ПО Agilent MassHunter

ПО Agilent MassHunter
Workstation
Программа качественного
анализа
Руководство по
ознакомлению
для ГХ/МС
Предупреждения
© Agilent Technologies, Inc., 2012 Гарантия (технические данные) и 12.212
(программное обеспечение для
В соответствии с действующим в США Приведенная в этом документе компьютеров), а для министерства
законодательством и международными информация предоставляется на обороны — согласно DFARS 252.227-7015
нормативно-правовыми актами по охране условии «как есть». Она может (технические данные — коммерческие
авторских прав никакая часть этого быть изменена без уведомления элементы) и DFARS 227.7202-3 (права на
документа не может быть воспроизведена в следующих изданиях. В наибольшей коммерческое программное обеспечение
в любой форме и любыми средствами степени, допускаемой действующим для компьютеров или документацию
(в том числе электронными средствами законодательством, компания Agilent на такое программное обеспечение).
хранения и обработки информации),
отказывается от всех гарантий, явных
а также переведена на другой язык
или подразумеваемых, относительно Предупреждения
без предварительного письменного
разрешения компании Agilent данного документа и приведенной о безопасности
Technologies, Inc. в нем информации, включая, но не
ограничиваясь, подразумеваемую ВНИМАНИЕ!
Обозначение документа гарантию высоких коммерческих
качеств и пригодности для конкретных Надпись ВНИМАНИЕ!
G3335-91147 целей. Компания Agilent не несет
ответственности за ошибки в этом предупреждает об опасности. Это
Издание документе, а также за случайный или сообщение привлекает внимание
преднамеренный ущерб, полученный к процедурам и приемам работы,
Редакция A, ноябрь 2012 г.
в связи с предоставлением, несоблюдение или неправильное
Отпечатано в США исполнением либо использованием выполнение которых может
Agilent Technologies, Inc. данного документа или любых привести к повреждению прибора
5301 Stevens Creek Blvd.
приведенных в нем сведений. или потере важных данных.
Если между компанией Agilent
Santa Clara, CA 95051 USA
и пользователем заключено Выполнение инструкций,
Microsoft ®, Windows 7® и Excel® — отдельное письменное соглашение, следующих за предупреждением
охраняемые в США и/или других странах содержащее условия гарантии, ВНИМАНИЕ!, допустимо только при
товарные знаки Microsoft Corporation. которые связаны с приведенными полном понимании и соблюдении
в этом документе условиями указанных требований.
Версия ПО и противоречат им, приоритетными
будут условия гарантии, приведенные
Это руководство подходит для программы в отдельном соглашении. ОСТОРОЖНО!
ПО Agilent MassHunter Workstation —
программа качественного анализа Лицензии на технологии
версии B.06.00 и более поздних версий, Оборудование и/или программное Надпись «ОСТОРОЖНО!»
пока не будет заменено. обеспечение, описанное в этом документе, предупреждает об опасности. Это
предоставляется по лицензии. Его можно сообщение привлекает внимание
использовать или копировать только к процедурам и приемам работы,
в соответствии с условиями лицензии.
несоблюдение или неправильное
Ограничение прав выполнение которых может
Ограничение прав правительства США. привести к серьезным травмам
Права на программное обеспечение или представлять угрозу для
и технические данные, предоставленные
федеральному правительству, включают
жизни. Выполнение инструкций,
только те права, которые обычно следующих за предупреждением
предоставляются конечным пользователям. «ОСТОРОЖНО!», допустимо
Компания Agilent предоставляет эту только при полном понимании
стандартную коммерческую лицензию на и соблюдении всех указанных
программное обеспечение и технические
данные в соответствии с FAR 12.211 требований.
ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

качественного анализа для ГХ/МС
В этом руководстве…
Руководство содержит информацию для обучения использованию ПО
Agilent MassHunter Workstation — программа качественного анализа
с данными ГХ/МС.
Прежде чем приступить к упражнениям, прочтите инструкции,
изложенные в разделе «Перед тем как приступить к выполнению
упражнений...» на стр. 5.
Упражнение 1 Знакомство с основами качественного анализа

В процессе выполнения этого упражнения пользователь ознакомится
с некоторыми из многих мощных возможностей программы качественного
анализа. Выполнение этих заданий имеет большое значение независимо
от того, какой тип данных используется.
Упражнение 2 Поиск и определение

В первых двух группах заданий в комплексной матрице необходимо найти
и определить препараты с низкой концентрацией серы и создать их
формулы для данных TOF и Q-TOF. Кроме того, из гидролизата белков
понадобится извлечь информацию об особенностях молекул (для данных
TOF и Q-TOF). Эти задания можно также выполнять с данными Triple Quad.
Упражнение 3 Использование рабочих процессов, экспорт и печать

При выполнении этих заданий пользователь научится настраивать
и выполнять любой метод качественного анализа. Помимо этого,
пользователь освоит редактирование метода, позволяющее
автоматизировать анализ и/или определение соединений. Затем
пользователь выполнит действия автоматизированного метода при
открытии файла данных. И, наконец, пользователь научится создавать
метод для выполнения автоматизированных действий с использованием
рабочей таблицы. Для выполнения каждого задания используется
отдельный рабочий процесс.
Справка
В этом разделе пользователь ознакомится с основами использования
программы качественного анализа.
ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 3

Новые возможности
версии B.06.00
• Можно просматривать информацию о соединениях в Compound Details
View (Представлении сведений о соединении). В Compound Details
View (Представлении сведений о соединении) доступны четыре
дополнительных окна.
• В Compound Details View (Представлении сведений о соединении)
можно задать различные разрешающие способности по горизонтали
для различных видов хроматограмм и спектров.
• Доступен алгоритм Find Compounds by Integration (Поиск соединений
по интегрированию).
• Можно осуществлять поиск в нескольких библиотеках при использовании
алгоритма поиска в Search Unit Mass Library (Поиск в библиотеке по
массовой единице).
• В алгоритме Generate Formulas (Создание формул) можно выбрать,
следует ли добавлять формулы к пикам спектра фрагментов.
Аннотации добавляются к спектрам, которые выбираются на основании
алгоритма получения соединений.
• Алгоритм создания формул можно выполнять для соединений,
найденных с помощью алгоритма Find by Chromatogram Deconvolution
(Поиск по деконволюции хроматограммы).
• Алгоритм Generate Formulas (Создание формул) был изменен, и теперь
можно вводить максимальное количество совпадений для каждого
носителя заряда.
• В алгоритме Generate Formulas (Создание формул) можно группировать
совпадения с одинаковыми формулами, но различными носителями
заряда.
• Соединения могут быть созданы с помощью любого пользовательского
спектра. Алгоритм получения соединений, который используется для
таких соединений, называется алгоритмом Spectrum Extraction
(Извлечение спектров).
• При сохранении результатов в файле данных можно выбрать между
сохранением всех результатов соединений и сохранением меньшего
набора результатов для каждого соединения. Все пользовательские
хроматограммы и спектры всегда сохраняются.
4 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

• Формат файла CEF был изменен для хранения большего объема
информации.
• Информация о типах ионов и значениях m/z доступна на первом уровне
таблицы Spectrum Identification Results (Результаты определения
спектров).
• Таблица Spectrum Identification (Определение спектров) была изменена.
Можно добавлять к столбцам фильтры и удалять строки.
• Теперь можно маркировать пики формулами и типами ионов.
• Изменение спектра, маркированного как Best (Лучший) в окне Spectrum
Identification Results (Результаты определения спектров), при большом
количестве записей займет гораздо меньше времени.
• Можно установить наложение хроматограмм соединений в Compound
Report (Отчет по соединениям).
• Шаблон отчета Formula Confirmation (Подтверждение формул) по
умолчанию был изменен. Теперь он содержит цветной столбец флагов
(Tgt) и таблицу фрагментов со столбцом цветных флагов (FIs).
Перед тем как приступить к выполнению упражнений...

• Установите программное обеспечение. Для получения инструкций
см. руководство по установке.
• Скопируйте папку Data с установочного диска в несжатом формате на
жесткий диск своего компьютера.
В этой папке находятся все файлы данных, необходимые для выполнения

упражнений. Может понадобиться извлечь файлы данных из архива ZIP.
Не используйте образцы файлов данных, которые уже имеются на компьютере,

ЗАМЕЧАНИЯ если не уверены, что эти файлы являются копиями оригиналов, которые хранятся
на диске, или если несколько человек пользуются этими файлами. Если образцы
файлов данных на вашем компьютере отличаются от оригиналов на диске,
результаты, полученные в ходе упражнений, будут отличаться от тех, которые
указаны в руководстве.

Содержание
Exercise 1 Знакомство с основами качественного анализа 9

Задание 1. Открытие программы качественного анализа 10
Задание 2. Настройка интерфейса пользователя для работы
с данными ГХ/МС 13
Задание 3. Увеличение и уменьшение масштаба хроматограммы 19
Задание 4. Закрепление хроматограммы 20
Задание 5. Изменение компоновки окон 22
Задание 6. Извлечение хроматограмм 24
Задание 7. Интерактивное интегрирование хроматограммы ГХ/МС 26
Задание 8. Расчет значений пригодности системы 33
Задание 9. Извлечение спектров из хроматограммы 37
Задание 10. Добавление примечаний 50
Задание 11. Добавление измерителя для массы 55
Exercise 2 Поиск и определение 59

Задание 12. Найдите соединения по деконволюции хроматограммы 60
Задание 13. Определить соединения, используя алгоритм поиска
в библиотеках (Search Library) 65
Задание 14. Найдите соединения по MRM (только MRM) 71
Задание 15. Найдите соединения по интегрированию 75
Задание 16. Создайте формулы и выполните поиск спектров пиков
в библиотеке 79
Задание 17. Сохраните результаты 86
Exercise 3 Использование рабочих процессов, экспорт и печать 91

Задание 18. Настройка и выполнение метода качественного анализа
с использованием общего рабочего процесса 92
Задание 19. Настройка и выполнение метода с использованием процесса
скрининга соединений ГХ/Q-TOF 99
Задание 20. Экспорт файла CEF 104
Задание 21. Печать отчета о результатах анализа 106
Задание 22. Печать отчета по соединениям 112

качественного анализа для ЖХ/МС
Содержание
Справка 117
Работа с окнами 118
Работа с результатами в Data Navigator (Навигатор по данным) 121
Выполнение операций на хроматограмме 122
Выполнение операций на спектрах МС или МС/МС 124
Работа с визуальными хроматографическими данными 125
Работа с визуальными спектральными данными 126
Рабочие процессы 127
Настройка шаблона отчета 131

ПО Agilent MassHunter Workstation Программа качественного анализа
Руководство по ознакомлению
1
Знакомство с основами
качественного анализа
Задание 1. Открытие программы качественного анализа 10
с данными ГХ/МС 13
Задание 3. Увеличение и уменьшение масштаба хроматограммы 19
Задание 4. Закрепление хроматограммы 20
Задание 5. Изменение компоновки окон 22
Задание 6. Извлечение хроматограмм 24
Задание 7. Интерактивное интегрирование хроматограммы ГХ/МС 26
Задание 8. Расчет значений пригодности системы 33
Задание 9. Извлечение спектров из хроматограммы 37
Задание 10. Добавление примечаний 50
Задание 11. Добавление измерителя для массы 55
В этом упражнении вы познакомитесь с некоторыми из многих мощных

возможностей программы качественного анализа для работы с данными
ГХ/Q-TOF и ГХ/QQQ.
Каждое упражнение представлено в виде таблицы, состоящей из трех
столбцов:
• Шаги — следуйте этим общим указаниям для дальнейшего
самостоятельного изучения программы.
• Подробные инструкции — используйте их, если необходима помощь или
если предпочитаете пошаговый процесс обучения.
• Комментарии — здесь вы найдете советы и дополнительную информацию
о каждом этапе упражнения.
9
1 Знакомство с основами качественного анализа
Задание 1. Открытие программы качественного анализа

В этом задании вы откроете несколько файлов данных с помощью
текущего метода.
Задание 1. Откройте программу качественного анализа с несколькими файлами данных
Шаги Подробные инструкции Комментарии
1 Откройте программу a Дважды щелкните значок Agilent • Файл Pest - 200 - Scan.d содержит
качественного анализа. MassHunter Qualitative Analysis данные МС, а файлы Pest - STD
• Откройте файлы данных B.06.00 . 200 MRM.d и Pest Strawb-01
Pest - 200 - Scan.d, Pest - STD Система отобразит диалоговое окно SPIKED 1 ppb - 1 ul inj.d содержат
200 MRM.d, Pest Strawb-01 Open Data Files (Открытие файлов данные МС и данные МС/МС
SPIKED 1 ppb - 1 ul inj.d и данных). (все ГХ/QQQ). Файл
MSD_mix_4stds_DG_spl200_0 b Перейдите к папке \\MassHunter\ MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d
3.d в папке Data\GC или к папке, в которой содержит данные ГХ/Q-TOF.
\\MassHunter\Data или находятся образцы файлов. • Справку можно вызвать для
в папке, в которую вы их большинства вкладок и окон,
скопировали. в т. ч. диалоговых, нажав клавишу
F1, когда данное окно активно.
• Убедитесь, что кнопка Use

current method (Использовать
текущий метод) нажата.
• Убедитесь, что пункт Load result
data (Загрузить результаты) не
отмечен. Если пункт Load result
data (Загрузить результаты)
недоступен, это значит, что
результаты не были сохранены
в файле данных. Научиться
сохранять результаты вы
сможете в «Задание 17.
Сохраните результаты» на
стр. 86, где содержатся
инструкции по сохранению
результатов.
• Убедитесь, что пункт Run ‘File
Open’ actions from selected
method (Выполнить действия
при открытии файла из Рис. 1 Открытие файлов данных при открытии программного
выбранного метода) не обеспечения
отмечен.

Знакомство с основами качественного анализа 1
Задание 1. Откройте программу качественного анализа с несколькими файлами данных (продолжение)
c Нажмите и удерживайте клавишу • Нажав клавишу Ctrl, можно

Shift при выборе файлов Pest - 200 - выбрать файлы, которые не
Scan.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest расположены подряд в списке.
Strawb-01 SPIKED 1 ppb - 1 ul inj.d • То, что отобразится в главном окне
и MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. на этом этапе, зависит от метода,
d Выберите команду Open (Открыть). компоновки окон, настроек
Все четыре файла данных отобразятся отображения и содержания,
в окне навигатора по данным (Data которые использовались до того,
Navigator), и от 1 до 3 хроматограмм как вы открыли эти файлы.
отобразятся в окне результатов для • Если щелкнуть значок List Mode
хроматограмм (Chromatogram Results). (Режим списка), его фон изменится
на оранжевый.
e Щелкните значок List Mode
(Режим списка) на панели
инструментов в окне результатов
для хроматограмм (Chromatogram
Results).

Задание 1. Откройте программу качественного анализа с несколькими файлами данных (продолжение)
Значок Maximum Значок Display Чтобы закрыть

Number of List Panes Options это окно, нажмите
(Максимальное (Параметры кнопку X.
количество областей отображения)
списков)
Рис. 2 Основное окно качественного анализа с загруженным рабочим процессом скрининга

соединений ГХ/Q-TOF (GC/Q-TOF Compound Screening Workflow).

Задание 2. Настройка интерфейса пользователя для работы с данными ГХ/МС

с данными ГХ/МС
В этом задании вы научитесь переключаться между общим рабочим
процессом (для пользователей ГХ/QQQ) и рабочим процессом скрининга
соединений ГХ/Q-TOF (для пользователей ГХ/Q-TOF). Анализ данных
ГХ/МС поддерживается только этими двумя рабочими процессами.
Затем откройте диалоговое окно User Interface Configuration (Настройка
интерфейса пользователя) и отметьте соответствующие пункты для
системы ГХ/QQQ или системы ГХ/Q-TOF.
Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ
1 При необходимости откройте a Дважды щелкните значок Agilent • Справку можно вызвать для
программу качественного анализа. MassHunter Qualitative Analysis любой вкладки или окна, в т. ч.
(Качественный анализ Agilent диалогового, нажав клавишу F1,
MassHunter) . когда данное окно активно.
Система отобразит диалоговое окно
Open Data Files (Открытие файлов
данных).
b Нажмите кнопку Cancel (Отмена)
в диалоговом окне Open Data Files
(Открытие файлов данных).

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ (продолжение)
2 Переключитесь на общий a Если используется инструмент • Если программа сбора данных

рабочий процесс (General ГХ/QQQ, выберите пункты (Data Acquisition) для ГХ/QQQ или
Workflow) или рабочий процесс Configuration (Настройка) > Configure ГХ/Q-TOF установлена на этом
скрининга соединений ГХ/Q-TOF for Workflow (Настроить рабочий же компьютере, программное
(GC/Q-TOF Compound Screening процесс) > General (Общий). Если обеспечение настроит интерфейс
workflow). используется инструмент ГХ/Q-TOF, пользователя автоматически.
выберите пункты Configuration Раздел скрининга соединений
(Настройка) > Configure for Workflow ГХ/Q-TOF (GC/Q-TOF Compound
(Настроить рабочий процесс) > Screening) может уже быть
GC/Q-TOF Compound Screening доступен в окне обозревателя
(Скрининг соединений ГХ/Q-TOF). методов (Method Explorer).
b Нажмите кнопку Load workflow’s • По умолчанию хроматограммы
default method (Загрузить метод накладываются друг на друга.
рабочего процесса по умолчанию) В данным примерах
и кнопку Load workflow’s default хроматограммы показаны в List
layout (Загрузить компоновку для Mode (Режиме списка).
рабочего процесса по умолчанию).
c Нажмите кнопку OK.
d Щелкните значок List Mode
(Режим списка) на панели
инструментов в окне результатов для
хроматограмм (Chromatogram Results).

