https://www.ncbi.nlm.nih.

gov/pmc/articles/PMC5590844/#mmc1

Генетическое наследие зороастризма в Иране и Индии:

взгляд на структуру населения, поток генов и отбор
Сайоа Лопес ,  Марк Г. Томас ,  Люси ван Дорп ,  Насер Ансари-Пур ,  Сара
1, 11, 12, *  1, 11  1, 2  3 

Стюарт ,  Эбигейл Л. Джонс ,  Эрик Елинек ,  Лоунес Чихи ,  Тюдор Парфитт ,  Нил
4  5  1  6, 7  8 

Брэдман ,  Майкл Э. Уил ,   и Гаррет Хелленталь 

9  10 1, ∗∗

Абстрактный

Зороастризм — одна из старей ших существующих религий в мире, зародившаяся в

Персии (современный Иран) во втором тысячелетии до нашей эры. Исторические
записи показывают, что мигранты из Персии принесли зороастризм в Индию, но
ведутся споры о времени этих миграций . Здесь мы представляем полногеномные
данные аутосомной , Y-хромосомной и митохондриальной ДНК иранских и индий ских
зороастрий цев и соседних современных индий ских и иранских популяций и проводим
комплексный полногеномный генетический анализ в этих группах. Используя мощные
методы, основанные на гаплотипах, мы обнаруживаем, что зороастрий цы в Иране и
Индии имеют повышенную генетическую однородность по сравнению с другими
отобранными группами в своих странах, что соответствует их нынешней практике
эндогамии. Несмотря на это, мы делаем вывод, что индий ские зороастрий цы (парсы)
смешались с местными группами через некоторое время после их прибытия в Индию,
датируя эту смесь 690–1390 годами нашей эры и предоставляя убедительные
доказательства того, что иранское зороастрий ское происхождение сохранялось в
основном по мужской линии. Используя богатую информацию о ДНК древних
человеческих останков, мы также выделяем примесь у предков иранских зороастрий цев,
датируемых 570 г. до н. зороастрий цев из внешних групп. Наконец, мы сообщаем о
результатах и проблемах сканирования всего генома для выявления геномных
областей , демонстрирующих признаки положительного отбора у современных
зороастрий цев, которые могут коррелировать с распространенностью определенных
заболеваний среди этих сообществ. датируя эту смесь 690–1390 гг. Н. Э. И предоставляя
убедительные доказательства того, что иранское зороастрий ское происхождение
сохранялось в основном по мужской линии. Используя богатую информацию о ДНК
древних человеческих останков, мы также выделяем примесь у предков иранских
зороастрий цев, датируемых 570 г. до н. зороастрий цев из внешних групп. Наконец, мы
сообщаем о результатах и проблемах сканирования всего генома для выявления
геномных областей , демонстрирующих признаки положительного отбора у
современных зороастрий цев, которые могут коррелировать с распространенностью
определенных заболеваний среди этих сообществ. датируя эту смесь 690–1390 гг. Н. Э. И
предоставляя убедительные доказательства того, что иранское зороастрий ское
происхождение сохранялось в основном по мужской линии. Используя богатую
информацию о ДНК древних человеческих останков, мы также выделяем примесь у
предков иранских зороастрий цев, датируемых 570 г. до н. зороастрий цев из внешних
групп. Наконец, мы сообщаем о результатах и проблемах сканирования всего генома для
выявления геномных областей , демонстрирующих признаки положительного отбора у
современных зороастрий цев, которые могут коррелировать с распространенностью
определенных заболеваний среди этих сообществ. Используя богатую информацию о
ДНК древних человеческих останков, мы также выделяем примесь у предков иранских
зороастрий цев, датируемых 570 г. до н. зороастрий цев из внешних групп. Наконец, мы
сообщаем о результатах и проблемах сканирования всего генома для выявления
геномных областей , демонстрирующих признаки положительного отбора у
современных зороастрий цев, которые могут коррелировать с распространенностью
определенных заболеваний среди этих сообществ. Используя богатую информацию о
ДНК древних человеческих останков, мы также выделяем примесь у предков иранских
зороастрий цев, датируемых 570 г. до н. зороастрий цев из внешних групп. Наконец, мы
сообщаем о результатах и проблемах сканирования всего генома для выявления
геномных областей , демонстрирующих признаки положительного отбора у
современных зороастрий цев, которые могут коррелировать с распространенностью
определенных заболеваний среди этих сообществ.

Ключевые слова: популяционная генетика, генетическая структура, примесь,

зороастризм, новей шая изоляция, Иран, Индия, парсы.

Введение

Зороастризм развился из древней религии, которую когда-то разделяли предки племен,

поселившихся в Иране и северной Индии, и считается, что он был основан пророком-
жрецом Заратустрой (Зороастр по-гречески). Поскольку нет никакого контекста или
документации о жизни Заратустры, само его существование является предметом
споров. Хотя некоторые ученые предполагают, что он жил в VI веке до н. предметом
больших споров 1 , 2 ) до великих миграций на юг в современный Иран, Афганистан,
Северный Ирак и некоторые части Центральной Азии. 3Зороастризм стал государст 651
г. н.э.), в это время религия как имперская вера наиболее известна. Зороастризм
перестал быть государственной религией Ирана после арабских завоеваний (633–654 гг.
Н. Э.), Хотя считается, что широкое обращение в ислам началось примерно до 767 г. н. э. 4

Согласно традиции парсов (т.е. индий ских зороастрий цев), группа зороастрий цев
отплыла из Ирана, чтобы избежать преследований со стороны мусульманского
большинства. Они высадились на побережье Гуджарата (Индия), где им разрешили
остаться и исповедовать свою религию. Дата прибытия была причиной спекуляций и
варьируется между 785 г. н.э. 5 и 936 г. н.э. 6 Эти даты, среди прочего, основаны на
« Киссе-йе Санджан », легендарном повествовании о путешествии по морю из Ирана и
поселении в Индии. 7 Однако известно, что морская торговля велась между этническими
группами из Ирана, включая зороастрий цев, и народами Индии задолго до прихода
ислама. 8В последующие века индий ские зороастрий цы поддерживали контакты с
зороастрий цами Ирана, а позже стали влиятельным меньшинством под британским
колониальным правлением.

Зороастрий ские общины сегодня (перепись 2011 г.) сосредоточены в Индии (61 000
человек), Южном Пакистане (1 675) и Иране — в основном в Тегеране, Й езде и Кермане
— (14 000). За последние 200 лет зороастрий цы, как парсы, так и иранцы, образовали
диаспоры в Северной Америке (14 306 человек), Канаде (6 422 человека),
Великобритании (5 000 человек), Австралии (3 808 человек) и на Ближнем Востоке (2
030 человек). Зороастризм - это непрозелитская религия с наследственным мужским
священством неопределенного происхождения. 9У парсов жреческие семьи отличаются
от мирян. Священнический статус является патрилиней ным, хотя существует также
сильный компонент по материнской линии, когда дочерей священников поощряют
вступать в брак с семьями священников. Примечательно, что многие священники
сохраняют семей ные генеалогии, которые можно проследить до предполагаемого
времени прибытия иранских зороастрий цев в Индию и за ее пределы на иранскую
родину.

Генетические данные предоставляют средства для изучения биологических

взаимоотношений различных популяций и проверки заявлений об общем
происхождении. Предыдущие исследования иранских зороастрий цев показали, что они
генетически отличаются от соседнего населения. Например, Farjadian et
al. 10 проанализировали вариации митохондриальной ДНК (мтДНК) у 14 различных
этнических групп из Ирана и обнаружили, что зороастрий цы и евреи генетически
отличаются от других групп. В том же духе Lashgary et al. 11проанализировали 14
биаллельных локусов из нерекомбинирующей области Y-хромосомы (NRY) и
обнаружили заметное снижение разнообразия гаплогрупп у иранских зороастрий цев по
сравнению со всеми другими группами. Кроме того, недавнее исследование с
использованием полногеномной аутосомной ДНК показало, что паттерны гаплотипов у
иранских зороастрий цев больше, чем у других современных иранских групп, совпадают
с геномом фермеров раннего неолита из Ирана с высоким охватом. 12

Меньше известно о генетическом ландшафте и происхождении зороастризма в Индии,

несмотря на то, что парсы составляют более 80% современных зороастрий цев во всем
мире. 13 Исследование четырех полиморфизмов длин рестрикционных фрагментов
(ПДРФ) показало более близкое генетическое родство парсов с южными европей цами,
чем с непарсами из Бомбея. 14 Кроме того, анализ гаплотипов NRY 15 и модели вариаций в
локусе HLA 16 у парсов Пакистана подтверждают преимущественно иранское
происхождение.

Вдохновленные этими наблюдениями, мы более подробно изучили генетическое

наследие зороастризма, создав полногеномные данные по аутосомам и генотипу
Y/мтДНК для иранских и индий ских зороастрий цев и сравнив их с другими
общедоступными генетическими данными. В этом исследовании мы стремились
ответить на следующие вопросы.

1. Какие демографические процессы (например, смешение, изоляция) больше всего

способствовали современным генетическим различиям между зороастрий скими
и незороастрий скими группами, взятыми из одной и той же страны?

2. Есть ли доказательства повышенной генетической однородности

зороастрий ских групп по сравнению с незороастрий скими группами?

3. Имеются ли генетические доказательства примесей в зороастрий ских

группах? Подтверждает ли это исторические записи, прослеживающие
происхождение индий ских зороастрий цев (также известных как парсы) от
мигрантов из Персии?

4. Имеются ли доказательства того, что какие-либо предполагаемые события

примеси были предвзяты по признаку пола?
 5. Имеются ли генетические доказательства отцовского происхождения
священников-парсов от небольшого числа основателей ?

6. Можем ли мы, используя сканирование всего генома, надежно обнаружить

геномные сигнатуры положительного отбора в зороастрий ских популяциях,
которые могут быть связаны с распространенностью болезней или другими
фенотипическими признаками в сообществе?

Предметы и методы

Образцы

Щечные мазки были взяты у 526 мужчин из Индии, Ирана, Объединенных Арабских
Эмиратов и Великобритании (см. Таблицу S1 ). Лица, отобранные в Объединенных
Арабских Эмиратах, в основном представляют собой парсов в первом поколении,
которые покинули Аден после коммунистического переворота в 1970 году, после чего
азиаты были изгнаны (Аден был частью Бомбей ского президентства до 1947 года, а
британцы покинули Аден в 1967–1968 гг.). Люди, отобранные из зороастрий ского
населения Соединенного Королевства, в основном являются потомками иммигрантов
19 века ; Зороастрий ская ассоциация была образована в 1861 году, когда в
Великобритании проживало около 50 зороастрий цев. 17Тампоны хранили в растворе
консерванта ДНК, содержащем 0,5% доэцилсульфата натрия и 0,05 М ЭДТА, для целей
транспортировки, а ДНК очищали экстракцией фенолом-хлороформом/осаждением
изопропанолом. Работа над генетикой этих образцов покрывается комитетом по этике
Великобритании London Bentham REC (формально Объединенные комитеты UCL / UCLH
по этике исследований человека: комитет A и Alpha, справочный номер REC 99/0196,
главный исследователь MGT). Последующие процедуры соответствовали этическим
стандартам лондонского Bentham REC и зороастрий ских исследований (Бомбей ). Перед
взятием образцов от всех лиц было получено информированное согласие.

Полногеномное генотипирование с использованием массива

данных о происхождении человека
71 из этих людей (29 иранских зороастрий цев, 17 иранских фарси, 13 индий ских
зороастрий цев и 12 индий ских индусов), все принадлежащие к мирскому (т.е.
несвященному) населению, были генотипированы с использованием массива Affymetrix
Human Origins. Этот массив нацелен на 627 421 SNP с хорошо задокументированным
подтверждением, хотя мы отмечаем, что наши методы вывода используют информацию
о гаплотипе, которая, как было показано, меньше подвержена влиянию
систематической ошибки подтверждения. 18 , 19 SNP и индивидуумы были сокращены,
чтобы иметь коэффициент генотипирования выше 0,95 с использованием PLINK
v.1.9. 20 генотипов индий ских зороастрий цев и индий ских индуистов доступны в
формате plink (см.). Генотипы иранских зороастрий цев и иранских фарси были
обнародованы Broushaki et al. 12

Приведенный выше набор данных был объединен с современными популяциями в

наборе данных Human Origins Лазаридиса и др., 21 который включает 17 помеченных
популяций из Индии и Ирана (здесь мы везде используем их одинаковые метки). Мы
также включили другие древние образцы с высоким охватом: ранненеолитический
человек из Ирана (WC1), мезолитический охотник-собиратель из Люксембурга
(Loschbour), неолитический человек из Германии (LBK), Анатолии (Bar8 22 ) , Грузии
(KK1 23 ). ) и Венгрии (NE1 24 ), 4500-летний геном из Эфиопии (Мота 25 ) и 45000-летний
геном из западносибирского Усть-Ишима. 26 Всего слияние содержало 2 553 человека и
525 796 перекрывающихся SNP.

