Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
2
2. Установка ПО
2.3. Для установки драйверов, включите и подключите HiPo MPP-96 к компьютеру. Вве-
дите информацию о пользователе.
3
2.4. Выберите, хотите ли создавать ярлык на рабочем столе и папку в меню Пуск, для
быстрого доступа.
2.6. После установки программы в новом окне откроется установка драйверов для при-
бора. Подтвердите лицензионное соглашение и дождитесь установки драйверов.
Нажмите Finish по окончанию процесса.
4
2.7. Завершите установку. Оставьте галочку Run the Reader software, чтобы запустить
программу.
5
3. Уровни доступа пользователей и администрато-
ров.
6
Рисунок 3. Постоянный доступ с правами администратора
4. Проведение методики
7
4.4. Опционально: укажите референтный канал и необходимость перемешивания план-
шета перед измерением.
8
4.7. Экспорт данных.
4.7.1. Для вывода данных в форматах PDF, XLS или CSV
нажмите на соответствующую иконку.
4.7.2. Для сохранения эксперимента в формате программы Quant Assay
нажмите на кнопку «Сохранить».
4.7.3. Для вывода данных в формате планшета нажмите на кнопку XLS 96
well, которая находится рядом с «Редактором Методик».
5. Проведение теста
9
5.4. Заполнение планшета.
5.4.1. Выберите одну из доступных групп для анализа авидности:
Таблица 1. Группы, используемые для анализа авидности
10
Примечание. Стрелка вниз, справа от фиолетовой кнопки Test, открывает меню
с выбором заполнения клеток при копировании. При вертикальном
заполнении, нумерация увеличивается сначала по столбцам, а за-
тем по рядам, как на рисунках ниже. При горизонтальном, наоборот
– по рядам, затем по столбцам.
А Б
Рисунок 4.
А Б
Рисунок 5.
5.5.2. Смена названия образца. Двойное нажатие на ячейку откроет диалоговое окно
смены названий. Кнопки < Предыдущий и Следующий > переходят на соседние
образцы в планшете. Кнопки ОК и Отмена подтверждают или отменяют изменения
и закрывают диалоговое окно
11
5.6. Пример заполненного планшета.
5.7. Чтобы сохранить данное расположение как шаблон для повторного использования,
введите желаемое название шаблона в поле Сохранить как и нажмите на кнопку
с дискетой справа. В последствии расположение ячеек можно восстановить, вы-
брав шаблон из выпадающего меню слева:
12
6. Редактирование методик
6.1.2. В открывшемся окне нажмите кнопку Создать для создания новой методики:
13
6.2. Создание качественной методики.
6.2.1. Пример критериев для качественной методики:
- Длина волны 450 нм;
- Образец считается положительным, если соответствующая ОП не меньше, чем
установленная критическая (пороговая) ОП, подсчитываемая следующей форму-
лой ОПкритическая = 𝐍𝟏 + 𝟎. 𝟐 ОП, где N1 это усреднённая ОП всех отрицательных
контрользных образцов.
P1 ≥ 1.0 ОП
- Контроль качества учитывает условия: { , где P1 и N1 – это усреднён-
N1 < 0.1 ОП
ная ОП всех положительных и отрицательных контрольных образцов, соответ-
ственно.
6.2.2. Откройте редактор методик, создайте новую методику и выберите Качественную
методику. Установите количества положительных и отрицательных контролей на 1
и длину волны на 450 нм. Укажите название и описание методики. Нажмите кнопку
Сформировать.
6.2.3. В следующем окне можно выбрать тип качественного анализа:
14
Внимание! При изменении переменных, формул или условий, математические
и логические операции (/, *, -, +, =, >, <, и т.д.) и цифры вводятся с
клавиатуры, а переменные выбираются из контекстного меню, вы-
зываемого нажатием правой кнопки.