3 В случае ГХ/QQQ настройте a Выберите пункты Configuration • Настроить доступность команд

интерфейс пользователя так, (Настройка) > User Interface можно в диалоговом окне
чтобы отображались только Configuration (Настройка User Interface Configuration
функции для ГХ/QQQ. интерфейса пользователя). (Настройка интерфейса
b Среди типов разделения (Separation пользователя).
types) отметьте только пункт GC (ГХ). • Если эта возможность недоступна,
c Если используется инструмент скорее всего, она была скрыта
ГХ/QQQ, для типа ионизации при отмене выделения пункта
(Ionization type) отметьте пункт EI в диалоговом окне User Interface
or other «hard» ionization technique Configuration (Настройка
(EI или другой метод «жесткой интерфейса пользователя).
ионизации») и отмените выделение
пункта CI, APCI, ESI, MADLDI or
other «soft» ionization technique
(CI, APCI, ESI, MADLDI или другой
метод «мягкой ионизации»).
d В разделе точности массы
(Mass accuracy) отмените
выделение пункта Accurate mass
(TOF, Q-TOF) (Точная масса (TOF,
Q-TOF)). Отметьте пункт Unit mass
(Q, QQQ) (Масса единицы (Q, QQQ)).
e В разделе Optional software features
(Дополнительные свойства
программного обеспечения) отмените
выделение пунктов Peptide Sequence
Editor (Редактор последовательности
пептидов) и BioConfirm Software
(Программное обеспечение
BioConfirm).
f В разделе Non-MS detectors
(Не детекторы МС) отмените
выделение пунктов UV и ADC.
g Отметьте пункт Show advanced
parameters (Показать
дополнительные параметры).
h Нажмите кнопку OK.

Рис. 3 Настройка интерфейса пользователя для работы с данными ГХ/QQQ

4 Если используется инструмент a Выберите пункты Configuration • Настроить доступность команд

ГХ/Q-TOF, настройте интерфейс (Настройка) > User Interface можно в диалоговом окне
пользователя так, чтобы Configuration (Настройка интерфейса User Interface Configuration
отображались только функции пользователя). (Настройка интерфейса
для ГХ/Q-TOF. b Среди типов разделения (Separation пользователя).
types) отметьте только пункт GC (ГХ). • Если эта возможность недоступна,
c В разделе типов ионизации скорее всего, она была скрыта
(Ionization type) отметьте оба пункта. при отмене выделения пункта
d В разделе уровней МС (MS levels) в диалоговом окне User Interface
отметьте оба пункта. Configuration (Настройка
e В разделе точности массы (Mass интерфейса пользователя).
accuracy) отметьте пункт Accurate
mass (TOF, Q-TOF) (Точная масса
(TOF, Q-TOF)). Отмените выделение
пункта Unit mass (Q, QQQ)
(Масса единицы (Q, QQQ)).
f В разделе Optional software features
(Дополнительные свойства
программного обеспечения)
отмените выделение пунктов
Peptide Sequence Editor (Редактор
последовательности пептидов)
и BioConfirm Software (Программное
обеспечение BioConfirm).
g В разделе Non-MS detectors
(Не детекторы МС) отмените
выделение пунктов UV и ADC.
h Отметьте пункт Show advanced
parameters (Показать
дополнительные параметры).
i Нажмите кнопку OK.

Рис. 4 Настройка интерфейса пользователя для ГХ/Q-TOF

Задание 3. Увеличение и уменьшение масштаба хроматограммы
Задание 3. Увеличение и уменьшение масштаба

хроматограммы
В этом задании вы ознакомитесь с функциями увеличения и уменьшения
масштаба в программе качественного анализа.

Задание 4. Закрепление хроматограммы

В этом задании вы закрепите хроматограмму. После закрепления
хроматограмма будет постоянно оставаться на экране, в то время как
вы будете просматривать и отображать другие хроматограммы.
• Закрепите хроматограмму. a В навигаторе по данным (Data • Если хроматограмма закреплена,

• Выведите на экран все Navigator) отметьте хроматограммы, в окне навигатора по данным
хроматограммы. которые вы скрыли в предыдущем (Data Navigator) рядом с именем
• Убедитесь, что для списка задании. закрепленной хроматограммы
просмотра хроматограмм b Убедитесь, что для максимального появляется значок закрепления.
установлено значение 1. количества панелей в окне результатов • После того как была закреплена
• В окне результатов для для хроматограмм (Chromatogram одна хроматограмма, в окне
хроматограмм (Chromatogram Results) установлено значение 1. результатов для хроматограмм
Results) выберите вторую c В окне результатов для хроматограмм (Chromatogram Results) могут
хроматограмму полного (Chromatogram Results) выберите появиться две, даже если для
ионного тока (TIC). вторую хроматограмму полного списка отображения установлено
• Закрепите эту хроматограмму ионного тока (TIC). значение 1. Это означает, что
полного ионного тока (TIC). d Щелкните правой кнопкой мыши вы просматриваете еще одну
• Прокрутите список в области хроматограммы и выберите хроматограмму помимо
хроматограмм. команду Set Anchor (Закрепить). закрепленной.
• Отмените закрепление. e Используйте полосу прокрутки • Можно щелкнуть правой кнопкой
в окне результатов для хроматограмм мыши в области хроматограммы
(Chromatogram Results), чтобы и выбрать команду Clear Anchor
просматривать хроматограммы (Отменить закрепление)
в списке. Вторая хроматограмма в контекстном меню.
полного ионного тока (TIC) остается
видимой как первая хроматограмма.
f Выберите пункты Chromatograms
(Хроматограммы) > Clear Anchor
(Отменить закрепление).

Задание 4. Закрепление хроматограммы (продолжение)
Рис. 5 Закрепленная хроматограмма (TIC) в окне результатов для хроматограмм (Chromatogram Results)

Задание 5. Изменение компоновки окон

В этом задании вы научитесь перемещать окна в основном представлении
и создавать различные компоновки окон.
1 Измените компоновку окон: • Чтобы изменить размер окна, • Если компоновка

• Измените размер окна. перетащите границу между окнами. разблокирована, система не
• Сохраните компоновку окон. • Чтобы сохранить компоновку окон, отображает знак выделения возле
• Разблокируйте компоновку. выберите пункты Configuration пункта меню Lock Layout
• Измените параметры окна (Настройка) > Window Layouts (Блокировка компоновки).
результатов для хроматограмм (Компоновка окон) > Save Layout • Пользоваться инструментами для
(Chromatogram Results), чтобы (Сохранить компоновку). изменения положения окон можно
сделать его плавающим. • Чтобы разблокировать компоновку, только при разблокированной
• Переместите окно результатов выберите пункты Configuration компоновке.
для хроматограмм (Настройка) > Window Layouts • Также, окно можно сделать
(Chromatogram Results). (Компоновка окон) > Lock Layout плавающим, дважды щелкнув
• Выведите на экран инструменты (Блокировка компоновки). в области заголовка окна.
для изменения положения окон. • Чтобы сделать окно плавающим, • Программное обеспечение
щелкните правой кнопкой мыши содержит много различных готовых
в области заголовка окна компоновок. Кроме того,
и в контекстном меню выберите компоновки можно загружать.
пункт Floating (Плавающее). • Программное обеспечение
• Чтобы переместить окно, щелкните содержит несколько различных
в области заголовка окна и перетащите рабочих процессов. С каждым
окно на необходимое место. рабочим процессом загружается
• Чтобы отобразить инструменты для отдельная компоновка.
изменения положения, перетащите При переключении на другой
окно и разместите его поверх другого рабочий процесс меняется и
окна. Когда одно окно перекроет компоновка.
другое, программа отобразит
несколько инструментов компоновки
(см. Рис. 6).

Задание 5. Изменение компоновки окон (продолжение)
Рис. 6 Инструменты для изменения положения окон

2 Измените положение окна • Если вы наведете курсор на один из • Чтобы положение изменилось,
результатов для хроматограмм более мелких значков, окно, которое курсор должен находиться на
(Chromatogram Results). вы перетаскиваете, окажется сверху, одной из стрелок в поле.
• Переместите окно так, чтобы справа, снизу или слева от всех • Если выбрать команду Restore
оно оказалось вверху, слева, других окон. Default Layout (Восстановить
справа и затем внизу по • Наведите курсор на более крупный компоновку по умолчанию),
отношению к другим окнам. значок. Кроме того, окно можно восстановится компоновка, которая
• Переместите два окна так, поместить сверху, справа, снизу или используется с общим рабочим
чтобы они оказались одно над слева от другого окна, переместив процессом и рабочим процессом
другим и были доступны только курсор через края большего значка. скрининга соединений ГХ/Q-TOF.
с помощью вкладок внизу. • Чтобы открыть два окна вместе Если используется другой рабочий
• Восстановите компоновку по перетащите курсор в центр большего процесс, необходимо загрузить
умолчанию. значка. Отобразится затененная соответствующую компоновку.
версия двух окон, открытых вместе.
Отпустите кнопку мыши. Два окна
откроются вместе.
• Выберите пункты Configuration
(Настройка) > Window Layouts
(Компоновка окон) > Restore
Default Layout (Восстановить
компоновку по умолчанию).

Задание 6. Извлечение хроматограмм

В этом задании вы извлечете и объедините хроматограммы из исходной
хроматограммы полного ионного тока (TIC).
1 Извлеките ионные a В окне навигатора по данным • Также, хроматограммы можно

хроматограммы (EIC) из двух (Data Navigator) отмените выделение извлекать одним из следующих
масс в файле данных Pest - 200 всех файлов данных, кроме Pest - способов.
Scan.d и объедините их. 200 Scan.d. • Щелкните правой кнопкой
• Значения m/z равны 129,0 b Откройте диалоговое окно Extract мыши в области хроматограммы
и 414,2. Chromatograms (Извлечение и выберите пункт Extract
• Не объединяйте пики из хроматограмм) с помощью Chromatograms (Извлечь
отдельных масс в одну параметра ниже или одного из хроматограммы).
хроматограмму. параметров справа: • В навигаторе по данным
• Выберите пункты Chromatograms (Data Navigator) выделите пункт
(Хроматограммы) > Extract TIC Scan (TIC сканирования)
Chromatograms (Извлечь для sulfas_PosMS.d, затем
хроматограммы). щелкните правой кнопкой
c В списке List of opened data files мыши команду TIC Scan
(Список открытых файлов данных) (TIC сканирования) и
выберите Pest - 200 - Scan.d. выберите пункт Extract
d В окне списка Type (Тип) выберите EIC. Chromatograms (Извлечь
e В поле m/z value(s) (значения m/z) хроматограммы).
введите 129.0, 414.2 • Можно использовать уровень МС
f При необходимости отмените All (Все) или MS (МС).
выделение пункта Merge multiple • Обратите внимание, что можно
masses into one chromatogram выбрать автоматическое
(Объединить несколько масс интегрирование хроматограммы
в одну хроматограмму), после извлечения.
чтобы объединить ионные • Можно также извлечь
хроматограммы (EIC). хроматограмму из масс-спектра.
g Нажмите кнопку OK.
h В панели инструментов окна
результатов для хроматограмм
(Chromatogram Results) установите
для параметра Maximum number
of list panes (Максимальное
количество областей списка)
значение 3.

Задание 6. Извлечение хроматограмм (продолжение)
Рис. 7 Диалоговое окно Extract Chromatograms

(Извлечение хроматограмм)
Рис. 8 Объединенные извлеченные ионные хроматограммы (EIC)

в сравнении с исходной хроматограммой (TIC)

Задание 7. Интерактивное интегрирование хроматограммы ГХ/МС
Задание 7. Интерактивное интегрирование хроматограммы

ГХ/МС
В этом задании вы научитесь различным способам интегрирования
хроматограммы, изменению параметров интегрирования для
корректировки результатов и вычислению отношения «сигнал-шум» для
интегрированных пиков для данных МС/МС.
Задание 7. Интерактивное интегрирование хроматограммы (ГХ/МС)
1 Интегрируйте сканированную a Отметьте файл данных Mark the • Обратите внимание, что программа
хроматограмму полного ионного Pest - 200 - Scan.D в окне навигатора интегрирует практически все пики
тока (TIC) для файла данных по данным (Data Navigator). в хроматограмме.
Pest - 200 - Scan.d с помощью b Выделите сканированную • В окне редактора методов
любой из опций, указанных хроматограмму полного ионного (Method Editor) следует выбрать
справа. тока (TIC) и используйте одну из необходимый интегратор для
приведенных ниже команд. данных МС, данных МС/МС
• В контекстном меню выберите и данных ГХ.
пункты Chromatograms • В данный момент используется
(Хроматограммы) > Integrate хроматограмма МС, поэтому
Chromatogram (Интегрировать при ее интегрировании
хроматограмму). применяются значения,
• Щелкните правой кнопкой установленные в разделе
мыши в любом месте в окне Integrate (MS) (Интегрировать
хроматограммы и выберите пункт (МС)) редактора методов (Method
Integrate Chromatogram Editor).
(Интегрировать хроматограмму).
• В окне навигатора по данным
(Data Navigator) выберите пункты
Pest - 200 - Scan.D > User
Chromatograms (Хроматограммы
пользователя) > TIC Scan
(Сканированная TIC), затем
правой кнопкой мыши щелкните
пункт TIC Scan (Сканированная
TIC) и выберите команду Integrate
Chromatogram (Интегрировать
хроматограмму).

Задание 7. Интерактивное интегрирование хроматограммы (ГХ/МС) (продолжение)
2 Отобразите только две • Выберите значение 2 в поле Maximum

хроматограммы одновременно. number of list panes (Максимальное
количество областей списка) на
панели инструментов в окне
(Chromatogram Results).
Интегрируется множество
маленьких пиков.
Рис. 9 Интегрированная сканированная хроматограмма (TIC) с множеством маленьких пиков

3 Измените порог, чтобы a В окне обозревателя методов • При изменении значения,
интегрировать меньше пиков. (Method Explorer) выберите пункты сохраненного в текущем методе,
• Измените порог, чтобы Chromatogram (Хроматограмма) > появляется голубой треугольник.
сохранить только три Integrate (MS) (Интегрировать После сохранения метода
наибольших пика. (МС)), после чего отобразится треугольники исчезают.
вкладка Integrate (MS)
(Интегрировать (МС)).
b Выберите интегратор Agile.
c Перейдите на вкладку Peak Filters
(Фильтры пиков).
d В разделе Maximum number of peaks
(Максимальное количество пиков)
отметьте пункт Limit (by height) to
the largest (Только наибольшие
(по высоте)) и введите значение 3.

Рис. 10 Вкладка Peak Filters (Фильтры пиков) с отмеченным параметром

Limit (by height) to the largest (Только наибольшие (по высоте))
4 Повторное интегрирование e Нажмите кнопку на панели • Обратите внимание, что теперь
хроматограммы инструментов в окне редактора интегрируются только три
методов (Method Editor), чтобы наибольших пика.
выполнить интегрирование с новым • Пик с временем 2,491 минут
параметром. имеет большую высоту, чем пик
с временем 16,858 минут, поэтому
он выбран как третий пик.
Рис. 11 Интегрированная сканированная хроматограмма (TIC) с ограниченным количеством пиков

5 Интегрируйте хроматограмму a В окне навигатора по данным • Нажмите клавишу Ctrl,

TIC MRM для файла данных (Data Navigator) выберите TIC MRM чтобы выделить более одной
Pest - STD 200 MRM.D. для файла данных Pest - STD 200 хроматограммы в окне навигатора
MRM.d. по данным (Data Navigator).
b Используйте одну из приведенных • Обратите внимание, что программа
далее команд, чтобы интегрировать интегрирует практически все пики
хроматограммы. в хроматограмме.
• В контекстном меню выберите • В данный момент используются
пункты Chromatograms хроматограммы МС/МС,
(Хроматограммы) > Integrate поэтому при интегрировании этой
Chromatogram (Интегрировать хроматограммы используются
хроматограмму). значения, установленные в разделе
• Щелкните правой кнопкой Integrate (MS/MS) (Интегрировать
мыши в любом месте в окне (МС/МС)) редактора методов
хроматограммы и выберите (Method Editor). Можно выбрать
пункт Integrate Chromatogram один интегратор для
(Интегрировать хроматограмму). интегрирования хроматограмм МС
• В окне навигатора по данным и другой интегратор для
(Data Navigator) щелкните правой интегрирования хроматограмм
кнопкой мыши выделенную МС/МС.
хроматограмму и выберите пункт
Integrate Chromatogram
c Увеличьте масштаб с 5,8 до
8,5 минут.
d Установите для параметра Maximum
number of list panes
(Максимальное количество
областей списка) значение 2.

Рис. 12 Интегрированные хроматограммы MRM

6 Выберите интегратор MS/MS (GC) a В окне обозревателя методов • При изменении значения,
(МС/МС (ГХ)). Измените фильтр (Method Explorer) выберите пункты сохраненного в текущем методе,
так, чтобы перенести только пики Chromatogram (Хроматограмма) > появляется голубой треугольник.
с абсолютной высотой больше или Integrate (MS/MS) (Интегрировать После сохранения метода
равной 20000. (МС/МС). треугольники исчезают.
b В разделе Integrator (Интегратор)
выберите MS/MS (GC)
(МС/МС (ГХ)).
c Перейдите на вкладку Peak Filters
d В разделе Filter on (Параметр
фильтра) выберите пункт Peak
height (Высота пика).
e В разделе фильтров высоты (Height
filters) выделите пункт Absolute
height (Абсолютная высота).
f Введите значение 60000 для
параметра Absolute height
(Абсолютная высота).

