Spis treści

CZĘŚĆ I: Budowa i funkcja białek

Rozdział 1: Aminokwasy�����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������1
Rozdział 2: Struktura białek���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������15
Rozdział 3:   Białka globularne �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������29
Rozdział 4:   Białka fibrylarne �������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������49
Rozdział 5:  Enzymy�����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������61

CZĘŚĆ II: Bioenergetyka i metabolizm weglowodanów

Rozdział 6:   Bioenergetyka i fosforylacja oksydacyjna�����������������������������������������������������������������������������������79
Rozdział 7:   Wprowadzenie do węglowodanów�����������������������������������������������������������������������������������������������95
Rozdział 8:   Wprowadzenie do metabolizmu i proces glikolizy�������������������������������������������������������������������105
Rozdział 9:   Cykl kwasów trikarboksylowych i kompleks dehydrogenazy pirogronianowej������������������125
Rozdział 10: Glukoneogeneza ���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������135
Rozdział 11: Metabolizm glikogenu�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������145
Rozdział 12: Metabolizm monosacharydów i disacharydów������������������������������������������������������������������������159
Rozdział 13: Szlak pentozofosforanowy i fosforan dinukleotydu nikotynamidoadeninowego���������������169
Rozdział 14: Glikozoaminoglikany, proteoglikany i glikoproteiny�����������������������������������������������������������������183

CZĘŚĆ III: Metabolizm lipidów

Rozdział 15: Metabolizm lipidów pokarmowych���������������������������������������������������������������������������������������������201
Rozdział 16: Metabolizm kwasów tłuszczowych, triacylogliceroli i ciał ketonowych�������������������������������211
Rozdział 17: Metabolizm fosfolipidów, glikolipidów i eikozanoidów �����������������������������������������������������������235
Rozdział 18: Cholesterol, lipoproteiny i metabolizm steroidów �������������������������������������������������������������������255

CZĘŚĆ IV: Metabolizm azotu

Rozdział 19: Aminokwasy: usuwanie azotu�����������������������������������������������������������������������������������������������������283
Rozdział 20: Aminokwasy: rozpad i synteza ���������������������������������������������������������������������������������������������������301
Rozdział 21: Aminokwasy: Przemiana w wyspecjalizowane produkty�������������������������������������������������������319
Rozdział 22: Metabolizm nukleotydów �������������������������������������������������������������������������������������������������������������335

CZĘŚĆ V: Integracja metabolizmu

Rozdział 23: Metaboliczne efekty insuliny i glukagonu ���������������������������������������������������������������������������������353
Rozdział 24: Cykl stan sytości ‒ stan głodzenia���������������������������������������������������������������������������������������������369
Rozdział 25: Cukrzyca �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������387
Rozdział 26: Otyłość���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������401
viii Spis treści 

CZĘŚĆ VI: Medyczne aspekty żywienia

Rozdział 27: Żywienie: omówienie i makroskładniki odżywcze�������������������������������������������������������������������411
Rozdział 28: Mikroskładniki odżywcze: witaminy�������������������������������������������������������������������������������������������435
Rozdział 29: Składniki odżywcze: minerały�����������������������������������������������������������������������������������������������������461

CZĘŚĆ VII: Magazynowanie i ekspresja informacji genetycznej

Rozdział 30: Struktura, replikacja i naprawa DNA �����������������������������������������������������������������������������������������465
Rozdział 31: Struktura, synteza i obróbka RNA�����������������������������������������������������������������������������������������������499
Rozdział 32: Synteza białka �������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������515
Rozdział 33: Regulacja ekspresji genu�������������������������������������������������������������������������������������������������������������535
Rozdział 34: Biotechnologia a choroby człowieka �����������������������������������������������������������������������������������������553

ZAŁĄCZNIK Przypadki kliniczne�����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������581

Index����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� xx
Figure Sources����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� xx
 CZĘŚĆ I:
Budowa i funkcja białek

Aminokwasy 1
I. WPROWADZENIE
Wolny aminokwas
Białka są najliczniejszymi i najbardziej zróżnicowanymi funkcjonalnie A w pH fizjologicznym
cząsteczkami w układach żywych. Właściwie każdy proces życiowy jest
uzależniony od tej grupy makrocząsteczek. Na przykład enzymy i hor- Wspólne dla wszystkich
α-aminokwasów
mony polipeptydowe regulują metabolizm ustrojowy, podczas gdy białka
kurczliwe w mięśniach warunkują ruch. W kościach białko kolagenowe
tworzy zrąb do odkładania kryształów fosforanu wapnia, działając jak
CO
C O–
COO
pręty stalowe w zbrojonym betonie. W krwiobiegu takie białka, jak hemo- Grupa
+H N
globina i albumina, przenoszą cząsteczki niezbędne do życia, natomiast
3 Cαa H karboksylowa
immunoglobuliny zwalczają zakaźne bakterie i wirusy. Krótko mówiąc,
Grupa
białka przedstawiają ogromne zróżnicowanie funkcji, ale wszystkie mają aminowa R
wspólną cechę strukturalną, będąc liniowymi polikondensatami amino-
kwasów. W tym rozdziale opisano właściwości aminokwasów. W roz-
dziale 2 wyjaśniono, jak te proste elementy są połączone, tworząc białka,
Łańcuch boczny Węgiel α jest między
posiadające unikatowe trójwymiarowe struktury, dzięki którym są zdolne charakterystyczny grupą aminową,
do pełnienia specyficznych funkcji biologicznych. dla każdego karboksylową
aminokwasu. i grupą R.

