Открыть Электронные книги
Категории
Открыть Аудиокниги
Категории
Открыть Журналы
Категории
Открыть Документы
Категории
го
УДК 5 7 « v - 3 4 ^
Рецензенты:
зав. кафедрой пищевой биотехноло зав. кафедрой технологии микробио
гии Санкт-Петербургской государствен логического синтеза Санкт-Петербург
ной академии холода и пищевых техно ского государственного технологического
логий, член-корреспондент академии хо института, академик МАНЭБ Яковлев
лода, профессор Василинец И. М. В. И.
Блинов Н. П.
Е51 Основы биотехнологии. Для студентов институтов;
аспирантов и практических работников. Издательская
фирма "Наука" СПБ 1995 т.е., 600 стр. 166 ил.
ISBN 5-02-026027-4
Книга включает общую и специальную биотехнологии. В ней рассмотрены
объекты и методы, фундаментальные и прикладные аспекты микро-, фито- и
зообиотехнологии, приведены основные биотехнологические процессы получения
различных веществ с помощью микробных, растительных и животных клеток, дана
характеристика оборудования, используемого в конкретной биотехнологии, указа
ны пути утилизации и обезвреживания плотных и жидких отходов в соответству
ющих производствах.
ББК 30.16
8
ВВЕДЕНИЕ
Современный уровень развития биотехнологии обусловлен
общим прогрессом науки и техники, особенно — в течение послед
них 50 лет. Достаточно отметить лишь такие события, как установ
ление структуры и функций нуклеиновых кислот, обнаружение
ферментов рестрикции ДНК и выявление их значения в жизни
клеток с последующим использованием в генно-инженерных ра
ботах, создание гибридом и получение моноклональных антител,
внедрение ЭВМ и компьютерной техники в биотехнологические
процессы и т. д.
Изучение биотехнологии невозможно без знания основ хими
ческих дисциплин и, прежде всего, органической, биологической
и коллоидной химии, ряда биологических дисциплин (общей био
логии, микробиологии, ботаники, генетики, иммунологии, эколо
гии), а также процессов и аппаратов химической и биологической
технологии и ряда других общеинженерных дисциплин.
Биотехнологию относят к числу приоритетных наук, где можно
прогнозировать более быстрые и важнейшие достижения для
социально-экономического прогресса общества.
Ведущее положение в области внедрения биотехнологических
разработок ныне занимают США, где к концу 80-х. годов биотех
нологическими проблемами было занято 349 компаний, включая
296 — чисто биотехнологических, расходовавших на эти цели,
например, в 1987 г. 1 млрд. 200 млн. долларов. Среди них можно
назвать Genentech Inc., Alza сотр., Amgen Inc., Cetus сотр., Biogen,
Ceptocor Inc., Chiron сотр., Xoma corp., Immunex сотр., DNA Plant
Technology, Celgene сотр., Damon Biotech Inc., и др. При этом
области исследования включали: создание лекарств и диагности
ческих средств (467 млн. долларов), специальных химических
соединений (144 млн. долларов); животноводство и растениеводст
во (168 млн. долларов); оборудование (48 млн. долларов) и т. д.
Food and Drug Administration (FDA) в 1982 г. одобрила и
разрешила применение первого биотехнологического продукта —
генно-инженерного инсулина; в последующие годы было разреше
но применять еще 8 биотехнологических препаратов: два варианта
гормона роста человека, два варианта 2ос-интерферона для лечения
волосатоклеточной лейкемии, активатор тканевого плазминогена
(ТРА) для лечения тромбоза коронарных сосудов, вакцину против
гепатита В, фактор VIII для лечения гемофилии, мышиные моно-
клональные антитела для предупреждения отторжения почечных
трансплантатов.
9
К 1988 г. в США свыше 80 лекарственных веществ и вакцин
были объектами биотехнологических разработок, 14 и з которых
были представлены на утверждение в FDA: тромболитические
агенты; ферменты дисмутазы, предупреждающие клеточные по
вреждения, наступающие при реперфузии гипоксических тканей;
гормон эритропоэтин, стимулирующий эритропоэз; эпидермаль-
ный ростовой фактор для ускоренного заживления ран; монокло-
нальные антитела для трансплантации костного мозга, лечения
септического шока, рака и патологических состояний от передо
зировок лекарств и др. (к 1988 г. было одобрено 300 наборов
моноклональных антител). К 1995 г. стоимость поступающих на
рынок только моноклональных антител прогнозировалась в 6,4
биллиона долларов.
Из научных учреждений России ведущее место по биотехно
логии занимает институт биохимии и физиологии микроорганиз
мов РАН (ИБФМ), сотрудники которого, например, совместно с
учеными научно-исследовательского вычислительного центра
(НИВЦ) в 1985 г. создали автоматизированный комплекс "Фермен
тер-ЭВМ", что обеспечивает возрастание эффективности управле
ния процессом биосинтеза; существенный вклад в решение био
технологических проблем в России внесли коллективы ВНИИ
"Синтез-белок", ВНИИ биотехнологии, ВНИИА, Сибирское отде
ление РАН, институт молекулярной биологии РАН, институт гене
тики и селекции промышленных микроорганизмов и др.
В России давно и хорошо известны предприятия, выпускающие
биотехнологическую продукцию (антибиотики, ферменты, различ
ные дрожжи и т. д.). Это ж е можно сказать и о предприятиях в
странах СНГ.
Основной вклад в подготовку кадров инженеров-биотехнологов
с 1945 г. вносил и продолжает вносить Санкт-Петербургский
химико-фармацевтический институт; с начала 80-х годов подготов
ка таких специалистов была расширена за счет открытия новых
биотехнологических отделений и факультетов в других вузах
страны. Сегодня изучение биотехнологии является "велением вре
мени" для высших и средних специальных учебных заведений, в
которых подготавливаются молодые специалисты для соответству
ющих отраслей производства. Объем и программы курсов могут
варьировать в зависимости от профилизации учебного заведения.
В настоящем издании, по возможности, затронуты все основные
аспекты биотехнологии, и поэтому эта книга может быть исполь
зована также и сотрудниками учреждений^ призванных выпускать
биотехнологическую продукцию.
ю
Часть I
Биотехнология —
как научная дисциплина
Глава 1
ПРЕДМЕТ, ИСТОРИЯ РАЗВИТИЯ,
ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ БИОТЕХНОЛОГИИ
Биотехнология — это наука об использовании биологических
процессов в технике и промышленном производстве. Название ее
происходит от греческих слов bios — жизнь, teken — искусство,
logos — слово, учение, наука. К числу биологических процессов
и
относят те из них, в которых применяют биологические объекты
различной природы (микробной, растительной или животной),
например, производство ряда продуктов медицинского, пищевого
и другого назначения — антибиотики, вакцины, ферменты, кор
мовой и пищевой белки, полисахариды, гормоны, гликозиды, ами
нокислоты, алкалоиды, биогаз, удобрения и пр.
В соответствии с определением Европейской Федерации Био
технологов (ЕФБ, 1984) биотехнология базируется на интегральном
использовании биохимии, микробиологии и инженерных наук в
целях промышленной реализации способностей микроорганизмов,
культур клеток тканей и их частей. Уже в самом определении
предмета отражено его местоположение как пограничного, благо
даря чему результаты фундаментальных исследований в области
биологических, химических и технических дисциплин приобрета
ют выраженно прикладное значение. Биотехнология непосредст
венно связана с общей биологией, микробиологией, ботаникой,
зоологией, анатомией и физиологией, биологической, органиче
ской, физической и коллоидной химией, иммунологией, биоинже
нерией, электроникой, технологией лекарств, генетикой и другими
научными дисциплинами.
Человек, рождающийся для познания мира (в том числе — и
самого себя), давным-давно освоил на практике различные процес
сы биотехнологии, не зная по существу, что они относились к
такому разряду. В самом деле, с библейских времен известно
виноделие, тысячелетия насчитывает хлебопечение и т. д.
Познавательная деятельность людей непосредственно сказыва
лась на уровне социального развития общества. Недаром вторую
половину XX столетия мы называем периодом научно-технической
революции. Наука сегодня имеет огромное значение в жизни
людей, и научный подход к решению любой задачи — веление и
требование времени.