6.2.5. Переменные и формулы. При анализе, ПО использует встроенные переменные,
полученные данные от ридера или создаёт новые переменные. В данном случае,
переменная [C], или критическая ОП, вычисляется по формуле [C] = [N1] + 0.1, где
[N1] – это усреднённое значение отрицательных контрольных образцов на план-
шете, указанных как группа N1. В нашем примере, критическая ОП должна превы-
шать отрицательный образец на 0,2 ОП, замените формулу на [C] = [N1] + 0.2.
Коэффициент позитивности [F] из второй формулы, это соотношение [F] =
[T_0]/[C], где [T_0] это сравниваемая ОП, а [C] – это критическая ОП, задаваемая
первым уравнением.
6.2.6. Интерпретация результатов. Для каждой считываемой ячейки в планшете, ПО
может как отобразить чистое значение ОП, так и тот или иной результат интерпре-
тации.
По умолчанию, все ячейки в группе [T], или тестируемые образцы (смотрите пункт
5.5), сравниваются с [C] или критической ОП. Если [T] больше, чем [C], то для этой
ячейки [T] в результатах будет стоять +, или положительно, а рядом будет посчитан
коэффициент позитивности, больший чем 1. Если [T] не больше, чем [C], то для
этой ячейки [T] в результатах будет стоять -, или отрицательно, а рядом будет по-
считан коэффициент позитивности, меньший чем 1.
Когда ридер считывает положительный образец [P1], то проверяется, больше ли
эта ОП, чем 1. Если да, то измерения продолжаются, если нет, то отображается
ошибка.
Аналогично, когда ридер считывает отрицательный образец [N1], то проверяется,
меньше ли эта ОП, чем 0,2. Если да, то измерения продолжаются, если нет, то
отображается ошибка.
6.2.7. Сохраните методику кнопкой Сохранить сверху. Закройте это диалоговое окошко.
В главном окне, в выпадающем меню Выберите методику, выберите созданную
методику и проведите анализ, следуя пункту 5.4 и далее.
15
6.3. Создание количественной методики.
6.3.1. Пример критериев для количественной методики:
- Длина волны основного канала 450 нм, референс-канала 620 нм;
- Перемешивание перед измерением;
- Использование 6 стандартов с концентрациями 0, 5, 10, 25, 100 и 500 УЕ (универ-
сальных единиц);
- Автоматический выбор наилучшей калибровочной кривой;
- Образец считается положительным, если соответствующая ОП не меньше, чем
установленная критическая (пороговая) ОП, подсчитываемая следующей форму-
лой ОПкритическая = 𝐍𝟏 + 𝟎. 𝟐 ОП, где N1 это усреднённая ОП всех отрицательных
контрользных образцов.
- Контроль качества учитывает условия:
S0 < S1 < S2 < S3 < S4 < S5
{ N1 < 0.2 ОП
P1 > 1 ОП
где S0, S1, S2, S3, S4 и S5 – ОП стандартов на планшете, а P1 и N1 – это усреднённая
ОП всех положительных и отрицательных контрольных образцов, соответственно.
6.3.2. Откройте редактор методик, создайте новую методику и выберите Количествен-
ную методику. Установите количества положительных и отрицательных контролей
на 1, количество стандартов на 6, длину волны на 450 нм, отметьте референс-ка-
нал и выберите 620 нм и отметьте перешивание перед измерением. Укажите назва-
ние и описание методики. Нажмите кнопку Сформировать.
16
6.3.4. В окне создания методики появятся три вкладки с таблицами, Переменные и фор-
мулы, Стандарты и Интерпретация результатов. По умолчанию, ПО заполняет
обе таблицы следующим образом:
17
6.3.7. Интерпретация результатов. Для каждой считываемой ячейки в планшете, ПО
может как отобразить чистое значение ОП, так и тот или иной результат интерпре-
тации.
Первые шесть строчек занимает проверка стандартов, [S0] < [S1] < [S2] <
[S3] < [S4] < [S5]
Все ячейки в группе [T], или тестируемые образцы (смотрите пункт 5.5), сравнива-
ются с наименьшим (нулевым) и наибольшим (пятым) стандартом, [Smin] (здесь
это нулевой стандарт) и [Smax] (пятый). Если ОП для [T] выходит за границы ука-
занных стандартов, то эти значения не учитываются (но всё равно измеряются).
