект исследования - модели машинного обучения в форме диффе­
ренциальных уравнений с неизвестной структурой и коэффициентами.
Предметом исследования являются методы обучения моделей в форме
дифференциальных уравнений с неизвестной структурой и коэффициентами.
Целью работы является повышение качества 3 получения структуры и
коэффициентов дифференциальных уравнений с помощью методов машинного
обучения за счёт за счет использования эволюционного алгоритма с расши­
ренным пространством поиска элементов структуры дифференциальных урав­
нений (которое состоит из комбинаций токенов - элементарных действий, на­
пример, операций дифференцирования до заданного порядка или функций от
сетки) и применения физически-обоснованных нейронных сетей (PINN) для вы­
числения функции приспособленности модели.
Для достижения поставленной цели необходимо было решить следующие
задачи:
1. Обосновать требования и направление исследований на основе анали­
тического обзора современных методов получения структуры и коэф­
фициентов моделей в форме дифференциальных уравнений.
2. Разработать метод и алгоритм обучения модели в форме дифференци­
ального уравнения (как обыкновенного, так и в частных производных),
соответствующего наблюдаемому состоянию динамической системы.
3. Разработать метод и алгоритм обучения модели в форме системы диф­
ференциальных уравнений (как обыкновенных, так и в частных произ­
водных), основанный на многокритериальной оптимизации.
4. Провести валидацию разработанных алгоритмов на основе эксперимен­
тальных исследований их качества на уравнениях-бенчмарках, признан­
3
Качество оценивается через метрики точности получения структуры и коэффициентов и робастности
получения структуры и коэффициентов на зашумленных данных. Оценка качества определения структуры
ДУ проводится при помощи расстояния Хэмминга (Structural Hamming distance, SHD) между строковыми
представлениями.
 68

ных международным сообществом, а также сравнений с ближайшими

аналогами.
На защиту выносятся:
1. Метод и реализующий его алгоритм обучения модели в форме диффе­
ренциальных уравнений с неизвестными структурой и коэффициента­
ми на основе эволюционного алгоритма оптимизации и метода числен­
ного решения начально-краевых задач физически-обоснованными ней­
ронными сетями (PINN) для вычисления функции приспособленности.
2. Метод и реализующий его алгоритм обучения моделей в форме систем
обыкновенных дифференциальных уравнений и уравнений в частных
производных на основе алгоритма многокритериальной эволюционной
оптимизации с независимым получением структуры и коэффициентов
модели для каждого из уравнений системы с учетом возможности за­
дания критериев точности относительно наблюдаемых параметров ди­
намических систем и структурной сложности модели.
Научная новизна представленной работы заключается в том, что впер­
вые были предложены методы обучения моделей в форме дифференциальных
уравнений и систем дифференциальных уравнений (как обыкновенных, так и в
частных производных) на основе алгоритмов эволюционной оптимизации, поз­
воляющих использовать априорные знания об исследуемой динамической систе­
ме (в виде набора исходных токенов) и выполнять обучение моделей в многокри­
териальной постановке. Подобный подход позволяет воспроизводить элементы
когнитивной деятельности исследователя-теоретика, на основе эксперименталь­
ных данных формирующего гипотезы о форме представления фундаменталь­
ных законов в виде дифференциальных уравнений.
Теоретическая значимость определяется тем, что предложенные мето­
ды позволяют свести задачи построения моделей в форме дифференциальных
уравнений к постановке, привычной для машинного обучения (при наличии дан­
ных в виде наблюдаемых характеристик динамических систем). То есть, резуль­
таты полученные в работе расширяют возможный набор моделей, применяемых
в задачах машинного обучения, включая в него модели в виде дифференциаль­
ных уравнений и их систем, тем самым расширяя теоретический класс задач,
решаемых методами автоматического машинного обучения.
 69

Практическая значимость выполненной работы заключается в том,

что разработанный алгоритм обучения модели в форме дифференциальных
уравнений, соответствующих наблюдаемому состоянию динамической системы,
может применяться в прикладных задачах для построения интерпретируемых
моделей машинного обучения на основе массивов данных о состояниях динами­
ческой системы. Инструмент использовался в экспериментах по обучению моде­
лей для задач в прикладных областях: тепло-массо обмена (моделирование ди­
намики плазмы, температуры в сплошной среде), океанологии (моделирование
океанического льда), робототехнике (воспроизведение динамики мягкой актив­
ной среды, soft active matter). В рамках исследования была создана библиотека с
открытым исходным кодом EPDE (https://github.com/ITMO-NSS-team/EPDE),
включающая в себя функциональность разработанного алгоритма, совмещен­
ную со вспомогательными инструментами.
Достоверность полученных результатов обеспечивается корректной по­
становкой задачи, использованием математических подходов для разработки
метода обучения в форме дифференциальных уравнений и экспериментальным
исследованием его составных элементов, в первую очередь процедур подготовки
данных и оценки качества дифференциальных уравнений, получаемых в про­
цессе обучения. Была проведена валидация, в рамках которой проверялась спо­
собность метода определять фундаментальные законы и соответствующие им
дифференциальные уравнения на синтетических данных, и на данных, описыва­
ющих реальные явления. Также было проведено сравнение с альтернативными
подходами получения моделей машинного обучения в форме дифференциаль­
ных уравнений.
Соответствие паспорту специальности 1.2.1:
– п. 5. Методы и технологии поиска, приобретения и использования зна­
ний и закономерностей, в том числе – эмпирических, в системах ис­
кусственного интеллекта. - в части создания методов и алгоритмов
обучения структуры и параметров моделей машинного обучения моде­
лей в форме дифференциальных уравнений на данных.
Обучение модели в форме дифференциальных уравнений предложен­
ным методом допускает использование экспертных знаний разного уров­
ня при введении ограничений на структуру уравнений и направлении
поиска, выполняемого при эволюционной оптимизации.
 70

– п. 16. Исследования в области специальных методов оптимизации,

проблем сложность и элиминации перебора, снижения размерности. -
в части разработки алгоритмов эволюционной оптимизации как метода
элиминации перебора в задаче построения дифференциального уравне­
ния и использования пространства сниженной размерности, состоящего
из элементарных функций. Применение оптимизационного алгоритма в
задаче обучения модели в форме дифференциальных уравнений по дан­
ным позволяет избавиться от необходимости перебора всех комбинаций
элементов из множества допустимых функций при построении структу­
ры.
Внедрение результатов работы. Результаты диссертационной работы
частично финансировались Министерством науки и высшего образования рос­
сийской федерации в рамках проекта “Методы и алгоритмы генерации мо­
делей композитного ИИ с учётом априорных знаний предметной области”
(FSER-2021-0012), частично финансировались и внедрены в рамках реализа­
ции программы исследовательского центра в сфере искусственного интеллек­
та «Сильный искусственный интеллект в промышленности» в целях дости­
жения результата федерального проекта «Искусственный интеллект» нацио­
нальной программы «Цифровая экономика Российской Федерации», договор
№70-2021-00141 от 02.11.2021.
Апробация работы. Основные результаты, полученные в процессе ис­
полнения работы, докладывались на следующих научных конференциях:
GECCO 2020 (The Genetic and Evolutionary Computation Conference, Кан­
кун, Мексика) (CORE A rank), 13th The Majorov International Conference
on Software Engineering and Computer Systems (MICSECS 2021, Санкт-Петер­
бург), IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2021, Краков, Поль­
ша) (CORE B rank), OL2A: International Conference on Optimization, Learning
Algorithms and Applications 2021 (Браганса, Португалия), IEEE Congress on
Evolutionary Computation, CEC 2022 (Падуя, Италия) (CORE B rank), GECCO
2023 (The Genetic and Evolutionary Computation Conference, Лиссабон (гибрид­
ный формат), Португалия) (CORE A rank), воркшоп AI4Science конференции
NeurIPS2023 (CORE A* rank).
Личный вклад. Автор лично провёл обоснование направления исследо­
ваний на основе аналитического обзора существующих современных методов
 71

получения по данным структуры и коэффициентов дифференциальных урав­

нений. На основе проведённого анализа и предположений о постановке практи­
ческих задач были предложены методы, выносимые на защиту, а также разра­
ботаны соответсвующие алгоритмы. Автор реализовал генетический алгоритм
обучения модели в виде дифференциального уравнения в работе [1]. Для работы
[2] автор реализовал строковое представление кандидатных особей и провёл ис­
следование эффективности подхода. В статьях [3, 8] автор проводил разработку
концепции обучения моделей в виде дифференциальных уравнений по данным,
выполнял валидацию исполненного подхода на синтетических наборах данных.
Автором был разработан программный комплекс, содержащий представленный
метод и адаптированный под специфику практических задач по моделированию
динамических систем по данным. В работе [4] автор провёл апробацию предло­
женного метода на данных гидрометеорологического реанализа. В работе [5]
автор исследовал применимость подхода в концепции моделирования на осно­
ве обобщённых графовых моделей. В работе [6] автором был проведён анализ
применимости функции приспособленности на основе методов автоматического
решения дифференциальных уравнений. Автор подготовил алгоритмическую
и программную сторону (интерфейс) для использования комплекса решения
дифференциальных уравнений на основе методов оптимизации. Для работы [7]
автор разработал метод обучения моделей в форме одиночных дифференциаль­
ных уравнений на основе многокритериальной эволюционной оптимизации, и
провёл эксперименты, валидирующие эффективность метода. При подготовке
работы [9] автор участвовал в разработке метода и реализующего его алгоритма
обучения моделей в форме систем дифференциальных уравнений по данным на
основе многокритериальной оптимизации. В работе [10] автор подготовил блок
методов обучения моделей в форме дифференциальных уравнений в рамках вы­
числительно-эффективного построения моделей машинного обучения на основе
эволюционных алгоритмов. Для исследования в статье [12] автор подготовил
программный комплекс и выполнял ряд экспериментов по обработке данных
для использования в алгоритме обучения моделей в форме дифференциальных
уравнений.
Публикации. Основные результаты по теме диссертации изложены в 11
печатных изданиях, из которых 7 — в тезисах докладов [1—7] и 4 в журналах,
индексируемых в системе SCOPUS: [8—11].
 72

Объем и структура работы. Диссертация состоит из введения, четырёх

глав, заключения и двух приложений. Полный объём диссертации составляет
233 страницы с 20 рисунками и 20 таблицами. Список литературы содержит
68 наименований.
 73

1. Современные методы получения структуры и коэффициентов

моделей в виде дифференциальных уравнений

В этой главе проанализированы существующие методы определения за­

конов, определяющих динамические системы, на основе данных - массивов на­
блюдений состояния систем. Рассмотренные подходы используют различные
инструменты для определения структуры и параметров моделей дифференци­
альных уравнений, которые обобщают динамику исследуемых процессов и поз­
воляют интерпретировать полученную модель. В рамках обзора проанализи­
рованы подходы на основе: разреженной регрессия и оператора наименьшего
абсолютного сокращения и выбора, методов получения нейронных сетей, вос­
производящих физический закон в символьной форме, символьной регрессии
и эволюционной оптимизации, а также иных, менее структурированных групп
методов.
В общем случае, определение физических законов по данным и дальней­
шее построение их предсказательных моделей проводится на основе методов
статистического анализа и машинного обучения. Основной сферой применения
подобных методов являются задачи анализа динамических систем, для которых
отсутствует теоретическая база, требуемая для построения аналитической мо­
дели. В отличии от классических методов, подходы на основе данных позволяет
получить достаточно качественную модель явления при отсутствии глубокого
понимания описываемой динамики, требуя лишь наборы данных, описывающих
моделируемую систему.
В машинном обучении в большинстве задач применяются неинтерпрети­
руемые модели явлений (модель - "чёрный ящик"). Единственным требованием
к ним ставится достаточное качество воспроизведение процесса вне набора дан­
ных, использованного для обучения. Даже при решении задач, связанных с
приложением искусственного интеллекта для решения задач физического мо­
делирования, достаточно часто применяются методы машинного обучения, не
адаптированных под физические приложения: искусственные нейронные сетки
различных архитектур (например, архитектура LSTM [12], использованная в
[13]), бустинговые алгоритмы [14], и др. Эти методы позволяют получить до­
статочно качественные представления процессов для целей предсказания состо­
 74

яния системы в последующие моменты времени, однако лишены связи с приро­

дой процесса и, соответственно, практически не могут быть интерпретированы.
Одним из перспективных с точки зрения интерпретируемости получаемых
моделей методов машинного обучения является обучение явных моделей в фор­
ме дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений по
данным. Так как подобная форма уравнений является достаточно распростра­
нённой в физике и, соответственно для анализа и решения дифференциальных
уравнений был выработан значительный математический аппарат. Идея исполь­
зовать управляемые данными подходы для определения уравнений не нова.
В представленных в разборе методах сделан акцент на получении урав­
нений, пригодных для предсказания состояния системы, а не на последующем
применении уравнения для моделирования системы, или методам интерпрета­
ции полученных моделей. Следует отметить, что большинство представленных
далее фреймворков не имеют удобных библиотек с открытым исходным кодом,
которые можно было бы интегрировать в эксперименты, за исключением биб­
лиотеки SINDy [15]. В обзоре литературы раздел 1.1 описывает методы, осно­
ванные на разреженной регрессии, раздел 1.2 показано применение искусствен­
ных нейронных сетей в задачах обучения модели в форме дифференциальных
уравнений, и раздел 1.3 посвящен алгоритмам, включающим различные типы
эволюционной оптимизации. Другие, менее традиционные методы представле­
ны в разделе 1.4.

1.1 Оператор LASSO

Методы, рассмотренные в этом разделе, основываются на применении

LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selection Operator оператор наименьшего
абсолютного сокращения и выбора) к предварительно определенным библиоте­
кам возможных кандидатов-слагаемых уравнений для выбора значимых среди
них. Обычно в качестве приближаемого слагаемого выбирают первую произ­
водную по времени, однако подход расширяется и другие целевые функции.
Детальное описание применения оператора LASSO к составленной из элемен­
тарных функций (хотя и не сверх-полной) библиотеке представлено в соответ­
 75

ствующем разделе 2-ой главы диссертационной работы. Одним из преимуществ

подобного метода является возможность перехода к задаче обучения модели в
форме системы дифференциальных уравнений: для этого в библиотека канди­
датных слагаемых составляется из всех возможных комбинаций зависимых пе­
ременных. Так, 𝑖-ое уравнение системы составляется при помощи применения
оператора LASSO для аппроксимации вектора значений 𝑖-ой зависимой пере­
менной.

Рисунок 1.1 — Использование оператора наименьшего абсолютного

сокращения и выбора для управляемой данными идентификации уравнений,
определяющих динамическую систему.

Прежде всего, необходимо рассмотреть статью «Обнаружение уравнений

в частных производных на основе данных» [16]. В неё рассматривается при­
менение алгоритма не только к задачам гидрометеорологии и гидродинамики,
но и к другим типам физических систем. Разреженная регрессия использует­
ся для определения по данным структуры следующих уравнений: уравнения
Кортевега-де Фриза (КдФ), Бюргерса, Шрёдингера, Курамото-Сивашинского,
и уравнений Навье-Стокса. Алгоритм исследования включал следующие этапы:
создание сверх-полных библиотек функций-кандидатов для представления ди­
намики, применение разреженной регрессии для выбора небольшого числа зна­
чимых слагаемых и “экономный” выбор основных уравнений с помощью анализа
Парето. Кроме того, в этой статье упоминается еще один способ обнаружения
УрЧП, основанный на жадных алгоритмах, и рассматриваются некоторые про­
блемы в его надежности. В исследованиях описывается, что алгоритмы (как
основанные на основе чистой LASSO-регрессии, так и на основе жадного подхо­
 76

да) допускают ошибки на данных с высоким уровнем шума. Подобные выводы

применимы ко всем рассматриваемых в данном обзоре алгоритмам.
Разработка алгоритма была сделана в статье [17]. Расширение метода бы­
ло сделано для обучения моделей в форме параметрических дифференциаль­
ных уравнений в частных производных. Это означает, что пространственные
и временные зависимости весов могут быть обнаружены с помощью новых ме­
тодов. Например, возможность расчета зависящих от времени коэффициентов
может быть введена путем анализа каждого временного шага отдельно. Поэто­
му для каждого временного шага должна проводиться своя регуляризованная
линейная регрессия. Тот же самый способ может применяться для вычисления
пространственно изменяющихся коэффициентов.
Задача обнаружения уравнений в частных производных для некоторых
типовых постановок задачи выполнена в статье Хейдена Шеффера «Изучение
уравнений в частных производных с помощью обнаружения данных и разрежен­
ной оптимизации» [18]. В работе также использовалась разреженная регрессия,
основанная на операторе LASSO. Основное внимание было уделено влиянию
шума, добавленного к обучающим данным, на структуру (набор определённых
“значимых” слагаемых) получаемого уравнения.
Алгоритм, описанный в статье Шаффера, состоял из следующих шагов:
сначала производные по пространству и времени вычислялись по входным дан­
ным (результатам заранее решенных УрЧП). После этого из этих производных
были созданы векторы признаков и нормализованы для соответствующего пе­
риода времени так, чтобы их максимальные значения были равны 1. После
этого при помощи алгоритма оптимизации Дугласа-Рэчфорда решается задача
наименьших квадратов. На финальном этапе выполнялось обращение нормали­
зации для получения истинных значения коэффициентов дифференциальных
уравнений. Дальнейшее развитие алгоритма для случаев сильно зашумленных
данных было сделано в статье [19].
Обобщающий обзор применения ранее обсужденных алгоритмов к нели­
нейным системам приводится в статье «Открытие основных уравнений из
данных: разреженная идентификация нелинейных динамических систем» [20].
Представленный алгоритм также использует символьную регрессию для опре­
деления динамики и законов сохранения, управляющих системами. Подход ре­
ализован на основе LASSO-регуляризации, и в работе рассматривается зави­
 77

симости между построенным УрЧП и выбранной константой разреженности.

Этот анализ проводился с помощью кросс-валидации и поиска фронта Парето.
В ходе этого проекта был создан фреймворк SINDy “Sparse Identification of Non­
linear Dynamics”, для решения задач обнаружения УрЧП. Инструмент способен
находить не только структуру одного уравнения в частных производных по со­
ответствующим данным, но и раскрывать существующие во входных данных
системы уравнений в векторной форме. Фреймворк рассматривает все изучае­
мые физические процессы как динамические системы и создает их структуру
посредством символической регрессии, применяя подход обособленно для каж­
дой переменной. Для уменьшения размерности данных был использован метод
разложения по сингулярным числам (SVD). Подобный подход выгоден в случа­
ях многомерных входных данных, например, в задаче нахождения аттрактора
Лоренца. Кроме того, метод, рассмотренный в рамках SINDy валидирован на
задачах линейных и нелинейных затухающих гармонических осцилляторов и
частного случая уравнения Навье-Стокса для обтекания цилиндра. Разработан­
ный подход масштабируем и на задачи, основывающиеся на данных с высоким
уровнем шума.
Разработка фреймворка SINDy была описана в несколько ряде статей:
[21], [22], [23].
Исследование в рамках статьи [24] посвящено решению проблемы неточ­
ных определений коэффициентов уравнений для случаев, когда различия в
величинах ожидаемых коэффициентов велики (около 8 порядков), и входные
данные зашумлены. Классический LASSO-подход в подобных ситуациях полу­
чает низкокачественные оценки коэффициентов, и для подобных случаев была
разработана байесовская вариация оператора [25], использующая байесовские
апостериорные моды. При подобном подходе параметры регрессии - коэффи­
циенты искомого уравнения имеют независимые лапласовские априорные зна­
чения. Отбор значимых слагаемых уточняется при помощи интервальных оце­
нок (байесовских доверительных интервалов). Работа [17] посвящена определе­
нию зависящих от времени коэффициентов в рамках подхода, основанного на
LASSO-регрессии.
В нескольких статьях изучается проблема обучения модели в форме диф­
ференциального уравнения в частных производных, применяемого для дан­
ных низкого качества. В [26] определяются основные уравнения хаотической
 78

динамической системы для случаев искажения входных данных. Успешные

результаты этого исследования достигаются за счет применения к данным
l1-регуляризации, которая, как доказано, способна обнаруживать как линей­
ные, так и нелинейные структуры.
За счёт низкой вычислительной сложности и явной зависимости резуль­
татов от входных параметров, метода на основе LASSO-регрессии получил ши­
рокое распространение в задах идентификации моделей динамических систем.
Ограничение применимости подхода к задачам, где нет возможности опреде­
лять сверх-полную библиотеку кандидатных слагаемых, и фиксирование при­
ближения временной динамики на основе u′𝑡 не позволяет искать уравнения
для ряда процессов. Например, LASSO-регрессия теоретически не может иден­
тифицировать уравнение Пуассона ∇2 𝜑(x) = 𝑓 (x), описывающее устойчивые
состояний динамических систем.

1.2 Искусственные нейронные сети

Искусственные нейронные сети — еще один инструмент, подходящий для

поиска управляющих уравнений для динамических систем. Основа для приме­
нения ИНС для идентификации уравнений была заложена в работах [27—31],
где предложенные сети на основе полносвязных и свёрточных слоёв использо­
вались для обнаружения коэффициентов для Бюргерса, Кортевега-де Фриза
(КдВ) уравнения и т. д. Эксперименты с зашумленными данными с искусствен­
ными нейронными сетями также были успешными, если в них использовались
данные с относительно низкими величинам шума.
Подход, воплощенный в алгоритме PDE-Read [32], предполагает исполь­
зование "рациональной нейронной сети-RatNN: строится аппроксимация при
помощи для входных данных, а также для выбранной производной по време­
ни 𝑛-го порядка и последующее разреживание структуры уравнения. Искомое
УрЧП рассматривается как соотношение:

𝜕 𝑛𝑢 ^ 𝜕𝑢 𝜕 2 𝑢
= 𝑁 (𝑢, , 2 , ...), (1.1)
𝜕𝑡𝑛 𝜕𝑥 𝜕 𝑥
 79

где 𝑁 ^ () - неизвестная (в общем случае - нелинейная) функция, которая

в рамках исследования принималась как полином от нескольких переменных.
Для задания частных производных в соотношении 1.1 используется автомати­
ческое дифференцирование. Невязка этих приближений комбинируется для по­
строения функции потерь, минимизация по которой составляет первый шаг ра­
боты алгоритма. Вторым этапом является рекурсивная элиминация признаков,
упрощающая структуру уравнения на основе кандидатного набора, предложен­
ного первым этапом.
В следующую группу можно выделить методы, нацеленные на получение
отображений, составляющих правую часть системы ДУ u′ = f (u). При обу­
чении моделей в форме автономных дифференциальных уравнений можно ис­
пользовать методы глубокого обучения, выполняющие поиск оператора в полу­
группах [33]. Метод Deep-OSG предполагает приближение семейства эволюци­
онных операторов динамической системы, обладающих свойством полугруппы,
при помощи модифицированной "остаточной нейронной сети"ResNet. Переход
к поиску операторов в полугруппах является обобщением подхода, применимо­
го к обучению модели в форме дифференциальных уравнений, разработанных в
[34; 35] . Для предсказания состояния системы в момент 𝑡𝑝𝑟𝑒𝑑 на основе входного
состояния 𝑡0 используется рекуррентное соотношение 1.2, где Δ𝑗 = 𝑡𝑗+1 − 𝑡𝑗 .

⎧
⎨u𝑝𝑟𝑒𝑑 (𝑡 ) = u(𝑡 )
0 0
(1.2)
⎩u𝑝𝑟𝑒𝑑 (𝑡𝑗+1 ) = u𝑝𝑟𝑒𝑑 (𝑡𝑗 ) + Δ𝑗 𝒩𝜃 (u𝑝𝑟𝑒𝑑 (𝑡𝑗 ), Δ𝑗 ), 𝑗 = 0, 1, ... ,

где 𝒩𝜃 - оператор полносвязной нейронной сети с параметрами 𝜃. Прогно­

стическая рекуррентная модель принимает форму композиции элементарных
операторов:
[︂ (︂ )︂]︂ [︂ (︂ )︂]︂
Δ Δ Δ Δ
N𝜃 = I𝑛 + 𝒩𝜃𝐾 ·, ∘ ... ∘ I𝑛 + 𝒩𝜃1 ·, (1.3)
𝐾 𝐾 𝐾 𝐾
Обучение модели в форме обыкновенного дифференциального уравнения
и системы обыкновенных дифференциальных уравнений сводится к обучению
рекуррентной нейронной сети, которая минимизирует ошибку последовательно­
го приближения точек временного ряда при помощи оператора 1.3, где 𝐾-число
блоков, которая используется как функция потерь. При построении уравне­
 80

ний в частных производных определяется эволюционный оператор, выполня­

ющий отображение между временными срезами состояний системы, которые
рассматриваются с точки зрения гильбертовых пространств: для фиксирован­
ного 𝑡 ≥ 0 решение искомого уравнения принадлежит к Гильбертову простран­
ству 𝑢(𝑡, x) ∈ V, и искомый оператор производит отображение 𝜖Δ : V −→ V,
𝜖Δ 𝑢(·, 𝑡) = 𝑢(·, 𝑡 + Δ). Обучение рекуррентной нейронной сети для воспроизве­
дения УрЧП происходит методом, аналогичным обучением ОДУ.
Обусловленные физикой нейронные сети (PINN) [36; 37] предусматривают
обучение нейронной сети для описания процесса при различном уровне апри­
орных знаний относительно. Методы этого класса нацелены на представление
процесса на основе аппроксимации функции - решения уравнения при помощи
нейронной сети. Обусловленные физикой нейронные сети допускают два ре­
жима работы: “обучение без учителя” и “обучение с учителем”. Первый режим
работы подразумевает решение известных уравнений, то есть поиске нейронной
сети, соответствующей поставленным операторам уравнения и начальным/гра­
ничным условиям. С поставленными задачами соотносится второй режим ра­
боты, который подразумевает получение моделей в виде новых (неизвестных
в области) дифференциальных уравнений по данным, или определении пара­
метров уже известных физических законов (обратная проблема), в том числе и
неизвестных коэффициентов в форме действительных чисел [38].
Применение обусловленных физикой нейронных сетей для получения па­
раметров уравнений не является стандартизованной процедурой. Рассмотрен­
ный пример идентификации системы уравнений Навье-Стокса из статьи [36]
предполагает использование априорных знаний относительно несжимаемости
среды (что выражается в условии 𝑢𝑥 + 𝑣𝑦 = 0, где 𝑢 = 𝜓𝑦 , и 𝑣 = 𝜓𝑥 относи­
тельно неизвестной “скрытой функции” 𝜓). В последнее время метод на основе
обусловленных физикой нейронных сетей получил широкое распространение
при исследованиях реальных систем, как показано в работах [39; 40].
 81

1.3 Использование эволюционных алгоритмов

Первый и самый ранний класс управляемых данными методов определе­

ния физических закономерностей в форме математических выражений в явном
виде основывается на символьной регрессии. В исследованиях [41; 42] рассмат­
ривается приложение символьной регрессии к получению физических законов,
определяющих процессы, однако искомые модели имеют формы алгебраиче­
ских выражений, и частные производные используются лишь для оценки каче­
ства предлагаемой функции.
По аналогии с каноничным применением алгоритма символьной регрес­
сии, получающего аналитическую модель - уравнение в символьной форме [43],
дифференциальное уравнение представляется через граф-дерево вычислений.
В нём листьями принимаются входные величины, например, зависимые и неза­
висимые переменные. За промежуточные и корневые узлы для структуры, опи­
сывающих дифференциальные уравнения, принимаются различные математи­
ческие операторы, например, оператор дифференцирования. Для поиска струк­
тур уравнений используется эволюционный алгоритм графовой оптимизации,
которая проводится на основе максимизации нижнего предела доказательств
([44]).
В статье [45] рассматривается подход, допускающие как построение урав­
нений без априорной информации об управляющей модели, так и уточнение
заданной модель в соответствии с наблюдаемым проявлением процесса. При
использовании символьной регрессии коэффициенты могут принимать произ­
вольную форму, ограниченную лишь формой допустимых операторов (напри­
мер, узлы могут соответствовать взятию степенной функции от координаты).
На основе идей эволюционной оптимизации, аналогичных использован­
ным в рамках данной диссертационной работы, были выполнены работы [46]. В
них рассматривается метод, использующий оптимизацию структуры уравнений
в ограниченной, физически-обусловленной форме, построенной из элементар­
ных функций. Более близкий к чистой символьной регрессии подход использу­
ется в инструменте SGA-PDE, разработанном в работе [47]. Дифференциальное
уравнение рассматривается как лес бинарных деревьев, которые представля­
ют одиночные слагаемые искомого уравнения. В рамках эволюции, алгоритм
 82

определяет оптимальный набор слагаемых, линейная комбинация которых поз­

воляет воспроизводить процесс. В качестве функции приспособленности для
кандидатных решений используется информационный критерий Акаике.
Совмещение подходов символьной регрессии и глубокого обучения для
решения задачи оптимизации параметрических уравнений предлагается в ста­
тье [48]. При фиксированной структуре уравнения алгоритм нацелен на опреде­
ление переменных коэффициентов: зачастую при описании динамики системы
можно предположить общую форму управляющего уравнения, однако парамет­
ризованные элементы уравнения требуют дополнительной оптимизации.
Несмотря на то, что подходы на основе эволюционной оптимизации струк­
туры дифференциальных уравнений являются перспективными с точки зрения
низких требований к использованию экспертных знаний об исследуемой систе­
ме и гибкости определяемой структуры, их применимость ограничена слож­
ностями сходимости алгоритмов, идентификации физически-необоснованных
структур и переобучением. В рамках символьной регрессии пространство по­
иска слишком широко, что делает использование алгоритма неэффективным с
точки зрения затрачиваемых вычислительных ресурсов. Также, в рамках рас­
смотренных работ нерешенным вопросом является оценка качества предложен­
ных решений.

1.4 Прочие методы получения моделей динамических систем по

данным

Альтернативный подход к проблеме описан в статье «Немарковские моде­

ли замыкания, управляемые данными» [49]. Методология редуцирования эмпи­
рических моделей (EMR) послужила основой для исследования из-за её способ­
ности моделировать многомерные данные, представляющие пространственно­
временные ряды. Разработанная методология была направлена именно на по­
иск модели, которая представляла бы входные данные. Многослойные стохасти­
ческие модели (МСМ), используемые в статье, представляют собой обобщение
связанной системы, включающей обучения модели в форме обыкновенных диф­
ференциальных уравнений (включая стохастические ДУ) с помощью регрессии.
 83

Ранее упомянутый алгоритм был применен в работе «Гармоническая де­

композиция с адаптацией к данным и стохастическое моделирование арктиче­
ского морского льда» [50]. Данная работа направлена на создание алгоритма,
способного моделировать морской лед по зависимостям, обнаруженным по зара­
нее собранным данным. Как указано в [51], гармоническая композиция с адапта­
цией к данным (DAHC) способна представлять изменяющиеся во времени поля
упрощенными временными рядами и, следовательно, может быть использована
при моделировании динамических процессов. В статье используется стохасти­
ческий подход к моделированию целевой системы. Каркас многослойной сто­
хастической модели (МСМ) используется для представления процессов различ­
ной природы путем моделирования их стохастической части частным случаем
регрессии.
Метод динамической декомпозиции мод (DMD), представленный в [52; 53]
можно использовать для получения моделей пониженного порядка для нелиней­
ных динамических систем. Ряд вариаций метода описанны в [54]. Динамическая
декомпозиция мож соотносит пространственные признаки, и связывает опера­
тор эволюции системы с периодическим временным поведением. С помощью
этой декомпозиции можно полностью уменьшить размерность суррогатной мо­
дели и избежать оценки нелинейной компоненты динамики на этапе вычисле­
ний. Как и в иных подходах, нацеленных на аппроксимацию временной дина­
мики u′𝑡 в неявной форме, результат не имеет символьной формы и, соответ­
ственно, имеет ограненную возможность интерпретации.
Еще одно необычное применение машинного обучения для поиска основ­
ных уравнений динамической системы связано с развитием технологий моде­
лирования турбулентности на основе данных, которые описаны в нескольких
работах [55—58]. В этих работах нейронные сети используются для создания
дополнительных слагаемых уравнений, используемых для моделирования тур­
булентности (усредненное по Рейнольдсу уравнение Навье-Стокса, RANS). Из­
за большой изменчивости этих слагаемых в различных пространственных и
временных масштабах их аналитический вывод довольно затруднителен. Этот
предел создал трудности для моделирования турбулентности, которые не мо­
гут быть аппроксимированы с помощью больших вихрей и прямого численно­
го моделирования (LES и DNS). Однако показано, что с помощью нейронных
сетей и регрессии по гауссовским процессам можно обнаружить поправочные
 84

слагаемые для RANS и реконструировать их для многомерного пространства

признаков.

1.5 Выводы к главе 1

После рассмотрения основных подходов к обучению моделей в форме диф­

ференциальных уравнений по данным, можно сделать вывод, что несмотря на
существование широкого набора методов и повышенный интерес исследовате­
лей к области, задача вывода с использованием произвольных априорных пред­
положениях о структуре искомого уравнения остаётся нерешенной. Большин­
ство предложенных подходов нацелены на построение аппроксимаций времен­
ной динамики, хотя моделей такой формы недостаточно для описания ряда
динамических систем. Например, подобное приближение не может быть приме­
нено к задаче идентификации волнового уравнения 𝑢′′𝑡𝑡 = 𝛼𝑢′′𝑥𝑥 , или к определе­
нию обыкновенных дифференциальных уравнений высоких порядков.
Иные методы нацелены лишь на определение параметров известного урав­
нения. Несмотря на практическую значимость, такие подходы ограничено при­
менимы и не могут решить задачу получения знаний о процессе в общем слу­
чае. Ещё одним обстоятельством, ограничивающим применимость подходов к
задачам определения уравнений по данным наблюдений, является их общая
шумо-неустойчивость. Задача дифференцирования входных данных является
некорректно поставленной, соответственно, вычисление массивов значений про­
изводных в рамках алгоритмов может быть причиной ошибочной идентифика­
ции уравнений.
При решении задачи обучения модели в форме системы дифференциаль­
ных уравнений по данным представленные методы рассматривают лишь урав­
нения в векторной форме и не идентифицируют случаи, когда уравнения имеют
принципиально различные структуры.
 85

2. Метод машинного обучения модели в форме дифференциального

уравнения

2.1 Постановка задачи обучения модели в форме

дифференциального уравнения

Традиционно, под дифференциальным уравнением подразумевается со­

отношение вида (2.1), связывающее неизвестную функцию, её производные и
независимые переменные, и в ряде случаев, дополненные прочими зависимыми
переменными. В случае, если система допускает одну зависимую переменную,
соотношение обозначается “обыкновенным дифференциальным уравнением”, а
в случае нескольких - “уравнением в частных производных”.

𝜕𝑢 𝜕𝑢
𝐹 (𝑢, , , ...) = 0 (2.1)
𝜕𝑡 𝜕𝑥1
Для исследуемой системы предполагается, что неизвестная динамика в
области Ω определяется в аналитической форме при помощи некоторого со­
отношения (2.2). Помимо самого дифференциального уравнения выделяются
необходимые начальные/граничные условия, заданные в соответствии с поряд­
ком уравнения по зависимым переменным.
⎧
⎨𝐿𝑢 = 𝐹 (𝑢, 𝜕𝑢 , 𝜕𝑢 , ..., 𝜕𝑢 , 𝜕 2 𝑢2 , 𝜕 2 𝑢2 , ... , 𝜕 2 𝑢 , ... ) = 0;
𝜕𝑥1 𝜕𝑥2 𝜕𝑡 𝜕𝑥1 𝜕𝑥2 𝜕𝑡2
(2.2)
⎩𝐺𝑢 = 0, 𝑢 ∈ Γ(Ω) [0, 𝑇 ];
×
Согласно такому подходу, полученные в качестве входных данных (x, y) ∈
Ω - наблюдения состояний системы представляют собой частное решение неиз­
вестного дифференциального уравнения. Таким образом, ставится задача не
построения инструмента для прогноза отдельного явления, отражающего кон­
кретное проявление системы, а интерпретируемой обобщающей модели. Ещё
одним требованием к разрабатываемому подходу была поставлена гибкость от­
носительно типов выводимых уравнений: существующие подходы рассчитаны
на получение аппроксимации временной динамики (первой производной по вре­
мени) при помощи различных сочетаний заданных функций и частных произ­
водных моделируемой переменной. Подобные условия существенно ограничива­
 86

ют класс выводимых уравнений: из уравнений второго порядка, например, они

способны определять только параболические, вида 𝑢′𝑡 = 𝐹 (x, 𝑡, 𝑢, 𝑢′x , ...). Ни
эллиптические, ни гиперболические уравнения не могут быть выражены как
подобные зависимости, что существенно ограничивает применимость подхода в
описании систем в статичном состоянии, когда 𝑢(x, 𝑡) = 𝑢(x), и, соответственно
0 = 𝑢′𝑡 = 𝑢′′𝑡𝑡 = ....
Отдельной сложностью в постановке задачи является определение кор­
ректного набора зависимых переменных. Можно рассмотреть два случая ошиб­
ки: в алгоритм поданы избыточные зависимые переменные, или необходимые
для описания процесса координатные оси не рассматриваются. При определе­
нии порядка производных, для токенов, которые будут использоваться при по­
строении уравнения, есть рекомендация задавать значения выше ожидаемых:
слагаемые, включающие в себя производные, не используемые для описания
динамики, должны быть регуляризованы. Сложностью подобного подхода яв­
ляется то, что иногда производные высоких порядков могут быть описаны свои­
ми соотношениями, полученными по данным. Например, при поиске уравнения
теплопроводности, имеющего параболический тип, 𝑢′′𝑡𝑡 ≡ 0.
Первый пример можно проиллюстрировать случаем системы, управляе­
мой уравнением Пуассона ∇𝑢 = 𝑓 (x), то есть находящейся в статичном со­
стоянии. Если в качестве входных данных использовать массив наблюдений,
собранных в разные моменты времени, то алгоритм может сходиться как к
корректному уравнению, описывающему пространственную структуру данных,
так и уравнению, показывающему отсутствие временной динамики 𝑢′𝑡 = 0. Ещё
одним случаем, соответствующим первому сценарию, является временная дина­
мика, измеренная в пространстве при отсутствии пространственных взаимодей­
ствий. При предположении, что существует некоторая пространственная неод­
нородность входных данных (𝑢′𝑥𝑖 (x) ̸= 0, x ∈ Ω′ , где Ω′ - значимая подобласть
Ω), алгоритм поиска должен определять корректную структуру уравнения, от­
фильтровывая незначительные производные по пространству.
Постановку задачи, когда наблюдения не отражают все зависимые пере­
менные, можно проиллюстрировать случаем, когда для пространственно-вре­
менных данных модель строиться на основе лишь временного ряда. В подобном
случае модели-уравнения не будет в достаточной мере отражать динамику си­
стему. Анализ полученных метрик качества на валидационном наборе данных
 87

позволит определить, что для построения модели требуются дополнительные

данные.
Помимо сложности, связанной с ложным определением структуры опера­
тора дифференциального уравнения, может происходить определение операто­
ров граничных условий. В задачах, где значительная доля узлов сетки находит­
ся около границы области возникает ситуация, что ищется не дифференциаль­
ный оператор, соответствующий уравнению 𝐿𝑢, а граничный оператор 𝐺𝑢. В
итоге модель не будет иметь возможность воспроизводить пространственно-вре­
менную динамику процесса внутри области, а лишь отображать одно из свойств
процесса.

2.2 Эволюционный алгоритм для обучения модели в форме

дифференциального уравнения

Для обучения модели в форме дифференциальных уравнений в рамках

предлагаемого подхода предлагается использовать эволюционный алгоритм, ре­
шающий оптимизационную задачу подбора слагаемых искомого уравнения. По
аналогии с классическими эволюционными алгоритмами, предлагаемый подход
предполагает задание множества кандидатных решений, каждое из которых
соответствует одному дифференциальному уравнению, при помощи которого
можно описать входной процесс. С ходом эволюции популяция кандидатных
уравнений изменяется под действием эволюционных операторов.
Генеративный алгоритм предполагает представление слагаемых диффе­
ренциального уравнения на основе набора параметрических элементарных
функций - токенов 𝑡𝑗 = 𝑡𝑗 (𝑝𝑗1 , 𝑝𝑗2 , ...), тип которых определяется в зависимости
от априорных предположений о данных. Поиск оптимальных значений парамет­
ров (𝑝𝑗1 , 𝑝𝑗2 , ...) при их наличии в используемых токенах происходит в процес­
се построения уравнения. При построении уравнения используется множество
𝑛
(частных) производных для моделируемой переменной 𝐹𝑑𝑒𝑟𝑖𝑣 = { 𝜕 𝑛1 𝑥1 ...𝜕 𝜕𝑢𝑛𝑘 𝑥𝑑 𝑖𝑚 },
где 𝑛1 + ... + 𝑛𝑘 = 𝑛 ∈ 1, 2, ... , 𝑁 , которое дополняется иными множествами
токенов 𝐹 = 𝐹𝑑𝑒𝑟𝑖𝑣 ∪ 𝐹1 ∪ .... Среди множеств токенов выделяются “самостоя­
тельные” 𝐹𝑖𝑛𝑑𝑒𝑝 , из которых составляется основа слагаемых: в каждом слагае­
 88

мом дифференциального уравнения должен быть хотя бы один множитель (в

ряде случаев - единственный) из объединения этих множеств. Таким образом, в
множество самостоятельных элементарных функций должны включаться как
производные, так функции для представления неоднородности уравнения, на­
пример, функции источников.

∑︀𝑛_𝑡𝑒𝑟𝑚𝑠 ∏︀
𝐿′ 𝑢 = 𝑖=0 𝑎𝑖 (x)𝑐 𝑖 (x) + 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 = 0 , 𝑐 𝑖 (x) = 𝑗 𝑡𝑖𝑗 (x), 𝑡𝑖𝑗 ∈ 𝐹𝑖𝑛𝑑𝑒𝑝
∏︀ (2.3)
𝑎𝑖 (𝑡, x) = 𝑎′𝑖 (x) * 𝑏𝑖 , 𝑏 ∈ R, 𝑎′𝑖 (x) = 𝑗 𝑎′𝑖𝑗 (x), 𝑎′𝑖𝑗 ∈ 𝐹

Предлагаемые множители объединяются при помощи операторов произ­

ведения в слагаемые в форме 𝑎′𝑖 (x) * 𝑏𝑖 * 𝑐𝑖 (x), где 𝑏𝑖 ∈ R - постоянные части
коэффициентов, 𝑎′𝑖 (x) - непостоянная часть коэффициентов, 𝑐𝑖 (x) - множители,
содержащие частные производные переменных, или иные “самостоятельные”
элементарные функции.
Для обучения модели в форме дифференциального уравнения, обладаю­
щего способностью описывать моделируемую систему, необходимо корректным
образом задать множества элементарных функций. Несмотря на то, что этот
процесс автоматизируем, используемый подход основан на полу-ручном отборе.
По умолчанию используется множество частных производных моделируемой
переменной по всем независимым переменным 𝐹𝑑𝑒𝑟𝑖𝑣 . Дальнейший выбор опре­
деляется особенностями моделируемой систем: при обработке данных, описыва­
ющих состояние движущейся среды (например, температуру в среде с конвекци­
ей), в используемые элементарные функции включаются компоненты вектора
скорости 𝐹𝑣𝑒𝑙𝑜𝑐𝑖𝑡𝑦 = {𝑢1 (x), 𝑢2 (x), ...}. В некоторых случаях их значения в узлах
можно получить на основе наблюдений и использовать в определённом виде в
качестве токенов для алгоритма, однако в общем случае допускается парамет­
рическое представление 𝐹𝑣𝑒𝑙𝑜𝑐𝑖𝑡𝑦 = {𝑢1 (x|𝑝11 , 𝑝12 , ...), 𝑢2 (x|𝑝21 , 𝑝22 , ...), ...}. Так­
же в большинстве случаев обоснованным выбором токенов являются значения
независимых переменных (координаты узла) 𝐹𝑖𝑛𝑣 = {𝑥𝑖 }, 𝑖 = 1, ... , 𝑑𝑖𝑚, или
обратные функции от переменных 𝐹𝑖𝑛𝑣 = { 𝑥1𝑖 }, 𝑖 = 1, ... , 𝑑𝑖𝑚.
Далее, рассмотрим элементы реализованного эволюционного алгоритма.
Первым аспектом является выбор оптимального кодирования кандидатного
дифференциального уравнения. В работе [2] было предложено графовое пред­
ставлении уравнений, соблюдающее предположения о структуре уравнений. По­
 89

добный подход позволяет использовать операторы графовой оптимизации: для

соответствия структуре уравнения, предложенной на формуле (2.3), в кодиров­
ке используется граф - дерево. В нём узлы-листья содержат отдельные токены,
промежуточные узлы - оператор умножения, комбинирующий токены в слагае­
мые, и корневой узел, содержащий оператор суммирования полученных слага­
емых. Можно отметить, что многие уравнения динамики, не соответствующие
форме (2.3), могут быть сведены к ней при помощи несложных преобразований.
Примером подобной системы может быть уравнение Михаэлиса — Ментен, име­
ющее в исходном виде форму (2.4), где 𝑣 = 𝑣(𝑡) - скорость реакции, 𝑣𝑚𝑎𝑥 ∈ R
постоянная, соответствующая максимальной скорости реакции, 𝐾𝑚 ∈ R - кон­
станта Михаэлиса. Несмотря на то, что подобная зависимость не может быть
выражена как линейная комбинация нелинейных слагаемых из элементарных
функций, уравнение может быть приведено к нелинейной форме (2.5), которую
рассматриваемый подход уже может обнаружить.