Рис. 13 Вкладка Peak Filters (Фильтры пиков) с отмеченным пунктом

Absolute height (Абсолютная высота)
7 Повторное интегрирование g Щелкните кнопку на панели • Обратите внимание, что теперь
хроматограммы инструментов в окне редактора интегрируются только наибольшие
методов (Method Editor). пики.
Меньший пик с временем 5,8 минут уже не

включен в результаты интегрирования,
потому что абсолютная высота этого пика
ниже 60000 единиц.
Рис. 14 Интегрированные хроматограммы TIC и EIC МС/МС с более высокими значениями порогов
8 Восстановите параметры, a Выберите раздел Chromatogram • Чтобы отменить внесенные
сохраненные для текущего (Хроматограмма) > Integrate (MS/MS) изменения и восстановить
метода, и закройте редактор (Интегрировать (МС/МС)) значения загруженного метода,
методов (Method Editor). в обозревателе методов щелкните значок Restore to
(Method Explorer). last saved values from file
b Щелкните значок в редакторе (Восстановить последние
методов (Method Editor). сохраненные значения из
c Выберите раздел Chromatogram файла) на панели
(Хроматограмма) > Integrate (MS) инструментов в окне редактора
(Интегрировать (МС)) в обозревателе методов (Method Editor).
методов (Method Explorer).
d Щелкните значок . в редакторе
методов (Method Editor).
e Закройте окно редактора методов
(Method Editor).

9 Удалите все хроматограммы, a В разделе User Chromatograms • Если использовать команду Clear
кроме исходной. Удалите (Хроматограммы пользователя) окна Results (Очистить результаты),
результаты интегрирования из навигатора по данным (Data Navigator) удаляются не хроматограммы,
исходной хроматограммы. выделите все хроматограммы, кроме а связанные с ними результаты.
исходной. В этом случае значения
b Щелкните правой кнопкой мыши интегрирования очищаются.
выделенные хроматограммы
и выберите команду Delete (Удалить).
c Выберите все хроматограммы
полного ионного тока (TIC).
d Выберите пункты Chromatograms
(Хроматограммы) > Clear Results
(Очистить результаты).

Задание 8. Расчет значений пригодности системы

В этом задании вы научитесь различным способам интерактивного
интегрирования хроматограммы, изменению параметров интегрирования
для корректировки результатов и просмотру отношения «сигнал-шум»
для каждого пика. Вы также научитесь выполнять расчеты значений
пригодности системы.
Задание 8. Интерактивное интегрирование хроматограммы (МС)
1 Интегрируйте a Установите отметку рядом с файлом • Для общего рабочего процесса

MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d данных при интегрировании используется
и хроматограмму Pest - 200 - MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D интегратор General (Общий),
Scan.d, используя одну из опций, в окне навигатора по данным потому что он выбран в методе
перечисленных справа. (Data Navigator). по умолчанию (default.m).
b Установите отметку рядом с файлом Для рабочего процесса скрининга
данных Pest - 200 - Scan.d в окне соединений ГХ/Q-TOF при
навигатора по данным (Data Navigator). интегрировании используется
c Выделите обе хроматограммы (TIC). интегратор Agile.
d Интегрируйте хроматограммы TIC • Это значение можно поменять,
Scan (Сканированная TIC) для этих выбрав пункты Chromatogram
двух файлов, используя любой из (Хроматограмма) > Integrate (MS)
перечисленных далее вариантов. (Интегрировать (МС)) > вкладка
• В главном меню выберите пункты Integrator (Интегратор).
Chromatograms (Хроматограммы) > • Обратите внимание, что при
Integrate Chromatogram интегрировании с параметрами по
(Интегрировать хроматограмму). умолчанию определяются очень
• Выделите хроматограмму. Затем маленькие пики.
щелкните ее правой кнопкой
мыши и выберите пункт Integrate
Chromatogram (Интегрировать
хроматограмму).
• В окне навигатора по данным (Data
Navigator) выделите пункт TIC Scan
(Сканированная TIC) для обоих
файлов данных. Затем щелкните
правой кнопкой мыши любую
из хроматограмм и выберите
команду Integrate Chromatogram

Задание 8. Интерактивное интегрирование хроматограммы (МС) (продолжение)
Рис. 15 Одно из контекстных меню в навигаторе по данным (Data Navigator) и интегрированные

2 Включите вычисления значений a В обозревателе методов (Method • При изменении значения,
пригодности системы для Explorer) выберите пункты сохраненного в текущем методе,
хроматограмм МС. Chromatogram (Хроматограмма) > появляется голубой треугольник.
Integrate (MS) (Интегрировать (МС)), После сохранения метода
после чего отобразится вкладка треугольники исчезают.
Integrator (Интегратор). • Алгоритмы, которые используются
b Выберите вкладку Suitability для установки нескольких колонок
(Пригодность). в списке пиков интегрирования
c Отметьте пункт Enable system (Integration Peak List), зависят
suitability calculations (Включить от выбранной фармакопеи.
расчеты пригодности системы). Для получения дополнительной
d Выберите пункт United States информации см. онлайн-справку
Pharmacopoeia (USP) (Help).
(Фармакопея США).
e В поле Column void time (Мертвое
время колонки) введите значение 1.
f В поле Column length (Длина
колонки) введите значение 3000.

Фактическое время
освобождения колонки
и длина колонки для этих
файлов данных отличаются
от представленных значений.
Эти значения используются
только для данного примера.
Рис. 16 Chromatogram (Хроматограмма) > Integrate (MS)

(Интегрировать (МС)), вкладка Suitability (Пригодность)
3 Повторное интегрирование • Щелкните значок Integrate
хроматограммы. Chromatogram (Интегрировать
хроматограмму) на панели
инструментов в окне редактора
методов (Method Editor), чтобы
выполнить интегрирование с новым
параметром.
4 Посмотрите расчеты пригодности a Выберите пункты View (Просмотреть) • Расчеты пригодности системы
системы. > Integration Peak List (Список включены в таблицу списка пиков
• Откройте окно списка пиков пиков интегрирования). интегрирования (Integration Peak
интегрирования (Integration b Щелкните правой кнопкой мыши List).
Peak List). в области заголовка окна Peaks • Эти значения включают k’, Tailing
• Просмотрите значения для (Пики) и выберите пункт Floating factor (Фактор размывания границ),
области шума и рассчитайте (Плавающее). Plates (Пластины), Plates/M
отношение «сигнал-шум» для c Щелкните правой кнопкой мыши (Пластины/М) и Symmetry
интегрированных пиков. в области заголовка любого столбца, (Симметрия).
который не нужен, и выберите • Можно также включить расчеты
команду Remove Column (Удалить пригодности системы для
столбец). хроматограммы МС, МС/МС и ГХ.
d Щелкните правой кнопкой мыши
в области заголовка любого столбца
и выберите команду Add/Remove
Columns (Добавить/удалить столбцы),
чтобы изменить видимые столбцы.

Рис. 17 Таблица интегрированных пиков со значениями пригодности

системы
5 Восстановите значения для a Чтобы отменить внесенные изменения • Если еще раз выбрать команду
метода по умолчанию и закройте и восстановить значения из метода Floating (Плавающее) в контекстном
окно редактора методов (Method по умолчанию, щелкните значок меню, окно списка пиков
Editor) и окно списка пиков Restore to last saved values from file интегрирования (Integration Peak
интегрирования (Integration Peak (Восстановить последние List) вернется на свое исходное
List). сохраненные значения из файла) место.
на панели инструментов в окне
редактора методов (Method Editor).
b Закройте окно редактора методов
(Method Editor).
c Щелкните правой кнопкой мыши
в области заголовка окна списка
пиков интегрирования (Integration
Peak List) и выберите пункт Floating
(Плавающее).
d Выберите пункты View (Просмотреть)
> Integration Peak List (Список
пиков интегрирования).

Задание 9. Извлечение спектров из хроматограммы

В этом задании вы извлечете спектр точно из указанного вами места
в хроматограмме. Программа качественного анализа извлекает спектр из
определенной точки данных или извлекает средний спектр из среднего
значения множества точек данных или диапазонов.

1 Просмотрите хроматограмму a Отметьте строку Pest - 200 - MRM.D • Инструмент Walk Chromatogram
и найдите родительский ион в окне навигатора по данным (Просмотр хроматограммы)
и дочерний ион для нескольких (Data Navigator). особенно полезен при работе
последних пиков в Pest - STD 200 b Закройте окно редактора методов с данными МС/МС для
MRM.d. (Method Editor). определения родительского
• Приблизьте область между c Закройте окно результатов спектра МС и дочернего ионов.
13 и 16 минутами. (MS Spectrum Results). • Спектр для каждой точки, которую
• Используйте значок Walk d Выберите хроматограмму TIC MRM вы щелкаете в окне результатов
Chromatogram (Просмотр в окне навигатора по данным для хроматограмм (Chromatogram
хроматограммы). (Data Navigator). Results), автоматически
• Просмотрите спектры, начиная e Щелкните значок Autoscale Y-axis отображается в окне просмотра
примерно с 13 минуты, during Zoom (Автоматическое спектров (Spectrum Preview)
перемещая стрелку вправо. масштабирование оси Y) на (открывается автоматически).
панели инструментов в окне • Иногда в окне просмотра спектров
результатов для хроматограмм (Spectrum Preview) отображаются
(Chromatogram Results). два спектра. Например, в окне
f Выберите значение 1 для параметра просмотра спектров (Spectrum
Maximum number of list panes Preview) показаны два спектра
(Максимальное количество для каждой точки, которую вы
областей списка). щелкнули возле пика на уровне
g Чтобы приблизить несколько пиков, 13,431 минуты.
щелкните правой кнопкой мыши над
пиком на 13 минуте и протащите до
16 минуты, затем отпустите.
h Щелкните значок Walk Chromatogram
(Просмотр хроматограммы) на
панели инструментов в окне
i Разместите курсор просмотра
хроматограммы над осью X примерно
на 13 минуте и щелкните левой
кнопкой мыши.
j Чтобы перемещаться от спектра
к спектру, используйте клавиши
с правой и левой стрелкой на
клавиатуре.

Задание 9. Извлечение спектров из хроматограммы (продолжение)
Рис. 18 Просмотр хроматограммы и двух спектров MRM для пика на уровне 13,43 минуты

2 Извлеките спектры из указанных a Щелкните значок Range Select • Когда вы приближаете или
точек данных для пика на уровне (Выбор диапазона) на панели отдаляете изображение, убедитесь,
5,2 минуты и пика на уровне инструментов в окне результатов что параметр AutoScale Y-axis
14,3 минуты файла данных для хроматограмм (Chromatogram during Zoom (Автоматическое
Pest - STD 200 MRM.d. Results). масштабирование оси Y)
• Извлеките спектр из пика на b Закройте окно просмотра спектров включен. Фон значка будет
или около уровня 5,2 мин. (Spectrum Preview). оранжевым, если параметр
и затем из одной из точек c Щелкните значок Zoom Out включен.
минимума, используя любой (Уменьшить масштаб) на панели • Извлечь спектр можно одним из
из вариантов, описанных инструментов в окне результатов для следующих способов.
в разделе комментариев хроматограмм (Chromatogram • Дважды щелкните точку
(Comments). Results). данных в хроматограмме.
• Извлеките спектр из пика на d Чтобы приблизить пик на уровне • Щелкните точку данных
или около уровня 14,3 минуты. 5,2 минуты, щелкните правой кнопкой в хроматограмме, затем
(еще не точка минимума) мыши над пиком на уровне 4,0 мин. щелкните правой кнопкой мыши
• Измените представление, и протащите до 6,0 мин., затем в любом месте хроматограммы.
чтобы отобразить минимум отпустите. Выберите пункт Extract MS
три спектра. e Из области пика на уровне 5,2 мин. Spectrum (Извлечь спектр МС).
извлеките спектр любым из способов, Появится диалоговое окно
описанных в колонке комментариев Extract Spectrum (Извлечение
(Comments). спектра). Убедитесь, что выбран
f На точке минимума возле уровня файл Pest - STD 200 MRM.d,
5,1 мин. извлеките спектр. и выберите команду Extract
g Щелкните значок Zoom Out (Извлечь) в диалоговом окне
(Уменьшить масштаб) на Extract Spectrum (Извлечение
панели инструментов в окне спектра).
результатов для хроматограмм • Обратите внимание, что при первом
(Chromatogram Results). извлечении спектра сам спектр
h Приблизьте область между 14 появляется в окне результатов
и 15 мин. спектра МС (MS Spectrum Results),
i На пике возле уровня 14,3 минуты а тип спектра и время удержания
извлеките спектр любым из способов, появляются в разделе User Spectra
описанных в колонке комментариев (Спектр пользователя). Все
(Comments). (Не извлекайте пока последующие извлеченные
спектр из точки минимума.) спектры также появятся в обоих
j Если необходимо, выберите местах.
значение 4 для параметра Maximum • При извлечении спектра МС из
number of list panes (Максимальное пика возле уровня 14,3 минуты
количество областей списка) извлекаются два спектра, потому
на панели инструментов в окне что на этом пике происходят два
результатов спектра МС перехода.
(MS Spectrum Results).

Рис. 19 Главное окно с двумя спектрами MRM из пика на уровне 5,2 мин. и двумя спектрами MRM
из пика на уровне 14,3 мин.

3 Извлеките спектр МС для точки a Щелкните значок Spectrum Preview • Когда включен просмотр спектров
минимума на уровне 14,35 мин. (Просмотр спектров) . (Spectrum Preview), система
из файла данных Pest - STD 200 b На точке минимума возле уровня показывает каждый выбранный
MRM.d. 14,3 минуты извлеките спектр. вручную спектр в окне просмотра
• Включите просмотр спектров c Щелкните правой кнопкой мыши спектров (Spectrum Preview), но не
(Spectrum Preview). в окне просмотра спектров в разделе спектров пользователя
• Извлеките спектр из точки (Spectrum Preview) и выберите (User Spectra) навигатора по
минимума на уровне времени команду Copy to User Spectra данным (Data Navigator).
удержания (RT) 14,3 минуты. (Скопировать в спектры • При включенном просмотре
• Скопируйте этот спектр в папку пользователя). Спектры будут спектров (Spectrum Preview)
User Spectra (Спектры скопированы в раздел спектров программа качественного
пользователя). пользователя (User Spectra) анализа перезаписывает
• Измените представление, чтобы в навигаторе по данным предыдущий спектр, когда
отобразить 6 спектров. (Data Navigator) и показаны извлекается новый спектр.
• Выключите просмотр спектров в окне результатов спектра МС • Режим просмотра спектров
(Spectrum Preview). (MS Spectrum Results). (Spectrum Preview) полезен, когда
d Щелкните стрелку вниз возле списка необходимо быстро просмотреть
панелей спектров и выберите спектры в хроматограмме
значение 6. и сохранить только некоторые
e Закройте окно просмотра спектров из них.
(Spectrum Preview).

Рис. 20 Окна результатов для хроматограмм (Chromatogram Results) и результатов спектра МС

(MS Spectrum Results)
4 Извлеките спектр, в котором a Щелкните значок Range Select • Средний спектр можно извлечь,
усредняются все точки (Выбор диапазона) на панели дважды щелкнув выбранный
в определенном диапазоне для инструментов в окне диапазон в хроматограмме.
пика на уровне 14,3 мин. в файле хроматограммы. • Или можно щелкнуть правой
данных Pest - STD 200 MRM.d: b Щелкните в левой части основания кнопкой мыши в любом месте
• Уменьшите масштаб. пика на уровне 14,3 мин. и протащите хроматограммы и в контекстном
• Используйте значок Range до основания пика справа. меню выбрать команду Extract MS
Select (Выбор диапазона) c Извлеките средний спектр Spectrum (Извлечь спектр МС).
на панели инструментов с помощью одного из вариантов, • Обратите внимание, что появятся
в окне хроматограммы. описанных справа. два усредненных спектра MRM.
• Установите диапазон, d Установите значение 2 в поле
включающий весь пик. Maximum number of list panes
• Извлеките спектр с помощью (Максимальное количество
любого из перечисленных областей списка) в окне результатов
способов. спектра МС (MS Spectrum Results).

Рис. 21 Окна результатов для хроматограмм (Chromatogram Results) и результатов спектра МС

(MS Spectrum Results) с двумя усредненными спектрами
5 Извлеките спектры, в которых a Щелкните значок Zoom Out (Отдалить) • Обратите внимание, что во втором
одновременно усредняются на панели инструментов в окне пике уже есть диапазон,
диапазоны пиков на уровне результатов для хроматограмм выбранный в шаге 4.
5,2 мин. и 14,3 мин. для файла (Chromatogram Results). • Чтобы извлечь спектр, можно
данных Pest - STD 200 MRM.d. b Нажмите клавишу Ctrl. также щелкнуть правой
• Подсказка. Используйте c Щелкните в левой части пика на кнопкой мыши в любом месте
значок Range Select (Выбор уровне 5,2 мин. и перетащите в правую хроматограммы и выбрать
диапазона) и клавишу Ctrl, часть пика, затем отпустите кнопку команду Extract MS Spectrum
чтобы выбрать диапазон Пика 1, мыши. (Извлечь спектр МС). Появится
взятый из точки в центре. d Отпустите клавишу Ctrl. диалоговое окно Extract Spectrum
• Извлеките спектр с помощью e Извлеките усредненные спектры (Извлечение спектра). Щелкните
одного из способов, описанных с помощью следующего способа пункт Extract (Извлечь).
справа. или любого их описанных справа.
• Дважды щелкните внутри
выбранного диапазона любого
из пиков.