Это позволяет избегать экстраполяции:
([SMin] < [T])&&([T] < [SMax])
Примечание. Символ && в формуле – логическая операция И. Формула выдаст
положительный результат только если все сравнения будут верны.
Если верна только часть сравнений или не верно ни одно, то выда-
ётся отрицательный результат.
Когда ридер считывает положительный образец [P1], то проверяется, больше ли
эта ОП, чем 1. Если да, то измерения продолжаются, если нет, то отображается
ошибка.
Аналогично, когда ридер считывает отрицательный образец [N1], то проверяется,
меньше ли эта ОП, чем 0,2. Если да, то измерения продолжаются, если нет, то
отображается ошибка.
6.3.8. Сохраните методику кнопкой Сохранить сверху. Закройте это диалоговое окошко.
В главном окне, в выпадающем меню Выберите методику, выберите созданную
методику. При заполнении виртуального планшета теперь доступны указанные в
методике стандарты. Проведите анализ, следуя пункту 5.4 и далее.
18
6.4.3. Во вкладке Интерпретация результатов, выберите и сотрите формулу и резуль-
таты для образцов [T]. Нажмите правую кнопку по полю для формул для выхова
контекстного меню и выберите пункт Концентрация:
6.4.4. Введите формулу, например, считающую образец положительным (+), если кон-
центрация выше 3, и отрицательным (-) во всех остальных случаях:
19
6.5. Создание методики авидности.
6.5.1. Методика авидности высчитывает индекс авидности (ИА) у положительных образ-
цов. ИА – это соотношение между ОП образца с диссоциативным реагентом ELISA
и ОП того же образца, но без диссоциативного реагента, то есть для каждого об-
разца будут две оптические плотности.
Пример критериев для методики авидности:
- Длина волны канала 450 нм;
- Образец считается положительным, если ОП образца без диссоциирующего реа-
гента не меньше, чем установленная критическая (пороговая) ОП, подсчитывае-
мая следующей формулой ОПкритическая = N1 + 0.2 ОП, где N1 это усреднённая ОП
всех отрицательных контрользных образцов.
- Индекс авидности (ИА) подсчитывается для всех положительных образцов [T] по
[T]
формуле ИА[T] = диссоц, где [T]диссоц это положительный образец с диссоциатив-
[T]чист
ным реагентом ELISA, а [T]чист – без него.
- Все положительные образцы делятся на три группы, с ИА меньше 0,3 (антитела с
низкой авидностью, отмечаются как +), с ИА от 0,3 до 0,5 (антитела с обычной
авидностью, отмечаются как ++) и с ИА больше 0,5 (антитела с высокой авидно-
стью, отмечаются как +++).
- Контроль качества учитывает условия:
P1 ≥ 1.0 ОП
{ ИАР1 ≥ 0,3
N1 < 0.1 ОП
где P1 и N1 – это усреднённая ОП всех положительных и отрицательных контроль-
ных образцов, соответственно. Дополнительно, индекс авидности положительных
образцов должен быть больше 0,3.
6.5.2. Откройте редактор методик, создайте новую методику и выберите методику Авид-
ность. Установите количества положительных и отрицательных контролей на 1 и
длину волны на 450 нм. Укажите название и описание методики. Нажмите кнопку
Сформировать.
20
6.5.3. В следующем окне можно выбрать тип методики:
21
Внимание! При изменении переменных, формул или условий, математические
и логические операции (/, *, -, +, =, >, <, и т.д.) и цифры вводятся с
клавиатуры, а переменные выбираются из контекстного меню, вы-
зываемого нажатием правой кнопки.
6.5.5. Переменные и формулы. При анализе, ПО использует встроенные переменные,
полученные данные от ридера или создаёт новые переменные. В данном случае,
переменная [C], или критическая ОП, вычисляется по формуле [C] = [N1] + 0.1, где
[N1] – это усреднённое значение отрицательных контрольных образцов на план-
шете, указанных как группа N1.