Анализ главных компонентов (PCA)

Мы выполнили PCA для всех южноазиатских и западноевропей ских популяций ,

включенных в слияние, с использованием PLINK 1.9 после обрезки неравновесного
сцепления (LD) с использованием -indep-pairwise 50 5 0,5.

Фазирование

Мы совместно фазировали аутосомные хромосомы для всех людей в слиянии, используя

SHAPEIT 27 с параметрами по умолчанию и построение генетической карты на основе
неравновесия сцепления 37.

Хромосомная окраска и тонкая структура

Мы разделили наших 2545 современных людей на 230 групп, причем большинство из

этих групп основано на ярлыках населения. 21 Исключением являются лица из Ирана,
Индии и соседних популяций (см. рис. S1 ), которые были переклассифицированы в
новые группы на основе генетики с использованием результатов алгоритма
кластеризации FineSTRUCTURE, который группирует людей в генетически однородные
кластеры, полностью основанные на закономерностях. общего происхождения,
идентифицированного CHROMOPAINTER. 28 Вкратце, CHROMOPAINTER использует
подход «раскрашивания хромосом», который сравнивает образцы общих гаплотипов
между каждой реципиентной хромосомой и набором донорских хромосом. 28Для анализа
CHROMOPAINTER, используемого для нашего анализа FineSTRUCTURE, который
является первым протоколом окрашивания, описанным в этой статье и упоминаемым
повсюду как «окрашивание FineSTRUCTURE», мы окрашивали каждого из 696 особей из
популяций , описанных выше, используя всех остальных 695 особей в качестве
доноров. . Здесь мы первоначально оценили параметры мутации/эмиссии (Mut, «-M») и
скорости переключения (Ne, «-n»), используя 10 шагов алгоритма максимизации
ожидания (EM) для хромосом 1, 4, 15 и 22, и на каждые 10 человек (вслед за van Dorp et
al. 29 и Broushaki et al. 12), что дало расчетные значения Mut и Ne 0,00091 и 320,9197
соответственно. Затем эти значения были зафиксированы перед запуском
CHROMOPAINTER для всех хромосом, чтобы получить «профиль рисования», дающий
пропорцию полногеномной ДНК, которую каждый человек разделяет с каждым другим
человеком-донором в этом анализе. Затем все хромосомы были объединены для оценки
параметра нормализации FineSTRUCTURE «с», который составил 0,28. Вслед за Leslie et
al., 30 мы затем запустили FineSTRUCTURE, используя это значение c и выполнив 2 000
000 итераций Марковской цепи-Монте-Карло (MCMC), выбирая предполагаемую
кластеризацию каждые 10 000 итераций . Следуя рекомендованному подходу,
описанному Lawson et al., 28Затем мы использовали FineSTRUCTURE, чтобы най ти
кластеризацию одной выборки MCMC с наивысшей апостериорной вероятностью, и
выполнили 100 000 дополнительных шагов восхождения, чтобы най ти соседнее
состояние с еще более высокой апостериорной вероятностью. Этот метод восхождения
на холм сгруппировал эти 695 человек в 207 кластеров, которые мы затем объединили в
дерево, используя жадный алгоритм FineSTRUCTURE, который объединяет пары
кластеров, шаг за шагом, пока не останется только два суперкластера.

Основываясь на этом дереве, изучении генетического сходства между людьми (см.

ниже) и визуальной проверке паттернов общих гаплотипов среди наших 207 кластеров,
мы классифицировали эти кластеры в генетически однородные группы, выбрав уровень
дерева, на котором было 50 окончательных общих кластеров. , среди которых иранские
зороастрий цы и парсы образовали свои отдельные группы. На этом уровне дерева мы
отмечаем, что 10 000-летний неолитический иранский WC1 сгруппировался с другими
современными иранцами, но, тем не менее, мы переклассифицировали WC1 как
отдельный кластер, так что в итоге мы получили 51 окончательный общий кластер,
который мы используем повсюду. в этой статье (см. Таблицу S2 , Рисунок S1 ).

Затем мы нарисовали все 230 современных и 8 древних образцов, используя все 230
современных групп в качестве доноров, следуя подходу «исключить один из них», как
описано Hellenthal et al., 31 который разработан, чтобы сделать профили окраски
сопоставимыми. В частности, если каждая группа доноров {1, …, K} содержит {n 1 , …, n K }
особей соответственно, набор доноров фиксируется и содержит n k − 1 особей из каждой
из K групп. Это связано с тем, что люди не могут быть окрашены, используя себя в
качестве донора, так что люди в каждой из этих K групп доноров могут быть окрашены
только с использованием n k− 1 человек из собственного группового лей бла. Мы
ссылаемся на этот второй протокол окрашивания, где K = 230, как на «окрашивание всех
доноров». Обратите внимание, что основное различие между этим рисунком и рисунком
FineSTRUCTURE, описанным выше, заключается в том, что теперь мы используем
групповые метки, частично основанные на результатах кластеризации, которые
необходимы для нашего подхода исключения одного. При использовании информации о
гаплотипе для этой картины мы первоначально оценили параметры мутации/эмиссии и
скорости переключения, как описано выше, дав расчетные значения Mut и Ne, равные
0,000704 и 223,5674 соответственно.

Мы также выполнили несколько иную версию этой окраски, в которой иранское и

индий ское население были исключены в качестве доноров, используя описанный выше
подход исключения одного для всех 216 оставшихся групп, третий протокол окраски с K
= 216, который мы далее называем «живопись неиндий ских/иранских доноров». Мы
сделали это, чтобы смягчить генетические эффекты из-за недавней изоляции в наших
индий ских и иранских группах при выводе лучших заменителей источников примеси в
наших группах. Параметры Mut и Ne (0,00069 и 225,32 соответственно) были
переоценены для этого нового сценария, как описано выше. Чтобы помочь определить,
являются ли примеси из внешних групп или независимые эффекты дрей фа из-за
генетической изоляции причиной генетических различий между отобранными
группами в Иране и Индии 29 , 30(т.е. нижние прямоугольные треугольникиРисунки 1C,
1D, S2 и S3 ), мы дополнительно включили все неиндий ские группы в качестве доноров
при рисовании индий ских групп («неиндий ская живопись») и все неиранские,
непарсские группы при рисовании иранских групп («неиндий ские картины»). Иранско-
парсий ская живопись»). Это связано с тем, что в этой статье мы делаем вывод, что
иранцы являются важными участниками ДНК парсов, что делает их жизненно важными
для включения при оценке того, вызваны ли генетические различия между индий скими
группами примесью.
фигура 1

Кластеризация, гомогенность и генетическая дифференциация иранского и

индий ского населения
(A) Каждый цвет внутри кругов представляет долю особей с каждой меткой
популяции, которая присвоена каждому кластеру FineSTRUCTURE («Другие»
включает все кластеры, содержащие в основном особей за пределами Ирана и
Индии), с общим числом особей , включенных в каждый кластер. показаны в скобках
в легенде.
(B) Распределение предполагаемых CHROMOPAINTER длин сегментов гаплотипов (в
сМ), скопированных интактно от одного донора, когда 13 случай но отобранных
особей из каждой группы (римские цифры в A) копируются с других 12 особей с той
же меткой . (Черная точка = средние значения, столбцы = 95% эмпирических
квантилей для отдельных лиц.)
(C и D) Сравнение попарного TVD на основе окраски всех доноров (верхний
треугольник) и F   , смягчающего недавние эффекты дрей фа (нижний треугольник)
XY

на основе (C) неиндий ских доноров, рисующих для Индии, и (D) неиранских доноров
/Жертвы-парсы рисуют для иранских групп.

TVD, F   и F   между иранской и индий ской группами

XY ST

Мы количественно оценили различия в профилях окраски между всеми иранскими и

индий скими группами, применив метрическое общее расстояние вариации (TVD), как
описано в Leslie et al. 30 по формуле:

ТВДИксД= 0 . 5∑к = 1К(фИкск−фДк) .

кудафИкска такжефДкпредставляют собой среднюю долю ДНК по всему геному, которую

индивидуумы из групп реципиентов X и Y, соответственно, соответствуют группе
доноров k ϵ [1, …, K ], согласно данным CHROMOPAINTER. Мы также сделали вывод о
парном TVD среди лиц, отнесенных к одной и той же группе, как определено нашими
окончательными 51 кластерами, выведенными FineSTRUCTURE, результаты которых
обсуждаются в предыдущем разделе.

Независимые эффекты дрей фа в группах X и Y с момента их разделения могут

порождать генетические различия между ними, не требуя какой -либо внешней
интрогрессии после этого разделения. Чтобы выяснить, связаны ли предполагаемые
генетические различия с происхождением из внешних источников, мы использовали
подход van Dorp et al. 29 , предназначенный для смягчения этих эффектов дрей фа. В
частности, мы рассчитали:

ФИксДзнак равноТВДИксД0,5 (ТВД˜Икс+ТВД˜Д)
кудаТВД˜Иксравно

ТВД˜Икс= 0,5∑я = 122л ял[∑к = 1К∣∣фИкся к−фДк∣∣]

где L i — количество SNP в хромосоме i ϵ [1,…, 22], L — общее количество SNP во всех 22
хромосомах, афИкся к- средняя доля ДНК, которую люди из X совпадают с донорской
группой k при окрашивании только хромосомы i. Этот подход масштабирует
генетические различия между двумя группами по различиям между хромосомами в
каждой группе, используя то, как каждая хромосома должна подвергаться независимому
дрей фу. 32 Для этого анализа мы использовали (1) неиранские/парсские доноры,
рисующие для иранского населения, и (2) неиндий ские доноры, рисующие для
индий ского населения, которые аналогичным образом пытаются ослабить эффекты
дрей фа в каждой иранской и индий ской группах, сопоставляя их ДНК только группам за
пределами их стран (таким образом запрещая «самокопирование» в
иранских/индий ских группах). 29 Для сравнения F XYтакже был рассчитан для иранской и
индий ской групп с использованием картины всех доноров.

Взвешенный FST для этих групп также был рассчитан на основе независимых SNP с
использованием PLINK 1.9, который реализует метод, предложенный Вей ром и
Кокерхэмом. 33

Изучение относительного количества генетического

разнообразия внутри групп

Для сравнения методов мы использовали следующие три различных подхода для

количественной оценки относительного количества генетического разнообразия
внутри групп.

Анализ CHROMOPAINTER для определения относительного количества генетического

разнообразия внутри групп

Мы выполнили четвертый анализ с использованием CHROMOPAINTER, который

аналогичен анализу van Dorp et al. 29 для оценки относительного генетического
разнообразия в пределах 8 кластеров, полученных методом FineSTRUCTURE, которые
содержали иранских или индий ских особей и имели размер выборки, превышающий
или равный 13 (количество особей парсов): индиец_A, индиец_B, индиец_C, парс,
иранец_A, Iran_Zoroastrian, Kharia и Mala_Vishwabrahmin (каждый из которых определен
в Таблице S2). Для каждого из этих 8 кластеров мы случай ным образом отобрали 13
особей и окрасили каждую особь, используя только 12 других особей из
соответствующей группы в качестве доноров, используя 50 шагов алгоритма
CHROMOPAINTER EM, определяя частоту переключения и эмиссии (т. е. «-i 50 - на -
iM»). Мы называем этот четвертый протокол рисования «рисованием внутригруппового
разнообразия». Для каждого человека мы рассчитали средний размер сегмента путем
деления общей длины сантиморганов полногеномной ДНК, скопированной со всех
доноров, на общее ожидаемое количество гаплотипических сегментов, скопированных
со всех доноров. Этот средний размер сегмента можно рассматривать как отражающий
относительное количество разнообразия гаплотипов всего генома в каждой группе, при
этом больший средний размер сегмента отражает относительно меньшее разнообразие
всего генома.

Анализ PLINK IBD для определения относительного количества генетического

разнообразия внутри групп

Мы также сделали вывод о внутригрупповом генетическом разнообразии для всех

попарных комбинаций одних и тех же 13 особей в каждом из вышеуказанных
генетических кластеров с использованием коэффициента IBD PI_HAT, реализованного в
PLINK v.1.9, в наборе данных, где SNP были сначала сокращены, чтобы удалить SNP с
высокой степенью сцепления. неравновесность (r 2 > 0,2) в скользящем окне из 250 SNP.

