Осенью 1862 года Доннелли обратился лично к президенту 

Линкольну с просьбой разрешить агитацию

для избрания в Конгресс, так как победа республиканцев в Миннесоте была под угрозой. Предвыборную
агитацию он вёл на ярмарке округа Дакота, в своей речи заявив, что главной силой Америки является
неотъемлемое право на власть для всего народа, тогда как на Юге была сделана попытка уничтожить
это положение. Сосуществование двух разных обществ нетерпимо в рамках одного государства,
поэтому «на благо всего человечества, свободное правительство должно восторжествовать». На
Рождество 1862 года стало ясно, что Доннелли прошёл в Палату представителей, сделавшись
четвёртым представителем от штата Миннесота. Поздравление прислала даже мать [32][33].
Первую речь в Палате представителей Игнатиус Доннелли произнёс 27 февраля 1864 года в поддержку
деятельности Федерального иммиграционного бюро. Он заявил, что само по себе существование
миллиарда акров свободных земель по ту сторону Атлантики, и миллионов «бедных и страдающих от
угнетения» людей в Старом Свете создаёт почву для исхода, в котором «избранные расы человечества
смогу занять избранные земли мира». Иными словами, он синтезировал джефферсонианство и
доктрину явного предначертания, что не произвело большого впечатления. По слухам, передаваемым
газетой St. Paul Pioneer, президент Линкольн даже заявил, что все конгрессмены произносят одну и ту
же речь на новый лад. В сентябрьской программной речи 1864 года Доннелли говорил о
грядущей Реконструкции, и в известной степени повлиял на формирование повестки дня. Тем не менее
Игнатиус столкнулся с сильной оппозицией демократов, в прессе педалировались слухи о его
мошеннических действиях в Фидалельфии и ренегатстве в Миннесоте, что не помешало ему
переизбираться в том же 1864 и 1866 годах. Однако из-за раскола Республиканской партии в 1868 году
Доннелли проиграл 2300 голосов своему конкуренту. Этому способствовала
поддержка импичмента президента Эндрю Джонсона, громкое заявление о предоставлении
избирательного права неграм в Миннесоте и поддержка манифеста Уэйда — Дэвиса[en] от 5 августа 1864
года. Первое время конгрессмен лоббировал интересы железнодорожных компаний Дакоты, Гастингса
и Запада, получая вознаграждение акциями, но затем занял радикальную позицию в отношении
национализации инфраструктуры. Впоследствии это тоже стало основой многочисленных обвинений.
Он также поддержал создание Национального бюро образования, которое должно было заниматься
просвещением и трудоустройством освобождённых рабов и продвигал идею лесонасаждений в
прериях. Поддержал он и законопроект о покупке Аляски, который обсуждался в конце его пребывания в
Конгрессе[34][35].
После провала на выборах Доннелли был вынужден зарабатывать на жизнь, заняв пост вашингтонского
корреспондента St. Paul Dispatch. В ведомой им колонке он становился всё более критичным к курсу
республиканцев, заявив 1 марта 1870 года, что они должны «выбирать между народом и
капиталистами». В том же году он попытался включиться в кампанию против тарифной политики,
которая, в его понимании, ущемляла права колонистов Запада в угоду крупным хозяйствам Восточного
побережья. Он получил поддержку вновь созданной Народной партии, но на выборах в Миннесоте
набрал всего 2600 голосов (при общем числе избирателей в 32 000), так как в этот сезон цены на
пшеницу подскочили на 40 % по сравнению с предыдущим годом, и фермеры «не ощущали себя
жертвами». В 1871 году Игнатиус вернулся из Вашингтона в Нинингер, где занимался своими
земельными владениями и подрабатывал публичными лекциями. Поскольку Лицей Миннесоты, где они
проходили, и рекламные агенты требовали несообразной платы, Доннелли подготовил два цикла
выступлений: «Шесть лет в Вашингтоне» и «Американские юмористы». В дневнике он описал
собственный ораторский метод: избегать тематики, которая заденет политические и религиозные
чувства потенциальной аудитории, не навязывать слушателям собственные взгляды, и учитывать, что
среди зрителей могут оказаться более образованные и компетентные люди, чем сам выступающий. С
точки зрения стиля, надо избегать сухости и навязчивости, но и не стремиться заигрывать с публикой,
не следует считать, что зрители глупее оратора. «Надо стремиться… наставлять без педантизма,
нравиться, не утомлять, и развлекать, не становясь шутом» [36].