Первый спектр имеет переходы

из обоих временных диапазонов.
Второй спектр имеет только один
временной диапазон, потому что
переход 160,00 -> ** не существует
в пике на уровне 5,2 мин.
Рис. 22 Два усредненных спектра из двух разных диапазонов в хроматограмме

6 Вычитайте фоновый спектр a Щелкните строку User Spectra • Обратите внимание, что в конце
каждый раз, когда извлекается (Спектр пользователя) в навигаторе этого процесса из всех извлеченных
спектр пика из Pest - STD 200 по данным (Data Navigator). Щелкните спектров пика будет автоматически
MRM.d. правой кнопкой мыши строку User исключен указанный фоновый
• Удалите все сканирования Spectra (Спектры пользователя) спектр.
в разделе спектров пользователя и выберите команду Delete (Удалить).
(User Spectra) в навигаторе по b Нажмите кнопку Yes (Да).
данным (Data Navigator). c В обозревателе методов (Method
• Извлеките фоновый спектр, Explorer) выберите пункты Spectrum
который является средним (Спектр) > Extract (MS/MS)
между спектрами в начале (Извлечь (МС/МС)).
и конце пика. d Выберите вкладку Peak Spectrum
• Извлеките спектр пика из Extraction (MS/MS) (Извлечение
интегрированных пиков. спектра пиков (МС/МС)), если ее
не видно.
e В поле Peak spectrum background
(Фон спектра пика) MS/MS
(МС/МС) выберите пункт Average
of spectra at peak start and end
(Среднее для спектров начала
и конца пика).
f На панели инструментов в окне
результатов для хроматограммы
(Chromatogram Results) щелкните
значок Peak Select (Выбор пиков)
.
g Выберите пункты Chromatograms
(Хроматограммы) > Integrate
(Интегрировать).
h Выберите пик на уровне 5,206 мин.
i Щелкните правой кнопкой мыши
и в контекстном меню выберите
команду Extract Peak Spectrum
(Извлечь спектр пика).

Рис. 23 Спектры пиков с исключенным фоновым спектром пика

7 Интегрируйте и извлеките a Выберите хроматограмму TIC MRM • Спектры пиков, извлеченные

спектры пиков из файла данных в окне навигатора по данным вручную на предыдущем шаге,
Pest - STD 200 MRM.d. (Data Navigator). будут автоматически удалены,
b Выберите пункты Chromatograms так как пункт Clear previous peak
(Хроматограммы) > Integrate and spectra (Очистить предыдущие
Extract Peak Spectra (Интегрировать спектры пиков) отмечен по
и извлечь спектры пиков). умолчанию на вкладке результатов:
Chromatograms (Хроматограммы)
> Integrate (MS/MS)
(Интегрировать (МС/МС)) >
Results (Результаты).
Рис. 24 Интегрирование и извлечение спектров пиков

8 Удалите результаты a Выберите файл данных Pest - Std • Либо можно выбрать пункты
интегрирования и спектры пиков. 200 MRM.d. Chromatograms (Хроматограммы)
b Выберите пункты Chromatograms > Clear Results (Очистить
(Хроматограммы) > Clear Results результаты) > Only
(Очистить результаты) > Include Chromatograms (Только
Peak Spectra (Включить спектры хроматограммы), если не
пиков). следует удалять спектры пиков.

Задание 10. Добавление примечаний

Можно добавить примечание в виде изображения или текста к следующим
графическим окнам.
• Окно Chromatogram Results (Результаты для хроматограмм)
• Окно MS Spectrum Results (Результаты спектра МС)
При сохранении результатов для файла данных примечания также
сохраняются.
Задание 10. Добавление примечания
1 Выберите файл данных a Установите отметку рядом с пунктом • Хроматограммы для других файлов
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D данных будут автоматически
Скройте другие хроматограммы. в окне навигатора по данным скрыты.
(Data Navigator).
b Выберите команды Edit (Изменить)
> Show (Показать) > Only
Highlighted (Только выделенные).
2 Выберите место в хроматограмме, a В окне результатов для хроматограмм • Вместо курсора появится крестик.
куда следует добавить текстовое (Chromatogram Results) на панели Используйте этот курсор для
примечание. инструментов выберите элемент выбора точного положения
Annotation (Примечание) ( ). примечания.
b Переместите курсор на место • Панель инструментов для
в области хроматограммы, где примечаний (Annotate) доступна
необходимо добавить примечание. в окне результатов для
c Щелкните правой кнопкой мыши хроматограмм (Chromatogram
и выберите команду Add Text Results).
Annotation (Добавить текстовое • Также можно добавлять
примечание). примечания к окну результатов
спектра МС (MS Spectrum Results).

Задание 10. Добавление примечания (продолжение)
3 Добавьте информацию a Введите Text (Текст) для примечания. • К хроматограмме или спектру
о текстовом примечании b Выберите пункт Text color (Цвет можно добавлять несколько
в диалоговом окне Add/Edit текста). примечаний.
Text Annotation (Добавление/ c Выберите пункт Orientation • С помощью значков на панели
изменение текстового (Расположение). инструментов для примечаний
примечания). d Выберите пункты Font style (Annotate) можно выбирать все
(Стиль шрифта) и Font size примечания, а также удалять
(Размер шрифта). и изменять их.
e Щелкните пункт Anchored
(Закрепленное) или Floating
(Плавающее). В случае варианта
Anchored (Закрепленное) выберите
параметры указателя для текстового
примечания. В случае варианта
Floating (Плавающее), можно менять
относительное положение. Легче
менять положение в графическом
окне в интерактивном режиме.
f Нажмите кнопку OK.

Панель инструментов для примечаний (Annotate) доступна,

только когда выбран инструмент Annotate (Примечания).
Рис. 25 Диалоговое окно Add/Edit Text Annotation (Добавление/изменение текстового примечания)

и окно результатов для хроматограмм (Chromatogram Results)
4 Выберите место в хроматограмме, a Переместите курсор на место • Можно добавлять файлы
куда следует добавить в области хроматограммы, где с изображениями в формате
примечание-изображение. необходимо добавить примечание. JPG или MOL.
b Щелкните правой кнопкой мыши
и выберите команду Add Image
Annotation (Добавить примечание-
изображение).

5 Добавьте информацию a Введите Text (Текст) для примечания. • Файл Agilent_Logo.tif содержится
о текстовом примечании b Укажите значение 50 для ширины в папке \\MassHunter\Report
в диалоговом окне Add/Edit шкалы. Templates\Qual\B.05.00\en-US\
Text Annotation (Добавление/ c Отметьте пункт Lock aspect ratio Letter. Его необходимо
изменение текстового (Зафиксировать соотношение преобразовать в файл
примечания). размеров). в формате JPG.
d Выберите пункт Floating (Плавающее). • К хроматограмме или спектру
Можно изменить относительное можно добавлять несколько
положение. Легче менять положение примечаний.
в графическом окне в интерактивном
режиме.
e Нажмите кнопку OK.
f Переместите изображение в верхний
правый угол хроматограммы.
Рис. 26 Диалоговое окно Add/Edit Image Annotation (Добавление/изменение примечания-изображения)

6 Увеличьте масштаб первого пика. • Увеличьте область возле первого пика
на уровне 5,5 мин.

Если примечание закреплено, оно остается

в положении, в котором закреплено.
При перемещении в область другого пика
закрепленное примечание может не быть
видным. Если примечание плавающее,
оно всегда отображается в одном и том же
положении относительно верхнего левого
угла окна.
Рис. 27 Диалоговое окно Add/Edit Image Annotation (Добавление/изменение примечания-изображения)

7 Перейдите назад к инструменту a Чтобы удалить все примечания, • Если необходимо сохранить
выбора диапазона (Range Select) щелкните значок . примечания с результатами
в окне результатов для b Щелкните значок (Range Select файла данных, см.«Задание 17.
хроматограмм (Chromatogram (Выбор диапазона)) на панели Сохраните результаты» на стр. 86.
Results). Сначала удалите инструментов в окне результатов • Можно переключаться между
примечание. для хроматограмм (Chromatogram пятью различными инструментами
Results). на панели инструментов в окне
(Chromatogram Results). Для
получения дополнительной
информации см. онлайн-справку
(Help). Этими пятью инструментами
являются:
• Выбор диапазона (Range Select)
• Выбор пиков (Peak Select)
• Ручное интегрирование
(Manual Integration)
• Просмотр хроматограммы
(Walk Chromatogram)
• Мышь для примечаний
(Annotation Mouse)

Задание 11. Добавление измерителя для массы

Измеритель показывает разницу между двумя точками в спектре. Можно
добавить измеритель к окну результатов спектра МС (MS Spectrum Results).
При сохранении результатов для файла данных измерители также
сохраняются.
1 Интегрируйте и извлеките a Установите отметку рядом с пунктом

спектры пиков из MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. в окне навигатора по данным
(Data Navigator).
b Выберите команды Edit (Изменить)
> Show (Показать) > Only
Highlighted (Только выделенные).
c Выберите пункты Chromatograms
(Хроматограммы) > Integrate and
Extract Peak Spectra (Интегрировать
и извлечь спектры пиков).
d Закройте окно редактора методов
(Method Editor).

Задание 11. Добавление измерителя для массы (продолжение)
2 Добавьте измеритель к спектру a В окне результатов спектра МС • Курсор изменится на стрелку.

пика, созданному в предыдущем (MS Spectrum Results) на панели Используйте этот курсор, чтобы
задании. инструментов выберите элемент обозначить начальную и конечную
Delta Mass Caliper (Измеритель точку измерителя.
погрешности (дельта) для массы) • Невозможно выбрать тип
( ). измерителя, если спектр является
b (дополнительно) На панели центром массы, так как Profile
инструментов измерителя (Caliper) Point to Point (Линия от точки до
в качестве типа измерителя точки) никак не влияет на данные
выберите Profile Point to Point центра массы.
(Линия от точки до точки). • На вершине выбранного пика
c Увеличьте масштаб до 66 к 132 m/z. устанавливается «треугольный»
d Переместите курсор на место курсор.
в области спектра, где необходимо
добавить измеритель.
e Перетащите курсор к конечной точке
измерителя в спектре. По мере
перетягивания курсора будет
меняться значение погрешности
(дельта) для массы. Когда вы
отпустите кнопку мыши, измеритель
будет добавлен.
3 Измените измеритель, чтобы a Щелкните измеритель, созданный • К спектру можно добавлять
использовался другой цвет. в предыдущем шаге. несколько измерителей.
b Нажмите кнопку Caliper Properties • С помощью значков на панели
(Свойства измерителя) ( ) на инструментов для измерителя
панели инструментов в окне (Caliper) можно выбирать все
результатов спектра МС измерители, а также удалять
(MS Spectrum Results). и изменять их.
c (дополнительно) Введите значения
для параметров Start X (Начало X)
и Start Y (Начало Y).
d Выберите пункт Text color
(Цвет текста).
e Выберите пункты Font style
(Стиль шрифта) и Font size
(Размер шрифта).
f Нажмите кнопку OK.

Задание 11. Добавление измерителя для массы (продолжение)
Рис. 28 Диалоговое окно Delta Mass Caliper Settings (Параметры измерителя погрешности (дельта)
массы) и окно результатов спектра МС (MS Spectrum Results)
4 Удалите результаты a Выберите пункты Chromatograms • Если необходимо сохранить
интегрирования и спектры. (Хроматограммы) > Clear Results измерители с результатами
(Очистить результаты) > Include файла данных, см. «Задание 17.
Peak Spectra (Включить спектры Сохраните результаты» на стр. 86.
пиков).
b Выберите инструмент Range Select
(Выбор диапазона).


2
Поиск и определение
Задание 12. Найдите соединения по деконволюции
хроматограммы 60
Задание 13. Определить соединения, используя алгоритм поиска
в библиотеках (Search Library) 65
Задание 14. Найдите соединения по MRM (только MRM) 71
Задание 15. Найдите соединения по интегрированию 75
Задание 16. Создайте формулы и выполните поиск спектров пиков
в библиотеке 79
Задание 17. Сохраните результаты 86
В процессе выполнения этих заданий будут осуществляться поиск

и определение соединений в файлах данных ГХ/МС.
столбцов:
• Подробные инструкции — используйте их, если необходима помощь или
если предпочитаете пошаговый процесс обучения.
• Комментарии — здесь вы найдете советы и дополнительную информацию
о каждом этапе упражнения.
59
2 Поиск и определение
Задание 12. Найдите соединения по деконволюции хроматограммы
Задание 12. Найдите соединения по деконволюции

Алгоритм FindCompounds определяет соединения среди данных ГХ/МС
и создает очищенный спектр МС для каждого соединения. Эта функция
является простым способом «добыть» информацию из большого
объема данных. Алгоритм нахождения соединений по деконволюции
хроматограммы можно использовать только для данных о пробах,
полученных в режиме Scan, Product Ion scan или Neutral Loss scan.
Это задание демонстрирует поиск соединений по деконволюции
хроматограммы с точными массовыми характеристиками. После
изменения окна извлечения можно также находить соединения по
деконволюции хроматограммы с массовой характеристикой пика.
Задание 12. Найдите соединения, используя деконволюцию хроматограммы (ГХ/МС)
Шаг Подробные инструкции Комментарии
1 Откройте хроматограмму полного a Если программа еще не открыта, • Алгоритм нахождения соединений
ионного тока (TIC) для файла дважды щелкните значок по деконволюции хроматограммы
данных качественного анализа MassHunter работает с файлами данных как
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. (Qualitative Analysis). В другом ГХ/QQQ, так и ГХ/Q-TOF.
случае щелкните File (Файл) > Open
Data File (Открыть файл данных).
b Выберите файл данных
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d
в папке образцов файлов данных ГХ.
c Снимите отметку с пункта Load result
и нажмите Open (Открыть).
Рис. 29 Хроматограмма TIC из Pest - 200 - Scan.d

Поиск и определение 2
Задание 12. Найдите соединения, используя деконволюцию хроматограммы (ГХ/МС) (продолжение)
2 Настройте интерфейс • Следуйте инструкциям, описанным • Для этих примеров загрузите

пользователя для работы в «Задание 2. Настройка интерфейса рабочий процесс скрининга
с данными ГХ. пользователя для работы соединений (Compound Screening)
с данными ГХ/МС» на стр. 14. ГХ/Q-TOF.
3 Поиск соединений a В окне обозревателя методов (Method • Поиск по деконволюции

с использованием алгоритма Explorer) выберите Find (Поиск) хроматограммы также доступен
деконволюции хроматограммы. Compounds (Соединения) > Find в разделе скрининга соединений
• Выберите интегратор Agile. by Chromatogram Deconvolution (Compound Screening) ГХ/ Q-TOF.
• Введите пороговое значение (Найти по деконволюции • Если имеется массовая
SNR, равное 20. хроматограммы). характеристика пиков, введите
• Введите значения 100 ppm для b На вкладке настроек (Settings), под значение AMU, равное 0,3 для
Left m/z delta (Дельта m/z фильтром пиков (Peak) введите число Left m/z delta (Дельта m/z
слева) и Right m/z delta 20 для порогового значения SNR. слева) и 0,7 для Right m/z delta
(Дельта m/z справа). c Выберите PPM для дельта- (Дельта м/з справа)
значений m/z. • Можно извлечь полный набор
d Введите значение 100 для Left m/z результатов для выделенного
delta (Дельта m/z слева) соединения после его нахождения
и значение 100 для Right m/z delta с помощью пунктов меню
(Дельта m/z справа). Compounds (Соединения) >
Extract Complete Result Set
(Извлечь полный набор
результатов).

Рис. 30 Вкладка настроек (Settings) в разделе поиска по

деконволюции хроматограммы (Find by Chromatogram
Deconvolution)
• Используется для извлечения e Перейдите на вкладку Results • Программа качественного
EIC, спектров МС и МС/МС. (Результаты). анализа (Qualitative Analysis)
f Поставьте отметки для пунктов найдет 4 соединения,
Extract EIC, Extract ECC, Extract удовлетворяющие заданным
cleaned spectrum (Извлечь EIC, условиям.
извлечь ECC, извлечь очищенный • Если не указать файл данных,
спектр) и Extract raw spectrum выполнение алгоритма может
(Извлечь неочищенный спектр). занять много времени.
g Щелкните для запуска
алгоритма Find Compounds by
Chromatogram Deconvolution (Поиск
соединений по деконволюции
хроматограммы) в файле данных.
h При необходимости щелкните
команду View (Просмотр) >
Compound List (Список соединений).

4 Изучите соединения. См. Рис. 31 a Выберите 2 в поле Maximum number • Отображение данных обоих
на стр. 64. of list panes (Макс. количество спектров является удобным
панелей списка) на панели способом просмотра полной
инструментов результатов спектра информации о соединении.
МС (Spectrum Results). • Обратите внимание, что
b Щелкните значок Hide Empty Columns отображаются данные обоих
(Скрыть пустые столбцы) в окне спектров — очищенного
списка соединений (Compound List). и неочищенного.
c Щелкните на первом соединении
в окне навигатора по данным
(Data Navigator).
d При активном окне навигатора по
данным (Data Navigator) используйте
клавиши со стрелками для
переключения соединений.

Рис. 31 Поиск соединений по результатам деконволюции хроматограммы

Задание 13. Определить соединения, используя алгоритм поиска в библиотеках (Search Library)
Задание 13. Определить соединения, используя алгоритм

поиска в библиотеках (Search Library)
В процессе выполнения этих заданий будут осуществляться определение
и генерирование формул для соединений, найденных в «Задание 12.
Найдите соединения по деконволюции хроматограммы» на стр. 60.
Вы сможете приступить к выполнению этого задания, если приобрели
библиотеку NIST08.l или используете библиотеку demo.l. Если доступны
две библиотеки, можно использовать обе.