Анализ fastIBD для определения относительного количества генетического

разнообразия внутри групп

Чтобы исследовать внутригрупповое генетическое разнообразие с использованием

третьего подхода, который позволяет SNP находиться в LD, как в наших оценках размера
сегмента на основе CHROMOPAINTER, мы применили fastIBD с использованием
программного обеспечения BEAGLE v.3.3.2. 34 Для каждого кластера мы использовали
fastIBD, чтобы сделать вывод о попарной доле IBD между каждой парой из 13 человек,
включенных в подвыборку. Для каждой хромосомы каждого кластера было проведено
10 независимых запусков теста fastIBD с пороговым значением IBD 10-10 для каждого
попарного сравнения людей , как это рекомендовано Браунингом и Браунингом, 34 хотя
мы отмечаем, что результаты были схожими при использовании порогового значения
IBD 0,0001.

Вывод событий примесей с помощью подхода к моделированию

смесей , GLOBETROTTER, f3-Statistics и TreeMix

Как отмечалось ранее 30 , 31 , предполагаемые профили окраски CHROMOPAINTER часто не

являются идеальной сводкой общих моделей предков, поскольку, например, группы
доноров с большими размерами выборки могут быть непропорционально представлены
в этих картинах. Чтобы учесть это, мы провели дополнительный анализ, чтобы
«очистить» необработанный вывод CHROMOPAINTER. В частности, мы применили
бай есовский подход к моделированию смесей , описанный в Broushaki et al. 12чтобы
вывести пропорции происхождения для всех групп-получателей (которые мы называем
«целями») по отношению к другим включенным группам, которые представляют собой
потенциальные «суррогаты» источников происхождения. Здесь мы провели два
анализа: (1) включая все 229 современных групп, исключая цель, в качестве
потенциальных суррогатов и (2) используя все 229 современных и 8 древних групп в
качестве потенциальных суррогатов (т.е. всего 237 суррогатных групп). Цель этого
подхода к смешанному моделированию состоит в том, чтобы определить, какое
подмножество из этих 229–237 потенциальных суррогатов лучше всего отражает
источники происхождения в целевой группе. Затем мы используем это подмножество
суррогатов в нашем анализе примесей , описанном ниже. Тем не менее, мы отмечаем, что
любые пропорции, полученные в результате анализа этой модели смеси, не обязательно
должны интерпретироваться как отражающие пропорции примесей из различных групп
источников. Вместо,
Мы применили GLOBETROTTER, 31 подход, основанный на гаплотипах, для выявления,
описания и датирования недавних событий примеси, чтобы проверить доказательства
примеси отдельно в каждой из 24 «целевых» групп из Ирана, Индии, Пакистана и
Армении. Грубо говоря, GLOBETROTTER делает вывод о примеси в целевой группе,
используя два (взаимосвязанных) шага. Первый делает вывод о генетическом составе
предполагаемых исходных групп примеси, а второй - о дате примеси. На первом этапе
мы использовали окраску всех доноров из CHROMOPAINTER для каждой целевой
группы, поскольку этот шаг вывода GLOBETROTTER требует, чтобы каждый суррогат и
целевая группа были окрашены с использованием одного и того же (или очень
похожего) набора доноров. 31На втором этапе мы использовали CHROMOPAINTER для
создания десяти образцов окраски на гаплоидный геном для каждого иранца, индий ца,
пакистанца и армянина под другой окраской , где каждый из этих индивидуумов
окрашен, исключая любых индивидуумов из назначенной им группы в качестве
доноров. Мы называем этот пятый протокол рисования «живописью
ГЛОБЕТРОТТЕР». Мы делаем эту картину GLOBETROTTER, чтобы следовать протоколу,
предложенному в Hellenthal et al., 31 .поскольку включение людей из вашей собственной
группы в качестве доноров при рисовании часто существенно маскирует сигналы
примеси, особенно при построении кривых затухания неравновесия по сцеплению (LD),
критически важных для датирования примеси. Это происходит потому, что люди
(неудивительно, но бесполезно) сопоставляют большие сегменты своего генома с
другими людьми из своей группы. Хотя мы могли бы также использовать эту раскраску
GLOBETROTTER для первого шага, который выводит генетический состав исходных
групп примеси, для каждой целевой группы нам тогда пришлось бы перерисовывать
каждую суррогатную группу аналогичным образом, исключая индивидуумов этой
целевой группы в качестве доноров. Вместо этого для экономии вычислений мы
использовали одно и то же рисование всех доноров для каждой целевой группы, что, как
предполагает предыдущая работа, мало что меняет на практике для этих размеров
выборки и которое мы рассмотрим ниже.31 Для каждой целевой группы мы включили
только суррогатные группы, которые внесли свой вклад в описанный выше подход к
смешанному моделированию, отдельно по двум сценариям смешанного моделирования,
используя в качестве суррогатов (1) только современные группы и (2) современные и
древние группы. Мы определили даты примеси, используя диапазон кривой распада LD
по умолчанию 1–50 сМ и размер бина 0,1 сМ при рассмотрении расстояния между
сегментами генома. Исключением являются случаи, когда предполагаемая дата примеси
была> 60 поколений назад с использованием этого диапазона кривой по умолчанию и
размера бина, и в этом случае мы переоценили даты, используя диапазон кривой 1–10
сМ и размер бина 0,05 сМ, поскольку ранее было показано, что использование
аналогичного диапазона и размера ячей ки позволяет более надежно оценить более
ранние даты примесей . 31В каждом анализе мы использовали 5 итераций чередующегося
исходного состава и вывода GLOBETROTTER по дате примеси
(количество.микширования.итераций : 5) и 100 повторных выборок бутстрепа для
вывода доверительных интервалов вокруг точечных оценок даты примеси. Кроме того,
в каждом случае анализы проводились дважды, один раз с использованием параметра
null.ind:0 и один раз с параметром null.ind:1 для оценки эффекта стандартизации по
отношению к псевдо (нулевому) индивидууму, подход, предназначенный для учета
ложных сигналов неравновесие по сцеплению, не связанное с примесью. 31Показаны
только результаты для null.ind = 1, так как результаты для null.ind = 0 были очень
стабильными. Для сравнения мы также выполнили дополнительный анализ
GLOBETROTTER с использованием заменителей , полученных в соответствии с (2), при
использовании результатов CHROMOPAINTER для окраски неиндий ских/иранских
доноров, на этот раз с использованием одной и той же окраски CHROMOPAINTER как для
первого, так и для второго этапов GLOBETROTTER, описанных выше. .
В качестве совершенно другого способа определения примеси мы также использовали
ADMIXTOOLS 32 для расчета статистики f3, f3(X; A, B), широко используемого теста для
обнаружения примеси в целевой популяции X, которая, как предполагается, получила
ДНК от двух наследственных исходных популяций . представлены суррогатными
группами A и B. Мы сделали вывод о примеси отдельно у индий ских и иранских
зороастрий цев, используя все попарные комбинации других популяций в наборе
данных, а также древние выборки в качестве возможных источников примеси A и B.

Кроме того, мы использовали TreeMix 35 , чтобы вывести раздвоенное дерево,

объединяющее четыре группы: наши индий ские и иранские зороастрий ские группы, а
также группы с наибольшим размером выборки из Ирана и Индии. Мы также включили
й оруба в качестве внешней (корневой ) популяции, оценили результаты при
дальней шем включении одного события миграции среди популяций в дереве и учли
неравновесие по сцеплению между SNP в окнах из 500 SNP (-k 500).

Тесты положительного отбора

Мы использовали статистику XP-EHH (гомозиготность по расширенным
гаплотипам) 36 для обнаружения признаков недавнего положительного отбора путем
сравнения популяций со схожими демографическими историями. В частности, мы
определили предполагаемые регионы положительного отбора у зороастрий цев Ирана и
Индии, используя в качестве эталонных популяций кластеры иранцев_А и индусов_А
(для последнего использовались только индивидуумы, помеченные как Индия_индусы
и гуджарати из-за ограничения использования других выборок для отборочных
тестов). 21 ) соответственно. Отметим, что мы применяем XP-EHH к популяциям, которые,
по нашему мнению, здесь смешаны (см. Результаты ). Хотя XP-EHH уже применялся к
смешанным популяциям ранее, 37мы предупреждаем, что это, предположительно, может
привести к ложным результатам, поскольку пропорции ДНК, унаследованные от
интрогрессирующей группы (у которых может быть больше или меньше неравновесия
по сцеплению, чем у предковой группы), будут случай ным образом варьироваться в
генетических регионах. Несмотря на эту трудность, нормализованные оценки XP-EHH
были рассчитаны с использованием SELSCAN v.1.1.0, 38 с положительными значениями
XP-EHH, указывающими на потенциальный отбор в зороастрий ских популяциях, и
отрицательными значениями XP-EHH, указывающими на потенциальный отбор в
незороастрий ских популяциях. Аннотации SNP были получены с использованием
ANNOVAR. 39

Мы выполнили 100 тестов перестановки, чтобы установить эмпирическое

распределение значений XP-EHH по геному как для индий ской , так и для иранской
популяций , как для определения порогов значимости, так и для оценки надежности
нашего вывода о выборе. Для каждой перестановки мы случай ным образом разделили
наших зороастрий цев и незороастрий цев на две разные группы, а затем вычислили XP-
EHH, сравнивая эти две группы. Пороговые значения на уровне значимости 0,01%
(квантили 0,0001 и 0,9999) из эмпирического распределения, объединяющего все 100
перестановок, использовались для определения значимости теста XP-EHH. Эти значения
были -4,46 и 4,46 для Ирана и -4,37 и 4,37 для Индии.

Типирование Y-хромосомы и секвенирование

митохондриальной ДНК
Чтобы изучить примесь половых различий и оценить утверждения о наследовании по
отцовской линии среди священников-парсов, все 526 образцов, собранных для этого
исследования, были типированы на Y-хромосому (490 успешных образцов) и
митохондриальную ДНК (518 успешных образцов) (см. Таблицу S1 ). ). Y-хромосомы
типировали по 6 STR (DYS19, DYS388, DYS390, DYS391, DYS392 и DYS393) и по 11
биаллельным локусам (92R7, M9, M13, M17, M20, SRY1465, SRY4064, SRY10831 , sY81, Tat
и YAP). как описано Томасом и соавт. 40 и для биаллельного маркера 12f2, как описано
Rosser et al. 41 Номера микросателлитных повторов были присвоены в соответствии с
номенклатурой Kayser et al. 42Для подмножества образцов (священники-парси) четыре
дополнительных микросателлита Y-хромосомы (DYS389I, DYS389II, DYS425 и DYS426)
были типированы, как описано Thomas et al. 40 гаплогрупп Y-хромосомы (Yhg) были
определены 12 биаллельными маркерами в соответствии с консорциумом Y-хромосомы
и самой последней номенклатурой ISOGG.

Гипервариабельный сегмент 1 митохондриальной ДНК (HVS-1) секвенировали, как

описано Thomas et al. 43 Последовательности были получены для всех образцов между
позициями 16 027 и 16 400 в соответствии со схемой нумерации Anderson et
al. 44 гаплотипа мтДНК были отнесены к гаплогруппам (iMhg) с помощью HaploGrep. 45

Непредвзятое генетическое разнообразие h и его стандартная ошибка были рассчитаны

с использованием формулы, данной Nei 46 , а значительные различия в рассчитанных
значениях были обнаружены с использованием стандартного
двустороннего теста z . Популяции сравнивались с использованием FST на основе частот
гаплотипов или гаплогрупп, оцененных на основе анализа молекулярной дисперсии
(AMOVA) Ø значений  ST47 , 48 и с использованием точного теста для популяционной
дифференциации. 49 Оценка значимости парных F STзначения были основаны на 10 000
перестановок данных, и в точном тесте использовалось 10 000 марковских
шагов. Паттерны генетической дифференциации визуализировали с использованием
анализа главных координат (PCO), выполненного на матрице подобия, рассчитанной
как 1 - F ST , на основе частот Yhg и iMhg. Значения вдоль главной диагонали матрицы
сходства, представляющие сходство каждой популяционной выборки с самой собой ,
рассчитывались на основе оцененного генетического расстояния между двумя копиями
одной и той же популяционной выборки (для Ø ST на основе F ST результирующие
значения самоподобия упростить до n /( n - 1), где n - размер выборки).

Пропорции Y-хромосомы и примеси мтДНК были оценены с использованием метода

LEA, основанного на правдоподобии, 50 на основе Yhg и предполагаемых частот iMhg. Мы
выполнили 5 000 000 итераций Монте-Карло моделирования коалесцента и отбросили
первые 10 000 итераций как приработку.