II. STRUKTURA B Aminokwasy połączone

wiązaniami peptydowymi
Mimo że w przyrodzie opisano ponad 300 różnych aminokwasów, tylko
20 występuje powszechnie jako składniki białek ssaków. [Uwaga: Te NH-CH-CO-NH-CH-CO
podstawowe aminokwasy (kanoniczne) są jedynymi kodowanymi gene-
tycznie (przez 64 kodony, czyli jednostki w sekwencji mRNA składają- R R
cej się z trzech nukleotydów). Niestandardowe aminokwasy są tworzone
w wyniku chemicznych modyfikacji aminokwasów podstawowych (zob.
s. 51).] Każdy aminokwas ma grupę karboksylową, pierwszorzędową Łańcuchy boczne
grupę aminową (z wyjątkiem proliny, która ma drugorzędową grupę ami- określają właściwości białek.
nową) i charakterystyczny łańcuch boczny (grupę R) przy atomie węgla α.
W fizjologicznym pH (około 7,4) grupa karboksylowa jest zdysocjowana,
Rycina 1.1
tworząc ujemnie naładowany jon karboksylowy (–COO-), a grupa ami-
A, B. Cechy strukturalne
nowa ulega protonowaniu (–NH3+) (ryc. 1.1A). W białkach prawie wszyst- aminokwasów.
kie te grupy aminowe i karboksylowe są połączone za pomocą wiązania
peptydowego i ogólnie rzecz biorąc nie są dostępne dla reakcji chemicz-

1
2 1. Aminokwasy

nej, z wyjątkiem tworzenia wiązań wodorowych (ryc. 1.1B). W związku

z tym, to charakter łańcuchów bocznych ostatecznie decyduje o roli, jaką
aminokwas odgrywa w białku. Dlatego ze względów praktycznych istotne
jest klasyfikowanie aminokwasów ze względu na właściwości ich łańcu-
chów bocznych, tzn. czy są one niepolarne (mają równomierny rozkład
elektronów) czy polarne (mają nierównomierny rozkład elektronów, tak
jak kwasy i zasady), jak pokazano na rycinach 1.2 i 1.3.

A. Aminokwasy z niepolarnymi łańcuchami bocznymi

Każdy z tych aminokwasów ma niepolarny łańcuch boczny, który nie
zyskuje i nie traci protonów, ani też nie uczestniczy w tworzeniu wią-
zań wodorowych lub jonowych (zob. ryc. 1.2). Łańcuchy boczne tych
aminokwasów mogą być traktowane jako lipofilowe, czyli hydrofo-
bowe, o właściwości, która promuje oddziaływania hydrofobowe (zob.
ryc. 2.10, s. 21).

NIEPOLARNE ŁAŃCUCHY BOCZNE

COOH pK1 = 2.3 COOH COOH

+ + +H
H 3N C H H 3N C H 3N C H
H CH3 CH
pK2 = 9.6 H3C CH3

Glicyna Alanina Walina

COOH COOH COOH

+H +
3N C H H 3N C H +
H 3N C H
CH2 H C CH3 CH2
CH CH2
H3C CH3 CH3

Leucyna Izoleucyna Fenyloalanina

COOH COOH
+H
3N C H +
H 3N C H COOH
CH2 +H
CH2 2N C H
C CH2 H2C CH2
CH2
CH S
N
H CH3

Tryptofan Metionina Prolina

Rycina 1.2
Klasyfikacja 20 standardowych aminokwasów, według ładunku i polarności ich łańcuchów bocznych
w kwaśnym pH, została przedstawiona tutaj i na rycinie 1.3. Każdy aminokwas jest pokazany
w całkowicie uprotonowanej formie, z kationami wodorowymi, zaznaczonymi kolorem. Wartości pK dla
grup α-karboksylowych i α-aminowych aminokwasów niepolarnych są podobne do wartości dla glicyny.
II. Struktura3

POLARNE ŁAŃCUCHY BOCZNE BEZ ŁADUNKU

COOH pK1 = 2.2

+H C
3N H
COOH COOH
CH2
+H +H
3N C H 3N C H pK2 = 9.1
H C OH H C OH
H CH3
OH pK3 = 10.1

Seryna Treonina Tyrozyna

COOH COOH
+H
3N C H +H
3N C H COOH pK1 = 1.7
+
CH2 CH2 H3N C H
C CH2 CH2
O NH2 C pK3 = 10.8 SH pK2 = 8.3
O NH2

Asparagina Glutamina Cysteina

KWASOWE ŁAŃCUCHY BOCZNE

pK1 = 2.1

COOH COOH
+ +
pK3 = 9.8 H3N C H pK3 = 9.7 H 3N C H
CH2 CH2
C CH2
O OH pK2 = 3.9
C
O OH pK2 = 4.3

Kwas asparaginowy Kwas glutaminowy

ZASADOWE ŁAŃCUCHY BOCZNE

pK1 = 1.8 pK1 = 2.2

pK3 = 9.2 pK2 = 9.2

pK2 = 9.0
COOH COOH COOH
+H +H +H
3N C H 3N C H 3N C H
CH2 CH2 CH2
C CH CH2 CH2
+H N NH CH2 CH2
C
H CH2 N H
pK2 = 6.0 NH3+ pK3 = 10.5 C NH2+ pK3 = 12.5