Задание 13. Определить соединения, используя алгоритм поиска в библиотеках

(Search Library)
1 Выполните поиск всех соединений a Выделите соединения в файле данных • Можно также выбрать скрининг
в библиотеке файла данных MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D в окне соединений (Compound Screening)
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. навигатора по данным (Data Navigator). ГХ/Q-TOF > Определить с помощью
b В окне обозревателя методов (Method поиска в библиотеке в обозревателе
Explorer) щелкните Identify Compounds методов (Method Explorer). В окне
(Определить соединения) > Search редактора методов (Method Editor)
Unit Mass Library (Поиск в библиотеке отображается тот же раздел.
массовой характеристики пиков). • Demo.l и Nist08 должны быть
c Во вкладке настроек (Settings) нажмите установлены папке \MassHunter\
кнопку Add Library (Добавить Library.
библиотеку). Выберите библиотеку • Обратите внимание, что многие
demo.l и нажмите кнопку ОК. соединения определяются после
d (необязательно) Во вкладке настроек поиска в библиотеке NIST08.l.
(Settings) нажмите кнопку Add Library • Если у вас нет библиотеки NIST08.l,
(Добавить библиотеку). Выберите выберите другую доступную
библиотеку NIST08.l и нажмите библиотеку.
кнопку ОК. • Если вы выбрали две библиотеки
e Перейдите на вкладку результатов (или более), и у вас установлен
поиска (Search Results). параметр «Остановить при
f (необязательно) Выберите Stop When нахождении» (Stop When Found),
Found (Остановить при нахождении) алгоритм поиска в библиотеках
при поиске в нескольких библиотеках начнет поиск с библиотеки, первой
(Multi-Library search). в списке. Поиск останавливается
g Выберите Identify (Определить) > по нахождении соединения.
Search Library for Compounds (Поиск Если соединение не определено,
соединений в библиотеке) в главном начинается поиск в следующей
меню. Можно также щелкнуть значок библиотеке. Поиск закончится,
Search Library for Compounds (Поиск когда соединение будет найдено,
соединений в библиотеке), чтобы или когда поиск дойдет до конца
запустить алгоритм. последней библиотеки.
h Щелкните View (Просмотр) > Difference • Используйте программу
Results (Разница результатов). редактирования библиотек (Library
i Щелкните View (Просмотр) > Structure Editor) для изменения библиотек,
Viewer (Средство просмотра структуры). которые используются алгоритмом
j Щелкните View (Просмотр) > Compound поиска в библиотеке массовой
Identification Results (Результаты характеристики пиков (Search Unit
определения соединений), если Mass Library). Эта программа
необходимо отобразить это окно. устанавливается вместе
k Если необходимо, перейдите на вкладку с программой качественного анализа
окна Compound Identification Results (Qualitative Analysis) Agilent
(Результаты определения соединений). MassHunter. Щелкните значок
Это окно разделено на вкладки окна , чтобы запустить программу.
результатов хроматограммы


(Search Library) (продолжение)
2 Отображение столбцов результатов a Нажмите кнопку «Отображать столбцы

спектральной библиотеки (Spectral поиска в библиотеке» (Show Library
Library Results) в окне списка Search Columns, ) на панели
соединений (Compound List) инструментов окна списка соединений
и в окне результатов определения (Compound List) и на панели
соединений (Compound инструментов окна результатов
Identification Results). определения соединений (Compound
Identification Results).
b Нажмите кнопку «Скрыть пустые
столбцы» (Hide Empty Columns, )
на панели инструментов окна списка
соединений (Compound List) и на
панели инструментов окна результатов
определения соединений (Compound


Рис. 32 Соединения в файле данных MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D и результаты поиска в библиотеках

3 Переход к отображению сведений a Щелкните на
о соединениях (Compound Details главной панели инструментов.
View) для рассмотрения b Закройте окно результатов спектра
соединений. фрагмента соединений (Compound
Fragment Spectrum Results).


4 Рассмотрите результаты a Щелкните значок наложения • Больше информации

в представлении сведений (Overlaid) в окне результатов о представлении сведений
о соединениях (Compound хроматограммы соединения о соединениях (Compound Details
Details View). (Compound Chromatogram Results). View) можно найти в интерактивной
b Разверните результаты в окне справке (Help). Представление
результатов определения соединений сведений о соединениях (Compound
(Compound Identification Results). Details View) может быть очень
полезным при просмотре
результатов, возвращенных
алгоритмом поиска по формуле
(Find by Formula), если файл
данных получен в режиме всех
ионов (All Ions).


Рис. 33 Отображение соединений в файле данных MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D в представлении

сведений о соединении (Compound Details View)
5 Переключитесь с представление • Нажмите кнопку
навигатора (Navigator View). на главной панели инструментов.
6 Закройте файл данных. a Щелкните File (Файл) > Close Data • Чтобы узнать, как сохранить
File (Закрыть файл данных). результаты, см. «Задание 17.
b Щелкните No (Нет). Сохраните результаты» на стр. 86.

Задание 14. Найдите соединения по MRM (только MRM)

Алгоритм поиска соединений по MRM (Find Compounds by MRM) определяет
соединения среди данных MRM, полученных с помощью тройного
квадруполя. Алгоритм осуществляет поиск соединений, используя
переходы MRM. Все соединения, полученные этим методом, извлекаются
и отображаются в списке соединений (Compound List). Соединения
не исключаются из поиска на основании результатов интегрирования
хроматограммы. Алгоритм поиска соединений по MRM (Find Compounds
by MRM) можно использовать только с данными, полученными
с использованием переходов MRM. Алгоритм MRM использует
информацию, которая может быть найдена в файле данных, если
этот файл данных — MRM.
Задание 14. Найдите соединения, используя MRM (только MRM)
1 Откройте хроматограмму полного a Если программа еще не открыта, • Общий рабочий процесс (General
ионного тока (TIC) для файла дважды щелкните значок Mass Workflow) используется при
данных Pest - STD 200 MRM.d. Hunter Qualitative Analysis работе с данными ГХ/QQQ.
(Качественный анализ Mass Hunter). При работе с данными ГХ/Q-TOF
В другом случае щелкните можно также использовать
File (Файл) > Open Data File общий рабочий процесс (General
(Открыть файл данных). Workflow) или рабочий процесс
b Выберите файл данных Pest - STD скрининга соединений ГХ/Q-TOF
200 MRM.d в папке образцов (GC/Q-TOF Compound Screening
файлов данных ГХ. workflow).
c Снимите отметку с пункта Load
result data (Загрузить результаты)
Рис. 34 Хроматограмма TIC из файла Pest - STD 200 MRM.d

Задание 14. Найдите соединения, используя MRM (только MRM) (продолжение)
2 Настройте интерфейс • Следуйте инструкциям, описанным

пользователя для работы в «Задание 2. Настройка интерфейса
с данными ГХ. пользователя для работы
с данными ГХ/МС» на стр. 14.
3 Поиск соединений a В окне обозревателя методов • Можно выбрать регион

с использованием (Method Explorer) выберите Find хроматограммы, в котором вы
алгоритма MRM. (Поиск) Compounds (Соединения) предполагаете найти соединения.
> Find by MRM (Найти по MRM). • Можно извлечь полный набор
b Нажмите кнопку Group transitions результатов для выделенного
by compound name (Групповые соединения после его нахождения
переходы по имени соединения). с помощью пунктов меню
c Перейдите на вкладку Integrator Compounds (Соединения) >
(Интегратор). Extract Complete Result Set
d Выберите интегратор Agile. (Извлечь полный набор
Рис. 35 Вкладка интегратора в разделе поиска по MRM (Find by MRM) редактора методов
(Method Editor)
e Щелкните для запуска алгоритма • Программа качественного
поиска соединений по MRM (Find анализа (Qualitative Analysis)
Compounds by MRM) в файле данных. найдет 28 соединений,
f При необходимости щелкните удовлетворяющих заданным
команду View (Просмотр) > условиям.
g Если необходимо, щелкните View
(Просмотр) > Compound Identification
Results (Результаты определения
соединений).

4 Изучите соединения. См. Рис. 36 a Выберите 2 в поле Maximum number • В окне результатов определения
на стр. 74. of list panes (Макс. количество соединения в столбце
панелей списка) на панели «Родительский (Метод получения)»
инструментов результатов спектра (Precursor [Acq Method])
МС (Spectrum Results). отобразится родительский ион,
b Щелкните значок Automatically а в столбце «Дочерний (Метод
Show Columns (Автоматически получения)» (Product [Acq Method])
показывать столбцы) в окне списка отобразится дочерний ион.
соединений (Compound List) и в окне
результатов определения соединений
(Compound Identification Results).
(Data Navigator).

Рис. 36 Поиск по результатам MRM

b Щелкните Close (Закрыть). Сохраните результаты» на стр. 86.

Задание 15. Найдите соединения по интегрированию

Алгоритм поиска соединений по интегрированию (Find Compounds by
Integration) определяет соединения на основании результатов
интегрирования. Соединение создается для каждого пика, определенного
интегратором.
Задание 15. Найдите соединения, используя интегрирование
1 Откройте хроматограмму a Если программа еще не открыта, • Общий рабочий процесс (General
полного ионного тока (TIC) дважды щелкните значок Mass Workflow) используется при
для файла данных Hunter Qualitative Analysis работе с данными ГХ/QQQ.
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D. (Качественный анализ Mass Hunter). При работе с данными ГХ/Q-TOF
В другом случае щелкните File можно также использовать общий
(Файл) > Open Data File (Открыть рабочий процесс (General
файл данных). Workflow) или рабочий процесс
b Выберите файл данных Pest - STD скрининга соединений ГХ/Q-TOF
200 MRM.d в папке образцов файлов (GC/Q-TOF Compound Screening
данных ГХ. workflow).
Рис. 37 Хроматограмма TIC из файла MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d

2 Настройте интерфейс • Следуйте инструкциям, описанным
пользователя для работы в «Задание 2. Настройка интерфейса
с данными ГХ. пользователя для работы

Задание 15. Найдите соединения, используя интегрирование (продолжение)
3 Поиск соединений a В окне обозревателя методов • Можно выбрать регион

с использованием алгоритма (Method Explorer) выберите Find хроматограммы, в котором вы
интегрирования. (Поиск) Compounds (Соединения) > предполагаете найти соединения.
Find by Integration (Найти по • Можно извлечь полный набор
интегрированию). результатов для выделенного
b Выберите интегратор MS/MS (GC) соединения после его нахождения
(МС/МС (ГХ)). с помощью пунктов меню
Compounds (Соединения) >
Extract Complete Result Set
(Извлечь полный набор
Рис. 38 Вкладка интегратора в разделе поиска по интегрированию (Find by Integration) редактора

методов (Method Editor)
c Щелкните для запуска алгоритма • Программа качественного анализа
поиска соединений по (Qualitative Analysis) найдет
интегрированию (Find Compounds 6 соединений, удовлетворяющих
by Integration) в файле данных. заданным условиям.
d При необходимости щелкните
команду View (Просмотр) >

4 Изучите соединения. См. Рис. 36 a Выберите 2 в поле Maximum

на стр. 74. number of list panes (Макс.
количество панелей списка) на
панели инструментов результатов
спектра МС (Spectrum Results).
b Щелкните значок Automatically
Show Columns (Автоматически
показывать столбцы) в окне списка
соединений (Compound List).
(Data Navigator).

Рис. 39 Поиск по результатам интегрированию

b Щелкните Close (Закрыть). Сохраните результаты» на стр. 86.

Задание 16. Создайте формулы и выполните поиск спектров пиков в библиотеке
Задание 16. Создайте формулы и выполните поиск спектров

пиков в библиотеке
В процессе выполнения этого задания будут сначала осуществляться
интегрирование и извлечение спектров пиков из файла данных
ГХ/Q-TOF. А потом, создаваться возможные формулы для каждого
спектра пиков.
1 Откройте TIC для файла данных a Если программа еще не открыта, • Если пункт Load result data
MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. дважды щелкните значок Mass (Загрузить результаты)
Hunter Qualitative Analysis недоступен, это значит, что
(Качественный анализ Mass Hunter). результаты не были сохранены
В другом случае щелкните File в файле данных. См. «Задание 17.
(Файл) > Open Data File Сохраните результаты» на стр. 86
(Открыть файл данных). для получения инструкций по
b Выберите файл данных сохранению результатов.
MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d
2 Интегрирование и извлечение a Щелкните Chromatograms

спектров пиков. (Хроматограммы) > Раздел
интегрирования (МС) в окне
обозревателя методов (Method
Explorer).
b Перейдите на вкладку Peak Filters
c Нажмите кнопку Peak height (Высота
пика).
d Отметьте пункт Relative height
(Относительная высота).
e Отметьте пункт Limit (by height) to the
largest (Ограничить (по высоте) до
максимум) и введите значение 4.
f Выберите пункты Chromatograms
(Хроматограммы) > Integrate and
Extract Peak Spectra (Интегрировать
и извлечь спектры пиков).

Задание 16. Создайте формулы и выполните поиск спектров пиков в библиотеке (продолжение)
3 Генерация формул для каждого a В окне обозревателя методов (Method • Прогнозируемую степень
спектра пиков. Explorer) щелкните Identify Compounds распространенности изотопов
• Просмотр списка результатов (Определить соединения) > Generate можно увидеть на спектральном
определения спектра. Formulas (Создать формулы). графике, если приблизить
• Закройте окно результатов b В окне редактора методов (Method Editor) соответствующие значения m/z.
перейдите на вкладку Charge State
спектра МС (MS Spectrum (Зарядовое состояние) и выберите Для получения дополнительной
Results). Common organic molecules (Простые информации см. онлайн-справку
органические молекулы) в качестве (Help).
Подсказка. Для получения таких изотопной модели. • Значок Run (Запустить)
же результатов, как в Рис. 41, c В окне навигатора по данным на панели инструментов окна
убедитесь, что для изотопной модели (Data Navigator) выделите все спектры редактора методов (Method Editor)
в разделе User Spectra иногда позволяет выбрать действие
выбрано значение Common organic
(Пользовательские спектры). из списка возможных действий.
molecules (Простые органические d Щелкните команду Identify (Определить)
молекулы). Например, выбор команды Run
> Generate Formulas from Spectrum
Peaks (Создать формулы по пикам (Запустить) в этом разделе дает
спектров) или нажмите кнопку Generate возможность выполнения двух
Formulas from Spectrum Peaks (Создать действий. Если щелкнуть стрелку,
формулы по пикам спектров), появится список действий, которые
чтобы запустить алгоритм. можно выбрать. Выбор нового
e Если необходимо, щелкните значок действия из списка меняет
Spectrum Identification Results предыдущее действие по умолчанию.
(Результаты определения спектров) Если сразу нажать кнопку Run
или команду View (Просмотр) > (Запустить), выполнится действие
Spectrum Identification Results
(Результаты определения спектров). по умолчанию.
f В окне результатов определения спектров • Ширина столбца изменяется путем
(Spectrum Identification Results) нажмите перетаскивания линии, которая
кнопку Automatically Show Columns разделяет соседние столбцы.
(Автоматически показывать столбцы) • Столбец можно передвинуть.
на панели инструментов. Для этого перетащите заголовок
g Щелкните значок Hide Empty Columns столбца.
(Скрыть пустые столбцы), , в окне • Удалить столбец можно, если
результатов определения спектров щелкнуть Remove column (Удалить
(Spectrum Identification Results).
h Выберите C6 H13 как Best (Лучший) столбец) в контекстном меню
результат. таблицы.
i Разверните таблицу для этого ряда.
j Закройте окно редактора методов
(Method Editor).
k Рассмотрите формулы и типы ионов,
которые отобразятся поверх многих пиков
в окне результатов спектров МС
(MS Spectrum Results). Формулы и типы
ионов имеют тот же цвет, что и спектры.

Рис. 40 Создайте результаты формул для пиков 1–4

4 Выполните поиск спектров для a В окне навигатора по данным (Data • Реактор методов (Method Editor)
пиков 1–4 в библиотеке. Navigator) щелкните User Spectra открывается автоматически при
(Пользовательские спектры). выборе раздела в обозревателе
b В окне обозревателя методов (Method методов (Method Explorer).
Explorer) щелкните Identify Compounds
(Определить соединения) > Search
Unit Mass Library (Поиск в библиотеке
массовой характеристики пиков).
c Убедитесь, что библиотека выбрана
правильно.
d Выберите Identify (Определить) >
Search Library for Spectra (Поиск
спектров в библиотеке) в главном
меню.
e Закройте окно редактора методов
(Method Editor).
5 Измените видимые столбцы. a Щелкните правой кнопкой мыши • При удалении столбца, который
на окне результатов определения содержит данные, с помощью
спектров (Spectrum Identification команды Remove Column (Удалить
Results), а затем щелкните столбец), программа автоматически
Add/Remove Columns (Добавить/ отобразит этот столбец, если
Удалить столбцы). В диалоговом включена функция Automatically
окне «(Enhanced) Add/Remove Show Columns (Автоматически
Columns» («(Расширенные) Добавить/ показывать столбцы).
Удалить столбцы»), отметьте столбцы • Алгоритм LibSearch имеет большой
для отображения. Нажмите кнопку OK. вес в разделе комбинирования
b Закройте окно редактора методов результатов определения (Combine
(Method Editor). Identification Results) этого метода.
c Щелкните значок Hide Empty Columns Можно вручную выбрать лучший
(Скрыть пустые столбцы), , в окне результат MFG или изменить метод
результатов определения спектров комбинирования результатов
(Spectrum Identification Results). определения.
d Рассмотрите формулы и типы ионов,
которые отобразятся поверх каждого
пика в окне результатов спектров МС
(MS Spectrum Results).

Рис. 41 Результаты поиска в библиотеке (Library Search) и генерации формул (Generate Formulas)
для спектров первого пика

6 Рассмотрите результаты для a Щелкните View (Просмотр) > • Фрагментарные ионы отображаются
каждого спектра в окне пиков МС MS Spectrum Peak List 1 (Список 1 зеленым цветом в окне результатов
(MS Peaks One). спектров пиков МС). спектров МС (MS Spectrum Results).
b Щелкните правой кнопкой мыши, • Поле типа ионов (Ion Type) может
а затем выберите Add/Remove иметь значения: молекулярный
Columns (Добавить/Удалить столбцы). (Molecular Ion), фрагментарный
c Убедитесь, что столбцы, отображенные (Fragment Ion) или быть пустым.
в Рис. 42, также присутствуют В случае фрагментарных ионов
в списке Show these columns (Fragment Ion) в столбце формулы
(Показать эти столбцы). потерь (Loss Formula) и массы
d Выполните сортировку по столбцу потерь (Loss Mass) отображаются
Ion Type (Тип ионов). формула и масса, необходимые
e Если тип ионов - фрагментарный для получения такого иона из
(Fragment Ion), формулы и типы ионов молекулярного иона. «Формулы
отображаются зеленым цветом на и типы ионов» отображает
каждом пике в окне результатов информацию для этого иона.
спектров МС (MS Spectrum Results).
Рис. 42 Таблица 1 пиков МС (MS Peaks One) содержит столбцы: Ion Type (Тип ионов), Loss Formula
(Формула потерь), Loss Mass (Масса потерь) и Formula & Ion Species (Формулы и типы ионов)
7 (необязательно) Закройте файл a Щелкните File (Файл) > Close Data • Чтобы узнать, как сохранить
данных. File (Закрыть файл данных). результаты, см. «Задание 17.
• Чтобы узнать, как сохранять b Щелкните Close (Закрыть). Сохраните результаты» на стр. 86.
результаты, перейдите
к следующему заданию.