Время слияния кластеров Y-хромосом, принадлежащих к одной и той же гаплогруппе,

определенной UEP, оценивали путем нахождения средней квадратичной разницы (ASD)
между предполагаемым предковым гаплотипом (в данном случае модальным
гаплотипом) и всеми наблюдаемыми хромосомами. 51 , 52 95% доверительный интервал
для этой оценки был рассчитан, как описано в Thomas et al. 53 с использованием 50 000
итераций . Частота микросателлитных мутаций была установлена на уровне 15/7856 на
основании данных трех опубликованных исследований . 54 , 55 , 56 Этот анализ был ограничен
гаплогруппами, содержащими высокочастотный модальный гаплотип (> 50%), где
можно было с уверенностью предположить наследственное состояние.
Полученные результаты

Зороастрий цы генетически отличаются от незороастрий цев, с разным историческим

происхождением парсов по сравнению с незороастрий скими индий цами
Большинство иранских зороастрий цев (см. « Испытуемые и методы » и Таблицу S1 для
описания образцов, использованных в этой работе) расположены в пределах аутосомно-
генетической вариации других отобранных иранских образцов в PCA западно-
евразий ских индивидуумов ( рис. S4 ). Интересно, что 2 из 29 иранских зороастрий цев
(YZ020 и YZ024) выглядят генетически отличными от других, и, согласно
FineSTRUCTURE, они объединяются с другими иранцами, не являющимися
зороастрий цами ( рис. S1 и S5 ).). Чтобы изучить общее происхождение генетически
однородного большинства отобранных нами иранских зороастрий цев, эти два человека
были исключены из дальней шего анализа. Парсы (т.е. индий ские зороастрий цы)
образуют более широкий кластер вдоль PC1, попадая в иранскую, пакистанскую и
индий скую группы ( рис. S4 ).
Мы объединили некоторых из отобранных нами людей , включая всех индий цев и
иранцев, в 51 генетически однородную группу, которая показала хорошую корреляцию
между генетическим сходством и маркировкой популяции (Рисунки 1А и S1 , таблица
S2 ; см. Предметы и методы для объяснения подхода кластеризации). Одна из этих
последних 51 групп содержала всех 13 парсов, образуя группу «парсов» (или, что то же
самое, «индий ских зороастрий цев»), которую мы используем на протяжении
оставшей ся части этого исследования. В отдельный кластер входили 27 из 29 иранских
зороастрий цев, а также один человек-фарси, который был генетически очень похож на
самоидентифицированных зороастрий цев ( рис. S5 , таблица S2 ).), и эти 28 человек
образуют группу «иранских зороастрий цев», которую мы используем на протяжении
оставшей ся части этого исследования. Оставшиеся 2 иранских зороастрий ца были
исключены как выбросы, как отмечалось выше, демонстрируя генетические модели,
более похожие на ливанцев, турок или бандари, с которыми они группировались, чем на
зороастрий цев ( рис. S5 ). Хотя наши окончательные иранские и индий ские
зороастрий ские кластеры будут разделены, если мы увеличим количество кластеров
выше 51 (см. Рисунок S1 ), мы отметим, что люди в каждом из наших окончательных
назначенных зороастрий ских кластеров очень генетически похожи друг на
друга. Например, наша генетическая дистанция на основе гаплотипов измеряет
TVD 30 ( см.) колебался от 0,0289 до 0,3284 среди попарных сравнений наших 28
иранских зороастрий цев и от 0,04 до 0,1772 среди наших 13 парсов, аналогично этому
внутри иранских евреев (0,046–0,308), калашей (0,02–0,233), брагуи (0,04–0,213),
Макрани (0,05–0,2773) и Тивари (0,0397–0,1605), что оправдывает их слияние в единую
группу для увеличения мощности последующего анализа (аналогично подходу,
использованному Лесли и др. 30 ).

Состав остальных генетически однородных кластеров можно най ти вфигура 1А

и Таблица S2 .

Среди отобранных нами людей из Армении, Индии, Ирана и Пакистана мы измерили

генетическое расстояние между парами групп, используя два разных метода: (1) широко
используемый метод измерения, основанный на частоте аллелей F ST 33 , и (2) метод,
основанный на гаплотипе. измерьте TVD 30 ( таблица S3 , рисунки S2 и S3 ). Генетическая
дистанция между группами в целом невелика, например, обычно FST <0,04. Однако,
подобно еврей ским группам из этих регионов, онге с изолированных Андаманских
островов и индей скому хариа, коренной племенной этнической группе, изолированной
от других групп, 57Зороастрий цы относительно сильно генетически отличались от
незороастрий цев по каждому из этих показателей , что согласуется с предыдущей
работой . 10 , 11 , 58 Например, генетическое расстояние между иранскими зороастрий цами и
неевреями, незороастрий цами из Ирана колебалось от 0,015 до 0,029 для FST и от 0,544 до
0,551 для TVD, причем каждое измерение расстояния больше максимального такого
измерения. между любыми двумя незороастрий скими, нееврей скими иранскими
группами (0,011 и 0,164 соответственно) ( таблица S3 ). Точно так же, исключая онге и
хариа, генетические расстояния между парсами и незороастрий цами из Индии
варьировались от 0,014 до 0,028 для F ST.и от 0,221 до 0,278 для TVD, где каждая мера
больше, чем максимальное расстояние между любыми двумя другими
незороастрий скими индий скими группами (0,002–0,008 и 0,058–0,122
соответственно). Следовательно, как в Иране, так и в Индии эти результаты указывают
на высокую степень генетической дистанции между зороастрий цами в этих странах по
сравнению с большинством других отобранных лиц из их соответствующих стран.

Относительно недавняя изоляция может усилить наблюдаемые генетические различия

между зороастрий цами и другими группами, например, что отражается в том, как
предполагается, что люди в каждой зороастрий ской группе имеют более поздних
предков с людьми той же популяционной метки, чем с людьми из других популяций
согласно нашей схеме всех доноров. ( Рисунок S1 ). Поэтому, чтобы смягчить
генетические различия между зороастрий цами и другими группами, которые
объясняются недавней изоляцией , мы провели дополнительный анализ, в котором
паттерны гаплотипов в наших иранских и индий ских группах сравнивались только с
паттернами гаплотипов в группах за пределами соответствующих стран (т. Дарители-
парси, рисующие для иранского населения, и доноры-неиндей цы, рисующие для
индий ского населения; см. Предметы и методы). По сравнению с нашей картиной всех
доноров, эти анализы, вероятно, отражают общее количество предков, живших в более
ранние времена. Критически важно, что две группы в Иране или Индии, происходящие
от одного и того же предкового источника (ов), должны соответствовать аналогичным
внешним группам в аналогичных пропорциях в соответствии с этим анализом, даже
если эти две группы имеют высокий  FST между собой из-за отсутствия недавнего
смешения. 29 Для этих анализов мы формально сравнили предполагаемые паттерны
соответствия между группами, используя основанную на гаплотипах меру
генетического расстояния, F XY ; 29 см. «Субъекты и методы »), в котором используются
независимые эффекты дрей фа между хромосомами для дальней шего вычитания
генетической дифференциации из-за недавней изоляции (см.Предметы и методы ).

В соответствии с этой мерой F XY иранские зороастрий цы показали значительно

уменьшенную генетическую дистанцию от других иранских групп (фигура 1D),
например, с зороастрий цами и кластером Iran_A, имеющими самое низкое значение
F XY из всех сравнений иранских групп ( Таблица S3 ). В отличие от результатов с
использованием наших мер FST и TVD, генетические различия, измеренные F XY , среди
незороастрий ских иранских групп выше . Тем не менее, показатели F XY не заметно ниже
между парсами и незороастрий скими группами из Индии, при этом в целом парсы
демонстрируют такую же относительно высокую степень генетической
дифференциации, как еврей ские группы кхария, онге и индий ского кохинхина, по
сравнению со всеми другими индий скими группами. группы ( Таблица S3 ), имитируя
наши результаты при сравнении этих групп с использованием FST и TVD (фигура 1С).
Генетическая однородность выше в зороастрий ских группах, что согласуется с
повышенной эндогамией по сравнению с незороастрий цами в Иране и Индии
По сравнению с незороастрий скими группами мы обнаружили, что иранские
зороастрий цы и парсы имеют относительно более длинные гаплотипические сегменты
с членами своей группы (Рисунки 1Б и С6 ,Таблица 1), что отражает более высокую
степень генетического сходства внутри каждой зороастрий ской группы по сравнению с
незороастрий скими группами. Это согласуется с тем, что как иранские, так и индий ские
зороастрий цы генетически изолированы от незороастрий ских групп. Это верно для
двух различных оценок однородности, которые используют информацию о
гаплотипе. Первый подход, FastIBD, 34 сравнивает ДНК попарных комбинаций
индивидуумов группы, и здесь дал медианные общие длины гаплотипов 0,148 сМ и
0,113 сМ для парных комбинаций иранских зороастрий цев и парсов, соответственно, по
сравнению с 0,075 для третьего по величине значения. в Харии. Второй подход,
CHROMOPAINTER 28 (под нашей картиной внутригруппового разнообразия; см. Предметы
и методы ).), сравнивает ДНК всех людей группы вместе, и здесь дал средние общие
длины гаплотипов среди людей 0,212 и 0,161 сМ для иранских зороастрий цев и парсов,
соответственно, по сравнению с 0,134 для третьего по величине значения в
Харии. Немного противореча этому, отметим, что значение PI_HAT из PLINK v.1.9, 20 ,
основанное на альтернативной методике, которая игнорирует информацию о гаплотипе
при измерении однородности, делает вывод, что кхария имеет большую однородность,
чем парс, что дает медианные значения 0,323 и 0,312. через попарные комбинации
Хариа и Парсис соответственно. Это, возможно, является результатом снижения
разрешения, когда не используется информация о неравновесии по сцеплению, по
край ней мере, при использовании установленных SNP. 34
Таблица 1
Измерение гомогенности группы: размер сегмента (CHROMOPAINTER), FIBD и PI_HAT
Кластер Сегмент (95% ДИ) FIBD (95% ДИ) PI_HAT (95% ДИ)

Индиана 0,108 (0,103–0,117) 0,063 (0,051–0,078) 0,302 (0,297–0,309)

Индийский_B 0,106 (0,104–0,128) 0,063 (0,052–0,075) 0,301 (0,296–0,308)

Индийский_C 0,115 (0,106–0,14) 0,06 (0,05–0,096) 0,304 (0,299–0,312)

Индийские зороастрийцы 0,161 (0,12–0,184) 0,113 (0,074–0,145) 0,312 (0,299–0,324)

Иранский_A 0,106 (0,103–0,11) 0,06 (0,047–0,08) 0,301 (0,294–0,306)

Иранские зороастрийцы 0,212 (0,171–0,271) 0,148 (0,098–0,301) 0,326 (0,31–0,372)

Хария 0,134 (0,091–0,223) 0,075 (0,052–0,318) 0,323 (0,311–0,412)

Мала_Вишвабрамин 0,104 (0,101–0,112) 0,061 (0,049–0,089) 0,308 (0,301–0,319)

Открыть в отдельном окне

Предполагаемые CHROMOPAINTER медианные размеры сегментов гаплотипов (в

сМ), скопированные без изменений от одного донора, позволяют 13 случай но
выбранным индивидуумам из каждого кластера копироваться из других 12
индивидуумов, отнесенных к тому же кластеру, с использованием 50 шагов
максимизации ожидания (EM). Значения IBD, полученные с помощью fastIBD (FIBD),
реализованного в BEAGLE v.3.3.2, с использованием тех же 13 случай но выбранных
лиц. Также сообщаются значения PI_HAT, полученные с помощью PLINK v.1.9 для тех
же 13 случай но выбранных лиц после подвыборки SNP для удаления лиц с высоким
неравновесием по сцеплению. Медианные и эмпирические квантильные значения
для 13 человек даны для каждой метрики для каждого кластера.