NH2

Histydyna Lizyna Arginina

Rycina 1.3
Klasyfikacja 20 aminokwasów powszechnie spotykanych w białkach, według ładunku i polarności ich
łańcuchów bocznych w kwaśnym pH (kontynuacja ryc. 1.2). [Uwaga: W pH fizjologicznym (7.35 do 7.45)
grupy α-karboksylowe, kwasowe łańcuchy boczne i łańcuch boczny wolnej histydyny są pozbawione
protonów].
4 1. Aminokwasy

1. Lokalizacja w białkach: W białkach obecnych w roztworach

Skupisko aminokwa- Skupisko aminokwasów wodnych (środowisko polarne), łańcuchy boczne aminokwasów
sów niepolarnych ( ) niepolarnych ( ) na
we wnętrzu białek powierzchni białek niepolarnych mają tendencję do skupiania się razem we wnętrzu
rozpuszczalnych. błonowych. białka (ryc. 1.4). Zjawisko to, znane jako efekt hydrofobowy, jest
wynikiem hydrofobowości niepolarnych grup R, które działają
podobnie jak kropelki oleju, zlewające się w środowisku wodnym.
Niepolarne grupy R wypełniają w ten sposób wnętrze zwiniętego
białka, wspomagając nadawanie mu trójwymiarowego kształtu.
Błona Dla białek jednak, które znajdują się w środowisku hydrofobowym,
komórkowa
takim jak błony biologiczne, niepolarne grupy R znajdują się na
zewnętrznej powierzchni białka, oddziałując z otoczeniem lipidów
Skupisko aminokwa- (zob. ryc. 1.4). Znaczenie tych hydrofobowych oddziaływań w sta-
sów polarnych ( ) na bilizowaniu struktury białka jest omówione na s. 22.
powierzchni białek
rozpuszczalnych.
Białko rozpuszczalne Białko błonowe Niedokrwistość sierpowata, choroba krwinek czerwonych,
która sprawia, że przybierają kształt sierpowaty zamiast
Rycina 1.4 dyskowego, wynika z podstawienia polarnego glutaminianu
Rozmieszczenie aminokwasów przez niepolarną walinę w pozycji szóstej podjednostki β
niepolarnych w białkach hemoglobiny A (zob. s. 40).
rozpuszczalnych i błonowych.
2. Prolina: Prolina różni się od innych aminokwasów tym, że jej łań-
Drugorzędowa Pierwszorzędowa cuch boczny i azot grupy α-aminowej tworzą sztywną strukturę
grupa aminowa grupa aminowa pięcioczłonowego pierścienia (ryc. 1.5). Prolina ma więc raczej
drugorzędową (a nie pierwszorzędową) grupę aminową. Często
COOH COOH określa się ją mianem „iminokwasu”. Unikatowa geometria proliny
+H N
2 C H +H N C H
przyczynia się do tworzenia włókienkowatej struktury kolagenu
3
H2C CH2
(zob. s. 51), chociaż deformuje α-spirale obecne w białkach globu-
CH3
CH2 larnych (zob. s. 18).
Prolina Alanina
B. Aminokwasy z polarnymi łańcuchami bocznymi pozbawionymi
Rycina 1.5 ładunku
Porównanie drugorzędowej grupy Aminokwasy te mają zerowy ładunek netto w obojętnym pH, chociaż
aminowej obecnej w prolinie łańcuchy boczne cysteiny i tyrozyny mogą tracić proton w zasadowym
z pierwszorzędową grupą aminową
obecną w innych aminokwasach, pH (zob. ryc. 1.3). Seryna, treonina i tyrozyna posiadają polarną grupę
takich jak alanina. hydroksylową, która może brać udział w tworzeniu wiązania wodoro-
wego (ryc. 1.6). Łańcuchy boczne asparaginy i glutaminy zawierają
grupę karbonylową i grupę amidową, i obie mogą także uczestniczyć
COOH w tworzeniu wiązania wodorowego.
+H N
3 C H
CH2 1. Wiązanie disiarczkowe: Łańcuch boczny cysteiny zawiera grupę
sulfhydrylową (tiolową, –SH), która jest ważnym składnikiem miej-
Tyrozyna sca aktywnego wielu enzymów. W białkach, grupy –SH dwóch
reszt cysteiny mogą zostać utlenione, tworząc kowalencyjne wią-
O zanie sieciujące, zwane wiązaniem disiarczkowym (disulfidowym)
H (–S–S–). Dwie reszty cysteiny połączone wiązaniem disiarczkowym
Wiązanie są nazywane cystyną. (Zob. s. 22, gdzie szerzej przedyskutowano
wodorowe
Grupa O tworzenie wiązania disiarczkowego).
karbonylowa C