Задание 17. Сохраните результаты

В процессе выполнения этого задания будет осуществляться сохранение
результатов для текущего файла данных.
1 Сохраните результаты для a Щелкните File (Файл) > Save • Имея один файл данных можно
текущего файла данных Results (Сохранить результаты). сохранить только один набор
и закройте его. b Щелкните File (Файл) > Close Data результатов. При повторном
File (Закрыть файл данных). сохранении результатов
с помощью команды File (Файл) >
Save Results (Сохранить
результаты) для текущего файла
данных, новые данные будут
записаны поверх данных
предыдущего сохранения.
2 Откройте файл данных и загрузите a Щелкните File (Файл) > Open Data
результаты. File (Открыть файл данных).
Откроется диалоговое окно «Open
Data File» («Открыть файл данных»).
b Выберите файл данных. Для этого
примера выберите файл данных
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d.
c Отметьте пункт Load result data
(Загрузить данные результатов).
d Нажмите кнопку Open (Открыть).

Задание 17. Сохраните результаты (продолжение)
Пункт «Load result data» («Загрузить данные

результатов») должен быть отмечен.
Рис. 43 Откройте диалоговое окно Open Data File («Открыть файл данных»)
3 Изучите результаты. a Щелкните на окне результатов
определения спектров (Spectrum
b Рассмотрите результаты.

4 Закройте файл данных. a Щелкните File (Файл) > Close Data
File (Закрыть файл данных).
b Щелкните Close (Закрыть).

5 Снова откройте файл данных, a Щелкните File (Файл) > Open • Если не загружать результаты,
но не загружайте результаты. (Открыть). Откроется диалоговое при открытии файла данных по
окно «Open Data File» («Открыть умолчанию откроется TIC. Если
файл данных»). в поле запуска выбранного метода
b Выберите файл данных. Для этого поставить отметку для открытия
примера выберите файл данных файла (File Open), выполнится
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. открытие файла. Для получения
c Снимите отметку с пункта Load дополнительной информации
result data (Загрузить результаты). см. онлайн-справку (Help).
d Нажмите кнопку Open (Открыть).
6 Закройте файл данных. a Щелкните File (Файл) > Close Data
File (Закрыть файл данных).
b Щелкните Close (Закрыть).


3
Использование рабочих процессов,
экспорт и печать
Задание 18. Настройка и выполнение метода качественного анализа
с использованием общего рабочего процесса 92
Задание 19. Настройка и выполнение метода с использованием
процесса скрининга соединений ГХ/Q-TOF 99
Задание 20. Экспорт файла CEF 104
Задание 21. Печать отчета о результатах анализа 106
Задание 22. Печать отчета по соединениям 112
В этих заданиях вы научитесь настраивать и выполнять метод

качественного анализа. Затем вы выполните операции в рамках
автоматизированного метода при открытии файла данных.
Для этих примеров используются два различных рабочих процесса.
Для получения дополнительной информации см. «Рабочие процессы» на
стр. 127.
Общий рабочий процесс поддерживает данные ГХ/QQQ, ГХ/Q-TOF
и ЖХ/МС. Рабочий процесс скрининга соединений ГХ/Q-TOF (GC/Q-TOF
Compound Screening workflow) поддерживает данные ГХ/Q-TOF.
столбцов:
• Подробные инструкции — используйте их, если необходима помощь
или если предпочитаете пошаговый процесс обучения.
• Комментарии — здесь вы найдете советы и дополнительную
информацию о каждом этапе упражнения.
91
3 Использование рабочих процессов, экспорт и печать
Задание 18. Настройка и выполнение метода качественного анализа с использованием общего
рабочего процесса
Задание 18. Настройка и выполнение метода качественного

анализа с использованием общего рабочего процесса
При первом использовании программы Программа качественного анализа
загружается метод default.m. Вы можете внести изменения в открытый
метод и сохранить его или открыть новый метод, внести изменения
и сохранить этот метод. Вы не можете перезаписать метод default.m.
Вы также можете настроить выполнение определенных действий в методе
при открытии файла данных. При открытии файла данных вы также
можете загрузить метод, который был использован для создания
результатов, которые хранятся в файле данных. Этот метод автоматически
сохраняется каждый раз, когда вы сохраняете результаты с файлом
данных. Общий рабочий процесс может быть использован как с файлами
данных ГХ/МС, так и ЖХ/МС.

1 Откройте хроматограмму полного a Если программа еще не открыта, • При работе с данными ГХ/МС
ионного тока (TIC) для файла дважды щелкните значок Mass используйте общий рабочий
данных Pest - STD 200 MRM.d. Hunter Qualitative Analysis процесс (General Workflow) или
(Качественный анализ Mass Hunter). рабочий процесс скрининга
В другом случае щелкните соединений ГХ/Q-TOF (GC/Q-TOF
File (Файл) > Open Data File Compound Screening workflow).
(Открыть файл данных).
b Выберите файл данных Pest - STD
200 MRM.d в папке образцов
файлов данных ГХ.
2 Настройте интерфейс • Следуйте инструкциям, описанным • Для этого образца выберите

пользователя для работы в «Задание 2. Настройка интерфейса общий рабочий процесс
с данными ГХ. пользователя для работы (General workflow).

Использование рабочих процессов, экспорт и печать 3
рабочего процесса (продолжение)
3 Настройте метод на извлечение a В окне обозревателя методов

хроматограммы TIC. (Method Explorer) выберите
• Определите хроматограмму Chromatogram (Хроматограмма) >
TIC для данных МС. Define Chromatograms (Определить
хроматограммы).
b Удалите хроматограмму BPC.
c Выберите TIC (хроматограмма
полного ионного тока) в поле
Type (Тип).
d Убедитесь, что уровень МС
установлен на МС/МС.
e Щелкните Add (Добавить).
4 Выберите метод для a В окне обозревателя методов • Обновление значения во вкладке
интегрирования данных. (Method Explorer) выберите «Фильтры пиков» (Peak Filters)
• Установите предел Chromatogram (Хроматограмма) > в разделе хроматограммы
интегрирования до четырех Integrate (MS/MS) (Интегрировать (Chromatogram) > Integrate (MS)
наивысших пиков. (МС/МС). (Интегрировать (МС)) также
b Перейдите на вкладку Peak Filters обновит значения в других
(Фильтры пиков). разделах обозревателя метода
c В разделе «Максимальное (Method Explorer). Для выделения
количество пиков» (Maximum этих других разделов появляются
number of peaks) отметьте пункт голубые треугольники.
Limit (by height) to the largest
(Ограничить (по высоте) до
максимума).
d Введите 4.

Вы можете щелкнуть
значок «Сохранить метод»
(Save Method), чтобы
сохранить текущий метод.
Рис. 46 Вкладка Chromatogram (Хроматограмма) > Integrate (MS/MS) (Интегрировать (МС/МС)) >
Peak Filters (Фильтры пиков)
5 Проверьте интегрирование, • Щелкните значок Integrate
чтобы убедиться, что появятся Chromatogram (Интегрировать
только 4 пика. хроматограмму) , чтобы
интегрировать файл данных.
6 Сохраните метод a В верхнем меню выберите Method • Обратите внимание, что сохранение
в iii_GCexercise1, где «iii» — (Метод) > Save As (Сохранить как). метода приведет к тому, что
ваши инициалы. b Введите iii_GCexercise1. исчезнут все голубые треугольники,
c Нажмите кнопку Save (Сохранить). означающие изменение значений
в открытом методе.
7 Измените фоновый спектр пика, a В обозревателе методов (Method • Если вы внесете дополнительные
чтобы использовать спектр Explorer) щелкните Spectrum изменения после сохранения
в начале пика. (Спектр) > Extract (MS/MS) метода, появятся голубые
(Извлечь (МС/МС)). треугольники.
b Щелкните Peak Spectrum Extraction
(MS/MS) (Извлечение спектра
пика (МС/МС)).
c Для фонового спектра пика выберите
Spectrum at peak start (Спектр на
начале пика).

Вы можете щелкнуть
значок «Сохранить метод»
(Save Method), чтобы
сохранить текущий метод.
Рис. 47 Вкладка The Spectrum (Спектр) > Extract (MS/MS) (Извлечь (МС/МС) > Peak Spectrum Extraction
(MS/MS) (Извлечение спектра пика (МС/МС)
8 Проверьте извлечение спектра МС, • Щелкните значок Extract Peak
чтобы убедиться, что фоновый Spectrum (Извлечь спектр пика)
спектр вычитается. , чтобы запустить действие на
выбранном пике в файле данных.
9 Сохраните метод. • Сохраните метод одним из трех • Значок «Сохранить метод»

способов: (Save Method) показан в Рис. 47
•Щелкните значок Save на стр. 95
Method (Сохранить метод)
в редакторе методов
(Method Editor).
• Щелкните правой кнопкой мыши
на редакторе методов (Method
Editor) и выберите Save Method
(Сохранить метод).
• В верхнем меню выберите Method
(Метод) > Save (Сохранить).

10 Настройте метод на автоматическое a В окне обозревателя методов (Method

выполнение действий, чьи Explorer) выберите General (Общие)
параметры вы только что > File Open Actions (Действия при
изменили при открытии файла открытии файла).
данных. b Выберите Integrate and Extract Peak
• Перечислите действия, которые Spectra (Интегрировать и извлечь
должны быть выполнены при спектры пиков) из списка Available
открытии этого или другого actions (Доступные действия).
файла данных. c Нажмите кнопку Add (Добавить),
, чтобы переместить выбранное
Подсказка. Смотри под Общие действие в список Actions to be run
(General) в обозревателе методов (Действия к выполнению).
(Method Explorer). Вы также можете щелкнуть два раза
на выбранном действии, чтобы
переместить его в другой список.
11 Проверьте действия при открытии • Щелкните значок Run File Open • Хроматограммы и спектры не будут
файла (File Open Actions). Actions Now (Выполнить действия перезаписаны. Будут добавлены
при открытии файла сейчас) , новые хроматограммы и спектры.
чтобы выполнить действия над
файлом данных.
Частью списка действий

к выполнению (Actions to be
run) являются два различных
действия. Первое действие —
извлечение определенных
хроматограмм. Затем эта
хроматограмм интегрируется
и извлекаются пики.
Рис. 48 Раздел «Общие» (General) > File Open Actions (Действия при открытии файла) в редакторе

12 Сохраните метод. • Щелкните значок Save Method

(Сохранить метод) в окне редактора
методов (Method Editor),
13 настройте метод на автоматическое a В окне обозревателя методов

выполнение действий при (Method Explorer) выберите Worklist
выполнении метода на Automation (Автоматизация рабочей
протяжении рабочей таблицы. таблицы) > Worklist Actions
• Перечислите действия, которые (Действия рабочей таблицы).
должны быть выполнены при b Удалите Generate Analysis Report
открытии этого или другого (Создать отчет по результатам
файла данных. анализа) из списка Actions to be
run (Действия к выполнению).
Подсказка. Смотрите в окне
обозревателя методов (Method
Explorer) под «Автоматизация рабочей
таблицы» (Worklist Automation)
14 Проверьте действия рабочей • Щелкните значок Run Worklist • Хроматограммы и спектры не
таблицы. Actions Now (Выполнить действия будут перезаписаны. Будут
рабочей таблицы сейчас) , добавлены новые хроматограммы
чтобы выполнить действия над и спектры.

В метод включены два

различных списка действий.
Первый список действий
(File Open Actions (Действия при
открытии файла)) может быть
выполнен при открытии файла
данных. Второй список действий
(Worklist Actions (Действия
рабочей таблицы)) выполняется
при запуске метода.
Рис. 49 Раздел «Автоматизация рабочей таблицы» (Worklist Automation) > Worklist Actions
(Действия рабочей таблицы) в редакторе методов (Method Editor)
15 Сохраните метод и закройте a Щелкните значок Save Method
файл данных без сохранения (Сохранить метод) в редакторе
результатов. методов (Method Editor),
b Щелкните File (Файл) > Close Data
File (Закрыть файл данных),
и ответьте No (Нет) на вопрос
о сохранении результатов.

Задание 19. Настройка и выполнение метода с использованием процесса скрининга соединений
ГХ/Q-TOF
Задание 19. Настройка и выполнение метода с использованием

процесса скрининга соединений ГХ/Q-TOF
В этом задании вы настроите метод качественного анализа, содержащий
список действий анализа, которые необходимо выполнить в определенном
порядке. Они включают извлечение и интегрирование хроматограмм,
извлечение спектров, поиск по библиотеке спектров пиков, создание
формул для спектров и распечатку отчета по результатам анализа.

ГХ/Q-TOF
1 Откройте хроматограмму a Если программа еще не открыта,

полного ионного тока (TIC) дважды щелкните значок Mass
для файла данных Hunter Qualitative Analysis
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. (Качественный анализ Mass Hunter).
В другом случае щелкните File
(Файл) > Open Data File (Открыть
файл данных).
b Выберите файл данных
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d
2 Настройте интерфейс пользователя • Следуйте инструкциям, описанным • Для этого образца выберите
для работы с данными ГХ. в «Задание 2. Настройка интерфейса рабочий процесс скрининга
пользователя для работы соединений (Compound Screening
с данными ГХ/МС» на стр. 14. workflow) ГХ/Q-TOF.

ГХ/Q-TOF
ГХ/Q-TOF (продолжение)
3 Убедитесь, что хроматограмма a В окне обозревателя методов

полного ионного тока (TIC) (Method Explorer) выберите
извлечена. Chromatogram (Хроматограмма).
b Выберите раздел Define
Chromatograms (Определить
хроматограммы).
c В окне редактора методов (Method
Editor) убедитесь, что выбранная
хроматограмма в разделе Defined
chromatograms (Определенные
хроматограммы) - хроматограмма
полного ионного тока (TIC). Если нет,
выберите TIC (хроматограмма
полного ионного тока) в поле
Type (Тип). Нажмите кнопку
Change (Изменить).
4 Проверьте параметры алгоритма a В окне обозревателя методов • Просмотрите разделы для

поиска по деконволюции (Method Explorer) выберите раздел рабочего процесса скрининга
хроматограммы (Find by GC/Q-TOF Compound Screening соединений ГХ/Q-TOF (GC/Q-TOF
Chromatogram Deconvolution). (Скрининг соединений ГХ/Q-TOF) > Compound Screening workflow).
Find by Chromatogram Deconvolution • Обратите внимание, что для этого
(Поиск по деконволюции процесса существует шесть
хроматограммы). разделов. Все эти разделы —
b Выберите вкладку Mass Filter копии разделов, которые уже
(Фильтр масс). являются частью обозревателя
c Установите значение Absolute height методов.
(Абсолютная высота) на 13000. • Обратите внимание, что голубые
d Перейдите на вкладку Results треугольники появляются в других
(Результаты). разделах обозревателя методов
e Нажмите клавишу Highlight all (Method Explorer). Они означают,
compounds (Выделить все что те же значения параметров
соединения). были изменены также где-то
f Проверьте результаты на каждой в другом месте.
вкладке.

ГХ/Q-TOF
5 Проверьте параметры для a В окне обозревателя методов • Библиотека demo.l или NIST08.l
определения с помощью (Method Explorer) выберите раздел (или другая версия библиотеки
алгоритма поиска в библиотеках GC/Q-TOF Compound Screening NIST) установлена в папке
(Identify by Library Search). (Скрининг соединений ГХ/Q-TOF) > \MassHunter\Library.
Identify by library search
(Определить с помощью поиска
в библиотеках).
b Нажмите кнопку Add Library
(Добавить библиотеку). Выберите
библиотеку и щелкните Open
(Открыть).
c (дополнительно) Если вы не хотите
использовать библиотеку, нажмите
кнопку Remove Library (Удалить
библиотеку), чтобы удалить ее.
d Проверьте параметры на каждой
вкладке.
6 Сохраните метод a В верхнем меню выберите Method
в iii_GCexercise2, где «iii» — (Метод) > Save As (Сохранить как).
ваши инициалы. b Введите iii_GCexercise2.
c Нажмите кнопку Save (Сохранить).

ГХ/Q-TOF
7 Настройте метод на a В окне обозревателя методов

автоматическое выполнение (Method Explorer) выберите General
действий при открытии файла (Общие) > File Open Actions
данных. (Действия при открытии файла).
• Перечислите действия, b Удалите Generate Analysis Report
которые должны быть (Создать отчет по результатам
выполнены при открытии этого анализа) из списка Actions to be run
или другого файла данных. (Действия к выполнению).
c Удалите Integrate and Extract Peak
Подсказка. Смотри в окне Spectra (Интегрировать и извлечь
обозревателя методов (Method спектры пиков).
Explorer) под Общие (General) d Удалите любые другие действия
из списка.
e Добавьте Extract Defined
Chromatograms (Извлечь
определенные хроматограммы).
f Добавьте Find Compounds by
Chromatographic Deconvolution
(Найти соединения по
хроматографической
деконволюции).
g Добавьте Search Spectral Library for
Compound (Поиск соединений по
библиотеке спектров).
8 Проверьте действия при открытии • Щелкните значок Run File Open • Хроматограммы и спектры не
файла (File Open Actions). Actions Now (Выполнить действия будут перезаписаны. Будут
при открытии файла сейчас) , добавлены новые хроматограммы
чтобы выполнить действия над и спектры.