Доказательства смешения зороастрий ских групп с разными источниками и временем

с использованием ядерных данных

Мы рассчитали статистику f3, используя аутосомную ДНК иранских зороастрий цев и

парсов в качестве целей и все парные комбинации других современных и древних групп
в качестве источников, сообщая обо всех парных комбинациях, которые давали
отрицательное значение f3 с показателем Z > |2| для парсов в таблице S4. Во всех
случаях один источник примеси лучше всего представлен современным индей ским
населением. Второй источник обычно представлен древним неолитическим образцом
из Европы или Анатолии или современной группой , близкой к Ирану, такой как
Армения, Ливан или иракские евреи, что предполагает источник, подобный
иранскому. В случае иранских зороастрий цев не было выявлено никаких событий
примеси ни с одной из групп, присутствующих в наборе данных, что согласуется с
предыдущими отчетами о том, что статистика f3 иногда снижала способность
обнаруживать примеси в изолированных группах, например, с эффектами узкого места
или основателя. 32

Кроме того, мы датировали события смешения как у парсов, так и у иранских

зороастрий цев, используя программное обеспечение GLOBETROTTER на основе
гаплотипов, как описано в разделе « Испытуемые и методы » . Анализы с
использованием (1) только современных групп и (2) как древних, так и современных
групп в качестве возможных суррогатов дали в значительной степени подтверждающие
результаты, например, с перекрытием доверительных интервалов для дат, когда
предполагается примесь для одной и той же целевой группы (Рисунки 2и S7 , таблицы
S5–S7 ). Однако тест (2) иногда был более чувствительным, как указано ниже.

фигура 2

Недавняя примесь в Индии и Иране

(A) Предполагаемая недавняя примесь в Индии и Иране под рисунком всех доноров с
использованием заменителей примеси из Европы (коричневый ), Ближнего Востока
(оранжевый ; Й емен темно-оранжевый ), Африки (светло-зеленый ), Пакистана
(красный ), Бангладеш (розовый ). ), Камбоджа (голубой ), Иран (темно-зеленый ) и
Индия (синий ) и еврей ского наследия (фиолетовый ), а также древние образцы WC1
(желтый ), Усть-Ишим (темно-серый ) и Бар8 (светло-серый ). Предполагаемые
пропорции общих гаплотипов с каждой суррогатной группой представлены на
круговых диаграммах, при этом все участвующие группы выделены не серым
цветом на карте в левом нижнем углу.
(B) Даты примеси (точки) и 95% доверительные интервалы (столбики), полученные
GLOBETROTTER, окрашенные в соответствии с суррогатом, который лучше всего
отражает второстепенный источник примеси.
(C) Кривые совместного происхождения GLOBETROTTER, иллюстрирующие
взвешенную вероятность (черные линии) того, что сегменты ДНК, разделенные
расстоянием x (в сМ), соответствуют двум суррогатам примеси, отмеченным здесь,
для парсов (суррогаты WC1 против Indian_C) и иранских зороастрий цев (суррогаты
WC1 против Кипр), а также наиболее подходящие экспоненциальные распределения
(зеленые линии) с использованием предполагаемой даты из (B) для каждого.

В (1) и (2) мы обнаружили примесь у парсов, датированных 27 (диапазон: 17–38) и 32

(19–44) поколениями назад соответственно, в каждом случае между одним
преимущественно индоподобным источником и одним преимущественно
Ираноподобный источник. Этот большой вклад иранского источника (∼64%–76%) не
наблюдается ни в одном из других наших 7 индий ских кластеров, хотя мы
обнаруживаем примесь в каждой из этих 7 групп из самых разных источников,
связанных с современными людьми из Бангладеш, Камбоджа, Европа, Пакистан или
еврей ского происхождения (Рисунки 2и S7 , таблицы S5–S7 ). Для иранских
зороастрий цев мы обнаруживаем примесь только при анализе (2), произошедшем 66
(42–89) поколений назад между источником, который лучше всего генетически
объясняется как смесь современных хорватских и кипрских образцов, и вторым
источником, соответствующим неолитическим иранским образцам. фермер WC1. Мы
делаем вывод о примеси во всех трех других нееврей ских иранских группах, хотя и
последовательно более поздних (<38 поколений назад) с вкладами из источников,
связанных с современными группами из Турции, Пакистана и Восточной Африки
(Рисунки 2и S7 , таблицы S5–S7 ). Два иранских зороастрий ца, которые были исключены
как исключения, демонстрировали модели примесей , более похожие на ливанских,
турецких евреев или иранских бандари, чем на зороастрий цев ( таблица S8 ).

Мы также запустили TreeMix, чтобы вывести раздвоенное дерево, относящееся к пяти

отобранным группам: две наши зороастрий ские группы, еще одна индий ская группа
(Indian_C), еще одна иранская группа (Iranian_A) и й оруба в качестве внешней группы
( рис. S8 ). Этот анализ TREEMIX выявил самое высокое значение дрей фа у иранских
зороастрий цев, что согласуется с нашим анализом, описанным выше (Рисунки 1B
и S6 , Таблица S1 ). Включение одного события миграции улучшило остатки
подобранного дерева ( рис. S9 ), но предположило примесь парсов с другими
индий скими группами, а не наоборот. Это, вероятно, отражает проблему точной
идентификации и описания событий примеси в некоторых случаях, когда не измеряется
непосредственно затухание неравновесия по сцеплению, которое ожидается в истинных
сигналах примеси. 31 , 59

Доказательства примеси пола у парсов с использованием данных Y-хромосомы и

мтДНК

Бинарный полиморфизм Y-хромосомы, определяющий гаплогруппы (Yhg) и

предполагаемые гаплогруппы мтДНК (iMhg), показал, что выборка жрецов парсов имеет
самые низкие значения генного разнообразия среди всех изученных выборок как для Y,
так и для мтДНК ( таблицы S1 , S9 и S10 ), хотя мы не имел достаточно данных от
иранских зороастрий ских жрецов, чтобы сделать какое-либо аналогичное
наблюдение. Парные значения FST, основанные на частоте iMhg и Yhg , показывают, что
по мужской линии миряне-парсы имеют более тесную связь с иранскими
зороастрий цами-мирянами, но по женской линии они имеют более тесную связь с
незороастрий цами из Индии ( рис. S10 ).). Тем не менее, ни один из общих гаплотипов
последовательности STR + биаллельного маркера Y-хромосомы или контрольной
области мтДНК не был общим для образцов священника-парса и иранского
зороастрий ского священника, а все значения FST p и точные тесты, основанные на Yhg , Y-
гаплотипе, iMhg или Частоты гаплотипов мтДНК указывают на значительную
дифференциацию между этими двумя группами.

Используя метод вероятностной оценки примеси (LEA) Chikhi et al. 50 , как реализовано в
программном обеспечении LEA 60 на данных Yhg и iMhg, с незороастрий скими
индий цами и иранскими светскими зороастрий цами в качестве суррогатов для двух
смешанных исходных популяций , мы делаем вывод, что наиболее вероятный вклад
иранских светских зороастрий цев в Y-хромосомы светских парсов должен быть 96%
(Рисунок 3С; медиана = 86%, среднее значение = 82%, 95% ДИ = от 41% до 99%), тогда
как наиболее вероятный иранский светский зороастрий ский вклад в мтДНК парсов
составляет 13% (Рисунок 3С; медиана = 20%, среднее значение = 24%, 95% ДИ = от
0,05% до 78%). Более 90% апостериорных оценок для Y-хромосомы вклада иранских
светских зороастрий цев в мирских парсов были выше, чем апостериорные оценки
вклада мтДНК иранских светских зороастрий цев в мирских парсов в случай ных
выборках, взятых из каждого распределения.

Рисунок 3

Изменчивость мтДНК и Y-хромосомы в Иране и Индии

(A и B) Частоты макрогаплогрупп NRY (A) и мтДНК (B) в Индии и Иране.
(C) Апостериорное распределение пропорций ираноподобных примесей у мирских
парсов, предполагающих незороастрий ские индий ские и иранские светские
суррогатные зороастрий ские группы, с использованием наблюдаемых значений
iMhg и Yhg.

Происхождение жрецов парсов

Данные Y/мтДНК определили 8 гаплогрупп Y-хромосомы и 182 полных гаплотипа Y-

хромосомы при использовании биаллельных и STR локусов ( таблицы S9 и S10 ) и 240
гаплотипов мтДНК, которые сгруппированы в 14 гаплогрупп с использованием
ключевых мутаций HVS-1. Образец священников-парсов имеет самые низкие значения
генного разнообразия из всех исследованных образцов как для Y, так и для мтДНК, при
этом большинство Y-хромосом священников-парсов (86%) попадают либо в Yhg-
P ∗ (xR1a1a), либо в Yhg-L (как определено). на рисунке S11 ). Распределение STR-
определенных гаплотипов внутри этих гаплогрупп характеризуется наличием
высокочастотного модального гаплотипа (>50%), а остальные гаплотипы отличаются
от модального гаплотипа лишь небольшим числом мутационных ступеней (Рисунок
S11 ). Исключением является одна «исключительная» хромосома Yhg-L, которая, как
было обнаружено, имеет девять шагов мутации, отличающихся от модального
гаплотипа Yhg-L, определяемого девятью микросателлитами. Эти данные согласуются с
тем, что большинство священников-парсов были потомками двух мужчин-основателей
по отцовской линии в относительно недавнем прошлом. Предполагая, что, за
исключением одного выброса Yhg-L, модальные гаплотипы являются предковыми
гаплотипами 53 для всех остальных хромосом внутри каждого Yhg, мы оцениваем даты
слияния для этих парсов Yhg-P ∗(xR1a1a) и Yhg-L хромосомы составляют 37 поколений
(95% ДИ от 19 до 61 поколения) и 31 поколение (95% ДИ от 18 до 46 поколений )
соответственно. Если предположить, что время генерации составляет 28 лет, это
соответствует 1036 годам (95% ДИ от 532 до 1708 лет) и 868 годам (95% ДИ от 504 до
1288 лет) соответственно. Отмечая, что эти две оценки даты слияния существенно не
отличаются (только 63% смоделированных дат для Yhg-P ∗(xR1a1a) старше, чем у Yhg-L),
мы переоценили дату слияния, предполагая, что обе линии произошли в одно и то же
время, най дя среднее значение ASD для соответствующих модальных гаплотипов для
обоих кластеров. Это дало комбинированную оценку даты слияния гаплогрупп в 923
года (95% ДИ от 597 до 1277 лет). Когда принимается во внимание неопределенность в
оценке частоты мутаций , 95% ДИ расширяется до 501–1782 лет.

Выявление генетических регионов, демонстрирующих доказательства

отбора у зороастрий цев по сравнению с незороастрий цами
Мы рассчитали значения XP-EHH для иранских зороастрий цев и парсов, используя
других иранцев и индий цев в качестве контрольных групп населения ( рис.
S12 ). Таблицы S11 и S12 содержат подробную информацию обо всех SNP ниже и выше
квантилей 0,0001 и 0,9999 эмпирического распределения, основанного на
перестановках, соответственно (см. « Субъекты и методы »), включая гены в этих
регионах или фланкирующие гены в случае межгенных SNP. . Тем не менее, мы
отмечаем, что наша процедура перестановки показывает очень похожее распределение
значений XP-EHH, наблюдаемое в реальных данных ( Рисунок S13 ), предполагая, что эти
зарегистрированные сигналы следует интерпретировать с осторожностью.
В случае иранских зороастрий цев большинство областей с наиболее сильными
сигналами отбора (положительные значения XP-EHH) расположены в межгенных или
интронных областях. Среди них некоторые из наиболее значимых SNP (p < 0,0001 на
основе процедуры перестановки; см. « Субъекты и методы ») расположены выше
гена SLC39A10 (Solute Carrier Family 39 Member 10 [MIM: 608733 ]) и играют важную роль
в гуморальном иммунитете . 61 или в CALB2 (Calbindin 2 [MIM: 114051 ]), который играет
важную роль в физиологии мозжечка. 62

Что касается положительных тестов отбора парсов по сравнению с индий скими

индусскими/гуджаратскими группами, наиболее значимые SNP были встроены
в WWOX (оксидоредуктазу, содержащую домен WW [MIM: 605131 ]), связанную с
неврологическими расстрой ствами, такими как ранняя эпилепсия (MIM: 616211 ), 63 , а в
области хромосомы 20 некоторые коровые домены из семей ства  WFDC (кислый белок
WAP, содержащий четырехдисульфидный коровой домен) и другие гены, такие
как SPINT4 (ингибитор серинпептидазы, тип Кунитца 4), SNX21 (член семей ства
сортирующих нексинов 21), или TNNC2 (тропонин С2, быстрый скелетный тип
[MIM: 191039 ]) (см. Таблицу S11для полного списка). С другой стороны, среди SNP,
демонстрирующих сигнатуры положительного отбора в эталонной индий ской
популяции, были идентифицированы два высокозначимых сигнала
отбора: LOC102467224 и LOC283177 с неизвестными функциями.