Наука формировалась и эволюционировала по мере формиро
вания и развития человеческого общества. Это, в частности, не
посредственно относится и к биотехнологии. Ее возникновение,
становление и развитие условно можно подразделить на 4 периода:
эмпирический, этиологический, биотехнический и генотехниче-
ский. Эмпирический (от греч. empeirikos — опытный) или доисто
рический период — самый длительный, охватывающий примерно
8000 лет, из которых более 6000 лет — до нашей эры и около 2000
лет — нашей эры. Древние народы того времени интуитивно
использовали приемы и способы изготовления хлеба, пива и
12
некоторых других продуктов, которые теперь мы относим к раз
ряду биотехнологических. Кризис охотничьего промысла (хозяй
ства) стал побудительным мотивом революции в изготовлении
продуктов питания. Эта революция началась около 8000 лет назад
и привела к изобретению техники земледелия — началу произво
дительного ведения хозяйства (неолит и бронзовый века.) Стали
формироваться так называемые приречные цивилизации Месопо
тамии, Египта, Индии и Китая. Шумеры — первые жители Месо
потамии (на территории современного Ирака) создали цветущую
в те времена цивилизацию. Они выпекали хлеб из кислого теста,
владели искусством готовить пиво. В этом следовали им ассирийцы
и вавилоняне, жившие также в Месопотамии, египтяне и древние
индусы. В течение нескольких тысячелетий известен уксус, издрев
ле приготавливавшийся в домашних условиях, хотя о микробах —
индукторах этого процесса мир узнал в 1868 г. благодаря работам
Пастера, и это несмотря на существование с XIV в. так называемого
"Орлеанского способа" приготовления уксуса; первая дистилляция
вина осуществлена в XII в.; водку и з хлебных злаков получили в
XVI в.; шампанское известно с XVIII в., но получение почти
абсолютного этанола впервые удалось в XIV в. испанцу Раймунду
Луллию (ок. 1235 — 1315) благодаря перегонке вина с негашеной
известью.
В те древние времена продукты питания растительного и
животного происхождения использовались не только в пищу, но
и для лечебных целей. Например, в ассирийской столице Ниневии
(8 — 7 века до н. э.) была царская библиотека, насчитывавшая
более 30 000 клинописных табличек, из которых в 33 имелись
сведения о лекарственных средствах и их рецептуре, и в самом
городе размещался сад лекарственных растений.
К| тому ж е эмпирическому периоду относятся: получение кис
ломолочных продуктов, квашеной капусты, медовых алкогольных
напитков, силосование кормов, мочка лубоволокнистых растений.
Длительное накопление фактов происходило и в области ми
кологии (от греч. myxes — гриб). Сведения о грибах можно найти
в писаных источниках древности, а Луций Лициний Лукулл (106
— 56 гг. до н. э.), славившийся богатством, роскошью и пирами("лу-
куллов пир"), предпочитал всем съедобным грибам кесарев гриб
(Amanita cesarea, L.). Древние евреи хорошо знали ржавчину
хлебных злаков и головню. В IV — I веках до н. э. были собраны
интересные материалы о грибах, нашедшие отражение в работах
Аристотеля, Диоскорида, Плиния Младшего, Теофраста. В после-
13
дующие века нашей эры микология стала самостоятельной наукой
— велика роль в этом Д. Персоона и Э. М. Фриза, по праву
считающихся отцами систематической микологии.
Таким образом, народы исстари пользовались на практике
микробиологическими процессами, ничего не зная о микробах.
Эмпиризм также был характерен и в практике использования
полезных растений и животных.
Второй, этиологический (от греч. aitia — причина) период в
развитии биотехнологии охватывает вторую половину XIX века и
первую треть XX века (1856 — 1933 гг.). Он связан с выдающимися
исследованиями великого французского ученого Луи Пастера (1822
— 1895) — основоположника научной микробиологии и ряда
микробиологических дисциплин (промышленной, медицинской,
химической, санитарной). С аналитической микробиологией не
посредственно связано открытие Пастером молекулярной ассимет-
рии (стереоизомерии). Это, по существу, бриллиантовый век мик
робиологии. Пастер вскрыл микробную природу брожений, дока
зал возможность жизни в бескислородных условиях, эксперимен
тально опроверг ходячее тогда представление о самопроизвольном
зарождении живых существ, создал научные основы вакцинопро-
филактики и вакцинотерапии; предложил метод стерилизации,
называемый по его имени пастеризацией и т. д.
Немеркнущая слава Пастера не затмила имен его выдающихся
учеников и сотрудников: Э. Дюкло, Э. Ру, Ш. Э. Шамберлана, Ж .
А. Вильемена, И. И. Мечникова. В этот ж е период творили Р. Кох,
Д. Листер, Ш. Китазато, Г. Т. Риккетс, Д. И. Ивановский, А. Лаверан
и другие.
Параллельно с Пастером трудился в Германии, а позднее — во
Франции, выдающийся миколог А. де Бари (1831 — 1888) —
основоположник физиологической микологии. Изучив стадии раз
множения и историю индивидуального развития грибов (онтоге
нетический метод), с учетом их взаимоотношений с другими
видами, а также цитологических и биологических особенностей,
де Бари создал классификацию, которая и сегодня лежит в основе
современных классификационных схем микро- и макромицетов.
Де Бари — основоположник микофитопатологии — науки о
грибных болезнях растений (от греч. fiton — растение, pathos —
болезнь), под его руководством сформироваласьплеядавыдающих-
ся ученых (в том числе — из России): Ф. М Бальфур, И. В.
Баранецкий, М. Бейеринк, О. Брефельд, М. С. Воронин, А. Кох, А.
С. Фаминицин и др.
14
В биотехнологии важными являются питательные среды для
культивирования ряда биообъектов. Уже Л. Пастер приготовил
первую жидкую питательную среду в 1859 году, метод выращива
ния грибов на желатине предложил О. Брефельд в 1864 г., Ж. Ролен
сообщил о жидких средах для выращивания нитчатых грибов в
1870 г., Р. Коху в 1876 г. удалось вырастить бациллы сибирской
язвы в капле водянистой влаги, извлеченной из глаза погибшей
коровы. В 80-е годы XIX столетия Р. Кох предложил метод культи
вирования бактерий на стерильных ломтиках картофеля и затем
— на агаризованных питательных средах.
В настоящее время, предлагая самые сложные и необычные в
каком-либо отношении среды для выращивания биообъектов, мы
опираемся на основополагающие результаты этих выдающихся
ученых. Аналогичным образом можно сказать и о вариантах
способов стерилизации питательных сред, имея в виду тиндализа-
цию, кипячение, дробную стерилизацию и др. Все они основыва
лись на необходимости уничтожения посторонней микрофлоры,
которая попадала в среды в процессе их изготовления.
В ряду открытий всемирного значения стоит обнаружение в
1892 г. вируса мозаичной болезни табака Д. И. Ивановским (1864
— 1920). Последовавшие за этим обнаружения других вирусов
обеспечили становление новой научной дисциплины — вирусоло
гии: Ф. Леффлер и П. Фрош в 1898 г. открыли вирус ящура, Д.
Кэррол в 1901 г. — вирус желтой лихорадки, ф. Туорт в 1915 г. и
Ф. д'Эрелльв 1917 г. — вирусы бактерий (бактериофаги). Большой
вклад в вирусологию был внесен отечественными и зарубежными
учеными — Л. А. Зильбером, А. А. Смородинцевым, М. П. Чума
ковым, А. Борелем, К. Левадити, К. Ландштейнером, В. Стэнли, П.
Лейддоу, П. Руа, П. Ф. Эндерсом и многими другими-
Этиологический период знаменателен тем, что удалось доказать
индивидуальность микробов и получить их в чистых культурах.
Более того, каждый вид мог быть размножен на питательных средах
и использован в целях воспроизведения соответствующих процес
сов (бродильных, окислительных и др.). Например, маслянокислые
бактерии и вызываемое ими маслянокислое брожение, лактобак-
терии и молочнокислое брожение, дрожжи — сахаромицеты и
спиртовое брожение, уксуснокислые бактерии и окисление этано
ла до уксусной кислоты и т. д. В этот период было начато
изготовление прессованных пищевых дрожжей, а также некото
рых продуктов обмена (метаболизма) — ацетона, бутанола, лимон
ной и молочной кислот; во Франции приступили к созданию
15
биоустановок для микробиологической очистки сточных вод.
Знание причин биологических процессов еще не исключало
нестерильные операции, хотя и стремились к использованию
чистых культур микроорганизмов.
Для всестороннего изучения морфолого-физиологических
свойств и продуктов обмена, прежде всего, микробов все ранее
предложенные способы их выращивания оказались малопригод
ными. Более того, накопление однородной по возрасту большой
массы клеток оставалось исключительно трудоемким процессом.
Вот почему требовался принципиально иной подход для решения
многих задач в области биотехнологии. В 1933 году А Клюйвер и
Л. X. Ц. Перкин опубликовали работу "Методы изучения обмена
веществ у плесневых грибов", в которой изложили основные
технические приемы, а также подходы к оценке и интерпретации
получаемых результатов при глубинном культивировании грибов.
С этого времени начинается третий период в развитии биологи
ческой технологии — биотехнический. Началось внедрение в
биотехнологию крупномасштабного герметизированного оборудо
вания, обеспечившего проведение процессов в стерильных усло
виях. Особенно мощный толчок в развитии промышленного био
технологического оборудования был отмечен в период становления
и развития производства антибиотиков (время второй мировой
войны 1939 — 1945 гг., когда возникла острая необходимость в
противомикробных препаратах для лечения больных с инфициро
ванными ранами). Все прогрессивное в области биологических и
технических дисциплин, достигнутое к тому времени, нашло свое
отражение в биотехнологии. Следует отметить, что уже в 1869 г.,
Ф. Мишер получил "нуклеин" (ДНК) из гнойных телец (лейкоци
тов); В. Оствальд в 1893 г. установил каталитическую функцию
ферментов; Т. Леб в 1897 г. установил способность к выживанию
вне организма (в пробирках с плазмой или сывороткой крови)
клеток крови и соединительной ткани; Г. Хаберланд в 1902 г.