𝑑𝑣 𝑣𝑚𝑎𝑥 𝑣
= (2.4)
𝑑𝑡 𝑣 + 𝐾𝑚

𝑑𝑣 𝑑𝑣
𝑣+ 𝐾𝑚 − 𝑉𝑚𝑎𝑥 𝑣 = 0 (2.5)
𝑑𝑡 𝑑𝑡
При инициализации алгоритма случайным образом генерируются графы
начальной популяции кандидатных дифференциальных уравнений в соответ­
ствии со следующей логикой: каждое уравнение должно содержать минимум
одно слагаемое, содержащее производную, а также избегается генерация повто­
ряющихся слагаемых в уравнениях. Для токенов, содержащих оптимизируемые
параметры составляется случайный набор исходных значений в рамках заранее
определённых интервалов. Для каждого созданного дифференциального урав­
нения одно слагаемое определяется в качестве "левой части уравнения таким
∑︀
образом структура принимает вид 𝑖, 𝑖̸=𝑖_𝑟𝑝𝑠 𝑎𝑖 (𝑡, x)𝑐𝑖 = 𝑎𝑖_𝑟𝑝𝑠 (𝑡, x)𝑐𝑖_𝑟𝑝𝑠 . Со­
относимое с левой частью дифференциального уравнения слагаемое должно
содержать хотя бы одну производную во избежание получения алгебраических
уравнений.
Отдельное исследование, отраженное в диссертационной работе, было по­
священо подбору функции приспособленности. Обучение модели в форме диф­
ференциального уравнения в эволюционном алгоритме производится при помо­
 90

щи эволюционных операторов мутации и кроссовера, воздействующих на попу­

ляцию.
Кроссовер является частью эволюционного механизма, который проявля­
ется в обмене генами между двумя кандидатами для получения потомства с бо­
лее высокими значениями функции приспособленности. В задаче вывода урав­
нений по данным его можно представить как обмен слагаемыми между уравне­
ниями. Для повышения вероятности получения единиц с более высокими зна­
чениями приспособленности следует провести кроссовер между выбранными
особями, уже обладающими достаточно высокой приспособленностью. Отбор
особей для использования в операторе кроссовера проводился при помощи тур­
нирного отбора.
Следующим важным элементом предлагаемого алгоритма, управляемого
данными, является разреженная регрессия. Его основное применение — обна­
ружение структуры уравнения среди множества возможных членов. При отсут­
ствии исходной информации о структуре уравнения и правильном количестве
членов лучше ввести уравнение с большим числом возможных членов-кандида­
тов. Поэтому должна иметь место некоторая форма фильтрации. Основным ин­
струментом на этом этапе является оператор наименьшего абсолютного сжатия
и отбора (LASSO). В отличие от других типов регрессии (например, гребневой
регрессии), LASSO может уменьшить количество ненулевых элементов вектора
коэффициентов, давая нулевые значения предикторам, не являющимися значи­
мыми для цели.
В процедуре построения слагаемых в качестве токенов-множителей (соот­
ношение (2.6)), используются производные или другие заданные функции, ком­
бинации которых образуют слагаемых искомого уравнения. Их значения опре­
деляются на сетке, введённой в области, на которой заданы входные данные.
Пример их совмещения для построения комбинации-слагаемого представлен в
соотношении (2.7). Вектор, который после дальнейших модификаций (нормали­
зации) будет использован в качестве признака для разреженной регрессии, со­
ставляется как поэлементное произведение векторов (обозначим символом ⊙),
содержащих исходную функцию и ее производную по оси x.
 91

⎡ ⎤ ⎡ ⎤ ⎡ ⎤
1 𝑢 (𝑡0 , 𝑥0 ) 𝑢𝑥 (𝑡0 , 𝑥0 )
⎢ .. ⎥ ⎢ .. ⎥ ⎢ .. ⎥
⎢ . ⎥ ⎢ . ⎥ ⎢ . ⎥
⎢ ⎥ ⎢ ⎥ ⎢ ⎥
f1 = ⎢ ⎥ ⎢ ⎥ ⎢
⎢ 1 ⎥ ; f2 = ⎢ 𝑢 (𝑡𝑖 , 𝑥𝑗 ) ⎥ ; f3 = ⎢ 𝑢𝑥 (𝑡𝑖 , 𝑥𝑗 )
⎥ ; ...
⎥ (2.6)
⎢ .. ⎥ ⎢ .. ⎥ ⎢ .. ⎥
⎣ . ⎦ ⎣ . ⎦ ⎣ . ⎦
1 𝑢 (𝑡𝑚 , 𝑥𝑛 ) 𝑢𝑥 (𝑡𝑚 , 𝑥𝑛 )
⎡ ⎤
𝑢(𝑡0 ,𝑥0 ) * 𝑢𝑥 (𝑡0 ,𝑥0 )
⎢ .. ⎥
⎢ . ⎥
⎢ ⎥
F𝑘 = ⎢
′
⎢ 𝑢(𝑡 𝑖 ,𝑥 𝑗 ) * 𝑢𝑥 (𝑡𝑖 ,𝑥𝑗 ) ⎥ = f2 ⊙ f 3 ;
⎥ (2.7)
⎢ .. ⎥
⎣ . ⎦
𝑢(𝑡𝑚 ,𝑥𝑛 ) * 𝑢𝑥 (𝑡𝑚 ,𝑥𝑛 )
Минимизируемый функционал уравнения регрессии LASSO (2.8) прини­
мает форму суммы двух слагаемых. Первое соответствует квадрату ошибки
между векторами целевой переменной, обозначаемой как Ftarget , и вектором
предсказаний, полученным через произведение матрицы признаков F и вектора
весов 𝛼, а второе - 𝐿1 -норма вектора весов, взятая с положительной константой
разреженности 𝜆, регуляризующая систему:

‖F𝛼 − F𝑡𝑎𝑟𝑔𝑒𝑡 ‖2 + 𝜆‖𝛼‖1 → min (2.8)

𝛼

Основным недостатком оператора LASSO является ее неспособность по­

лучить правильные значения коэффициентов. Окончательная линейная регрес­
сия по обнаруженным эффективным терминам выполняется для получения
результирующих фактических коэффициентов дифференциального уравнения.
На последнем этапе ненулевые веса из LASSO пересчитываются в соответствии
с линейной регрессией и исходными ненормализованными данными в качестве
предикторов и прогнозируемой переменной. Действительнозначная компонента
неоднородности 𝑏𝑏𝑖𝑎𝑠 , введённая в соотношении (2.3), получается как смещение
из линейной регрессии.
 92

2.3 Сходимость предложенного метода

Отдельное внимание стоит уделить вопросу сходимости разработанного

алгоритма обучения модели в форме дифференциальных уравнений. Вопрос
можно разделить на две части: выбор предпочтительной функции приспособ­
ленности, оптимизация (в данном случае, вопреки установившейся практике в
области эволюционных вычислений, будет происходить её минимизация) по ко­
торой приведёт к лучшему уравнению-модели, и исследованию предложенного
алгоритма оптимизации с точки зрения поиска глобального оптимума целевой
функции.

2.3.1 Выбор функции приспособленности

Основным требованием к функции приспособленности является создание

наилучшей сходимости алгоритма с точки зрения времени и обеспечение мак­
симума приспособленности у кандидатного решения, соответствующего уравне­
нию, лучшим образом описывающего динамику процесса. Были рассмотрены
2 возможные формализации задачи: оптимизация невязки оператора диффе­
ренциального уравнения, рассмотренная на (2.9), и минимизация разности 2.10
между исходными данными 𝑢 и решением уравнения 𝑢 ̃︀ в соответствующих уз­
лах сетки.

∑︁
𝐿= 𝑎*𝑖 (𝑡, x)𝑏𝑖 𝑐𝑖 −→ min
*
(2.9)
𝑎𝑖 ;𝑐𝑖
𝑖

|̃︀
𝑢(𝑡, x) − 𝑢(𝑡, x)| −→ min
*
: 𝐿′ 𝑢
̃︀ = 0 (2.10)
𝑎𝑖 ;𝑐𝑖

Функции приспособленности при решении задачи минимизации невязки

дифференциального оператора вводится по соотношению 2.11.

∑︁
−1
𝑓𝑓 𝑖𝑡𝑛𝑒𝑠𝑠 = (||𝐿||2 ) = (|| (𝑎*𝑖 (𝑡, x)𝑏𝑖 𝑐𝑖 ) − 𝑎*𝑖_𝑟ℎ𝑠 (𝑡, x)𝑐𝑖_𝑟ℎ𝑠 ||2 )−1 (2.11)
𝑖̸=𝑖_𝑟ℎ𝑠
 93

В то время как процесс поиска уравнения при помощи подобной функ­

ции приспособленности на бесшумных данных может сходиться к желаемому
вариант решения, в случае высоких погрешностей в значениях токенов могут
возникать проблемы со сходимостью к корректному управляющему уравнению.
Ожидаемая структура уравнения может не быть оптимальной с точки зрения
введенной метрики оптимизации. Например, при работе с уравнением теплопро­
водности 𝑢𝑡 = ∇(𝛼∇𝑢), вторая производная функции-решения тождественно­
нулевая на всей области, и алгоритм может сойтись к структуре уравнения
𝑢𝑡𝑡 = 0, которая не описывает динамику системы.
Для решения проблемы сходимости алгоритма к неинформативным урав­
нениям была предложена функция приспособленности 𝑓𝑓 𝑖𝑡𝑛𝑒𝑠𝑠 = (||̃︀ 𝑢 − 𝑢||2 )−1 .
При оценке приспособленности кандидатных дифференциальных уравнений
возникают сложности с использование классических численных методов реше­
ния ДУ: конечно-разностные и конечно-элементные методы требуют априорных
знаний об уравнениях, и в общем случае не могут применяться для произволь­
ных уравнений. Из-за достаточно низкого числа ограничений относительно ис­
комых уравнений невозможно провести предварительную подготовку разност­
ных схем / конечных элементов и, соответственно, подобные численные методы
не применимы в этой задаче.
Алгоритм решения дифференциального уравнения требует корректно (по
крайней мере, "усреднено по моделируемой области") поставленного дифферен­
циального оператора и начальных/граничных условий, соответствующих типу
переданной краевой задачи, выраженной в уравнении 2.12, для смоделирован­
ной функции 𝑢(𝑡, x), определенной в области определения (𝑡, x) ∈ Ω ⊂ R𝑘+1 , где
𝑘 — количество пространственных наблюдений. 𝐿 и 𝑏 — соответственно произ­
вольные (возможно, нелинейные) дифференциальный и граничный операторы,
причем последний определен на границе Γ.
⎧
⎨𝐿𝑢(𝑡,x) = 𝑓 ;
(2.12)
⎩𝑏𝑢(𝑡,x) = 𝑔, (𝑡, x) ∈ Γ

В соответствии с целью оценки фитнес-функции процесс решения уравне­

ния выполняется на фиксированной сетке (𝑡𝑖 , x𝑖 ) в области Ω, соответствующей
точкам данных. В большинстве задач сетка равномерна, но может быть выбра­
на и произвольная дискретизация.
 94

Для упрощения процесса построения граничных условий по данным, ис­

пользуемый тип граничных условий ограничен условиями Дирихле. Исполь­
зованию условий Неймана и Робена препятствует значительная погрешность
определения производных у границы моделируемой области. Несмотря на то,
что при помощи конечных разностей можно определить значения и на гранич­
ных узлах сетки, их точность ниже из-за схем аппроксимации более низкого
порядка.
В разработанном методе используется подход, предложен­
ный в работе [59] и воплощенный в библиотеке TEDEouS
(https://github.com/ITMO-NSS-team/torch_DE_solver). В нём задача ре­
шения уравнения сводится к задаче оптимизации, сформулированной в
уравнении 2.13, где || · ||𝑖 и || · ||𝑗 — нормы произвольных не обязательно совпа­
дающих порядков 𝑖 и 𝑗, а 𝜆 — постоянная, задающая значимость соблюдения
граничных условий в процессе оптимизации функции-решения уравнений.

𝑢(𝑡, x) − 𝑓 ||𝑖 + 𝜆||𝑏̃︀

(||𝐿̃︀ 𝑢(𝑡, x) − 𝑔||𝑗 ) −→ min (2.13)
̃︀
𝑢

Из-за численных ограничений дифференциальный оператор 𝐿 заменен

приближенным оператором 𝐿. В обобщенном подходе к решению уравнений
в частных производных граничный оператор 𝑏 будет заменен приближенным
оператором 𝑏. В случае дифференциальных уравнений низких порядков допус­
кается задание граничных условий Дирихле, определение которых не вызывает
ошибок аппроксимации. В случае более высоких порядков дифференциальных
уравнений, для граничных условий должны задавать требуемые операторные
формы. Вычисления частных производных для операторов выполняются с по­
мощью конечно-разностной схемы 2.14, где, например, рассматривается первая
производная по времени. Δ𝑡 обозначает временной шаг сетки, введённой в мо­
делируемой области.

̃︀ + Δ𝑡, x) − 𝑢(𝑡
𝑢(𝑡, x) 𝑢(𝑡
𝜕̃︀ ̃︀ − Δ𝑡, x)
= (2.14)
𝜕𝑡 2 * Δ𝑡
В поставленной задаче нам необходимо определить функцию 𝑢(𝑥, ̃︀ x), соот­
ветствующую минимальному значению функционала на соотношении 2.13. Для
этих целей используется параметризованная функция 𝑢(𝑡, ̃︀ x, Θ) : R𝑘+1 →− R,
где Θ = (𝜃1 , ..., 𝜃𝑛_𝑝𝑎𝑟𝑎𝑚𝑠 ) — вектор параметров для этого выбирается конкрет­
 95

ный тип функции. В общем случае класс параметризованной функции может

быть произвольным. Задача оптимизации может быть поставлена так, как ука­
зано в уравнении 2.15.

𝑢(𝑡, x, Θ) − 𝑓 ||𝑖 + 𝜆||𝑏̃︀

(||𝐿̃︀ 𝑢(𝑡, x, Θ) − 𝑔||) −→ min (2.15)
Θ

̃︀ x, Θ) выбрана пол­
В этом исследовании для представления функции 𝑢(𝑡,
носвязная искусственная нейронная сеть. Поиск вектора параметров Θ осу­
ществляется в процессе обучения нейронной сети, таким образом определяется
функция, представляющая искомое решение дифференциального уравениня.
Подход обобщён на листинге [1]. Необходимо отметить, что существует ряд
ограничений на способность обученных подобным способом нейронных сетей
аппроксимировать решение начально-краевых задач для конкретных операто­
ров.

Data: Encoded equation and boundary conditions, initial NN model 𝑚𝑜𝑑𝑒𝑙

Result: Trained neural network 𝑚𝑜𝑑𝑒𝑙 that approximates the solution
Compute 𝑚𝑜𝑑𝑒𝑙 Sobolev space norm 𝑚𝑖𝑛_𝑛𝑜𝑟𝑚;
for NN in cache do
Train model to repeat NN output;
Apply differential operator to trained model;
Compute Sobolev space norm 𝑛𝑜𝑟𝑚_𝑐𝑢𝑟𝑟 if
𝑛𝑜𝑟𝑚_𝑐𝑢𝑟𝑟 < 𝑚𝑖𝑛_𝑛𝑜𝑟𝑚 then
𝑚𝑜𝑑𝑒𝑙=trained model ;
𝑚𝑖𝑛_𝑛𝑜𝑟𝑚 = 𝑛𝑜𝑟𝑚_𝑐𝑢𝑟𝑟
else
pass
while 𝑝𝑎𝑡𝑖𝑒𝑛𝑐𝑒 < 𝑡ℎ𝑟𝑒𝑠ℎ𝑜𝑙𝑑 do
Apply differential operator to trained model;
Compute Sobolev space norm 𝑛𝑜𝑟𝑚 ;
if 𝑛𝑜𝑟𝑚 oscilates near the same value then
𝑝𝑎𝑡𝑖𝑒𝑛𝑐𝑒 = 𝑝𝑎𝑡𝑖𝑒𝑛𝑐𝑒 + 1
if 𝑛𝑜𝑟𝑚 is not improved in 𝑖𝑚𝑝𝑟𝑜𝑣𝑖𝑛𝑔_𝑝𝑎𝑡𝑖𝑒𝑛𝑐𝑒 steps then
𝑝𝑎𝑡𝑖𝑒𝑛𝑐𝑒 = 𝑝𝑎𝑡𝑖𝑒𝑛𝑐𝑒 + 1
Gradient descent step for 𝑚𝑜𝑑𝑒𝑙 with respect to 𝑛𝑜𝑟𝑚;
Algorithm 1: Псевдокод алгоритма автоматического решения дифференци­
альных уравнений

Анализ использования предложенных подходов к оценке качества канди­

датных уравнений был проведён на основе сравнительного исследования, опи­
санного в статье [7]. Данные, приведённые на Рис. 2.1, показывают, что ис­
 96

пользование решений кандидатных уравнений для определения их пригодности

даёт значительный прирост сходимости лишь на умеренных значениях внесён­
ного шума. В таких случаях, доля успешных запусков, выражающийся в При
запуске алгоритма на чистых данных оба подхода гарантируют сходимость.
При высоких уровнях шума нарушается отбор значимых слагаемых на основе
LASSO-регрессии, что выражается в некорректно-разреженных векторах коэф­
фициентов даже при определении оптимального множества слагаемых уравне­
ния.

Рисунок 2.1 — Зависимость доли успешных запусков алгоритма на данных из

решения уравнения Кортевега-де Фриза от уровня шума во входных данных
при использовании рассматриваемых функций приспособленности.

2.3.2 Процедуры подготовки входных данных

Перед выполнением основной части эволюционного алгоритма запускает­

ся процедура подготовки данных. Основной задачей начального этапа процесса
вывода уравнения является вычисление тензоров производных для представ­
ления соответствующих токенов в контексте структуры дифференциального
уравнения. В ряде случаев в системе можно определить не только значение мо­
делируемой величины, но и её производные, что делает подобную процедуру
подготовки данных избыточной. Однако, в общем случае предполагается, что
 97

для исследования доступны лишь наблюдениях состояния системы, и производ­

ные необходимо вычислять на их основе.
При обработке данных, описывающих реальные процессы, предполагает­
ся, что наблюдения не могут идеально отображать реальное значение иссле­
дуемой величины. Компоненту ошибки можно разделить на систематическую
и случайную составляющую. Систематическая ошибка возникает вследствие
неправильной калибровки датчиков, ошибки в установке местоположения при­
бора, или иных причин, связанных с некорректной постановкой эксперимента.
Подобная ошибка практически не устранима из набора данных без привлечения
дополнительной информации, таким образом мы будем предполагать, что она
либо незначительна в наблюдениях, либо данные очищены от неё ещё до приме­
нения алгоритма. Случайная ошибка не воспроизводится при повторных наблю­
дениях и возникает из-за неопределённости измерительных приборов, флуктуа­
ций моделируемой величины малого масштаба и иной, стохастической природы.
Измеренная величина зависимой переменной 𝑢(𝑡, x) связана с действительным
значением 𝑢(𝑡, x) через следующее соотношение:

𝑢(𝑡, x) = 𝑢(𝑡, x) + 𝑛(𝑡, x), 𝑛(𝑡, x) ∼ 𝐹 (𝑡, x), (2.16)

где 𝐹 (𝑡, x) - некоторое распределение, параметры которого зависят от

координат узла (т.е. независимые переменные) напрямую, или опосредованно
через величину 𝐹 (𝑢(𝑡, x)). В дальнейших экспериментах предполагается, что
величина случайной ошибки задаётся из нормального распределения 𝑁 (0, 𝜎),
среднеквадратическое отклонение определяется значением моделируемой пере­
менной: 𝜎 = 𝜎(𝑢).

Общая постановка задачи шумоустойчивого дифференцирования

Концепция устойчивого дифференцирования нацелена на исследование во­

проса, при каких условиях существует устойчивое приближение производной за­
шумлённой функции. Задача численного дифференцирования данных является
некорректно-поставленной: незначительному изменению входной функции соот­
ветствует значительное изменение получаемых производных. Вводный анализ
 98

возможности устойчивого дифференцирования приведён в статье [60]. Одним

из требований к корректной постановке математической задачи с единственным
решением 𝑣 = 𝐷(𝑢), 𝑢 ∈ 𝑈 , 𝑣 ∈ 𝑉 , где 𝑈 , 𝑉 - метрические пространства с мет­
риками, 𝜌𝑈 , 𝜌𝑣 , является её устойчивость. Свойство устойчивости заключается
в том, что для произвольного 𝜖 > 0 можно определить 𝛿(𝜖), так что на возму­
щение 𝑢𝑝𝑒𝑟𝑡 исходных данных 𝑢𝑖𝑛𝑖𝑡 на 𝜖: 𝜌(𝑢𝑖𝑛𝑖𝑡 , 𝑢𝑝𝑒𝑟𝑡 )𝑈 ≤ 𝛿(𝜖) решение задачи
меняется на 𝜖, т.е. 𝜌(𝑣𝑖𝑛𝑖𝑡 , 𝑣𝑝𝑒𝑟𝑡 )𝑉 = 𝜌(𝐷(𝑢𝑖𝑛𝑖𝑡 ), 𝐷(𝑢𝑝𝑒𝑟𝑡 ))𝑉 ≤ 𝜖.
Влияние шума на данные можно рассматривать с точки зрения анали­
за Фурье. Исследуемый процесс не должен давать высокочастотных колебаний
или иметь амплитуды существенно меньшие, чем у низкочастотных аналогов.
При обратном, данные могут иметь проблемы с искажениями и проявления­
ми алиасинга, что ограничивает применимость частотного анализа и любых
спектральных методов при дальнейшей подготовке данных. В силу сеточно­
сти входных данных, невозможно анализировать непрерывный спектр данных,
что приводит к необходимости использовать Действительно, подобные высоко­
частотные компоненты в дискретном преобразовании Фурье связаны с шумом
измерения или мелкомасштабными процессами, которые следует опускать при
построении уравнения и отфильтровывать.

Рисунок 2.2 — Сравнение амплитуд, полученных на основе дискретного

преобразования Фурье (a) абсолютные значения, результаты приведены для
чистых данных (чёрные точки), и для зашумлённого сигнала (красные точки),
(b) относительная разность между значеним амплитуды, определённой по
зашумлённым и чистым данным.
 99

В области обучения модели в форме дифференциального уравнения для

получения значений производных в узлах сетки классически используется ме­
тод конечных разностей, который позволяет оценить значение производной в
узле сетки на основе значений в соседних узлах.

𝜕𝑢(𝑡, x) Δ𝛿,𝑖 𝑢 𝑢(𝑡, x + 𝛿𝑖 ) − 𝑢(𝑡, x)

≈ = , (2.17)
𝜕𝑥𝑖 𝛿𝑖 𝛿𝑖
где при составлении конечно-разностной схемы "вперёд"для определения
частной производной 𝑢′𝑥𝑖 в узле сетки с координатами 𝑡, x используются значе­
ния переменной в "следующем"узле по 𝑖-ой оси (в данном случае, с координа­
тами 𝑡, x + 𝛿𝑖 , где 𝛿𝑖 : 𝛿𝑖𝑗 = 0, 𝑖 ̸= 𝑗, и 𝛿𝑖𝑖 - шаг сетки по 𝑖-ому измерению).
Далее, оценим погрешность, возникающую при использовании метода ко­
нечных разностей для дифференцирования входных данных, зашумлённой со­
гласно ур. 2.16. Входные данные, представленные на компактном пространстве
Ω, принадлежат к пространству Соболева 𝑊 𝑘,𝑝 (Ω) функций, принадлежащих
к, и имеющие производные до 𝑘-го порядка из лебегова пространства 𝐿𝑝 (Ω):
𝑢 ∈ 𝑊 𝑘,𝑝 (Ω). Сеточная функция 𝑢, соответствующая наблюдениям, соотносит­
ся с пространством Лебега с ∞-нормой: 𝑢 ∈ 𝐿∞ (Ω). В таком случае, разность
между истинным значением производной функции в точке и её конечно-раз­
ностным приближением, полученным по данным можно выразить как:

Δ𝛿,𝑖 𝑢 Δ𝛿,𝑖 (𝑢 − 𝑢) Δ𝛿,𝑖 𝑢 2𝛿𝑖 ℎ𝐶

‖𝑢′𝑥𝑖 − ‖𝑝 ≤ ‖ ‖𝑝 + ‖𝑢′𝑥𝑖 − ‖𝑝 ≤ + , (2.18)
2𝛿𝑖 2𝛿𝑖 2𝛿𝑖 ℎ 2

где ‖·‖𝑝 обозначает норму в пространстве 𝐿𝑝 (Ω), а 𝐶 ≥ ‖𝑓𝑥′′𝑖 𝑥𝑖 ‖𝑝 . Эта оцен­

ка указывает на то, что производные чувствительны к ошибкам в измерении.
Кроме того, уменьшение шага сетки, которое предпочтительно из-за более низ­
кой численной ошибки конечных разностей, приводит к увеличению случайных
ошибок.
В качестве инструментов устойчивого численного дифференцирования
входных данных в рамках исследования были рассмотрены подходы:
– приближение функции в интервале, содержащем точку, для которой
берётся производная, при помощи полинома (полинома Чебышева) и
аналитическое вычисление производной;
– спектральные методы вычисления производных;
 100

– автоматическое дифференцирование нейронной сети, использованной

для аппроксимации данных.
Для фильтрации данных используются фильтры низких частот.
Первый предложенный тип сглаживания и последующего дифференци­
рования - ядерное сглаживание. Несмотря на то, что применение подобных
методов к данным нарушает их структуру, предположение гладкости не про­
тиворечит ожидаемой структуре данных, полученных на основе наблюдений
состояния физических (в первую очередь, гидрометеорологических) данных.
Операция сглаживания применяется для каждого временного среза 𝑡 на основе
свёртки, представленной на уравнении 2.19, данных с помощью функции Гаусса
2.20. В этом соотношении 𝑠 - точка, для которой проводится сглаживание, 𝑠′ -
точка, используемая для сглаживания, 𝜎 - параметр гауссовского ядра.
∫︁
𝑢˜(𝑠, 𝑡) = 𝐾𝜎 (𝑠 − 𝑠′ )𝑢(𝑠′ )𝑑𝑠′ ; (2.19)

2
′ 1 1 ∑︁
𝐾𝜎 (𝑠 − 𝑠 ) = 2
exp ( 2 (𝑠 − 𝑠′ )𝑖 ). (2.20)
2𝜋𝜎 2𝜎 𝑖=1

Фильтр Савицкого-Голая

Фильтрация методом Савицкого-Голая [61] предполагает сглаживание

входного сигнала при помощи локальной аппроксимации данных многочлена­
ми на основе метода наименьших квадратов. Далее мы будем рассматривать
одномерный случай: при подаче в алгоритм многомерных данных, операция
фильтрации проводится вдоль каждой оси, по факту сводя задачу к одномер­
ной постановке. Для построения приближения функции используются значения
моделируемой функции, взятые в окне, окрестности обрабатываемой точки. Па­
раметр ширины окна определяет число используемых при аппроксимации зна­
чений переменной, и традиционно задаётся как нечётное число с обозначением
𝑁 = 2𝑀 +1. На основе значений строятся полиномы 𝑃1 (𝑥), 𝑃2 (𝑥), ... , 𝑃𝑛 (𝑥), где
максимальная степень полинома должна быть меньше ширины окна: 𝑛 < 𝑁 .
После выбора подходящего размера окна и полиномиального порядка строится
 101

переопределенная система. Его решение дает полиномиальные коэффициенты

b = (𝑏0 , 𝑏1 , ... , 𝑏𝑛 ), которые позволяют получить сглаженный сигнал без коле­
баний, вызванных случайной ошибкой.
Производные этим методом рассчитываются только для внутренних то­
чек области Ω. Нехватка точек для полноценной аппроксимации функции при
помощи полиномам выражается в необходимости использования конечных раз­
ностей для получения значений производных на границе. Прежде всего, вы­
бирается конкретный тип полиномов. Предполагая, что полином, заданный в
точке 𝑥 = (𝑥1 , ... , 𝑥𝑁 ), имеет структуру 2.21, тогда решаемая задача ставится
так, что нужно получить коэффициенты 𝑏𝑖 (𝑥) для точки 𝑥:

𝑀
∑︁
̃︀
𝑢(𝑥) = 𝑏𝑖 (𝑥)𝑃 𝑖 (𝑥); (2.21)
𝑖=0

Вычисление коэффициентов полинома производится по методу наимень­

ших квадратов, где значения полиномов 𝑃0 (𝑥), 𝑃1 (𝑥), ... , 𝑃𝑛 (𝑥) используются
как предикторы для функции 𝑢, измеренной в узлах сетки в пределах окна
вокруг точки 𝑥. При приближении данных для 𝑥 оптимизационная задача при­
нимает форму:

𝑁
∑︁ 𝑀
∑︁
b = arg min (𝑢(𝑥𝑗 ) − 𝑏′𝑖 𝑃 𝑖 (𝑥𝑗 ))2 . (2.22)
b′ 𝑗=1 𝑖=0

В качестве представления функции используется многочлен Чебышева

2𝑘
первого типа, где 𝐶𝑚 обозначает число сочетаний из 𝑚-элементов по 2𝑘:

⌊𝑚/2⌋
∑︁
2𝑘 2
𝑇𝑚 (𝑥) = 𝐶𝑚 (𝑥 − 1)𝑘 𝑥𝑚−2𝑘 . (2.23)
𝑘=0

Имея приближение функции при помощи многочлена Чебышева, произ­

водные по данным могут быть вычислены аналитически. Дифференцирование
полиномов Чебышева первого рода позволяет получить полиномы Чебышева
∑︀
второго рода: 𝑢′𝑖 = 𝑛−1
𝑘=0 𝛼𝑘 𝑈𝑘 (𝑥𝑖 ).

⌊𝑚/2⌋
∑︁
2𝑘+1 2
𝑈𝑚 (𝑥) = 𝐶𝑚+1 (𝑥 − 1)𝑘 𝑥𝑚−2𝑘 (2.24)
𝑘=0
 102

Рисунок 2.3 — Процесс вычисления производных на основе полиномов

Чебышева (исходные - чёрные точки, с гауссовским шумом - красные) и
дифференцирование данных (красная касательная отражает
дифференцирование зашумлённых данных, чёрная - чистые данные)

Необходимое для вывода ДУ по шумным данным качество определения

производных достижимо при помощи фильтрации Савицкого-Голая, однако ряд
работ показывают, что альтернативные методы фильтрации позволяют добить­
ся лучшей устойчовсти [62].

Аппроксимация функции полносвязной нейронной сетью

Альтернативным подходом к сглаживанию входных данных является за­

мена входного поля 𝑢(x, 𝑡) на его аппроксимацию 2.25, полученную при по­
мощи обученной по данным нейронной сети на основе 𝑚 полносвязных сло­
ёв: 𝑓 (𝑖) (x = 𝜎(𝑊 (𝑖) z(𝑖) + b(𝑖) ) - аффинных функций, где 𝑊(𝑖) - матрица ве­
сов нейронной сети, z(𝑖) - входные переменные, которые в случае первого
слоя соответствуют независимым переменным (x, 𝑡), и b(𝑖) - вектор смещения.
𝜎(u) = (𝑒𝑥𝑝[2u] − 1)/(𝑒𝑥𝑝[2u] − 1) - функция активации (гиперболический тан­
генс).

𝑢˜(x, 𝑡) = 𝑓 (𝑚) ∘ 𝑓 (𝑚−1) ∘ ... ∘ 𝑓 (1) (𝑥1 , ... , 𝑥𝑛 , 𝑡) (2.25)

Далее рассмотрим свойства нейронной сети подобной архитектуры к сгла­

живанию (то есть исключению высокочастотных шумовых компонент) в дан­
ных. В ряде исследований показывается, что в процессе обучения нейронной
сети сначала идёт приближение низкочастотных компонент данных, а лишь за­
 103

тем нейронная сеть приближает высокочастотные, что в нашем случае соответ­

ствует переобучению. Таким образом, ограничивая процесс обучения нейронной
сети можно добиться оптимального представления процесса, когда воспроизво­
дятся лишь отражающие процесс низкочастотные компоненты.
После получения нейронных сетей для представления данных, производ­
ные могут быть получены на основе значений функции, представляющей дан­
ные, вне узлов сетки. Для уменьшения вычислительной погрешности в конечно­
разностном методе предлагается использовать уменьшенный шаг 𝛿𝑥𝑖 << Δ𝑥𝑖 ,
где Δ𝑥𝑖 - шаг сетки по оси, соответствующей координатной оси 𝑥𝑖 , на кото­
рой заданы входные данные. Тогда можно использовать конечно-разностный
метод для вычисления первой производной по центральной схеме 2.17. В ней
для обобщения включим ось времени 𝑡 в координатный вектор x. Через 𝛿i обо­
значим вектор, 𝑖-ая компонента равна 𝛿𝑖 , а остальные значения которого - 0. В
отличии от соотношения

𝜕𝑢(x) 𝑢(x + 𝛿i ) − 𝑢(x − 𝛿i )

= (2.26)
𝜕𝑥𝑖 2 · 𝛿𝑖
Производные высших порядок задаются аналогичным образом. Пример
работы подхода по сглаживанию данных и их дифференцированию представлен
на графиках 2.4. Левый график соответствует постановке задачи, когда к ана­
литически заданному набору данных добавляется шум из 𝑢(𝑥) = 𝑢(𝑥) + 𝜖, 𝜖 ∼
𝒩 (0, 𝜎), 𝜎 = 0.2 · 𝑢(𝑥). Далее, происходит обучение нейронной сети и её диф­
ференцирование.
Сравнение методов препроцессинга на задаче вычисления производных
по зашумлённым данным приведено в таблице 11. В качестве входных данных
были использованы результаты решения ОДУ первого порядка, вычисленные
на сетке из 100 узлов.

Таблица 11 — Уровень шума (%) в исходной функции и её производных на

зашумлённых и сглаженных данных

𝜕𝑢 𝜕2𝑢
Время, с u 𝜕𝑡 𝜕𝑡2
Входные данные 0.12 60.55 1158.97
Сглаженные (полиномы) 0.13 5.56 36.1 154.0
Сглаженные (ИНС, 104 эпохи) 54.5 4.48 24.04 94.6
 104

Рисунок 2.4 — Процесс вычисления производных на основе искусственно

зашумлённых данных (исходные - чёрные точки, с гауссовским шумом -
красные), представления данных при помощи ИНС и последующее
дифференцирование (касательная, определённая при помощи
дифференцирования зашумлённых данных, в обрабатываемой точке
обозначена синим)

Из результатов сравнительного эксперимента заметно, что использование

препроцессинга на основе нейронных сетей позволяет получить поля производ­
ных ближе к ожидаемым, однако требует значительно больших вычислитель­
ных ресурсов.
Для практических приложений алгоритма рекомендуется использовать
алгоритм дифференцирования, использующий нейронную сеть для представ­
ления данных, а затем использующий конечно-разностные схемы для вычисле­
ния производных. Промежуточная нейронная сеть производит переход от сеточ­
ной функции, соответствующей данным, к непрерывной и гладкой на области
поиска, по сути представляя в параметрической форме частное решение иско­
мого дифференциального уравнения. Это позволяет использовать произвольно
малые шаги между точками в конечно-разностных схемах. Так как процесс
представления данных при помощи нейронных сетей является вычислительно­
затратным, в случаях, когда не предполагается значимый уровень шума во вход­
ных данных, рекомендуется использовать аналитическое дифференцирование
полиномов Чебышева, представляющих данные для снижения вычислительных
затрат.
 105

Спектральная производная

Хотя процесс дифференцирования в пространственной области может

быть сложным для данных, описываемых произвольной функцией, в частот­
ной области оценка производных производится отдельно по слагаемым (term-by­
term) [63]. В общем случае, ряды производных по слагаемым, могут не сходить­
ся, однако если мы предположим, что данные представляют собой непрерыв­
ную кусочно-гладкую функцию, имеющую кусочно-дифференцируемые произ­
водные, данные можно дифференцировать по слагаемым.
Дискретное преобразование Фурье (ДПФ) является основой реализации
алгоритма спектрального дифференцирования. Можно рассмотреть случай од­
номерных данных, хотя подход в общем случае и распространим на много­
мерные данные, с заменой алгоритма канонического дискретного преобразо­
вания Фурье на n-мерное ДПФ. В задачах управляемого данными поиска
уравнений, одномерные данные 𝑢(𝑡) рассматриваются с точки зрения выбор­
ки 𝑢𝑛 = 𝑢(𝑛𝑇 /𝑁 ), 𝑛 = 0, 1, ... , 𝑁 − 1, где 𝑇 — длина временного ин­
тервала, а 𝑁 — количество отсчётов, а соответствующие координаты будут
𝑡𝑛 = 𝑛𝑇 /𝑁, 𝑛 = 0, 1, ... , − 1. Коэффициенты Фурье обозначаются как 𝑢^𝑘 и
рассчитываются как:

𝑁 −1
1 ∑︁ 𝑛𝑘
𝑢^𝑘 = 𝑢𝑛 𝑒𝑥𝑝(−2𝜋𝑖 ). (2.27)
𝑁 𝑛=0 𝑁

Во многих случаях данные предоставляются на регулярной (можно да­

же и многомерной) сетке, поэтому для повышения производительности алго­
ритма можно использовать быстрое преобразование Фурье. За счет меньшей
вычислительной сложности прирост производительности значителен и позво­
ляет использовать большие массивы данных для обучения уравнений. Процесс
восстановления данных с использованием полученных коэффициентов Фурье
проводится с помощью обратного дискретного преобразования Фурье:

𝑁
∑︁−1
𝑛𝑘
𝑢𝑛 = 𝑢^𝑘 𝑒𝑥𝑝(2𝜋𝑖 ). (2.28)
𝑁
𝑘=0
 106

Полное дифференцирование по слагаемым выполняется в частотной обла­

сти, а значения производных вычисляются с помощью обратного ДПФ. Напри­
мер, выражение для производной первого порядка имеет форму, как в выраже­
нии (2.29).

∑︁ (︂ )︂
′ 2𝜋𝑖 𝑛𝑘 𝑛𝑘
𝑢 (𝑡𝑘 ) = 𝑘 𝑢^𝑛 𝑒𝑥𝑝(2𝜋𝑖 ) − 𝑢^𝑁 −𝑘 𝑒𝑥𝑝(−2𝜋𝑖 ) . (2.29)
𝑇 𝑁 𝑁
0<𝑘< 𝑁 2−1

Фильтрацию с нужными свойствами можно выполнить с помощью филь­

тров нижних частот, которые пропускают сигналы с более низкими частотами и
при этом ослабляют высокочастотные. Фильтр Баттерворта является предста­
вителем таких инструментов и имеет плоскую полосу пропускания (частоты,
которые мы не хотим наказывать). Последнее свойство предотвращает иска­
жение моделируемого процесса за счет введения множителей, близких к 1, к
низкочастотным компонентам Фурье. Штрафной коэффициент вводится с по­
мощью выражения 2.30:

1
𝐺(𝜔) = , (2.30)
1 + (𝜔/𝜔𝑐𝑢𝑡𝑜𝑓 𝑓 )2𝑠
где 𝜔 — частота, 𝜔𝑐𝑢𝑡𝑜𝑓 𝑓 — частота среза, обозначающая граничную ча­
стоту, с которой начинается затухание, и 𝑠 — параметр крутизны фильтра.
Полученное выражение получается введением в ряд штрафующих множителей
𝐺(𝜔) = 𝐺(𝑘/𝑁 ), представляющих собой производные:

∑︁ (︂ )︂
′ 2𝜋𝑖 𝑛𝑘 𝑛𝑘
𝑢 (𝑡𝑘 ) = 𝐺(𝑘/𝑁 ) 𝑘 𝑢^𝑛 𝑒𝑥𝑝(2𝜋𝑖 ) − 𝑢^𝑁 −𝑘 𝑒𝑥𝑝(−2𝜋𝑖 ) (2.31)
𝑁 −1
𝑇 𝑁 𝑁
0<𝑘< 2

Производная высших порядков может быть вычислена рекурсивно из низ­

ших порядков с помощью тех же процедур дифференцирования на основе филь­
трации или, что предпочтительнее, путем дальнейшего умножения на интегри­
рующий коэффициент и IDFT.
 107

Анализ эффективности методов шумоустойчивого дифференцирова­

ния

Отдельное исследование было посвящено анализу применимости рассмот­

ренных методов для шумоустойчивого определения массивов производных. Для
анализа корректности определения структуры дифференциальных уравнений
по вычисленным различными методами производными была проанализирована
постановка задачи определения системы линейных обыкновенных дифференци­
альных уравнений 2.32, где в интегрируемых при подготовки данных уравнени­
ях 𝑎 = −0.1, 𝑏 = 2, 𝑐 = −2, и 𝑑 = −0.1 при помощи инструмента оператора
наименьшего абсолютного сжатия и отбора по априори-корректно заданной биб­
лиотеке слагаемых.
⎧
⎨𝑥′ = 𝑎𝑥 + 𝑏𝑦;
(2.32)
⎩𝑦 ′ = 𝑐𝑥 + 𝑑𝑦;

Данные для дифференцирования были возмущены синтетическим шумом,

полученным из гауссовского распределения с известными параметрами для со­
ответствия шуму уровня (согласно определению (4.7)) в 5%, 10%, 15%, 20%
и далее, на основе исходных значений 𝑥 и 𝑦 строилось приближение первых
производных.
Итог эксперимента представлен на рисунке 2.5, где сравнивалась эффек­
тивность основных методов дифференциации в 25 независимых прогонах для
каждого уровня шума. Хотя все три сравниваемых метода корректно работают
на бесшумных данных (при этом спектральный метод вносит незначительную
погрешность из-за малого количества незатухающих частот), на испорченных
наборах данных спектральный метод имеет наибольшую устойчивость.

2.3.3 Сходимость алгоритма эволюционной оптимизации

Можно определить наивный подход к обучению модели в форме диффе­

ренциального уравнения на основе известного множества элементарных функ­
 108

Рисунок 2.5 — Статистика коэффициентов уравнений, полученных с помощью

разреженной регрессии при использовании различных подходов
дифференцирования: i) конечно-разностных схем, ii) фильтрации
Савицкого-Голая, iii) спектрального метода.

ций: им является полный перебор возможных структур, составленных согласно

нашим предположениям об искомых уравнениях. При последовательном созда­
нии после инициализации каждой созданной подобным образом модели, оцени­
вается её качество, и если оно превышает предыдущий максимум, то в качестве
результирующей модели принимается новая. Очевидно, что подобный подход в
 109

силу не оптимален и в реалистичных сценариях будет требовать слишком много

запусков вычисления функции приспособленности.
Число возможных комбинаций, составляющих уравнения оценивается сле­
дующим образом. Обозначим за 𝑛𝑟𝑒𝑞 мощность множества токенов, обладающих
свойством “обязательного включения в слагаемые”: каждое создаваемое слага­
емое должно иметь хотя бы один множетель из данного набора. Мощность
множества опциональных токенов обозначим 𝑛𝑜𝑝𝑡 , и общее число доступных
токенов как 𝑛𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 = 𝑛𝑟𝑒𝑞 + 𝑛𝑜𝑝𝑡 . Число уникальных слагаемых для заданного па­
раметра 𝑚 - максимального числа множителей в слагаемом определяется как
𝑄𝑚 = 𝑄𝑚−1 𝑛𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 + 𝑄𝑚−1 : для 𝑚 = 1, 𝑄1 = 𝑛𝑟𝑒𝑞 , тогда 𝑄𝑚 = 𝑛𝑟𝑒𝑞 (𝑛𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 + 1)𝑛−1 .
Учитывая требования отсутствия повторяющихся слагаемых, рассмотрим чис­
ло всевозможных структур дифференциальных уравнений. Оценкой подобной
величины является число сочетаний 𝐶𝑄𝑛 𝑚 .
При обработке данных, описывающих двумерный (зависящий от време­
ни и одной пространственной переменной) процесс, множество токенов, хотя
бы один из которых должен присутствовать в уравнении, минимально содер­
жит 5 элементов: 𝑇𝑟𝑒𝑞 = 𝑇𝑑𝑒𝑟𝑖𝑣𝑠 = 𝑢, 𝑢′𝑡 , 𝑢′′𝑡𝑡 , 𝑢′𝑥 , 𝑢′′𝑥𝑥 . Также задаётся множе­
ство дополнительных функций, которые могут использоваться в уравнении
𝑇𝑜𝑝𝑡 = 𝑇𝑔𝑟𝑖𝑑 ∪𝑇𝑎𝑢𝑥 , 𝑇𝑔𝑟𝑖𝑑 = 𝑡, 𝑥, 𝑇𝑎𝑢𝑥 = ∅. В итоге при 𝑛𝑟𝑒𝑞 = |𝑇𝑟𝑒𝑞 | = 5, 𝑛𝑜𝑝𝑡 = 2, и
𝑛𝑡𝑜𝑡𝑎𝑙 = 7 - мощностях множества токенов, и 𝑚 = 2, 𝑙𝑒𝑞 = 6 - число слагаемых в
уравнении, число возможных уравнений - 𝐶𝑄𝑛 𝑚 = (40!)/(6! 34!) ≈ 106.6 . Очевид­
но, что подобные количества кандидатов для перебора в значительной степени
ограничивают применимость наивного подхода. Далее, рассмотрим вопрос схо­
димости эволюционного алгоритма к оптимальной с точки зрения критерия
качества.
Вне зависимости от выбранной кодировки кандидатное уравнение в кон­
тексте эволюционного алгоритма можно представить как строку с бинарными
значениями, где индекс отвечает за слагаемое, а значение - метка присутствия
слагаемого в уравнении. Так как из ограниченного набора элементарных функ­
ций и при заданном числе множителей можно составить лишь конечное число
слагаемых, для каждого кандидатного решения подобная строка имеет конеч­
ную длину. Таким образом, задача в своей постановке может быть примитизи­
рована и приведена к классическому генетическому алгоритму. Исследование
сходимости можно провести, рассмотрев алгоритм с точки зрения марковских
 110

цепей. Обобщённое вопросы сходимости генетических алгоритмов исследованы

в работах [64], однако выводы делаются для алгоритма с конечным, но доста­
точно большими популяциями, что может требовать значительных вычисли­
тельных ресурсов. Для более однозначного определения сходимости алгоритма
применим анализ, предложенный в работе [65].
Задача оптимизации в подобных предположениях ставится как
𝑚𝑖𝑛𝑓 (𝑠), 𝑠 ∈ 𝑆 - поиска кандидатного решения - последовательности би­
нарных значений 𝑠 = (𝑠1 , 𝑠2 , ..., 𝑠𝑛 ) ∈ {0, 1}𝑛 с (как было определено заранее,
вопреки устоявшимся подходам в эволюционных вычислениях) минимальными
значениями функции приспособленности 𝑓 (𝑥). Верхний индекс элемента
последовательности отражает соответствие возомжному слагаемому диффе­
ренциального уравнения. Например, 𝑢 - 1, 𝜕𝑢 𝜕𝑡 - 2, и т.д.
Определим 𝑆 * ⊂ 𝑆 - множество кандидатных решений с оптимальным зна­
чением приспособленности. При дискретной постановке задачи поиска ДУ (ко­
гда идёт оптимизация только структуры), можно пренебречь незначительной
погрешностью определения коэффициентов 𝛼 и определить, что мера 𝜇(𝑆 * ) > 0.
При более сложных параметрических постановках из-за нулевой меры мно­
жества кандидатных особей 𝑠* с лучшей приспособленностью, полагаем, что
𝜇(𝑆 * ) = 0, и под "сходимостью алгоритма"нам необходимо определить получе­
ние 𝑆𝛿* = {𝑠|𝑓 (𝑠) − 𝑓 (𝑠* ) < 𝛿} ⊂ 𝑆, где 𝛿 ∈ R+ - достаточно малая величи­
*
на. Таким образом, в процессе оптимизации получаем 𝜇(𝑆𝑑𝑒𝑙𝑡𝑎 ) > 0. Несмотря
на то, что подобные параметрические задачи зачастую возникают в управляе­
мом данными определении ДУ, соответствующие им кандидатные уравнения не
кодируются последовательностью бинарных значений, поэтому рассмотренный
далее подход применим лишь для непараметрических постановок.
Определим, что норма ||𝑠||0 , соответствующая числу ненулевых элементов
строки будет постоянной: ограничение числа слагаемых проходит при помощи
оператора регуляризации, который не удаляет слагаемые, а лишь переводит
их в статус "неактивных". При задаче поиска уравнения по данным, описы­
𝜕2𝑢
вающим уравнение теплопроводности 𝑢′𝑡 = 𝛼𝑢′′𝑥𝑥 , особи 𝑠1 : | 𝜕𝑢 𝜕𝑢
𝜕𝑡 𝜕𝑥2 |𝑢 · 𝜕𝑥 | и
|
𝜕2𝑢
𝑠2 : | 𝜕𝑢
𝜕𝑡 𝜕𝑥2 |𝑡 · 𝑥| являются эквивалентными: оператор регуляризации переводит
|
их в искомую форму.
Популяцию эволюционного алгоритма определим как x, состоящую из осо­
бей x = {𝑥1 , 𝑥2 , ..., 𝑥𝑛_𝑝𝑜𝑝 |𝑥𝑖 ∈ 𝑆} x ∈ 𝒳 , 𝒳 - множество всех возможных
 111

популяций. В ряде исследований под сходимостью алгоритма подразумевает­

ся получение популяции, полностью состоящей из оптимальных кандидатных
решений: x* = {𝑥*1 , 𝑥*2 , ..., 𝑥*𝑛_𝑝𝑜𝑝 |𝑥*𝑖 ∈ 𝑆 * }, 𝑋 * ∈ 𝒳 * , однако в нашем случае
достаточно лишь определения x′ - популяции, ∃𝑠𝑗 ∈ x′ : 𝑠𝑗 ∈ 𝑆 * , потому что
за модель процесса будет приниматься дифференциальное уравнение, соответ­
ствующее особи с лучшей приспособленностью.
При рассмотрении динамики популяции со временем, можно сделать на­
блюдение, что популяция на шаге 𝑡 + 1 зависит лишь от состояния 𝑡, то есть
задача соответствует постановке марковской цепи. Так как в предложенном
эволюционном алгоритме эволюционные операторы не меняются во времени,
то цепь Маркова является однородной, и элементы переходной матрицы между
популяцией x𝑡 и одной из популяций, к которым можно из неё перейти - y𝑡+1
можно задать как на соотношении 2.33, где при помощи 𝑃𝑐 (x, u) обозначается
вероятность получить при помощи оператора кроссовера популяцию (промежу­
точную, |u| =
̸ 𝑛_𝑝𝑜𝑝) u из u, а 𝑃𝑚 (u, y) - получить y из u при помощи мутации
и вспомогательного оператора ограничения размера популяции.