Wiele białek zewnątrzkomórkowych jest stabilizowanych

Rycina 1.6
wiązaniami disiarczkowymi. Przykładem jest albumina,
Wiązanie wodorowe pomiędzy białko krwi, które funkcjonuje jako transporter różnych
fenolową grupą hydroksylową
cząsteczek.
tyrozyny i inną cząsteczką
posiadającą grupę karbonylową.
II. Struktura5

2. Łańcuchy boczne jako miejsca przyłączenia różnych związ- 1 Niepowtarzająca się pierwsza litera
ków: Polarne grupy hydroksylowe seryny, treoniny i (rzadziej) 1 Niepowtarzająca
Cysteina =
się pierwsza litera
Cys = C
tyrozyny mogą służyć jako miejsce przyłączenia struktur takich jak Hysteina
istydyna = His = H
C = Cys = C
grupy fosforanowe. Ponadto grupa amidowa asparaginy, jak też Izoleucyna = Ile = IH
Histydyna = His =
grupa hydroksylowa seryny lub treoniny, mogą służyć jako miejsce Metionina
Izoleucyna =
= Met
Ile =
= IM
przyłączenia łańcuchów oligosacharydowych w glikoproteinach Seryna
Metionina =
= Ser
Met =
= SM
(zob. s. 191). V alina
Seryna =
= Val
Ser =
= V
S
V alina = Val = V

C. Aminokwasy z kwasowymi łańcuchami bocznymi 2 Najczęściej występujące

Aminokwasy, kwas asparaginowy i kwas glutaminowy są donorami
2 Najczęściej
aminokwasywystępujące
mają priorytet:
aminokwasy mają priorytet:
Alanina = Ala = A
protonów. W fizjologicznym pH łańcuchy boczne tych aminokwasów Glicyna
Alanina =
= Gly
Ala =
= G
A
Leucyna = Leu = L
są całkowicie zjonizowane z ujemnie naładowaną grupą karboksylową Glicyna = Gly = G
Prolina = Pro = P
(–COO-). Całkowicie zjonizowane formy są nazywane asparaginianem Leucyna
Threonina
=
=
Leu
Thr
=
=
L
T
Prolina = Pro = P
lub glutaminianem.
Threonina = Thr = T

D. Aminokwasy z zasadowymi łańcuchami bocznymi 3 Podobnie brzmiące nazwy:

Łańcuchy boczne aminokwasów zasadowych przyjmują protony (zob. 3 Podobnie
Arginina brzmiące
= Arg nazwy:
= R (“aRginina”)
ryc. 1.3). W fizjologicznym pH grupy R lizyny i argininy są całkowi- Asparagina
Arginina =
= Asn
Arg =
= N
(zawiera N)
R
(“aRginina”)
Asparaginian == Asp = D
("aspar
N Dyk")
cie zjonizowane i naładowane dodatnio. Natomiast wolny aminokwas Asparagina Asn =
(zawiera N)
Glutaminian
Asparaginian == Glu
Asp =
("glutE
DE minian")
("asparDyk")
=
histydyna ma charakter lekko zasadowy, ale głównie występuje w for- Glutamina (“Q-tamina”)
Glutaminian = = Gln
Glu E =
Q ("glut
= Eminian")
mie neutralnej w fizjologicznym pH. Jednakże histydyna w białku może Fenyloalanina =
Glutamina = Phe
Gln F
Q (“F
(“=
=Qenyloalanina”)
-tamina”)
mieć grupę R naładowaną dodatnio (uprotonowaną) albo obojętną, Tyrozyna =
Fenyloalanina = Tyr
Phe Y (“tFY
F (“=
= rozyna”)
enyloalanina”)
zależnie od jonowego środowiska tworzonego przez białko. Ta ważna Tryptofan
Tyrozyna =
= Trp
Tyr W =
(podwójny
Y (“tY rozyna”)
= pier-
ścień w cząsteczce)
właściwość histydyny przyczynia się do buforującej roli, jaką odgrywa Tryptofan = Trp = W (podwójny pier-
ścień w cząsteczce)
w funkcjonowaniu takich białek jak hemoglobina (zob. s. 34). [Uwaga: 4 Litera blisko litery początkowej:
Histydyna jest jedynym aminokwasem z łańcuchem bocznym, który
może jonizować w zakresie fizjologicznego pH].
4 Litera blisko litery początkowej:
Asparaginian lub = Asx = B (blisko A)
asparagina lub
Asparaginian = Asx = B (blisko A)
E. Skróty i symbole powszechnie występujących aminokwasów Glutaminian
asparagina lub = Glx = Z
glutamina lub
Glutaminian = Glx = Z
Każdej nazwie anglojęzycznej aminokwasu towarzyszy trzyliterowy Lizyna
glutamina = Lys = K (blisko L)
skrót i jednoliterowy symbol (ryc. 1.7). Jednoliterowe kody są ustalone Nieoznaczony
Lizyna = Lys =
= X
K (blisko L)
aminokwas
według następujących zasad. Nieoznaczony = X
aminokwas
1. Niepowtarzająca się pierwsza litera: Jeżeli tylko jeden amino-
kwas zaczyna się od danej litery, wtedy ta litera jest użyta jako jego
symbol. Na przykład V = val = walina. Rycina 1.7
Skróty i symbole standardowych
2. Najczęściej występujące aminokwasy mają priorytet: Jeśli aminokwasów.
więcej niż jeden aminokwas rozpoczyna się od danej litery, naj-
częstszy z tych aminokwasów otrzymuje tę literę jako jego symbol.
Na przykład glicyna jest bardziej powszechna niż glutaminian, więc
G = glicyna.
3. Podobnie brzmiące nazwy: Niektóre jednoliterowe symbole HO
OH OC
brzmią jak nazwy aminokwasów, które reprezentują. Na przykład CO
HH HOHOC
F = fenyloalanina. COO C N
+H3N C H C H3+
H
H
C H3 3
NH +
+H3N
4. Litera blisko litery początkowej: Dla pozostałych aminokwasów, H i na DH
-A3lC 3
laCn ani
3
L- A
na
jednoliterowy symbol przypisano najbliższej w alfabecie literze do ina D-A
lan
lan ina
początkowej litery aminokwasu, na przykład K = lizyna. Ponadto B L- A
jest przypisana do Asx, co oznacza kwas asparaginowy lub aspa-
raginę, Z przypisano do Glx, co oznacza kwas glutaminowy lub glu- Rycina 1.8
taminę, i X przypisano do niezidentyfikowanego aminokwasu. Formy D i L alaniny są odbiciami
lustrzanymi (enancjomery).
 6 1. Aminokwasy