показал возможность культивирования клеток различных тканей
растений в простых питательных растворах; Ц. Нейберг В 1912 г.
раскрыл механизм процессов брожения; Л. Михаэлис и М. Л.
Ментен в 1913 г. разработали кинетику ферментативных реакций,
а А. Каррел усовершенствовал способ выращивания клеток тканей
животных и человека и впервые применил экстракт эмбрионов
для ускорения их роста; Г. А. Надсон и Г. С. Филлипов в 1925 г.
доказали мутагенное действие рентгеновских лучей на дрожжи, а
в 1937 г. Г. Кребс открыл цикл трикарбоновых кислот (ЦТК); в 1960
16
г. Ж. Барски и др. впервые обнаружили соматические гибриды
опухолевых клеток мыши. Следовательно, накопленные научные
факты стали побудительным мотивом для разработки способов
крупномасштабного культивирования клеток различного проис
хождения. Это.необходимо было для получения различных клеточ
ных продуктов и самих клеток для нужд человека, и, прежде всего,
в качестве или в составе лечебных и профилактических средств:
пенициллина, стрептомицина, тетрациклинов, декстрана, ряда ами
нокислот и многих других веществ. К 1950 г. Ж. Моно (Франция)
разработал теоретические основы непрерывного управляемого
культивирования микробов; в 50-е годы вопросам практической
реализации непрерывного культивирования микроорганизмов по
святили свои исследования М. Стефенсон, И. Малек, Н. Д. Иеру
салимский и др.
Примерно за 40 лет третьего периода были решены основные
задачи по конструированию, созданию и внедрению в практику
необходимого оборудования, в том числе главного из них —
биореакторов. Это оборудование используют и в настоящее время.
Четвертый период в биотехнологии — генотехнический (от
греч. genesis — происхождение, возникновение, рождение) начал
ся с 1972 г. В этом году П. Берг со своими сотрудниками в США
создали первую рекомбинантную молекулу ДНК. Однако следует
отметить, что в 1969 г. Дж. Бекуит с коллегами выделил в химически
чистом виде лактозный ген из кишечной палочки, показав тем
самым возможность направленных манипуляций с генетическим
материалом бактерий.
Естественно, что без фундаментальной работы Ф. Крика и Дж.
Уотсона (1953) по установлению структуры ДНК было невозмож
ным достигнуть современных результатов в области биотехноло
гии. Выяснение механизмов функционирования и регуляции ДНК,
выделение и изучение специфичных ферментов привело к фор
мированию строго научного подхода к разработке биотехнологи
ческих процессов на основе генно-инженерных работ. В этом суть
генотехнического периода.
Уже в 1982 г. поступил в продажу человеческий инсулин,
выработанный кишечными палочками, несущими в себе искусст
венно встроенную генетическую информацию об этом гормоне.
На таком же уровне или с близким к тому заделом находятся
следующие генно-инженерные препараты: интерфероны, фактор
некротизации опухоли (TNF), интерлейкин-2, соматотропный гор
мон человека и аналог его соматомеднн Ц и другие^ _ _ , '" •"""**"
] 7 I f . Я " •":.::'• А
i ;:..-,-•;-.- :• L :, '..-'/•' - т с •: н и о й
•-;.,,;:,, '•... с i '.'.':;. с к о й л " , л ;л хл-м
Зная строение аппарата наследственности у разных организ
мов, удается манипулировать не только нуклеиновыми кислотами,
но и целыми хромосомами (хромосомная инженерия) и клетками
(клеточная инженерия).
Для генотехнического периода характерны: разработка интен
сивных процессов (вместо экстенсивных) на основе направленных
фундаментальных исследований (с продуцентами антибиотиков,
ферментов, аминокислот, витаминов), получение суперпродуцен
тов; создание продуцентов, несущих в себе бессмысленную гене
тическую информацию (например, гены интерферона человека в
клетках Pseudomonas aeruginosa); создание необычных организ
мов, ранее не существовавших в природе (неклубеньковых расте
ний, несущих гены азотобактерий, ответствейные за способность
фиксировать молекулярный азот из воздуха); разработка и внед
рение экологически чистых и, по возможности, безотходных тех
нологий; разработка и внедрение в практику специальной аппара
туры блочного (сменного) типа для различных биотехнологических
схем; автоматизация и компьютеризация биотехнологических про
цессов; создание экономически оптимальных производственных
процессов при максимальном использовании сырья и минималь
ном потреблении энергии. Вот почему инженер — биотехнолог в
современном пониманикгдолжен быть широко и глубоко подготов
ленным специалистом, в распоряжении которого оказываются
сложнейшие биологические системы (или аналоги их), синхронно
работающие в заданном направлении. В любом биотехнологиче
ском процессе наиважнейшим звеном является биообъект, "кап
ризы" которого по любому поводу могут пагубно сказаться на
результатах этого процесса.
В течение последних 10 — 15 лет текущего столетия происхо
дило бурное развитие биотехнологии, определились сферы при
оритетного внедрения конкретных результатов биотехнологиче
ских разработок, и, как следствие, появились такие названия, как
медицинская биотехнология, иммунобиотехнология (от лат.
immunus — невосприимчивый), биогеотехнология (от греч. део —
земля), инженерная энзимология (от греч. en — в, zyme — заква
ска) . ОДНИ из них прочно входят в лексикон специалистов, напри
мер, иммунобиотехнология, инженерная энзимология, другие на
звания приживаются плохо или с трудом (медицинская биотехно
логия, биогеотехнология). К м е д и ц и н с к о й биотехнологии
относили те производственные процессы, которые завершались
созданием с помощью биообъектов средств или веществ медицин
ского назначения (прежде всего профилактического или лечебного
18
действия на организм человека). Это — антибиотики, некоторые
витамины, коферменты и ферменты, отдельные микробные пол
исахариды — как самостоятельные препараты или вспомогатель
ные вещества при создании различных лекарственных форм,
аминокислоты, нуклеозиды и др.
И м м у н о б и о т е х н о л о г и я объединяет производства
вакцин, иммуноглобулинов крови, иммуномодуляторов, иммуно-
медиаторов, моноклональных антител и некоторых других. Можно
заметить, что на основе иммунобиотехнологических процессов
создаются также профилактические и лечебные средства, объеди
няемые под эгидой медицинской биотехнологии. Следовательно
иммунобиотехнология представляется здесь частным случаем ме
дицинской биотехнологии. Вместе с тем, иммунобиотехнологиче-
ские процессы по целевым продуктам вышли за пределы медицин
ского назначения (например, в иммуноферментном анализе, им-
муноблотинге). В равной мере большинство ферментов (как и
аминокислот или некоторых других продуктов) производится не
для целей здравоохранения. Поэтому термин "Медицинская био
технология" представляется во многом искусственным и, очевидно,
отсюда плохо приживающимся. Напротив, вычленение иммуноби-
отехнологии в качестве самостоятельной научной субдисциплины
является обоснованным, и производственные процессы здесьчетко
ограничены использованием иммунной системы того или иного
макроорганизма или отдельных компонентов ее (макрофаги, лим
фоциты, различные иммуноглобулины).
Б и о г е о т е х н о л о г и я — это субдисциплина, ранее
называвшаяся геологической микробиологией. Сущность ее сво
дится к использованию микроорганизмов для добычи полезных
ископаемых, например, цветных металлов, нефти; для окисления
метана в угольных шахтах и пр. Спектр биогеотехнологических
производственных процессов невелик, но очень важен для жизне
обеспечения народного хозяйства. Необходимо подчеркнуть, что
не все процессы, относимые ныне к биогеотехнологическим, яв
ляются сугубо технологическими (например, окисление метана с
помощью специальных микроорганизмов). Обычно принято счи
тать, что в результате биотехнологического процесса образуется
какой-то целевой продукт, используемый на практике. В приведен
ном примере окисления метана преследуется иная цель — сниже
ние концентрации метана до безопасного (например, для шахте
ров) уровня. Хотя и в этой реакции образуются конечные продук
ты, которые могут быть использованы на практике:
С Щ + 0 2 — • СО2 + 2Н 2
19
И н ж е н е р н а я э н з и м о л о г и я — это отрасль
биотехнологии, базирующаяся на использовании каталитических
функций ферментов (или ферментных систем) в изолированном
состоянии или в составе живых клеток для получения соответст
вующих целевых продуктов. Биообъект здесь — фермент (или
комплекс ферментов). На практике обычно используют иммоби
лизованные ферменты (реже — иммобилизованные клетки), бла
годаря чему стабилизируется и пролонгируется их ферментативная
-активность. Иногда инженерную энзимологию отождествляют с
биотехнологией. В этом содержится большая доля истины, так как
все реакции в клетках катализируются ферментами. Однако слово
"инженерная" привносит свою специфику, заключающуюся в
акценте на создание конструкции (от франц. engin — машина), в
данном случае — на конструирование биокатализаторов с задан
ными свойствами с последующим использованием в биотехноло
гическом процессе.