Доннелли занял оппозицию фракции Гранта в Республиканской партии и в дальнейшем происходила
радикализация его политической позиции. В 1872 году он вёл активную кампанию за избрание Хораса
Грили на пост президента, но тот потерпел поражение. С 1873 года Игнатиус Доннелли был вовлечён в
создание рабочей партии, и в результате был избран в сенат штата от вновь основанной
Антимонопольной партии. В сенате в 1874 году он стал признанным лидером радикалов, активно
лоббируя федеральный контроль над за лесозаготовками, банковскими и страховыми компаниями, а
также интересами железных дорог. В том же году он основал собственную газету «Антимонополист». В
1875 году партия пережила раскол, а Доннелли возглавил Независимую антимонопольную партию,
которая в 1876 году вошла в коалицию с Партией гринбекеров. Игнатиуса избрали
председательствующим на национальном конгрессе гринбекеров, но не выдвинули в кандидаты в
федеральный Конгресс. В конце концов в 1878 году он вернулся в стан демократов [37].
Предвыборная кампания предстояла «грязной» (были заготовлены бюллетени для вбросов) и
требовала больших расходов. Казначей штаба Доннелли — редактор St. Paul Globe Харлан Холл —
подсчитал, что минимальная сумма, необходимая для победы, была 3000 долларов, тогда как собрать
удалось всего 640. Противостоять предстояло могущественной Ассоциации мельников Миннеаполиса,
которая монополизировала и без того монокультурный рынок пшеницы, так как хлебных бирж не было
нигде в штате. Главой ассоциации был Уильям Уошберн, который был главным противником Игнатиуса.
Доннелли даже колебался, участвовать ли ему в выборах. Во время предвыборной кампании он
старательно обходил местные проблемы и обращал умы слушателей к вопросам национального
масштаба, например, сравнительной стоимости бумажных, золотых и серебряных денег. По своим
экономическим взглядам Доннелли всю жизнь был инфляционистом, считая, что количество денег в
обращении должно быть привязано к реальным потребностям людей, права которых оказались под
угрозой из-за сговора монополистов[38]. Штаб Уошберна развернул широкомасштабную
информационную кампанию, в которой были возрождены давно забытые скандалы вокруг имени
Доннелли, его обвиняли равно в «папизме» (в том числе в сокрытии второго имени «Лойола»), и в
«коммунизме». Поводом для очередного скандала стало обращение Доннелли к конгрессмену Ч. Коксу
с просьбой о финансовой помощи, когда Игнатиус предлагал полную поддержку всех инициатив
демократов в случае победы на выборах. Одновременно требовались большие средства на компромат
на Уошберна, на что Доннелли пустил деньги от проданного за бесценок урожая со своих ферм.
Наконец, он подал свои обвинения в подкомитет по выборам Конгресса, уличив Уошберна в подлоге,
взяточничестве и запугивании избирателей, требуя аннулировать голоса в «подозрительных» округах.
Разбирательство в Конгрессе тянулось с января по март 1879 года, и, наконец, 1 апреля Комитет по
выборам Палаты представителей голосовал по делу «Доннелли против Уошберна». Доннелли не
удалось пройти в Конгресс. Расследование тяжело далось Доннелли: он был болен и подавлен, и
впервые в жизни стал употреблять алкоголь, смешивая его с хинином. Наконец, он смог вернуться в
Миннесоту, разбираться с невыплаченными долгами. Некоторую компенсацию удалось получить, но
она была на 1000 долларов меньше, чем составили реальные расходы на предвыборную кампанию и
судебные разбирательства. На свой 49-й день рождения (3 ноября) Игнатиус записал в дневнике, что
«придётся принять проклятое будущее таким, каким бы оно ни наступило». Впрочем, 31 декабря 1880
года он записал, что будет «сражаться до последнего» [39].