F. Izomery aminokwasów
Ponieważ α-węgiel aminokwasu jest przyłączony do czterech róż-
nych grup chemicznych, jest w związku z tym atomem asymetrycz-
nym (chiralnym). Glicyna jest wyjątkiem, ponieważ jej α-węgiel ma
dwa podstawniki wodorowe. Aminokwasy z chiralnym α-węglem
występują w dwóch formach izomerycznych, oznaczonych jako d i l,
które są enancjomerami (lustrzanymi odbiciami) (ryc. 1.8). [Uwaga:
Enancjomery są optycznie czynne. Jeżeli izomer d lub l wywołuje rota-
cję płaszczyzny światła spolaryzowanego zgodnie ze wskazówkami
zegara, to określa się go formą (+)]. Wszystkie aminokwasy w biał-
kach ssaków mają konfigurację l. Jednak d-aminokwasy znajdują
się w niektórych antybiotykach i bakteryjnych ścianach komórkowych
(zob. s. 291). [Uwaga: Racemazy enzymatycznie konwertują d- i l-izo-
mery wolnych aminokwasów].

OH– H2O
III. K
 WASOWE I ZASADOWE WŁAŚCIWOŚCI
CH3COOH CH3COO –
AMINOKWASÓW
FORMA I FORMA II
(kwas octowy, HA) H+ (octan, A-)
Aminokwasy w roztworze wodnym zawierają słabo kwasowe grupy α-kar-
boksylowe i słabo zasadowe grupy α-aminowe. Ponadto każdy z amino-
kwasów kwasowych i zasadowych zawiera w łańcuchu bocznym grupę
Zakres buforowania
[II] > [I] ulegającą jonizacji. W ten sposób wolne aminokwasy i niektóre amino-
1.0
kwasy zaangażowane w wiązania peptydowe mogą działać jako bufory.
Kwasy mogą być zdefiniowane jako donory protonów, a zasady jako
akceptory protonów. Kwasy (lub zasady) opisane jako słabe jonizują tylko
Ilość moli OH–

[I] = [II] pKa = 4.8 w ograniczonym zakresie. Stężenie protonów [H+] w roztworze wodnym
0.5 jest wyrażane jako pH, gdzie pH = log 1/[H+] lub –log [H+]. Ilościowa rela-
cja między pH roztworu i stężeniem słabego kwasu (HA) oraz jego sprzę-
żonej zasady (A-) jest opisana równaniem Hendersona-Hasselbalcha.
[I] > [II]
0
0 3 4 5 6 7
pH
A. Wyprowadzenie równania

Rycina 1.9 Rozważmy uwolnienie protonu przez słaby kwas, reprezentowany

Krzywa miareczkowania kwasu przez HA:
octowego.
HA → H+ + A–
←
słaby kwas proton forma soli lub sprzężona zasada

Sól lub sprzężona zasada A– jest zjonizowaną formą słabego kwasu.