∑︁
𝑃 (x, y) = 𝑃𝑐 (x, u)𝑃𝑚 (u, y) (2.33)
u∈𝒳

Влияние эволюционных операторов мутации и кроссовера влияет на

баланс “разведывательной и эксплуатационной” способности алгоритма (the
Exploration/Exploitation trade-off).
Для наглядности в дальнейшем анализе будем использовать оператор му­
тации, выполняющий полную замену слагаемого, а не на основе замены одно­
го токена. Для исследования вероятностей получения кандидатного решения
∑︀
между ведём метрику на множестве хромосом: 𝜌(𝑠1 , 𝑠2 ) = 𝑖 |𝑠𝑖1 − 𝑠𝑖2 |, что со­
ответствует числу операций по замене слагаемых, необходимых для получения
уравнения 𝑠2 из уравнения 𝑠1 . Соответственно, вероятность получить хромосо­
му 𝑠2 длины 𝑛 из хромосомы 𝑠1 выражается из расстояния между ними.
При слишком больших показателях 𝑝𝑡𝑒𝑟𝑚_𝑚𝑢𝑡 алгоритм фактически будет
создавать новые особи, никак не связанные с предыдущими, сводя алгоритм к
случайному поиску, в обратных случая 𝜌(𝑠𝑖𝑛𝑖𝑡 , 𝑠𝑖𝑛𝑖𝑡 ) будет слишком маленьким,
и алгоритм не будет слишком медленно рассматривать пространство поиска.
 112

0.055

0.050
fitness function value

0.045

0.040

0.035

0.030

0.025

0.020

0.015
0 10 25 50 80 120
epoch

Рисунок 2.6 — Распределения значений пригодности лучшего решения в

популяции в зависимости от эпохи эволюционной оптимизации для 10
независимых запусков алгоритма. В качестве метрики приспособленности
использовалось обратное значение ошибки дифференциального оператора
(2.11).
 113

Экспериментально было выявлено, что величины 𝑝_𝑚𝑢𝑡 и 𝑝𝑡𝑒𝑟𝑚_𝑚𝑢𝑡 не должны

быть значительными, и в большинстве приложений быть в интервалах [0.3, 0.4).
Сходимость алгоритма может быть проиллюстрирована на основе эмпири­
ческих исследований. Рассмотрим пример обучения структуры параметрическо­
го уравнения 𝑥 sin (𝑝1 𝑡) + 𝑥′ cos (𝑝2 𝑡) = 1, 𝑝1 = 𝑝2 = 1. Результаты полученной
приспособленности для 10 независимых запусков представлены на рисунке 2.6.
Монотонное убывание значения ошибки дифференциальных операторов связа­
но с особенностями используемых дифференциальных операторов, поощряющи­
ми структуры, корректно приближающие данные.

2.4 Выводы к главе 2

В рамках исследования была поставлена задача обучения модели в форме

дифференциального уравнения представленного как символьное выражение из
заданного набора (при необходимости, параметрических) элементарных функ­
ций. Были поставлены ограничения на пространство оптимизации, позволяю­
щие как сократить пространство поиска, так и учесть наиболее распространён­
ные типы дифференциальных уравнений, описывающие реальные динамиче­
ские системы.
Подход на основе эволюционной оптимизации графовых представлений
дифференциальных уравнений позволяет выполнять поиск согласно поставлен­
ным ограничениям. В главе рассматриваются теоретические аспекты сходимо­
сти предложенного генетического алгоритма и определяются условия, которые
позволяют выполнять поиск произвольного дифференциального уравнения, а
также пример поведения функции приспособленности при решении задачи обу­
чения параметрического ДУ. Также было показано, что значительный вклад в
корректность определяемого уравнения вносит операция дифференцирования
входных данных. Были предложены шумоустойчивые методы вычисления про­
изводных, которые позволяют сохранить достаточно качество массивов произ­
водных и выводить корректные уравнения даже по данным со сравнительно
высокими для научной области уровнями шума (5-10%).
 114

3. Метод для обучения модели в форме системы

дифференциальных уравнений с использованием
многокритериальной оптимизации

3.1 Общая постановка задачи многокритериальной оптимизации

для обучения модели в форме системы дифференциальных
уравнений

В существующих решениях, системы обыкновенных дифференциальных

уравнений и уравнений в частных производных обычно находятся в векторной
форме, то есть методы поиска одиночного уравнения применяются к векторным
переменным. Подход ограничивает тип и форму получаемых систем и не может
соответствовать многим реальным системам.
Подобная постановка рассматривает систему из 𝑘-зависимых переменных,
описанных вектором состояния u = (𝑢1 , ... , 𝑢𝑘 ), и полученная система из 𝑘
найденных уравнений принимает вид:
⎧
⎪
⎨ 𝐿1 (u) = 0
𝑆(⃗𝑢) = ... (3.1)
⎪
⎩
𝐿𝑘 (u) = 0
Одиночный оператор 𝐿𝑖 ∈ 𝐸𝑞 из (3.1) соответствует одному дифферен­
циальному уравнению системы, 𝐸𝑞 – множество всех возможных уравнений,
которые можно получить с помощью данного алгоритма (представимых в рам­
ках суммы (2.3) из заданного в конкретном поиске набора токенов). Поскольку
соотношения в (3.1) составляют систему уравнений, предполагается, что все они
выполняются одновременно. Как и в случае эволюционного определения оди­
ночного уравнения, оптимизационная задача ставится с точки зрения минимиза­
ции невязки оператора или несоответствия решения предложенного уравнения
входным данным. В общем случае задача обнаружения системы уравнений 𝑆¯ в
задаче оптимизации формулируется следующим образом:

𝑆¯ = arg min 𝑆(⃗𝑢) (3.2)

𝑆∈𝐸𝑞 𝑘
 115

В уравнении (3.2) 𝐸𝑞 𝑘 = 𝐸𝑞 ×...×𝐸𝑞 представляет собой декартово произ­

ведение наборов возможных уравнений. Подчеркнем, что поскольку дано толь­
ко дискретное число точек, операторы заменяются дискретными аналогами,
например конечными разностями, и задача минимизации переформулируется
как:

∀𝑖 𝑆¯ = arg min 𝑆(⃗𝑢𝑖 ) ,⃗𝑢𝑖 ∈ 𝐷 (3.3)

𝑆∈𝐸𝑞 𝑘

На практике формулировку из соотношения (3.3) трудно применить к ре­

шению задачи, поэтому её можно переписать как соотношение (3.4), где норма
|| · || выбирается с учётом специфики задачи.

𝑖=𝑀
∑︁
𝑆¯ = arg min ||𝑆(⃗𝑢𝑖 )|| (3.4)
𝑆∈𝐸𝑞 𝑘
𝑖=1

Использование многокритериальной постановки задачи дает возможность

разнообразно настраивать обнаруженную систему. Например, для некоторых
задач точность воспроизведения данных менее важна, чем сложность уравне­
ния. Для других процессов акцент ставится на качестве предсказания на основе
решения дифференциального уравнения, и не так важна понятность модели. В
качестве первой группы критериев мы будет использовать введённые в разделе,
посвящённом однокритериальной оптимизации, метрики качества полученных
дифференциальных уравнений.
Стремление контролировать сложность получаемых моделей помимо ми­
нимизации погрешности проявляется в отдании предпочтения уравнениям c
простой структурой, которую можно связать с количеством активных токенов
(то есть соответствующих слагаемым с ненулевыми коэффициентами) в струк­
туре уравнения и порядком производных внутри них. Таким образом, критерии
обнаружения уравнений, используемые в алгоритме, включают метрику слож­
ности, представленную в выражении 3.5, где 𝑜𝑟𝑑(𝑡𝑖𝑗 ) - порядок частной произ­
водной. Для того, чтобы избежать “переобучения” уравнения (например, опреде­
ления необоснованно-сложной неоднородности) с элементарными функциями,
не соответствующими производным, для подобных токенов вводится базовая
сложность 0,5.
 116

⎧
∑︁ ∑︁ ⎨𝑛 𝑛
, 𝑖𝑓 𝑡𝑖𝑗 = 𝜕 𝑛1 𝑥1 ...𝜕 𝜕𝑢𝑛𝑘 𝑥𝑑 𝑖𝑚 , 𝑛 ≥ 1
′
𝐶(𝐿 𝑢) = 𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙(𝑡𝑖𝑗 ); 𝑐𝑜𝑚𝑝𝑙(𝑡𝑖 𝑗) =
⎩0.5 , 𝑜𝑡ℎ𝑒𝑟𝑤𝑖𝑠𝑒
𝑗 𝑖
(3.5)
Введённые критерии 𝐶(𝐿′ 𝑢) и 𝑄(𝐿′ 𝑢) для каждого из 𝑘 уравнений систе­
мы образуют пространство для оптимизации. Так как приложение предполага­
ет использование эволюционного алгоритма многокритериальной оптимизации,
вводится отношение подчинения между кандидатными решениями оптимизаци­
онной задачи. Введём бинарное отношение на множестве созданных алгоритмом
систем, позволяющее определить предпочтительность одного решения над дру­
гим. Будем говорить, что кандидатное решение - система дифференциальных
уравнений 𝑆1 (u) доминирует по Парето над решением 𝑆2 (u) (обозначается как
𝑆1 (u) ⪯ 𝑆2 (u)), если для каждого 𝑖 - индекса уравнения системы выполняется
𝑄𝑖 (𝑆1 (u)) ≤ 𝑄𝑖 (𝑆2 (u)), и 𝐶𝑖 (𝑆1 (u)) ≤ 𝐶𝑖 (𝑆2 (u)), а также существует индекс 𝑗,
для которого 𝑄𝑗 (𝑆1 (u)) < 𝑄𝑗 (𝑆2 (u)) и/или 𝐶𝑗 (𝑆1 (u)) < 𝐶𝑗 (𝑆2 (u)). Подобное
отношение доминирования можно интерпретировать как факт того, что каж­
дое уравнение системы 𝑆1 (u) одновременно не хуже описывает динамическую
систему, и представлено при помощи более простой структуры.
Очевидно, что подобное отношение вводит лишь частичный порядок: для
𝑆1 (u) и 𝑆2 (u), таких, что существует множество индексов критериев 𝐼1 , по ко­
торым система 𝑆1 является предпочительной, и 𝐼2 , по которым предпочтения
отдаются системе 𝑆2 , нельзя сказать, что одно кандидатное решение доминиру­
ет над другим. Множество кандидатных решений называется недоминируемым,
если для любых двух систем дифференциальных уравнений из этого множества
нельзя сказать, что одно находится в подчинённом отношении перед другим.
Кандидатное решение 𝑆0 (u) называется оптимальным (Парето-оптималь­
ным), если не существует иных решений 𝑆 ′ (u), для которых выполняется
𝑆 ′ (u) ⪯ 𝑆0 (u). Целью алгоритма является определение Парето-оптимального
недоминируемого множества кандидатных систем дифференциальных уравне­
ний: ∀𝑆 ′ (u)∃𝑆𝑖 (u), 𝑆𝑖 (u) ⪯ 𝑆 ′ (u).
 117

3.2 Многокритериальный эволюционный алгоритм для обучения

модели в форме системы дифференциальных уравнений

Задачу оптимизации в пространстве, заданном метрикой качества и слож­

ности уравнений, предлагается решать при помощи эволюционного алгоритма,
основанного на Парето-доминировании и разложении пространства значений
критериев (MOEA/DD) [66]. В работе было рассмотрено, что путём изменения
параметров алгоритма генерации дифференциального уравнения (постоянной
разреженности оператора LASSO), можно изменить компромисс между каче­
ством и сложностью в создаваемых уравнениях.
На начальном этапе оптимизации, в соответствии с подходом, предложен­
ным алгоритмом MOEA/DD, мы должны оценить наилучшее достижимое зна­
чение для каждого из оптимизируемых функционалов для определения иде­
альной точки. Для метрики сложности целесообразно установить значение 0,
соответствующее уравнениям со структурой, аналогичной 𝜕𝑢 𝜕𝑡 = 𝐶, 𝐶 ∈ R. Для
критерия качества представления процесса такое же предположение можно сде­
лать, лишь приняв большие допущения: возможный стохастический характер
процессов или шумы, присутствующие в измерениях, ограничивают достижи­
мое качество. Для оценки идеального значения метрики ошибки можно прове­
сти тестовый запуск алгоритма поиска уравнений, чтобы получить приближен­
но наилучшее качество решения. Далее, чтобы начать эволюционный поиск, мы
генерируем популяцию решений, находя системы со случайными постоянными
разреженности.
В основу подхода положено представление общей задачи многокритери­
альной оптимизации при помощи набора подзадач, соответствующих оптимиза­
ции вдоль выделенных в пространстве критериев направлений, определяемых
про помощи весовых векторов 𝑊 = {w1 , w2 , ... , w𝑛_𝑝𝑜𝑝 }. Выбор весовых векто­
ров происходит согласно подходу, предложенному в статье [67], предполагающе­
му равномерному расположению на единичном симпликсе. С каждым вектором
ассоциируется сектор пространства значений критериев Φ1 , Φ2 , ... , Φ𝑛_𝑝𝑜𝑝 . Для
каждого весового вектора (и, соответственно, сектора) выделяются соседние
векторы/секторы на основе величины угла между ними по соотношению 3.6.
 118

Аналогично при помощи угловой меры для произвольной точки в пространстве

критериев можно определить расположение точки на секторах.
(︃ )︃
(𝑎, 𝑏)
𝛼(𝑎, 𝑏) = arccos √︀ √︀ (3.6)
(𝑎, 𝑎) · (𝑏, 𝑏)
Разбиение пространства критериев не является жёстким и не приводит
к разделению популяции решений, но служит для распределения канидадт­
ных решений равномерно по пространству. Число особей в популяции таким
образом должно соответстовать числу весовых векторов. В оригинальном ис­
следовании рекомендуется вводить размеры популяции и весовых векторов как
(︀ )︀
𝑛_𝑝𝑜𝑝 = 𝐻+𝑚−1 𝑚−1 , где 𝑚 - число критериев и 𝐻 - число разбиений по осям
их значений. Также рекомендуется использовать значения 𝐻 ≥ 𝑚. Однако,
такой размер популяции требует использования при поиске значительных вы­
числительных ресурсов даже при использовании в качестве метрики качества
уравнения нормы ошибки дифференциального оператора, так что при решении
практических задач размер популяции обычно не превышает 8-16 систем.
Для оценки качества выбранного кандидатной системы как решения опти­
мизационной подзадачи Φ𝑖 вводится штрафная функция 𝑔 𝑝𝑏𝑖 (𝑆(u)|w𝑖 ) (penalty­
based intersection, PBI), определённое по соотношению 3.7. Слагаемое 𝑑1 соот­
ветствует близости кандидатного решения к идеальной точке, а добавление ве­
личины 𝑑2 с соответствующим весом 𝜃 позволяет отдавать предпочтения кан­
дидатным решениям, сонаправленным с весовым вектором.

𝑔 𝑝𝑏𝑖 (𝑆(u)|w𝑖 ) = 𝑑1 + 𝜃𝑑2

‖(F(𝑆(u)))𝑇 w𝑖 ‖
𝑑1 = (3.7)
‖w𝑖 ‖
w𝑖
𝑑2 = ‖F(𝑆(u)) − 𝑑1 ‖
‖w𝑖 ‖

При расширении алгоритма обучения модели в форме дифференциальных

уравнений на задачу многокритериальной оптимизации, кодирование особи ЭА
происходит следующим образом: в дополнение к рассмотренным ранее графам,
соответствующие отдельным уравнениям системы, в хромосому включаются
метепараметры алгоритма построения уравнени - постоянные разреженности
для каждого уравнения: они объединяются в вектор (𝜆1 , 𝜆2 , ..., 𝜆𝑛_𝑒𝑞 , 𝜆𝑖 ∈ 𝑅+ ).
 119

Мотивация этого представления основана на наблюдении, что при заданных ги­

перпараметрах алгоритм поиска уравнения сходятся к решению (или решениям,
если одно частное решение соответствует нескольким уравнениям), определён­
ному входными данными.
При построении исходной популяции составяются графовые структуры,
соответствующие отдельным генам и кодирующие одиночные уравнения гра­
фы, каждый из которых соотносится с одной зависимой переменной. Подобный
приём используется для того, чтобы по крайней мере это уравнение описывало
её динамику: в слагаемом его правой части должна содержаться производная
зависимой переменной. Согласно подобной логике слагаемые, которые могут
быть выбраны для выделения в правую часть уравнения. Подобная логика огра­
ничивает множество возможных систем уравнений и не позволяет определять
системы, где некоторые уравнения - алгебраические. Для каждого уравнения
определяются свои значения метапараметров (𝜆𝑖 ). В конце процедуры иници­
ализации каждое построенное уравнение случайным образом связано с подоб­
ластью, определяемой весовым вектором, представляющим решение подзадачи
оптимизации.
После построения множества весовых векторов, определения соседних сек­
торов для каждого сектора и генерации исходной популяции инициируется ос­
новной цикл эволюционного алгоритма. В ходе цикла, исполняемого до выпол­
нения критерия останова, для каждой подзадачи Φ𝑖 выполняется шаг эволю­
ционной оптимизации: проводится отбор родительских кандидатных решений,
применяется оператор скрещивания для получения решений-потомков, к кото­
рым применяется оператор мутации, и происходит процесс обновления попу­
ляции, включающий в себя добавление потомков в неё и удаления наименее
предпочтительных кандидатных решений.
Для определения систем уравнений, используемых в качестве родитель­
ских особей используется оператор селекции. С фиксированной вероятностью
𝛿𝑚𝑠 заданное число систем выбирается из соседних по отношению к обрабаты­
ваемому секторов, или в ином случае (соответствующем вероятности (1 − 𝛿𝑚𝑠 ))
выбор происходит из всей популяции, без учёта принадлежности к секторам.
Первый тип отбора нацелен на “эксплуатацию” уже полученных решений, соот­
несённых с решаемой подзадачей, а второй - на “разведку”, попытку получить
новые решения для подзадачи, непохожие на уже рассмотренные. Из множества
 120

отобранных особей составляются пары, для которых инициируется рекомбина­

ция (кроссовер).
В операторах рекомбинации и мутации для генов, соответствующих гра­
фам вычислений дифференциальных уравнений системы, используются подхо­
ды, рассмотренные в разделе, посвященном однокритериальной оптимизации
без модификаций. Так как оператор рекомбинации предполагает создание но­
вых особей на основе выбранных родителей и с характеристиками, близкими
к обоих родителей, данный оператор реализуется для генов, соответствующих
параметрам алгоритма построения уравнений, через подбор значений для по­
томков в диапазоне между их родителями. Новые значения параметров для
каждого гена в хромосомах потомков выбираются как взвешенная сумма роди­
тельские, где коэффициент 𝛼 ∈ 𝑈 (0, 1). Схема рекомбинации систем показана
в уравнении 3.8.

(𝜆11 , 𝜆12 , ... , 𝜆1𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′1 ′1 ′1

1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 )
(𝜆21 , 𝜆22 , ... , 𝜆2𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′2 ′2 ′2
1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 )
𝑝𝑖 ∼ 𝑈 (0,1) (3.8)
if 𝑝𝑖 < 𝑝𝑥𝑜𝑣𝑒𝑟 then 𝜆′1 1
𝑖 = 𝛼 * 𝜆𝑖 + (1 − 𝛼) * 𝜆𝑖
2

else 𝜆′1 1 ′2
𝑖 = 𝜆𝑖 , 𝜆𝑖 = 𝜆𝑖
2

Оператор мутации для генов, содержащих параметры построения уравне­

ния, представлен через изменение значения на приращение из нормального рас­
пределения 𝒩 (0, 𝜎) с заранее заданной вероятностью воздействия 𝑝𝑚𝑢𝑡 ∈ (0, 1),
как в уравнении 3.9.

(𝜆1 , 𝜆2 , ... , 𝜆𝑛_𝑒𝑞 ) −→ (𝜆′1 , 𝜆′2 , ... , 𝜆′𝑛_𝑒𝑞 )

𝑝𝑖 ∼ 𝑈 (0,1)
(3.9)
if 𝑝𝑖 < 𝑝𝑚𝑢𝑡 then 𝜆′𝑖 = 𝜆𝑖 + 𝛿, 𝛿 ∼ 𝒩 (0, 𝜎)
else 𝜆′𝑖 = 𝜆𝑖
Процедура определения новых кандидатных решений из подпопуляции
𝑃 𝑜𝑓 𝑓 𝑠𝑝𝑟 = {𝑆1𝑜𝑓 𝑓 𝑠𝑝𝑟 (u), ... , 𝑆𝑛𝑜𝑓𝑜 𝑓𝑓𝑓𝑠𝑝𝑟
𝑠𝑝𝑟 (u)} и удаления наименее предпочтительных
(с учётом обрабатываемых секторов) решений для сохранения численности на­
зывается “обновлением” популяции. Ход процедуры обновления популяции ре­
гулируется состоянием популяции: сколько недоминируемых множеств можно
выделить среди предложенных систем дифференциальных уравнений.
 121

В случае, если вся популяция соотносится с одним недоминируемым мно­

жеством, ставится задача достижения наибольшего разнообразия среди пред­
ставленных решений и достижения более равномерного покрытия Парето-опти­
мального множества. Определяется сектор, к которому принадлежат больше
всего решений, и из него удаляется особь с наивысшим значение штрафной
функции 𝑔 𝑝𝑏𝑖 (𝑆(u)|w𝑖 ). В случае, если в нескольких секторах находится одина­
ковое число кандидатных решений, при выборе для удаления алгоритм учиты­
вает сумму значений штрафных функций систем, принадлежащих к сектору, а
затем также удаляется особь с наибольшим значением 𝑔 𝑝𝑏𝑖 .
Далее рассмотрим сценарий, когда кандидатные решения образуют более,
чем одно недоминируемое множество. Алгоритм предполагает рассмотрение по­
следнего недоминируемого множества. В случае, если ему принадлежит лишь
одно решение 𝑆𝑘 (u), то данное 𝑆𝑘 (u) рассматривается на предмет принадлеж­
ности к региону Φ𝑘 . Если ему соответствует лишь одно решение, то мы должны
сохранять 𝑆𝑘 (u), как важную для создания разнообразия систему. Для удале­
ния выбирается решение с наибольшим значением штрафной функции 𝑔 𝑝𝑏𝑖 . В
случае, если в популяции присутствует несколько решений, соотносимых с Φ𝑘 ,
то решение 𝑆𝑘 (u) удаляется. При наличии нескольких решений на последнем
уровне недоминирования наиболее загруженная подобласть Φ𝑘 подвергается
разрежению. Решение с наибольшим значением штрафной функции удаляет­
ся из популяции.

3.3 Выводы к главе 3

В данной главе были рассмотрены особенности постановки задачи обуче­

ния модели в форме системы дифференциальных уравнений при помощи алго­
ритма многокритериальной оптимизации. Был предложен адаптированный под
задачи обучения алгоритм на основе Парето-доминирования и разложения про­
странства значений критериев. Для оценки сложности модели в форме диффе­
ренциальных уравнений был введён соответствующий критерий оптимизации:
подобная метрика позволяет ограничивать переобученные структуры, в кото­
рых дополнительные слагаемые описывают шумовые компоненты в данных.
 122

Рисунок 3.1 — Схема многокритериального эволюционного алгоритма

обучения модели в форме системы дифференциальных уравнений.

Также была показано, что использование многокритеральной постановки зада­

чи для обучения модели в форме одиночного дифференциального уравнения
позволяет добиться лучшей сходимости алгоритма и позволяет получить мно­
жество Парето-оптимальных с точки зрения критериев сложности и качество
дифференциальных уравнений.
 123

4. Валидация разработанных методов

4.1 Валидация однокритериального метода обучения модели в

форме дифференциального уравнения

В данное главе представлены экспериментальные исследования, отража­

ющие свойства эволюционного метода обучения модели в форме дифференци­
ального уравнения по данным. Валидация метода обучения модели в форме
дифференциального уравнения, модели динамической системы, была нацелена
на экспериментальное подтверждение основных свойств метода: сходимости,
устойчивости к шуму во входных данных и относительно разбиений модели­
руемой области, соответствующей ограниченной выборке. Подобные вопросы в
наиболее наглядной форме исследуются на синтетических данных, в качестве
которых используются частные решения дифференциальных уравнений с из­
вестными свойствами.

4.1.1 Экспериментальное исследование метода обучения модели в

форме дифференциального уравнения

Первым типом задач, к которым применим разработанных подход, явля­

ется обучение модели в форме уравнения для описания одномерных данных
(временного ряда). При отсутствии заданных в явной форме частных произ­
водных по иным независимым переменным, в подобных задачах для описания
динамики 𝑢 = 𝑢(𝑡) строится обыкновенное дифференциальное уравнение 𝑛-го
порядка в форме 𝐹 (𝑡, 𝑢, 𝑢′ , ... , 𝑢(𝑛) ) = 0. Разработанный алгоритм позволяет
определять дифференциальные уравнения с произвольными структурами, если
нелинейность и неоднородность могут быть выражены через заданные элемен­
тарные функции.

Синтетические данные: ОДУ первого порядка На задачах обучения

модели в форме обыкновенных дифференциальных уравнений можно более
 124

наглядно проиллюстрировать случаи, когда помимо определения корректного

набора элементарных функций алгоритму необходимо определить параметры
некоторых токенов в структуре. В качестве данных использовалось аналити­
ческое решение ОДУ первого порядка 4.1, имеющее форму 4.2. Во избежание
получения упрощённой структуры дифференциального уравнения (𝑢′′ = −𝑢)
порядок искомого ДУ был ограничен первым: по данным численно (на основе
полиномов Чебышева) определялась первая производная. В процессе определе­
ния уравнений в качестве токенов были выбраны тригонометрические функции,
исходная функция и производные, а также независимые переменные (коорди­
натные сетки). Для тригонометрических функций, помимо общего для всех эле­
ментарных функций параметра - степени, необходимо было оптимизировать и
частоту.
Оценка качества результата в этих экспериментах проводилась в отличном
от обычного подхода машинного обучения: вместо оценки метрики, сопоставля­
ющей временные ряды/полей значений предсказаний и валидационных данных,
мы сравниваем символьные выражения. Прямой подход включает в себя про­
верку, сохраняется ли общая структура уравнения после повторного открытия:
оно должно иметь такое же количество (значащих) слагаемых, содержащих од­
ну и ту же функцию. Следующим показателем качества является сходство ко­
эффициентов уравнений и параметров функций: из-за неточностей машинных
расчетов, используемых в процессе вычисления производных и последующего
обучения модели, значения параметров могут отличаться от ожидаемых.

𝑑𝑥
𝑥 sin 𝑡 + cos 𝑡 = 1 (4.1)
𝑑𝑡

𝑥 = sin 𝑡 + 𝐶 cos 𝑡 (4.2)

Проверочные данные были получены путем применения функции реше­

ния уравнения к интервалу значений [0, 4𝜋] с сеткой из 1000 узлов. Парамет­
ры эволюционного алгоритма для экспериментов приняты следующие: числен­
ность популяции выбрана равна 10 особям, доля популяции, выбираемая для
оператора кроссовера - 20%, коэффициенты мутаций и скрещивания составили
0,4 и 0,5 соответственно. Вероятность мутации принимается равной 0,8, а особь
с лучшим значением функции приспособленности считались «элитой» и не мог­
 125

Рисунок 4.1 — Распределения значений функции приспособленности (в

логарифмической шкале) по эпохам эволюционного алгоритма на основе 10
независимых запусков.

ла подвергаться воздействию оператора мутации. В качестве критерия останова

алгоритма выступало ограничение по числу итераций обучения модели в фор­
ме дифференциального уравнения: 108 эпох. Для оценки работы эволюционного
алгоритма был проведён статистический анализ значений функции приспособ­
ленности ||𝐿𝑢||2 , соответствующей лучшей кандидатной особи в популяции для
эпох ЭА, на основе данных, полученных из 10 независимых экспериментов.
Результаты эксперимента представлены на рисунке 4.1, где показана ди­
намика функция приспособленности (в постановке минимизации) в процессе
эволюции. Первоначальное улучшение (15-40 эпох) происходит за счёт опти­
мизации структуры ДУ, в то время как на последующем этапе выполняется
поиск параметров токенов (частоты и соответсвующие им амплитуды) для три­
гонометрических функций. Незначительные (в пределах 10−2 ) различия между
результирующими уравнениями можно связать как раз с этими различиями в
параметрах: во всех 10 запусках было определено уравнение с искомой струк­
турой, как на выражении 4.3, где под величиной 𝜖 подразумевается малая вели­
чина.

(1 ± 𝜖) · 𝑥 · sin ((1 ± 𝜖) · 𝑡) + (1 ± 𝜖) · 𝑥′ · cos ((1 ± 𝜖) · 𝑡) = (1 ± 𝜖) (4.3)

 126

Синтетические данные: ОДУ второго порядка Далее, рассмотрим за­

дачу обучения модели в форме обыкновенного дифференциального уравнения
высших порядков. Для иллюстрации работы алгоритма было выбрано уравне­
ние 4.4. В этом эксперименте было проведено сравнение результатов предсказа­
ния значений системы на основе подхода, включающее в себя обучения модели
в форме дифференциального уравнения по данным и дальнейшее его решение
на моделируемой области. Решение ДУ имеет как периодическую компоненту,
так и трендовую, что соответствует многим реальным процессам, для модели­
рования которых разрабатывался подход.

𝑥′′ + sin (2𝑡)𝑥′ + 4𝑥 = 1.5𝑡 (4.4)

На данном примере рассмотрим метод предсказания при помощи получен­

ных по данным ОДУ. В качестве обучающей выборки использовались данные
со временного полуинтервала [0, 8), тогда как данные с полуинтервала [8, 16)
были приняты за валидационную выборку. Алгоритм был инициализирован на
следующих параметрах:
По данным было получено уравнение: 1.486𝑡 − 0.991𝑥′′ − 3.945𝑥 − 0.0286 =
sin(1.999𝑡)𝑥′ . Для предсказания состояния системы на основе уравнения была
решена начальная задача, отражённая на рисунке 4.2, где показывается, что
отклонение решения полученного уравнения от валдиационной выборки не яв­
ляется существенным: 𝑀 𝐴𝑃 𝐸 = 0.0098.
При слишком низких значениях постоянной регуляризации 𝜆, алгоритм
определил структуру уравнения как 0.63𝑥−0.40𝑡−0.52𝑡·sin (2𝑡)+0.26𝑡·cos (2𝑡)+
0.92 = 𝑥′ . Она допускает более низкое значение ошибки дифференциального
оператора на данных, но, как можно видеть из рисунка 4.2, некорректно обоб­
щает состояние системы.

Синтетические данные: осциллятор Ван дер Поля Способность разра­

ботанного метода восстанавливать структуру обыкновенных дифференциаль­
ных уравнений со сложной структурой можно продемонстрировать на примере
осциллятора Ван дер Поля. Первоначально разработанная для описания цикла
релаксации-колебаний, создаваемого электромагнитным полем [68], модель на­
шла применение в других областях науки, таких как биология или сейсмология.
Система описывается при помощи нелинейного ОДУ второго порядка:
 127

b
Рисунок 4.2 — Предсказание состояния системы на основе полученных по
данным уравнений: левый график - корректное уравнение, правый график -
“переобученное” уравнение.

𝑢′′ + ℰ(𝑢2 − 1)𝑢′ + 𝑢 = 0, (4.5)

где ℰ - положительная постоянная, которая в экспериментах принималась:

ℰ = 0.2.
Отдельным целью данного исследования является сравнение с библиоте­
кой SINDy ([15]). Несмотря на то, что данный инструмент не может восстанав­
ливать структуру дифференциальных уравнения порядков выше первого, урав­
нение Ван дер Поля можно привести к системе ОДУ первого порядка ур. (4.6),
которая, в свою очередь, может быть определена при помощи разреженной ре­
грессии.
⎧
⎨𝑢′ = 𝑣;
(4.6)
⎩𝑣 ′ = −ℰ(𝑢2 − 1)𝑣 − 𝑢

Набор данных был представлен решением уравнения 4.5 с начальными

√
условиями 𝑢 = 3/2; 𝑢′ = 1/2 для области в 320 точек с шагом 0,05, начи­
ная с условной точки 𝑡 = 0. Численное решение получено при помощи метода
Рунге-Кутты четвертого порядка.
Несмотря на то, что в данном случае может быть сформулирована много­
критеральная постановка задачи, соответствующая поиску системы уравнений,
при её решении возникают сложности со сходимостью, связанные с равенством
токенов 𝑥′ = 𝑦. В данном случае, отсутствие ограничений по форме приводит
 128

к некорректному результату: эволюционный алгоритм предлагает кандидатные

уравнения, такие как 𝑣 · 𝑢′ · 𝑣 ′ = 𝑣 ′ (𝑢′ )2 , которые являются тривиальными тож­
дествами относительно правильно найденного уравнения 𝑢′ = 𝑣.
Несмотря на невозможность получить ОДУ как систему уравнений перво­
го порядка, предложенный алгоритм правильно идентифицирует правильную
модель в режиме поиска одиночного уравнения. Анализ предсказаний, основан­
ных на полученных уравнениях, может дать представление о том, как ошибки
в обнаружении уравнений влияют на прогнозирующую способность модели.
Иллюстрация проверки работоспособности алгоритма на интервале вре­
мени, прилегающем к обучающему, представлена на рис. 4.3. Случай (а) пред­
ставляет собой пример прогноза с совершенно неправильной структурой урав­
нения, усиленный недостаточно обученной прогнозирующей нейронной сетью.
В частности, этот случай показывает, что набор проверочных данных должен
быть достаточно длинным, чтобы представлять свойства уравнений, представ­
ляющие процесс. Как при оценке пригодности уравнения во время оптимиза­
ции, так и при проверке, включающей решение задачи начального значения,
ошибка значительно ниже в области, следующей за определенными условиями.
Здесь, на участке [0, ≈ 1.7] решение предложенного уравнения существенно не
отклоняется от правильных значений.
Следующий случай (b) представляет собой прогнозы с использованием
дифференциальных уравнений на основе данных с правильной структурой, в
то время как коэффициенты оцениваются с предельной ошибкой. В случае, ес­
ли свойства обнаруженной динамической системы, связанной с уравнением, с
вектором коэффициентов 𝛼′ не приводят к бифуркации от решения искомой
системы с параметрами 𝛼, кандидат склонен давать осуществимые прогнозы.
Решение уравнений на основе данных с минимальными отклонениями от факти­
ческих коэффициентов представлено в части (c) рис. 4.3 и следует ожидаемой
динамике с минимальными неточностями.
 129

Рисунок 4.3 — Примеры моделирования осциллятора Ван дер Поля при

помощи полученным по данным уравнениям.
 130

Таблица 12 — Статистика определения корректных слагаемых для уравнения,

описывающего динамику осциллятора Ван дер Поля. Истинное уравнение
(идеальный результат идентификации) имеет структуру:
𝑢′′ = −0.2(𝑢2 − 1)𝑢′ − 𝑢.
EPDE
NL, % 𝑢2 𝑢′𝑡 𝑢′𝑡 𝑢 𝑢′′
𝑡𝑡
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎
0 100 −0.199 ± 0.0 100 0.199 ± 0.0 100 1.00 ± 0.0 100 1.00 ± 0.0
0.5 100 −0.181 ± 33.6 · 105 100 0.187 ± 11.9 · 105 100 1.00 ± 5.9 · 105 100 1.0 ± 0.0
1 60 0.085 ± 3.96 · 105 0 − 80 0.065 ± 1.98 · 105 0 −
2.5 100 0.36 ± 0.0 20 1.0 ± 0.0 20 0.01 ± 0.0 0 −
5 60 0.013 ± 1.63 · 10−5 80 1.0 ± 0.0 0 − 0 −

4.1.2 Синтетические наборы данных, заданные

дифференциальными уравнениями в частных производных

При исследовании реальных динамических систем, распространённым

классом моделей выступают дифференциальные уравнения в частных произ­
водных, описывающие динамику или пространственную структуру данных на
основе соотношений, содержащих различные частные производные зависимой
переменной. Таким образом, обеспечение способности метода определять кор­
ректное УрЧП является одной из приоритетных задач проведённого исследова­
ния.
В рамках данной валидационной работы, как и в случае с ОДУ, проводи­
лись эксперименты на синтетических данных.
Далее, приведены результаты валидации алгоритма на синтетических дан­
ных: в качестве входных данных для алгоритма использовались решения зара­
нее известных дифференциальных уравнений. Полученное в таком случае част­
ное решение дифференциального уравнения имитирует доступное для наблюда­
теля проявление моделируемой системы. Валидация проводилась на уравнении
теплопроводности, волновом, Бюргерса, Кортевега-де Фриза, а также стацио­
нарные случаи (уравнение Пуассона). Для иллюстрации работы алгоритма на
входных данных с разным уровнем внесённого шума на таблице 13 приведены
результаты построения уравнений (волнового, Бюргерса, солитонного решения
Кортевега-де Фриза), оцененные при помощи доли успешных запусков среди 20
независимых запусков. Запуски проводились при достаточном числе итерация
для обеспечения сходимости алгоритма.
 131

Таблица 13 — Доля успешных поисков уравнений (%) при помощи

однокритериального алгоритма в зависимости от шума во входных
синтетических данных

Уровень шума Волновое ур. Ур. Бюргерса Ур. Кортевега-де Фриза

0 100 100 100
1.0 100 90 65
2.5 100 75 5
5.0 85 20 0
7.5 35 0 0
10.0 0 0 0
15.0 0 0 0

На синтетических данных было проведено несколько экспериментов по

добавлению шума: прежде всего, в части точек (40% от общего числа) были
добавлены шумы различной величины: (𝜇 = 0; 𝜎 = 𝑛 * ||𝑢(𝑡)||). Уровень шума
в данных определялся из соотношения 4.7, где 𝑢𝑛𝑜𝑖𝑠𝑒𝑑 - данные с внесённым
шумом, а 𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 - исходные. После этого полученные данные использовались
как входные для алгоритма.

||𝑢𝑛𝑜𝑖𝑠𝑒𝑑 − 𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 ||2

𝑁𝐿 = · 100% (4.7)
||𝑢𝑜𝑟𝑖𝑔𝑖𝑛𝑎𝑙 ||2

a) Волновое уравнение Первая постановка задачи включала в себя исполь­

зование алгоритма на решении волнового уравнения с двумя пространственны­
ми переменными на соотношении 4.10, где 𝑡 - время, 𝑥, 𝑦 - пространственные
координаты, 𝑢 - изучаемая функция (например, малое внеплоскостное смеще­
ние мембраны), 𝛼1 = 𝛼2 = 1. Уравнение было решено с использованием метода
конечных разностей для области, состоящей из 201 × 201 × 201 точек в двух
пространственных измерениях & времени. Сетка, которая покрывала область,
имела равномерно распределенные узлы с координатами от 0 до 10. Начальны­
ми условиями для уравнения были соотношение 4.8 & соотношение 4.9, и 𝑢 = 0
было граничным условием для задачи.

1 1 1
𝑢 = 10000 sin ( 𝑥𝑦(1 − 𝑥)(1 − 𝑦))2 (4.8)
100 10 10
 132

𝜕𝑢 1 1 1
= 1000 sin ( 𝑥𝑦(1 − 𝑥)(1 − 𝑦))2 (4.9)
𝜕𝑡 100 10 10

𝜕 2𝑢 𝜕 2𝑢 𝜕 2𝑢
= 𝛼 1 + 𝛼 2 (4.10)
𝜕𝑡2 𝜕𝑥2 𝜕𝑦 2
Алгоритм определения уравнения был настроен следующим образом: в ка­
честве механизма подготовки данных использовалась аппроксимации данных
при помощи полносвязной нейронной сети (4 скрытых слоя, содержащих 256,
64, 64, 1024 нейронов, и использующих гиперболический тангенс в качестве
функции активации, обучение на 10000 эпох). Последующее вычисление тен­
зоров производных исполнялось при помощи метода конечных разностей (цен­
тральная схема, шаг сетки - 0.01 * Δ, где Δ - шаг сетки, на которой были
поданы входные данные, по координатной оси дифференцирования). Поряд­
ки производных ограничивались 3-им по всем координатам. В эксперименте
был использован эволюционный алгоритм со следующими параметрами: число
эпох поиска уравнения 𝑛𝑒𝑝𝑜𝑐ℎ𝑠 = 25, размер популяции кандидатных решений
𝑛𝑝 𝑜𝑝 = 10, вероятность уравнения подвергнуться мутации - 𝑝𝑚𝑢𝑡 = 0.2, до­
ля популяции, подвергаемая кроссоверу, 𝑛𝑝𝑎𝑟𝑒𝑛𝑡 = 0.4, вероятности слагаемых
уравнения подвергнуться мутации внутри мутирующих кандидатных решений
и вероятность обмена между парой слагаемых в рамках кроссовера, составили
𝑝𝑡𝑒𝑟𝑚_𝑚𝑢𝑡 = 𝑝𝑡𝑒𝑟𝑚_𝑐𝑟𝑜𝑠𝑠𝑜𝑣𝑒𝑟 = 0.3. Для оценки приспособленности использовался
подход на основе
Результаты эксперимента таковы: метод успешно обнаруживает структу­
ру уравнения для интервала уровней шума до 7.5 %, что соответствует стан­
дартному отклонению гауссова шума в интервале [0, 0.2], умноженного на норму
поля во временном интервале. Ошибки весов в этом интервале незначительны,
как показано в Tab. 13. При более высоких уровнях шума (в интервале от 7,5%
до 10%) алгоритм обнаруживает дополнительные слагаемые, отсутствующие в
исходном уравнении, что приводит как к искажению структуры уравнения, так
и к некорректному вычислению весов. Наконец, при высоких уровнях (от 10%)
шума предлагаемый алгоритм теряет способность определять даже элементы
желаемой структуры уравнения, сходясь к структурам, описывающим шум в
данных.
 133

b) Уравнение Бюргерса Для исследования поведения алгоритма на дан­

ных нелинейных дифференциальных уравнениях в частных производных был
проведён эксперимент на входных данных, полученных на основе решения урав­
нения Бюргерса. Интерес этого примера связан с практической значимостью
данного примера: оно соответствует уравнению движения для одномерного слу­
чая системы уравнений Навье-Стокса, если принять за 𝑢 моделируемую пере­
менную (скорость течения), за 𝜈 - вязкость среды.

𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕 2𝑢
+𝑢 =𝜈 2 =0 (4.11)
𝜕𝑡 𝜕𝑥 𝜕𝑥

c) Уравнение Кортевега-де Фриза Для того, чтобы создать более слож­

ную постановку задачи, использовалось солитонное решение (выражение 4.13)
уравнения Кортевега-де Фриза (уравнение 4.12). Это решение представляет со­
бой перенос одиночной волны, распространяющейся со скоростью 𝑐, из началь­
ного положения, заданного положением гребня волны в точке 𝑥0 . Данные для
теста получаются из функции решения уравнения 4.13. Решение оценивается
на равномерной сетке из 101 пространственной точки в интервале 𝑥 ∈ [0,10] и
151 временной точки в интервале 𝑡 ∈ [0,15].

𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕 3 𝑢
+ 6𝑢 + =0 (4.12)
𝜕𝑡 𝜕𝑥 𝜕𝑥3
[︂√ ]︂
𝑐 𝑐
𝑢 = − 𝑠𝑒𝑐ℎ2 (𝑥 − 𝑐𝑡 − 𝑥0 ) (4.13)
2 2
Применение структуры к решению уравнения из соотношения 4.13, оце­
ниваемому на регулярной сетке, не позволило определить исходное уравнение
по данным. Неправильно обнаруженная модель возникает из-за более простых
случайных форм данных, таких как 𝑢𝑡 = −𝑐𝑢𝑥 , также обладающих низкими зна­
чениями ошибки уравнения. При использовании однокритериального подхода,
более низкая сложность этого уравнения приводит к большей вероятности его
открытия, чем для полного уравнения КдФ. Кроме того, отсутствие в структу­
ре производных высокого порядка, которые вычисляются с большей численной
ошибкой, чем производные первого и второго порядка, могут привести к более
низким значениям функционала ошибки, чем в корректном уравнении. Этот
эксперимент показывает, что однокритериальный алгоритм имеет склонность
 134

в ряде случае не сходиться к полной модели, а обнаруживать «упрощённые

уравнения», которые обычно представляют собой равенство между функциями
(обычно различными производными), присутствующими в наборе допустимых
элементарных функций.
Результаты экспериментов по восстановлению дифференциальных уравне­
ний в частных производных обобщены на таблице 14. Ожидаемо, для уравнений
с более простой структурой

Таблица 14 — Доля успешных поисков уравнений (%) при помощи

однокритериального алгоритма в зависимости от шума во входных
синтетических данных

Уровень шума Волновое ур. Ур. Бюргерса Ур. Кортевега-де Фриза

0 100 100 100
≈ 1.0 100 90 65
≈ 2.5 100 75 5
≈ 5.0 85 20 0
≈ 7.5 35 0 0
≈ 10.0 0 0 0
≈ 15.0 0 0 0

4.1.3 Реальные данные: восстановление уравнения

теплопроводности

Особое внимание в исследовании было отведено апробации подхода к поис­

ку уравнений, описывающих реальные системы. Был поставлен эксперимент по
определению уравнения, описывающего динамику температуры в среде вокруг
проволоки-нагревателя. В теории, для процесса применимо уравнение теплопро­
водности в полярных координатах. Были исследованы два случая различных
сред: в первой процесс распространения тепла имеет диффузионную природу,
в то время как во второй присутствует конвекция. Уравнения, описывающие
диффузионное распространение тепла, имеют структуру 4.14 в которой 𝛼 ∈ R
- постоянная. Первичный эксперимент был совершён на синтетических данных
 135

и были получены результаты 15. 𝜖 соответствует пренебрежимо малой величине,

соответствующей машинной погрешности вычислений.

1 𝜕𝑢 𝜕 2 𝑢 𝜕𝑢
𝛼 +𝛼 2 = (4.14)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑡
2
1 𝜕𝑢 𝜕 𝑢 𝜕𝑢
Уровень шума 𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟2 𝜕𝑡 C
−7 −7
0 (1.5 ± 𝜖) · 10 (1.54 ± 𝜖) · 10 1 𝜖
−7 −7
0.1 (1.51 ± 𝜖) · 10 (1.53 ± 𝜖) · 10 1 𝜖
−7 −7
0.3 (1.4 ± 0.3) · 10 (1.5 ± 0.21) · 10 1 0.0023 ± 0.005
−7 −7
0.5 (1.45 ± 0.5) · 10 (1.5 ± 0.21) · 10 1 0.05 ± 0.026
−7 −7
0.7 (1.4 ± 0.7) · 10 (1.3 ± 0.4) · 10 1 0.1 ± 0.053
−7 −7
1 (1.3 ± 0.3) · 10 (1.1 ± 0.7) · 10 1 0.3 ± 0.1
Таблица 15 — Полученные коэффициенты перед слагаемыми уравнения
теплопроводности в цилиндрических координатах. Коэффициенты
нормализованы так, что перед слагаемым с 𝜕𝑢 𝜕𝑡 коэффициент - единица. 𝐶 -
соответствует свободному слагаемому.

Полученные по экспериментальным данным (10 независимых эксперимен­

тов) уравнения теплопроводности без конвекции можно описать при помощи
соотношения 4.15, что соотносится с ожидаемыми парамет. Неточность в значе­
ниях коэффициентов связана с различными аппроксимациями входных данных
при помощи нейронных сетей.

−8 1 𝜕𝑢 −8 𝜕𝑢 (︀
2
−8
)︀ 𝜕𝑢
(9.4 ± 0.11) · 10 + (9.423 ± 0.04) · 10 + 𝜖 ± 0.01 · 10 = (4.15)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟2 𝜕𝑡

Уравнение конвекции содержит в своей структуре неизмеренное (в общем

случае мы принимаем, что и неизмеримое) поле скорости. Классические методы
решения обратных задач не позволяют получить его в точной (аналитической)
форме, так что для её представления использовалась параметрическая функция
- произведение полиномов, зависящих от радиуса от нагревателя и времени.
Алгоритм определил структуру уравнения, как на соотношении 4.16, где 𝑣2 -
параметризованное поле скорости среды, что соответствует ожидаемой.
2
−8 1 𝜕𝑢 −9 𝜕 𝑢 𝜕𝑢 𝜕𝑢
4.1 · 10 · + 5.8 · 10 · 2 + 𝑣2 = (4.16)
𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑟 𝜕𝑡
 136

Было показано, что слабым местом предложенного подхода является тре­

бование к параметрическому представлению элементарных функций и испол­
нение соответствующей оптимизации. Хотя приближение токенов при помощи
нейронных сетей и может позволить автоматизировать процесс, оно также име­
ет и ряд недостатков. Во-первых, алгоритм может сходиться в локальные оп­
тимумы качества кандидатных уравнений, полученные за счёт переобучения
коэффициентов под неоптимальную структуру из производных. Помимо этого,
структуры глубоких полносвязных нейронных сетей с большим числом пара­
метров трудно анализировать, так что получение подобных уравнений будет
противоречить идее интерпретируемого машинного обучения.

4.2 Валидация многокритериального метода обучения модели в

форме системы дифференциальных уравнений

Валидация метода обучения модели в форме системы дифференциальных

уравнений была проведена на обыкновенных дифференциальных уравнениях и
на уравнениях в частных производных. Первый эксперимент был посвящён вос­
становлению системы уравнений, описывающих модель Лотки-Вольтерра (си­
стему “хищник-жертва”) 4.17 и системы уравнений, описывающих осциллятор
Лоренца 4.18. Ниже приведены результаты, отражающие долю успешных запус­
ков, когда желаемое уравнение находилось на множестве Парето кандидатных
уравнений. Далее, для оценки пригодности полученных систем дифференциаль­
ных уравнений для предсказания состояния процесса использовался алгоритм
автоматического решения уравнений и оценивалась метрика MAPE 4.19 на от­
ложенной выборке - временном интервале после периода обучения. В каждом
случае ставилась начальная задача, в качетсве заданных значений задавалось
значение моделируемых переменных в начальным момент времени 𝑡0 , получен­
ный из обучающей выборки.
⎧
⎨ 𝑑𝑢 = 𝛼𝑢 − 𝛽𝑢𝑣;
𝑑𝑡
(4.17)
⎩ 𝑑𝑣 = 𝛿𝑢𝑣 − 𝛾𝑣;
𝑑𝑡
 137

⎧
⎪
⎪ 𝑑𝑥
= 𝜎 · (𝑦 − 𝑥);
⎪
⎨ 𝑑𝑡
𝑑𝑦 (4.18)
⎪ 𝑑𝑡 = 𝑥 · (𝜌 − 𝑧) − 𝑦;
⎪
⎪
⎩ 𝑑𝑧 = 𝑥𝑦 − 𝛽𝑧;
𝑑𝑡

Таблица 16 — Доля успешных поисков систем уравнений 𝑅(%) и ошибка

моделирования (MAPE) в зависимости от шума во входных синтетических
данных

Модель Лотки-Вольтерра Модель Лоренца

Уровень шума, % 𝑅, % 𝑀 𝐴𝑃 𝐸 𝑅, % 𝑀 𝐴𝑃 𝐸
0 100 0.42 100 1.5
0.5 100 2.7 100 4.1
1.0 90 17 70 37
2.5 70 38 30 42
5.0 15 88 5 93

Результаты экспериментов по восстановлению систем дифференциальных

уравнений на основе данных приведены на таблице 16, где запуски алгоритма
оценивались по метрике MAPE 4.19 на тестировочном интервале, где оценива­
ется относительное отклонение предсказания 𝑓𝑖𝑝𝑟𝑒𝑑 от фактического значения
𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡 . Нужно отметить, что даже в случае некорректно определённых уравне­
ний значение MAPE не превышает 100%, так как алгоритм получает уравнения,
решения которых сходится к нулевым. Пример подобного воспроизведённого
уравнения представлен на рисунке 4.4
𝑛
100 ∑︁ 𝑓𝑖𝑝𝑟𝑒𝑑 − 𝑓𝑖𝑓 𝑎𝑐𝑡
𝑀 𝐴𝑃 𝐸 = | 𝑓 𝑎𝑐𝑡
| (4.19)
𝑛 𝑖=0 𝑓𝑖
Далее в диссертационной работе рассматривается особенности примене­
ния многокритериального подхода к задаче обучения модели в форме одиноч­
ного дифференциального уравнения. По аналогии с кодировкой особи для ре­
шения задачи поиска системы ДУ, в хромосому помимо структуры отдельных
уравнений включаются параметры, определяющие поведение алгоритма гене­
рации графа уравнения. Возможность алгоритма оценивать кандидатные урав­
нения не только с точки зрения качества воспроизведения состояинй динамиче­
 138

Рисунок 4.4 — Пример предсказания состояния системы Лотки-Вольтерра на

основе полученных по данным уравнений.

ской системы, но и на основе сложности их структуры, позволяет расширить

разнообразие популяции в процессе эволюции. Иллюстрировать эту идею мож­
но тем фактом, что простые уравнения со сложностью “2 активных токена”,
не полностью описывающие динамику процесса, а представляющие лишь часть
динамики, будут оставаться в популяции, и могут участвовать в поиске уравне­
ния как наиболее простые содержательные модели. Таким образом, у алгоритма
появляется возможность определять относительно-простые уравнения, не опре­
деляющие шумовую компоненту данных.
Результаты экспериментов по сравнению эффективности одно- (single­
objective) и многокритериального (multi-objective) поиска уравнений в частных
производных при одинаковых вычислительных ресурсах приведены на рисунке
4.5. По полученным данным можно определить, что даже в задаче поиска оди­
ночного уравнения многокритериальная постановка оптимизационной задачи
имеет ряд преимуществ, обеспечивая более раннюю и достоверную сходимость,
однако требуют экспертного вердикта для определения желаемого уравнения
на множества Парето-оптимальных кандидатов.
При использовании алгоритма многокритериальной оптимизации резуль­
татом работы алгоритма является множество Парето, содержащее набор реше­
ний задачи, что ставит перед исследователем проблему выбора наиболее под­
ходящего уравнения. Пример результата работы алгоритма при использовании
 139

104

101 102

100 10− 1

6 × 100 10− 2

10− 4
0
4 × 10 10− 6
0
3 × 10 10− 8

10− 10
2 × 10 0 10− 2
Single Objective Multi-Objective Single Objective Multi-Objective Single Objective Multi-Objective

а б в

Рисунок 4.5 — Значения MAE на обучающих данных при использовании одно-

и многокритериального подхода на примерах волнового уравнения (а),
уравнения Бюргерса (б), и уравнения Кортевега-де Фриза(в)

входных данных, полученных из решения уравнения Ван дер Поля, представ­

лен на рисунке 4.6. Общее решение для выбора предпочтительного решения
остаётся за рамками диссертационной работы.

Рисунок 4.6 — Пример Парето-множества решений оптимизационной задачи

поиска уравнения Ван дер Поля, изображенного в пространстве критериев
оптимизации: ошибки воспроизведения процесса “Objective 1” и критерия
сложности уравнения “Objective 2”.

Отдельным этапом валидации алгоритма является рассмотрение его эф­

фективности по сравнению с ближайшими аналогами. Для сравнения использо­
 140

валась библиотека SINDy, основанная на операторе LASSO и описанная в главе

1 данной работы. Входные данные составлялись таким образом, чтобы покры­
вать типовые задачи поиска модели динамической системы. Для сравнения спо­
собности алгоритмов восстановить известные дифференциальные уравнения в
частных производных использовались уравнения Бюргерса 4.11 и Кортевега-де
Фриза 4.12. Возможности построения одиночных ОДУ проверялись на примере
уравнения Ван дер Поля 4.5, и систем на основе системы уравнений Лотки­
Вольтерры (4.17).

Таблица 17 — Статистика включения корректных слагаемых для уравнения

Бюргерса и значений соответствующих коэффициентов в сочетании с
полученными на основе SINDy для заданных уровней шума. Аббревиатура g.t.
обозначает истинную структуру уравнения.
EPDE
SINDy
NL, % 𝑢′𝑡 𝑢′′
𝑥𝑥 𝑢𝑢′𝑥
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 g.t. 𝑢′𝑡 = 0.1𝑢′′
𝑥𝑥 − 𝑢𝑢𝑥
′

0 100 1.001 ± 0 100 0.106 ± 0.0 100 −0.997 ± 0.0 𝑢′𝑡 = 0.1𝑢′′
𝑥𝑥 − 1.001𝑢𝑢𝑥
′

1 90 0.830 ± 0.218 60 0.053 ± 0.002 10 −0.980 ± 0.0 𝑢′𝑡 = −0.248𝑢′𝑥 − 0.292𝑢𝑢′𝑥

2.5 80 0.599 ± 0.158 50 0.018 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = −0.265𝑢′𝑥 − 0.229𝑢𝑢′𝑥
5 100 0.674 ± 0.139 20 −0.012 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = −0.001𝑢𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 − 0.825𝑢𝑢𝑥
10 100 0.674 ± 0.103 40 0.004 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 = 0.133𝑢𝑢′′
𝑥𝑥

Таблица 18 — Статистика включения правильных слагаемых для уравнения

Кортевега-де Фриза и соответствующих коэффициентов в сочетании с
полученной SINDy для указанных уровней шума. Аббревиатура g.t.
обозначает истинную структуру искомого уравнения и
𝑁 [𝑢] = −0.515𝑢′𝑥 + 3.813𝑢2 𝑢′𝑥 − 0.013𝑢𝑢′′′ 2 ′′′
𝑥𝑥𝑥 + 0.025𝑢 𝑢𝑥𝑥𝑥 .

EPDE
SINDy
NL, % 𝑢′𝑡 𝑢𝑢′𝑥 𝑢′′′
𝑥𝑥𝑥
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 g.t. 𝑢′𝑡 + 𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 + 6𝑢𝑢𝑥 = 0
0 100 1.001 ± 0.0 100 6.002 ± 0.0 100 1.06 ± 0.0 𝑢′𝑡 + 0.992𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 + 5.967𝑢𝑢𝑥 = 0
0.5 80 0.913 ± 0.032 60 5.914 ± 2.59 70 1.31 ± 0.57 𝑢′𝑡 − 0.906𝑢′𝑥 = 0
1 40 0.437 ± 0.156 0 − 0 − 𝑢′𝑡 − 0.816𝑢′𝑥 = 0
2.5 100 0.36 ± 0.0 20 1.0 ± 0.0 20 0.01 ± 0.0 𝑢′𝑡 − 0.004𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 − 0.844𝑢𝑥 = 0
5 60 0.01 ± 2.13 · 10−5 80 1.0 ± 0.0 0 − 𝑢′𝑡 − 0.003𝑢′′′ ′
𝑥𝑥𝑥 − 1.859𝑢𝑢𝑥 + 𝑁 [𝑢] = 0

Время выполнения для платформы EPDE составляет в среднем 91 секун­

ду, а поиск с помощью SINDy занимает 0,032 секунды. Это временное расхож­
дение можно объяснить алгоритмической простотой выполнения и меньшим
пространством поиска для подхода на основе разреженной регрессии. Результа­
ты проверки обобщены в таблице 17. С появлением шума оба подхода быстро
теряют способность выводить уравнения с правильной структурой. Алгоритм
 141

может надежно сходиться к правильному уравнению с правильными коэффи­

циентами только при уровне шума, равном или меньшем 1%.

Таблица 19 — Статистика включения правильных слагаемые для уравнения,

описывающего динамику жертвы, с соответствующими коэффициентами и
уравнением, полученными с помощью SINDy. Основное уравнение истинности
обозначается аббревиатурой g.t., а 𝑁𝑁 𝐿 [𝑢, 𝑣] — дополнительные менее
значимые слагаемые, обнаруженные SINDy в структуре уравнения.
EPDE
SINDy
NL, % 𝑢 𝑢′ 𝑢𝑣
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 g.t. 𝑢′ = 20𝑢 − 20𝑢𝑣
0 100 19.83 ± 0.24 100 1.0 ± 0.0 90 −20.06 ± 0.008 𝑢′ = 20.096𝑢 − 19.842𝑢𝑣 + 𝑁0 [𝑢, 𝑣]
0.5 100 19.969 ± 0.0 100 1.0 ± 0.0 100 −20.214 ± 0.0 𝑢′ = 20.194𝑢 − 19.87𝑢𝑣 + 𝑁0.5 [𝑢, 𝑣]
1 90 19.070 ± 0.263 100 1.0 ± 0.0 40 −19.361 ± 0.0 𝑢′ = 20.726𝑢 − 19.904𝑢𝑣 + 𝑁1.0 [𝑢, 𝑣]
2.5 50 6.964 ± 175.4 60 0.38 ± 0.368 10 1.4 ± 0.0 𝑢′ = 19.311𝑢 − 19.67𝑢𝑣 + 𝑁2.5 [𝑢, 𝑣]
5 30 −2.77 ± 39.3 50 0.1 ± 0.011 10 1.4 ± 0.0 Convergence failure

Таблица 20 — Статистика включения правильных слагаемые для уравнения,

описывающего динамику хищника, с соответствующими коэффициентами и
уравнением, полученными с помощью SINDy. Основное уравнение истинности
обозначается аббревиатурой g.t., а 𝑁𝑁 𝐿 [𝑢, 𝑣] — дополнительные менее
значимые слагаемые, обнаруженные SINDy в структуре уравнения.
EPDE
SINDy
NL, % 𝑣 𝑢′ 𝑢𝑣
𝑃, % 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 𝑃 𝑏, 𝜇 ± 1.98𝜎 g.t. 𝑣 ′ = −20𝑣 + 20𝑢𝑣
0 90 −20.018 ± 0.0 90 1.0 ± 0.0 90 24.741 ± 384.9 𝑣′ = −19.97𝑣 + 19.85𝑢𝑣 + 𝑁0.5 [𝑢, 𝑣]
0.5 100 −19.822 ± 0.0 100 1.0 ± 0.0 100 20.098 ± 0.0 𝑣′ = −20.99𝑣 + 19.86𝑢𝑣 + 𝑁0.5 [𝑢, 𝑣]
1 100 −19.922 ± 33.6 · 10−4 100 1.0 ± 0.0 100 20.011 ± 0.021 𝑣′ = −19.73𝑣 + 19.63𝑢𝑣 − 𝑁1.0 [𝑢, 𝑣]
2.5 90 −18.987 ± 1.09 90 1.0 ± 0.0 40 31.26 ± 816.2 𝑣′ = −20.65𝑣 − 20.12𝑢𝑣 + 𝑁2.5 [𝑢, 𝑣]
5 40 −8.97 ± 65.0 50 0.525 ± 0.28 70 72.86 ± 25.7 Convergence failure

4.3 Выводы к главе 4

В этой главе были представлены результаты экспериментального исследо­

вания и валидации предложенных методов, в рамках которых предполагалось
обучения модели в форме дифференциальных уравнений, описывающих синте­
тические и реальные наборы данных. В рамках исследования были рассмотрены
основные классы дифференциальных уравнений и систем дифференциальных
уравнений, которые могут быть получены при обучении на основе разработан­
 142

ного метода. Было показано, что при обучении метод позволяет получить кор­
ректное дифференциальное уравнение на входных данных с уровнями шума до
5-10 %, в то время как конкурирующие методы теряют возможность получить
уравнение на данных с уровнями шума около 1-2 %, т.к. точность получения
структуры составлет менее 50 %.
 143

Заключение

При выполнении диссертационного исследования было предложено реше­

ние существующим проблемам и противоречиям в области обучения модели в
форме дифференциальных уравнений. Метод на основе эволюционной оптими­
зации не ставит жёсткие ограничения на структуры определяемых уравнений
и, соответственно, может быть применён в более широком классе задач.
В результате диссертационного исследования:
1. Исследовано современное состояние области методов получения струк­
туры и коэффициентов моделей в форме дифференциальных уравне­
ний и выдвинута гипотеза, что задача символьной регрессии по расши­
ренной библиотеке слагаемых может быть заменена на более гибкий
эволюционный алгоритм;
2. Разработан метод и реализующий его алгоритм обучения модели в фор­
ме дифференциальных уравнений с неизвестными структурой и коэф­
фициентами на основе эволюционных алгоритмов оптимизации и мето­
да численного решения начально-краевых задач физически-обоснован­
ными нейронными сетями (PINN) для вычисления функции приспособ­
ленности.
3. Разработан метод и реализующий его алгоритм обучения моделей в
форме систем обыкновенных дифференциальных уравнений и уравне­
ний в частных производных на основе алгоритма многокритериальной
эволюционной оптимизации с независимым обучением структуры и ко­
эффициентов модели для каждого из уравнений системы с учетом воз­
можности задания критериев точности относительно наблюдаемых па­
раметров динамических систем и структурной сложности модели, кото­
рый не ограничивает системы формой векторных уравнений и который
можно распространить на задачи обучения модели в форме одиночного
дифференциального уравнения для унификации метода и улучшения
сходимости эволюционного алгоритма.
4. Проведена валидация разработанных методов на синтетических и ре­
альных данных, отражающих широкий класс дифференциальных урав­
нений. В частности на бенчмарках, принятых в сообществе: обыкно­
 144

венных дифференциальных уравнениях (нелинейных, неоднородных),

уравнений в частных производных второго порядка (гиперболические,
параболические, эллиптические) и третьего порядка (на примере соли­
тонного и неоднородного случая уравнения Кортевега-де Фриза). Так­
же были рассмотрены системы ОДУ (система Лотка-Вольтерра и Ло­
ренца) и система уравнений в частных производных на примере урав­
нений Навье-Стокса. Также, проведено исследование элементов мето­
да обучения модели в форме дифференциальных уравнений: исполь­
зуемой в эволюционной оптимизации функции приспособленности кан­
дидатных дифференциальных уравнений, методов устойчивого диффе­
ренцирования.
Метод обучения модели в форме дифференциальных уравнений (как
обыкновенных, так и в частных производных) позволяет повысить точ­
ность определения структуры (SHD) на уравнениях-бенчмарках от 20
% (уравнение Бюргерса) до 5 раз (400 %) (уравнение Кортевега – де
Фриза) со средним значением прироста точности по всем бенчмаркам
в 2 раза (100 %) и увеличить робастность обучения, в виде максималь­
ной дисперсии шума, с 0.5 % (у ближайшего конкурента) до 10 % (для
разработанного метода) , при которой может быть получена структура
уравнения с точностью не менее 50%.
Метод обучения модели в форме системы дифференциальных уравне­
ний позволяет повысить точность определения структуры (SHD) на
уравнениях-бенчмарках на рассмотренных системах до 70 % в зависи­
мости от уровня шума и повысить робастность обучения в виде мак­
симальной дисперсии шума с 2.5 % (у ближайшего конкурента) до 8
% (для разработанного метода) для систем первого порядка и с 0 %
(у ближайшего конкурента) до 5 % (для разработанного метода) для
систем второго и выше порядков, при которой может быть получена
структура уравнения с точностью не менее 50%.
Дальнейшее развитие области диссертационного исследования может
быть связано с обучением моделей в форме стохастических дифференциальных
уравнений, а также с добавлением оператора интегрирования, который позво­
лит идентифицировать по данным интегро-дифференциальные уравнения. От­
дельным вопросом является дальнейшее улучшение шумоустойчивости алгорит­
 145

ма как за счёт инструментов дифференцирования, так и за счёт адаптирован­

ных операций разреживания структуры уравнения, вычисления коэффициен­
тов и оценки его приспособленности.
 146

Список сокращений и условных обозначений

ДУ - Дифференциальное уравнение
УрЧП - Дифференциальное уравнение в частных производных
ОДУ - Обыкновенное дифференциальное уравнение
ИНС - Искусственная нейронная сеть
LASSO - Least absolute shrinkage and selection operator, оператор наимень­
шего абсолютного сжатия и отбора
MAPE - Mean Absolute Percentage Error, cредняя абсолютная ошибка в
процентах
MOEA/DD - Evolutionary Many-Objective Optimization Algorithm Based
on Dominance and Decomposition
Уравнение КдВ - Уравнение Кортевега-де Фриза
 147

Список литературы

1. Hvatov A., Maslyaev M. The data-driven physical-based equations discovery

using evolutionary approach // GECCO 2020 - Proceedings of the Genetic
and Evolutionary Computation Conference Companion. — 2020. — P. 129–
130.
2. Grigoriev V., Maslyaev M., Hvatov A. String-based and graph-based geno-
type representations for evolutionary differential equations discovery on an
example of the heat equation // Proceedings of the 13th Majorov Interna-
tional Conference on Software Engineering and Computer Systems, — 2021.
3. Maslyaev M., Hvatov A., Kalyuzhnaya A. Data-Driven Partial Differential
Equations Discovery Approach for the Noised Multi-dimensional Data //
Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in
Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 12138 LNCS. —
2020. — P. 86–100.
4. Maslyaev M., Hvatov A., Kalyuzhnaya A. Discovery of the data-driven mod-
els of continuous metocean process in form of nonlinear ordinary differential
equations // Procedia Computer Science. Vol. 178. — 2020. — P. 18–26.
5. Model-Agnostic Multi-objective Approach for the Evolutionary Discovery of
Mathematical Models / A. Hvatov [et al.] // Communications in Computer
and Information Science. Vol. 1488. — 2021. — P. 72–85.
6. Maslyaev M., Hvatov A. Solver-Based Fitness Function for the Data-Driven
Evolutionary Discovery of Partial Differential Equations // IEEE Congress
on Evolutionary Computation CEC. — 2022. — P. 1–8.
7. Maslyaev M., Hvatov A. Comparison of Single- and Multi- Objective
Optimization Quality for Evolutionary Equation Discovery // Genetic and
Evolutionary Computation Conference Companion (GECCO). — 2023.
8. Maslyaev M., Hvatov A. Partial differential equations discovery with EPDE
framework: application for real and synthetic data // Journal of Computa-
tional Science. — 2021. — P. 101345.
 148

9. Maslyaev M., Hvatov A. Multiobjective evolutionary discovery of equation-

based analytical models for dynamical systems // Scientific and Technical
Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics. — 2023. —
Vol. 23, no. 1. — P. 97–104.
10. Towards generative design of computationally efficient mathematical models
with evolutionary learning / A. Kalyuzhnaya [et al.] // Entropy. — 2021. —
Vol. 23, no. 1. — P. 28.
11. Hybrid modeling of gas-dynamic processes in AC plasma torches. / N. Bykov
[и др.] // Materials Physics & Mechanics. — 2022. — Т. 50, № 2.
12. Hochreiter S., Schmidhuber J. Long Short-Term Memory // Neural
Computation. — 1997. — Нояб. — Т. 9, № 8. — С. 1735—1780. — DOI:
10.1162/neco.1997.9.8.1735.
13. Elsworth S., Güttel S. Time Series Forecasting Using LSTM Networks: A
Symbolic Approach. — 2020. — arXiv: 2003.05672 [cs.LG].
14. Machine learning assisted prediction of exhaust gas temperature of a heavy­
duty natural gas spark ignition engine / J. Liu [и др.] // Applied Energy. —
2021. — Т. 300. — С. 117413.
15. PySINDy: A comprehensive Python package for robust sparse system
identification / A. A. Kaptanoglu [и др.] // Journal of Open Source Software. —
2022. — Т. 7, № 69. — С. 3994. — DOI: 10.21105/joss.03994. — URL: https:
//doi.org/10.21105/joss.03994.
16. Data-driven discovery of partial differential equations / S. H. Rudy [и др.] //
Science Advances. — 2017. — Т. 3, № 4. — e1602614.
17. Data-Driven Identification of Parametric Partial Differential Equations / S. H.
Rudy [и др.] // SIAM Journal on Applied Dynamical Systems. — 2019. —
Т. 18, № 2. — С. 643—660.
18. Learning partial differential equations via data discovery and sparse
optimization / H. Schaeffer [и др.] // Proceedings of the Royal Society A:
Mathematical, Physical and Engineering Science, publisher: Royal Society. —
2017. — DOI: 473(2197):20160446.
19. Schaeffer H., McCalla S. G. Sparse model selection via integral terms //
Physical Review E. — 2017. — Т. 96, № 2.
 149

20. Brunton S. L., Proctor J. L., Kutz J. N. Discovering governing equations from
data by sparse identification of nonlinear dynamical systems // Proceedings of
the National Academy of Sciences. — 2016.
21. Loiseau J. C., Brunton S. L. Constrained sparse Galerkin regression systems //
Journal of Fluid Mechanics. — 2018. — Т. 838. — С. 42—67.
22. Kaiser E., Kutz J. N., Brunton S. L. Sparse identification of nonlinear
dynamics for model predictive control in the low-data limit. — 2017. — URL:
https://arxiv.org/abs/1711.05501.
23. Sparse Identification of Nonlinear Dynamics for Rapid Model Recovery / M.
Quade [и др.]. — 2018. — URL: https://arxiv.org/abs/1803.00894v2.
24. Hirsh S. M., Barajas-Solano D. A., Kutz J. N. Sparsifying priors for Bayesian
uncertainty quantification in model discovery // Royal Society Open Science. —
2022. — Т. 9, № 2. — С. 211823.
25. Park J.-H., Dunson D. B. Bayesian generalized product partition model //
Statistica Sinica. — 2010. — С. 1203—1226.
26. Tran G., Ward R. Exact recovery of chaotic systems from highly corrupted
data // Multiscale Modeling and Simulation. — 2017. — Т. 15. — С. 1108—
1129.
27. Raissi M. Deep hidden physics models: Deep learning of nonlinear partial
differential equations. — 2018. — URL: https://arxiv.org/abs/1801.06637.
28. Berg J., Nystrom K. Data-driven discovery of PDEs in complex datasets. —
2018. — URL: https://arxiv.org/abs/1808.10788.
29. Berg J., Nystrom K. Neural network augmented inverse problems for PDEs. —
2017. — URL: https://arxiv.org/abs/1712.09685.
30. Pde-net: Learning pdes from data / Z. Long [и др.] // International Conference
on Machine Learning. — PMLR. 2018. — С. 3208—3216.
31. Long Z., Lu Y., Dong B. PDE-Net 2.0: Learning PDEs from data with a
numeric-symbolic hybrid deep network // Journal of Computational Physics. —
2019. — Т. 399. — С. 108925.
 150

32. Stephany R., Earls C. PDE-READ: Human-readable partial differential

equation discovery using deep learning // Neural Networks. — 2022. — Т.
154. — С. 360—382.
33. Chen J., Wu K. Deep-OSG: Deep Learning of Operators in Semigroup //
Journal of Computational Physics. — 2023. — С. 112498.
34. Qin T., Wu K., Xiu D. Data driven governing equations approximation using
deep neural networks // Journal of Computational Physics. — 2019. — Т.
395. — С. 620—635.
35. Wu K., Xiu D. Data-driven deep learning of partial differential equations
in modal space // Journal of Computational Physics. — 2020. — Т. 408. —
С. 109307.
36. Raissi M., Perdikaris P., Karniadakis G. Physics-informed neural networks:
A deep learning framework for solving forward and inverse problems involving
nonlinear partial differential equations // Journal of Computational Physics. —
2019. — Т. 378. — С. 686—707. — DOI: https://doi.org/10.1016/j.jcp.2018.10.
045.
37. Physics-informed neural networks for solving forward and inverse problems in
complex beam systems / T. Kapoor [и др.]. — 2023. — arXiv: 2303 . 01055
[cs.LG].
38. Physics-informed neural networks for inverse problems in supersonic flows /
A. D. Jagtap [и др.] // Journal of Computational Physics. — 2022. — Т. 466. —
С. 111402.
39. Data-Driven Discovery of Fokker-Planck Equation for the Earth’s Radiation
Belts Electrons Using Physics-Informed Neural Networks / E. Camporeale [и
др.] // Journal of Geophysical Research: Space Physics. — 2022. — Т. 127,
№ 7. — e2022JA030377. — DOI: https://doi.org/10.1029/2022JA030377.
40. Discovering a universal variable-order fractional model for turbulent Couette
flow using a physics-informed neural network / P. P. Mehta [и др.] // Fractional
Calculus and Applied Analysis. — 2019. — Т. 22, № 6. — С. 1675—1688.
 151

41. Abdellaoui I. A., Mehrkanoon S. Symbolic regression for scientific discovery:

an application to wind speed forecasting // 2021 IEEE Symposium Series on
Computational Intelligence (SSCI). — 2021. — С. 01—08. — DOI: 10.1109/
SSCI50451.2021.9659860.
42. Data-driven discovery of free-form governing differential equations / S.
Atkinson [и др.]. — 2019. — URL: https://arxiv.org/abs/1910.05117.
43. Vaddireddy H., San O. Equation Discovery Using Fast Function Extraction: a
Deterministic Symbolic Regression Approach // Fluids. — 2019. — Т. 4, № 2. —
DOI: 10.3390/fluids4020111.
44. Hoffman M. D., Johnson M. J. Elbo surgery: yet another way to carve up the
variational evidence lower bound // Workshop in Advances in Approximate
Bayesian Inference, NIPS. — 2016. — Т. 1, № 2.
45. Data-based Discovery of Governing Equations / W. Subber [и др.]. — 2020. —
arXiv: 2012.06036 [cs.LG].
46. Xu H., Chang H., Zhang D. DLGA-PDE: Discovery of PDEs with incomplete
candidate library via combination of deep learning and genetic algorithm //
Journal of Computational Physics. — 2020. — Т. 418. — С. 109584.
47. Symbolic genetic algorithm for discovering open-form partial differential
equations (SGA-PDE) / Y. Chen [и др.] // Physical Review Research. —
2022. — Т. 4, № 2. — С. 023174.
48. Deep learning and symbolic regression for discovering parametric equations /
M. Zhang [и др.] // IEEE Transactions on Neural Networks and Learning
Systems. — 2023.
49. Kondrashov D., Chekroun M. D., Ghil M. Data-driven non-Markovian closure
models // Physica D: Nonlinear Phenomena. — 2015. — Т. 297. — С. 33—55.
50. al D. K. et. Data-adaptive harmonic decomposition and stochastic modeling of
Arctic sea ice // Advances in Nonlinear Geosciences. — 2018. — С. 179—205.
51. Chekroun M. D., Kondrashov D. Data-adaptive harmonic spectra and
multilayer Stuart-Landau models. — 2017. — DOI: hal-01537797v2.
52. Schmid P. J. Dynamic mode decomposition of numerical and experimental
data // Journal of fluid mechanics. — 2010. — Т. 656. — С. 5—28.
 152

53. Alla A., Kutz J. N. Nonlinear model order reduction via dynamic mode
decomposition. — 2016. — URL: https://arxiv.org/abs/1602.05080.
54. Schmid P. J. Dynamic mode decomposition and its variants // Annual Review
of Fluid Mechanics. — 2022. — Т. 54. — С. 225—254.
55. Zhang Z. J., Duraisamy K. Machine learning methods for data-driven
turbulence modeling // 22nd AIAA Computational Fluid Dynamics
Conference. — 2015. — С. 2460.
56. Zhang Z., Singh A. New Approaches in Turbulence and Transition Modeling
Using Data-driven Techniques // AIAA Modeling and Simulation Technologies
Conference. — 2015.
57. Tracey B., Duraisamy K., Alonso J. Machine Learning Strategy to Assist
Turbulence Model Development // Proc. AIAA Scitech conference. — 2015.
58. Parish E., Duraisamy K. Quantification of Turbulence Modeling Uncertainties
Using Full Field Inversion // 15th AIAA Aviation Technology, Integration, and
Operations Conference. — 2015.
59. Hvatov A. Automated differential equation solver based on the parametric
approximation optimization // Mathematics. — 2023. — Т. 11, № 8. — С. 1787.
60. Ramm A., Smirnova A. On stable numerical differentiation // Mathematics
of computation. — 2001. — Т. 70, № 235. — С. 1131—1153.
61. Savitzky A., Golay M. J. Smoothing and differentiation of data by simplified
least squares procedures. // Analytical chemistry. — 1964. — Т. 36, № 8. —
С. 1627—1639.
62. Schmid M., Rath D., Diebold U. Why and how Savitzky–Golay filters should
be replaced // ACS Measurement Science Au. — 2022. — Т. 2, № 2. — С. 185—
196.
63. Johnson S. G. Notes on FFT-based differentiation // MIT Applied
Mathematics, Tech. Rep. — 2011.
64. Nix A. E., Vose M. D. Modeling genetic algorithms with Markov chains //
Annals of mathematics and artificial intelligence. — 1992. — Т. 5, № 1. —
С. 79—88.
 153

65. He J., Yu X. Conditions for the convergence of evolutionary algorithms //

Journal of systems architecture. — 2001. — Т. 47, № 7. — С. 601—612.
66. An evolutionary many-objective optimization algorithm based on dominance
and decomposition / K. Li [и др.] // IEEE transactions on evolutionary
computation. — 2014. — Т. 19, № 5. — С. 694—716.
67. Das I., Dennis J. E. Normal-boundary intersection: A new method
for generating the Pareto surface in nonlinear multicriteria optimization
problems // SIAM journal on optimization. — 1998. — Т. 8, № 3. — С. 631—
657.
68. Van der Pol B. A theory of the amplitude of free and forced triode vibrations,
Radio Rev. 1 (1920) 701-710, 754-762 // Selected scientific papers. — 1960. —
Т. 1.
 154

Публикации автора по теме диссертации

Свидетельства автора о регистрации программ для ЭВМ:

1. Свидетельство о регистрации № 2020660871 от 15.09.2020 “Программ­
ный комплекс для управляемого данными вывода дифференциальных
уравнений EPDE” // Масляев М.А., Калюжная А.В., Хватов А.А.
2. Свидетельство о регистрации № 2021666447 от 21.02.2022 “Программ­
ный комплекс для многокритериальной идентификации систем диф­
ференциальных уравнений EPDE.Sys” // Масляев М.А., Калюжная
А.В., Хватов А.А.
Публикации в изданиях, индексируемых в Scopus, Web of
science, а также входящих в списки, рекомендованные ВАК:
1. Hvatov A., Maslyaev M. The data-driven physical-based equations
discovery using evolutionary approach // GECCO 2020 - Proceedings of the
Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion. — 2020. —
P. 129–130.
2. Grigoriev V., Maslyaev M., Hvatov A. String-based and graph-based
genotype representations for evolutionary differential equations discovery
on an example of the heat equation // Proceedings of the 13th Majorov
International Conference on Software Engineering and Computer Systems,
— 2021.
3. Maslyaev M., Hvatov A., Kalyuzhnaya A. Data-Driven Partial
Differential Equations Discovery Approach for the Noised Multi­
dimensional Data // Lecture Notes in Computer Science (including
subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in
Bioinformatics). 12138 LNCS. — 2020. — P. 86–100.
4. Maslyaev M., Hvatov A., Kalyuzhnaya A. Discovery of the data-driven
models of continuous metocean process in form of nonlinear ordinary
differential equations // Procedia Computer Science. Vol. 178. — 2020. —
P. 18–26.
5. Maslyaev M. [et al.] Model-Agnostic Multi-objective Approach for the
Evolutionary Discovery of Mathematical Models // Communications in
Computer and Information Science. Vol. 1488. — 2021. — P. 72–85.
 155

6. Maslyaev M., Hvatov A. Solver-Based Fitness Function for the Data­

Driven Evolutionary Discovery of Partial Differential Equations // IEEE
Congress on Evolutionary Computation CEC. — 2022. — P. 1–8.
7. Maslyaev M., Hvatov A. Comparison of Single- and Multi- Objective
Optimization Quality for Evolutionary Equation Discovery // Genetic and
Evolutionary Computation Conference Companion (GECCO). — 2023.
8. Maslyaev M., Hvatov A. Partial differential equations discovery with
EPDE framework: application for real and synthetic data // Journal of
Computational Science. — 2021. — P. 101345.
9. Maslyaev M., Hvatov A. Multiobjective evolutionary discovery of
equation-based analytical models for dynamical systems // Scientific and
Technical Journal of Information Technologies, Mechanics and Optics. —
2023. — Vol. 23, no. 1. — P. 97–104.
10. Maslyaev M. [et al.] Towards generative design of computationally
efficient mathematical models with evolutionary learning // Entropy. —
2021. — Vol. 23, no. 1. — P. 28.
11. Maslyaev M. [et al.] Hybrid modeling of gas-dynamic processes in AC
plasma torches // Materials Physics & Mechanics. — 2022. — Т. 50, No 2.
 156

А. ПРИЛОЖЕНИЕ А. СВИДЕТЕЛЬСТВА О РЕГИСТРАЦИИ

ПРОГРАММ ДЛЯ ЭВМ
157
158
 159

Б. ПРИЛОЖЕНИЕ Б. ТЕКСТЫ ПУБЛИКАЦИЙ

 160

Partial differential equations discovery with EPDE

framework: application for real and synthetic data

Mikhail Maslyaev, Alexander Hvatov∗, Anna V. Kalyuzhnaya

ITMO University, 49 Kronverksky Pr. St. Petersburg, 197101, Russian Federation

Abstract

Data-driven methods provide model creation tools for systems where the appli-
cation of conventional analytical methods is restrained. The proposed method
involves the data-driven derivation of a partial differential equation (PDE) for
process dynamics, helping process simulation and study. The paper describes
the methods that are used within the EPDE (Evolutionary Partial Differential
Equations) partial differential equation discovery framework [1]. The frame-
work involves a combination of evolutionary algorithms and sparse regression.
Such an approach is versatile compared to other commonly used data-driven
partial differential derivation methods by making fewer assumptions about the
resulting equation. This paper highlights the algorithm features that allow data
processing with noise, which is similar to the algorithm’s real-world applications.
This paper is an extended version of the ICCS-2020 conference paper [2]
Keywords: data-driven modelling, PDE discovery, evolutionary algorithms,
sparse regression, spatial fields, physical measurement data

1. Introduction

The ability to simulate complex processes, neglecting a lack of knowledge

about the system’s underlying structure, can be vital for developing models in
such spheres of science as biology, medicine, materials technology, and meto-
5 cean studies. In contrast to the deterministic physics-based models, developed

∗ Corresponding author: alex hvatov@itmo.ru

Preprint submitted to Journal of Computational Science October 15, 2023

 161

by application of conservation laws to the studied process, data-driven mod-

eling (DDM) involves developing complete models from various fields of mea-
surements, describing the process, using means of statistics and machine learn-
ing algorithms. Moreover, in some occasions, DDM can enhance the existing
10 physics-based models with supplementary expressions or refined weight values
[3]. In fluid dynamics science and hydrometeorology, surrogate models’ devel-
opment is the most common application of data-driven algorithms.
In the current paper’s scope are the methods of data-driven differential equa-
tion discovery. Differential equations, in some cases, are interpretable by the
15 expert either in the application field or in the differential equations. Moreover,
the well-developed mathematical physics methods for the differential equations
analysis may interpret the equations. In most cases, actual algorithms utilize
the sparse regression in a prescribed differential terms library [4, 5]. The sec-
ond popular case of the study is the neural network’s algorithms for differential
20 equations discovery [6, 7, 8].
We consider discovered models as the surrogate models that could be applied
to the hydrometeorological examples. Various approaches to surrogate modeling
are described below, including differential equations discovery.
The modern surrogate models tend to belong to one of 3 major groups [9]:

25 • Data-driven empirical approximations of the deterministic model outputs.

These models use conclusions obtained with the statistical or machine
learning tools (response surfaces, kriging) applied to the data.

• Reduced-order models are based on the projection of the model’s main

equations to the subspace with the reduced dimensionality, using various
30 orthogonal decompositions.

• Multifidelity models: simplifications of representing the complex physics

of the model’s process by omitting the less significant subprocesses or in-
creasing the model’s scale. In some cases, the experimental setup requires
applying models with different fidelity levels to evaluate multiple scales of
35 processes or modeling ensemble [10, 11].

2
 162

In this research, we are interested in developing a new approach that be-

longs to the first class of models. However, natural sciences applications require
robustness of the model and should work in high-dimensional space to handle
spatio-temporal and other types of variability. Transferring from one spatial
40 dimension usually considered in references to higher spatial dimensions requires
the algorithm to handle exponentially growing noise levels.
In the previous works [12] we have described the EPDE (Evolutionary Partial
Differential Equations)1 approach, that can provide a flexible, yet efficient tool
for data-driven equation derivation. This work increases the problem’s difficulty
45 by introducing higher-dimensional cases and high-magnitude noise in the data.
This version extends conference paper [2] and introduces a series of experi-
ments that allow comparing EPDE framework with the analogs in a better way.
The module system of the PDE algorithm that is briefly described in Sec. 6
allows to, as an example, use different from the finite-difference differentiation
50 scheme. We show it using neural networks and automatic derivatives in Sec. 7.
This paper is organized as follows: Sec. 2 briefly introduces the existing sur-
rogate modeling approaches. Sec. 3 describes the problem of the data-driven
PDE discovery and Sec. 4 describes the practical realization. In Sec. 5, numeri-
cal examples of the synthetic data and the real data are shown. Sec. 6 presents
55 the additions to the method described in the previous article [12], which allows
dealing with the higher-dimension data-driven PDE discovery. Sec.7 is dedi-
cated to illustrating the module structure and experiments with replacement of
differentiation model with neural network approximation. Sec. 8 concludes the
paper.