Перейти к:

Обсуждение

Хотя в недавних исследованиях изучалось происхождение различных еврей ских

популяций из Индии, таких как евреи Кочина или Бене Исраэль 64 , 65 , 66 , мало что известно
о генетической структуре относительно изолированных популяций , обитающих в
основном в Индии и Иране и исповедующих зороастризм. одна из древней ших
существующих религий в мире. Мы представляем генетический анализ зороастрий цев
из Ирана и Индии в масштабе генома и предоставляем генетические доказательства их
исторического исхода. 6

Зороастрий цы как в Иране, так и в Индии генетически отличаются от других групп в

этих странах по Y-хромосоме, мтДНК и аутосомным вариациям.Рисунки 1,,3,3, S1–
S5 и S10 , таблицы S2 , S3 , S9 и S10 ). Однако мы обнаружили двух иранских
зороастрий цев, которые генетически отличались от других зороастрий цев ( рис.
S4 и S5 ), что позволяет предположить, что эти люди, возможно, были неправильно
обозначены или недавно обратились в зороастризм. Последнее указывает на то, что
современные зороастрий цы в Иране сегодня не являются такой закрытой группой , как
сообщалось ранее. 9

За исключением этих двух иранских зороастрий цев, оставшиеся зороастрий цы как в

Иране, так и в Индии демонстрируют высокий уровень генетической однородности,
более высокий , чем любая другая иранская и индий ская группа, рассмотренная в этом
исследовании.фигура 1B), несмотря на то, что образцы были отобраны из нескольких
мест. Вероятно, это связано с эффектами основателя, узкими местами и/или некоторой
эндогамией на протяжении последнего тысячелетия и вплоть до наших дней . Эти
факторы, вероятно, сыграли важную роль в наблюдаемых различиях в паттернах
аутосомной ДНК между иранскими зороастрий цами и незороастрий цами из Ирана,
поскольку анализы, которые пытаются смягчить эти эффекты генетической изоляции,
заметно уменьшают наблюдаемые генетические различия между иранскими
зороастрий цами и незороастрий цами.Рисунки 1D и S2 , таблица S3 ). Напротив, наши
анализы, направленные на смягчение эффектов изоляции, не оказывают существенного
влияния на наблюдаемые генетические различия между индий скими зороастрий цами
(парсами) и незороастрий скими группами из Индии, предполагая, что различные
истории смешения разных индий ских групп играют важную роль в формировании
наблюдаемых генетических различий . среди этих индий ских групп сегодня (Рисунки 1C
и S3 , Таблица S3 ).

В частности, мы обнаруживаем событие смешения у парсов, датируемое примерно 1030

г. н.э. (690–1390 гг.), между источником, генетически сходным с современными
индий скими группами, и вторым источником, генетически лучше всего
представленным примерно 9500-летним неолитическим фермером из Ирана. (фигура
2, Таблица S6 ). Этот иранский источник интрогрессии отличается от источников
примеси, предполагаемых во всех других отобранных индий ских группах.фигура
2, Таблица S6 ). Наша дата примеси соответствует историческим записям о
крупномасштабной миграции зороастрий цев в Индию, начавшей ся около 785 г. н.э. 5 или
936 г. н.э. 6 , предоставляя генетические доказательства этого периода миграции и
предполагая, что мигранты смешались с местными жителями вскоре после
прибытия. Наши результаты показывают, что эти миграции могли привести к
единственному «импульсу» примеси, произошедшему около 1030 г. н.э., хотя наши даты
также согласуются с несколькими эпизодами миграции примерно с 690 г. н.э. до 1390 г.
н.э., которые трудно распутать, учитывая размеры выборки. . 31Тем не менее, мы видим
свидетельство иранского происхождения только у парсов и ни у каких других
отобранных незороастрий ских групп из Индии, что убедительно указывает на то, что
наш сигнал о примеси связан с миграцией зороастрий цев из Ирана, а не связан с
исторически задокументированной торговлей между нынешними -день Ирана и
Индии 8 , что, вероятно, включало бы смешение незороастрий ских групп.
Наш подход заключался в том, что неолитический иранский образец WC1 был лучшим
заменителем иранского источника примеси в парсах, чем любые современные иранские
группы (включая иранских зороастрий цев) (фигура 2, Таблица S6 ), вероятно, является
результатом сильного эффекта узкого места и/или недавних событий примеси, из-за
которых современные иранские группы выглядят более генетически
дифференцированными по сравнению с зороастрий ской исходной группой , которая
мигрировала в Индию примерно 17–44 поколения назад. Например, при выполнении
альтернативного анализа, который пытается смягчить эффекты генетической изоляции
в каждой современной иранской и индий ской группе, запрещая генетическое
совпадение с членами из одного и того же назначенного кластера ( т . , этот высокий
вклад в ДНК парсов заменяется современными иранскими зороастрий цами ( таблица
S7 , рисунок S7 ).). Если вместо этого мы используем исходный подход, который не
смягчает эти эффекты изоляции (т. е. все доноры рисуют вфигура 2, Таблица S6 ), но
исключая WC1 в качестве суррогата, иранская группа, вносящая наибольший вклад в
парсов, - это иранская_A, а не иранские зороастрий цы ( таблица S5 ). Тот факт, что
иранские зороастрий цы считаются источником примеси парсов только после смягчения
эффектов изоляции, предполагает, что по край ней мере некоторые из этих эффектов
дрей фа у иранских зороастрий цев произошли позже, чем миграции парсов в Индию
примерно 600–1300 лет назад. Напротив, у парсов трудно определить, в какой степени
их относительная генетическая однородность (например,фигура 1B) отражает
недавнюю изоляцию, так как примесь или изоляция произошли в их родовом источнике
из Персии до этого события примеси.

Паттерны мтДНК и изменчивости NRY также дают четкое свидетельство контраста

материнского и отцовского происхождения у парсов, что согласуется с предыдущими
исследованиями, которые предполагают, что миграция предков современного
населения парсов из Ирана в Индию была в значительной степени сексуально
асимметричной . 67В частности, он поддерживает зороастризм, принесенный из Ирана в
Индию группой мужчин, и / или тот факт, что поток генов в сообщество парсов из
соседнего индий ского населения был в основном опосредован женщинами. В
соответствии с этим, с генетически оцененной и исторически подтвержденной датой
прибытия парсов в Индию и с заявлением о происхождении по отцовской линии среди
священников-парсов, мы делаем вывод, что большинство священников-парсов
происходят от двух мужчин-основателей 923 года (95% CI 597 до 1277 лет назад. Это
соответствует еврей скому отцовскому духовенству коэнов, которые заявляют о своем
происхождении от брата Моисея Аарона и демонстрируют низкое разнообразие Y-
хромосомы, при этом большинство STR-гаплотипов Y-хромосомы либо принадлежат
модальному гаплотипу, либо представляют собой лишь небольшое количество
мутаций . 53

В иранских зороастрий цах мы сделали вывод об относительно старом событии примеси

между источниками, наиболее генетически представленными неолитическим иранским
WC1 и современными киприотами, происходящим около 70 г. н.э. (диапазон: 570 г. до
н.э. – 750 г. н.э.). В то время как мы делаем вывод о примеси в каждой из трех других
нееврей ских иранских групп (Рисунки 2и S7 , таблицы S5–S7 ), эта дата примеси у
зороастрий цев значительно старше, что согласуется с их давней
изоляцией . Неопределенность даты и древний характер этого события не позволяют
интерпретировать его в четком историческом контексте, но одна интригующая
возможность заключается в том, что оно отражает смешение групп, объединившихся
благодаря верности киприотов Александру Македонскому, чтобы помочь завоевать
Персидскую империю в 332 г. до н.э. Во всяком случае, интересно, что наш диапазон дат
близко соответствует периоду, охватывающему три основные персидские империи
(Ахеменидскую, Парфянскую и Сасанидскую), для которых зороастризм был
официальной государственной религией (559 г. до н. э. — 651 г. н. э.). Древняя ДНК из
этих областей , связанных с этими древними группами и другими, значительно улучшит
наше понимание этого древнего сигнала.

Примечательно, что при использовании только современных групп в качестве

суррогатов и исключении WC1 GLOBETROTTER не смог обнаружить это более старое
событие примеси ( Таблица S5). В этом последнем анализе наша модель считала, что
иранские зороастрий цы достаточно генетически соответствуют одной современной
группе (иранцы_A), не требуя каких-либо других источников
происхождения. Предположительно это связано с тем, что иранец_A имеет сходные
генетические модели с иранскими зороастрий цами, а GLOBETROTTER делает вывод о
похожей (но более поздней ) примеси 20–38 поколений назад в иранском_A между
источниками, лучше всего представленными WC1 и современными турецкими
группами. Наши результаты здесь предполагают, что это сходство маскирует более
старый вклад ДНК зороастрий цев. Тем не менее, сочетание WC1 и других современных
групп обеспечивает лучшее соответствие наследственному источнику иранских
зороастрий цев, чем использование только иранского_A, что позволяет четко указать на
примесь (Рисунки 2и S7 , Таблицы S6 и S7 ). Это показывает, как добавление даже
небольшого количества древних образцов, особенно тех, на которые меньше повлияла
недавняя примесь, может увеличить мощность и понимание генетической истории
популяции, даже если эти древние образцы значительно старше изучаемого периода
времени, как в данном случае. с WC1, жившим более чем на 7000 лет раньше.

Наш анализ показывает, что современные иранские зороастрий цы перестали

смешиваться с другими группами вскоре после завоевания Персии арабами в 633–654
годах нашей эры. 68 Напротив, мы делаем вывод о более поздних событиях в каждой из
наших трех других нееврей ских иранских групп (Рисунки 2и S7 , таблицы S5–
S7 ). Например, в иранском_A мы делаем вывод о примесном событии с вкладом предков,
связанном с турецкой исходной группой , датируемой 1222 годом н. периода империи
Сельджуков (1037–1194 гг. н.э.), которая охватывала части современной Турции, 69 в то
время как в иранском_B мы делаем вывод о примеси, датируемой 1418 г. н.э. (1194–1558
гг. Империя Тимуридов (1370–1507 гг. Н. Э.), Которая простиралась до территории
современного Пакистана. 70Наконец, мы делаем вывод о нашем самом недавнем событии
иранской примеси у двух наших индивидуумов Iran_C с вкладом из
восточноафриканского источника и предполагаемой датой 1642 г. н.э. (1558–1754 гг.
н.э.), которая совпадает с империей Сефевидов (1501–1736 гг. н.э. 71 ). ) и может быть
связано с арабской работорговлей , как отмечалось ранее. 31 Требуется дополнительная
работа, чтобы установить точную историческую природу этих примесных событий .

Генетическая изоляция и эндогамия могут быть связаны с более высокой частотой

распространенности заболевания. Например, есть отчеты о высокой частоте рецидивов
таких заболеваний , как диабет 72 у иранских зороастрий цев и болезнь Паркинсона 73 , рак
толстой кишки 74 или дефицит G6PD, 75 фермента, вызывающего резкое снижение
количества эритроцитов, у иранских зороастрий цев. Парсис. Исследователи
утверждают, что в дополнение к этим демографическим эффектам отбор также может
играть роль в заболеваемости редкими заболеваниями или другими фенотипами, как
ранее сообщалось о евреях-ашкенази. 76 , 77Таким образом, выявление областей
положительного отбора в зороастрий ских популяциях может быть полезным для
понимания распространенности болезней или отдельных фенотипических признаков в
сообществе. Используя XP-EHH 36 , сравнивая зороастрий цев с незороастрий цами, мы
определили некоторые регионы, которые могли быть отобраны именно у
зороастрий цев (p < 0,0001 на основе процедуры перестановки; см. « Испытуемые и
методы »), а также у не -зороастрий цев. Зороастрий ские эталонные группы ( таблицы
S11 и S12 ). Некоторые из этих областей содержат гены, ассоциированные с различными
заболеваниями (см. Результаты ).). Тем не менее, исследование перестановок, в котором
зороастрий цы и незороастрий цы были случай ным образом распределены по двум
группам, а затем проверено на предмет отбора между этими группами, дало значения
баллов XP-EHH, очень похожие на те, что наблюдались в наших непереставленных
данных ( рис. S13 ), гарантируя осторожность в интерпретации этих результатов и
иллюстрирование проблем в идентификации сигналов отбора с использованием
сканирования всего генома. Для подтверждения их значимости потребуется большая
когорта в сочетании с исчерпывающими эпидемиологическими исследованиями. Тем не
менее, они представляют собой первое понимание генетической предрасположенности
и/или устой чивости к заболеваниям в этих группах и могут стать основой для целевых
медицинских подходов в этих изолированных группах.

