инженерии. • Цель и методы генной инженерии. • Рекомбинантные микроорганизмы. • Методы переноса генов в клетки. • Получение генетически модифицированных объектов. История становления генной инженерии. Краткий экскурс
• На протяжении многих лет главным классом
макромолекул считали белки. Существовало даже предположение, что гены имеют белковую природу. • В 1944 году Эйвери, Мак Леод и Мак Карти показали, что носителем наследственной информации является ДНК. • Начинается интенсивное изучение нуклеиновых кислот. • Начинается интенсивное изучение нуклеиновых кислот. • На рубеже 50-60-х годов были выяснены свойства генетического кода, а к концу 60-х годов его универсальность была подтверждена экспериментально. • Интенсивное развитие молекулярной генетики, объектами которой стали кишечная палочка (E. Coli), ее вирусы и плазмиды. • Были разработаны методы выделения высокоочищенных препаратов неповрежденных молекул ДНК, плазмид и вирусов. • Разработаны методы введения ДНК вирусов и плазмид в клетки в биологически активной форме, обеспечивая ее репликацию и экспрессию соответствующих генов. • В 70-х годах был открыт ряд ферментов, катализирующих реакции превращения ДНК. • Особая роль в развитии методов генной инженерии принадлежит рестриктазам и ДНК-лигазам. Историю развития генетической инженерии можно условно разделить на три этапа: • Доказательство принципиальной возможности получения рекомбинантных молекул ДНК in vitro. Эти работы касаются получения гибридов между различными плазмидами. Была доказана возможность создания рекомбинантных молекул с использованием исходных молекул ДНК из различных видов и штаммов бактерий, их жизнеспособность, стабильность и функционирование. • Начаты работы по получению рекомбинантных молекул ДНК между хромосомными генами прокариот и различными плазмидами, и доказательству их стабильности и жизнеспособности. • Начало работ по включению в векторные молекулы ДНК (ДНК, используемые для переноса генов и способные встраиваться в генетический аппарат клетки-реципиента) генов эукариот, главным образом, животных. • Формально датой рождения генетической инженерии следует считать 1972 год, когда в Стенфордском университете П. Берг и С. Коэн с сотрудниками создали первую рекомбинантную ДНК, содержавшую фрагменты ДНК вируса SV40, бактериофага и E. coli. 2. Цель и методы генной инженерии
• Генная инженерия - это сумма
методов, позволяющих переносить гены из одного организма в другой, или - это технология направленного конструирования новых биологических объектов. Цель прикладной генетической инженерии заключается в конструировании таких рекомбинантных молекул ДНК, которые при внедрении в генетический аппарат реципиента придавали бы организму свойства, полезные для человека. В настоящее время кишечная палочка (E. coli) стала поставщиком таких важных гормонов как инсулин и соматотропин. • Инсулин -Для получения 100г кристаллического инсулина требуется 800-1000кг поджелудочной железы, а одна железа коровы весит 200-250грамм. Это делало инсулин дорогим и труднодоступным для широкого круга диабетиков. • E. coli –продуценты инсулина . Показано, что не содержит белков E. coli, эндотоксинов и других примесей, не дает побочных эффектов, как инсулин животных, а по биологической активности от него не отличается. Соматотропин - гормон роста человека, секретируемый гипофизом
• Недостаток этого гормона приводит к гипофизарной
карликовости. Если вводить соматотропин в дозах 10 мг на 1 кг веса три раза в неделю, то за год ребенок, страдающий от его недостатка, может подрасти на 6 см. • Ранее его получали из трупного материала, из одного трупа: 4 - 6 мг соматотропина в пересчете на конечный фармацевтический препарат. Доступные количества гормона были ограничены, кроме того, гормон, получаемый этим способом, был неоднороден и мог содержать медленно развивающиеся вирусы. Технология рекомбинантных ДНК использует следующие методы:
• специфическое расщепление ДНК
рестрицирующими нуклеазами, ускоряющее выделение и манипуляции с отдельными генами; • быстрое секвенирование всех нуклеотидов очищенном фрагменте ДНК, что позволяет определить границы гена и аминокислотную последовательность, кодируемую им; • конструирование рекомбинантной ДНК; • гибридизация нуклеиновых кислот, позволяющая выявлять специфические последовательности РНК или ДНК с большей точностью и чувствительностью; • клонирование ДНК: амплификация in vitro с помощью полимеразной цепной реакции или введение фрагмента ДНК в бактериальную клетку, которая после такой трансформации воспроизводит этот фрагмент в миллионах копий; • введение рекомбинантной ДНК в клетки или организмы. 