В научной литературе можно встретить и другие названия
биотехнологических процессов, например, "Биотехнология живо
тной клетки", "Экономическая микробиология", "Ферментация и
биоинженерия", "Промышленная микробиология", "Сельскохозяй
ственная биотехнология", "Биохимическая инженерия" и др. Более
того, в принципе можно говорить и писать о биотехнологии
каждого индивидуального продукта, образуемого каким-либо мик
робом, какими-либо клетками растений и животных, или появля
ющегося под каталитическим воздействием фермента; в равной
мере речь может идти и о биотехнологии продуцентов каких-либо
веществ, например, о Panax ginzeng (жень-шень), о Rauwolfia
serpentina (Раувольфия змеевидная), об Actinomyces spp. (актино-
мицеты) и т. д. Поэтому наиболее рациональным является подраз
деление биотехнологии на микробную биотехнологию, раститель
ную, или фитобиотехнологию, и животную, или зообиотехноло-
гию, включающую также и биотехнологические процессы, осно
ванные на использовании клеток человека.
Из приведенной схемы видно, что наибольшее число реализо
ванных процессов имеет место в микробной биотехнологии. Мно
гие микроорганизмы обладают заметным преимуществом перед
растительными и животными объектами по таким показателям,
как скорость размножения, лабильность и быстрота адаптации к
изменяющимся условиям среды обитания. Этим и определяется
диапазон применения микробов в различных отраслях производ
ственной деятельности человека, то есть все то, что составляет
20
I Биотехнология .
I " •. | I
микробиотехнология фитобиотехиология зообиотехиология
использование
в легкой в агропромышленном в животноводстве,
промышленности, в комплексе, в медицинской
пищевой в медицинской и промышленности,
промышленности, косметической в пищевой
в медицинской промышленности промышленности
промышленности,
в химической
промышленности,
в металлургии,
в нефтедобывающей
промышленности,
в водном хозяйстве,
в защите окружающей
среды,
в энергетике,
в косметической
промышленности
Глава 2
ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ БИОТЕХНОЛОГИИ
Объектами биотехнологии являются вирусы, бактерии, грибы
— микромицеты и макромицеты, протозоиные организмы, клетки
22
(ткани) растений, животных и человека, некоторые биогенные и
функционально сходные с ними вещества (например, ферменты,
простагландины, лектины, нуклеиновые кислоты и др.). Следова
тельно, объекты биотехнологии могут быть представлены органи
зованными частицами (вирусы), клетками (тканями) или их мета
болитами (первичными, вторичными). Даже при использовании
биомолекулы как объекта биотехнологии исходный биосинтез ее
осуществляется в большинстве случаев соответствующими клет
ками. В этой связи можно сказать, что объекты биотехнологии
относятся либо к микробам, либо к растительным и животным
организмам. В свою очередь организм можно образно характери
зовать как систему экономного, сложнейшего, компактного, само
регулируемого и, следовательно, целенаправленного биохимиче
ского производства, устойчиво и активно протекающего при оп
тимальном поддержании всех необходимых параметров. Из такого
определения следует, что вирусы не являются организмами, но по
содержанию молекул наследственности, приспособляемости, из
менчивости и некоторым другим свойствам они относятся к пред
ставителям живой природы.
Как видно из приводимой схемы, объекты биотехнологии
исключительно разнообразны, диапазон их распространяется от
организованных частиц (вирусов) (рис. 1А) до человека.
Вирусы занимают положение между живой и неживой приро
дой, у них нет ядра, хотя имеется наследственный ядерный мате
риал — рибонуклеиновая кислота (РНК) или дезоксирибонуклеи-
новая кислота (ДНК).
В отличие от микробов клеточной организации РНК и ДНК в
вирусных частицах вместе никогда не обнаруживаются.
Из сказанного следует, что названия "биологическая техноло
гия, или биотехнология" и "биохимическая технология" тождест
венны, так как биологические процессы, используемые в технике
и промышленном производстве, базируются на биохимической
основе.
В настоящее время большинство объектов биотехнологии со
ставляют микробы, относящиеся к трем надцарствам (безъядер
ные, предъядерные, ядерные) и пяти царствам (вирусы, бактерии,
грибы, растения и животные). Причем первые два надцарства
состоят исключительно из микробов, тогда как третье — преиму
щественно из растений и животных.
23
Безъядерные Предъядерные Ядерные
(Acaiyotae) (Procaryotae) (Eucaryotae)
Царства
I
Вирусы Бактерии Грибы
(Vira) (Bacteria) (Mycota)
Растения
(Plantes).
Животные
(Animalia)
М о р ф о л о г и ч е с к а я э л е м е н тар н а я
единица
Неклеточная
организованная Клетка Клетка
частица
Тип с о д е р ж а щ е й с я н у к л е и н о в о й
к и с л о т ы - ДНК и / и л и РНК
ний" . :«S* .
•та -0т. ф&. , & ,J
• • « ,
Ар х е о б а к т е р и и • Эубактерии
Предковые формы
Фототрофными бактериями являются оксигенные цианобакте-
рии, аноксигенные пурпурные и зеленые бактерии; хемотрофными
— грамположительные и грамотрицательные бактерии и бациллы,
миксобактерии, стебельковые и почкующиеся бактерии, вибрио
ны, спириллы, спирохеты, актиномицеты, коринебактерии, мико-
бактерии, риккетсии, хламидии, микоплазмы и спироплазмы.
Галобактерии включают роды Haloarcula, Halobacterium,
Halococcus, Natrobacterium, Natrococcus. Они обнаруживаются в
морских солеварнях (оптимум натрия хлорида для них 3,5 — 5 М).
Термоацидофильные бактерии обитают в кислых горячих ис
точниках при рН 2 — 3 и температуре 70° — 90°С (Sulfolobus
acidocoldarius), в самонагревающихся терриконах угольных шахт
при рН 1 — 2 и температуре 59°С (Thermoplasma acidophilum), в
горячих источниках на дне морей и на склонах вулканов при
температуре 85 — 105°С (Thermoproteus tenax, Т. neutrophilia и
АР-)-
Метаногенные бактерии, к которым относятся кокки
(Methanococcus vannielli), сарцины (Methanosarcinabarkeri), палоч
ки (Methanobacteriumformicicum, Methanobrevibacterruminantium),
спириллы (Methanospirillum hungatei) и другие формы, являются
анаэробными микроорганизмами. Они обитают в отстойниках
сточных вод городов и населенных пунктов, в навозе, в осадках на
дне прудов и озер, в рисовых полях, в лиманах и эстуариях (от лат.
aestuarium — берег, заливаемый приливом), в рубце жвачных
28
животных. Приуроченность их к широкому диапазону температур
естественна, учитывая среды обитания. Тем не менее, например в
рубце жвачных животных температура достаточно постоянная. .
Согласно определителю Д. X. Берги (1984, 1986) археобактерии
относятся к отделу мендосикутов, все другие бактерии, или эубак-
терии — к отделам: грациликутов, фирмикутов и тенерикутов (от
лат. mendosus—ложный, фальшивый, gracilis—стройный, тонкий,
firmus — прочный, tener—чувствительный, нежный, cutis — кожа).
Грациликуты объединяют грамотрицательные бактерии с двух
слойной клеточной стенкой (они, как правило, содержат фосфо-
липидную мембрану во внешнем слое клеточной стенки). Форма
клеток у них различная — от сферической до палочковидной, от
прямых до искривленных (изогнутых); подвижные или неподвиж
ные; не образуют эндоспор, размножаются делением (некоторые
— почкованием); многие обладают пилями (волосками, или фимб-
риями). По типам питания к грациликутам относятся фототрофы
(включая цианобактерии) и хемотрофы, по типам дыхания —
аэробы, анаэробы и факультативные анаэробы, по патогенности
— сапрофиты и паразиты.
Микроорганизмы с многослойным муреиновым каркасом от
носятся к фирмикутам. Все они грамположительные, спорообра-
зующие или не образующие спор; сюда же включены актиноми-
цеты и родственные им бактерии. Форма клеток различная —
круглые, палочковидные, ветвящиеся, нитевидные, неветвящиеся.
По типу питания — преимущественно хемогетеротрофы, по типу
дыхания — аэробы, анаэробы и микроаэрофилы, патогенные и
сапрофиты.
