Вычисление пространственного распределения

электронной плотности в молекуле CO2

Задача:
Для выбранной молекулы получить распределение электронной плотности
при известных размерах молекулы.

Метод решения:
Для получения графического распределения электронной плотности в
молекуле СО2 пользовались программой abinit. На вход подавались
следующие данные: количество и тип атомов, данные о псевдопотенциале
(полученные с сайта http://www.pseudo-dojo.org/), размер элементарной
ячейки вместе с координатами атомов в ней, данные о блоховских
векторах, обрезка кинетической энергии, количество итерационных шагов,
минимальное возможное изменение энергии от шага к шагу,
диэлектрическая проницаемость среды.
Ниже представлена структура молекулы в программе vesta.
Видно, что посередине находится углерод С (коричневый), а по бокам от
него расположены атомы кислорода О (красные). Молекула линейная, с
длинной около 0.33 нм, что соотносится с реальностью.

Начальные параметры были следующими:

Примитивная ячейка: куб со стороной 5 Ангстрем.
Координаты атомов взяты из файла CO2.xyz
k-вектор с координатами 0 0 0
Кинетическая энергия обрывалась на 250 эВ
Итерационных шагов: 100
С минимальной разницей в энергиях 10-10 Хартри
Диэлектрическая проницаемость 2.5

Далее подбиралось оптимальное значение примитивной ячейки.

Для этого проводились расчёты для молекулы в кубе с длинами 5, 6, 7, 8, 9
Ангстрем. Результаты вычисления полной энергии для всех длин
представлены в таблице ниже.

Минимум достигается приблизительно в 7 Ангстремах. Это значение

считалось оптимальном и использовалась в дальнейших вычислениях.

После этого подбиралась обрезка кинетической энергии. Бралось

начальное значение равное 600 эВ и менялась с шагом 50 эВ 12 раз.
Данные этих вычислений представлены ниже.
Видно, что при увеличении ecut значение |delta etotal| уменьшается, но
пока не достигло режима случайных флуктуаций (потому что изначально
заданная точность была слишком высокой). Поэтому можно сказать, что
сходимость имеет место быть.
В нашем случае можно сказать, что ecut ≈ -39 Хартри.
В дальнейшем использовался (по недопонимаю) ecut = 600 эВ с полной
энергией -38.88 Хартри.

Графики сходимости для оптимизированных размеров ячейки и энергий

представлены ниже.

Видно, что сходимость имеет место быть, а так же очевидно, что

итерационный процесс занял 18 шагов.
Графическое распределение электронной плотности:
Извлекая из файлов CO2_DEN.nc информацию о плотности распределение
электронов в структуре, преобразовав эти файлы в формат xsf и, наконец,
открыв их в программе xcrysden, мы можем посмотреть на
пространственное распределение электронной плотности.
Выше показаны плотности в разных плоскостях параллельных молекуле.
По значению она выше на атомах кислорода, а не углерода. Связано это с
тем, что с точки зрения химической связи кислород – хороший окислитель,
а значит будет сильнее оттягивать от углерода электроны (у кислорода
больше электроотрицательность).
По типу химической связи это ковалентная (так как все 3 атома –
неметаллы) полярная (разные атомы в молекуле, из-за чего общая
электронная пара смещена) связь.