3. Рекомбинантные микроорганизмы • Основным объектом монипуляций генной инженерии служат гены, т.е фрагменты ДНК, являющиеся функциональной единицей наследственности, кодирующей, как правило, отдельный белок. • С молекулярной точки зрения ген представляет собой специфическую нуклеотидную последовательность, транскрибируемую в РНК. Кодирующая последовательность снабжена генетическими элементами, необходимыми для начала правильной транскрипции (промотор) и для образования правильной 3´- 5´- концевой регуляторной последовательности. • Процесс реализации генетической информации, закодированной в структуре ДНК, на уровне РНК и белков называют экспрессией генов. • Транскрипция – синтез молекул РНК на ДНК- или РНК- матрице, осуществляемый РНК – зависимой или ДНК- зависимой РНК- полимеразой. • Промотор – Цис –(действующая) активная последовательность ДНК длиной 80-120 п.о., расположенная перед сайтом инициации гена, с которым может связываться РНК-полимераза и инициировать транскрипцию. • Терминатор – специфическая область ДНК (последовательность в опероне), ответственная за прекращение (терминацию) синтеза иРНК. Перенос плазмид у бактерий • У бактерий генетическая информация заключена в одной большой молекуле ДНК – хромосоме бактерии. Поскольку бактерии размножаются бесполым путем, эта генетическая информация на протяжении многих поколений остается в значительной степени неизменной. В бактериальной клетке имеются, помимо главной ее хромосомы, еще и небольшие кольцевые сегменты ДНК. Эти молекулы ДНК, - плазмиды, часто несут в себе гены, ответственные за устойчивость к антибиотикам. Плазмида pJET1,2 от Fermentas
• верхнем правом углу - сайты
рестрикции • . Rep – участок отвечающий за репликацию (размножение) плазмиды в клетке • а Ap – репортерный ген устойчивости к антибиотику – ампициллину. Культура трансгенных бактерий
• тестируем на содержание bl1
методом ПЦР • Бактерии растут очень быстро и теперь плазмиду с геном можно выделить из них в любой момент в нужном количестве. • Чтобы последовательность гена работала в клетке, с нее должна прочитываться мРНК (а с нее — белок), необходимо наличие промотора. • Сигнальная последовательность для синтеза мРНК называется промотор. • Промоторы есть у всех генов и они отвечают за то, в каких условиях должен синтезироваться ген, однако определенные промоторы работают только в определенных организмах. Так, бактериальные промоторы не работают у растений и наоборот, растительные – в бактериях. Готовая плазмида, содержащая промотор и имеющая место для вставки гена. выделяем плазмиду со вставкой из культуры бактерий и вырезаем оттуда ген.
• Вырезание производится с помощью ферментов-
рестриктаз (просто к раствору плазмидной ДНК добавляем фермент и буфер для работы фермента). По бокам от встроенного нами гена в плазмиде содержатся участки ДНК (сайты рестрикции), которые ими узнаются и происходит разрезание. • Необходимо выбирать те рестриктазы, которые будут резать только в одном месте, не разрезая сам ген (определенная рестриктаза всегда узнает определенный сайт, который состоит обычно из 6 определенных нуклеотидов). Рестриктаза EcoR1 всегда разрежет ДНК если обнаружит в ней последовательность G'AATTC, причем резать будет и одну цепь и вторую. Разрезаем купленную плазмиду с промотором и смешиваем ее с вырезанным геном. Добавляем лигазы – имеем сшитую последовательность, где у нас имеется промотор 35S и ген bl1. Плазмида с промотором, геном, маркёрами и другими служебными частями называется “плазмидой для экспрессии”. Ее уже можно использовать для получения трансгенных растений и животных. Соединение разных плазмид
• Плазмиды можно разрезать, фрагменты
сращивать друг с другом, а затем такие комбинированные плазмиды вводить в клетки. Можно соединять фрагменты ДНК одного и того же вида или же разных видов. • Плазмиды из штамма E. coli, устойчивого к тетрациклину, и плазмиды из штамма, устойчивого к другому антибиотику, каномицину, можно соединить и получить штамм E. coli, устойчивый к обоим антибиотикам. Эксперименты с двумя видами • Плазмиды другого вида бактерий, например Staphylococcus aureus (золотистого стафилококка), сами по себе не способны размножаться в клетках E. coli. Однако в них могут размножаться гибридные плазмиды, составленные искусственным путем из куска плазмиды S. aureus и фрагмента плазмиды E. coli. • Этот эксперимент, в котором был осуществлен перенос генетической информации между неродственными организмами, позволил предположить, что в клетки бактерии можно вводить молекулы ДНК и высших организмов и что они будут в этих клетках реплицироваться (копироваться). • Плазмиды из штамма E. coli, устойчивого к тетрациклину, и плазмиды из штамма, устойчивого к другому антибиотику, каномицину, можно соединить и получить штамм E. coli, устойчивый к обоим антибиотикам. • вектор - циклическая дезоксиполинуклеотидная молекула, содержащая сигналы репликации и транскрипции. Сочетание генов и векторов дает рекомбинантную молекулу ДНК. Примеры векторов для E.coli Векторы Количество Размер, т.