Z definicji, stałą dysocjacji kwasu, Ka, jest:

[H+][A–]
Ka = ––––––––
[HA]

[Uwaga: Im większa Ka, tym silniejszy kwas, ponieważ wzrasta stęże-

nie [H+] i [A–]. I odwrotnie, im mniejsza wartość Ka, tym mniej kwasu
III. Kwasowe i zasadowe właściwości aminokwasów7

OH– H2O OH– H2O

– –
COOH COO COO
+H N C H +H N C H H2N C H
3 3
CH3 CH3 CH3
H+ H+
FORMA I FORMA II FORMA III
pK1 = 2.3 pK2 = 9.1
Alanina w roztworze kwaśnym Alanina w roztworze obojętnym Alanina w roztworze zasadowym
(pH <2) (pH ~6) (pH >10)

Ładunek netto = +1 Ładunek netto = 0 Ładunek netto = –1

(postać izoelektryczna)

Rycina 1.10
Formy jonowe alaniny w roztworze kwaśnym, obojętnym i zasadowym.

zdysocjowało, w związku z tym kwas jest słabszy, gdyż zwiększa się

stężenie cząsteczek niezdysocjowanych [HA]. Obliczając [H+] z powyż-
szego równania, następnie logarytmując obie strony rozwiązanego
równania, mnożąc obie strony przez –1 i podstawiając pH = –log [H+]
i pKa = –log Ka, otrzymujemy równanie Hendersona-Hasselbalcha:

[A–]
pH = pKa + log
[HA]

B. Bufory
Buforem jest roztwór, który jest oporny na zmiany pH po dodaniu nie-
wielkich ilości mocnego kwasu lub zasady. Bufor może być tworzony
przez zmieszanie słabego kwasu (HA) z jego sprzężoną zasadą (A–).
Jeśli kwas taki jak HCl jest dodany do buforu, A– może go zneutralizo-
wać, przekształcając się w tym procesie do HA. Jeśli dodawana jest
zasada, HA może ją zneutralizować w procesie przekształcenia do A–.
Maksymalna pojemność buforowania występuje w pH równym pKa, ale
skojarzona para kwas-zasada nadal może służyć jako skuteczny bufor,
gdy pH roztworu jest około ±1 jednostki pH w zakresie pKa. Jeśli ilości
HA i A– są równe, wartość pH jest równa pKa. Jak pokazano na ryc. 1.9,
roztwór zawierający kwas octowy (HA = CH3 – COOH) i octan (A– =
CH3 – COO–) z pKa 4.8 jest oporny na zmiany pH od 3.8 do 5.8 z mak-
symalnym buforowaniem w pH 4.8. Przy wartości pH niższej od pKa
postać uprotonowanego kwasu (CH3 – COOH) jest dominującą formą
w roztworze. W pH o wyższej wartości niż pKa postać deprotonowanej
zasady (CH3 – COO–) dominuje w roztworze. W pH powyżej pKa forma
deprotonowanej zasady (CH3 – COO–) dominuje w roztworze.

C. Miareczkowanie aminokwasu
Krzywą miareczkowania aminokwasu można analizować w taki sam
sposób, jak opisano dla kwasu octowego.
1. Dysocjacja grupy karboksylowej: Przykładem może być alanina,
która zawiera poddające się jonizacji grupy α-karboksylową i α-a-
minową [Uwaga: Jej –CH3 grupa R nie jonizuje]. Przy niskim (kwa-
śnym) pH obie te grupy są uprotonowane (ryc. 1.10). Przy wzroście
 8 1. Aminokwasy

pH roztworu grupa –COOH formy I może dysocjować, dostarcza-

jąc H+ do otoczenia. Uwolnienie protonu H+ powoduje powstanie
grupy karboksylowej –COO–. Ta struktura jest pokazana jako forma
II, która jest dipolarną formą cząsteczki (zob. ryc. 1.10). Ta forma,
zwana także jonem obojnaczym (zwiterjonem od nazwy niemiec-
kiej „zwitter”, czyli hybryda) jest izoelektryczną postacią alaniny, co
oznacza, że ma ładunek ogólny (netto) zero.
2. Zastosowanie równania Hendersona-Hasselbalcha: Stała
dysocjacji grupy karboksylowej aminokwasu nazywa się K1, zamiast
Ka, ponieważ cząsteczka zawiera drugą grupę do miareczkowania.
Równanie Hendersona-Hasselbalcha służy do analizowania dyso-
cjacji grupy karboksylowej alaniny w taki sam sposób, jak opisano
dla kwasu octowego:
–
COO
H2N C H
[H+][II]
CH3 K1 =
FORMA III [I]

Zakres Zakres
buforowania buforowania gdzie I jest całkowicie uprotonowaną postacią alaniny, a II jest izo-
elektryczną formą alaniny (zob. ryc. 1.10). Równanie to może być
[II]
[II] == [III]
[III] ponownie napisane i zamienione do postaci logarytmicznej:
2.0

1.5 pI = 5.7 [II]