Индекс авидности [R] из второй формулы, это соотношение [𝐑] = [T_𝟏]/[T_𝟎], где
[T_1] и [T_0] – это ОП пары образцов c диссоциирующим реагентом ELISA и без
него.
Коэффициент позитивности [F] из третьей формулы, это соотношение [F] =
[T_0]/[C], где [T_0] и [C] определены ранее.
6.5.6. Интерпретация результатов. Для каждой считываемой ячейки в планшете, ПО
может как отобразить чистое значение ОП, так и тот или иной результат интерпре-
тации.
Примечание. Символ && в формулах – логическая операция И. Формула выдаст
положительный результат только если все сравнения будут верны.
Если верна только часть сравнений или не верно ни одно, то выда-
ётся отрицательный результат.
Первая формула отмечает образец отрицательным, если ОП в ячейке без диссо-
циирующего реагента [T_0] ниже, чем критическая ОП.
Вторая, третья и четвёртая формулы сортируют положительный образец по группа
авидности в зависимости от ИА. Дополнительно проверяется, чтобы образец не
был отрицательным, как в первой формуле.
Когда ридер считывает пару ОП от положительного образца [P1_0] и [P1_1], то про-
веряется его положительность и чтобы его индекс авидности был не меньше 0,3.
Если да, то измерения продолжаются, если нет, то отображается ошибка.
Аналогично, когда ридер считывает пару ОП от отрицательного образца [N1_0] и
[N1_1], то проверяется, меньше ли эти ОП, чем 0,2. Если да, то измерения продол-
жаются, если нет, то отображается ошибка.
6.5.7. Сохраните методику кнопкой Сохранить сверху. Закройте это диалоговое окошко.
В главном окне, в выпадающем меню Выберите методику, выберите созданную
методику.
6.5.8. Указание пар образцов. По методике, на каждый образец приходятся две ячейки,
одна без диссоциирующего реагента ELISA, вторая с реагентом. Чтобы указать их
на виртуальном планшете, выделите пару ячеек и сделайте их образцом (кнопка
Test). Затем, кликните по ячейке, в которой к образцу добавляют реагент. Нажмите
на стрелочку вниз рядом с кнопкой ---0 и выберите пункт ---1 А/М 1. Пара образцов
готова. Копируйте пару, как описано в пункте 5.5.1 и на рисунке 5.
6.5.9. Проведите анализ, следуя пункту 5.7 и далее.
22
6.6. Кнопки редактора методик. При открытии редактора, в верхней полосе находятся
пять кнопок:
23
7. Модели для количественного анализа
Используемые формулы:
𝐷 𝐴−𝐷
𝐹(𝑥) = 𝐴 + 𝐸 или 𝐹(𝑥) = 𝐸 +𝐷
𝑥 𝐵 𝑥 𝐵
(1+( ) ) (1+( ) )
𝐶 𝐶
24
7.3. Логистическая модель с четырьмя параметами (4PL) с нелинейной регрессией.
Используется для анализа данных в биологических или иммунологических образ-
цах.
Используемая формула:
A– D
F(x) = +D
x B
1+( )
C
где А значение ОП для минимальной асимптоты;
В коэффициент Хилла;
С концентрация в точке перегиба;
D значение ОП для максимальной асимптоты.
7.4. Степенная модель. Обычная функция вида 𝐹(𝑥) = 𝑎 ∗ 𝑒 𝑏𝑥
25
7.5. Логарифмическая модель. Обычная функция вида 𝐹(𝑥) = 𝑎 ∗ ln(𝑥) + 𝑏
7.7. Кусочно-линейная модель. График без функций, набор точек, соединённый пря-
мыми.
26
8. Отладка и техническая поддержка
8.4. Прибор разработан для работы с терминалами USB 2.0, подключение к термина-
лам USB 2.0 SS (super speed) или USB 3.0 может вызвать преждевременное отклю-
чение компьютера и проблему с драйвером FTDI.
27
Biosan SIA
Ратсупитес 7, к. 2, Рига, LV-1067, Латвия
Тел. +371 6742 6137
http://www.biosan.lv