60 2. Related work

The first examples of the data-driven surrogate modeling in hydrometeo-

rology have appeared in its earliest stages with the understanding, that the

1 The approach described in the article is available as stand-alone EPDE-framework in

GitHub [1].

3
 163

contemporary full-scale models required computational powers, inaccessible for

many research teams. The original approaches were based on the pattern scal-
65 ing - the extension of the present trend, obtained from the ensemble of full-
scale models [13, 14]. The statistical emulation on the base of an ensemble of
pre-computed deterministic models has been developed in [15]. The recent ad-
vancements have been achieved in the area of deep learning methods [16]. While
being relatively successful in their forecasting abilities, the models above do not
70 consider any knowledge about the processes’ physics, and due to a large number
of assumptions, it may lead to substantial errors.
Furthermore, the proposed method could be applied to the unstudied sys-
tems as a way to model them. Many systems across all spheres of science
lack the study to be adequately described by analytical models. The proposed
75 equation-based method may provide a surrogate model to simulate the system
and an insight into its dynamics.
This article describes the first step of the creation of the differential equation-
based surrogate modeling method. Here we propose only the element of the
equation derivation, avoiding the problem of forecasting.
80 The problem of data-driven discovery of partial differential equations, which
plays a significant role in our modeling scheme, has seen an increasing rele-
vance and research interest in recent years. The sparse regression presents the
first class of the developed algorithms of data-driven partial differential equa-
tion derivation. It is applied to the libraries of possible equation terms to ap-
85 proximate the time derivative with the selected terms, required to describe the
examined process, and calculate real-valued coefficients for them. The notable
examples of this approach are presented in [17, 18]. In [19], the same idea was
extended to the discovery of an equation with non-constant (time-dependent)
coefficients.
90 The concept of numerical Gaussian processes, developed in [20], views the
discretized equation as the Gaussian process and obtains the equation’s un-
known coefficients with maximum likelihood estimation. However, the class of
the equations explored in the research is limited by the linear partial differential

4
 164

equations.
95 Artificial neural networks provide a more versatile tool. This method is
based on the approximation of time derivative with combinations of spatial
derivatives and other functions. The ANN applications’ examples to the problem
of partial differential equation discovery were presented in [8, 21, 22, 7, 6]. While
artificial neural networks can discover non-linear equations, they still rely on
100 approximating a determined term (time derivative of the first order), limiting
their flexibility.

3. Problem statement

The class of problems, which the described EPDE algorithm can solve, can
be summarized as follows: the process, which involves scalar field u, is occurring
105 in the area Ω and is governed by the partial differential equation Eq. 1. How-
ever, there is no a priori information about the dynamics of the process except
that some form of PDE can describe it (for simplicity, we consider temporally
varying 2D field case, even though the problem could be formulated for an ar-
bitrary field). In recent developments, we have abandoned the assumption of
110 the constant weights in the partial differential equations, allowing them to be
an arbitrary function (logarithmic, trigonometric) and thus expanding the class
of possible systems to study.


F (u, ∂u ∂u ∂u ∂ 2 u ∂ 2 u ∂2u
∂x1 , ∂x2 , ..., ∂t , ∂x21 , ∂x22 , ..., ∂t2 , ..., x) = 0;
(1)

G(x) = 0, x ∈ Γ(Ω) × [0, T ];

From the area Ω × [0, T ] a set of samples U = {u1 , u2 , ..., un }, where ui =

(i) (i) (i) (i)
u(x1 , x2 , ti ) is the function value at the arbitrary point (x1 , x2 , ti ) ∈ Ω ×
115 [0, T ], is collected. There are no strict limitations for distributing the sample
collection points in the area, but the further requirements of the derivative
calculations make the case of stationary points located on the grid the most
preferable. The main task of the algorithm is the derivation of the Eq. 1, using
measurements from the set of discrete measurements U with some externally

5
 165

120 defined limitations, including a range of the derivative orders, several terms in
the equations, and some factors in the term.
The resulting model Eq. 2 takes form of linear combination of terms, where
Q
Ntokens
each of them t(x) = φj (with Ntokens is pre-defined algorithm hyper-
j=1
parameter) is constructed as the product of pre-computed elementary oper-
125 ators φj , selected from a different groups of elementary operators of a same
nature. More detailed elementary operator φi ∈ Φ = ∪j Φj ; Φj - a group of
elementary operators of a same nature (for example, trigonometric group Φj =
∂u
{sin(x1 ), cos(x1 ), sin(x2 ), ...}, or differential operators group Φj = {u, ∂x , ∂u , ...}).
1 ∂x2

X
F (x) = ci ti (x) = 0; (2)
i
The addition of different groups Φj of terms allows to switch from the differ-
130 ential equation with the constant coefficients to differential equations with the
variable coefficients.
The noise in this paper is assumed to be directional. The noise Exj in the
direction xj can be described as Eq. 3.

Exj (u(x1 , ..., xn ; t)) = u(x̄1 , ..., xj , ...x̄n ; t) + (xj ) (3)

With x̄i “fixed” variables are denoted and (xj ) is the noise, which in the
135 paper is assumed to be distributed normally N (0; σ) with the expected value
of 0 and the variance of σ. It should be emphasized that poly-directional noise
forms as the superposition of the unidirectional noise operators, i.e. Exj ,xk =
Exj ◦ Exk . In what follows σ̄ = σ max(u) is chosen as the multiplier of maximal
magnitude of the measured value in this direction. The noise level is defined in
140 the same way. In the text below bar over the variance, σ is omitted.

4. Method description

In this section, the details of the evolutionary method of partial differential

equation derivation are described. The proposed method involves a combina-
tion of evolutionary algorithms and sparse regression to detect the equation

6
 166

145 structure. The sparse regression aims to construct equation terms set, while the
evolutionary algorithm is focused on selecting significant terms from the created
set and calculating weights that will be present in the resulting equation. At
first, we introduce the preprocessing pipeline while later describe the algorithm
workflow.

150 4.1. Data preprocessing

To initialize the algorithm, time and spatial derivatives, which will later form
the desired equation, must be calculated. In specific situations, the derivatives
by themselves can be measured, and, therefore, this step can be skipped, but
often only the raw value of the studied function is available in the research. It
155 can be assumed without losing the generality that the measurements are held on
the rectangular (but not necessarily uniform) grid for the more straightforward
further computations. The multi-dimensional case requires more nuanced meth-
ods of obtaining derivatives, unlike the instances of a single dimension. In most
of the one-dimensional experiments, even on moderate noise levels, which can
160 be measured as Eq. 4, the finite-difference method of derivative calculation can
lead to satisfactory results. It is important to note that the taken derivatives’
quality is crucial for acquiring the equation’s correct structure.

ku0 − uek2
Qnoise = ∗ 100% (4)
ku0 k2
In general, the calculation of derivatives is the operation that is vulnerable
to the data’s noise. Also, the convergence of the algorithm and the resulting
165 equation depends on the input derivatives’ quality. If they are computed with
high errors, the resulting equation’s alterations can vary from incorrect coeffi-
cients to the entirely wrong structure. For these reasons, several noise-resistant
methods of partial derivative calculations have been introduced. Notably, they
include such commonly used methods as kernel smoothing [23], derivation of
170 polynomials, fitted over sets of points, and more uncommon ones like Kalman
filtering [24].

7
 167

Therefore, data clearance and noise-resistant derivative calculations have

been combined to achieve decent smoothness in the framework. First of all,
Gaussian smoothing kernels are applied for the data field on each time frame.
175 This approach can reduce the significant outliers in the data and corresponds
to the nature of the studied metocean processes, where the fields tend to be
smooth. In the time-dependent multi-dimensional field, the smoothing is applied
for each of the time frames. Two-dimensional Gaussian smoothing with selected
bandwidth σ has the structure Eq. 5 and kernel Eq. 6, where s is the point, for
180 which the smoothing is done, and s0 - point, that value is utilized in smoothing.

Z
ũ(s, t) = Kσ (s − s0 )u(s0 )ds0 ; (5)

2
1 1 X
Kσ (s − s0 ) = exp ( (s − s0 )i ); (6)
2πσ 2 2σ 2 i=1
In addition to smoothing, a noise-stable numerical differentiation scheme is
applied. The derivative is taken by differentiation of polynomials constructed
over the set of points in the selected window. The coefficients of the polynomials
utilized in this step are obtained by linear regression. Despite all these measures,
185 as presented on Tab. 1, derivatives of higher orders tend to have significant errors
even after smoothing and polynomial derivation.

Table 1: Noise levels (%) for the raw noised data and for the smoothed data

∂u ∂2u
u ∂t ∂t2

Noised function 15.5 260.1 12973.8

Smoothed function 12.3 10.78 458.2

A particular example of the noised function field is shown in Fig. 1. For

clarity purposes, only the spatial domain center slice is provided. However, it
should be emphasized that the entire spatial field is smoothed out to obtain

8
 168

190 the spatial derivative field, with the other spatial dimension processed by the
kernel.

Figure 1: Graph of a section over one spatial dimension for synthetic input function (solution
of wave equation with 2 spatial dimensions) in original state, with Gaussian noise, added to a
fraction (40%) of points of the domain, and after the noise was smoothed by Gaussian kernel

Differentiation of the three different fields shown in Fig. 1 gives the derivative
fields that have values of the different orders. Thus, they are shown in the
different graphs in Fig. 2.
195 In most equations governing the real-world processes, derivatives’ orders are
limited to the first or second order. Derivatives of the slices shown in Fig. 1 are
represented in Fig. 2 and indicate that the proposed algorithm of noise reduction
in derivatives not only achieves values close to the values of the derivatives on
noiseless data but also preserves the structure of the fields, which is vital for the
200 main evolutionary algorithm due to the normalization of values on each time
frame.

9
 169

Figure 2: Graph of first (left column) and second (right column) order time derivative, cal-
culated on input function (a)), noisy function (b)), and function with noise, smoothed by
Gaussian kernel (c)

4.2. Evolutionary algorithm

After the preprocessing, which involves differentiation of initial field, the

evolutionary algorithm is initiated. Here, we split the task of the equation
205 discovery into two subtasks, performed in turns: the detection of the structure
(terms) of the equation, and calculation of the real-valued coefficients, that
correspond to these terms with the detection of valuable ones. The search of
the optimal set of terms is performed with the evolutionary algorithm, while the
calculation of intermediate coefficients is done with the regularized regression.
210 During the search process, we use the values of factors φ, belonging to the task-
specific types Φ, evaluated on the studied domain nodes, that form vectors as
in Eq. 7, combinations of which form the terms of the searched equation.

a) Chromosome form and the fitness function. An example of genes in the

chromosome is presented in Eq. 8. Here, the vector composed as the elementwise
215 product (that is denoted with symbol) of vectors containing the original

10
 170

function and its derivative along the x-axis is used as the regression feature set.

     
1 u (t0 , x0 ) ux (t0 , x0 )
 .   ..   .. 
 .     
 .   .   . 
     
     
f1 =  1  ; f2 =  u (ti , xj )  ; f3 =  ux (ti , xj )  ; ... (7)
     
 .   ..   .. 
 ..   .   . 
     
1 u (tm , xn ) ux (tm , xn )
 
u(t0 , x0 ) ∗ ux (t0 , x0 )
 .. 
 
 . 
 
0  
Fk =  u(ti , xj ) ∗ ux (ti , xj )  = f2 f3 ; (8)
 
 .. 
 . 
 
u(tm , xn ) ∗ ux (tm , xn )
The normalization of terms values is held for each time frame passed into the
algorithm for the correct operation of regularized regression during the further
weight calculation phases. In this step, we can use arbitrary norm, but most
220 commonly, L2 norm or L∞ norms are applied, as it is represented in Eq. 9.

 u(t0 ,x0 )·ux (t0 ,x0 )


||f2 (t0 ) f3 (t0 )||
 .. 
 
 . 
 
 u(ti ,xj )·ux (ti ,xj ) 
Fk =  ; (9)
 ||f2 (ti ) f3 (ti )|| 
 .. 
 . 
 
u(tm ,xn )·ux (tm ,xn )
||f2 (tm ) f3 (tm )||

The evolutionary part of the algorithm aims to select a set of terms to

form the equation. In the set, one of the terms is randomly selected as the
target. The target term is approximated with the weighted combination of the
other terms in the list. In the beginning, a randomized collection of possible
225 equations, which is called population, is declared. Every individual contains a
set of terms with the selected target that can be interpreted as the right part of
the equation and features, a linear combination of which composes the left part.
In order to perform selection, the fitness function is introduced in Eq. 10 as the

11
 171

inverse value of L2 -norm. The target term in the ”right side” of the equation
230 contains only one randomly selected term. Norm is taken as the differences
between target Ftarget and the selected combination of features F with weighs
α, obtained by the sparse regression (left side of the equation). Therefore, the
evolutionary algorithm’s task can be reduced to obtain the equation structure
with the highest fitness function value.

1
ff itness = −→ max (10)
kF · α − Ftarget k2
235 The composition of the encoded terms represents the genotype of the indi-
vidual. These encodings contain the parameters of each token in the term. The
evolution of individuals is performed both by mutation and by a crossover in ev-
ery iteration step. The mutation for an individual is introduced as the random
change (addition, deletion, or alteration of factors) in its terms. For example,
240 this can result in shift of equation term ut to uxx ∗ ut or ux ∗ utt to ux ∗ ut . The
elitism, introduced as the individual’s exclusion with the highest fitness value,
helps preserve the best-discovered candidate (the one with the highest fitness
function value) during the mutation step.

b) Evolutionary operators. Crossover is the part of the evolutionary mechanism,

245 which manifests as the gene exchange between two individuals to produce off-
spring with higher fitness values. In the task of data-driven equation derivation,
it can be introduced as the exchange of terms between equations. In order to
produce units with higher fitness values, the crossover should be held between
selected individuals. Several tests have proved that the fastest convergence to
250 the desired solution can be achieved with the tournament selection. In this pol-
icy, several tournaments, where the unit with the highest fitness value is selected
for a further crossover, are held between individuals of the population. After
that, parents for the offsprings are randomly chosen between the tournament
winners. In contrast to the simple selection of several individuals with the high-
255 est fitness function values for reproduction, this approach can let the offsprings
take good qualities from the population’s less-valuable individuals.

12
 172

The next essential element of the proposed data-driven algorithm is sparse

regression. Its main application is the detection of the equation structure among
the set of possible terms. With no original information about the equation
260 structure and the correct number of terms, it is better to introduce the equation
with a higher number of possible term candidates. Therefore some form of
filtration has to take place. The main instrument in this phase is the Least
Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO). In contrast to other types
of regression, LASSO can reduce the number of non-zero elements of the weights
265 vector, giving zero coefficients to the features that are not significant to the
target.
The minimized functional of the LASSO regression Eq. 11 takes the form of
the sum of two terms. First is the squared error between vectors of the target,
denoted as Ftarget , and vector of predictions, obtained as the inner product of
270 a matrix of features F and vector of weights α, while second in the L1 -norm of
the weights vector, taken with sparsity constant λ:

kFα − Ftarget k22 + λkαk1 → min (11)

α

The main drawback of the LASSO regression is its disability to acquire the
correct values of the coefficients. Final linear regression over discovered effective
terms is performed to obtain the resulting PDE’s actual coefficients. In the final
275 step, non-zero weights from the LASSO are rescaled with original unnormalized
data as features and the target.
The pseudo-code for the resulting algorithm is provided in Appendix A

5. Numerical experiments

5.1. Synthetic data

280 a) Wave equation. The analysis of the algorithm performance is held on the
synthetic data. This simplification can show the result’s response to various
types and magnitudes of noise, which is generally unknown on the measurement
data. As in the previous studies, the solution of the wave equation with two

13
 173

spatial variables Eq. 14, where t - time , x, y - spatial coordinates, u - studied

285 function (for example, small out-of-plane membrane displacement), and α1 =
α2 = 1 was taken as the synthetic data. The equation was solved, using the
finite-difference technique for the domain, comprised of 201 × 201 × 201 points
in 2 spatial dimensions & time, and the proposed method was applied to the
solution dataset. The grid, which covered the domain, had uniformly distributed
290 nodes with coordinates between 0 and 10. The initial conditions for the equation
were Eq. 12 & Eq. 13, and u = 0 was the boundary condition for the problem.

1 1 1
u = 10000 sin ( xy(1 − x)(1 − y))2 (12)
100 10 10

∂u 1 1 1
= 1000 sin ( xy(1 − x)(1 − y))2 (13)
∂t 100 10 10

The algorithm has proved to detect the correct structure of the equation
with the clean data, while on the noisy data, additional terms or completely
295 wrong structures have been detected.

∂2u ∂2u ∂2u

2
= α1 2 + α2 2 (14)
∂t ∂x ∂y
Several noise addition experiments were held on the synthetic data: first of
all, in a fraction of points (40% of total number) the noise of various magnitudes
have been added: (µ = 0; σ = n ∗ ||u(t)||, n = 0.1, 0.2, ..., 0.8). After that, the
algorithm has been applied to this data. The results of the experiment are as
300 follows: the method is successfully able to detect the structure of the equation
for the interval of noise levels up to 14.9 %, which corresponds to the standard
deviation of Gaussian noise in the interval [0, 0.35], multiplied by a norm of
the field in the time frame. The weights errors in this interval are minor, as is
shown in the Tab. 2. With higher noise levels (in the interval between 14.9%
305 and 15.67%), the algorithm detects additional terms that are not present in the
original equation, resulting in both distortion of equation structure and incorrect

14
 174

weights calculation. Finally, with high noise levels, the proposed algorithm can
lose grasp of the equation’s correct structure.

Table 2: Discovered structures of the equations for the specific noise levels

Noise level of input data (%) equation

∂2u 2 2
0 ∂t2 = 1.00 ∂∂xu2 + 1.00 ∂∂yu2
∂2u 2 2
8.3 ∂t2 = 1.02 ∂∂xu2 + 1.01 ∂∂yu2
∂2u 2 2
10.9 ∂t2 = 1.04 ∂∂xu2 + 0.99 ∂∂yu2
∂2u 2 2
13.1 ∂t2 = 0.96 ∂∂xu2 + 0.99 ∂∂yu2
∂2u 2 2
14.9 ∂t2 = 0.95 ∂∂xu2 + 1.2 ∂∂yu2
∂2u 2 2
15.67 ∂t2 = 0.84 ∂∂xu2 + 0.63 ∂∂yu2 + 0.12 ∂u
∂y
∂2u ∂2u
16.45 ∂x2 ∂y 2 =0
2 2
∂ u∂ u
17.88 ∂x2 ∂y 2 =0

In Fig. 3, the influence of the noise level added to the measured field on the
310 derivative fields is shown.

Figure 3: Noise levels of calculated first and second (dashed line) time derivatives, related to
noise levels of input data

In the other experiment with the same data set, the noise of relatively high

15
 175

magnitudes was added to a minor fraction of points (5% of the total number). In
this case, the framework has shown similar results to the previous experiment:
until the noise level of approximately 15%, the discovered structure was correct.
315 On the data with higher noise magnitudes, errors in the structure of the equation
occurred. This experiment has shown that in the studied cases, the main limiting
factor for the algorithm’s performance with implemented preprocessing for noise
reduction is the noise level and not the distribution of noise across the studied
field.

320 b) Korteweg-de Vries equation’s solitary solution. To further analyze the syn-
thetic data’s algorithm performance, we have conducted additional experiments
on the Korteweg-de Vries equation and the heat transfer equation.
To create a more specific situation for the Korteweg-de Vries equation Eq. 15,
we have studied the solitary wave solution of the equation Eq. 16. This solution
325 represents the transfer of a single wave, propagation with speed c from the initial
position, specified by the wave crest’s location at x0 . The data for the test is
obtained from the solution function Eq. 16. The solution is evaluated on the
uniform grid of 101 spatial points in the interval x ∈ [0, 10] and 151 time points
in the interval t ∈ [0, 15].

∂u ∂u ∂ 3 u
+ 6u + =0 (15)
∂t ∂x ∂x3
√
c c
u = − sech2 [ (x − ct − x0 )] (16)
2 2
330 The application of the framework to the solution Eq. 16, evaluated on a
regular grid, failed to rediscover the initial equation. An improperly discovered
model results from the simpler incidental forms in data, such as ut = −cux . This
equation’s simplicity results in a higher probability of its discovery than for the
full KdV equation. Additionally, the absence of the high-order derivatives in
335 the structure, which are inevitably calculated with numerical error, may lead
to higher fitness function values than in the correct equation. This experiment
illustrates that the algorithm is susceptible to discovering “shortcut-equations”,

16
 176

which commonly represent the equality between functions (usually, different

derivatives) present in the input functions pool. Similar cases have been stud-
340 ied to analyze the discovery process for ordinary differential equations in the
previous works.

c) Heat equation with convection. To provide a more sophisticated test case for
the framework, we have utilized the convection-diffusion equation. The equa-
tion belongs to the class of parabolic equations and has the structure Eq. 17,
345 where ∇ represents gradient operator, and v is the velocity vector (field).
We have studied example of the equation with transfer in only one direction
(meaning,v = [v1 , 0]; v1 = −1, representing constant velocity field along x-
P ∂
axis), and α = 1 - thermal diffusivity of the medium; ∇ = i ei ∂x i
- gradient
operator; ei - basis vector for i-th axis. The equation was solved on a grid with
350 100 × 100 × 100 nodes in domain between 0 and 10 along each axis. The ini-
tial and boundary conditions are correspondingly presented in the Eq. 12 and
Eq. 13.

∂u
= ∇ · (α∇u) − v · (∇u) (17)
∂t

π π
u = 10 sin ( x(10 − x)) sin ( x(10 − x)) (18)
100 100

2π π
u = 10 sin ( t) sin ( y(10 − y)) + 0.05t (19)
3 100

The evolutionary algorithm detects the correct structure of the equation in

355 the majority of independent runs (out of 15 runs), as is shown in Tab. 3.
In Tab. 3 ci ≈ 1, i = 1, 3, c4 ≈ 1.59, and c5 ≈ 2.98. This experiment
indicates, that the algorithm is able to detect complex structures of the equation,
if there are no ”shortcut” solutions of the problem.

17
 177

Table 3: Equations structures, detected in the experiment.

Equation Number of experiments, getting the structure

2 2
∂u
∂t = c1 ∂∂xu2 + c2 ∂∂yu2 + c3 ∂u
∂x 9
3
−11.06 ddxu3 = ∂u
∂x 1
2 2
∂u
∂t = c1 ∂∂xu2 + c2 ∂∂yu2 3
2
∂ u
∂x2 = −c4 ∂u ∂u
∂y + c5 ∂x 2

5.2. Real data example

360 For the validation of the model, the dynamics of the two-dimensional field of
sea surface height (SSH) data from the NEMO ocean model for the Arctic region
(center of the Barents sea) for a modeling month a resolution of an hour has
been used. The area is known to have strong tides, leading to the discovery of
the time-dependent equation. It is necessary to emphasize that despite existing
365 Tidal equations, there is no single analytical equation for the specific case of
the SSH dynamics in this region due to the overlapping of different natures’
processes. The studied domain was divided into daily intervals to reduce the
risks of the deriving equation, which describes multiple processes following each
other in the domain. The data’s spatial properties are as follows: the intervals
370 between nodes are approximately 5 km, while the domain contained 50 × 50
nodes.
After the application of the framework to the data, we obtain the equation
in the form Eq. 20.

∂u ∂u ∂2u
= −0.0506 − 0.0053 2 (20)
∂x ∂t ∂t
Eq. 20 was solved, and the calculated field was compared with the initial one
375 to validate the result of the algorithm. Since there is a second-order time deriva-
tive and first spatial derivative, the initial conditions (two initial time steps to
represent the field and its first time derivative for the beginning of the studied
period) and the boundary condition on one edge of the studied area are set. The

18
 178

graphs of daily sea surface height dynamics from reanalysis and equation solu-
380 tion are presented in Fig. 4 and Fig. 5. The quality metrics show that the discov-
ered equation can describe the equation well: RM SE = 0.0434, M AE = 0.0446
for the field with values in interval between approximately 0.5 and 0.9.

t = 15.0 t = 16.0 t = 17.0

Figure 4: Example of SSH field, obtained from reanalysis (upper row) and the same field from
Eq. 20, (lower row) for 3 time frames

5.3. Comparison with other methods

The experiments, similar to the ones in [7], have been performed to com-
385 pare the proposed algorithm with existing state-of-the-art methods. Due to
the framework’s limitations, a single equation Eq. 22 is used, instead of the
system Eq. 21, that is utilized in [7]. Additional difficulties to the comparison
were contributed by unknown initial and boundary conditions in the referenced
experiment.


 ∂U = −U ∇U + ν∆U, U = (u, v)T
∂t
(21)

U |t=0 = U0 (x, y)

∂u ∂2u ∂2u ∂u ∂u
= ( 2 + 2 ) + u( + ) (22)
∂t ∂x ∂y ∂x ∂y

19
 179

Figure 5: Dynamics of sea surface height for September 18, 2013: reanalysis (denoted as data)
and solution of the equation, obtained from framework, denoted as model, for the center of
the studied area

390 Eq. 22 was solved using finite differences, and the noise from normal dis-
tribution was added to simulate the previous experiment. The preprocessing
phase, described in previous sections and involving smoothing and derivatives
calculation, was performed to reduce noise’s influence on the resulting equation.
The added noise was created from k × maxx,y,t u(x, y, t) × N (0, 1). The
395 experiments resulting in the correct structure have been conducted with the
value k = 0.001, as in the compared study [7]. As the framework output, we
will consider the closest to the equation’s correct structure, obtained on the grid
of sparsity constant values.
These tests show that noise resistance corresponds with other framework
400 applications and is somewhat better than in the compared experiment. Despite
the insignificant difference in the coefficient k (0.001 versus 0.00015), the noise
level difference is significant (1% versus 6.3%). For the noise levels approxi-
mately below 5%, the correct equations were detected. The equation structure
deteriorates, which manifests in wrong weights and additional terms or lack of
405 mandatory ones.

20
 180

Table 4: Discovered structures of the equations for the specific noise levels

k Noise level of input data (%) equation

2 2
∂u
∂t = (0.999 ∂∂xu2 + 1.000 ∂∂yu2 )+
0.0005 0.25%
+u(1.001 ∂u ∂u
∂x + 1.000 ∂y )
2 2
∂u
∂t = (1.001 ∂∂xu2 + 1.001 ∂∂yu2 )+
0.00075 0.49%
+u(0.999 ∂u ∂u
∂x + 0.999 ∂y )
2 2
∂u
∂t = (1.000 ∂∂xu2 + 0.999 ∂∂yu2 )+
0.001 0.97%
+u(1.000 ∂u ∂u
∂x + 1.000 ∂y )
2 2
∂u
∂t = (1.001 ∂∂xu2 + 1.002 ∂∂yu2 )+
0.00125 4.2%
+u(0.998 ∂u ∂u
∂x + 0.999 ∂y )
2 2
∂u
∂t = (0.996 ∂∂xu2 + 0.998 ∂∂yu2 )+
0.0015 6.3% 2
+u(1.000 ∂u ∂u ∂ u ∂u
∂x + 1.003 ∂y ) − 0.0034 ∂y 2 ∂x

6. EPDE framework description

The framework, encompassing the described method, is designed to allow the

user to customize the algorithm’s significant elements while giving the default
pipeline and necessary tools for the differential equation discovery. The setup
410 of the equation discovery experiment requires the selection of functions (tokens)
that form the pool, from which the algorithm creates the candidate equations.
The main element that has to be defined is obtaining the function values on the
set of processed points to evaluate further the fitness function in the Eq. 10. For
example, the derivatives in the framework’s current development are stored as
415 the pre-computed matrices of their values on the grid. In contrast, trigonometric
functions’ values are calculated during the fitness function calculation due to a
frequency parameter. The correct token evaluation method’s selection can be
viewed as the trade-off between memory storage utilization and computational
powers involved in calculating functions during the algorithm run.
420 The token families, sets of elementary functions, are created with the def-

21
 181

inition of the tool mentioned above. For every token, the range for function
parameters (such as power or frequency) and markers are specified, setting the
behavior of functions in the equation structure (i.e., if a function can be present
in terms in the left side of the equation, if it is in the right part, or if multiple
425 tokens from a token family can be in a term).
The workflow of the main evolutionary algorithm, which forms the algo-
rithm’s cornerstone, is mutable via the evolutionary operator’s modifications.
To guide the operator’s development, we have introduced the builder class, rep-
resenting the eponymous pattern. The operators, presented in the Sec. 4, are
430 included in its default form, provided by the director class. However, the user
can modify all of the significant elements if the specific equation discovery task
requires it. The selection of the parameters for the evolutionary operators is
made in their definition in the builder class.

7. Neural networks approximation with automatic differentiation

435 This section is dedicated to changing the differentiation method. The pro-
posed algorithm has a modular structure. Thus, we may replace the differentia-
tion algorithm from finite differences or analytical differentiation of polynomials
to the neural network approximation with further automatic differentiation.

7.1. Application of artificial neural networks to the data preprocessing

440 Automatic differentiation is a standard tool in deep learning frameworks.

The process of neural network training utilizes the backpropagation technique
based on calculating the loss function gradient with respect to the weights’ val-
ues, which is often done via automatic differentiation. With this approach to
the derivative calculation problem, the preprocessing stage involves two stages:
445 fitting the artificial neural network to the input data and the automatic differ-
entiation with respect to the spatial coordinates and time.
The multi-layered feed-forward artificial neural network’s training process
with the sigmoid activation functions was implemented, using the tensorflow

22
 182

framework. We use the network that contained three fully-connected layers

450 (generally, with 256, 512, and 64 neurons) in the experiments. The selection
of architecture was driven by the propositions in [25, 26]. We utilize the mean
squared error as the loss function during the artificial neural network training
process, performed with Adam stochastic optimization algorithm. A random
sample of studied data points (the function we want to describe with the dif-
455 ferential equation, which we will obtain later) is used for each epoch’s training
process.
After the ANN training process with the studied data, automatic differenti-
ation is used to obtain the derivatives. In contrast to the previously mentioned
method of calculating derivatives of polynomials fitted only along an axis, the
460 automatic differentiation technique can get mixed partial derivatives. The gra-
dients, hessian and further derivatives are collected from the in-built methods
of automatic differentiation.

7.2. The analysis of ANN preprocessing properties

The wave equation’s test case with one spatial dimension was examined to
465 compare the noise-reducing properties of proposed derivatives evaluation meth-
ods: the kernel smoothing and analytical differentiation of fitted polynomials
against the automatic differentiation of artificial neural networks. The noise is
added in the way shown previously. However, data is not separated into sub-
domains. Here, we add the Gaussian noise with µ = 0 and σ = 0.03 ∗ max(u(t))
470 to each of the time frames.
The lower quality of the artificial neural field reconstruction of the noisy
field presented in Fig. 6, can not be attributed to the overfitting or the under-
fitting of the network: the same structures are obtained in the initial stages
of loss function stabilization and on the latter epochs. Therefore, we can at-
475 tribute the method’s downside to the particular architecture: 3 fully connected
layers of the ANN with particular neurons. Nevertheless, the comparison of the
fields obtained after the differentiation (see Fig. 7) shows that the default kernel
smoothing and the polynomial fitting algorithm can better calculate the fields.

23
 183

(a) Original noised field (b) The noised field reconstruction

Figure 6: The comparison between the solution of wave equation x− and y− axes are coordi-
nates, color value of the function u(x, y) a) and the ANN, fit to the solution b)

In the discussed experiments, the noise levels, introduced in Eq. 4, in the initial
480 fields are approximately 2.49%. The noise levels in the first time derivatives
(Fig. 8) are 31.6% and 1116.89% for default method and ANN accordingly, and
the first spatial derivatives (Fig. 9) are 29.7% and 927.14% correspondingly.

8. Conclusion

The proposed method has proven to be suitable for the data-driven deriva-
485 tion of equations that can model various physical processes. The robustness
of the algorithm to the noise in the input data provided by improved prepro-
cessing of data allows the framework applicable to real-world problems. Even
in the cases of substantial noise in the input data, the resulting equations had
the correct structures and, therefore, can correctly describe the studied system.
490 Other notable points about the algorithm operation can be stated:

• To achieve a good quality of the resulting processes, the areas, localizing

different processes, should be separated and studied independently. It is
presented in the case of real-world data processing when the area that is
already known to have strong time dependencies of sea surface height was
495 separated, and the equation for it was derived;

24
 184

(a) Field of the correct first time derivative (b) Field of the correct spatial time derivative

Figure 7: The fields of time and spatial derivatives, calculated from the noiseless data

(a) Kernel filtering & polynomial differentiation (b) Automatic differentiation result

Figure 8: The comparison between the differentiation methods for first time derivative solution
of wave equation

25
 185

(a) Kernel filtering & polynomial differentiation (b) Automatic differentiation result

Figure 9: The comparison between the differentiation methods for first spatial derivative
solution of wave equation

• The meta-parameters of the algorithm have a strong influence on the final

result. For example, low values of sparsity constant can lead to additional
terms in the equation, while its higher than optimal values can completely
distort the equation structure. Therefore, mechanisms of meta-parameter
500 selection should be implemented in the further development of the method;

• The proposed preprocessing technique, that combines kernel smoothing

and fitting the Chebyshev polynomial to the data in a specified window,
is proven to be an efficient derivative calculation tool. It was shown to
505 perform better than the automatic differentiation of an artificial neural
network.

Areas of the further development of the framework can include deriving a

more generalized class of equations, using similar techniques, not limiting the
results in a class of partial differential equations. Additionally, the equations
510 for vector variables or even systems of equations can be the next targets for the
work.
Source code is publicity available at GitHub [1].

26
 186

Acknowledgements

This research is financially supported by The Russian Scientific Foundation,

515 Agreement #19-71-00150.

References

[1] NSS Team, Fedot E* algotirhms, https://github.com/ITMO-NSS-team/

FEDOT.Algs (2020).

[2] M. Maslyaev, A. Hvatov, A. Kalyuzhnaya, Data-driven partial differential

520 equations discovery approach for the noised multi-dimensional data, in:
International Conference on Computational Science, Springer, 2020, pp.
86–100.

[3] J. Berg, K. Nyström, Neural network augmented inverse problems for pdes,
arXiv preprint arXiv:1712.09685.
525 URL https://arxiv.org/abs/1712.09685

[4] H. Schaeffer, R. Caflisch, C. D. Hauck, S. Osher, Learning partial dif-

ferential equations via data discovery and sparse optimization, Proceed-
ings of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sci-
encedoi:473(2197):20160446.

530 [5] S. H. Kang, W. Liao, Y. Liu, Ident: Identifying differential equations with
numerical time evolution, arXiv preprint arXiv:1904.03538.

[6] T. Qin, K. Wu, D. Xiu, Data driven governing equations approximation

using deep neural networks, Journal of Computational Physics 395 (2019)
620–635.

535 [7] Z. Long, Y. Lu, X. Ma, B. Dong, PDE-net: Learning PDEs from data, in:
International Conference on Machine Learning, 2018, pp. 3208–3216.

[8] M. Raissi, Deep hidden physics models: Deep learning of nonlinear partial
differential equations, The Journal of Machine Learning Research 19 (1)
(2018) 932–955.

27
 187

540 [9] M. J. Asher, B. F. W. Croke, A. J. Jakeman, L. J. M. Peeters, A review

of surrogate models and their application to groundwater modeling, Water
Resour. Res. 51 (2015) 5957–5973. doi:10.1002/2015WR016967.

[10] M. P. Rumpfkeil, P. Beran, Multi-fidelity surrogate models for flutter

database generation, Computers & Fluids 197.

545 [11] N. O. Nikitin, P. Vychuzhanin, A. Hvatov, I. Deeva, A. V. Kalyuzhnaya,

S. V. Kovalchuk, Deadline-driven approach for multi-fidelity surrogate-
assisted environmental model calibration: Swan wind wave model case
study, in: Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Con-
ference Companion, 2019, pp. 1583–1591.

550 [12] M. Maslyaev, A. Hvatov, A. Kalyuzhnaya, Data-driven partial derivative

equations discovery with evolutionary approach, in: International Confer-
ence on Computational Science, Springer, 2019, pp. 635–641.

[13] B. D. Santer, T. M. Wigley, M. E. Schlesinger, J. F. Mitchell, Developing

climate scenarios from equilibrium gcm results.

555 [14] M. Cabré, S. Solman, M. Nuñez, Creating regional climate change scenarios
over southern south america for the 2020’s and 2050’s using the pattern
scaling technique: validity and limitations., Climatic Change 98 (2010)
449–469. doi:10.1007/s10584-009-9737-5.

[15] S. Castruccio, D. J. McInerney, M. L. Stein, F. Liu Crouch, R. L. Jacob,

560 E. J. Moyer, Statistical Emulation of Climate Model Projections Based on
Precomputed GCM Runs*, Journal of Climate 27 (5) (2014) 1829–1844.
doi:10.1175/JCLI-D-13-00099.1.

[16] T. Weber, A. Corotan, B. Hutchinson, B. Kravitz, R. Link, Technical note:

Deep learning for creating surrogate models of precipitation in earth system
565 models, Atmospheric Chemistry and Physics 20 (2020) 2303–2317. doi:
10.5194/acp-20-2303-2020.

28
 188

[17] K. Kaheman, S. L. Brunton, J. N. Kutz, Automatic differentiation to si-

multaneously identify nonlinear dynamics and extract noise probability dis-
tributions from data, arXiv preprint arXiv:2009.08810.
570 URL https://arxiv.org/abs/2009.08810

[18] L. Zhang, H. Schaeffer, On the convergence of the sindy algorithm, Multi-

scale Model. Simul., 17(3) (2019) 948–972.
URL https:///arxiv.org/abs/1805.06445

[19] S. H. Rudy, A. Alla, S. L. Brunton, J. N. Kutz, Data-driven identifica-

575 tion of parametric partial differential equations, SIAM Journal on Applied
Dynamical Systems 18 (2) (2019) 643–660.

[20] M. Raissi, P. Perdikaris, G. E. Karniadakis, Numerical gaussian processes

for time-dependent and nonlinear partial differential equations, SIAM Jour-
nal on Scientific Computing 40 (1) (2018) A172–A198.

580 [21] J. Berg, K. Nyström, Data-driven discovery of pdes in complex datasets,

Journal of Computational Physics 384 (2019) 239–252.

[22] M. Raissi, P. Perdikaris, G. Karniadakis, Physics informed deep learning

(part ii): Data-driven discovery of nonlinear partial differential equations.
arxiv 2017, arXiv preprint arXiv:1711.10566.
585 URL https://arxiv.org/abs/1711.10566

[23] I. Knowles, T. Le, A. Yan, On the recovery of multiple flow parameters from
transient head data, Journal of Computational and Applied Mathematics
169 (1) (2004) 1–15.

[24] R. Piche, Automatic numerical differentiation by maximum likelihood es-

590 timation of state-space model, arXiv preprint arXiv:1610.04397.
URL https://arxiv.org/abs/1610.04397v1

[25] Z. Zainuddin, P. Ong, Function approximation using artificial neural net-

works, International Journal Of Systems Applications, Engineering & De-
velopment 1 (4) (2007) 173–178.

29
 189

595 [26] K. Hornik, M. Stinchcombe, H. White, Multilayer feedforward networks

are universal approximators, Neural Networks 2 (1989) 359–366.

Appendix A. Pseudo-code of the algorithm

30
 190

Input: set of elementary tokens T , symbolically representing constant,

initial function, and its various derivatives; set of function
measurements from the studied field
Parameters: M - number of token combinations in a single individual;
k - number of elementary tokens in a combination; n pop
- number of candidate solutions in the population;
evolutionary algorithm parameters: number of epochs
nepochs , mutation rmutation & crossover rates rcrossover ,
part of the population, allowed for procreation aproc ,
number of individuals, refrained from mutation (elitism)
aelite ; sparse regression parameter - sparsity constant λ
Result: The structure of the partial differential equation with the
corresponding weights, best fitting the input field
Smooth the measurements & calculate the derivatives; Generate
population P of individuals, representing equation, of size n pop, with
M - random permutations of k tokens to form sets C j ;
for epoch = 1 to nepochs do
for individual in population do
Apply sparse regression to the individual to calculate weights;
Calculate fitness function to individual;
end
Hold tournament selection and crossover;
for individual in population except n pop × aelite ”elite” ones do
Mutate individual;
end
end
Select the individual with the highest fitness function value as the final
structure of the solution to the problem;
Calculate the correct weights of the equation using linear regression.
Algorithm 1: The pseudo-code of the algorithm operation

31
 191

Multiobjective Evolutionary Discovery of Equation-Based

Analytical Models for Dynamical Systems
Mikhail Maslyaev, Alexander Hvatov
October 15, 2023

Abstract
While there are multiple approaches to simulating a dynamical system, that represents unknown
physical process, the majority of these methods can not be connected to the analytical equation-based
models. In this article, we suggest an approach of describing a process with a system of data-driven
ordinary differential equations, that employs multiobjective optimization to obtain the set of candidate
systems. The main objective of the research is the development of a robust tool, that is able to construct
an analytical model for an arbitrary dynamical system, using as few assumptions as possible. To operate,
the algorithm demands data, describing state of the system, evolving in type. The optimization is held
in the criteria space of complexities and qualities of obtained differential equations, allowing the selection
of the parsimonious model, that fits the needs of the process description. To improve the flexibility
of the algorithm, while sustaining the robustness to the noise in input data, linked to the real-world
applications, the algorithm performs simultaneous search of the systems’ equations, that have minimum
a priori assumptions about their structure. Thus, the model search algorithm obtains Pareto-optimal
set of systems. To validate the approach, experiments with the simple ”hunter-prey” model were held.
On this case the equation search algorithm has performed well, being able to correctly derive system of
equations with insignificant errors in coefficient estimations, linked to the numerical errors.

1 Introduction
Systems of ordinary or partial differential equations (ODEs and PDEs) are powerful tools, that are able
to describe complex dynamics of structures, involving multiple variables. While there are many tools, that
can be used for creating mathematical models for processes, such as classical machine learning models, or
unconventional ones, like bayesian networks, they tend to have strict limitations to their applications. In cases
of many real-world systems, in addition to the aforementioned issues, these models are often abstracted from
the intrinsic physical principles, guiding the system. The classical approach to deriving systems of differential
equations necessitates use of mathematical analysis in combination with the in-depth understanding of the
process. The data-driven approach to the system discovery involves creation of an individual differential
equation for each dependent variable, that can be measured from a system.
The forms of the discovered models, that contain systems of differential equations, are selected due to
the prevalence of differential equation in physical systems. For example, flow of viscous fluid is governed by
Navier-Stokes equations, that are a system of partial differential equations. Dynamics and interactions be-
tween electric and magnetic components of the electromagnetic field are described with Maxwell’s equations,
which are a system of PDE as well. Many simpler systems, such as rotation of the spherical pendulum, can
be defined with system of ordinary differential equations.
Apart from the descriptive possibilities, provided by models in forms of systems of differential equations,
obtained systems can be solved to predict further states of the process. While the toolkit for the automatic
solution of systems of ordinary/partial differential equations is out of scope of this study, a number of stud-
ies have been conducted towards implementing equation-solving module into the frameworks of differential
equations discovery as in work [1]. With this ability to solve model equations, the dynamics of the system
can be propagated into the future.
The problem of creating models for dynamical systems, governed by differential equations, has seen surging
interest in the recent years. The first perspective to the task involves developing substitutes for the equations
in forms of propagation operators, that map the state of the system forward in time like in [2] or [3]. Dynamic

1
 192

mode decomposition (DMD) involves approximation of the system dynamics with a finite-dimensional linear
operator. While that can be useful for multiple real-world applications, where the propagator is linear, many
other cases involve non-linear dynamics, that can not be fully explained with DMD approach.
A number of data-driven solutions to the problem of explaining dynamical system with explicitly derived
governing equations has been developed. Here, we will inspect methods, that are applicable not only for
problems of discovering ordinary differential equations (ODE) and systems of ODEs, but also for tasks
of partial differential equations discovery. The first problem has sufficient solution in forms of multilayer
stochastic models (MSMs), proposed in Kondrashov, Chekroun and Ghil in [4]. However, due to the non-
Markovian approach, the approach is not extendable to the problems of partial differential equations.
The earliest advances were made with the symbolic regression [5]. Governing equations are viewed as
computational tree graphs, where leaves are inputs, and on the other levels various operators are located.
The search of the equation can be done with the typical graph-targeted evolutionary optimization algorithms.
More contemporary approaches are represented by sparse regression - based models, developed many works,
including Kaheman et. al. in [6] and Berg & Nystrom in [7], and with artificial neural networks (ANN)
representation of the dynamical system. While there are multiple approaches to discover differential equations
with artificial neural networks, notable ones include PINN [8], PDE-Net, developed by Long et. al. [9], and
physics-informed neural networks by Raissi et. al. [10].
Partial differential equation search with sparse regression uses LASSO operator, that is applied to ap-
proximate time derivative with a library of candidate terms. That library has to contain all of the possible
equation terms, and the usage of sparsity operator allows selection of only a few active feature terms. The
main issues of this approach can be linked with its rigidity: the term library has to be extensive enough to
contain all possible terms, including all of the non-linear functions, that can be present in equations. While
many of the presented approaches can be applied to the systems of differential equations, their possibilities
are limited by description of time dynamics of a vector variable, like in paper by [11].
The algorithm, described in this article, is based on the multiobjective evolutionary optimization approach,
where the obtained model is evaluated by a number of metrics, describing quality and complexity of the
equations of the system. Thus, the algorithm is able to provide the parsimonious model, that is not overly
complex, but can sufficiently simulate the dynamics of the process. However, the problem of selecting
that parsimonious model from the discovered Pareto frontier is the problem for another study. This paper
is dedicated to the problem of discovering the optimal set of candidate equations, for the further expert
conclusions and applications.
The paper is divided into the following subsections: in the section Sec. 2 we formulate the equation
discovery problem; Sec. 3 provides generalized description of the developed algorithm; in Sec. 4 we evaluate
the performance of the algorithm on validational data. Sec. 5 concludes the paper and discusses further
development of the approach. All required data and code that are required to reproduce the results are
available from the URL placed in Sec. 6.