К тенерикутам относятся микоплазмы и спироплазмы (от греч.
myxes — гриб, plasma — вязкая, эластичная; speira — завиток,
спираль, кольцо) (рис. 1Б). Это мельчайшие свободноживущие
полиморфные бактерии, без клеточной стенки, сгруппированные
в классе Mollicutes (от лат. mollis — мягкий). Воспроизводятся они
почкованием, делением, сегментацией ветвистых структур; цитоп-
лазматическая мембрана трехслойна; все известные виды микоп-
лазм патогенны. Диаметр их 0,15 — 0,25 мкм, хотя полиморфизм
по длине клеток весьма широкий. Микоплазмы полностью устой
чивы к пенициллину; растут на специальных агаризованных сре
дах.
К мендосикутам относится единственный уже рассмотренный
класс археобактерии, заметно отличающийся от других микроор
ганизмов.
Известны еще так называемые мини- и макси-клетки бактерий,
29
в частности, Е. coli. Установленно, что клетки кишечной палочки,
несущие две мутации (min А и min В) делятся ассиметрично и в
каждое второе деление образуется круглая безъядерная мини-клет
ка (примерно в 3 раза меньше родительской клетки по размеру).
Мутации в генах гее А и uvr А сопровождаются инактивацией
основных систем репарации и существенным возрастанием чувст
вительности клеток к ультрафиолетовым лучам. Клетки Е. coli при
этом увеличиваются в размерах (макси-клетки). Мини- и макси-
клетки используются для включения многокопииных плазмид при
постановке генно-инженерного эксперимента.
Бактерии подразделяют на группы по источникам энергии,
углерода и донорам электронов (таблица 2), благодаря чему можно
выделить типичных представителей в каждой из них.
Так, цианобактерии относят к первой подгруппе, зеленые
несерные бактерии — к второй, нитрифицирующие бактерии —
к третьей, водородные бактерии — к четвертой и, наконец, бациллы
и другие микроорганизмы — к пятой. Для сравнения можно
указать, что дрожжи и нитчатые грибы из эукариот также отно
сятся к хемогетероорганотрофам.
В учебной и научной литературе можно встретить и такие
термины, как прототрофы, метатрофы, паратрофы, миксотрофы.
Следует подчеркнуть, что все эти термины были предложены в
начале XX в. в связи с разделением бактерий на группы по типам
Таблица 2. Деление микробов на группы по источникам энергии, углерода
и доноров электронов.
Источник
Номер
Группа доноров и название
энергии углерода электронов подгруппы
(водорода)
Фотот- Свет Неоргани Неорганические 1. Фотоавтолито-
рофные ческий вещества трофы
бактерии Органи Органические 2. Фотогетероор-
ческий вещества ган строфы
Хемот- Химичес Неоргани Неорганические 3. Хемоавтолито-
рофные кие ческий вещества трофы
бактерии реакции Органи Неорганические 4. Хемогетероли-
окисления ческий вещества тотрофы
- восста Органические 5. Хемогетероор-
новления вещества ганотрофы |
Примечание: + От греч. photos — свет, autos — сам, lythos — камень, trophia —
питание, etheros — иной, другой, organicos — органический.
30
питания. Так А. Фишер в 1903 г. предложил различать прототрофы
(автотрофы —'• по В. Пфеферу), не нуждающиеся в готовом орга
ническом веществе для питания, метатрофы (гетеротрофы — по
В. Пфеферу), нуждающиеся в органическом веществе — это
большинство сапрофитных микроорганизмов, и паратрофы, пита
ющиеся живым белком и обитающие лишь в организме других
существ — это все облигатные болезнетворные микробы; те виды,
которые могут расти на питательной среде в пробирке (in vitro) и
в организме чувствительного животного (in vivo), были названы В.
Пфефером миксотрофами (от лат. mixtus — смешанный). Приве
денные названия (прототрофы, метатрофы и миксотрофы) теперь
имеют больше исторический смысл. В 1946 г. была предложена
классификация микробов по способам питания, или трофики,
которой пользуются и в настоящее время (таблица 3).
| фундаментальные прикладные
| Открытие Г. Менделем единиц На основании принципов Менделя -
I наследственности у садового гороха; Моргана были созданы
I исследования Т. Моргана и рациональные методы селекции в
I сотрудников с мушкой дрозофилой, растениеводстве и животноводстве, в
1 приведшие к всеобщему признанию микробиологии. С помощью этих
| законов Менделя. методов были выведены новые сорта
сельскохозяйственных растений,
новые породы домашних животных,
высокопродуктивные штаммы
микроорганизмов; выявлены
наследственные болезни у человека,
определены пути и созданы методы
рациональной их профилактики и
терапии.
| Вскрытие Л. Пастером причины Разработаны и осуществлены меры
1 болезни шелковичных червей во по спасению производства шелка.
I Франции.
I Обезвреживание болезнетворных Создание профилактических и
I микробов при сохранении их лечебных иммунопрепаратов
| антигенности. (вакцин, сывороток,
иммуноглобулинов).
I Выведение М. Фарадеем законов Создание методов и приборов для
I электролиза на основании изучения выделения веществ при электролизе,
1 действия электрического тока на для определения
I водные растворы различных веществ. электропроводности, для
профилактической и
терапевтической электростимуляции
при некоторых патологических
состояниях у людей и т. д.
| Открытие радиоактивных элементов Создание и применение
I Марией и Пьером Кюри. рентгеновских методов
исследования, радиотерапия раковых
заболеваний, эксплуатация атомных
электростанций и др.
I Формулирование проблемы Создание промышленности
| антагонизма между микробами и ее антибиотиков и применение
I экспериментальное подтверждение. антибиотических препаратов в
здравоохранении.
Глава 3
Фундаментальные исследования
в области энзимологии
Любая клетка - целостная система, составные части которой
структурно и функционально взаимозависимы. Эта зависимость
выражается прежде всего в генетически обусловленном синтезе
белковых молекул - преимущественно ферментов. В хронологиче
ском порядке только белки - продукты матричного синтеза должны
45
относиться к разряду первичных; все другие молекулы, возника
ющие под каталитическим .действием ферментов, оказываются
вторичными. Выдающийся шведский химик И. Я. Берцелиус,
предложивший в 1836 г. термин "катализ" (за 35 лет до выявления
М. Манасеиной каталитических функций дрожжевого сока в 1871
г.), пророчески писал: "У нас есть все основания предполагать, что
в тканях и жидкостях растений и животных происходят тысячи
каталитических процессов". И это в то время, когда ферменты еще
не были известны науке. Теперь, например, утверждается, что в
мельчайшей клетке (0,1 мкм в диаметре), относящейся к Mollicutes,
содержится более, чем 100 ферментов, то есть столько, чтобы
клетка могла самостоятельно функционировать как организм. Ес
тественно, что в клетке других прокариот и эукариот насчитывают
более 1000 биокатализаторов. Большинство микробов лишено спе
циализированных структур, хотя бы отдаленно напоминающих
органы дыхания, пищеварения и другие, присущих высшим эука-
риотам. Поэтому основная метаболическая нагрузка (метаболизм
- это биологический обмен веществ и энергии) в процессах их
роста, развития и размножения падает на ферменты. В любой
живой клетке находятся малые и большие (полимерные) молекулы
различных веществ. Они должны синтезироваться в клетке, а
некоторые секретироваться из нее (нередко, распадаясь перед этим
на более мелкие составные части или их производные). Во всех
таких процессах участвуют ферменты. Уже сегодня известно около
2000 индивидуальных ферментов и это не предел. В клетках
прокариот и эукариот ферменты распределены и локализованы
целесообразно, например, в цитоплазме находятся почти все фер
менты гликолиза, в матриксе митохондрий - ферменты цикла
трикарбоновых кислот и |3-окисления жирных кислот, ферменты
окислительного фосфорилирования - во внутренней мембране
митохондрий.
В клетке E.coli нить ДНК имеет размеры 1,4»106хЗ,0 нм, а массу
1»10"14 г. В разомкнутом состоянии длина ее составит примерно 1,4
мм, то есть подобная ДНК приблизительно в 500 раз длиннее
бактериальной клетки, вмещающей эту ДНК. Такая хромосома
кишечной палочки заключает в себя- информацию, достаточную
для кодирования 4500 белков, значительная часть которых будет
представлена ферментами.
Ферменты составляют основную массу клеточных белков. На
долю одного фермента приходится от сотых долей процента (у
некоторых вирусов) до 10-12% (у ряда микроорганизмов клеточной
организации, например у E.coli). В то ж е время хромосомная ДНК
не есть простая последовательность множества генов. Поэтому
46
нельзя считать, что количество хромосомной ДНК, например у
представителей эукариотических организмов пропорционально
уровню их эволюционного развития. В таком случае некоторые
лягушки и рыбы были бы развиты более, чем животные и человек,
поскольку у них размер генома достигает 1010 - 1 0 " пар нуклеотидов
(пн), а у млекопитающих и человека он на 1 - 2 порядка н и ж е (109
- 1010 пн). Суть здесь в том, что у высокоразвитых существ
значительная часть ДНК оказываетсяя молчащей, так как она
образована не генными последовательностями (у человека к этому
типу относится 80 - 90% всей ДНК) или повторяющимися огромное
число раз идентичными последовательностями. Все это не может
не сказываться на ферментном наборе в клетках, органах и тканях,
равно как и на их функциональной активности.