ГХ/Q-TOF
Рис. 50 Результаты выполнения действий рабочей таблицы над данными ГХ/Q-TOF

9 Сохраните метод a В меню выберите Method (Метод) > • Если этот метод выполняется
в iii_GCexercise2, где «iii» — Save As (Сохранить как). в течение рабочей таблицы
ваши инициалы. b Введите iii_GCexercise2. сбора данных, действия рабочей
c Щелкните Save (Сохранить). таблицы на этой вкладке
выполняются в данном порядке.
10 Закройте файл данных без a Щелкните File (Файл) > Close Data
сохранения результатов. File (Закрыть файл данных).
b Ответьте No (Нет) на вопрос

Задание 20. Экспорт файла CEF

Вы можете экспортировать файл CEF, который содержит информацию
о соединениях. Этот файл CEF может быть импортирован в другие
программы, например, MassHunter Quantitative Analysis и Mass Profiler
Professional. Вы также можете импортировать соединения, которые были
экспортированы в файл CEF.
1 Откройте файл данных a Если программа еще не открыта, • После выполнения «Задание 19.
MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d дважды щелкните значок Mass Настройка и выполнение метода
и выполните действия при Hunter Qualitative Analysis с использованием процесса
открытии файла (File Open) (Качественный анализ Mass скрининга соединений
для метода iii_GCexercise2.m, Hunter). В другом случае щелкните ГХ/Q-TOF» на стр. 99, текущим
который был создан в «Задание File (Файл) > Open Data File методом будет iii_GCexercise2.m.
19. Настройка и выполнение (Открыть файл данных). Этот метод настроен на выполнение
метода с использованием b Выберите файл данных алгоритма поиска соединений по
процесса скрининга соединений MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d деконволюции хроматограммы
ГХ/Q-TOF» на стр. 99. в папке образцов файлов данных ГХ. (Find Compounds by Chromatogram
c Снимите отметку с пункта Load Deconvolution) и затем на
result data (Загрузить результаты). выполнение алгоритма поиска
d Отметьте пункт Run ‘File Open’ по библиотекам для каждого
actions from selected method соединения.
(Выполнить действия при открытии
файла из выбранного метода).
e Нажмите кнопку Use current method
(Использовать текущий метод)
и щелкните Open (Открыть).
2 Экспортируйте файл CEF. a Чтобы экспортировать файл щелкните • Файл CEF будет использован для
File (Файл) > Export (Экспортировать) экспорта соединений.
> as CEF (как CEF).
b Нажмите кнопку All results
(Все результаты).
c Выберите местоположение для
экспортируемого файла.
d Нажмите кнопку OK.

Задание 20. Экспорт файла CEF (продолжение)
Рис. 51 Диалоговое окно «Параметры экспорта CEF» (Export CEF Options)

Задание 21. Печать отчета о результатах анализа

Если вы захотите распечатать отчет о результатах анализа после
выполнения любого задания в этом или следующем упражнении,
используйте эти инструкции.
Отчет о результатах анализа может включать результаты извлечения
и интегрирования хроматограмм, извлечения спектров, поиска
соединений, поиска баз данных для спектров пиков или создания
формул из спектров пиков.

1 Если файл данных a Если программа еще не открыта, • После выполнения «Задание 19.
не загружен, откройте этот файл Hunter Qualitative Analysis с использованием процесса
данных и выполните действия (Качественный анализ Mass скрининга соединений
при открытии файла (File Open) Hunter). В другом случае щелкните ГХ/Q-TOF» на стр. 99, текущим
для метода iii_GCexercise2.m, File (Файл) > Open Data File методом будет iii_GCexercise2.m.
который был создан в «Задание (Открыть файл данных). Этот метод настроен на
19. Настройка и выполнение b Выберите файл данных выполнение алгоритма поиска
метода с использованием MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d соединений по деконволюции
процесса скрининга соединений в папке образцов файлов данных ГХ. хроматограммы (Find Compounds
ГХ/Q-TOF» на стр. 99. c Снимите отметку с пункта Load by Chromatogram Deconvolution)
result data (Загрузить результаты). и затем на выполнение алгоритма
d Отметьте пункт Run ‘File Open’ поиска по библиотекам для
actions from selected method каждого соединения.
(Выполнить действия при открытии
файла из выбранного метода).
2 Измените выбранные элементы a В окне обозревателя методов • Отчет о результатах анализа будет
для отчета о результатах анализа (Method Explorer) выберите Reports содержать только ту информацию,
в методе: (Отчеты) > Analysis Report которую вы отметите в этом разделе.
• Отметьте хроматограммы, (Отчет о результатах анализа). • Если некоторые результаты
спектры или таблицы, которые b Отметьте все дополнительные недоступны, значит эти результаты
вы хотите распечатать. разделы, которые вы хотите не включены, даже если они
• Снимите отметки распечатать. отмечены в этом разделе.
с хроматограмм, спектров или c Снимите отметки со всех Например, если вы не
таблиц, которые вы не хотите хроматограмм и спектров, которые интегрировали хроматограмму,
печатать. вы не хотите печатать. таблица пиков не будет включена.

Задание 21. Печать отчета о результатах анализа (продолжение)
По умолчанию окно редактора

методов (Method Editor) является
плавающим. Вы видите его как
отдельное от остальной части
программы качественного анализа
окно. Чтобы закрепить окно,
щелкните правой кнопкой мыши
на заголовке окна и нажмите
«Плавающее» (Floating). Вы также
можете дважды щелкнуть на панели
заголовка окна, чтобы закрепить его.
Рис. 52 Раздел отчета о результатах анализа (Analysis Report) в окнах обозревателя методов
(Method Explorer) и редактора методов(Method Editor)

3 Распечатайте отчет. a Вы можете распечатать отчет • Значок Run (Запустить)

различными способами: на панели инструментов окна
• В главном меню выберите File редактора методов (Method Editor)
(Файл) > Print (Печать) > Analysis иногда позволяет выбрать действие
Report (Отчет о результатах из списка возможных действий.
анализа). Например, если в окне редактора
• На главной панели инструментов методов (Method Editor) вы
щелкните значок принтера (Printer). переключитесь в раздел «Отчеты»
• Щелкните значок Print Analysis (Reports) > Common Reporting
Report (Печатать отчет по Options (Общие параметры
результатам анализа) на отчетов), после нажатия кнопки
панели инструментов редактора «Выполнить» (Run) вам станут
методов (Method Editor) при доступны четыре различных
выбранном разделе отчета действия. Если щелкнуть стрелку,
о результатах анализа (Analysis появится список действий, которые
Report). можно выбрать. Выбор нового
• В редакторе методов (Method действия из списка меняет
Editor) щелкните правой кнопкой предыдущее действие по
мыши раздел отчета о результатах умолчанию. Если сразу нажать
анализа (Analysis Report) кнопку Run (Запустить), будет
и выберите Print Analysis Report выполнено текущее действие по
(Печатать отчет о результатах умолчанию.
анализа).
• В контекстном меню файла данных
в навигаторе по данным (Data
Navigator) щелкните Analysis Report
(Отчет о результатах анализа).
b Выберите Report contents
(Содержание отчета).
c Отметьте пункт Print report
(Печатать отчет) и выберите принтер.
d Отметьте пункт Print preview
(Просмотр документа).
e Нажмите кнопку OK.

Рис. 53 Диалоговое окно «Печатать отчет о результатах анализа» (Print Analysis Report)

f Просмотрите отчет.
g Щелкните значок Close Print Preview
(Закрыть просмотр документа) на
панели инструментов.
Рис. 54 Окно просмотра документа (Print Preview) с отчетом о результатах анализа

Задание 22. Печать отчета по соединениям

Следуйте этим инструкциям, когда вам понадобится распечатать отчет
по соединениям.
1 Если файл данных a Если программа еще не открыта, • После выполнения «Задание 19.
не загружен, откройте этот файл Hunter Qualitative Analysis с использованием процесса
данных и выполните действия (Качественный анализ Mass скрининга соединений
при открытии файла (File Open) Hunter). В другом случае щелкните ГХ/Q-TOF» на стр. 99, текущим
для метода iii_GCexercise2.m, File (Файл) > Open Data File методом будет iii_GCexercise2.m.
который был создан в «Задание (Открыть файл данных). Этот метод настроен на выполнение
19. Настройка и выполнение b Выберите файл данных алгоритма поиска соединений по
метода с использованием MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d деконволюции хроматограммы
процесса скрининга соединений в папке образцов файлов данных ГХ. (Find Compounds by Chromatogram
ГХ/Q-TOF» на стр. 99. c Снимите отметку с пункта Load Deconvolution) и затем на
result data (Загрузить результаты). выполнение алгоритма поиска
d Отметьте пункт Run ‘File Open’ actions по библиотекам для каждого
from selected method (Выполнить соединения.
действия при открытии файла из
выбранного метода).
2 Измените некоторые выбранные a В обозревателе методов щелкните • Эти пункты позволяют вам
элементы в методе для отчетов Reports (Отчеты) > Compound указывать информацию, которую
по соединениям: Report (Отчет по соединениям). необходимо включить в отчет, если
• Выключите просмотр спектров b Снимите выделение с пункта Show она доступна. Если информация
МС, приближенных на MS spectrum (Показать спектр МС). недоступна, этот раздел будет
определенных пиках. c Снимите выделение с пункта Show автоматически пропущен.
• Выключите параметры MS/MS spectrum (Показать спектр Например, результаты МС/МС не
МС/МС в отчете. МС/МС). будут включены, если файл данных
d Снимите выделение с пункта Show содержит только данные МС.
MS/MS peak table (Показать таблицу
пиков МС/МС).

Задание 22. Печать отчета по соединениям (продолжение)
Для данных ГХ/Q-TOF необходимо

снять выделение с пункта «Наложение
хроматограмм соединений» (Overlay
compound chromatograms).
Рис. 55 Раздел «Отчет по соединениям» (Compound Report) в редакторе методов (Method Editor)
3 (дополнительно) Выберите a В окне редактора методов (Method • Это программное обеспечение
другой шаблон отчета по Explorer) щелкните Reports (Отчеты) содержит несколько шаблонов
соединениям. > Common Reporting Options отчетов.
(Общие параметры отчетов). • Вы можете изменить шаблон
b Выберите CompoundReport отчета с помощью приложения
WithIdentificationHits.xlsx Excel и встроенного дополнения
в качестве шаблона отчета по Report Designer.
соединениям.

Вы можете использовать
приложение Excel и встроенное
дополнение Report Designer,
чтобы изменить любой шаблон
отчета с расширением XLTX.
Вы не можете изменить отчет
метода получения данных.
Рис. 56 Раздел общих параметров отчетов (Common Reporting Options) в редакторе методов
(Method Editor)
4 Распечатайте отчет. a Щелкните File (Файл) > Print • В диалоговом окне «Печатать
(Печать) > Compound Report (Отчет отчет по соединениям» (Print
по соединениям) или щелкните Compound Report) вы можете
стрелку на значке Print Analysis выбрать другой принтер,
Report (Печатать отчет результатах сохранить отчет в файл PDF
анализа) и нажмите Print или Excel, выбрать для печати
Compound Report (Печатать отчет по все результаты или только
соединениям), чтобы распечатать выделенные результаты
отчет по соединениям. и объединить разные файлы
b Отметьте пункт Print preview данных в один отчет.
(Просмотр документа). • Для получения дополнительной
c Нажмите кнопку OK. Просмотрите информации см. онлайн-справку
отчет. (Help) или обучающий DVD-диск
d Щелкните значок Close Print по созданию отчетов.
Preview (Закрыть просмотр
документа).

Рис. 57 Окно «Просмотр документа» (Print Preview) с отчетом по соединениям

5 Закройте файл данных без a Щелкните File (Файл) > Close Data
сохранения результатов. File (Закрыть файл данных).
b Ответьте No (Нет) на вопрос


Справка
Работа с окнами 118
Работа с результатами в Data Navigator (Навигатор по данным) 121
Выполнение операций на хроматограмме 122
Выполнение операций на спектрах МС или МС/МС 124
Работа с визуальными хроматографическими данными 125
Работа с визуальными спектральными данными 126
Рабочие процессы 127
Настройка шаблона отчета 131
117
4
Работа с окнами
При первом открытии программы Программа качественного анализа вы
увидите четыре окна, расположенных по умолчанию: Data Navigator (Навигатор
по данным), Method Explorer (Обозреватель методов), Chromatogram Results
(Результаты хроматограммы) и MS Spectrum Results (Результаты спектра МС).
Можно переключаться между представлениями Navigator View (Представление
навигатора) и Compound Details View (Представление сведений о соединениях).
В представлении Navigator View (Представление навигатора) можно
создать семнадцать других окон с помощью меню View (Просмотр):
• Method Editor (Редактор методов) — позволяет редактировать параметры
методов, находящиеся на разных вкладках
• Spectrum Preview (Предварительный просмотр спектров) — позволяет
быстро сканировать спектры в файле данных
• MS Spectrum Results (Результаты спектров МС) — отображает спектры
МС и МС/МС
• Difference Results (Результаты по разнице) — отображает результаты по
разнице после поиска в библиотеке
• Deconvolution Results (Результаты деконволюции) — отображает спектры,
прошедшие деконволюцию
• Deconvolution Mirror Plot (Зеркальный график деконволюции) —
зеркально отображает два спектра, прошедших деконволюцию
• UV Spectrum Results (Результаты спектра УФ) — отображает спектр УФ;
доступно только для данных ЖХ/МС
• Integration Peak List (Список пиков интегрирования) — отображает
таблицу результатов интегрирования
• MS Spectrum Peak List 1 (Список 1 пиков спектра МС) — отображает
таблицу пиков для первого выбранного спектра
• MS Spectrum Peak List 2 (Список 2 пиков спектра МС) — отображает
таблицу пиков для второго выбранного спектра
• MS Actuals (Фактические данные МС) — отображает информацию
о получении для выделенного спектра
• Compound List (Список соединений) — отображает соединения,
найденные с помощью одного из алгоритмов Find Compounds
(Поиск соединений)

4
• Compound Identification Results (Результаты определения соединений)

— отображает информацию об определении для выбранного
соединения
• Spectrum Identification Results (Результаты определения спектров) —
отображает информацию об определении для выбранных спектров
• MS/MS Formula Details (Сведения о формулах МС/МС) — отображает
таблицу возможных формул, вычисленных для фрагментов в спектре
МС/МС
• Structure Viewer (Средство просмотра структуры) — отображает
структуру, связанную с текущим соединением или спектром
• Sample Information (Информация о пробах) — отображает информацию
о выделенном файле данных
• Sequence Editor (Редактор последовательностей) — позволяет
редактировать последовательность методов
Кроме того, можно отобразить три окна инструментов, которые
открываются при использовании соответствующего инструмента:
• Formula Calculator (Калькулятор формул)
• Mass Calculator (Калькулятор масс)
• Recalibrate (Перекалибровка)
Значки окон на главной панели инструментов

С помощью этих значков на главной панели инструментов открываются
и закрываются соответствующие окна. Дополнительные значки доступны
после установки программного обеспечения MassHunter BioConfirm. Для
открытия окон также можно использовать команды в меню View (Просмотр).

4
Data Navigator Method Editor

(Навигатор по данным) Method Explorer (Редактор методов)
(Обозреватель методов)
UV Spectrum
Chromatogram Results
Results
(Результаты
(Результаты
хроматограммы)
Spectrum MS Spectrum Difference Results Deconvolution Deconvolution

Preview (Пре- Results (Результаты по Results Mirror Plot
дварительный (Результаты разнице) (Результаты (Зеркальный
просмотр спектра деконволюции) график
спектров) МС) деконволюции)
Integration Peak List MS Actuals
(Список пиков (Фактические
MS Spectrum Peak List MS Spectrum
интегрирования) данные МС)
1 (Список 1 пиков Peak List 2 (Список 2
спектра МС) пиков спектра МС) Sequence Editor
Compound List (Редактор
(Список соединений) последова-
тельностей)
Compound Spectrum MS/MS
Identification Identification Formula Details Structure Sample
Results Results (Сведения Viewer Information
(Результаты (Результаты о формулах (Средство (Информация
определения определения МС/МС) просмотра о пробах)
соединений) спектров) структуры)

4
Работа с результатами в Data Navigator (Навигатор по данным)
Работа с результатами в Data Navigator (Навигатор по данным)
Окно и инструменты Data Navigator (Навигатор по данным)

Data Navigator (Навигатор по данным) упорядочивает все результаты
извлечения и выбора спектров по файлам данных или типам данных.
Значок Linked Navigation

(Связанная навигация)
Если эта функция активирована (значение по

умолчанию), при выделении хроматограммы в Data
Navigator (Навигатор по данным) также выделяются
соответствующие спектры. А также выделяются
соответствующие хроматограмма и графические
результаты спектра. Linked Navigation (Связанная
навигация) работает только при использовании
пунктов меню Integrate and Extract Peak Spectra
(Интегрирование и извлечение спектров пиков)
в меню Chromatograms (Хроматограммы) или при
запуске алгоритмов для соединений.
Инструменты отметок
Одинарная отметка — ставит отметки для всех

выделенных данных.
Двойные отметки, одна серая — ставит отметки
для выделенных данных и снимает отметки для
других данных.
Двойные отметки — ставит отметки везде.
Хроматограммы и спектры отображаются,
если отмечены.