п.н. копий Плазмидные векторы клонирования: - pBR 322 40-50 4,4 - pACY 184 До 20 4,0 Специализированные емкие векторы клонирования: - λCharon 4A 100-200 41,8 - космида pHC 79 До 20 6,4 Плазмидные векторы для экспрес сии генов: - p trp EDS-1 40-50 6,7 Процесс конструирования рекомбинантных ДНК предпологает существование следующих представлений и методических приемов:
• четких представлений о молекулярных
структурах и механизмах функционирования генов, подлежащих клонированию; • способов выделения этих генов из живых объектов или их химического синтеза; • методических возможностей сшить нужные гены нужные гены в определенной последовательности с выполнением правил, обеспечивающих эффективную экспрессию (транскрипцию и трансляцию); • методов введения рекомбинантных ДНК в реципиентный организм и создания таких условий, при которых рекомбинантная ДНК стабильно сохранялась бы и функционировала в организме продолжительное время. Методы переноса генов в клетки растений • Растительные клетки не содержат плазмид, поэтому для переноса генов в растения в качестве трансформирующих векторов в основном, используют рекомбинантные векторы на основе TI-плазмиды почвенной бактерии Аgrobacterium tumefacience. Ti-плазмиды содержат разнообразные уникальные гены. Одна часть этих генов экспрессируется исключительно в бактериальных клетках, другая в эукариотических. • Поврежденные клетки растения с нарушенной клеточной стенкой выделяют специфические фенольные соединения, которые служат индукторами инфекционного процесса у агробактерий. После прикрепления агробактерий к растительной клетке и активации механизма переноса с помощью пока еще неизвестного механизма, который, возможно, аналогичен процессу бактериальной конъюгации, т-ДНК переносит в растительную клетку и интегрируется в геном растения. Существует два типа векторов на основе Ti-плазмид.
• Бинарный (челночный) вектор
содержит два ori для репликации плазмиды в клетках агробактерий и E.coli, однако лишен vir – функций. Благодаря действию vir – генов в трансположении, тДНК может быть перенесена в клетки растений. • Коинтегрированный вектор может существовать только в клетках E.coli, но имеет области гомологии с неонкогенной Ti-плазмидой. После перенесения коинтегрированного вектора в агробактериальный штамм он практически полностью встраивается в Ti-плазмиду. В данной конфигурации чужеродный ген в составе Т-ДНК также может быть перенесен в растительные клетки. Рекомбинантные векторы на основе Ti- плазмид являются не онкогенными, т.к. лишены последовательностей, кодирующих ферменты опухолевой трансформации. На место этих генов встраивается чужеродный ген который нужно перенести в растение, и селективный маркер для отбора трансформантов. • Для прямого переноса генов в растительные клетки в основном используются растительные протопласты. Обработка растительной клетки целлюлозами или пектиназами приводит к гидролизу жесткой клеточной стенки и в результате остается протопласт, окруженный только плазматической мембраной, проницаемой для ДНК. После трансформации протопласты восстанавливают клеточную стенку и затем из них также возможно регенерировать целые растения. Бомбардировка микрочастицами (биолистика) – второй по популярности метод трансформации растений и основной в случае трансформации однодольных растений. • Для проведения трансформации частицы золота или вольфрама диаметром 0,4-1,2 мкм покрывают плазмидной ДНК и «выстреливают» ими в клетки из «пушки», приводимой в действие пороховым зарядом, сжатым воздухом или гелием. При этом частицы разгоняются до скорости 300-600 м/с и пробивают клеточную стенку и мембраны клетки. Попав в клетку, генетический материал, нанесенный на частицы, интегрируется в растительную ДНК. Конструирование векторов для растений с использованием фитовирусов • Вирусные векторы чаще используют для получения в клетках растений ценных рекомбинантных белков нерастительного происхождения. Чужеродные гены встраивают в геном вируса путем слияния с вирусными генами или замены их части. Вирусная ДНК не встраивается в геном растительной клетки, однако, целевой белок нарабатывается в больших количествах в клетках, инфицированных вирусом. Такая экспрессия носит название транзитной (временной). Создание трансгенных животный Трансгенные козлята Микроинъекция генной конструкции