Ферменты давно являются объектами биотехнологии - их ин
дустрия зародилась в начале XX в., и объемы ферментного произ
водства продолжают нарастать, а что касается публикаций о био
катализаторах, то в мире появляется более 10 000 статей ежегодно.
Ферменты присущи любой живой клетке и, в небольшом ассорти
менте - организованным частицам (вирусами). Наука, изучающая
ферменты, называется энзимологией, а инженерная энзимология
- это ветвь или субдисциплина биологической технологии, изуча
ющая биотехнологические процессы, в которых используется ка
талитическое действие ферментов. Главная задача инженерной
энзимологии заключается в практической реализации фермента
тивных процессов в целях экономичного получения различных
веществ и энергии для нужд народного хозяйства.
Чтобы выйти на уровень инженерной энзимологии, необходи
мо решать многие основополагающие проблемы и задачи, к кото
рым можно отнести:
1) способы выделения и очистки ферментов в зависимости от
их топологии в биообъекте или при выделении в среду обитания;
2) определение состава и строения фермента;
3) особенности кинетики ферментативного действия в зависи
мости от внешних условий;
4) оценку активности ферментов в зависимости от их чистоты
или, напротив, от наличия естественных примесей или искусствен
ных добавок;
5) механизмы и пути регуляции синтеза и активности фермен
тов;
6) моделирование действия ферментов в иммобилизованном
состоянии, учитывая при этом иммобилизацию индивидуальных
ферментов и полиферментных систем, каковыми являются ж и в ы е
клетки;
47
7) аппаратурное оформление ферментативных процессов;
8) экономичность ферментативных процессов, рекомендуемых
к внедрению в производство.
Некоторые из этих проблем и задач будут рассмотрены в
данном разделе, другие (6-8) - во второй части учебника.
Распределение ферментов в клеточных структурах неравноз
начное, и независимо от того, что биосинтез их осуществляется в
элементах ядерного аппарата, часть ферментов секретируется
внеклеточно - преимущественно гидролазы. Это обусловлено не
обходимостью расщепления полимерных веществ до такого уров
ня, чтобы продукты гидролиза могли поступить в клетку для
конструктивного и/или энергетического обменов.
К ферментам внеклеточного типа можно отнести микробные
амилазы, липазы и пешид-гидролазы, катализирующие реакции
гидролиза соответственно крахмала, жиров и белков. Животная
протеаза (пепсин) условно также может быть причислена в разряд
внеклеточных, так как она поступает из соответствующих клеток
(главных клеток слизистой оболочки желудка) в полость желудка;
то же можно сказать и о ферментах поджелудочной железы,
поступающих в просвет двенадцатиперстной кишки.
Следует иметь в виду, что многие ферменты синтезируемые в
клетках, являются з и м о г е н а м и , или неактивными
ферментами, и для трансформации их в активные формы необхо
дим ограниченный (специфический) посттрансляционный проте-
олиз.
В любом случае получение экзо- и эндоферментов на опреде
ленных этапах как бы унифицируется, когда все стадии выделения
и очистки будут определяться лишь их физико-химическими ха
рактеристиками. Так, при выделении экзофермента клетки проду
цента становятся отходом, а культуральная жидкость или, в другом
случае, желудочный сок - целевым продуктом-сырцом. Если речь
идет о необходимости получения эндоферментов, то содержащие
их клетки и ткани измельчают (дезинтегрируют) и экстрагируют
подходящим растворителем. Полученный раствор также представ
ляет собой полупродукт — сырец. И если речь здесь идет об одном
и том же ферменте,- но разного происхождения и топологии (экзо-
и эндо-), то, начиная с сырца, технологические схемы их выделения
будут во многом тождественными. В этом случае можно использо
вать такие подходы, как высаливание, сепарирование в градиентах
плотности каких-либо веществ, мембранную фильтрацию,- гель-
хроматографию, афинную хроматографию, ионный обмен и дру-
48
гие. При необходимости выделют ферменты, локализованные в
каких-либо структурах клетки. Тогда, с учетом физико-химических
характеристик таких структур (размер, плотность, форма), приме
няют дифференциальное центрифугирование после дезинтегра
ции клеток (тканей). При этом сферические частицы различной
плотности и/или размера будут перемещаться в центрифужной
пробирке на одно и то же расстояние за разное время. Время
прохождения частицы из одного положения (п) в другое (гг) можно
определить, исходя из следующего уравнения:
. 9 л т £2
2 0)2Д2(рр-р,) Ln
П •
где t — время, т| — вязкость центрифугируемой жидкости, ш
— угловая скорость, R — радиус частицы, рр — плотность частицы,
р/ — плотность центрифугируемой жидкости, -~ — коэффициент
силы тяжести.
Форма выделяемых частиц не всегда сферическая, и тогда в
используемые методы вносят необходимые поправки, или выбира
ют какие-либо другие способы изоляции и расчета. Ферменты —
глобулярные белки, поэтому при их разделении играют роль, в
основном, молекулярные массы (ММ) молекул, а не число субъ
единиц (С) в них. В качестве примера можно назвать химотрипсин
(ММ = 24500 Да, С = 3), щелочную фосфатазу (ММ = 80000 Да,
С = 2), лактатдегидрогеназу (ММ = 140000 Да, С = А), триптофаназу
(ММ = 220000 Да,С = 8), и др. Более того, известны ферменты,
катализирующие одну и ту же реакцию в организме одного вида,
но представляющие собой различные молекулярные формы. Их
называют изоферментами, выделение которых по высказанным
причинам заметно осложняется.
Большие по размеру компоненты (интактные клетки, неразру-^
шенные частицы ткани, ядра) осаждаются при дифференциальном
центрифугировании быстрее — их собирают в осадок при срав
нительно невысоких скоростях; супернатант (от. лат. supernatans
— всплывающий), или надосадок подвергают последующему цен
трифугированию при более высоких скоростях. При этом в осадке
могут быть митохондрии. В случае дальнейшего центрифугирова
ния при еще более высоких скоростях вращения ротора центри
фуги можно собрать рибосомы.
Во время вращения ротора с большой угловой скоростью со
развивается центробежное ускорение (G), во много раз превосхо
дящее силу тяжести и способное достигать величин 600—600000 g
49
(g = ускорение силы тяжести). G = со2г (г — расстояние, пройден
ное частицей). Так, для выделения ядер из дезинтеграта эукарио-
тических клеток требуется 10 минут центрифугирования при 600
д, для изоляции лизосом и митохондрий — 5 мин. при 15000 д, для
выделения рибосом — 1 час при 100000 д. Скорость продвижения
частицы в направлении г (Vr) описывается уравнением
Vr = -т- (t — время)
Центрифугирование дезинтеграта клеток или тканей при боль
ших скоростях в водной суспензии представляет собой турбулен
тный поток и сила сопротивления движению различных частиц
("твердых тел") определяется не вязкостью жидкости (т|), а ее
плотностью (р), тогда сила сопротивления называется гидравличе
ской и описывается формулой F = C/Spv2, где F — гидравлическая
сила сопротивления, Cf — коэффициент, зависимый от формы
твердого тела, S — площадь поперечного сечения тела. Для сфери
ческого тела значения Cf находятся в интервале 0,05 — 0,2 в
зависимости от характера поверхности (гладкая, шероховатая); для
тонкого диска, перпендикулярного потоку, Cf равна примерно 0,55.
Относительная роль динамического сопротивления и вязкого
трения сказывается на поведении движущейся жидкости и харак
теризуется безразмерным числом Рейнольдса:
T|iv Т|
где 1 — характерный линейный размер. При обтекании тел 1 —
это длина или поперечный размер, при течении в длинных трубках
1 — это диаметр трубки. В условиях центрифугирования скорости
частиц и, следовательно, их числа Рейнольдса очень малы. Поэтому
для определения силы сопротивления среды, действующей на
частицу, пользуются законом Стокса. Согласно этому закону сила
сопротивления, испытываемая твердым шаром при его медленном
поступательном движении в неограниченно вязкой жидкости,
описывается выражением F = 67rnRv, где R — радиус шара, т|
—коэффициент вязкости жидкости, v — скорость движения шара.
Параметры движения частицы можно вычислить по следующе
му уравнению, исключив из него коэффициент силы тяжести,
поскольку направление г перпендикулярно направлению силы
тяжести:
6m\RVr=^j- G(pp-p/),
где V r скорость частицы в направлении г, G — центробежное
ускорение, рр — плотность частицы, р/ -— плотность жидкости, Т|
— вязкость жидкости, R — радиус частицы.
50
При подходе к выбору биообъекта—продуцента того или иного
энзима важно иметь хорошую (по скорости роста, продуктивности
и активности фермента) культуру — штамм (не клон), так как
поддерживать его в лабораторных и производственных условиях
легче, чем клон. К тому ж е клоновые культуры используют, как
правило, для генетических целей.