4
Выполнение операций на хроматограмме

Следующие операции можно выполнить на всей хроматограмме или на ее
выбранном участке при помощи пунктов меню:
Действие Пункт меню
Изменение маркировки пиков Configuration (Настройка) > Chromatogram Display Options

на хроматограмме (Параметры отображения хроматограммы)
Извлечение хроматограммы Chromatograms (Хроматограммы) > Extract Chromatograms

(Извлечь хроматограммы)
Извлечение определенных Chromatograms (Хроматограммы) > Extract Defined

хроматограмм Chromatograms (Извлечь определенные хроматограммы)
Интегрирование Chromatograms (Хроматограммы) > Integrate Chromatogram

хроматограммы (Интегрировать хроматограмму)
Интегрирование и извлечение Chromatograms (Хроматограммы) > Integrate and Extract

спектров пиков Peak Spectra (Интегрировать и извлечь спектры пиков)
Интегрирование и Chromatograms (Хроматограммы) > Integrate and

деконволюция спектров пиков Deconvolute Peak Spectra (Интегрировать и выполнить
деконволюцию спектров пиков)
Сглаживание хроматограммы Chromatograms (Хроматограммы) > Smooth Chromatogram
(Сгладить хроматограмму)
Вычитание хроматограммы Chromatograms (Хроматограммы) > Subtract Any

Chromatogram (Вычесть хроматограмму)
Вычисление отношения Chromatograms (Хроматограммы) > Calculate Signal-to-Noise

сигнал-шум (Вычислить отношение сигнал-шум)
Поиск соединений по Find (Поиск) > Find Compounds by Auto MS/MS (Найти
автоматической МС/МС соединения по автоматической МС/МС)
Поиск соединений в данных Find (Поиск) > Find Compounds by Targeted MS/MS
целевой МС/МС (Найти соединения по целевой МС/МС)
Поиск соединений для Find (Поиск) > Find Compounds by Molecular Feature
данных МС(1) (Найти соединения по молекулярным особенностям)
Поиск соединений для Find (Поиск) > Find Compounds by Chromatogram

данных ГХ/МС Deconvolution (Найти соединения по деконволюции

4
Поиск соединений для Find (Поиск) > Find Compounds by MRM (Найти соединения
данных MRM по MRM)
Поиск соединений по Find (Поиск) > Find Compounds by Integration

результатам интегрирования (Найти соединения по интегрированию)
Поиск соединений, которые Find (Поиск) > Find Compounds by Formula (Найти соединения
соответствуют определенным по формуле)
формулам
Выбор операций с диапазоном в контекстном меню

После выбора хроматографического диапазона можно извлечь спектр, извлечь
спектр фона, а также выполнить операции, упомянутые выше, и другие
операции.
1 Для доступа к этим операциям выберите инструмент Range Select (Выбор
диапазона, ) на панели инструментов окна Chromatogram Results
(Результаты хроматограммы).
2 Щелкните в том месте, где хотите начать диапазон, проведите курсором по
всей длине диапазона, а затем отпустите кнопку мыши.
3 Щелкните правой кнопкой мышки в любом месте хроматограммы,
а затем выберите операцию в контекстном меню.
Сохранение результатов в файлы данных

• Щелкните значок Save (Сохранить, ) или File (Файл) > Save Results
(Сохранить результаты).
При выходе из программы вы получите предложение сохранить результаты
в файл данных, если эта функция не выключена (выключается в диалоговом
окне параметров сообщений (Message Box Options))

4
Выполнение операций на спектрах МС или МС/МС
Выполнение операций на спектрах МС или МС/МС

Следующие операции можно выполнить на всем спектре МС или МС/МС,
а также на его выбранном участке при помощи пунктов меню:
Просмотр значений m/z, интенсивности, View (Просмотр) > MS Spectrum Peak List 1
зарядового состояния и другой (Список 1 пиков спектра МС)
информации о пиках спектра
Изменение маркировки спектральных Configuration (Настройка) > MS and MS/MS
пиков Spectra Display Options (Параметры отображения
спектров МС и МС/МС)
Вычитание фонового спектра Spectra (Спектры) > Subtract Background Spectrum

(Вычесть фоновый спектр)
Вычитание любого спектра Spectra (Спектры) > Subtract Any Spectrum

(Вычесть любой спектр), а затем выбрать другой
спектр
Сложение двух спектров Spectra (Спектры) > Add Any Spectrum (Добавить
любой спектр), а затем выбрать другой спектр
Поиск в базе данных записей, которые Spectra (Спектры) > Search Database for Spectrum
соответствуют определенным значениям Peaks (Поиск пиков спектров в базе данных)
массы в спектре
Создание формул для значений массы Spectra (Спектры) > Generate Formulas from
в выбранном диапазоне спектра Spectrum Peaks (Создать формулы из пиков
спектра), если в спектре МС выбран диапазон
Поиск в библиотеке Identify (Определить) > Search Library for Spectra

(Поиск спектра в библиотеке) или
Spectra (Спектры) > Search Library for Spectra
(Поиск спектров в библиотеке)

4
Работа с визуальными хроматографическими данными
Работа с визуальными хроматографическими данными
Окно Chromatogram Results (Результаты для хроматограмм)
Инструменты для работы с результатами хроматограммы
Автоматическое масштабирование осей X и Y

Инструменты масштабирования
по порядку Автоматическое масштабирование оси X
Автоматическое масштабирование оси Y
Уменьшение масштаба
Автоматическое масштабирование оси Y во время
увеличения масштаба
Режим привязки по оси Y
Выбор инструментов по порядку
Range Select (Выбор диапазона) — если функция

включена, можно обозначить диапазон хроматограммы,
к которому нужно применить действия.
Peak Select (Выбор пиков) — если функция включена,
Всегда должен быть выбран можно выбрать спектр на вершине интегрированного
один из этих инструментов. пика.
Manual Integration (Ручное интегрирование) — если
функция включена, можно выполнять интегрирование
в интерактивном режиме.
Walk Chromatogram (Осмотр хроматограммы) — если
функция включена, можно увидеть отдельные спектры
по мере передвижения между точками с помощью
мыши или клавиш со стрелками (влево и вправо) на
клавиатуре.
Annotation (Аннотирование) — если функция включена,
можно добавлять изображения и текстовые

4
Работа с визуальными спектральными данными
Работа с визуальными спектральными данными
Окно MS Spectrum Results (Результаты спектра МС)
Инструменты для работы с результатами спектра МС
Автоматическое масштабирование осей X и Y

Инструменты масштабирования
по порядку Автоматическое масштабирование оси X
Автоматическое масштабирование оси Y
Уменьшение масштаба
Автоматическое масштабирование оси Y во время
приближения
Режим связанной оси Y
Выбор инструментов
по порядку
Range Select (Выбор диапазона) — если функция включена,
можно обозначить диапазон хроматограммы, к которому нужно
применить действия.
Annotation (Комментарии) — если функция включена, можно
Для отмены выбора добавлять изображения и текстовые комментарии к хроматограммам.
инструмента выберите Calipers (Счетчики) — если функция включена, можно добавить
другой инструмент счетчик дельта-масс к выбранному спектру. В окне Deconvolution
или щелкните другой Results (Результаты деконволюции) можно также добавить
значок. счетчик аминокислот или счетчик модификаций. Для получения
дополнительной информации см. онлайн-справку (Help).

4
Рабочие процессы
Рабочие процессы помогут настроить интерфейс пользователя приложения.
Каждый рабочий процесс загружает тот метод, параметры которого
соответствуют этому рабочему процессу. Кроме того, рабочий процесс
загружает свою компоновку, которая подразумевает изменение столбцов,
отображаемых в каждой таблице. И наконец, в четырех конфигурациях
добавлен специальный раздел редактирования методов, в котором
содержатся копии разделов метода, имеющие значение для этого
рабочего процесса. Группировка функций, используемых при
определенном рабочем процессе, облегчит настройку метода.
В программе Qualitative Analysis (качественный анализ) доступны
несколько различных рабочих процессов. Это:
• General (общие)
• BioConfirm — эти рабочие процессы доступны только после установки
программного обеспечения BioConfirm и отметки соответствующего
пункта в диалоговом окне настройки интерфейса пользователя
(User Interface Configuration). В BioConfirm можно выбирать между
несколькими возможными рабочими процессами, в зависимости от типа
анализа, который нужно провести. BioConfirm используется с файлами
данных ЖХ/МС.
• Просмотр пиков хроматограммы
• Подтверждение формул и чистота проб
• Скрининг целевых соединений МС
• Скрининг соединений ГХ/Q-TOF
При работе с данными ГХ/МС можно использовать рабочий процесс
General (Общий) или GC/Q-TOF Compound Screening Workflow (Рабочий
процесс скрининга соединений ГХ/Q-TOF). При работе с данными ЖХ/МС
можно выбрать любой рабочий процесс, кроме рабочего процесса
скрининга соединений ГХ Q-TOF.

4
Особый метод
Каждый рабочий процесс загружает особый метод, который используется
по умолчанию, с настройками, соответствующими этому рабочему процессу.
Например, если выбрать один из рабочих процессов BioConfirm,
параметр Target data type (Требуемый тип данных) для алгоритма
Find Compounds by Molecular Feature (Поиск соединений по
молекулярным особенностям) устанавливается на значение Large
molecules (proteins, oligos) (Большие молекулы (белки, олигомеры)).
Такая настройка подходит для рабочего процесса BioConfirm, но не
подходит для использования с другими рабочими процессами по
умолчанию.
Особая компоновка
Каждый рабочий процесс загружает свою особую компоновку.
Компоновка определяет:
• Положение и размер каждого окна
• Какие окна будут отображаться как вкладки
• Какие окна будут плавающими
• Какое окно на вкладке будет сверху
• Какие окна будут отображаться по умолчанию
• Будет ли отображаться строка состояния
Для каждого окна графиков (окно Chromatogram Results (Результаты
хроматограммы), Spectrum Preview (Предварительный просмотр
спектров), MS Spectrum Results (Результаты спектра МС), UV Results
(Результаты УФ), а также окно Deconvolution (Деконволюция)),
сохраняется следующее:
• Накладываются ли друг на друга графики
• Включено ли автоматическое масштабирование оси Y в режиме
изменения масштаба
• Включен ли режим связанной оси Y

4
Для каждого окна таблиц сохраняется следующее:

• Какие столбцы отображаются
• Порядок столбцов
• Ширина каждого столбца
• Фильтры, добавленные в таблицу (доступно только для таблицы
Compound List (Список соединений), таблицы Compound Identification
Results (Результаты определения соединений) и окна Spectrum
Identification Results (Результаты определения спектров)).
Особые разделы в обозревателе методов (Method Explorer) и редакторе

Используя Method Editor (Редактор методов) с общим рабочим процессом
(General), можно изменять практически все параметры метода.
Каждый из четырех других рабочих процессов изменяет разделы,
доступные в Method Explorer (Обозреватель методов). Каждый новый
раздел содержит только вкладки и разделы Method Editor (Редактор
методов), которые могут быть полезны в этом рабочем процессе.
Изменение параметра в разделе рабочего процесса также изменяет
этот параметр в соответствующем месте общих разделов Method Editor
(Редактор методов).
Две вкладки не могут повторяться в общих разделах Method Editor
(Редактор методов). Раздел Chromatogram Peak Survey Workflow (Рабочий
процесс просмотра пиков хроматограммы) > Spectrum Peak
Identification (Определение пиков спектров) и вкладка Chromatogram
Peak Survey Workflow (Рабочий процесс просмотра пиков
хроматограммы) > Chromatogram Extraction (Извлечение
хроматограммы) > Chromatograms (Хроматограммы) есть только в
рабочем процессе просмотра пиков хроматограммы. Эти разделы имеют
влияние только на алгоритм просмотра пиков хроматограммы. Этот
алгоритм используется только в данном рабочем процессе, а также
при выполнении действий Chromatogram Peak Survey without Report
(Просмотр пиков хроматограммы без отчета) и Chromatogram Peak
Survey with Analysis Report (Просмотр пиков хроматограммы
с отчетом о результатах анализа).

4
Методы и компоновки для рабочих процессов

Для каждого рабочего процесса предоставляются дополнительные
методы и компоновки, использующиеся по умолчанию.
Рабочий процесс Метод Компоновка Раздел в Method Editor

(Редактор методов)
General (Общий) default.m Default.xml Нет
Chromatogram ChromPeakSurvey- Default.xml Рабочий процесс

Peak Survey Default.m просмотра пиков
(Просмотр пиков хроматограммы
Formula SamplePurity- SamplePurity- Рабочий процесс

Confirmation and Default.m Default.xml подтверждения формул
Sample Purity и чистоты проб
(Подтверждение
формул и чистота
проб)
MS Target Screening-Default.m Screening-Default.xml Рабочий процесс

Compound скрининга целевых
Screening соединений МС
(Скрининг целевых
соединений МС)
GC Q-TOF GC_Q-TOF.m QTOFData.xml Скрининг соединений

Compound ГХ/Q-TOF
Screening
(Скрининг
соединений ГХ
Q-TOF)

4
Настройка шаблона отчета

Для получения подробной информации об изменении шаблона отчета
см. онлайн-справку (Help) встроенного дополнения MassHunter Report
Designer Add-in, руководство по ознакомлению с Report Designer или
обучающие материалы на DVD-диске Reporting Training. При выполнении
следующих действий вы ознакомитесь с настройкой шаблонов.
1 Перейдите в папку с шаблонами отчетов. По умолчанию это папка
\MassHunter\Report Templates\Qual\B.05.00\en-US\Letter. Можно выбрать
другую папку в Method Explorer (Обозреватель методов) на вкладке General
(Общие) > Common Reporting Options (Общие параметры представления
отчетов) > Templates (Шаблоны).
2 Создайте копию шаблона, который нужно изменить. Щелкните правой
кнопкой мыши копию и выберите пункт Properties (Свойства). Если
необходимо, снимите отметку пункта Read-only (Только чтение). Затем
щелкните правой кнопкой мыши копию и выберите пункт Open (Открыть)
в контекстном меню.

4
Если открыть шаблон таким образом, Excel распознает этот файл как шаблон.
После открытия шаблона можно изменять заголовки и колонтитулы, а также
добавлять, удалять и перемещать столбцы параметров. Для получения
дополнительной информации см. онлайн-справку (Help). Все шаблоны
качественного анализа отмечены «Read-only» («Только чтение»). Следует
изменить это свойство перед редактированием шаблона.
Много шаблонов устанавливаются вместе с программой Qualitative
Analysis (качественного анализа). Для получения дополнительной
информации о содержании каждого шаблона отчета см. онлайн-справку
(Help) программы Qualitative Analysis (Качественный анализ).
3 Сделайте необходимые изменения.

Для получения дополнительной информации о том, как изменять
шаблоны, см. онлайн-справку (Help) встроенного дополнения
MassHunter Report Designer add-in или обучающие материалы
Agilent MassHunter Reporting - Training DVD.

4
4 Чтобы сохранить новый шаблон, нажмите кнопку Microsoft Office

Save (Сохранить) или Save As (Сохранить как) > Other Formats
(Другие форматы).
5 Введите название файла и щелкните Save (Сохранить).

4

www.agilent.com
В этой книге
Руководство содержит
информацию для
обучения использованию
ПО Agilent MassHunter
Workstation — программа
качественного анализа
с данными ГХ/МС.
© Agilent Technologies, Inc. 2012

Редакция A, ноябрь 2012 г.
*G3335-91147*
G3335-91147

ПО Agilent MassHunter

Загружено:

Сведения о документе

Авторское право

Доступные форматы

Поделиться этим документом

Поделиться или встроить документ

Параметры публикации

Этот документ был вам полезен?

Это неприемлемый материал?

Авторское право:

Доступные форматы

ПО Agilent MassHunter

Загружено:

Авторское право:

Доступные форматы

ПО Agilent MassHunter

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Упражнение 1 Знакомство с основами качественного анализа

Упражнение 2 Поиск и определение

Упражнение 3 Использование рабочих процессов, экспорт и печать

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 3

4 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Перед тем как приступить к выполнению упражнений...

В этой папке находятся все файлы данных, необходимые для выполнения

Не используйте образцы файлов данных, которые уже имеются на компьютере,

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 5

Exercise 1 Знакомство с основами качественного анализа 9

Exercise 2 Поиск и определение 59

Exercise 3 Использование рабочих процессов, экспорт и печать 91

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 7

8 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

В этом упражнении вы познакомитесь с некоторыми из многих мощных

Задание 1. Открытие программы качественного анализа

Задание 1. Откройте программу качественного анализа с несколькими файлами данных

Шаги Подробные инструкции Комментарии

• Убедитесь, что кнопка Use

10 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Задание 1. Откройте программу качественного анализа с несколькими файлами данных (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

c Нажмите и удерживайте клавишу • Нажав клавишу Ctrl, можно

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 11

Задание 1. Откройте программу качественного анализа с несколькими файлами данных (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

Значок Maximum Значок Display Чтобы закрыть

Рис. 2 Основное окно качественного анализа с загруженным рабочим процессом скрининга

12 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Задание 2. Настройка интерфейса пользователя для работы

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ

Шаги Подробные инструкции Комментарии

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 13

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

2 Переключитесь на общий a Если используется инструмент • Если программа сбора данных

14 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

3 В случае ГХ/QQQ настройте a Выберите пункты Configuration • Настроить доступность команд

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 15

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

Рис. 3 Настройка интерфейса пользователя для работы с данными ГХ/QQQ

16 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

4 Если используется инструмент a Выберите пункты Configuration • Настроить доступность команд

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 17

Задание 2. Настройте интерфейс пользователя для ГХ (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии

Рис. 4 Настройка интерфейса пользователя для ГХ/Q-TOF

18 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Задание 3. Увеличение и уменьшение масштаба

ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой 19

Задание 4. Закрепление хроматограммы

Задание 4. Закрепление хроматограммы

Шаги Подробные инструкции Комментарии

• Закрепите хроматограмму. a В навигаторе по данным (Data • Если хроматограмма закреплена,

20 ПО Agilent MassHunter Workstation — руководство по ознакомлению с программой

Задание 4. Закрепление хроматограммы (продолжение)

Шаги Подробные инструкции Комментарии