Ilość moli OH-

pH = pK1 + log
[I] = [II] [I]
1.0 pK
pK2 = 9.
9.1

pK1 = 2.3
0.5 3. Dysocjacja grupy aminowej: Druga grupa alaniny do miarecz-
kowania jest grupą aminową (–NH3+) pokazaną na rycinie 1.10.
0 Jest to dużo słabszy kwas niż grupa –COOH, dlatego ma znacz-
0 2 4 6 8 10
pH
p nie mniejszą stałą dysocjacji K2 [Uwaga: Jej pKa jest zatem więk-
sza]. Uwolnienie H+ z uprotonowanej grupy aminowej formy II daje
–
w pełni odprotonowaną postać alaniny, formę III (zob. ryc. 1.10).
COOH COO
+H N C H
3
+H
3N C H
4. pK alaniny: Sekwencyjną dysocjację H+ z grupy karboksylowej
CH3 CH3 i aminowej alaniny przedstawiono na rycinie 1.10. Każda grupa
FORMA I FORMA II
miareczkowalna ma pKa liczbowo równą pH, w którym dokładnie
połowa H+ została usunięta z tej grupy. Wartość pKa dla najbar-
dziej kwaśnej grupy (–COOH) jest pK1, natomiast pKa dla następ-
Rycina 1.11 nej najbardziej kwaśnej grupy (–NH3+) jest pK2 [Uwaga: pK2 grupy
Krzywa miareczkowania alaniny. α-karboksylowej aminokwasów jest –2, natomiast grupy α-aminowej
jest –9].
5. Krzywa miareczkowania alaniny: Stosując równanie Hender-
sona-Hasselbalcha do każdej dysocjującej grupy kwasowej, ist-
nieje możliwość wyznaczenia kompletnej krzywej miareczkowania
słabego kwasu. Na rycinie 1.11 przedstawiono zmianę pH, jaka
występuje podczas dodawania zasady do w pełni uprotonowanej
postaci alaniny (I), aż do utworzenia całkowicie odprotonowanej
formy (III). Należy zauważyć:
a. Pary buforowe: Para –COOH/– COO– może służyć jako bufor
w zakresie pH blisko pK1, a para –NH3+/–NH2 może buforować
w zakresie bliskim pK2.
III. Kwasowe i zasadowe właściwości aminokwasów9

b. Gdy pH = pK: Kiedy pH jest równe pK1 (2.3), wtedy równa ilość
form I i II alaniny znajduje się w roztworze. Kiedy pH jest równe A DWUWĘGLAN JAKO BUFOR
pK2 (9.1), wtedy w roztworze są równe ilości form II i III.
–
[HCO3 ]
c. Punkt izoelektryczny: W obojętnym pH alanina występuje • pH = pK + log [CO2]
głównie w dipolarnej formie II, w której grupy aminowa i karbo-
ksylowa są zjonizowane, ale ładunek netto jest zerowy. Punkt
• Podwyższenie stężenia HCO3–
powoduje wzrost pH.
izoelektryczny (pI) to pH, w którym aminokwas jest elektrycznie
obojętny, oznacza to pH, w którym suma ładunków dodatnich • Niedrożność płuc powoduje wzrost
ilości dwutlenku węgla i wywołuje
jest równa sumie ładunków ujemnych. Dla aminokwasu takiego spadek pH i w rezultacie kwasicę
jak alanina, który ma tylko dwa dysocjujące wodory (jeden oddechową.
z grupy α-karboksylowej i jeden z α-aminowej), pI jest średnią
PĘCHE-
pK1 i pK2 (pI = [2.3 + 9.1]/2 = 5.7), jak pokazano na rycinie 1.11.
RZYKI
Wartość pI w ten sposób jest pośrodku między pK1 (2.3) i pK2 PŁUC
(9.1). pI odpowiada pH, w którym przeważa forma II (z ładun-
kiem netto zerowym) i w którym są również równe ilości form I CO2 + H2O H2CO3 H+ + HCO3–
(ładunek netto +1) i III (ładunek netto –1).
B WCHŁANIANIE LEKU

Rozdział białek osocza według ładunku zazwyczaj odbywa –

[Lek ]
• pH = pK + log
się w pH powyżej pI głównych białek. Dlatego ładunek białek [Lek-H]
jest ujemny. W polu elektrycznym białka będą wędrować
w kierunku elektrody dodatniej z szybkością określoną
• Przy pH w żołądku (1.5), lek taki
jak aspiryna (słaby kwas, pK = 3.5)
przez ich całkowity ładunek ujemny. Zróżnicowanie obrazu będzie w dużej mierze uprotono-
ruchliwości jest wskaźnikiem niektórych chorób. wany (COOH), a zatem bez ładunku.
• Leki bez ładunku zazwyczaj szybciej
niż cząsteczki z ładunkiem przeni-
kają przez błony komórkowe.
6. Ładunek netto w pH obojętnym: W pH fizjologicznym amino-
kwasy mają ujemnie naładowaną grupę (–COO–) i dodatnio nała-
ŻOŁĄDEK
dowaną grupę (–NH3+), obie przyłączone do węgla α. [Uwaga:
Glutaminian, asparaginian, histydyna, arginina i lizyna mają dodat-
kowe potencjalnie naładowane grupy w ich łańcuchach bocznych].
Substancje takie jak aminokwasy, które mogą działać jako kwas
lub zasada, są zdefiniowane jako amfoteryczne i są określane jako
Błona
amfolity (amfoteryczne elektrolity). lipidowa

