Академический Документы
Профессиональный Документы
Культура Документы
транскрипционных TATA
факторов (не всегда)
сайты связывания
транскрипционных TATA
факторов (не всегда)
сайты связывания
транскрипционных TATA
факторов (не всегда)
TBP
сайты связывания
транскрипционных TATA
факторов (не всегда)
TAFs TFIID
TBP
UAS
TATA inr ген
core promoter участок начала
транскрипции
YYANt/aYY
пиримидиновый бокс
TAFs TFIID
TBP
UAS
inr ген
TFIIA TFIIB
Даже в том случае, когда промотр не имеет выраженного ТАТА бокса, ключевую роль
в узнавании промотора играет фактор TFIID, который взаимодействует с
транскрипционными факторами, связанными с UAS. Функцию посредников при этом
выполняют TAFs.
1
минимальный ген-репортер (САТ)
промотор
2 энхансер
минимальный ген-репортер (САТ)
промотор
3 энхансер
минимальный ген-репортер (САТ)
промотор
количество
продукта
или
мРНК
1 2 3
номер конструкта
Энхансеры могут располагаться где угодно
перед промотором
иногда непосредственно и тогда они фактически выполняют роль UAS
иногда на большом расстоянии (более 100 Kb)
р
ген
р
ген
внутри гена
р
ген
после гена
р
ген
Не вполне ясно, что именно регулируют энхансеры
Ацетилирование гистонов
TFIID
TBP
DNase I HSS
TFIID
Pol II
TFIIF
TBP
UAS
TFIID
Pol II
HSS на
активаторном TFIIF
UAS
участке TBP
core promoter TFIIH
inr ген
TFIIA TFIIB
TFIIE
HSS на
промоторе
Большинство специфических транскрипционных факторов содержат ДНК-связывающий
связывающим доменом.
-18 -10,9
-21,5 -14,7 -6,1
-18 -10,9
-21,5 -14,7 -6,1
При Испанской талассемии домен β - глобиновых генов утрачивает
предпочтительную чувствительность к ДНКазе и изменяется время
его репликации (реплицируется в конце S фазы )
Регуляторные элементы, локализованные в 5’- концевой области домена
β - глобиновых генов кур, обеспечивают высокий и не зависящий от позиции
интеграции уровень экспрессии трансгенов в эритроидных клетках
трансгенных мышей (Grosveld et al. 1987).
-18 -10,9
-21,5 -14,7 -6,1
β - глобинового гена
Уровень экспрессии
β
10 20
Число копий
Идентификация LCR в домене бета-глобиновых генов
базировалась на двух группах экспериментальных
результатов:
β
HS5 HS4 HS3 HS2 HS1
HS1
HS2 β
“Транзиент” трансфекция
HS3 β
HS4 β
HS3
Эритроид-специфичный энхансер
В трансгенных мышах обеспечивается высокий
β и не зависящий от позиции интеграции уровень
экспрессии в эритроиднах клетках
HS4
Эритроид-специфичный энхансер
В трансгенных мышах обеспечивается высокий
β и не зависящий от позиции интеграции уровень
экспрессии в эритроиднах клетках
HS5
Инсулятор, работающих в разных типах тканей
и в клетках разных организмов
β MAR элемент
Фрагменты ДНК, взаимодействующие с белками, можно идентифицировать
с использованием метода band-shift. В дальнейшем сайты связывания белков
можно картировать с использованием различных вариантов фут-принтинга
band-shift footprinting
экстракт
специфический
конкурент
In vivo footprinting
Выделение ДНК
“Горячий” PCR
Во фрагментах LCR, проявляющих энхансерную активность,
обнаружены многочисленные участки связывания различных
транскрипционных факторов, в том числе:
HS2 HS3
Регуляторные последовательности, расположенные в участках
гиперчувствительности 1 - 4 по6разному влияют на активацию
экспрессии различных глобиновых генов по ходу развития
(Frazer et al., 1993)
Регуляторные последовательности, расположенные в участках
гиперчувствительности 1 - 4 по-разному влияют на активацию
экспрессии различных глобиновых генов по ходу развития
(Frazer et al., 1993)
P1 P2 P3
LCR
P1 P2
РНК-полимераза может служить
“транспортным средством”, обеспечивающим
распространение активационных сигналов от LCR
к промоторам индивидуальных генов
Travers, 1999
Деффекты LCR могут быть компенсированы посредством
оверэкспрессии транскрипционного фактора EKLF
β β
трансген
Центромерный
гетерохроматин
∆ 4.2, 5, 6, 5’β1
Open chromatin conformation
Normal or near normal gene expression ∆ 5,6 ∆ 4 ∆ 3 ∆ 2 ∆ 1
∆ 1–6
Open chromatin conformation
Very low level of gene expression
∆ 1–4
ERV-9
-18 -10,9
-21,5 -14,7 -6,1
инсулятор энхансер
-18 -10,9
-21,5 -14,7 -6,1
делеция энхансер
Инсуляторы - функциональные
элементы генома, способные
разделять домены
Инсуляторы предотвращают действие энхансера на промотор,
расположенный за инсулятором, не подавляя активностиэнхансера и не
препятствуя его действию в другом направлении
ген А ген В
энхансер
инсулятор
О наличии в том или ином фрагменте ДНК блокирующей энхансеры
активности можно судить в эксперименте по подавлению уровня
P
P CAT gene P
CAT gene CAT gene
INS INS
β/ε enhancer β/ε enhancer
β/ε enhancer
INS
50% 100%
Инсуляторы - функциональные
элементы генома, способные
разделять домены
Инсуляторы ограничивают распространение на окруженный инсуляторами
трансген негативных сигналов из хроматина хозяйской клетки
трансген
Гетерохроматин Гетерохроматин
хозяйской клетки хозяйской клетки
инсулятор
Не все инсуляторы обладают одновременно способностью
направленно подавлять действие энхансера
(“enhancer-blocking”) и подавлять распространение негативных
хроматиновых сигналов в участке интеграции (“domain boundary”).
enhancer-blocking activity
no bordering activity
no enhancer-blocking activity
bordering activity
LCR
Ins Ins
Ins
LCR
Механизм действия инсуляторов остается неясным.
Существующие модели базируются на в равной мере
гипотетических моделях действия энхансеров
Согласно одной из недавно предложенных моделей, окруженный
инсуляторами домен перемещается в активный компартмент ядра,
расположенный рядом с ядерными порами (Laemmli, 2002)