2 Equation discovery problem

To describe some unstudied process, which involves multiple (n) dependent variables, we desire to de-
rive a system of differential equations. Let’s denote these variables in general problem statement as u =
(u1 (t, x), u2 (t, x), ... , un (t, x)). They are defined in the spatial domain Ω, represented by coordinates x, and
dependent from time t. In case of a system of ordinary differential equations, the variables can be assumed
to be only time-dependent (i.e. u1 (t), u2 (t), ... , un (t)).
For the equations search process the algorithm requires sets of observations, arranged on a rectangular
grid. For the equation search process the algorithm demands arrays of calculated derivatives. While in some
cases these derivatives can be obtained directly, using measurement techniques, in others they necessitate a
preprocessing phase, where the derivatives are calculated numerically from the input data variables. While
the numerical techniques of derivatives estimation are numerous [12], the most efficient approaches are finite-
difference differentiation and analytical differentiation of variable-approximating polynomials. In many cases,
additional smoothing is required to reduce magnitudes of noise in the data. Here, the algorithm employs
Gaussian smoothing in the spatial domain, or replacement of the initial data fields with their artificial neural
network approximation.

2
 193

  P Q
 L1 (u) = 0  i α1i j t1ij = 0
S(u) = ... ⇔ ... (1)
  P Q
Lk (u) = 0 i αni j tnij = 0
The search for the optimal structures of equations in the system is done with the multi-objective opti-
mization, implemented with the Many-Objective Optimization Evolutionary Algorithm Based on Dominance
and Decomposition (MOEA/DD), introduced in [13].
The search is performed in the criteria space of complexities C(L′j u) and modelling errors Q(L′j u) for each
individual equations in a system. Therefore, the problem can be reformulated as Eq. 2. Here the constraints
are introduced in the equations construction logic rather than explicitly specified during the optimization
problem statement.

minimize F(S(u)) = (f1 (S(u)), ... , fm (S(u))) = (C(L′1 u), Q(L′1 u), ... , C(L′n u), Q(L′n u)) (2)
The complexity metric C(L′j u)is defined as a number of ”active” tokens in the equation, i.e. ones, that
are present in terms with non-zero coefficients.
The problem of selecting the most appropriate metric for evaluating the properties of process represen-
tation for the equation has been studied in work [1]. The best metrics for modelling quality are L2 norm
of matrices of differential operator residuals, as presented in Eq. 3, or the norm of matrices of differences
between the input variable fields and the solutions of corresponding equations Eq. 4.

Q(L′j u) = ||L′j u||2 (3)

Q(L′j u) = ||uj − u˜j ||2 (4)

Due to the necessity to conduct optimization, having a limited number of candidate solutions, implemented
approach uses concept of domination for proposed solutions for of the systems of equations search problem.
It is said, that candidate system S1 (u) dominates candidate system S2 (u), if for all optimized criteria fi :
fi (S1 (u)) ≤ fi (S2 (u)) and for a single criterion fj : fj (S1 (u)) < fj (S2 (u)). A solution is called Pareto-
optimal, if no other solution dominates it. The objective of the implemented algorithm is to obtain a set
of candidate solutions, where each solution is Pareto-optimal. In addition to the Pareto-optimal set, other
non-dominated sets can be introduced by induction: n-th non-dominated level is comprised by solution, that
are not dominated by any solutions, except the ones on the n − 1-th, or lower levels.

3 Approach description
In this section we will briefly describe main diversions of our approach from the original algorithm, and case-
specific solutions employed during system of differential equations derivation, such as evolutionary operators.
In accordance to the optimization objectives, stated in the previous section, algorithm performs simultaneous
search of system equations and parameters, which define the equations structures. The structure of an
equation can be decomposed into a set of equation terms and set of their real-valued coefficients α.
X Y
L′j u = αi tij (5)
i j
Q
The terms of constructed equations are represented with a product of tokens j tij , tij ∈ T , elementary
building blocks, containing arbitrary user-defined functions. This approach enables discovery of non-linear
equations with compoundnstructures, that have structures like in 5. During search of differential equations
various derivatives (e.g. ∂∂xuni , n ∈ N) are included into the pool T . Other case-specific functions, or external
j
variables can be included as tokens into the token pool to be available for the algorithm during equation
search. For example, if the objective of a study is the discovery of the equation for the temperature dynamics
in a medium, than the velocity field of the medium can be considered as such external variable.
To create a system, that is able to fully model the studied process, it is possible make a an assumption,
that each equation of the system must represent spatial or temporal dynamics of at least one variable. By
the property of describing a dynamic of a variable we understand, that the equation contains corresponding
derivatives of the variable. During the evolutionary search, evolutionary operators, affecting the structures
of the equations have to preserve the descriptive properties of such terms.

3
 194

3.1 Evolutionary algorithm details

To start the evolutionary optimization, the algorithm has to construct the initial population P = S1 (u), ... , S2 (u)
of randomly generated candidate systems of differential equations. As was mentioned above, an equation of
a system has to represent dynamic of a corresponding variable. Therefore, during the initialization a variable
is assigned to each equation as its ”main” one. Without loss of generality, we can assume, that i-th equation
describes i-th variable.
To respect the dual approach to system discovery, encoding of an individual has to represent both equa-
tions and meta-parameters of the equations. The chromosome of an individual contains computational
graphs of the equations as ”equation genes” and values of the parameters, that define creation of the equa-
tion. Equation graphs take forms of tree graphs, where the leaves are elementary functions, stored in tokens,
intermediate nodes are product operators, that form equation terms from factor tokens. The root of the
graph is comprised of the summation operator, which combines separate terms into the equation. Scheme of
the equation system encoding is presented on Fig. 2.

Figure 1: Scheme of the encoding for an ODE with sparsity constants as metaparameters.

To regulate the complexity of the equations, proposed by the algorithm, a regularization tool has to
be created. Its main objective is exclusion of terms with low significance and low descriptive power in the
resulting model. Selection of the terms can be done with sparse regression, operating with LASSO operator,
presented in eq. 6. As the predicted value of the operator, a random equation term, which represents an
”equation variable”, i.e. contains its derivative, is selected. LASSO operator is able to obtain a vector of
term weights β with values of the terms in the left-hand side of the equation, evaluated on the space-time
grid, normalized and combined into matrix Fk , and vector of right-hand part values Ftarget,k . In the operator
statement, by || · ||i the i-th norm of matrix is meant.

∥Fk β − Ftarget,k ∥22 + λ∥β∥1 −→ min (6)

β

The sparsity constant parameter λ, determines the penalty of optimized functional with respect to the
values of weights in β, prioritizing setting zero coefficients to the less significant predictors. By regulating the
value of sparsity constant, the algorithm is able to control the complexity of the equation. Higher values of
λ promote equations with less numbers of terms, while lower values tend to lead to more complex equations.
Due to the significance of the sparsity parameter for the equation definition, it is included for each equation
in the system into the encoding of the individual.
The coefficients of the equation are computed with linear regression, where active terms from the left-hand
part are combined into matrix of predictors, and values of the term on the right part is used as a predicted
value.

4
 195

3.2 Evolutionary operators

The general idea of evolutionary operators, affecting the population to obtain the set of optimal systems
of equations, is borrowed from the single-objective algorithm of equation discovery, proposed in [14]. The
alterations of an individual equation can be done with operators of mutations and crossover. The manner, in
which the operators are applied to individuals of the population, follows the guidelines, presented in paper,
describing base algorithm.
The process of the evolution is held iteratively, for a specified number of iterations and over sectors,
defined by the weight vectors, introduced into the space of optimization criteria to decompose the problem
into smaller sub-problems. According to [15], the algorithm, constructs set of weight vectors W = w1 , ... , wN
from a unit simplex, one for each candidate solution in P.
With the previously stated introduction of the weight vectors in mind, each individual of the population
P is assigned to a random sector of the criteria space. That enables a more even coverage of the search space
due to the property, that the individuals converge in directions of weights.
The selection of the individuals for the crossover operators is held in the manner, that respects problem
decomposition. In base scenario, the parents are selected from the neighbouring sectors to the one, associated
with the processed weight vector. However, to increase the exploratory properties of the algorithm, that are
vital in the problem of equation construction, with a relative small probability, the parents are selected form
other, non-adjacent sectors. The selected candidates are added into the parent pool, and the crossover is
held among them.
The crossover operator affect both systems of equations and corresponding vectors of meta-parameters.
The interactions between equations of the systems comply to the requirements of variable description. For
each of the modelled variable, the corresponding equations of the parent systems are affected by crossover.
Two main types of the operator are used here: term-wise exchange and complete equation swapping.
The first type of the equation-level crossover operators involves exchange of terms between parent equa-
tions. All initial terms of the equation are divided into three groups: terms, present in a same form in both
parents, terms. Next, there are terms, which are present in both parents, but the parameters of their tokens
are different. And, finally, there are terms, unique between parents. The first group is not affected with
crossover at all. The crossover between parents in the second groups is parametric-only: the same tokens
exchange the parameter values from a specified proportion.
After the creation of offspring individuals, they are affected by mutation operators. Their purpose is two-
fold. Not only they are increasing the exploratory properties of the algorithm, but also prevent generation of
the repeating individuals, which is mandatory for the implemented multi-objective optimization approach.
Main idea of the mutation operator is the random change of a term into a new, unique one. The first type of
the operator changes a factor, representing a token, into a new, randomly generated one, or a change of token
parameters (e.g. frequency of a sine token) with an increment, taken from N (′, σ). The second type involves
a replacement of a term with a newly generated one. When the offspring creation procedures are conducted,
the Pareto levels are updated with respect to the newly created solution. The population update algorithm
takes into account the decomposition of the problems with set of weight vectors and the domination.

4 Validation
To assess the performance of the proposed approach on tasks of discovering systems of equations, that govern
dynamical system, a number of validational experiments has been conducted. The most demonstrative
approach to check the behaviour our the algorithm employs synthetic data, obtained from the solution of
known equations.
A hunter-prey model, described by Lotka-Volterra equations (7), was selected as the dynamical system
to be described. The model represents simplified dynamics of two species: u = u(t) depicts ”prey”, while
v = v(t) represents the ”hunter” species. Constants α, β, δandγ determine the dynamics of the system. The
solutions of the equations were numerically obtained, using Runge-Kutta methods. The solutions for u(t)
and v(t) are demonstrated on figures Fig. 3. The process was modelled for a 1000 time steps with ini
 ′
ut = αu − βuv
S(u) = (7)
vt′ = δuv − γv

5
 196

Figure 2: Generalized scheme of the algorithm main search sequence.

Figure 3: Visualization of the solution of Lotka-Volterra equations.

The Pareto-optimal set of equations, obtained from the algorithm, typically have forms, similar to the one,
presented in Fig. 4. Here the algorithm output is reformulated with the combination of optimized metrics:
instead of evaluating complexity or approximation errors of individual equations, they are viewed for the
system integrally. The allowable interval for complexity controlling parameters λ, used in sparsity operators,
is located between 10−8 and 10−2 . Next, additional family of trigonometric tokens was introduced into the
pool to create diversity of created terms.
While this test can not be considered as the comprehensive study of the algorithm properties, it can
be viewed as the proof of concept, that the algorithm is able to operate and discover the equations. 10
independent runs with 10 multiobjective optimization evolutionary algorithm iterations, and 10 more with
25 iterations were performed, and the obtained Pareto-optimal sets were compared. Due to the relatively
simple structure of the initial system of equations, a successful convergence to the similar (in terms of
obtaining sets with similar equations) was achieved in every case.

6
 197

Figure 4: Pareto-frontier of systems of equations, obtained by the algorithm.

5 Conclusion
In this article, we proposed robust extension of the single differential equation discovery approach to the
problems of creating models for systems of differential equations. The multi-objective approach enables the
creation of a diverse set of models, and with the analysis of complexity-quality tradeoff, an expert should
be able to select the parsimonious model for the process description. The main drawback of the developed
approach is high computational cost, which can be especially noticeable in cases of multidimensional data (i.e.
systems of partial differential equations) or data with high noise levels, where high numbers of iterations are
required for the algorithm convergence. Therefore, improvement of the algorithm computational performance
can be stated as the priority for the further development. Also, the development of the sufficient tools for
using the derived equations for the process state prediction is another goal of the next researches. We hope,
that the research in this paper will motivate the research of the physics-based and interpretable methods of
machine learning and data-driven simulations.

6 Code and Data availability

The numerical solution data and the Python code that partially reproduce the experiments are available at
the GitHub repository 1 .

Acknowledgements
This work was supported by the Analytical Center for the Government of the Russian Federation (IGK
000000D730321P5Q0002), agreement No. 70-2021-00141.
1 https://github.com/ITMO-NSS-team/EPDE

7
 198

References
[1] M. Maslyaev and A. Hvatov, ”Solver-Based Fitness Function for the Data-Driven Evolutionary Discovery
of Partial Differential Equations,” 2022 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2022.
[2] Brunton, S.L., Brunton, B.W., Proctor, J.L. et al. Chaos as an intermittently forced linear system. Nat
Commun 8, 19 (2017).
[3] P. J. Schmid and J. Sesterhenn. Dynamic mode decomposition of numerical and experimental data. In
61st Annual Meeting of the APS Division of Fluid Dynamics. American Physical Society, November
2008.
[4] D. Kondrashov, M. D. Chekroun and M. Ghil, “Data-driven non-Markovian closure models,” Physica
D: Nonlinear Phenomena, vol. 297, pp. 33-55, 2015.
[5] Schmidt Michael and Hod Lipson, “Distilling free-form natural laws from experimental data,” Science,
vol. 5923, pp. 81–85, 2019.
[6] K. Kaheman, J. N. Kutz and S. L. Brunton “SINDy-PI: a robust algorithm for parallel implicit sparse
identification of nonlinear dynamics,” Proceedings of the Royal Society A, vol. 476(2242), pp. 20200279,
2020.

[7] J. Berg and K. Nyström, “Data-driven discovery of PDEs in complex datasets,” Journal of Computa-
tional Physics, vol. 384, pp. 239-252, 2019.
[8] Han Gao, Matthew J. Zahr, Jian-Xun Wang, “Physics-informed graph neural Galerkin networks: A
unified framework for solving PDE-governed forward and inverse problems”, Computer Methods in
Applied Mechanics and Engineering, Volume 390, 2022, 114502, ISSN 0045-7825,

[9] Long, Z., et. al. (2018). “PDE-Net: Learning PDEs from Data”. Proceedings of the 35th International
Conference on Machine Learning, in Proceedings of Machine Learning Research, 80:3208-3216.
[10] M. Raissi, “Deep hidden physics models: Deep learning of nonlinear partial differential equations,” The
Journal of Machine Learning Research, vol. 19(1), pp. 932-955, 2018.

[11] J. Zhang and W. Ma, “Data-driven discovery of governing equations for fluid dynamics based on molec-
ular simulation,” J. Fluid Mech, vol 892, pp. A5, 2020.
[12] F. Van Breugel, J. N. Kutz and B. W. Brunton, ”Numerical Differentiation of Noisy Data: A Unifying
Multi-Objective Optimization Framework,” in IEEE Access, vol. 8, pp. 196865-196877, 2020.
[13] K. Li, K. Deb, Q. Zhang and S. Kwong, “An Evolutionary Many-Objective Optimization Algorithm
Based on Dominance and Decomposition,” in IEEE Transactions on Evolutionary Computation, vol. 19,
no. 5, pp. 694-716, Oct. 2015, doi: 10.1109/TEVC.2014.2373386.
[14] Mikhail Maslyaev, Alexander Hvatov, Anna V. Kalyuzhnaya, “Partial differential equations discovery
with EPDE framework: Application for real and synthetic data”, Journal of Computational Science,
Volume 53, 2021, 101345, ISSN 1877-7503,

[15] I. Das and J. E. Dennis, “Normal-boundary intersection: A new method for generating the Pareto surface
in nonlinear multicriteria optimization problems,” SIAM J. Optim., vol. 8, no. 3, pp. 631–657, 1998.

8

Solver-Based Fitness Function for the Data-Driven
Evolutionary Discovery of Partial Differential
Equations
Mikhail Maslyaev
Nature Systems Simulation Laboratory
ITMO University
Saint-Petersburg, 197101, Russia
mikemaslyaev@itmo.ru
Abstract—Partial differential equations provide accurate mod-
els for many physical processes, although their derivation can
be challenging, requiring a fundamental understanding of the
modeled system. This challenge can be circumvented with the
data-driven algorithms that obtain the governing equation only
using observational data. One of the tools commonly used in
search of the differential equation is the evolutionary optimization
algorithm. In this paper, we seek to improve the existing
evolutionary approach to data-driven partial differential equation
discovery by introducing a more reliable method of evaluating
the quality of proposed structures, based on the inclusion of the
automated algorithm of partial differential equations solving. In
terms of evolutionary algorithms, we want to check whether the
more computationally challenging fitness function represented by
the equation solver gives the sufficient resulting solution quality
increase with respect to the more simple one. The approach
includes a computationally expensive equation solver compared
with the baseline method, which utilized equation discrepancy to
define the fitness function for a candidate structure in terms of
algorithm convergence and required computational resources on
the synthetic data obtained from the solution of the Korteweg-de
Vries equation.
Index Terms—equation discovery, partial differential equation,
fitness function selection, data-driven modelling
I. I NTRODUCTION
Differential equations are commonly used as mathematical
models for continuous physical processes. They describe the
interdependence of various derivatives of a studied multivariate
function. In addition, differential equations can be used for
system state predictions. By integrating the governing partial
differential equation with specific initial and correctly stated
boundary conditions, the state of the modeled process in the
future can be obtained.
The task of partial differential equation derivation for a
specific problem in the past involved examining conservation
laws that can be applied to the system and using analysis and
variational principles to extract the equation from the known
properties of the system. While these methods are widely used
to derive the equations, they demand significant preliminary
study of the process, which in some cases can not be held due
to low comprehension of the system. Occasionally, regardless
199
Alexander Hvatov
Nature Systems Simulation Laboratory
ITMO University
Saint-Petersburg, 197101, Russia
alex hvatov@itmo.ru
of the dynamical system understanding, the researchers must
collect measurements as a preliminary part of the analysis.
Thus, the data-driven equation derivation can be introduced
as an alternative. Data-driven algorithms can develop a model
for a process using measurements data and a few assumptions
about the constructed model structure (i.e., the model will take
the form of a partial differential equation).
One of the contemporary approaches to data-driven PDE
discovery is based on evolutionary algorithms (EA). Here, the
objective of EA is the construction of a model in the form of a
partial differential equation from a selected set of elementary
constituents and with specific conditions that have the best
performance on the input data. One of the issues linked with
applying evolutionary operators to such ambiguously stated
tasks is selecting an objective (fitness) function that shall be
optimized during the problem solution.
The computation complexity of the fitness function is a
classical problem that is considered for classical optimization
benchmark problems [1]. However, in the equation discovery
case, the function landscape cannot be known a priori. Thus,
only empirical conclusions on the influence of the hardness
of computational complexity of a fitness function may be
obtained. In this paper, two possible approaches to compute
fitness functions for equation discovery evolutionary algorithm
are considered. First is the computationally hard complete
equation solution. Equation solution should be a more noise-
resistant approach to evaluating the quality of evolutionary
algorithm candidates due to the independence of a noisy
data differentiation error. The ability to handle noisy data
is crucial for modeling real-world physical systems since
instrumental observational data gathering is usually imposed
by various disturbances. Moreover, the solver approach allows
considering boundary values, which are not in the scope of
previously used computationally more straightforward fitness
calculation technique. It involved evaluating differential oper-
ator discrepancy from zero and performing poorly on noisy
data.
The paper is structured as follows: Section II is dedicated to
the analysis of existing approaches of data-driven discovery of

partial differential equations for purposes of modeling dynam-
ical systems; Section III gives a brief formal overview of the
solved problem and states the tasks for the research; Section IV
provides a description for the evolutionary algorithm of partial
differential equation discovery and compares the possible
ways of the case-specific fitness function definition; Section
V is dedicated to the analysis of algorithm performance on
synthetic data, and Section VI outlines the paper and also
describes the possible future work directions.
II. R ELATED WORK
The earliest advances in the data-driven algorithmic deriva-
tion of partial differential equations were made with symbolic
regression [2]. The main idea of symbolic regression is con-
structing an expression that describes dependencies in data
using a computational graph. The leaves of the computational
graph are used for modeled function and its derivatives, while
internal nodes are reserved for algebraic operations. Then, the
graph is optimized to represent the input data. While symbolic
regression can construct an arbitrary form of expression for the
final model, it has some disadvantages, such as its tendency to
overtrain and vast search space, leading to poor performance
of the optimization algorithm. Symbolic regression - based
approach has proved to be rather successful in problems of
ordinary differential equation discovery. The examples of such
algorithm applications are numerous and include [3] and [4].
The former article involves application of numerical tools of
differential equations solution to evaluate the quality of a
candidate, while the latter is notable for use of multiobjective
optimization, considering not only the solution fitting to the
problem, but also its complexity.
The next class of data-driven methods of PDE discovery is
based on sparse regression, trained over a defined beforehand
library of candidate terms. Examples of works involving
sparse regression are numerous and include [5]–[8]. The main
advantage of this approach is its low computational demands,
but it can achieve such good performance with the cost of
a limited expanse of possible equations, discoverable by the
framework: the researcher has to manually select all reasonable
terms for the equation.
One of the most actively developing methods involves
applications of artificial neural networks (ANN) to derive the
partial differential equation in the form of first-order time
derivative approximations. The most notable examples in this
include physics-inspired artificial neural networks, developed
by [9], aimed at the representation of both input data and the
structure of the PDE with ANNs. Another approach, proposed
by [10], views differential operators through the lens of con-
volution kernels, thus approximating the system’s dynamics.
The former approach has the downside of requiring knowledge
about the general structure of the equation. The latter approach
can detect an arbitrary operator for the dynamics, but the
classes of learned equations are still limited by necessarily
having first-time derivatives.
Evolutionary algorithms of PDE discovery proved to be
rather effective, being able to derive equations with complex
200
structures and systems of equations. Conceptually similar ap-
proaches were introduced in [11] and [12]. However, they tend
to have stability and convergence issues while operating on
noisy data. The inaccurate estimations of derivatives, leading
to the errors in calculating fitness functions and incorrect
operation of selection operator, make their output inconsistent
and the constructed models unreliable.
During the equation discovery process, different forms of
operators appear. In a classical mathematical physics analysis,
many methods allow solving an equation of a given type
with a given type boundary conditions. Classical solution
approaches require the expert to choose the proper method for
the given equation. Such an approach is improper for data-
driven discovery. We require a more automated yet maybe
less precise equation solver. Such approaches usually involve
neural networks [13]. In the paper, we use an alternative
realization of a neural network-based solver.
III. P ROBLEM STATEMENT
This work’s primary goal is to check the influence of the
more advanced fitness function on the data-driven derivation of
ordinary and partial differential equations. As in the majority
of the data-driven methods, the model is constructed based
on sets of measurements. It has to be expected that a single
dynamical process prevails in the entire area so that the derived
model can be applied to the complete dataset. The versatility
of the approach makes possible the creation of models in forms
of non-linear ordinary and partial differential equations with
the defined order n in the form of the expression Eq. 1, where
t is time, x is spatial coordinates vector, u is the function to
be modeled. The subscript denotes derivative along that axis,
e.g., ut means the first-order time derivative.
F (t, x1 , ... , xk , ut , ux1 , ... , utt , utx1 , ...) ∼ Lu = 0 (1)
In contrast to the symbolic regression, which does not im-
pose any limitations on the models’ structures, the proposed al-
gorithm makes assumptions about the equation form to reduce
the search space and avoid unlikely candidates. The candidate
model structure is granted a form of Eq. 2, where the factors
fj belong to the set of derivatives {ut , ux1 , ... , utt , ...}.
The highest order of the derivative along the axis for the set
may vary. In some cases, the dynamical system’s details may
indicate that the derivatives along a specific axis can be only up
to a certain order, or a similar notion can be obtained from an
algorithm’s launch results. Also, it is possible to assume that
the total number of significant (i.e., with nonzero coefficient)
terms in the candidate equation and factors in a term will be
relatively low due to the majority of existing equations for
dynamical systems having this property.
P Q
L′ u = i ai (t, x)ci = 0 , ci = j fj ,
(2)
ai (t, x) = a′i (t, x) ∗ bi , b ∈ R
While the process modeling shall be based on the solution
of a single equation, the study [14] shows the benefits of

the multi-objective optimization approach. It allows the re-
searcher to obtain the set of Pareto-optimal solutions in terms
of multiple objective criteria, such as quality of the model
(zero discrepancies or data reproduction precision computed
with solver), its complexity, etc. For the latter criterion, the
approach adopts the proposed quantity of the significant terms
in the equation, containing derivatives or other variables, that
are informative for the research, as shown in Eq. 3. The
selection of the former objective function is the main object
of this research.
C(L′j u) = #(L′j u)
The multi-objective optimization operates by a separate EA
based on the MOEA/DD algorithm, proposed by [15]. In study
[14], the optimization problem was stated for the tasks of
differential equations systems, but its approach is applicable
for the case of a single equation discovery.
IV. A LGORITHM D ESCRIPTION
This section describes the general details of the proposed
partial differential equations discovery approach. The gen-
eralized scheme of the developed evolutionary algorithm is
presented in the Fig. 1. For the purposes of the fitness
evaluation both optimization-based partial differential equation
solver and equation discrepancy evaluation procedure can be
used.
Fig. 1. Scheme of the evolutionary algorithm of partial differential equation
derivation.
A. Evolutionary algorithm
The proposed algorithm’s main objective is to discover a
Pareto-optimal set of equations regarding objective functions,
describing various aspects of equation quality. The algorithm
uses hyperparameters vectors of the single equation discov-
ery algorithm for multi-objective optimization. The previous
works have shown that the evolutionary algorithm, performing
the search of an equation, can converge to a single solution
or several equivalent equations if provided with enough it-
erations and correctly selected evolutionary operators. These
201
discovered equations are defined only by data and by the
hyperparameters of the algorithm, mainly sparsity parameters,
which limit the number of terms in the equation.
Before the fitness evaluation discussion, we provide the gen-
eral details of the evolutionary algorithm shall be introduced
without delving into the details of candidate equation quality
evaluations. The search process for the best equation form is
divided into several steps. At first, the evolutionary operators
are utilized to suggest a set of terms {a′1 c1 , ...a′k ck }, where
ci is the product of selected derivatives or modeled function,
while the products a′i are constructed from an allowed set of
(3) case-specific functions. Next, in a loop over the terms of the
equation in a set, the following procedure is performed: the
term is selected as a ”right part of the equation”, while other
ones are used to approximating it: the sparsity is applied, and
then the coefficients are refined. The overview of the EA is
presented in the form of Alg. 1.
In each algorithm launch, a total number of terms in the set
{a′1 c1 , ...a′k ck } is fixed for mutation and crossover evolution-
ary operators. Sparsity operator 4 has to be applied to set zero
coefficients to the additional terms in the set, absent in the
equation, describing the process. Here, the sparsity-promoting
technique, based on LASSO regression, is employed, although
other works indicate that the correlation can be used as an
indicator of term significance. In the operator description, β∗
and β refer to the sparse vector of real-valued intermediate
equation weights. The intermediate status is guided by the
nature of sparse regression, where the features and predicted
values have. λ is the sparsity constant, which is case of the
equation discovery regulates the number of terms with non-
zero coefficients. F is the matrix of left part terms, evaluated
on domain grid, while Ftarget is the vector of right part term.
β∗ = arg min ∥Fk β − Ftarget,k ∥22 + λ∥β∥1 (4)
β
The operation of sparse regression requires calculated li-
braries of the predictors. Thus the algorithm must have access
to the values of all possible equation factors in the grid, placed
in the studied domain. While the values of functions a′i (t, x)
can be calculated from the coordinates of the grid points, the
evaluation of derivatives has to be performed in the other way
to increase the overall speed of the algorithm.
Differentiation prepossessing method phase includes the
stage of the input data variable approximated by the fully-
connected artificial neural network. Then the outputs of ANN
for specific points are used in the finite-difference scheme to
evaluate the derivatives. The main advantage of using an inter-
mediate artificial neural network between data assimilation and
derivative calculation is its ability to filter out the input noise.
Finite-difference differentiation has the property of increasing
the magnitudes of noise. Thus to obtain reasonable values of
the derivatives, the data has to be smoothed beforehand. Other
preprocessing approaches include kernel (Gaussian) filtering
and fitting polynomials for the analytical differentiation, as
presented in Fig. 2.
 202

Data: set of tokens T = {T0 , T1 , ... Tn }, where T0

are derivatives and T1 , ... Tn are user-specified
functions, sparsity constant lambda
Result: partial differential equations
Randomly generate initial population of candidate
equations from tokens from set T ;
for individual in population do
right part idx = 0;
max f itness val = −inf ;
for target idx = 0 to terms number do
Apply sparse (LASSO) regression to find
intermediate coefficients β;
Apply linear regression to find correct
Fig. 2. Scheme of the possible preprocessing phases of the evolutionary
algorithm of PDE discovery. The alternative ways indicate alternative steps coefficients of the equations & get fitness
of the algorithm. The specific choice is dependent on prevalence of noise in value fit val;
data, time restraints, etc. if f it val > max f itness val then
max f itness val = f it val;
right part idx = target idx;
The final element of the proposed algorithm of equation else
discovery is the calculation of real-valued coefficients between pass
the terms, selected by the sparsity operator: {a′i ci | β∗i ̸= for epoch = 1 to epoch number do
0}. For these purposes, linear regression is employed, so the population.sort();
coefficients β are obtained. Remove worst solutions to maintain population
During the initialization of the evolutionary algorithm, a size;
random initial population of equations is constructed with Tournament selection of parents for recombination;
derivatives of the modeled function and a set of additional Apply recombination and mutation operators;
case-specific functions selected by the researcher. While oper- for new individual in offsprings do
ating with the EA, the ”phenotype” of an individual stands Use LASSO operator and linear regression to
for the equation it represents, while the ”genotype” under find the best partition into left & right parts
the current encoding paradigm is defined with the string of and calculate fitness (as above);
objects representing equation terms. These terms by them- Add new solutions into population;
Algorithm 1: The pseudo-code of a single equation dis-
selves consist of a string of factors. Some additional restric-
covery process
tions are imposed on the constructed terms to avoid some
undesired behavior of the algorithm. For example, all terms
must have the modeled function, or another function, specified
X
as meaningful for the model. In other cases, function type- L= a∗i (t, x)bi ci −→ min (5)
specific restrictions are necessary, e.g., the higher powers of i
∗ai ;ci
trigonometric functions must be avoided to prevent trigono-
The objective function, representing the quality of the
metric identity ”discovery” that obviously will have lower zero
proposed model, is evaluated as the L2-norm of discrepancy of
discrepancies than the other candidates and will be preferred
the right part of candidate equation term approximation with
by the algorithm.
the left part ones on the domain grid points. The overview of
During the search for the optimal structure of PDE, the the function is portrayed in Eq. 6
evolutionary operators of mutation and crossover are applied
to the population, as shown on the scheme of the algorithm.
The elitism is introduced to preserve the quality of the best ff itness = (||L||2 )−1
X
candidate solution. The scheme of evolutionary operators is = (|| (a∗i (t, x)bi ci ) − a∗i rhs (t, x)ci rhs ||2 )
−1 (6)
presented in Fig. 3. i̸=i rhs

While the equation discovery process, guided by this ob-

B. Equation discrepancy evaluation
The specifics of the task pose an unusual problem: the
question of selecting an objective function, which allows faster
and more reliable convergence of the evolutionary algorithm.
Previously, the only viable approach was the evaluation of
the quality of equation term approximation, i.e., solving the
optimization problem, stated on the Eq. 5.
jective function, on noiseless data can converge to the desired
candidate solution, several issues may arise in other cases.
First of all, the correct structure of the equation may not be
optimal from the sense of the introduced optimization metrics.
An example of such an occasion can be found during the
process of heat equation discovery Eq. 7.
ut = ∇(α∇u) (7)

Fig. 3. Scheme of the implemented evolutionary algorithm operators for tasks of partial differential equation discovery. As presented on the left, mutation
operator works by altering the existing solutions, while crossover operator, portrayed on the right, combines terms from selected equations.
Due to the properties of the equation, the second time
derivative of its solution is close to zero across the domain.
On the other hand, the second derivative in the extended heat
equation has a physical meaning in some physics applications.
The multi-objective optimization algorithm tends to converge
to the candidate utt = 0, which has low modeling error on
the input data, and complexity of 1 term, thus alone forming
Pareto non-dominated set. However, the predictive qualities of
this model are low, and integration of the equation will not
achieve the result. Such cases should be handled manually.
C. Solver-based approach
Another approach to evaluate the fitness function of a
partial differential equation is defined by using an automated
technique of PDE solution. In contrast to the conventional
algorithms of numerical differential equations solution (finite-
difference or spectral methods), we should process an arbitrary
candidate proposed by the evolutionary algorithm.
The quality of the evolutionary algorithm individual is
defined with the fitness function, stated in Eq. 8, where u
represents the data, and ue denotes the ANN approximation of
the equation solution.
u − u||2 )−1
ff itness = (||e
In line with the objective for the fitness function evaluation,
the equation solution process is performed on the fixed mesh
(ti , xi ) in the domain Ω, corresponding with the data points.
In most problems, the mesh is uniform, but an arbitrary
discretization can also be selected.
The PDE-solving algorithm requires correctly (at least
“domain-averaged” correctly) posed differential operator and
initial/boundary conditions, matching with the type of passed
boundary problem, expressed in Eq. 9, where for the modelled
function u(t, x), defined in domain (t, x) ∈ Ω ⊂ Rk+1 , where
k is the number of spatial dimensions. In the studied examples,
the cases of two dimensions (time and space) are analyzed,
but there are no strict limitations on the dimensionality.
L and b are correspondingly arbitrary (possibly, non-linear)
differential and boundary operators, with the latter defined on
the boundary Γ.
203
(
Lu(t, x) = f ;
(9)
bu(t, x) = g, (t, x) ∈ Γ
To simplify the discovery process, we state only Dirichlet-
type boundary conditions. While the choice of boundary condi-
tions not being a severe issue for the equations of up to second
order, where the problem statement does not diverge from
the conventional ones, this approach may face difficulties on
equations of higher orders. As a temporary way of providing
a PDE-solving algorithm with sufficient conditions, the field
values in additional areas inside the domain are utilized. For
example, if the equation has third order, the algorithm is
provided with values on boundaries and in the center of the
domain.
The equation solution task is reduced the optimization
problem, stated in Eq. 10, where || · ||i and || · ||j are norms
of arbitrary and not necessarily same orders i and j, and λ is
a constant.
u(t, x) − f ||i + λ||be
(||Le u(t, x) − g||) −→ min (10)
e
u
Due to numerical limitations, the differential operator L
(8)
is substituted by the approximate one L. In a generalized
approach to the PDE solution, the boundary operator b will be
substituted to the approximate operator b. However, as it was
stated earlier, the equation discovery process requires Dirichlet
boundary conditions, the definition of which does not cause
approximation errors. Calculations of partial derivatives for the
operators are done with the finite-difference scheme Eq. 11,
where for example, the first time derivative is considered. ∆t
denotes the time step of the domain grid.
∂eu(t, x) e(t + ∆t, x) − u
u e(t − ∆t, x)
= (11)
∂t 2 ∗ ∆t
In the stated problem the task is the selection of function
e(x, x), matching the minimum value of functional on Eq. 10.
u
For these purposes the parameterized function u e(t, x, Θ) :
Rk+1 →− R, where Θ = (θ1 , ..., θn params ) is the parameter
vector for this specific function type, is chosen. Generally,
 204

the class of parameterized function can be arbitrary. The

optimization problem can be posed as stated in the Eq. 12. ut + 6uux + uxxx = f (x, t) (13)

Following forcing, initial and boundary conditions as shown

u(t, x, Θ) − g||) −→ min (12)
u(t, x, Θ) − f ||i + λ||be
(||Le
Θ in Eq. 14 were applied.
In this research, fully-connected artificial neural network is
selected to represent the function ue(t, x, Θ). The question of f (x, t) = cos t sin x
selecting the best architecture of the ANN to represent the u(x, 0) = 0
PDE solution is not of interest in this work. The search for [uxx + 2ux + u] =0
x=0 (14)
parameter vector Θ is held by the training process of the
[2uxx + ux + 3u] =0
neural network. The details of the equation solver algorithms x=1
are presented in the Alg. 2 [5ux + 5u] =0
x=1

Data: Encoded equation and boundary conditions, The data for the numerical solution was obtained using the
initial NN model model Wolfram Mathematica 12.3 software to avoid any numerical
Result: Trained neural network model that errors and shown in Fig. 4.
approximates the solution
Compute model Sobolev space norm min norm;
for NN in cache do
Train model to repeat NN output;
Apply differential operator to trained model;
Compute Sobolev space norm norm curr if
norm curr < min norm then
model=trained model ;
min norm = norm curr
else
pass
while patience < threshold do
Apply differential operator to trained model;
Compute Sobolev space norm norm ;
if norm oscilates near the same value then
patience = patience + 1
if norm is not improved in improving patience
steps then
patience = patience + 1
Gradient descent step for model with respect to Fig. 4. Visualization of the Korteweg-de Vries equation solution, used during
norm; the experiments
Algorithm 2: The pseudo-code of an equation solver
algorithm While, as it was stated earlier, the convergence on noiseless
data was proved to be rather robust, the additional Gaussian
noise (ϵ ∼ N (µ = 0; σ = n ∗ ||u(t)||, n = 0.1, 0.2, ..., 0.9))
V. VALIDATION was added into the data for more detailed analysis of algorithm
The algorithm was tested on the synthetic data to evaluate performance. To assess the changes in algorithm behavior, the
the effects of the newly introduced PDE solver-based fitness success rate, manifesting in the fraction of algorithm launches,
function evaluation technique. The necessity of using synthetic when it converges to the correct equation (for one point on
data in the experiment is created by the fact, that for the the Pareto frontier), was utilized. The motivation behind the
validation purposes we need to know the true structure of selection of this metric was driven by the fact that it is
the equation. With this approach the performance of the consistent even for launches with different fitness function
algorithm on the experimental data can be evaluated with the evaluation approaches. The improvements were made only
success rate: fraction of independent launches, that result in in the selection operator, so no significant changes in the
the discovery of correct equations. By the correct results we coefficient calculation quality were made. For each of the noise
denote the equations with correct structure (i.e. set of terms), levels, 20 independent algorithm launches were commenced.
and with coefficients, that insignificantly (up to 5%) deviating The examples took forms of Pareto-frontiers, as presented in
form the ground truth. For these purposes, the solution of the Fig. 6
Korteweg-de Vries equation (Eq. 13) added was utilized. The From the success rate results, presented on the graph Fig. 5,
equation was solved on a grid of 31 × 31 points with the the interpretation can be made that on high-quality data, the
dimension t representing time and x - space. EA performance with both approaches tends to be similar.

Fig. 5. Dependency of the evolutionary algorithm success rate in response
to the noise in data. In the experiments, for each magnitude factor n the
Gaussian noise with the standard deviation of n ∗ ||u(t)| was added to the
solution of Korteweg-de Vries equation.
Fig. 6. An example of Pareto frontier, obtained from the multiobjective
optimization.
When the algorithm is applied to lesser quality data contain-
ing significant noise, the discrepancy-based method tends to
converge to incorrect structures, driven by high order deriva-
tives approximation errors. The robustness of the solver-based
approach allows it to have a considerably higher operational
threshold, which makes. This quality is vital for the algorithm
applications to real-world problems, where the significant
noise related to the measurement process is unavoidable.
One of the issues linked with the use of the algorithm,
solving partial differential equations to evaluate the quality of
the proposed candidate, is the significant increase in required
computational operations. Previously, to obtain the fitness
function value, a single L2 norm of the matrix had to be
calculated, while with the solver introduction, the algorithm
has to perform additional ANN training procedures during
every EA epoch.
VI. C ONCLUSION
This paper proposes a novel candidate solutions quality
evaluation method for the evolutionary algorithm of partial
differential equation discovery. The improvements were aimed
205
at increasing algorithm applicability to creating data-driven
models for dynamical systems. The objective function is
evaluated as the norm of PDE solution deviations from the
expected input values on some grid in the modeled domain.
The optimization-based method is employed to solve the
differential equation proposed by the EA. In accordance with
the specified differential and boundary operators, which define
the boundary problem, representing the dynamical system, it
can detect the parameters of function - solution of the equation.
The novel approach achieved better performance on artifi-
cially noised synthetic data, indicating that the evolutionary
algorithm can model natural processes and dynamical systems
based on the measurements datasets.
The direction of the future work on the related topic is
guided by the high computational costs of the proposed
approach. Its performance may be refined, and the program
realization may be optimized To increase the viability of
applying the evolutionary algorithm with PDE solver as the
fitness function evaluation tool to practical tasks. Another
promising approach is the application of techniques that reduce
the total number of required PDE solving launches by making
guesses of new candidate qualities compared to the previously
processed ones.
DATA AND CODE AVALIABILITY
The numerical solution data and the Python code that
partially reproduce the experiments are available at the GitHub
repository 1 .
ACKNOWLEDGEMENTS
This work was supported by the Analytical Center
for the Government of the Russian Federation (IGK
000000D730321P5Q0002), agreement No. 70-2021-00141.
R EFERENCES
[1] Jun He, Tianshi Chen, and Xin Yao, “On the easiest and hardest fitness
functions,” IEEE Transactions on evolutionary computation, vol. 19, no.
2, pp. 295–305, 2014.
[2] Schmidt Michael and Hod Lipson, “Distilling free-form natural laws
from experimental data,” Science, vol. 5923, pp. 81–85, 2019.
[3] H. Cao, L. Kang, Y. Chen, et al., “Evolutionary modeling of systems
of ordinary differential equations with genetic programming,” Genetic
Programming and Evolvable Machines, vol. 1, pp. 309–337, 2000.
[4] Sébastien Gaucel, Maarten Keijzer, Evelyne Lutton, and Alberto
TONDA, “Learning dynamical systems using standard symbolic regres-
sion,” in 17. European Conference EuroGP 2014, Grenade, Spain, Apr.
2014, vol. 8599 of Lecture Notes in Computer Science, p. np, Springer,
Chapitre 3.
[5] H. Schaeffer, R. Caflisch, C. D. Hauck, and S. Osher, “Learning
partial differential equations via data discovery and sparse optimiza-
tion,” Proceedings of the Royal Society A: Mathematical, Physical and
Engineering Science, 2017.
[6] Hayden Schaeffer, “Learning partial differential equations via data
discovery and sparse optimization,” Proc. R. Soc. A, vol. 473, no. 2197,
pp. 20160446, 2017.
[7] Samuel H. Rudy, Alessandro Alla, Steven L. Brunton, and J. Nathan
Kutz, “Data-driven identification of parametric partial differential
equations,” SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, vol. 18, no.
2, pp. 643–660, 2019.
[8] Linan Zhang and H. Schaeffer, “On the convergence of the sindy
algorithm,” Multiscale Model. Simul.,, vol. 17(3), pp. 948–972, 2019.
1 https://github.com/ITMO-NSS-team/EPDE
 206

[9] M Raissi, P Perdikaris, and GE Karniadakis, “Physics informed deep

learning (part ii): Data-driven discovery of nonlinear partial differential
equations,” arXiv preprint arXiv:1711.10566, 2017.
[10] Zichao Long, Yiping Lu, and Bin Dong, “Pde-net 2.0: Learning pdes
from data with a numeric-symbolic hybrid deep network,” Journal of
Computational Physics, vol. 399, pp. 108925, 2019.
[11] Mikhail Maslyaev, Alexander Hvatov, and Anna V Kalyuzhnaya, “Par-
tial differential equations discovery with epde framework: application for
real and synthetic data,” Journal of Computational Science, p. 101345,
2021.
[12] Hao Xu, Haibin Chang, and Dongxiao Zhang, “Dlga-pde: Discovery of
pdes with incomplete candidate library via combination of deep learning
and genetic algorithm,” Journal of Computational Physics, vol. 418, pp.
109584, 2020.
[13] Lu Lu, Xuhui Meng, Zhiping Mao, and George Em Karniadakis,
“Deepxde: A deep learning library for solving differential equations,”
SIAM Review, vol. 63, no. 1, pp. 208–228, 2021.
[14] Mikhail Maslyaev and Alexander Hvatov, “Multi-objective discovery of
pde systems using evolutionary approach,” in 2021 IEEE Congress on
Evolutionary Computation (CEC), 2021, pp. 596–603.
[15] Ke Li, Kalyanmoy Deb, Qingfu Zhang, and Sam Kwong, “An evolu-
tionary many-objective optimization algorithm based on dominance and
decomposition,” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, vol.
19, no. 5, pp. 694–716, 2014.

entropy
Article
Towards Generative Design of Computationally Efficient
Mathematical Models with Evolutionary Learning
Anna V. Kalyuzhnaya *, Nikolay O. Nikitin, Alexander Hvatov, Mikhail Maslyaev, Mikhail Yachmenkov and
Alexander Boukhanovsky






Citation: Kalyuzhnaya, A.V.;
Nikitin, N.O.; Hvatov, A.;
Maslyaev, M.; Yachmenkov, M.;
Boukhanovsky, A. Towards
Generative Design of
Computationally Efficient
Mathematical Models with
Evolutionary Learning. Entropy 2021,
23, 28.
https://dx.doi.org/10.3390/e23010028
Received: 9 November 2020
Accepted: 24 December 2020
Published: 27 December 2020
Publisher’s Note: MDPI stays neu-
tral with regard to jurisdictional claims
in published maps and institutional
affiliations.
Copyright: © 2020 by the authors. Li-
censee MDPI, Basel, Switzerland. This
article is an open access article distributed
under the terms and conditions of the
Creative Commons Attribution (CC BY)
license (https://creativecommons.org/
licenses/by/4.0/).
Entropy 2021, 23, 28. https://dx.doi.org/10.3390/e23010028
207
Nature Systems Simulation Lab, National Center for Cognitive Research, ITMO University, 49 Kronverksky Pr.,
197101 St. Petersburg, Russia; nnikitin@itmo.ru (N.O.N.); alex_hvatov@itmo.ru (A.H.);
mikemaslyaev@itmo.ru (M.M.); mmiachmenkov@itmo.ru (M.Y.); boukhanovsky@mail.ifmo.ru (A.B.)
* Correspondence: anna.kalyuzhnaya@itmo.ru
Abstract: In this paper, we describe the concept of generative design approach applied to the
automated evolutionary learning of mathematical models in a computationally efficient way. To
formalize the problems of models’ design and co-design, the generalized formulation of the modeling
workflow is proposed. A parallelized evolutionary learning approach for the identification of
model structure is described for the equation-based model and composite machine learning models.
Moreover, the involvement of the performance models in the design process is analyzed. A set
of experiments with various models and computational resources is conducted to verify different
aspects of the proposed approach.
Keywords: generative design; automated learning; evolutionary learning; co-design; genetic programming
1. Introduction
Nowadays, data-driven modeling is a very popular concept, first of all because of
many examples of the successful application for a wide range of tasks where we have data
samples which are sufficient for model training. However, originally the term “modeling”
assumes a wider meaning than just identifying numerical coefficients in equations. One
may say that modeling is an art of creation of mathematical (in the context) models that
describe processes, events, and systems with mathematical notation. And current successes
of artificial intelligence (AI) give the opportunity to come closer to the solution of the task
of mathematical modeling in this original formulation.
For this purpose we may use an approach of generative design that assumes open-
ended automatic synthesis of new digital objects or digital reflections of material objects
which have desired properties and are aligned with possible restrictions. Open-ended
evolution is a term that assumes ongoing generation of novelty as new adaptations of spec-
imens, new entities and evolution of the evolvability itself [1]. We assume that new objects
are objects with essentially new features that appeared during the adaptation process and
that can’t be obtained with simple tuning or recombination of initially known parameters.
Other words, it is an approach that aims of algorithmic “growing” of a population of new
objects when each of them is aligned with restrictions and have desired properties, to
some extent. However, only the objects which could maximize the measure of fitness will
be used for their intended purpose. The generative design is a well-known concept for
creation of digital twins of material objects [2]. The same idea can be applied to mathe-
matical models [3]. Indeed, it is known that we may grow mathematical expressions that
approximate some initial data with a symbolic (usually polynomial) regression approach.
However, if we look at mathematical expressions in a wider perspective we may admit
that expressions could be different even much more complicated. For example, we may try
to apply this approach to the problem of searching for an equation of mathematical physics
that is able to describe observed phenomena. Or, we may want to create in an automated
https://www.mdpi.com/journal/entropy
 208

Entropy 2021, 23, 28 2 of 26

way a complicated data-driven model that consists of many single models and feature
processing stages. Tasks in both examples can be formalized as the generative design of
computer models.
Both of cases (model as mathematical equation and complicated data-driven models)
have their own spheres of application, but they also can be joined as composite models. In
machine learning the composite model case often is described in terms of the multi-model
data-driven pipelines. If a single data-driven model cannot provide appropriate results,
various ensembling techniques like stacking or blending are applied [4]. To achieve better
quality, complex modeling pipelines can be used, that include different pre-processing
stages and can contain several types of models. A generalization of ensembling approaches
is the composite model concept [5]. A composite model has a heterogeneous structure, so
it can include models of different nature: machine learning (ML), equation-based, etc. [6].
A design of a composite model can be represented from an automated ML (AutoML)
perspective that may use a genetic algorithm for learning the structure. The evolutionary
learning approach seems to be a natural and justified choice because of several reasons.
First of all, the idea of generative design refers to the possibility of controlled open-ended
evolution under a set of restrictions. After that, genetic algorithms give flexible opportuni-
ties for treating mixed problems with combinatorial and real parts of a chromosome.
However, the design of the composite model may depend on different factors: the
desired modeling quality, computational constraints, time limits, interpreting ability re-
quirements, etc. It raises the problem of co-design [7] of the automatically generated
composite models with the specific environment. Generative co-design is an approach
which allows to synthesize jointly a set (mostly a pair) of objects that will be compatible
with each other. In context of this article these are mathematical models and computational
infrastructure. The conceptual difference between the generative design (that builds the
model on a basis of dataset only) and the generative co-design (that takes into account both
data and infrastructure) is illustrated in Figure 1. The structure of composite models can be
very complex, so it is complicated to construct the models in an expert way. For this reason,
different optimization techniques are used for the structural learning of the model. Usually,
the objective function for optimization is aimed to minimize the error of the predictions
obtained from the candidate model [8].