Необходимо иметь в виду и такие факты, как полифермент-
ность культуральных жидкостей или тканевых экстрактов, и з
которых предстоит выделить те или иные ферменты в индивиду
альном виде. Это особенно относится к гликансинтетазам и глика-
назам, что является своеобразным отражением разветвленности
углеводных полимеров (участие в синтезе более, чем одной синте-
тазы) и их полидисперсности (опосредованность действия генети
ческого кода на процесс синтеза полисахарида во время роста и
развития культуры клеток или ткани, то есть здесь имеет место
нематричный синтез углеводного полимера). В таких случаях це
лесообразно применить афинную хроматографию (от англ. affinity
— сродство).
Афинная хроматография основана на специфичности биомо
лекул. Принципиально этим методом возможно получение абсо
лютно чистых веществ. В нативном состоянии ферменты за счет
своего активного центра и регуляторного участка (одного или
более) взаимодействуют с небольшим числом лигандов, которые
представляют собой субстраты, либо эффекторы. Благодаря высо
кому сродству активного участка фермента к лиганду, их обрати
мому связыванию и отсутствию какой-либо другой реакции между
лигандом и матрицей возможно эффективное проведение афинной
хроматографии.
В качестве лиганда обычно используют конкурентный обрати
мый ингибитор (см.), его ковалентно сшивают с соответствующей
нерастворимой матрицей так, чтобы он не терял своей способности
связываться с ферментом. Матрицей с лигандом в соответствую
щем буферном растворе заполняют колонку, а затем через нее
пропускают раствор фермента, подлежащий очистке. В колонке
задерживается лишь специфический фермент, а все другие при
меси уходят. После этого проводят элюцию специфического фер
мента, используя раствор субстрата в среде с другим рН и (или)
ионной силой. При разделении ферментов методом афинной хро
матографии необходимо знать все кинетические параметры целе
вого фермента, располагать хорошей матрицей и удачно подобран
ным лигандом. В качестве примера приводим схему путей сшива
ния лиганда с одной из возможных гидроксильных групп полиса-
51
харида агарозы (или сефарозы) через удлиняющие мостики, на
пример диаминов типа H2N(CH2)XNH2 (х = 2 — 6) и е-аминокапро-
новой кислоты:
н,с—сн—сн,—сн,
3 | 2 2
£• - а м и н о к а п р о н о в а я кислота
агарозная матрица
,CNBryR(CH2).NH2 ч, CN Br/NHj(CH 2 ) x NH 2
^*" бромциан
янтарный а н г и д р и д / С О (NH2^2
О
I
C=NH
I
(сн 2 ) х
R
производные
изомочееины
R - ЛИГАНД
о 5?
0 Н-н H-0-C-R
"\N-3-23X
гн.лн Б Э / ' ^ ГА \ Aar JT^-NH-CO-R
^-O-NH-c-CHjOH » l-c-NHCC^-NHj
I
CHjOH
о сно сно
II I I
-C-NH-CH-CH-JCHJ^-CH-CH-ICHJ^-CHO
(сн 2)3 NH
I , I ,
ЛИГАНД
сно
Рис. 9. Схема иммобилизации лиганда с трисакрилом, активированным глутараль
дегидом.
В любом случае выделение и очистка ферментов — это наука,
граничащая с искусством. В самом деле, если химическая реакция
протекает с выходом 0,1% и с сотней побочных продуктов, то вряд
ли химик-органик проявит интерес к процессу получения (и, тем
более, очистки) целевого продукта. Но именно такие задачи встают
перед биотехнологами, желающими получить индивидуальный бе
лок. В работе с биологическим материалом необходимы и важны
знания предварительных характеристик по содержанию белка в
различных биообъектах (даже в органах и тканях одного и того же
вида животного). От этого зависит выбор материала, его предва
рительная подготовка для включения в технологический процесс.
Молекулы ферментов чувствительны к различным воздействи
ям, поэтому при их выделении и очистке требуется соблюдать
необходимые меры предосторожности: контролировать темпера
туру (нередко поддерживать ее близкой к точке замерзания ис
пользуемого растворителя), рН (как правило — с помощью буфер-
54
ных растворов), концентрацию белка, ионную силу раствора,
концентрацию ионов тяжелых металлов (удаляют их с помощью
комплексообразователей, например ЭДТА), значение окислитель
но-восстановительного потенциала (Ео), который должен поддер
живаться на низком уровне (например, с помощью меркаптоэта-
нола). Следует иметь в виду и тот факт, что многие белки в
разбавленных растворах проявляют склонность к денатурации —
устойчивость возрастает в присутствии их субстратов.
Из вспомогательных приемов очистки ферментов часто поль
зуются диализом, лиофилизацией, пропусканием растворов через
соответствующие молекулярные сита (гелевые, мембранные). В
качестве примера очистки гипотетического фермента приведена
таблица 5. Из данных в таблице обращают на себя внимание
сокращение объемов раствора, содержащего целевой продукт (в
200 раз), уменьшение содержания белка в 5 раз при заметном
возрастании активности фермента в 100 раз (в расчете на 1 мг
белка).
Т а б л и ц а 5. Сравнительная характеристика методов очистки фермента "X"
Экстракт белков -
сырец 200 2,5 100 100 100 1
Высаливание
аммония
сульфатом 80 1,25 200 160 80 4
Хроматография на
Д ЭАЭ-целлюло зе 20 1,0 500 500 37,5 12,5
Препаративный
электрофорез 5 1,0 1500 1500 37,5 37,5
Изо электрическое
осаждение 3 0,3 2000 6700 30 167
55
Суммарный выход достаточно высокий, а степень очистки
превосходная - в 250 раз. Но такие показатели далеко не типичны
для разных ферментов.
В качестве критериев чистоты ферментов используют данные
электрофореза, ультрацентрифугирования (седиментограмма), оп
ределения молекулярной массы различными методами, по раство
римости (кривые растворения), оценки полидисперсности с опре
делением специфической активности каждой фракции, хроматог-
рафирования на различных носителях и в нескольких системах,
аминокислотного состава (особенно — при обнаружении белковых
примесей), включая секвенирование (от англ. sequence — после
довательность) на автоматизированных приборах - секвенаторах,
и т. д.
В последние годы продолжает расти интерес к внеклеточным
ферментам микроорганизмов, поскольку микробы — продуценты
относительно легко культивируются в. контролируемых условиях
и подвергаются направленному изменению в сторону получения
высокопродуктивных вариантов.
У грамположитёльных бактерий экзоферменты топологически
могут быть строго внеклеточными (многие протеазы, гликозидазы
и др.) и локализованными с наружной стороны клеточной мемб
раны, например, ос-глюкозидаза у Вас. licheniformis (это можно
доказать при протопластировании клеток, когда ферменты пере
ходят в окружающую среду после удаления клеточной стенки).
Грибы в отношении секреции экзоферментов уподобляют грам-
положительным бактериям. У грамотрицательных бактерий экзо
ферменты дополнительно могут находиться в периплазматическом
пространстве. Казалось бы, что такие ферменты должны рассмат
риваться внутриклеточными, однако они достаточно легко осво
бождаются при осмотическом шоке или в результате протоп-
ластирования клеток.
Строго внеклеточных ферментов у грамположитёльных бакте
рий больше, чем у грамотрицательных, однако среди последних
имеются выраженные продуценты их (аэромонасы, псевдомонасы,
некоторые энтеробактерии и др.).
Каким же образом секретируемые белки транспортируются
через структуры клеточной оболочки?
В конце 70-х годов XX в. была предложена так называемая
сигнальная гипотеза (Г. Блобели др., 1979). Согласно этой гипотезе
56
секретируемый белок через ЫН2-конец удлиняется на 15—30
аминокислот, вкупе составляющих л и д е р н ы й , или с и г н а
л ь н ы й пептид, направляющий рибосому, из которой он
появляется, к мембране. В мембране лидерный пептид вместе с
другими мембранными белками формирует канал, стабилизирую
щийся при присоединении рибосомы. Рибосома синтезирует бе
лок, и он тут же экспортируется через пору. Этот механизм
называется котрансляционной секрецией. После частичного или
полного экспорта белка сигнальный пептид удаляется с помощью
специфической сигнальной эндопептидазы. Решающую роль в
секреции играет гидрофобная центральная часть сигнальной по
следовательности размером около 5,5 нм (от 15 до 19 аминокислот)
и находящаяся в высокоупорядоченной конформации. 1ЧН2-Конец
в составе гидрофильного домена (от англ. domain — регион,
область) присоединяется к отрицательно заряженной внутренней
поверхности цитоплазматической мембраны. В ходе трансляции
белка гидрофобный участок сигнальной последовательности по
степенно внедряется в мембрану до появления участка расщепле
ния в форме петли на ее внешней стороне. После этого сигнальная
эндопептидаза отщепляет сигнальную последовательность от рас
тущей цепи полипептида, способствуя тем самым котрансляцион
ной секреции белка (рис. 10).