Таким образом, мы исследуем генетический ландшафт и структуру индий ских и

иранских зороастрий цев и предоставляем генетические доказательства того, что парсы
произошли от смешения между родовыми группами, состоящими преимущественно из
мужчин с иранскими корнями и женщин с индий скими корнями. Мы датируем это
событие у предков парсов примерно 1030 годом нашей эры, что согласуется с
историческими записями. Мы также приводим доказательства гораздо более древнего
события примеси иранских зороастрий цев, датируемого примерно 74 г. н.э. с
неизвестным историческим объяснением, но совпадающим с периодом, когда
зороастризм дей ствовал в качестве государственной религии в регионе. Мы также
показываем, что зороастрий цы в обеих странах представляют собой генетически
однородные популяции, отличающиеся от других групп населения, живущих
локально. вероятно, отчасти из-за религиозных правил, препятствующих смешению с
незороастрий цами. Необходима дальней шая работа, чтобы помочь понять,
коррелируют ли генетические различия, связанные с этой изоляцией , с наблюдаемыми
различиями в фенотипах заболеваний между этими сообществами и другими
локальными группами.

Перейти к:

Благодарности

SL поддерживается BBSRC (номер гранта BB/L009382/1). GH поддерживается

стипендией сэра Генри Дей ла, совместно финансируемой Wellcome Trust и Королевским
обществом (номер гранта 098386/Z/12/Z) и поддерживаемой Национальным
институтом исследований в области здравоохранения Университетского колледжа
Лондонских больниц Биомедицинского исследовательского центра. MGT была
поддержана премией Wellcome Trust Senior Investigator Award (номер гранта
100719/Z/12/Z). LvD поддерживается CoMPLEX через EPSRC (номер гранта
EP/F500351/1). Мы благодарны Зороастрий ским исследованиям (Бомбей ) и, в
частности, г-ну Ходжесте П. Мистри за содей ствие проекту в Индии и знакомство со
священниками во всех местах, где были получены образцы. Мы также благодарим г-жу
Фирозу Пунтаки Мистри, г-жу Ташан Мистри и покой ную г-жу Шехназ Невилл Мунши за
участие в сборе образцов в Индии и Иране. Мы также благодарим Детскую больницу
Филадельфии за генотипирование образцов на массиве Affymetrix Human Origins. GH
является основателем и директором GENSCI и консультантом LivingDNA. MEW является
сотрудником Genomics plc, компании, предоставляющей услуги геномного анализа в
 фармацевтическом и здравоохранительном секторах. Он участвовал в проведении этого
исследования исключительно в качестве лектора по статистической генетике в
Королевском колледже Лондона. компания, предоставляющая услуги геномного
анализа в фармацевтическом и здравоохранительном секторах. Он участвовал в
проведении этого исследования исключительно в качестве лектора по статистической
генетике в Королевском колледже Лондона. компания, предоставляющая услуги
геномного анализа в фармацевтическом и здравоохранительном секторах. Он
участвовал в проведении этого исследования исключительно в качестве лектора по
статистической генетике в Королевском колледже Лондона.

Перейти к:

Заметки

Опубликовано: 24 августа 2017 г.

Перейти к:

Сноски

Дополнительные данные включают 13 рисунков и 12 таблиц, их можно найти

вместе с этой статьей в Интернете по
адресу http://dx.doi.org/10.1016/j.ajhg.2017.07.013 .

Перейти к:

Регистрационные номера

Генотипы индий ских зороастрий цев и индий ских индуистов доступны в формате plink
по адресу https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5223583.v1 .

Перейти к:

Веб-ресурсы
 Данные генотипа для этой статьи в формате
plink, https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5223583.v1
 ИСОГГ, https://isogg.org/
 ОМИМ, http://www.omim.org/

Перейти к:
Дополнительные данные
Документ S1. Рисунки S1–S13 и таблицы S1 и S4–S12:

Щелкните здесь для просмотра. (2.1М, pdf)

Таблица S2. Количество лиц из каждой метки населения, включенных во все

кластеры, определенные FineSTRUCTURE:

Щелкните здесь для просмотра. (35К, xls)

Таблица S3. F ST , TVD и F XY между иранским, индийским, пакистанским и армянским

кластерами:

Щелкните здесь для просмотра. (50 тыс., xls)

Документ S2. Статья плюс дополнительные данные:

Щелкните здесь для просмотра. (3,8М, pdf)

Перейти к:

использованная литература
1. Ламберг-Карловский С.С. Археология и язык: на примере индоиранцев
бронзового века. В: Брай ант Э.Ф., Паттон Л.Л., редакторы. Индоарий ский
спор. Доказательства и выводы в истории Индии. Группа Тей лор и
Фрэнсис; Лондон, Нью-Й орк: 2005. стр. 142–178. [ Академия Google ]

2. Мэллори Дж. П. Археологические модели и азиатские индоевропей цы. В:

Симс-Уильямс Н., редактор. Индоиранские языки и народы. Британская
академия; 2002. С. 19–42. [ Академия Google ]

3. Skjærvø PO La Persia e l'Asia Centrale da Alessandro al X secolo. Национальная

академия Линчеи; 1996. Заратустра в Авесте и в манихей стве. Ирано-
Манихей ка III; стр. 597–628. [ Академия Google ]

4. Стюарт С.И.Б. Таурис; 2013. Вечный огонь: зороастризм в истории и

воображении. [ Академия Google ]

5. Моди JJKR Кама Восточный институт; Бомбей : 1905 г. Несколько событий из

ранней истории парсов и их даты. [ Академия Google ]

6. Ходивала С.Х. (1920). Исследования по истории парсов (Бомбей ).

7. Издательство Williams A. Brill Academic Publishers; 2009. Зороастрий ский

миф о миграции из Ирана и поселении в индий ской диаспоре. [ Академия
Google ]
8. Винк А. Том 1. Издательство Brill Academic Publishers; 1990. (Аль-Хинд:
Создание исламского мира). [ Академия Google ]

9. Бой с М. Рутледж; 2001. Зороастрий цы: их религиозные верования и

обычаи. [ Академия Google ]

10. Фарджадиан С., Саззини М., Тофанелли С., Кастри Л., Таглиоли Л., Петтенер
Д., Гадери А., Ромео Г., Луизелли Д. Дискордантные модели мтДНК и
этнолингвистические вариации в 14 иранских этнических группах.
группы. Гум. здесь 2011 г.; 72 : 73–84. [ PubMed ] [ Академия Google ]

11. Лашгари З., Ходадади А., Сингх Ю., Хушманд С.М., Махджуби Ф., Шарма П.,
Сингх С., Сей един М., Сривастава А., Атаи М. Y-хромосомное разнообразие
среди иранских религиозных групп: резервуар генетической
изменчивости. Анна. Гум. биол. 2011 г.; 38 :364–371. [ PubMed ] [ Академия
Google ]

12. Брошаки Ф., Томас М.Г., Линк В., Лопес С., ван Дорп Л., Кирсанов К.,
Хофманова З., Дикманн Ю., Кэссиди Л.М., Диес-Дель-Молино Д.
Ранненеолитические геномы восточных Плодородный
Полумесяц. Наука. 2016; 353 : 499–503. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

13. Степанянц М. Издательство Гавай ского университета; 2002. Встреча

зороастризма с исламом. [ Академия Google ]

14. Аль-Магтех М., Рэй В., Мастана С.С., Гарральда М.Д., Бхаттачарья С.С.,
Папиха С.С. Вариации полиморфизмов ДНК короткого плеча Х-хромосомы
человека: генетическое родство парсов из западной Индии. Гум. здесь 1993
год; 43 : 239–243. [ PubMed ] [ Академия Google ]

15. Камар Р., Аюб К., Мохьюддин А., Хельгасон А., Мазхар К., Мансур А., Зерджал
Т., Тай лер-Смит С., Мехди С. К. Y-хромосомная вариация ДНК в
Пакистане. Являюсь. Дж. Хам. Жене. 2002 г.; 70 :1107–1124. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

16. Мохьюддин А., Мехди С.К. Анализ HLA парсов (зороастрий цев) в

Пакистане. Тканевые антигены. 2005 г.; 66 : 691–695. [ PubMed ] [ Академия
Google ]

17. Хиннеллс Дж. Кларендон Пресс Оксфорд; 1996. Зороастрий цы в

Британии. [ Академия Google ]

18. Conrad DF, Jakobsson M., Coop G., Wen X., Wall JD, Rosenberg NA, Pritchard JK
Всемирное исследование вариаций гаплотипов и неравновесия по сцеплению
в геноме человека. Нац. Жене. 2006 г.; 38 :1251–1260. [ PubMed ] [ Академия
Google ]

19. Хелленталь Г., Аутон А., Фалуш Д. Вывод истории человеческой

колонизации с использованием модели копирования. Генетика PLoS. 2008
г.; 4 :e1000078. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

20. Чанг С.С., Чоу С.С., Телье Л.С., Ваттикути С., Перселл С.М., Ли Дж.Дж. PLINK
второго поколения: ответ на вызов больших и богатых наборов
данных. Гигасай нс. 2015 г.; 4 :7. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google
Scholar ]

21. Лазаридис И., Надель Д., Роллефсон Г., Мерретт Д.С., Роланд Н., Маллик С.,
Фернандес Д., Новак М., Гамарра Б., Сирак К. Геномный взгляд на
происхождение земледелия в древности. Ближний
Восток. Природа. 2016; 536 : 419–424. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

22. Хофманова З., Крой цер С., Хелленталь Г., Селл К., Дикманн Ю., Диес-Дель-
Молино Д., ван Дорп Л., Лопес С., Кусатанас А., Линк В. Первые фермеры со
всего мира Европа напрямую произошла от неолита Эгей ского
моря. проц. Натл. акад. науч. США. 2016; 113 : 6886–6891. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

23. Джонс Э.Р., Гонсалес-Фортес Г., Коннелл С., Сиска В., Эрикссон А.,
Мартиниано Р., Маклафлин Р.Л., Гальего Льоренте М., Кэссиди Л.М., Гамба С.
Верхнепалеолитические геномы раскрывают глубокие корни современных
евразий цев. . Нац. коммун. 2015 г.; 6 :8912. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

24. Гамба К., Джонс Э.Р., Тисдей л М.Д., Маклафлин Р.Л., Гонсалес-Фортес Г.,
Маттиангели В., Домбороцки Л., Ковари И., Пап И., Андерс А. Геномный поток и
застой на пятитысячелетнем разрезе Европей ская
предыстория. Нац. коммун. 2014; 5 :5257. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

25. Гальего Льоренте М., Джонс Э.Р., Эрикссон А., Сиска В., Артур К.В., Артур
Дж.В., Кертис М.С., Сток Дж.Т., Колторти М., Пьеруччини П. Древний эфиопский
геном обнаруживает обширную евразий скую примесь на всем африканском
континенте. Наука. 2015 г.; 350 : 820–822. [ PubMed ] [ Академия Google ]

26. Фу К., Ли Х., Мурджани П., Джей Ф., Слепченко С.М., Бондарев А.А., Джонсон
П.Л., Аксиму-Петри А., Прюфер К., де Филиппо С. Последовательность генома
человека возрастом 45 000 лет. современный человек из Западной
Сибири. Природа. 2014; 514 : 445–449. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

27. Делано О., Марчини Дж., Загури Дж. Ф. Линей ный метод фазирования
сложности для тысяч геномов. Нац. Методы. 2011 г.; 9 : 179–
181. [ PubMed ] [ Академия Google ]

28. Лоусон Д., Хелленталь Г., Май ерс С., Фалуш Д. Вывод о структуре населения
с использованием данных о плотных гаплотипах. Генетика PLoS. 2012
г.; 8 :e1002453. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

29. Ван Дорп Л., Болдинг Д., Май ерс С., Пагани Л., Тай лер-Смит С., Бекеле Э.,
Тарекегн А., Томас М.Г., Брэдман Н., Хелленталь Г. Доказательства общего
происхождения кузнецов и земледельцы в эфиопском Ари за последние 4500
лет: уроки для вывода на основе кластеризации. Генетика PLoS. 2015
г.; 11 :e1005397. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

30. Лесли С., Винни Б., Хелленталь Г., Дэвисон Д., Бумертит А., Дэй Т., Хатник К.,
Рой рвик Э.С., Канлифф Б., Лоусон Д., Консорциум по контролю за случаями
болезни Wellcome Trust 2. Международный рассеянный склероз Генетический
консорциум Детальная генетическая структура британского
населения. Природа. 2015 г.; 519 : 309–314. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

31. Hellenthal G., Busby GBJ, Band G., Wilson JF, Capelli C., Falush D., Myers S.
Генетический атлас истории примесей человека. Наука. 2014; 343 : 747–
751. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

32. Паттерсон Н., Мурджани П., Луо Ю., Маллик С., Роланд Н., Жан Ю., Геншорек
Т., Вебстер Т., Рай х Д. Древние примеси в истории
человечества. Генетика. 2012 г.; 192 : 1065–1093. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