Model design
Graph Genec
Input Quality measures
structure programming
data Output
Func
onal Structural
complexity Machine learning data
blocks
measures
Computaonal
Infrastructure Quan tave Performance Hyperparameter
parameters measures opmisaon

Genotype Phenotype Methods

Generave co-design

Generave design

Figure 1. The description of the generative co-design concept: the different aspects of the model design (genotype,
phenotype, and the identification methods); the pipeline of the data-driven modeling; the difference between classical
design approach and co-design approach.
 209

Entropy 2021, 23, 28 3 of 26

The paper is organized as follows. Section 2 describes the existing approaches to the
design of models. Section 3 provides the mathematical formulation for the model’s design
and co-design tasks and associated optimization problems. Section 4 described the actual
issues of generative co-design for the mathematical models. Section 5 provides the results
of experimental studies for different applications of generative design (composite models,
equation-based models, etc). The unsolved problems of co-design and potential future
works are discussed in Section 6. Section 7 provides the main conclusions.

2. Related Work
An extensive literature review shows many attempts for mathematical models design
in the different fields [9,10]. In particular, the methods of the automated model design
is highly valuable part of the various researches [11]. As an example, the equation-free
methods allow building the models that represent the multi-scale processes [12]. Another
example is building of the physical laws from data in form of function [13], ordinary
differential equations system [14], partial differential equations (PDE) [15]. The application
of the automated design of ML models or pipelines (which are algorithmicaly close notions)
are commonly named AutoML [8] although most of them work with models of fixed
structure, some give opportunity to automatically construct relatively simple the ML
structures. Convenient notation for such purpose is representation of a model as a directed
acyclic graph (DAG) [16]. Another example of popular AutoML tool for pipelines structure
optimization is TPOT [17].
To build the ML model effectively in the complicated high-performance environ-
ment [18], the properties of both algorithms and infrastructure should be taken into ac-
count. It especially important for the non-standard infrastructural setups: embedded [19],
distributed [20], heterogeneous [21] systems. Moreover, the adaptation of the model design
to the specific hardware is an actual problem for the deep learning models [22,23].
However, the application of co-design approaches [24] for the generative model
identification in the distributed or supercomputer environment [25,26] is still facing a
lot of issues. For example, the temporal characteristics of the designed models should
be known. The estimations of fitting and simulation time of the data-driven models can
be obtained in several ways. The first is the application of the analytical performance
models of the algorithm [27]. The identification of the analytical performance models can
be achieved using domain knowledge [28]. However, it can be impossible to build this
kind of model for the non-static heterogeneous environment. For this reason, the empirical
performance models (EPMs) are highly applicable to the different aspects of the generative
model design [29]. Moreover, the effective estimation of execution time is an important
problem for the generation of optimal computational schedule [30] or the mapping of
applications to the specific resources [31].
The execution of the complex resource-consuming algorithms in the specific infras-
tructure with limited resources raises the workflow scheduling problem [32]. It can be
solved using an evolutionary algorithm [33] or neural approaches [34].
It can be noted that the existing design and co-design approaches are mostly focused
on the specific application and do not consider the design for the different types of mathe-
matical models. In the paper, we propose the modified formulation of this problem that
allows applying the generative design and co-design approaches to the different tasks
and models.

3. Problem Statement
A problem of the generative design of mathematical models requires a model repre-
sentation as a flexible structure and appropriate optimization methods for maximizing a
measure of the quality of the designed model. To solve this optimization problem, different
approaches can be applied. The widely used approach is based on evolutionary algorithms
(e.g., genetic optimization implemented in TPOT [35] and DarwinML [16] frameworks) be-
cause it allows solving both exploration and exploitation tasks in a space of model structure
 210

Entropy 2021, 23, 28 4 of 26

variants. The other optimization approaches like the random search of Bayesian optimiza-
tion also can be used, but the populational character of evolutionary methods makes it
possible to solve the generative problems in a multiobjective way and produce several
candidates model. Such formulation also can be successfully treated with the evolutionary
algorithms or hybrid ones that combine the use of evolutionary operators with additional
optimization procedures for increasing of robustness and acceleration of convergence. In
this section, we describe the problem of generative co-design of mathematical models and
computational resources in terms of the genetic programming approach.
A general statement for numerical simulation problem can be formulated as follows:

Y = H( M| Z ), (1)

where H is an operator of simulation with model M on data Z.

In the context of problem of computer model generative design, the model M should
have flexible structure that can evolve by changing (or adding/eliminating) the properties
of a set of atomic parts (“building blocks”). For such task, the model M can be described as
a graph (or more precisely as a DAG):

M = hS, E, { a1:| A| }i, (2)

D n oE
with edges E that denoted relations between nodes S, a1:| A| that characterize func-
n o
tional properties S of atomic blocks and set of their parameters a1:| A| .
In terms of evolutionary algorithms each specimen d p in population D of computer
model can be represented as a tuple that consists of phenotype Y, genotype M and fitness
function ϕ( M ):


d p = Yp , M p , ϕ M p , D = d p , p ∈ [1 : | D |] . (3)
Genotype M should be mapped on plain vector as a multi-chromosome that consists of
three logical parts: functional properties, setsof their parameters, relations between blocks:
D E n o n o n o n o  
M p = S p , E p , { Ak } p = s1:|S p | , e1:| E p | , a1:|S p || A | , Ak = a1:| Ak | , k ∈ 1 : S p . (4)
p p k p k

The genotype is also illustrated in Figure 2.

func onal properes

S1
A1 atomic block
set of parameters e1
S2 Sk
Individual A2 e2 Ak relaons between blocks

S3 e3 e
A3 ... r

func
ons parameters edges

S1 S2 S3 ... S|s | a11 ... a1|A |,1 ... a1,|S | ... a|A |,|S | e1 ... er
p 1 p p p

Figure 2. The structure of the genotype during evolutionary optimization: functional properties, set of parameters and
relations between atomic blocks.
 211

Entropy 2021, 23, 28 5 of 26

An important property is that S p , A p , E p 6= const, what means varying over-

all size of chromosome (and its structure). Such property makes this approach is really
open-ended and consistent with idea of model evolution because it give an opportunity
to synthesize the models with truly new features instead of simple recombination and
optimization of existed ones. Technically open-endedness here refers to the ability of
generative design algorithms to expand or narrow a combinatorial search space in the
process of optimization with evolutionary operators. This leads to need of special real-
izations for crossover and mutation
D operators.
n o EAs the chromosome M p is a ordered set
with the structure fixed in a tuple S, a1:| A| , E it is necessary to preserve this structure
after crossover and mutation. That’s why these operators are written relative to the graph
structure and influence on the parts of chromosome that describe the node or a set of nodes
with associated edges (sub-graphs). We may  say
n thatoeach
 single node can be described
as some function with parameters yk = f k x, a1:| A| . And mutation of function f k
k
performs symbolic changes in the mathematical expression that results in extension of
range of limits of initial genes.
So, the task of mathematical model generative design can be formulated as optimiza-
tion task:

pQ max ( M∗ ) = max f Q M| I + , Tgen ≤ τg , M = M p , (5)
M

where f Q is a fitness function that characterizes quality generated mathematical and pQ max
is a maximal value of fitness function, model M is a space of possible model structures,
I + - actual computational resources, Tgen is time for model structure optimization critical
threshold τg . In such formulation we try to design the model with the highest quality, but
we need to rely optimization to single configuration of computational resources. This factor
is a strong limitation for the idea of generative design because this idea assumes flexibility
of searched solution including the possibility to find the most appropriate for applied task
combination of model structure and computational resources. The concept was illustrated
on Figure 1.
Model and computational infrastructure co-design may be formulated as follows:

 
pmax ( M∗ , I ∗ ) = max F M, I | Tgen ≤ τg , I = Iq , M = M p , (6)
M,I

where I is a set of infrastructure features, F is a vector fitness function that characterize a

trade off between a goodness of fit and computational intensity of model structure. Vector
function F consists of quality function f Q and time function f T that is negative for correct
maximization:

F ( M, I ) = f Q ( M, I ), − f T ( M, I ) . (7)
The time function f T is a function that shows expected execution time of the model that is
being synthesized with generative design approach. As the model M is still in the process
of creation at the moment we want to estimate F, the values of f T may be defined by
performance models (e.g., Equation (9)). The example of the model selection from the
Pareto frontier on a basis of pmax and τc constraints is presented is Figure 3. It can be seen
that model M4 has the better quality but it does not satisfy the execution time constraint τc .
However, in most of cases correct reflection of infrastructure properties to model per-
formance is quite complicated task. In described case when we need, first, to generate the
model with appropriate quality and vital limitations for computation time, we have several
issues: (1) we may be not able to estimate model performance with respect to certain infras-
tructure in straight forward way and as a consequence we need performance models; (2) es-
timation of the dependency between model structure and computational resources reflects
only mean tendency due to number of simplifications in performance models and search for
minima on such uncertain estimations lead to unstable convergence to local minima. Due to
these issues the formulation of optimization for co-design
on stage of model building may

be simplified to single criteria problem F M, I | Tgen ≤ τg ≈ F 0 M| TM ≤ τ, Tgen ≤ τg
 212

Entropy 2021, 23, 28 6 of 26

with change of direct usage of infrastructure features to estimated time of model execution
via performance models TM ≈ T = f T ( M, I ):


p̂max ( M∗ ) = max fˆQ M| TM ≤ τc , Tgen ≤ τg , (8)
M

where f Q is single criteria fitness function that characterize goodness of fit of model with
additional limitations for expected model execution time TM and estimated time for
structural optimization Tgen .

Figure 3. Pareto frontier obtained after the evolutionary learning of the composite model in the “quality-execution time”
subspace. The points referred as M1 - M4 represent the different solutions obtained during optimization. pmax and τc
represent quality and time constraints.

In the context of automated models building and their co-design with computational
resources, performance models (PM) should be formulated as a prediction of expected
execution time with the explicit approximation
n o of a number of operations as a function
of computer model properties S, a1:|S| and infrastructure I parameters. However, for
different computer models classes, there are different properties of performance models. In
the frame of this paper, we address the following classes of models: ML models, numerical
models (based on the numerical solution of symbolic equations), and composite models
(that may include both ML and numerical models).
For ML models PM can be formulated as follows:
" #
PM OMLi,it
TML ( Z, M) = maxi ∑ + O ( I ), (9)
it
Vi ( I ) + Consti ( I )

where OML = OML( Z, M) is an approximate number of operations for data-driven model

with data volume Z and parametric model M, it—iterator for learning epoch, Vi ( I ) is for
performance of i0 th computational node in flops, Consti ( I ) is for constant overheads for
i0 th node in flops, O( I ) is for sequential part of model code.
 213

Entropy 2021, 23, 28 7 of 26

D n oE
According to structure M = S, E, a1:|S| for data driven-model case, duple hS, Ei
characterize structural
n o features of models (e.g., activation functions and layers in neural
networks) and a1:|S| characterize hyper-parameters.
For numerical models PM can be formulated as follows:
 
PM ONi
TNum ( R, M) = maxi + O ( I ), (10)
Vi ( I ) + Consti ( I )

where ON = ON ( R, M)is an approximate number of operations for numerical model. In

distinction with ML models they are not required for learning epochs and do not have
strong dependency from volume of input data. Instead of this, there are internal features of
model M, but it is worth separately denote computational grid parameters R. They include
parameters of grid type, spatial and temporal resolution. Among the most influential
model parameters M there are type and order of equations, features of numerical solution
(e.g., numerical scheme, integration step, etc.).
For composite models PM total expected time is a sum of expected times for sequential
parts of model chain:
 
PM
OCi,j
TComp ( R, Z, M) = ∑ maxi Vi ( I ) + Consti ( I )
+ O ( I ), (11)
j

where expected time prediction for each sequential part is based on properties of appropri-
ate model class: 
OML, i f model is ML
OC = . (12)
ON, i f model is numerical

4. Important Obstacles on the Way of Generative Co-Design Implementation

It may seem that the problem statement described above gives us a clear vision of an
evolutionary learning approach for generative design and co-design. However, several
subtle points should be highlighted. This section is devoted to a discussion of the most
interesting and challenging points (in the authors’ opinion) that affect the efficiency or
even the possibility of implementation the generative design (and co-design) approach for
growing new mathematical models.

Issue 1. Numerical Methods for Computation of Designed Arbitrary Function

Open-ended realization of automated symbolic model creation with a generative
design approach leads to the possibility of getting an unknown function as a resulted
model. On the one hand, it gives interesting perspectives to create the new approximations
of unknown laws. However, on the other hand, this possibility leads to the first conceptual
problem of the generative design of mathematical models and a serious stumbling block
on the way to implementing this idea. This problem is the need to calculate an arbitrary
function or get the numerical solution of an arbitrary equation.
The choice of the numerical method for a given problem (discovered algebraic, or-
dinary differential, partial differential equation equations) is the crucial point. In most
cases, the numerical method is designed to solve only several types of equations. When
the numerical method is applied to the problem type, where convergence theorem is not
proved, the result may not be considered as the solution.
As an example, solution of the partial difference equations using the finite difference
schemes. For brevity, we omit details and particular equations, the reader is referred
to [36] for details. The classical one-dimensional diffusion equation has different schemes,
in particular, explicit, implicit, Crank-Nicolson scheme. Every scheme has a different
approximation order and may lead to different solutions depending on the time-spatial
grid taken. If the Crank-Nicolson spatial derivative scheme is taken to solve another
equation, for example, the one-dimensional string equation, then the solution will also
 214

Entropy 2021, 23, 28 8 of 26

depend on the time-spatial grid taken, however, in another manner. It leads to the general
problem that the particular finite schemes cannot be used for the general equation solution.
The second approach is to approximate a solution with a neural network, which
somewhat mimics the finite element method. The neural networks are known as universal
approximators. However, their utility for differential equations solution is still arguable.
The main problem is that the good approximation of the field is not necessary leads to
the good derivative approximation [37]. There is a lot of workarounds to approximate
derivatives together with the initial field, however, it is done with the loss of generality.
The possible promising solution is to combine optimization methods, local neural
network approximation, and classical approach [38]. However, there is still a lot of the
“white spots”, since the arbitrary equation means a strongly non-linear equation with
arbitrary boundary conditions. Such a generality cannot be achieved at the current time
and requires a significant differentiation, approximation, and numerical evaluation method
development. The illustration examples of the inverse problem solution are shown in
Section 5.1.

Issue 2. Effective Parallelization of Evolutionary Learning Algorithm

The procedure of generative design has high computation cost, thus effective algo-
rithm realization is highly demanded. Efficiency can be achieved primarily by parallelizing
the algorithm. As discussed generative algorithm is implemented on a base of the evolu-
tionary approach, so the first way is a computation of each specimen d p in a population in
a separate thread. Strictly speaking, it may be not only threads, but also separate computa-
tional nodes for clusters, but not to confuse computer nodes with nodes of a model graph
M p , here and further we will use the term “thread” in a wide sense. This way is the easiest
for implementation but will be effective only in the case of cheap computations of objective
function ϕ( M ). D n oE
The second way is acceleration of each model M p on the level of its nodes S, a1:| A|
with possibility of logical parallelized. However, this way seems to be the most effective if
we have uniform (from the performance point of view) nodes of models M p and computa-
tional intensity appropriate for used infrastructure (in other words, each node should be
computed in a separate thread in acceptable time). Often for cases of composite models
and numerical models, this condition is becoming violated. Usually, the numerical model
is consists of differential equations that should be solved on large computational grids.
And composite models may include nodes that are significantly more computationally
expensive than others. All these features lead us to take into account possibility of par-
allelization of generative
D n algorithm
oE on several levels: (1) population level, (2) model M p
level, (3) each node S, a1:| A| level; and make an adaptation of algorithm with respect
to certain task.
Moreover, for the effective acceleration of the generative algorithm, we may take into
account that most of the new composite models are based on nodes that are repeated nu-
merously in the whole population. For such a case, we may provide storage for computed
nodes and use them as results of pre-build models. The illustration of an ineffective and an
effective parallelization setups described above is shown in the Figure 4.
The set of experiments that illustrates the problem raised in this issue and proposes
the possible solutions is presented in Section 5.2.2.

Issue 3. Co-Design of an Evolutionary Learning Algorithm and Computational Infrastructure

In the frame of this research, the problem of co-design appears not only for the question
of automatic creation of the computer model but also for the generative optimization
algorithm itself. In Equation (8) we described co-design of generated model regarding the
computational resources using estimation of model execution time TM . Separate problem
is adaptation of generative evolutionary algorithm regarding the computational resources
and specific traits of the certain task. In formulation Equation (8) it was only accounted
for by the restriction to the overall time Tgen for model generation. However, the task
 215

Entropy 2021, 23, 28 9 of 26

can be formulated as search for generative evolutionary algorithm that is able to find
the best model structure M in limited time Tgen . This task can be solved by optimization
of hyper-parameters, evolutionary operators (and strategy of their usage) for generative
optimization algorithm and formulated as meta-optimization problem over a set of possible
algorithms U that are defined by a set of strategies B:
n o
U = {u( B)}, B = b1:| B| , b = h H, Ri, (13)

u∗ = u(b∗ ) = arg max F (u(b)| Tgen ≤ τg ), (14)

b

where F is a meta-fitness function and each strategy b is defined by evolutionary op-

erators R and hyper-parameters H. Evolutionary operators also my be described as
hyper-parameters but here we subdivide them in separate entity R.

Figure 4. Setup that illustrates inefficiency of the parallel evolution implementation due to fitness function computation
complexity.

For the model’s generative design task, the most expensive step usually refers to the
evaluation of the fitness function value [6]. The calculation of the fitness function for the
individuals of the evolutionary algorithm can be parallelized in different ways that are
presented in Figure 5.

Fitness evaluation for the

population
Synchronous approach Asynchronous approach

Individuals Individuals

[ X1, X2, X3, X4, X5, X6, X7, X8, X9, X10, X11, X12 ] [ X1, X2, X3, X4, X5, X6, X7, X8, X9, X10, X11, X12 ]
manager

Unit 1 Unit 2 Unit 0

Unit 0 Unit 3
Unit 0 Unit 3
Unit 1 worker
worker

worker
Figure 5. Approaches to the parallel calculation of fitness function with the evolutionary learning algorithm: (a) syn-
chronously, each element of the population is processed at one node until all is processed (b) asynchronously, one of the
nodes controls the calculations in other nodes.
 216

Entropy 2021, 23, 28 10 of 26

The described approaches can be used for the different variants of the computational
environment used for the generation of the models. The practical application of the
generated models with the complex structure almost always difficult because of the high
computation complexity of the numerical model-based simulations.
There are several groups of models that can be separated by the simulation pipeline
structure. For the data-driven model, the computational cost of the fitting (identification)
stage is higher than for the simulation stage. For the equation-based numerical models
with rigid structure, there is no implicit fitting stage, but the simulation can be very expen-
sive. In practice, different parallelization strategies can be applied to improve simulation
performance [39].
The set of experiments that provides the examples to the problem raised in this issue
can be seen in Section 5.3.

Issue 4. Computational Strategies for Identification of Graph M

D n oE
The problem of DAG M = S, E, a1:|S| identification has two sides. First of all, the
task of structural and parametric optimization of model M has exponential computational
complexity with the growth of nodes number. Even if the functional structure hS, Ei of the
composite model
n is already identified, there is a computationally expensive problem of
o
parameters a1:|S| (or hyperparameters in ML terms) tuning.
However, except
D for the
n computational
o E intensity, there is a problem of searching the op-
∗
timal set of values S∗ , E∗ , a1:|S| in a space of high dimension (when chromosome has
great length from tens to hundreds of values). This leads to unstable results of optimization
algorithm because of the exponential growth of possible solutions in a combinatorial space
(some parameters could be continuous but they are discretized and generally problem may
be treated as combinatorial). One of the obvious ways for dealing with such a problem is
local dimensionality reduction (or segmentation of the whole search space). This could be
done with the application of various strategies. For example, we may simplify the task and
search with generative algorithm only functional parts, and parameters (hyperparameters)
may be optimized on the model execution stage (as discussed in Section 6). Such a way is
economically profitable but we will get a result with lower fitness. An alternative variant is
to introduce an approach for iterative segmentation of the domain space and greedy-like
search on each batch (Section 5.4).
Another point should be taken into account, the structure of DAG with directed
edges and ordered nodes (composite model with primary and secondary nodes) leads to
the necessity of introducing the sequential strategies for parameters tuning. Despite the
tuning can be performed simultaneously with the structural learning, there is a common
approach to apply it for the best candidates only [16]. Unlike the individual models tuning,
the tuning of the composite models with graph-based structure can be performed with
different strategies, that are represented in Figure 6.
Tun
a) b) ing
ste
1
1
p
1
T T
M
Data

M
Data

1 2 1 2
T Tuning step 2
T
1 1
T
3
T Tun
in gs
tep

T - Tuning quality evalua
on M - Modeling result

Figure 6. The different strategies of hyper-parameters tuning for the composite models: (a) individual tuning for each
atomic model (b) the tuning of the composite model that uses secondary models to evaluate the tuning quality for the
primary models.
 217

Entropy 2021, 23, 28 11 of 26

The experiment that demonstrates the reduction of the search space for the composite
model design by the application of the modified hyperparameters tuning strategy for the
best individual is described in Section 5.4.

Issue 5. Estimation of PM for Designed Models

Analytic formulations of PM show expected execution time that is based on relation
between approximate number of operations and computational performance of certain
infrastructure configuration.
D n The
oEproblem is to estimate this relation forall pairs from model
structures M = S, E, a1:| A| and computational resources I = Iq with respect to
input data Z because we need to make estimations of OML, ON and OC (depending on the
class of models). Generally, there are two ways: (1) estimation of computational complexity
(in O notation) for each model M, (2) empirical performance model (EPM) estimation of
execution time for every specimen h M, I, Z i. The first option gives us theoretically proved
results, but this is hardly may be implemented in case of models’ generative design when
we have too many specimens h M, I, Z i. The second option is to make a set of experimental
studies for specimens h M, I, Z i execution time measurements. However, in this case, we
need to make a huge number of experiments before we start the algorithm of generative co-
design and the problem statement becomes meaningless. To avoid numerous experiments,
we may introduce estimation of EPM that consists of two steps. The first one is to estimate
relation between time TM and volume of data Z: TNum PM ( M, Z, I ) ≈ T EPM ( Z | M, I ). To
Num
EPM
simplify identification of TNum ( Z | M, I ), we would like to approximate this with a linear
function with non-linear kernel ψ( Z ):

W
EPM
TNum ( Z|M, I ) = ∑ ωw ψw ( Z ), (15)
w =1

where W is a number of components of linear function. The second step is to use

EPM ( Z|M, I ) to estimate relation between execution time and infrastructure I:
value of TNum
EPM EPM ( I | M, Z ). For this purpose we should make even a raw estimation
TNum ( Z | M, I ) → TNum
of number of operations OML, ON and OC.
On the example of EPM for numerical model (Equation (10)) we can make the follow-
ing assumptions:

O( I ) ≈ 0, Consti ( I ) ≈ 0, V = meani (Vi ( I )), ON = meani (ONi ), (16)

   
ONi ONi
maxi = meani , (17)
Vi ( I ) + Consti ( I ) Vi ( I ) + Consti ( I )
and get the following transformations for raw estimation of overall number of operations
nON with respect to n computational nodes:
PM
nON ( M, Z ) = nTNum ( M, Z, I )V ( I ), i ∈ [1 : n]. (18)

It is worth nothing that the obvious way to improve accuracy of estimation nON is to
use for experimental setup resources with characteristics of computational performance
close to V = meani (Vi ( I )) and task partitioning close to ON = meani (ONi ). Getting the
estimation of nON and infrastructure parameters Vi ( I ), Consti ( I ), O( I ) we may go to raw
estimation:  
EPM αi nON ( M, Z )
TNum ( M, Z, I ) = maxi + O ( I ), (19)
Vi ( I ) + Consti ( I )
where αi is coefficient for model partitioning. Similar transformations could be made for
other models.
The experiments devoted to the identification of the empirical performance models
for both atomic and composite models are provided in Section 5.5.
 218

Entropy 2021, 23, 28 12 of 26

5. Experimental Studies
The proposed approaches to the co-design of generative models cannot be recognized
as effective without experimental evaluation. To conduct the experiments, we constructed
the computational environment that includes and hybrid cluster and several multiprocessor
nodes that can be used to evaluate different benchmarks.
A set of experiments have been held with the algorithm of data-driven partial dif-
ferential equation discovery to analyze its performance with different task setups. All
experiments were conducted using the EPDE framework described in detail in [15].
The other set of experiments devoted to the automated design of the ML models
was conducted using the open-source Fedot framework (https://github.com/nccr-itmo/
FEDOT). The framework allows generating composite models using evolutionary ap-
proaches. The composite model generated by the framework can include different types
of models [6]. The following parameters of the genetic algorithm were used during the
experiments: maximum number of the generations in 20, number of the individuals in
each population is 32, probability of mutation, probability of mutation is 0.8, probability
of crossover is 0.8, maximum arity of the composite model is 4, maximum depth of the
composite model is 3. More detailed setup is described in [40].

5.1. Choice of the Model Evaluation Algorithm

The first group of experiments is connected with the Issue 1 that describes the different
aspects of numerical computation of designed models.
For example, the problem of data preprocessing for partial differential equations
models, represented by the calculation of derivatives of the input field, is of the top priority
for the correct operation of the algorithm: the incorrect selection of tools can lead to
the increasing magnitudes of the noise, present in the input data, or get high values of
numerical errors. The imprecise evaluation of equation factors can lead to cases, when the
wrong structure has lower equation discrepancy (the difference between the selected right
part term and the constructed left part) and, consequently, higher fitness values, than the
correct governing equation.
However, the versatility of the numerical differentiation adds the second criterion on
the board. The finite differences require a lot of expertise to choose and thus their automatic
use is restricted since the choice of the finite difference scheme is not a trivial task that
requires either a fine grid to reduce the error or choice of the particular scheme for the
given problem. Both ways require extended time.
Artificial neural networks (ANN), used to approximate the initial data field, are an
alternative to this approach, which can have a number of significant advantages. To get the
fields of derivatives, we utilize the automatic differentiation, that is based on the approach,
similar to the chain differentiation rule from the elementary calculus, and is able to combine
the evaluated values of derivatives of a function, comprising the neural network to get
the “correct” values of derivatives. In contrast to the previously used method of analytical
differentiation of polynomials, the automatic differentiation is able to get mixed derivatives.
From the performance point of view, the advantages of the artificial neural networks lie in
the area of ease of parallelization of tensor calculations and the use of graphical processing
units (GPU) for computation.
However, the task setup has a number of challenges in the approach to ANN training.
First of all, the analyzed function is observed on a grid, therefore, we can have a rather
limited set of training data. The interpolation approaches can alter the function, defining
the field, and the derivatives, in that case, will represent the structure of the interpolating
function. Next, the issue of the approximation quality remains unsolved. While the ANN
can decently approximate the function of one variable (which is useful for tasks of ordinary
differential equations discovery), on the multivariable problem statement the quality of the
approximation is relatively low. The example of approximation is presented in Figure 7.
In the conducted experiments [41] we have used the artificial neural network with the
following architecture: the ANN was comprised of 5 fully connected layers of 256, 512,
 219

Entropy 2021, 23, 28 13 of 26

256, 128, 64 neurons with sigmoid activation function. As the input data, the values of the
solution function for a wave equation (utt = αu xx ), solved with the implicit finite-difference
method, have been utilized. Due to the nature of the implemented solution method, the
function values were obtained on the uniform grid. The training of ANN was done for a
specified number of epochs (500 for the conducted experiments), when of the each epoch
the training batch is randomly selected as a proportion of all points (0.8 of the total number
of points). To obtain the derivatives, the automatic differentiation methods, implemented
in the Tensorflow package are applied to the trained neural network.

0.8

0.6

0.4
y

0.2

approximation by ANN
0.0 solution of the equation

0 1 2 3 4 5
x

(a) (b)
Figure 7. Comparison of the equation solution and its approximation by artificial neural networks (ANNs) for a time slice
(a) and heatmap of the approximation error (u approx − utrue ) (b).

Even with the presented very good approximation of the original field, the first
derivatives (Figure 8) are obtained with decent quality and may serve as the building
blocks. However, it is seen that the derivative field is significantly biased.

automatic differentiation by ANN 0.6 automatic differentiation by ANN

0.0
polynomial differentiation polynomial differentiation

0.4
−0.2

0.2
−0.4
y

0.0
−0.6

−0.2
−0.8

−0.4
−1.0

0 1 2 3 4 5 0 1 2 3 4 5
x x

(a) ut (b) u x
Figure 8. Comparison of derivatives obtained by polynomial differentiation and by symbolic regression for first time
derivative (a) first spatial derivatives (b) for a time slice (t = 50).

Further differentiation amplifies the error. The higher-order derivatives shown in

Figure 9 cannot be used as the building blocks of the model and do not represent the
derivatives of the initial data field.
 220

Entropy 2021, 23, 28 14 of 26

1.0 automatic differentiation by ANN

2.0
polynomial differentiation
0.5
1.5

0.0
1.0
−0.5
automatic differentiation by ANN
y

y
polynomial differentiation 0.5
−1.0

−1.5 0.0

−2.0 −0.5

−2.5
−1.0
0 1 2 3 4 5 0 1 2 3 4 5
x x

(a) utt (b) u xx

Figure 9. Comparison of derivatives obtained by polynomial differentiation and by symbolic regression for second time
derivative (a) second spatial derivatives (b) for a time slice (t = 50).

Both of the implemented differentiation techniques are affected by numerical errors,

inevitable in the machine calculations, and contain errors, linked to the limitations of the
method (for example, approximation errors). To evaluate the influence of the errors on
the discovered equation structure, the experiments were conducted on simple ordinary
differential Equation (ODE) (20) with solution function (21).

dx
L(t) = x (t) sin t + cos t = 1, (20)
dt
x (t) = sin t + C cos t. (21)
We have tried to rediscover the equation, based on data, obtained via analytical
differentiation of function (21), application of polynomial differentiation, and with the
derivative, calculated by automatic differentiation of fitted neural network. The series of
function values and the derivatives are presented in Figure 10. Here, we can see, that the
proposed ANN can decently approximate data; the analytical & polynomial differentiation
obtains similar fields, while automatic differentiation algorithm may result in insignificant
errors. 10 independent runs of the equation discovery algorithm have been performed
for each derivative calculation method, and the results with the lowest errors have been
compared. For the quality metric, the Mean Square Error of the vector, representing
the discrepancy of the function x̄ (t), which is the solution of discovered on data-driven
equation M(t) = 0 with aim of | M(t)| − → min, evaluated on the nodes of the grid was used.
While all of the runs resulted in the successful discovery of governing equations, the is-
sues with such equations are in the area of function parameters detection and calculating the
correct coefficients of the equation. The best result was achieved on the data from analytical
differentiation: MSE = 1.452 · 10−4 . The polynomial differentiation got the similar quality
MSE = 1.549 · 10−4 , while the automatic differentiation achieved MSE = 3.236 · 10−4 . It
could be concluded, that in the case of first-order equations, the error of the differentiation
has less order than all other errors and thus the fastest method for the given problem may
be used. However, in the PDE case, it is complicated to use only first-order derivatives,
whereas arbitrary ordinary differential equations may be represented as the system of the
first-order equations.
 221

Entropy 2021, 23, 28 15 of 26

Figure 10. The solution of ODE from Equation (20), its approximation by neural network, and derivatives calculated by
analytic, polynomial and automatic differentiation.

5.2. Computationally Intensive Function Parallelization

5.2.1. Parallelization of Generative Algorithm for PDE Discovery
The first experiment devoted to the parallelization of the atomic models’ computation
using partial differential equations discovery case as an example. As shown in Figure 4,
the parallelization of the evolutionary algorithm in some cases does not give significant
speed improvement. In cases where atomic models are computationally expensive, it is
expedient to try to reduce every node computation as much as possible.
The experiment [42] was dedicated to the selection of an optimal method of com-
putational grid domain handling. It had been previously proven, that the conventional
approach when we process the entire domain at once, was able to correctly discover the
governing equation. However, with the increasing size of the domain, the calculations may
take longer times. In this case parallelization of the evolutionary algorithm does not give
speed-up on a given computational resources configuration, since the computation of a
fitness function of a single gene takes the whole computational capacity.
To solve this issue, we have proposed a method of domain division into a set of spatial
subdomains to reduce the computational complexity of a single gene. For each of these
subdomains, the structure of the model in form of the differential equation is discovered,
and the results are compared and combined, if the equation structures are similar: with
insignificant differences in coefficients or the presence of terms with higher orders of
smallness. The main algorithm for the subdomains is processed in a parallel manner due
to the isolated method of domain processing: we do not examine any connections between
domains until the final structure of the subdomains’ models is obtained.
The experiments to analyze the algorithm performance were conducted on the syn-
thetic data: by defining the presence of a single governing equation, we exclude the issue
of the existence of multiple underlying processes, described by different equations, in
different parts of the studied domain. So, we have selected a solution of the wave equation
with two spatial dimensions in Equation (22) for a square area, which was processed as
one domain, and after that, into small fractions of subdomains.

∂2 u ∂2 u ∂2 u
2
= 2 + 2. (22)
∂t ∂x ∂y
 222

Entropy 2021, 23, 28 16 of 26

However, that division has its downsides: smaller domains have less data, therefore,
the disturbances (noise) in individual point will have a higher impact on the results.
Furthermore, in realistic scenarios, the risks of deriving an equation, that describes a local
process, increases with the decrease in domain size. The Pareto front, indicating the trade-
off between the equation discrepancy and the time efficiency, could be utilized to find
the parsimonious setup of the experiment. On the noiseless data (we assume, that the
derivatives are calculated without the numerical error) even the data from a single point
will correctly represent the equation. Therefore, the experiments must be held on the data
with low, but significant noise levels.
We have conducted the experiments with the partition of data (Figure 11), containing
80 × 80 × 80 values, divided by spatial axes in fractions from the set {1, 10}. The experi-
ments were held with 10 independent runs on each of the setup (size of input data (number
of subdomains, into which the domain was divided, and sparsity constant, which affects
the number of terms of the equation).

100

Relative computation time, %

80

60

40

20

0 20 40 60 80 100
Number of subdomains

(a) (b)
Figure 11. The results of the experiments on the divided domains. (a) evaluations of discovered equation quality for
different division fractions along each axis (2× division represents division of domain into 4 square parts); (b) domain
processing time (relative to the processing of entire domain) for subdomain number.

The results of the test, presented in Figure 11, give insight into the consequences of
the processing domain by parts. It can be noticed, that with the split of data into smaller
portions, the qualities of the equations decrease due to the “overfitting” to the local noise.
However, in this case, due to higher numerical errors near the boundaries of the studied
domain, the base equation, derived from the full data, has its own errors. By dividing
the area into smaller subdomains, we allow some of the equations to be trained on data
with lower numerical errors and, therefore, have higher quality. The results, presented
in the Figure 11b are obtained only for the iterations of the evolutionary algorithm of the
equation discovery and do not represent the differences in time for other stages, such as
preprocessing, or further modeling of the process.
We can conclude that the technique of separating the domain into lesser parts and pro-
cessing them individually can be beneficial both for achieving speedup via parallelization
of the calculations and avoiding equations, derived from the high error zones. In this case,
such errors were primarily numerical, but in realistic applications, they can be attributed to
the faulty measurements or prevalence of a different process in a local area.

5.2.2. Reducing of the Computational Complexity of Composite Models

To execute the next set of experiments, we used the Fedot framework to build the
composite ML models for classification and regression problems. The different open
 223

Entropy 2021, 23, 28 17 of 26

datasets were used as benchmarks that allow to analyze the efficiency of the generative
design in various situations.
To improve the performance of the model building (this issue was noted in Issue 2),
different approaches can be applied. First of all, caching techniques can be used. The cache
can be represented as a dictionary with the topological description of the model position in
the graph as a key and a fitted model as a value. Moreover, the fitted data preprocessor
can be saved in cache together with the model. The common structure of the cache is
represented in Figure 12.

Computaonally Shared storage for the  ed models

Described by SID
expensive
(structural ID)
Cache diconary
Iden
caon
Hyperparam. (ng) SID 1 Cached model 1
Data-driven
model ... ...
Input data Predicon
SID N Cached model N
Depends on
Fast and simple
underlying chain Methods: append, clear, get
structure

Figure 12. The structure of the multi-chain shared cache for the fitted composite models.

The results of the experiments with a different implementation of cache are described
in Figure 13.

4000 Real evals (local cache misses)

Real evals (shared cache misses)
Number of fits

3000 Requested evals

2000

1000

0
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Generations

Figure 13. The total number model fit requests and the actually executed fits (cache misses) for the shared and local cache.

Local cache allows reducing the number of models fits up to five times against the
non-cached variant. The effectiveness of the shared cache implementation is twice as high
as that for the local cache.
The parallelization of the composite models building, fitting, and application also
makes it possible to decrease the time devoted to the design stage. It can be achieved
in different ways. First of all, the fitting and application of the atomic ML models can
be parallelized using the features of the underlying framework (e.g., Scikit-learn, Keras,
TensorFlow, etc [43]), since the atomic models can be very complex. However, this approach
is more effective in the shared memory systems and it is hard to scale it to the distributed
environments. Moreover, not all models can be efficiently parallelized in this way.
Then, the evolutionary algorithm that builds the composite model can be paralleled
itself, since the fitness function for each individual can be calculated independently. To con-
duct the experiment, the classification benchmark based at the credit scoring problem (https:
//github.com/nccr-itmo/FEDOT/blob/master/cases/credit_scoring_problem.py) was
 224

Entropy 2021, 23, 28 18 of 26

used. The parameters of the evolutionary algorithm are the same as described at the
beginning of the section.
The obtained values of the fitness function for the classification problem are presented
in Figure 14.

0.86
0.840

0.835 0.85

0.830
0.84
ROC AUC

ROC AUC
0.825
0.83
0.820

0.82
0.815

0.810 0.81

0.805
0.80
1 2 4 8 16 30 85 150 250 310 410 480
Threads, # Execution time, sec

(a) (b)
Figure 14. (a) The best achieved fitness value for the different computational configurations (represented as different
number of parallel threads) used to evaluate the evolutionary algorithm on classification benchmark. The boxplots are build
for the 10 independent runs. (b) Pareto frontier (blue) obtained for the classification benchmark in “execution time-model
quality” subspace. The red points represent dominated individuals.

The effectiveness of the evolutionary algorithm parallelization depends on the vari-

ance of the composite models fitting time in the population. It is matters because the new
population can not be formed until all individuals from the previous one are assessed. This
problem is illustrated in Figure 15 for cases (a) and (b) that were evaluated with classifica-
tion dataset and parameters of evolutionary algorithm described above. It can be noted that
the modified selection scheme noted in (b) can be used to increase parallelization efficiency.
The early selection, mutation, and crossover of the already processed individuals allow to
start the processing of the next population before the previous population’s assessment
is finished.

20 Worst cast 100 Standard selection

Realistic case Early selection
Effectiveness of parallelization, %

Best case 95
15
⁴valuations * 10²

90
10 85

80
5
75
0
70
0 2 4 6 8 10 0 20 40 60 80 100
Time, sec * 10⁴ Complexity variance in population, %

(a) (b)
Figure 15. (a) The comparison of different scenarios of evolutionary optimization: best (ideal), realistic and worst cases
(b) The conceptual dependence of the parallelization efficiency from the variance of the execution time in population for
the different types of selection.
 225

Entropy 2021, 23, 28 19 of 26

The same logic can be applied for the parallel fitting of the part of composite model
graphs. It raises the problem of the importance of assessment for the structural subgraphs
and the prediction of most promising candidate models before the final evaluation of the
fitness function will be done.

5.3. Co-Design Strategies for the Evolutionary Learning Algorithm

The co-design of the generative algorithm and the available infrastructure is an impor-
tant issue (described in detail in the Issue 3) in the task of composite model optimization.
The interesting case here is optimization under the pre-defined time constraints [44]. The
experimental results obtained for the two different optimization strategies are presented
in Figure 16. The classification problem was solved using the credit scoring problem
(described above) as a benchmark for the classification task. The parameters of the evo-
lutionary algorithm are the same as described at the beginning of the section. The fitness
function value is based on ROC AUC measure and maximized during optimization.
The static strategy S1 represents the evolutionary optimization with the fixed hyper-
parameters of the algorithm. The computational infrastructure used in the experiment
makes it possible to evaluate the 20 generations with 20 individuals in the population with
a time limit of T0 . This strategy allows finding the solution with the fitness function value
F0 . However, if the time limit T1 < T0 is taken into account, the static strategy allow to find
the solution S1 with the fitness function value F1 , where F1 < F0 .
Otherwise, the adaptive optimization strategy S2 , which takes the characteristics of
the infrastructure to self-tune the parameters can be used. It allow to evaluate 20 generation
with 10 individuals in a time limit T1 and reach the fitness function value F2 . As can be
seen, the F1 < F2 < F0 , so the better solution is found under the given time constraint.

Figure 16. The comparison of different approaches to the evolutionary optimization of the composite models. The min-
max intervals are built for the 10 independent runs. The green line represents the static optimization algorithm with
20 individuals in the population; the blue line represented the dynamic optimization algorithm with 10 individuals in the
population. T0 , T1 and T2 are different real-time constraints, F0 , F1 and F2 are the values of fitness functions obtained with
the corresponding constraints.
 226

Entropy 2021, 23, 28 20 of 26

5.4. Strategies for Optimization of Hyperparameters in Evolutionary Learning Algorithm

As it was noted in the issue described in Issue 4, the very large search space is a major
problem in the generative design. To prove that it can be solved with the application of the
specialized hyperparameters tuning strategies, a set of experiments was conducted.
As can be seen from Figure 6, the direct tuning strategy means that each atomic model
is considered an autonomous model during tuning. The computational cost of the tuning
is low in this case (since it is not necessary to fit all the models in a chain to estimate
the quality metric), but the found set of parameters can be non-optimal. The composite
model tuning allows to take into account the influence of the chain beyond the scope of
an individual atomic model, but the cost is additional computations to tune all models. A
pseudocode of an algorithm for composite model tuning is represented in Algorithm 1.