К настоящему времени доказано, что котрансляционная секре
ция присуща прокариотам и эукариотам. Таким путем секретиру-
ются, например, а-амилаза у Bac.subtilis, Р-лактамаза у
Bac.licheniformis, экзотоксин у Corynebacterium diphtheriae.
После завершения котрансляционного транспорта рецептор-
ные белки мембраны освобождаются и могут функционировать в
плоскости мембраны.
У прокариот и эукариот имеется также другой тип секреции
—посттрансляционный, когда через мембрану транспортируется
завершенный белок. Механизм транспорта объясняется либо с
привлечением триггерной гипотезы У. Уикнера (1979), либо ранее
рассмотренной сигнальной гипотезы (рис. 11). Согласно обеим
гипотезам роль белка - предшественника, обладающего сигнальной
последовательностью, весьма велика. В первом случае эта после
довательность обеспечивает скручивание полипептида так, что
гидрофобные области его связываются с мембраной. Затем белок
может освобождаться из мембраны благодаря отделению сигналь-
57
11 2 3 4 5 6 4 1 2 4 7 8 7 8 7 7 9 8110 711717
в
сд
(7Ъ
WWTOW
м
ш
Рис. 10. А - экспорт белка через мембрану путем котрансляционной секреции
(1 —рибосомы, 2 — мембрана, 3 — пора в мембране, 4 — сигнальная последо
вательность, 5 — сигнальный пептид, 6 — рецептор сигнального пептида, 7 —
сайт действия сигнальной эндопептидазы, 8 — рецептор рибосомы); Б —
строение сигнального пептида белка lam В Escherichia coli (A — гидрофильный
сегмент, Б — гидрофобный сегмент, р-сайт расщепления; последовательность
а лнокислот: 1—метионин, 2 — изолейцин, 3 — треонин, 4 — лейцин, 5 —
аргинин, 6 — лизин, 7 — аланин, 8 — валин, 9 — глицин, 10 — серии, 11 —
глутамин, 12 — пролин); С — секреция белка через мембрану (М) по типу петли
(1 — NH2 - конец, 2 — гидрофобный участок, СП — сигнальная пептидаза).
58
нои последовательности за счет 5'^
эндопротеолиза. Во втором слу- j -Q---3-
чае сигнальная последователь
ность полной полипептидной це
пи вместе с рецепторными бел
ками мембраны формирует по
ры. Белок развертывается и про
исходит перемещение (трансло
кация), сопровождаемая удале
нием сигнальной последователь
ности.
Для эукариот доказано, что
их эндоплазматический ретику-
лум содержит для работающей Рис. 11. Схема посттрансляционного
рибосомы своеобразные "при транспорта белков через мембрану со
чальные белки", к которым при гласно "триггерной гипотезе" по Уикне-
соединяется комплекс рибосомы ру (1979) — I и "сигнальной гипотезе" по
Блобелу и др. (1979) — И.
с частицей, узнающей сигналь
ную последовательность. Частица включает шесть полипептидных
цепей и небольшую молекулу РНК с константой седиментации 7S.
Причаливание рибосомы с частицей индуцирует трансляцию при
последующей секреции растущего белка (рис. 12) до момента
появления сигнального пептида из рибосомы, когда происходит
блокада трансляции.
На основе рассмотренной
"сигнальной гипотезы" мож
но сформулировать следую 'W
щие основные положения:
1) процесс экспорта бел
ков эволюционно консерва I П
тивен (прокариотические Рис. 12. Начальные этапы векторного пере
клетки узнают сигнальную носа белков в эукариотических клетках: I —
последовательность эукариот блокирование трансляции, II — снятие блока
трансляции после "причаливания" рибосомы
и наоборот); — 1, сигнальная последовательность — 2;
2) в мембране существует частица, узнающая сигнал — 3, "причаль
некий механизм экспорта, ный" белок — 4, мембрана — 5, сигнальный
пептид — 6.
или аппарат секреции;
3) свободные рибосомы в
цитоплазме клетки и рибосомы, связанные с мембраной, не раз
личаются между собой;
59
4) у эукариот на эндоплазматическом ретикулуме имеются так
называемые причальные белки для функционирующих рибосом,
соединенных с частицами, узнающими сигнальную последователь
ность;
5) секретируемые белки синтезируются обычно в форме более
длинного предшественника;
6) белки, как правило, секретируются котрансляционно (реже
— посттрансляционно), то есть растущий полипептид переносится
через мембрану по мере трансляции;
7) в структуре подлежащего секреции белка может существо
вать "стоп"-последовательность, останавливающая секрецию и да
ющая начало интегральному мембранному белку.
Следует вспомнить, что молекулярные массы (ММ) ферментов
достаточно большие и находятся в пределах примерно от 12 до
нескольких тысяч килодальтон (кДа). Ферменты с ММ более 100
кДа обычно представлены субъединицами (двумя и более).
Нелегко себе вообразить, например, что кишечная палочка,
размножающаяся в течение 20—30 минут, реализует множество
направленных и строго избирательных биокаталитических процес
сов. Прямыми и косвенными доказательствами в опытах с фер
ментом трансаминазой аспарагиновой кислоты установлено, что
отдельные стадии каталитической реакции протекают в простран
стве около нескольких сотен кубических миллимикрометров (нм)
за время от десятитысячных до миллионных долей секунды.
Для того, чтобы управлять действием ферментов, необходимы
фундаментальные исследования по расшифровке молекулярных
основ ферментативного катализа. Многое уже сделано в данном
направлении, но это лишь начало, а желательно знать как можно
больше о всех группах ферментов.
Согласно классификации (КФ) ферменты подразделяются на
шесть главных классов, каждый из которых включает подклассы
и подподклассы:
I. Оксидоредуктазы (КФ1.) — катализируют окислительно:вос-
становительные реакции;
II. Трансферазы (КФ2.) — катализируют реакции переноса
функциональных групп (фосфатных, ацильных, гликозильных, аль
дегидных и др.);
III. Гидролазы (КФЗ.) — катализируют реакции гидролиза
60
(перенос функциональных групп на молекулу воды);
IV. Лиазы (КФ4.) — катализируют реакции присоединения по
двойным связям и обратные реакции;
V. Изомеразы (КФ5.) — катализируют реакции изомеризации,
то есть перенос групп внутри молекулы с образованием изомерных
форм;
VI. Лигазы (КФ6.) — катализируют реакции образования связей
С — С, С — S, С — О и С — N, сопряженных с расходованием
энергии АТФ или других нуклеозидтрифосфатов.
Подкласс и подподкласс ферментов соответственно обозначают
вторым и третьим числами; порядковый номер фермента - четвер
тым числом в его подподклассе. Например, бетаин-гомоцистеин-
метилтрансфераза имеет кодовый номер (шифр) — КФ 2.1.1.5, то
есть согласно классификации (КФ) этот фермент относится к
трансферазам (И-й главный класс), переносящим одноуглеродные
остатки (первый подкласс) в форме метила — метилтрансферазы
(первый подподкласс), номер конкретного фермента 5 (бетаин:
L-гомоцистеин S-метилтрансфераза), катализируемая реакция
здесь следующая:
соог сн,—SH соон сн,—s—сн,
I . I *-. I Г
CH2-N + ==(CH3) 3 + CHj """"""Ч CH2-N = (CH3) + 0 ¾
. НС—NH, CH-NKj
6етаин
I диметипгпицин I
соон соон
L-гомоцистеин L- метионим
Металлобиомол
Изрмер§зы^_сицтетазы
63
своей не являются металлоферментами. Их следует называть ме-
таллоактивйрованными ферментами.
Можно утверждать, что в металлоферментах ионы металлов
выполняют и каталитическую и структурную роли, тогда как в
металлоактивированных ферментах — преимущественно катали
тическую. Тем не менее металлы в качестве коферментов и
кофакторов в какой-то части сходны в своих функциональных
проявлениях. Для металлоактивированных ферментов возможны
4 схемы трехчленных комплексов, участниками которых являются
фермент (Ф), субстрат (С) и металл (М) в стехиометрическом
соотношении 1:1:1.
М
1) Ф—С—М, 2) Ф—М—С, 3) М—Ф—С, 4) Ф <^ [
С
В первой схеме мостиковое положение занимает субстрат, во
второй — металл, в третьей — фермент и в четвертой — металл в
циклическом комплексе. Металлоферменты, например, не форми
руют комплекс Ф—С—М, так как при очистке они выявляются в
форме Ф—М.
Металлоферментами являются так называемые геминовые
ферменты (каталаза, пероксидаза, цитохромоксидаза), в составе
которых имеется простетическая железопорфириновая группи
ровка, или гем; трансферазы, у которых коферментная форма
витамина Вп представлена 5'-дезоксиаденозилкобаламином.
СОСг
66
фактор, восстанавливающий 0(¾
. Ф1 с Ф2 _ ФЗ г Ф4 .
А >Б *В >Г >Д