33. Вей р Б.С., Кокерхэм С.С. Оценка F-статистики для анализа структуры

населения. Эволюция. 1984 год; 38 :1358–1370. [ PubMed ] [ Академия Google ]

34. Браунинг Б.Л., Браунинг С.Р. Быстрый и мощный метод определения

идентичности по происхождению. Являюсь. Дж. Хам. Жене. 2011 г.; 88 : 173–
182. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

35. Пикрелл Дж.К., Притчард Дж.К. Вывод о разделении популяций и смесях на

основе данных о частоте аллелей по всему геному. Генетика PLoS. 2012
г.; 8 :e1002967. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

36. Sabeti PC, Varilly P., Fry B., Lohmueller J., Hostetter E., Cotsapas C., Xie X., Byrne
EH, McCarroll SA, Gaudet R., Международный консорциум HapMap
Полногеномное обнаружение и характеристика положительных отбор в
человеческих популяциях. Природа. 2007 г.; 449 : 913–918. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

37. Пикрелл Дж.К., Куп Г., Новембре Дж., Кударавалли С., Ли Дж.З., Абшер Д.,
Шринивасан Б.С., Барш Г.С., Май ерс Р.М., Фельдман М.В., Притчард Дж.К.
Сигналы недавнего положительного отбора в выборке человеческих
популяций по всему миру . Геном Res. 2009 г.; 19 :826–837. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

38. Szpiech ZA, Hernandez RD selscan: эффективная многопоточная программа

для выполнения сканирования на основе EHH для положительного
выбора. Мол. биол. Эвол. 2014; 31 :2824–2827. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

39. Ван К., Ли М., Хаконарсон Х. ANNOVAR: функциональная аннотация

генетических вариантов по данным высокопроизводительного
секвенирования. Нуклеиновые Кислоты Res. 2010 г.; 38 :е164. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

40. Томас М.Г., Брэдман Н., Флинн Х.М. Высокопроизводительный анализ 10

микросателлитных и 11 диаллельных полиморфизмов Y-хромосомы
человека. Гум. Жене. 1999 г.; 105 : 577–581. [ PubMed ] [ Академия Google ]

41. Россер З.Х., Зерджал Т., Хурлес М.Е., Адоджаан М., Алавантик Д., Аморим А.,
Амос В., Арментерос М., Аррой о Э., Барбуджани Г. Разнообразие Y-хромосомы в
Европе носит клинальный характер и зависит в первую очередь от по
географии, а не по языку. Являюсь. Дж. Хам. Жене. 2000 г.; 67 : 1526–
1543. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

42. Kayser M., Caglià A., Corach D., Fretwell N., Gehrig C., Graziosi G., Heidorn F.,
Herrmann S., Herzog B., Hidding M. Оценка Y-хромосомных STR: многоцентровая
исследование. Междунар. J. Legal Med. 1997 год; 110 : 125–133. 141–
149. [ PubMed ] [ Академия Google ]

43. Томас М.Г., Вил М.Э., Джонс А.Л., Ричардс М., Смит А., Рэдхед Н., Торрони А.,
Скоццари Р., Гратрикс Ф., Тарекегн А. Матери-основательницы еврей ских
общин: географически разделенные еврей ские группы независимо основан
очень немногими предками женского пола. Являюсь. Дж. Хам. Жене. 2002
г.; 70 :1411–1420. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

44. Андерсон С., Банкир А.Т., Баррелл Б.Г., де Брей н М.Х., Коулсон А.Р., Друин
Дж., Эперон И.С., Нирлих Д.П., Роу Б.А., Сэнгер Ф. Последовательность и
организация митохондриального генома человека. Природа. 1981 год; 290 :
457–465. [ PubMed ] [ Академия Google ]
45. Kloss-Brandstä tter A., Pacher D., Schö nherr S., Weissensteiner H., Binna R.,
Specht G., Kronenberg F. HaploGrep: быстрый и надежный алгоритм
автоматической классификации гаплогрупп митохондриальной
ДНК. Гум. Мутат. 2011 г.; 32 : 25–32. [ PubMed ] [ Академия Google ]

46. Ней М. Издательство Колумбий ского университета; 1987. Молекулярно-

эволюционная генетика. [ Академия Google ]

47. Рей нольдс Дж., Вей р Б.С., Кокерхэм С.С. Оценка коэффициента совместного
происхождения: основа для краткосрочной генетической
дистанции. Генетика. 1983 год; 105 : 767–779. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

48. Michalakis Y., Excoffier L. Общая оценка подразделения популяции с

использованием расстояний между аллелями со специальной ссылкой на
микросателлитные локусы. Генетика. 1996 год; 142 : 1061–1064. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

49. Рэй монд М., Руссе Ф. Точный критерий дифференциации

населения. Эволюция. 1995 год; 49 :1280–1283. [ PubMed ] [ Академия Google ]

50. Чихи Л., Бруфорд М.В., Бомонт М.А. Оценка пропорций примесей :

вероятностный подход с использованием цепи Маркова Монте-
Карло. Генетика. 2001 г.; 158 : 1347–1362. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

51. Слаткин М. Мера разделения популяции на основе частот

микросателлитных аллелей . Генетика. 1995 год; 139 : 457–462. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

52. Гольдштей н Д.Б., Руиз Линарес А., Кавалли-Сфорца Л.Л., Фельдман М.В.

Оценка генетических расстояний для использования с микросателлитными
локусами. Генетика. 1995 год; 139 : 463–471. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

53. Томас М.Г., Скорецкий К., Бен-Ами Х., Парфитт Т., Брэдман Н., Гольдштей н
Д.Б. Происхождение ветхозаветных священников. Природа. 1998 год; 394 :
138–140. [ PubMed ] [ Академия Google ]

54. Бьянки Н.О., Катанези С.И., Бай е Г., Мартинес-Мариньяк В.Л., Брави С.М.,
Видаль-Риоха Л.Б., Эррера Р.Дж., Лопес-Камело Дж.С. Характеристика
предковых и производных гаплотипов Y-хромосомы коренного населения
Нового Света. Являюсь. Дж. Хам. Жене. 1998 год; 63 : 1862–1871. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]
55. Heyer E., Puymirat J., Dieltjes P., Bakker E., de Knijff P. Оценка частот
микросателлитных мутаций , специфичных для Y-хромосомы, с
использованием родословных с глубокими корнями. Гум. Мол. Жене. 1997
год; 6 : 799–803. [ PubMed ] [ Академия Google ]

56. Kayser M., Roewer L., Hedman M., Henke L., Henke J., Brauer S., Krü ger C.,
Krawczak M., Nagy M., Dobosz T. Характеристики и частота мутаций
зародышевой линии в микросателлитных локусах от Y-хромосомы человека,
что было выявлено при непосредственном наблюдении за парами
отец/сын. Являюсь. Дж. Хам. Жене. 2000 г.; 66 : 1580–1588. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

57. Vidyarthi LP, Upadhyay VS Concept; 1980. Хариа: тогда и сей час:

сравнительное исследование Хилла, Дхелки и Дудх Хариа в центрально-
восточном регионе Индии. [ Академия Google ]

58. Рай х Д., Тангарадж К., Паттерсон Н., Прай с А.Л., Сингх Л. Реконструкция
истории населения Индии. Природа. 2009 г.; 461 : 489–494. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

59. Ло П.Р., Липсон М., Паттерсон Н., Мурджани П., Пикрелл Дж.К., Рай х Д.,
Бергер Б. Вывод истории смешения человеческих популяций с
использованием неравновесия по сцеплению. Генетика. 2013; 193 : 1233–
1254. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

60. Ланджелла О., Чихи Л., Бомонт М.А. LEA (Оценка примеси на основе
правдоподобия): программа для одновременной оценки примеси и времени с
момента примеси. Мол. Экол. Ресурс. 2001 г.; 1 :357–358. [ Академия Google ]

61. Hojyo S., Miyai T., Fujishiro H., Kawamura M., Yasuda T., Hijikata A., Bin BH, Irié
T., Tanaka J., Atsumi T. Транспортер цинка SLC39A10/ZIP10 контролирует
гуморальный иммунитет путем модуляции Сила сигнала В-клеточного
рецептора. проц. Натл. акад. науч. США. 2014; 111 : 11786–11791. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

62. Шиффманн С.Н., Черон Г., Лохоф А., д'Алькантара П., Мей ер М., Пармантье
М., Шурманс С. Нарушение координации движений и возбудимости клеток
Пуркинье у мышей , лишенных
кальретинина. проц. Натл. акад. науч. США. 1999 г.; 96 : 5257–
5262. [ Бесплатная статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

63. Abdel-Salam G., Thoenes M., Afifi HH, Kö rber F., Swan D., Bolz HJ.
Предполагаемый ген-супрессор опухоли WWOX мутирует при синдроме
ранней летальной микроцефалии с эпилепсией , задержкой роста и
дегенерацией сетчатки. Orphanet J. Rare Dis. 2014; 9:12 . [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

64. Вальдман Ю.Ю., Бидданда А., Дубровский М., Кэмпбелл К.Л., Одду С.,
Фридман Э., Ацмон Г., Гальперин Э., Острер Х., Кей нан А. Генетическая история
кохинхинских евреев из Индии. Гум. Жене. 2016; 135 : 1127–1143. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

65. Вальдман Ю.Ю., Бидданда А., Дэвидсон Н.Р., Биллинг-Росс П., Дубровски М.,
Кэмпбелл С.Л., Одду С., Фридман Э., Ацмон Г., Гальперин Э. Генетика Бене
Исраэль из Индии обнаруживает существенные еврей ского и индий ского
происхождения. ПЛОС ОДИН. 2016; 11 : e0152056. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

66. Чаубей Г., Сингх М., Рай Н., Кариаппа М., Сингх К., Сингх А., Пратап Сингх Д.,
Таманг Р., Селви Рани Д., Редди А.Г. Генетическое родство еврей ского
населения Индии . науч. 2016 г .; 6 :19166. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

67. Макэлриви К., Кинтана-Мурси Л. Популяционно-генетическая перспектива

долины Инда с помощью маркеров, унаследованных от одного
родителя. Анна. Гум. биол. 2005 г.; 32 : 154–162. [ PubMed ] [ Академия Google ]

68. Публикации Акрама А.И. Мактаба; 2009. Мусульманское завоевание

Персии. [ Академия Google ]

69. Джексон П. Обзор: история туркмен-сельджуков. Дж. Исламский конный

завод. 2002 г.; 13 : 75–76. [ Академия Google ]

70. Субтельный М. БРИЛЬ; 2007. Тимуриды в переходный период: тюрко-

персидская политика и аккультурация в средневековом Иране. [ Академия
Google ]

71. Ньюман АДЖИБ Таурис; 2006. Сефевидский Иран: возрождение

персидской империи. [ Академия Google ]

72. Халилзаде С., Афхами-Ардекани М., Афранд М. Высокая

распространенность диабета 2 типа и преддиабета среди взрослых
зороастрий цев в Й езде, Иран: перекрестное
исследование. Электрон. Врач. 2015 г.; 7 : 998–1004. [ Бесплатная статья
PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

73. Бхаруча Н.Э., Бхаруча Э.П., Бхаруча А.Е., Бхиз А.В., Шенберг Б.С.
Распространенность болезни Паркинсона в сообществе парсов Бомбея,
Индия. Арка Ней рол. 1988 год; 45 :1321–1323. [ PubMed ] [ Академия Google ]
74. Jusswalla DJ, Gangadharan P. Рак толстой кишки: 32-летний опыт работы в
Бомбее, Индия. Дж. Сур. Онкол. 1977 год; 9 : 607–622. [ PubMed ] [ Академия
Google ]

75. Baxi AJ, Balakrishnan V., Undevia JV, Sanghvi LD Дефицит глюкозо-6-

фосфатдегидрогеназы в сообществе парси, Бомбей . Индий ский Дж.
Мед. науч. 1963 год; 17 : 493–500. [ PubMed ] [ Академия Google ]

76. Гудман Р.М., Мотульский А.Г. Raven Press; Нью-Й орк: 1979. Генетические

заболевания среди евреев-ашкенази. [ Академия Google ]

77. Брей С.М., Мулле Дж.Г., Додд А.Ф., Пулвер А.Е., Вудинг С., Уоррен С.Т.
Эффекты основателя, примеси и отбор в еврей ском населении
ашкенази. проц. Натл. акад. науч. США. 2010 г.; 107 :16222–16227. [ Бесплатная
статья PMC ] [ PubMed ] [ Google Scholar ]

Статьи из Американского журнала генетики человека предоставлены здесь с

разрешения Американского общества генетики человека.