Algorithm 1: The simplified pseudocode of the composite models tuning algorithm illustrated in Figure 6b.
Data: maxTuningTime, tuneData, paramsRanges
Result: tunedCompositeModel
fitData, validationData = Split(tuneData)
for atomicModel in compositeModel do
candidateCompositeModel = compositeModel
while tuningTime < maxTuningTime do
bestQuality = 0
candidateAtomicModel ← OptFunction(atomicModel, paramsRanges) // OptFunction can be
implemented as random search, Bayesian optimization, etc.
candidateCompositeModel ← Update(candidateCompositeModel, candidateAtomicModel)
Fit(candidateCompositeModel, fitData)
quality = EvaluateQuality (candidateCompositeModel, validationData)
if quality > bestQuality then
bestQuality = quality
bestAtomicModel = candidateAtomicModel
end
compositeModel ← Update(compositeModel, bestAtomicModel)
end
end
tunedCompositeModel = compositeModel

The results of the model-supported tuning of the composite models for the different
regression problems obtained from PMLB benchmark suite (Available in the https://
github.com/EpistasisLab/pmlb) are presented in Table 1. The self-developed toolbox
that was used to run the experiments with PMLB and FEDOT is available in the open
repository (https://github.com/ITMO-NSS-team/AutoML-benchmark). The applied
tuning algorithm is based on a random search in a pre-defined range.

Table 1. The quality measures for the composite models after and before random search-based tuning of hyperparameters. The
regression problems from PMLB suite [45] are used as benchmarks.

Benchmark Name MSE without Tuning MSE with Tuning R2 without Tuning R2 with Tuning
1203_BNG_pwLinear 8.213 0.102 0.592 0.935
197_cpu_act 5.928 7.457 0.98 0.975
215_2dplanes 1.007 0.001 0.947 1
228_elusage 126.755 0.862 0.524 0.996
294_satellite_image 0.464 0.591 0.905 0.953
4544_GeographicalOriginalofMusic 0.194 2.113 0.768 0.792
523_analcatdata_neavote 0.593 0.025 0.953 0.999
560_bodyfat 0.07 0.088 0.998 0.894
561_cpu 3412.46 0.083 0.937 0.91
564_fried 1.368 0.073 0.944 0.934
 227

Entropy 2021, 23, 28 21 of 26

It can be seen that the hyperparameter optimization allow increasing the quality of
the models in most cases.

5.5. Estimation of the Empirical Performance Models

The experiments for the performance models identification (this problem was raised
in the issue described in Issue 5) were performed using the benchmark with a large number
of features and observations in the sample. The benchmark is based on a classification
task from the robotics field. It is quite a suitable example since there is a large number
of tasks in this domain that can be performed on different computational resources from
the embedded system to supercomputer in robotics. The analyzed task is devoted to
the manipulator grasp stability prediction obtained from the Kaggle competition (https:
//www.kaggle.com/ugocupcic/grasping-dataset).
An experiment consists of grasping the ball, shaking it for a while, while computing
grasp robustness. Multiple measurements are taken during a given experiment. Only one
robustness value is associated though. The obtained dataset is balanced and has 50/50
stable and unstable grasps respectively.
The approximation of the EPM with simple regression models is a common way to
analyze the performance of algorithms [46]. After the set of experiments, for the majority
of considered models it was confirmed that the common regression surface of a single
model EPM can be represented as a linear model. However, some considered models can
be described better by another regression surface (see the quality measures for the different
structures of EPM in Appendix A). One of them is a random forest model EPM. According
to the structure of the Equation (9), these structures of EPM can be represented as follows:

 Θ1 Nobs N f eat + Θ2 Nobs , f or the common case
T EPM = N2 N , (23)
 Nobs + obsΘ2 f eat , speci f ic case f or random f orest
Θ2 1 2

where T EPM —model fitting time estimation (represented in ms according to the scale of
coefficients from Table 2), Nobs —number of observations in the sample, N f eat —number of
features in the sample. The characteristics of the computational resources and hyperparam-
eters of the model are considered as static in this case.
We applied the least squared errors (LSE) algorithm to (23) and obtained the Θ
coefficients for the set of models that presented Table 2. The coefficient of determination R2
is used to evaluate the quality of obtained performance models.

Table 2. The examples of coefficients for the different performance models.

ML Model Θ1 · 104 Θ2 · 103 R2

LDA 2.9790 3.1590 0.9983
QDA 1.9208 3.1012 0.9989
Naive Bayes for Bernoulli models 1.3440 3.3120 0.9986
Decision tree 31.110 4.1250 0.9846
PCA 3.1291 2.4174 0.9992
Logistic regression 9.3590 2.3900 0.9789
Random forest −94.42 · 104 2.507·108 0.9279

The application of the evolutionary optimization to the benchmark allows finding the
optimal structure of the composite model for the specific problem. We demonstrate EPM
constructing for the composite model which consists of logistic regression and random
forest as a primary nodes and logistic regression as a secondary node. On the basis of (11),
EPM for this composite model can be represented as follows:
2 N
Nobs
N f eat
EPM
TAdd = max (Θ1,1 Nobs N f eat + Θ2,1 Nobs , Θ11,2 Nobs N f eat + Θ2,2 Nobs ) + obs + , (24)
Θ21,3 Θ22,3
 228

Entropy 2021, 23, 28 22 of 26

where TAddEPM —composite model fitting time estimated by the additive EMP, Θ , j-i coeffi-
i
cient of j model type for EPM according to the Table 2.
The performance model for the composite model with three nodes (LR + RF = LR) is
shown in Figure 17. The visualizations for the atomic models are available in Appendix A.

Figure 17. Predictions of the performance model that uses an additive approach for local empirical performance models
(EPMs) of atomic models. The red points represent the real evaluations of the composite model as a part of validation.

The RMSE (root-mean-squared-error) measure is used to evaluate the quality of chain

EPM evaluation against real measurements. In this case, the obtained RMSE = 21.3 s
confirms the good quality of obtained estimation in an observed 0–400 seconds range.

6. Discussion and Future Works

In a wider sense co-design problem may be solved as an iterative procedure that
includes additional tuning during the model execution stage and a cyclic closure (or re-
building stage) with respect to time evolution. Re-building stage may be initiated by two
types of events: (1) model error overcomes acceptable threshold ec ; (2) execution time
overcomes acceptable threshold τc . In this case a solution is to build the new model with
respect to corrected set of structures S̃ and performance model T̃M :
min

p0 ( M∗ , t) > ρc , Tex min > τc , p̃min ( M∗∗ , t) = max F 0 M̃, t| T̃M ≤ τc , Tgen ≤ τg , (25)
M̃

where t is a variable of real time and ρc is a critical threshold for values of error function
E. Such a problem is typical for models that are connected with a lifecycle of their pro-
totype, e.g., models inside digital shadow for industrial system [47], weather forecasting
models [48], etc.
Additional fitting of co-designed system may appear also on the level of model
execution where classic scheduling approach may be blended with model tuning. Classic
formulation of scheduling for resource intensive applications Tex min ( L∗ ) = min G 0 ( L| M, I )
A
is based on idea of optimization search for such algorithm L∗ that helps to provide minimal
computation time Tex min for model execution process through balanced schedules of
workload on computation nodes. However, such approach is restricted by assumption
of uniform performance models for all parts of application. In real cases performance of
application may change dynamically in time and among functional parts. Thus, to reach
more effective execution it is desirable to formulate optimization problem with respect to
possibility of tuning model characteristics that influence on model performance:
 229

Entropy 2021, 23, 28 23 of 26

n o∗   n o  n o
Tex max a1:|S| , L∗ = max G M a1:|S| , L| I , M = S∗ , E∗ , a1:|S| , L = { L m }, (26)
a,L

where G is objective function that characterize expected time of model execution with
respect to used scheduling algorithm L and model M. In the context of generative modeling
problem on the stage of execution model M can be fully described as a set of model
properties that consists of optimal model structure: optimal functions ∗
n S o(from previous
stage) and additional set of performance influential parameters a1:|S| . Reminiscent
approaches can be seen in several publications, e.g., [49].

7. Conclusions
In this paper, we aimed to highlight the different aspects of the creation of mathe-
matical models using automated evolutionary learning approach. Such approach may be
represented from the perspective of generative design and co-design for mathematical
models. First of all, we formalize several actual and unsolved issues that exist in the
field of generative design of mathematical models. They are devoted to different aspects:
computational complexity, performance modeling, parallelization, interaction with the
infrastructure, etc. The set of experiments was conducted as proof-of-concept solutions
for every announced issue and obstacle. The composite ML models obtained by the FE-
DOT framework and differential equation-based models obtained by the EPDE framework
were used as case studies. Finally, the common concepts of the co-design implementation
were discussed.

Author Contributions: Conceptualization, A.V.K. and A.B.; Investigation, N.O.N., A.H., M.M. and
M.Y.; Methodology, A.V.K.; Project administration, A.B.; Software, N.O.N., A.H., and M.M.; Supervi-
sion, A.B.; Validation, M.M.; Visualization, M.Y.; Writing–original draft, A.V.K., N.O.N. and A.H. All
authors have read and agreed to the final publication of the manuscript.
Funding: This research is financially supported by the Ministry of Science and Higher Education,
Agreement #075-15-2020-808.
Conflicts of Interest: The authors declare no conflict of interest.

Abbreviations
The following abbreviations are used in this manuscript:

AI Artificial intelligence
ANN Artificial neural network
AutoML Automated machine learning
DAG Directed acyclic graph
EPM Empirical performance model
GPU Graphics processing unit
ML Machine learning
MSE Mean squared error
NAS Neural architecture search
ODE Ordinary differential equation
PDE Partial differential equation
PM Performance model
R2 Coefficient of determination
RMSE Root mean square error
ROC AUC Area under receiver operating characteristic curve
 230

Entropy 2021, 23, 28 24 of 26

Appendix A. Additional Details on the Empirical Performance Models Validation

The validation of different EPM for the set of the atomic models (that was noted in
Table 2) is presented in Table A1. R2 and RMSE metrics are used to compare the predictions
of EPM and real measurements of the fitting time. The obtained results confirm that
the linear EPM with two terms is most suitable for most of the ML models used in the
experiments. However, the fitting time for some models (e.g., random forest) is represented
better by the more specific EPM. The one-term EPM provides a lower quality than more
complex analogs.

Table A1. Approximation errors for the different empirical performance models’ structures obtained
for the atomic ML models. The best suitable structure is highlighted with bold.

Θ1 Nobs N f eat Nobs

2
Nobs N f eat
Θ1 Nobs N f eat Θ21
+ Θ22
Model + Θ2 Nobs
RMSE, s R2 RMSE, s R2 RMSE, s R2
LDA 0.35 0.92 0.11 0.99 0.66 0.74
QDA 0.75 0.57 0.03 0.99 0.93 0.36
Naive Bayes 0.82 0.42 0.04 0.99 0.961 0.21
Decision tree 1.48 0.98 1.34 0.98 3.49 0.89
PCA 0.28 0.78 0.04 0.99 0.28 0.95
Logit 0.54 0.91 0.37 0.96 0.95 0.75
Random forest 96.81 0.60 26.50 0.71 21.36 0.92

The visualization of the performance models predictions for the different cases is
presented in Figure A1. It confirms that the selected EPMs allow estimating the fitting time
quite reliably.

(a) LDA (b) QDA

(c) DT (d) PCA

Figure A1. Cont.

 231

Entropy 2021, 23, 28 25 of 26

(e) BernoulliNaveBayes (f) Logit

Figure A1. The empirical performance models for the different atomic models: LDA, QDA, Decision Tree (DT), PCA
dimensionality reduction model, Bernoulli Naïve Bayes model, logistic regression. The heatmap represent the prediction of
EPM and the black points are real measurements.

References
1. Packard, N.; Bedau, M.A.; Channon, A.; Ikegami, T.; Rasmussen, S.; Stanley, K.; Taylor, T. Open-Ended Evolution and Open-Endedness:
Editorial Introduction to the Open-Ended Evolution I Special Issue; MIT Press: Cambridge, MA, USA, 2019.
2. Krish, S. A practical generative design method. Comput.-Aided Des. 2011, 43, 88–100. [CrossRef]
3. Ferreira, C. Gene Expression Programming: Mathematical Modeling by an Artificial Intelligence; Springer: Berlin/Heidelberg, Germany,
2006; Volume 21.
4. Pavlyshenko, B. Using stacking approaches for machine learning models. In Proceedings of the 2018 IEEE Second International
Conference on Data Stream Mining & Processing (DSMP), Lviv, Ukraine, 21–25 August 2018; pp. 255–258.
5. Kovalchuk, S.V.; Metsker, O.G.; Funkner, A.A.; Kisliakovskii, I.O.; Nikitin, N.O.; Kalyuzhnaya, A.V.; Vaganov, D.A.; Bochenina,
K.O. A conceptual approach to complex model management with generalized modelling patterns and evolutionary identification.
Complexity 2018, 2018, 5870987. [CrossRef]
6. Kalyuzhnaya, A.V.; Nikitin, N.O.; Vychuzhanin, P.; Hvatov, A.; Boukhanovsky, A. Automatic evolutionary learning of composite
models with knowledge enrichment. In Proceedings of the 2020 Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion,
Cancun, Mexico, 8–12 July 2020; pp. 43–44.
7. Lecomte, S.; Guillouard, S.; Moy, C.; Leray, P.; Soulard, P. A co-design methodology based on model driven architecture for real
time embedded systems. Math. Comput. Model. 2011, 53, 471–484. [CrossRef]
8. He, X.; Zhao, K.; Chu, X. AutoML: A Survey of the State-of-the-Art. arXiv 2019, arXiv:1908.00709.
9. Caldwell, J.; Ram, Y.M. Mathematical Modelling: Concepts and Case Studies; Springer Science & Business Media: Berlin/Heidelberg,
Germany, 2013; Volume 6.
10. Banwarth-Kuhn, M.; Sindi, S. How and why to build a mathematical model: A case study using prion aggregation. J. Biol. Chem.
2020, 295, 5022–5035. [CrossRef] [PubMed]
11. Castillo, O.; Melin, P. Automated mathematical modelling for financial time series prediction using fuzzy logic, dynamical
systems and fractal theory. In Proceedings of the IEEE/IAFE 1996 Conference on Computational Intelligence for Financial
Engineering (CIFEr), New York City, NY, USA, 24–26 March 1996; pp. 120–126.
12. Kevrekidis, I.G.; Gear, C.W.; Hyman, J.M.; Kevrekidid, P.G.; Runborg, O.; Theodoropoulos, C. Equation-free, coarse-grained
multiscale computation: Enabling mocroscopic simulators to perform system-level analysis. Commun. Math. Sci. 2003, 1, 715–762.
13. Schmidt, M.; Lipson, H. Distilling free-form natural laws from experimental data. Science 2009, 324, 81–85. [CrossRef]
14. Kondrashov, D.; Chekroun, M.D.; Ghil, M. Data-driven non-Markovian closure models. Phys. D Nonlinear Phenom. 2015,
297, 33–55. [CrossRef]
15. Maslyaev, M.; Hvatov, A.; Kalyuzhnaya, A. Data-Driven Partial Derivative Equations Discovery with Evolutionary Approach. In
International Conference on Computational Science; Springer: Berlin/Heidelberg, Germany, 2019; pp. 635–641.
16. Qi, F.; Xia, Z.; Tang, G.; Yang, H.; Song, Y.; Qian, G.; An, X.; Lin, C.; Shi, G. A Graph-based Evolutionary Algorithm for Automated
Machine Learning. Softw. Eng. Rev. 2020, 1, 10–37686.
17. Olson, R.S.; Bartley, N.; Urbanowicz, R.J.; Moore, J.H. Evaluation of a tree-based pipeline optimization tool for automating
data science. In Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference, New York, NY, USA, 20–24 July 2016;
pp. 485–492.
18. Zhao, H. High Performance Machine Learning through Codesign and Rooflining. Ph.D. Thesis, UC Berkeley, Berkeley, CA,
USA, 2014.
19. Amid, A.; Kwon, K.; Gholami, A.; Wu, B.; Asanović, K.; Keutzer, K. Co-design of deep neural nets and neural net accelerators for
embedded vision applications. IBM J. Res. Dev. 2019, 63, 6:1–6:14. [CrossRef]
20. Li, Y.; Park, J.; Alian, M.; Yuan, Y.; Qu, Z.; Pan, P.; Wang, R.; Schwing, A.; Esmaeilzadeh, H.; Kim, N.S. A network-centric
hardware/algorithm co-design to accelerate distributed training of deep neural networks. In Proceedings of the 2018 51st Annual
IEEE/ACM International Symposium on Microarchitecture (MICRO), Fukuoka, Japan, 20–24 October 2018; pp. 175–188.
 232

Entropy 2021, 23, 28 26 of 26

21. Bertels, K. Hardware/Software Co-Design for Heterogeneous Multi-Core Platforms; Springer: Berlin/Heidelberg, Germany, 2012.
22. Wang, K.; Liu, Z.; Lin, Y.; Lin, J.; Han, S. HAQ: Hardware-Aware Automated Quantization With Mixed Precision. In Proceedings
of the IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition (CVPR), Long Beach, CA, USA, 16–20 June 2019.
23. Cai, H.; Zhu, L.; Han, S. Proxylessnas: Direct neural architecture search on target task and hardware. arXiv 2018, arXiv:1812.00332.
24. Dosanjh, S.S.; Barrett, R.F.; Doerfler, D.; Hammond, S.D.; Hemmert, K.S.; Heroux, M.A.; Lin, P.T.; Pedretti, K.T.; Rodrigues, A.F.;
Trucano, T. Exascale design space exploration and co-design. Future Gener. Comput. Syst. 2014, 30, 46–58. [CrossRef]
25. Gramacy, R.B.; Lee, H.K. Adaptive Design of Supercomputer Experiments. 2018. Available online: http://citeseerx.ist.psu.edu/
viewdoc/download?doi=10.1.1.312.3750&rep=rep1&type=pdf (accessed on 26 December 2020).
26. Glinskiy, B.; Kulikov, I.; Snytnikov, A.V.; Chernykh, I.; Weins, D.V. A multilevel approach to algorithm and software design for
exaflops supercomputers. Numer. Methods Program. 2015, 16, 543–556.
27. Kaltenecker, C. Comparison of Analytical and Empirical Performance Models: A Case Study on Multigrid Systems. Master’s The-
sis, University of Passau, Passau, Germany, 2016.
28. Calotoiu, A. Automatic Empirical Performance Modeling of Parallel Programs. Ph.D. Thesis, Technische Universität, Berlin,
Germany, 2018.
29. Eggensperger, K.; Lindauer, M.; Hoos, H.H.; Hutter, F.; Leyton-Brown, K. Efficient benchmarking of algorithm configurators via
model-based surrogates. Mach. Learn. 2018, 107, 15–41. [CrossRef]
30. Chirkin, A.M.; Belloum, A.S.; Kovalchuk, S.V.; Makkes, M.X.; Melnik, M.A.; Visheratin, A.A.; Nasonov, D.A. Execution time
estimation for workflow scheduling. Future Gener. Comput. Syst. 2017, 75, 376–387. [CrossRef]
31. Gamatié, A.; An, X.; Zhang, Y.; Kang, A.; Sassatelli, G. Empirical model-based performance prediction for application mapping
on multicore architectures. J. Syst. Archit. 2019, 98, 1–16. [CrossRef]
32. Shi, Z.; Dongarra, J.J. Scheduling workflow applications on processors with different capabilities. Future Gener. Comput. Syst.
2006, 22, 665–675. [CrossRef]
33. Visheratin, A.A.; Melnik, M.; Nasonov, D.; Butakov, N.; Boukhanovsky, A.V. Hybrid scheduling algorithm in early warning
systems. Future Gener. Comput. Syst. 2018, 79, 630–642. [CrossRef]
34. Melnik, M.; Nasonov, D. Workflow scheduling using Neural Networks and Reinforcement Learning. Procedia Comput. Sci. 2019,
156, 29–36. [CrossRef]
35. Olson, R.S.; Moore, J.H. TPOT: A tree-based pipeline optimization tool for automating machine learning. Proc. Mach. Learn. Res.
2016, 64, 66–74.
36. Evans, L.; Society, A.M. Partial Differential Equations; Graduate Studies in Mathematics; American Mathematical Society:
Providence, RI, USA, 1998.
37. Czarnecki, W.M.; Osindero, S.; Jaderberg, M.; Swirszcz, G.; Pascanu, R. Sobolev training for neural networks. In Proceedings of
the Advances in Neural Information Processing Systems 30 (NIPS 2017), Long Beach, CA, USA, 4–9 December 2017; pp. 4278–4287.
38. Raissi, M.; Perdikaris, P.; Karniadakis, G.E. Physics-informed neural networks: A deep learning framework for solving forward
and inverse problems involving nonlinear partial differential equations. J. Comput. Phys. 2019, 378, 686–707. [CrossRef]
39. Epicoco, I.; Mocavero, S.; Porter, A.R.; Pickles, S.M.; Ashworth, M.; Aloisio, G. Hybridisation strategies and data structures for
the NEMO ocean model. Int. J. High Perform. Comput. Appl. 2018, 32, 864–881. [CrossRef]
40. Nikitin, N.O.; Polonskaia, I.S.; Vychuzhanin, P.; Barabanova, I.V.; Kalyuzhnaya, A.V. Structural Evolutionary Learning for
Composite Classification Models. Procedia Comput. Sci. 2020, 178, 414–423. [CrossRef]
41. Full Script That Allows Reproducing the Results Is Available in the GitHub Repository. Available online: https://github.
com/ITMO-NSS-team/FEDOT.Algs/blob/master/estar/examples/ann_approximation_experiments.ipynb (accessed on
26 December 2020).
42. Full Script That Allows Reproducing the Results Is Available in the GitHub Repository. Available online: https://github.com/
ITMO-NSS-team/FEDOT.Algs/blob/master/estar/examples/Pareto_division.py (accessed on 26 December 2020).
43. Géron, A. Hands-on Machine Learning with Scikit-Learn, Keras, and TensorFlow: Concepts, Tools, and Techniques to Build Intelligent
Systems; O’Reilly Media: Sebastopol, CA, USA, 2019.
44. Nikitin, N.O.; Vychuzhanin, P.; Hvatov, A.; Deeva, I.; Kalyuzhnaya, A.V.; Kovalchuk, S.V. Deadline-driven approach for multi-
fidelity surrogate-assisted environmental model calibration: SWAN wind wave model case study. In Proceedings of the Genetic
and Evolutionary Computation Conference Companion, Prague, Czech Republic, 13–17 July 2019; pp. 1583–1591.
45. Olson, R.S.; La Cava, W.; Orzechowski, P.; Urbanowicz, R.J.; Moore, J.H. PMLB: A large benchmark suite for machine learning
evaluation and comparison. BioData Min. 2017, 10, 1–13. [CrossRef]
46. Li, K.; Xiang, Z.; Tan, K.C. Which surrogate works for empirical performance modelling? A case study with differential evolution.
In Proceedings of the 2019 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), Wellington, New Zealand, 10–13 June 2019;
pp. 1988–1995.
47. Bauernhansl, T.; Hartleif, S.; Felix, T. The Digital Shadow of production–A concept for the effective and efficient information
supply in dynamic industrial environments. Procedia CIRP 2018, 72, 69–74. [CrossRef]
48. Cha, D.H.; Wang, Y. A dynamical initialization scheme for real-time forecasts of tropical cyclones using the WRF model. Mon.
Weather Rev. 2013, 141, 964–986. [CrossRef]
49. Melnik, M.; Nasonov, D.A.; Liniov, A. Intellectual Execution Scheme of Iterative Computational Models based on Symbiotic
Interaction with Application for Urban Mobility Modelling. IJCCI 2019, 1, 245–251.

Comparison of Single- and Multi- Objective Optimization Quality
for Evolutionary Equation Discovery
Mikhail Maslyaev
maslyaitis@gmail.com
ITMO University
St Petersburg, Russia
ABSTRACT
Evolutionary differential equation discovery proved to be a tool to
obtain equations with less a priori assumptions than conventional
approaches, such as sparse symbolic regression over the complete
possible terms library. The equation discovery field contains two
independent directions. The first one is purely mathematical and
concerns differentiation, the object of optimization and its relation
to the functional spaces and others. The second one is dedicated
purely to the optimizatioal problem statement. Both topics are
worth investigating to improve the algorithm’s ability to handle
experimental data a more artificial intelligence way, without signif-
icant pre-processing and a priori knowledge of their nature. In the
paper, we consider the prevalence of either single-objective opti-
mization, which considers only the discrepancy between selected
terms in the equation, or multi-objective optimization, which addi-
tionally takes into account the complexity of the obtained equation.
The proposed comparison approach is shown on classical model
examples – Burgers equation, wave equation, and Korteweg - de
Vries equation.
CCS CONCEPTS
• Applied computing → Mathematics and statistics; • Computing
methodologies → Heuristic function construction.
KEYWORDS
symbolic regression, dynamic system modeling, interpretable learn-
ing, differential equations, sparse regression
ACM Reference Format:
Mikhail Maslyaev and Alexander Hvatov. 2023. Comparison of Single- and
Multi- Objective Optimization Quality for Evolutionary Equation Discovery.
In Genetic and Evolutionary Computation Conference Companion (GECCO
’23 Companion), July 15–19, 2023, Lisbon, Portugal. ACM, New York, NY,
USA, 4 pages. https://doi.org/10.1145/3583133.3590601
1 INTRODUCTION
The recent development of artificial intelligence has given high
importance to problems of interpretable machine learning. In many
cases, users value models not only for their quality of predicting
the state of the studied system but also for the ability to provide
Permission to make digital or hard copies of part or all of this work for personal or
classroom use is granted without fee provided that copies are not made or distributed
for profit or commercial advantage and that copies bear this notice and the full citation
on the first page. Copyrights for third-party components of this work must be honored.
For all other uses, contact the owner/author(s).
GECCO ’23 Companion, July 15–19, 2023, Lisbon, Portugal
© 2023 Copyright held by the owner/author(s).
ACM ISBN 979-8-4007-0120-7/23/07.
https://doi.org/10.1145/3583133.3590601
233
Alexander Hvatov
alex_hvatov@itmo.ru
ITMO University
St Petersburg, Russia
some information about its operation. In the case of modeling phys-
ical processes, commonly, the most suitable models have forms of
partial differential equations. Thus many recent studies aimed to
develop the concept of data-driven differential equations discovery.
In the paper, data-driven discovery implies obtaining a differen-
tial equation from a set of empirical measurements, describing the
dynamics of a dependent variable in some domain. Furthermore,
equation-based models can be incorporated into pipelines of au-
tomated machine learning, that can include arbitrary submodels,
with approach, discussed in paper [14].
Initial advances in differential equations discovery were made
with symbolic regression algorithm, as in [1]. The algorithm em-
ploys genetic programming to detect the graph, that represents
differential equation. One of the groups of the most simple yet
practical techniques of equation construction is based on the sparse
linear regression (least absolute shrinkage and selection operator),
introduced in works [11], [15], [16], and other similar projects. This
approach has limited flexibility, having applicability restrictions
in cases of the equation with low magnitude coefficients, being
discovered on noisy data. This issue is addressed by employing
Bayesian interference as in [12] to estimate the coefficients of the
equation, as in work [4]. To account for the uncertainty in the
resulting model, the approximating term library can be biased sta-
tistically [2]. Physics-informed neural networks (PINN) form the
next class of data-driven equation discovery tools, representing
the process dynamics with artificial neural networks. The primary
research on this topic is done in work [13], while recent advances
have been made in incorporating more complex types of neural
networks in the PINNs [3, 17].
In recent studies [7, 10], evolutionary algorithms have proved
to be a rather flexible tool for differential equation discovery, de-
manding only a few assumptions about the process properties. The
problem is stated as the process representation error minimization.
Implementing multi-objective evolutionary optimization, first in-
troduced for DE systems, as in [8], seems to be a feasible way to
improve the quality of the equation search, operating on fewer
initial assumptions and providing higher diversity among the pro-
cessed candidates. Additional criteria can represent other valuable
properties of the constructed models, namely conciseness.
This study compares the performance of single- and multi- objec-
tive optimization. Namely, the hypothesis that the multi-objective
optimization creates and preserves diversity in the population and
thus may achieve a better fitness function values, than that of a
single-objective approach.The theoretical comparison shows that
multi-objective algorithms allow escaping local minima as soon as
the number of objectives is reasonably small [5]. For equation dis-
covery applications, the function landscapes have a more complex

GECCO ’23 Companion, July 15–19, 2023, Lisbon, Portugal
structure, so increased diversity of the population can benefit the
resulting quality.
2 ALGORITHM DESCRIPTION
The data-driven differential equation identification operates on
problems of selecting a model for dynamics of the variable 𝑢 =
𝑢 (𝑡, x) in a spatio-temporal domain (0,𝑇 ) Ω, that is implicitly
>
described by differential equation Eq. 1 with corresponding initial
and boundary conditions. It can be assumed, that the order of the
unknown equation can be arbitrary, but rather low (usually of
second or third order).
𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕𝑢
𝐹 (𝑡, x, 𝑢,
, , ... )=0 (1)
𝜕𝑡 𝜕𝑥 1 𝜕𝑥𝑛
Both multi-objective and single-objective approaches have the
same core of "graph-like" representation of a differential equation
(encoding) and similar evolutionary operators that will be described
further.
2.1 Differential equation representation
To represent the candidate differential equation the computational
graph structure is employed. A fixed three-layer graph structure is
employed to avoid the infeasible structures, linked to unconstrained
graph construction and overtraining issues, present in symbolic
regression. The lowest level nodes contain tokens, middle nodes
and the root are multiplication and summation operations. The
data-driven equations take the form of a linear combination of
product terms, represented by the multiplication of derivatives,
other functions and a real-valued coefficient Eq. 2.
( Í Î
𝐹 ′ (𝑡, x, 𝑢, 𝜕𝑢 𝑗 𝑓𝑖 𝑗 = 0
𝜕𝑢 𝜕𝑢
𝜕𝑡 , 𝜕𝑥 1 , ... 𝜕𝑥𝑛 ) = 𝑖 𝛼𝑖 (2)
𝐺 ′ (𝑢)| Γ = 0
Here, the factors 𝑓𝑖 𝑗 are selected from the user-defined set of
elementary functions, named tokens. The problem of an equation
search transforms into the task of detecting an optimal set of tokens
to represent the dynamics of the variable 𝑢 (𝑡, x), and forming the
equation by evaluating the coefficients 𝛼 = (𝛼 1, ... 𝛼𝑚 ).
During the equation search, we operate with tensors of token
values, evaluated on grids 𝑢𝛾 = 𝑢 (𝑡𝛾 , x𝛾 ) in the processed domain
> 𝛼 𝑖 𝑡𝑖 𝑗
(0,𝑇 ) Ω.
Sparsity promotion in the equation operates by filtering out
nominal terms with low predicting power and is implemented with
LASSO regression. For each individual, a term (without loss of
generality, we can assume that it is the 𝑚-th term) is marked to be a
"right-hand side of the equation" for the purposes of term filtering
Î be applied here due to the inability of a user to introduce the par-
and coefficient calculation. The terms 𝑇𝑖 = 𝑗 𝑓𝑖 𝑗 are paired with
real-value coefficients obtained from the optimization subproblem
of Eq. 3. Finally, the equation coefficients are detected by linear
regression.
∑︁ Ö Ö
𝛼 ′ = arg min (|| 𝛼𝑖′ 𝑓𝑖 𝑗 − 𝑓𝑚 𝑗 || 2 + 𝜆||𝛼 ′ || 1 )
𝛼
𝑖, 𝑖≠𝑚 𝑗 𝑗
In the initialization of the algorithm equation graphs are ran-
domly constructed for each individual from the sets of user-defined
tokens with a number of assumptions about the structures of the
“plausible equations”.
234
M. Maslyaev, and A. Hvatov
2.2 Mechanics of implemented evolutionary
operators
To direct the search for the optimal equations, standard evolution-
ary operators of mutation and cross-over have been implemented.
While the mechanics of single- and multi-objective optimization
in the algorithm differ, they work similarly on the stage of apply-
ing equation structure-changing operators. With the graph-like
encoding of candidate equations, the operators can be represented
as changes, introduced into its subgraphs.
The algorithm properties to explore structures are provided by
mutation operators, which operate by random token and term ex-
changes. The number of terms to change has no strict limits. For
tokens with parameters (𝑝𝑘+1, ... 𝑝𝑛 ) ∈ R𝑛−𝑘 , such as a para-
metric representation of an unknown external dependent variable,
parameters are also optimized: the mutation is done with a random
Gaussian increment.
In order to combine structural elements of better equations,
the cross-over operator is implemented. The interactions between
parent equations are held on a term-level basis. The sets of terms
pairs from the parent equation are divided into three groups: terms
identical in both equations, terms that are present in both equations
but have different parameters or only a few tokens inside of them
are different, and the unique ones. The cross-over occurs for the two
latter groups. For the second group it manifests as the parameter
exchange between parents: the new parameters are selected from
the interval between the parents’ values.
Cross-over between unique terms works as the complete ex-
change between them. The construction of exchange pairs between
these tokens works entirely randomly.
2.3 Optimization of equation quality metric
The selection of the optimized functional distinguishes multiple
approaches to the differential equation search. First of all, a more
trivial optimization problem can be stated as in Eq. 4, where we
assume the identity of the equation operator 𝐹 ′ (𝑢) = 0 to zero as
in Eq. 2.
∑︁ Ö
𝑄𝑜𝑝 (𝐹 ′ (𝑢)) = ||𝐹 ′ (𝑢)||𝑛 = || 𝛼𝑖 𝑓𝑖 𝑗 ||𝑛 −→ min (4)
𝑖 𝑗
An example of a more complex optimized functional is the norm
of a discrepancy between the input values of the modelled variable
and the solution proposed by the algorithm differential equation,
estimated on the same grid. Classical solution techniques can not
titioning of the processed domain, form finite-difference schema
without a priori knowledge of an equation, proposed by evolution-
ary algorithm. An automatic solving method for candidate equation
(viewed as in Eq. 6) quality evaluation is introduced in [9] to work
around this issue.
(3)
𝑄𝑠𝑜𝑙 (𝐹 ′ (𝑢)) = ||𝑢 − 𝑢 ||𝑛 −→ min (5)
𝛼 𝑖 𝑡𝑖 𝑗
∑︁ Ö
𝐹 ′ (𝑢) = 0 : 𝐹 ′ (𝑢) = 𝛼𝑖 𝑓𝑖 𝑗 = 0 (6)
𝑖 𝑗
 235

Comparison of Single- and Multi- Objective Optimization Quality for Evolutionary Equation Discovery GECCO ’23 Companion, July 15–19, 2023, Lisbon, Portugal

While both quality metrics Eq. 4 and Eq. 5 in ideal conditions consumption.10 independent runs are conducted with each setup.
provide decent convergence of the algorithm, in the case of the The main equation quality indicator in our study is the statistical
noisy data, the errors in derivative estimations can make differential analysis of the objective function mean (𝜇 = 𝜇 (𝑄 (𝐹 ′ ))) and variance
operator discrepancy from the identity (as in problem in Eq. 4) an 𝜎 2 = (𝜎 (𝑄 (𝐹 ′ ))) 2 among the different launches.
unreliable metric. Applying the automatic solving algorithm has The first equation was the wave equation as on Eq. 8 with the
high computational cost due to training a neural network to satisfy necessary boundary and initial conditions. The equation is solved
the discretized equation and boundary operators. with the Wolfram Mathematica software in the domain of (𝑥, 𝑡) ∈
As the single-objective optimization method for the study, we [0, 1] [0, 1] on a grid of 101 101. Here, we have employed
> >
have employed a simple evolutionary algorithm with a strategy that numerical differentiation procedures.
minimizes one of the aforementioned quality objective functions.
Due to the purposes of experiments on synthetic noiseless data, the 𝜕 2𝑢 𝜕 2𝑢
= 0.04 2 (8)
discrepancy-based approach has been adopted. 𝜕𝑡 2 𝜕𝑥
The algorithm’s convergence due to the relatively simple struc-
2.4 Multi-objective optimization application ture was ensured in the case of both algorithms: the algorithm
As we stated earlier, in addition to process representation, the proposes the correct structure during the initialization or in the
conciseness is also a valuable for regulating the interpretability initial epochs of the optimization. However, such a trivial case can
of the model. Thus the metric of this property can be naturally be a decent indicator of the “ideal” algorithm behaviour. The values
introduced as Eq. 7, with an adjustment of counting not the total of examined metrics for this experiment and for the next ones are
number of active terms but the total number of tokens (𝑘𝑖 for 𝑖 − 𝑡ℎ presented on Tab. 1.
term).
Table 1: Results of the equation discovery
∑︁
𝐶 (𝐹 (𝑢)) = #(𝐹 ) =
′ ′
𝑘𝑖 ∗ 1𝛼𝑖 ≠0 (7)
𝑖 metric method wave Burgers KdV
In addition to evaluating the quality of the proposed solution 𝜇 single-objective 5.72 2246.38 0.162
from the point of the equation simplicity, multi-objective enables multi-objective 2.03 1.515 16.128
the detection of systems of differential equations, optimizing quali- 𝜎2 single-objective 18.57 4.41 ∗ 107 8.9 ∗ 10 −3
ties of modeling of each variable. multi-objective 0 20.66 ≈ 10 −13
While there are many evolutionary multi-objective optimiza-
tion algorithms, MOEADD (Multi-objective evolutionary algorithm
based on dominance and decomposition) [6] algorithm has proven The statistical analysis of the algorithm performance on each
to be an effective tool in applications of data-driven differential equation is provided in Fig. 1.
equations construction. We employ baseline version of the MOEADD Another examination was performed on the solution of Burgers’
from the aforementioned paper with the following parameters: PBI equation, which has a more complex, non-linear structure. The
penalty factor 𝜃 = 1.0, probability of parent selection inside the problem was set as in Eq. 9, for a case of a process without viscosity,
2
sector neighbourhood 𝛿 = 0.9 (4 nearest sector are considered as thus omitting term 𝜈 𝜕𝜕𝑡𝑢2 . As in the previous example, the equation
“neighbouring”) with 40% of individuals selected as parents. Evo- was solved with the Wolfram Mathematica toolkit.
lutionary operator parameters are: crossover rate (probability of
affecting individual terms): 0.3 and mutation rate of 0.6.The result 𝜕𝑢 𝜕𝑢
+𝑢 =0 (9)
of the algorithm is the set of equations, ranging from the most sim- 𝜕𝑡 𝜕𝑥
𝜕𝑛 𝑢 = 0) to the highly
plistic constructions (typically in forms of 𝜕𝑥 Derivatives used during the equation search were computed
analytically due to the function not being constant only on small
𝑛
𝑘
complex equations, where extra terms probably represents the noise domain.
components of the dynamics. The presence of other structures that have relatively low opti-
mized function values, such as 𝑢𝑥′ 𝑢𝑡′ = 𝑢𝑡𝑡
′′ , makes this case of data
3 EXPERIMENTAL STUDY rather informative. Thus, the algorithm has a local optimum that is
This section of the paper is dedicated to studying equation dis- far from the correct structure from the point of error metric.
covery framework properties. As the main object of interest, we The final set-up for an experiment was defined with a non-
designate the difference of derived equations between single- and homogeneous Korteweg-de Vries equation, presented in Eq. 10.
multi-objective optimization launches. The validation was held The presence of external tokens in separate terms in the equation
on the synthetic datasets, where modelled dependent variable is makes the search more difficult.
obtained from solving an already known and studied equation.
The tests were held on three cases: wave, Burgers and Korteweg- 𝜕𝑢 𝜕𝑢 𝜕 3𝑢
+ 6𝑢 + = cos 𝑡 sin 𝑡 (10)
de Vries equations due to unique properties of each equation. The 𝜕𝑡 𝜕𝑥 𝜕𝑥 3
algorithms were tested in the following pattern: 64 evolutionary The experiment results indicate that the algorithm may detect
iterations for the single-objective optimization algorithm and 8 the same equation in multiple forms. Each term of the equation
iterations of multi-objective optimization for the populations of 8 may be chosen as the “right-hand side” one, and the numerical error
candidate equations, which resulted in roughly similar resource with different coefficient sets can also vary.

GECCO ’23 Companion, July 15–19, 2023, Lisbon, Portugal
104
102
101
100
10− 2
6 × 100
10− 4
0
4 × 10 10− 6
3 × 10 0 10− 8
10− 10
2 × 100
Single Objective Multi-Objective Single Objective Multi-Objective
(a)
Figure 1: Resulting quality objective function value, introduced as Eq. 6, for single- and multi-objective approaches for (a) wave
equation, (b) Burgers equation, and (c) Korteweg-de Vries equation
4 CONCLUSION
This paper examines the prospects of using multi-objective opti-
mization for the data-driven discovery of partial differential equa-
tions. While initially introduced for handling problems of deriving
systems of partial differential equations, the multi-objective view
of the problem improves the overall quality of the algorithm. The
improved convergence, provided by higher candidate individual
diversity, makes the process more reliable in cases of equations
with complex structures, as was shown in the examples of Burgers’
and Korteweg-de Vries equations.
The previous studies have indicated the algorithm’s reliability,
converging to the correct equation, while this research has proposed
a method of improving the rate at which the correct structures are
identified. This property is valuable for real-world applications
because incorporating large and complete datasets improves the
noise resistance of the approach.
The further development of the proposed method involves intro-
ducing techniques for incorporating expert knowledge into the
search process. This concept can help generate preferable can-
didates or exclude infeasible ones even before costly coefficient
calculation and fitness evaluation procedures.
5 CODE AND DATA AVAILABILITY
The numerical solution data and the Python scripts, that reproduce
the experiments, are available at the GitHub repository 1 .
ACKNOWLEDGEMENTS
This research is financially supported by the Ministry of Science
and Higher Education, agreement FSER-2021-0012.
REFERENCES
[1] H. Cao, L. Kang, Y. Chen, et al. 2000. Evolutionary Modeling of Systems of
Ordinary Differential Equations with Genetic Programming. Genetic Program-
ming and Evolvable Machines 1 (2000), 309–337. https://doi.org/doi:10.1023/A:
1010013106294
[2] Urban Fasel, J Nathan Kutz, Bingni W Brunton, and Steven L Brunton. 2022.
Ensemble-SINDy: Robust sparse model discovery in the low-data, high-noise
1 https://github.com/ITMO-NSS-team/EPDE_GECCO_experiments
236
M. Maslyaev, and A. Hvatov
10− 1
10− 2
Single Objective Multi-Objective
(b) (c)
limit, with active learning and control. Proceedings of the Royal Society A 478,
2260 (2022), 20210904.
[3] Han Gao, Matthew J Zahr, and Jian-Xun Wang. 2022. Physics-informed graph
neural galerkin networks: A unified framework for solving pde-governed forward
and inverse problems. Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering
390 (2022), 114502.
[4] L Gao, Urban Fasel, Steven L Brunton, and J Nathan Kutz. 2023. Convergence of
uncertainty estimates in Ensemble and Bayesian sparse model discovery. arXiv
preprint arXiv:2301.12649 (2023).
[5] Hisao Ishibuchi, Yusuke Nojima, and Tsutomu Doi. 2006. Comparison between
single-objective and multi-objective genetic algorithms: Performance comparison
and performance measures. In 2006 IEEE International Conference on Evolutionary
Computation. IEEE, 1143–1150.
[6] Q. Zhang K. Li, K. Deb and S. Kwong. 2015. An Evolutionary Many-Objective
Optimization Algorithm Based on Dominance and Decomposition. in IEEE
Transactions on Evolutionary Computation) 19, 5 (2015), 694–716. https://doi.org/
10.1109/TEVC.2014.2373386
[7] Lu Lu, Xuhui Meng, Zhiping Mao, and George Em Karniadakis. 2021. DeepXDE:
A deep learning library for solving differential equations. SIAM Rev. 63, 1 (2021),
208–228.
[8] Mikhail Maslyaev and Alexander Hvatov. 2021. Multi-Objective Discovery of PDE
Systems Using Evolutionary Approach. In 2021 IEEE Congress on Evolutionary
Computation (CEC). 596–603. https://doi.org/10.1109/CEC45853.2021.9504712
[9] Mikhail Maslyaev and Alexander Hvatov. 2022. Solver-Based Fitness Function
for the Data-Driven Evolutionary Discovery of Partial Differential Equations. In
2022 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC). IEEE, 1–8.
[10] Mikhail Maslyaev, Alexander Hvatov, and Anna V Kalyuzhnaya. 2021. Partial
differential equations discovery with EPDE framework: application for real and
synthetic data. Journal of Computational Science (2021), 101345.
[11] Daniel A Messenger and David M Bortz. 2021. Weak SINDy for partial differential
equations. J. Comput. Phys. 443 (2021), 110525.
[12] Lizhen Nie and Veronika Ročková. 2022. Bayesian Bootstrap Spike-and-Slab
LASSO. J. Amer. Statist. Assoc. 0, 0 (2022), 1–16. https://doi.org/10.1080/01621459.
2022.2025815
[13] M Raissi, P Perdikaris, and GE Karniadakis. 2017. Physics informed deep learning
(Part II): Data-driven discovery of nonlinear partial differential equations. arXiv
preprint arXiv:1711.10566 (2017). https://arxiv.org/abs/1711.10566
[14] Mikhail Sarafanov, Valerii Pokrovskii, and Nikolay O Nikitin. 2022. Evolutionary
Automated Machine Learning for Multi-Scale Decomposition and Forecasting of
Sensor Time Series. In 2022 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC).
IEEE, 01–08.
[15] Hayden Schaeffer. 2017. Learning partial differential equations via data discovery
and sparse optimization. Proc. R. Soc. A 473, 2197 (2017), 20160446.
[16] H. Schaeffer, R. Caflisch, C. D. Hauck, and S. Osher. 2017. Learning partial
differential equations via data discovery and sparse optimization. Proceedings
of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Science (2017).
https://doi.org/473(2197):20160446
[17] Pongpisit Thanasutives, Takashi Morita, Masayuki Numao, and Ken ichi Fukui.
2023. Noise-aware physics-informed machine learning for robust PDE discovery.
Machine Learning: Science and Technology 4, 1 (feb 2023), 015009. https://doi.org/
10.1088/2632-2153/acb1f0