D. Inne zastosowania równania Hendersona-Hasselbalcha A

–
H+
Równanie Hendersona-Hasselbalcha może służyć do obliczania jak
pH roztworu fizjologicznego odpowiada na zmiany w stężeniu słabego H+
HA –
kwasu i/lub jego odpowiedniej formy soli. Na przykład w układzie H+ A
buforu wodorowęglanowego równanie Hendersona-Hasselbalcha
H+
przewiduje, jak zmiany stężenia jonów wodorowęglanowych [HCO3–]
HA
i dwutlenku węgla wpływają na pH (ryc. 1.12A). Równanie jest również
przydatne do obliczania ilości jonowych form leków kwaśnych i zasa-
dowych. Na przykład większość leków jest albo słabymi kwasami ŚWIATŁO KREW
lub słabymi zasadami (ryc. 1.12B). Kwasowe leki (HA) uwalniają H+, ŻOŁĄDKA
powodując powstawanie anionu z ładunkiem (A–).
Rycina 1.12
Równanie Hendersona-Hasselbalcha
HA → +
←H +A
–
służy do przewidywania: (A) zmian pH
przy zmianach stężenia dwuwęglanu
(HCO3–) lub dwutlenku węgla (CO2)
i (B) jonowych form leków.
10 1. Aminokwasy

Słabe zasady (BH+) mogą także uwalniać H+. Jednak uprotonowana

A Pola powiązanych forma zasadowych leków jest zazwyczaj obdarzona ładunkiem i utrata
pojęć protonu produkuje zasadę bez ładunku (B).
Aminokwasy
(całkowicie uprotonowane) BH+ →
←B+H
+

mogą
Lek przechodzi przez błony łatwiej, jeśli jest bez ładunku. W związku
Uwalniać protony (H+)
z tym dla słabego kwasu, takiego jak aspiryna, HA bez ładunku może
przenikać przez błony, natomiast A– – nie może. Podobnie dla sła-
bej zasady, takiej jak morfina, postać bez ładunku, B, penetruje przez
B Pojęcia powiązane błonę komórkową, ale BH+ nie przenika. W związku z tym efektywne
w zestawieniu stężenie formy przenikającej przez błony dla każdego leku w miej-
scu jego wchłaniania zależy od względnych stężeń postaci z ładun-
jest
Degradacja wytwarzana Pula kiem (nieprzenikalnej) i bez ładunku (przenikalnej). Stosunek między
białka przez amino- dwoma formami jest określony przez pH w miejscu absorpcji i przez
kwasów moc słabego kwasu lub zasady, która jest reprezentowana przez pKa
grup ulegających jonizacji. Równanie Hendersona-Hasselbalcha jest
Obrotu użyteczne przy określaniu, ile leku znajduje się po obu stronach mem-
Jednoczesna prowadzi metabo-
synteza do licznego
brany, która oddziela dwa kompartmenty różniące się wartością pH,
i degradacja
białka na przykład żołądka (pH 1.0‒1.5) i osocza krwi (pH 7.4).

jest Pula
Syntezy amino-
białka
zużywana
kwasów
IV. KONCEPCJA ZESTAWIENIA POJĘĆ
do

Studenci czasami postrzegają biochemię jako zestaw faktów lub równań

do zapamiętania, a nie treści, które należy zrozumieć. Szczegóły poka-
zane dla wzbogacenia zrozumienia tych pojęć mimowolnie prowadzą
C Pojęcia powiązane do rozterek. Pomocną byłaby mapa drogowa ‒ przewodnik, przydatny
z innymi rozdziałami
studentom do zrozumienia, jak różne tematy do siebie pasują, tworzą
w książce sensowną całość. Dlatego w tym podręczniku autorzy stworzyli serię
biochemicznych zestawień pojęć, aby zilustrować graficznie ideę przed-
stawioną w danym rozdziale i aby pokazać, jak informacje mogą być gru-
powane lub organizowane. Koncepcja zestawienia jest narzędziem do
. . . jak białko pokazania połączeń pomiędzy pojęciami. Materiał jest reprezentowany
składa się w swoją
natywną
w sposób hierarchiczny, z najbardziej ogólnymi pojęciami w górnej części
konformację mapy i bardziej konkretnymi, mniej ogólnymi pojęciami ułożonymi poni-
żej. Zestawienia pojęć idealnie funkcjonują jako szablony lub przewodniki
do organizowania informacji, więc student może łatwo znaleźć najlep-
szy sposób zintegrowania nowych informacji z wiedzą, jaką już posiada.
Konstrukcja zestawienia pojęć jest opisana poniżej.
Struktura białek 2
I. WproWadzenIe H H H H
A. Pola koncepcji i linki
Dwadzieścia aminokwasów występujących powszechnie w białkach
N C C N C 1 Struktura
C pierwszorzędowa

Dydaktycy definiują pojęcia jako „postrzegane prawidłowości w zda-

łączy się ze sobą wiązaniami peptydowymi. Liniowa sekwencja połączo- H O CH3
nych aminokwasów zawiera informację niezbędną do wygenerowania
cząsteczki białka o unikatowym kształcie trójwymiarowym, który determi-
N C
nuje jego funkcję. Złożoność struktury cząsteczki białka najlepiej badać, H O
C
uwzględniając cztery poziomy organizacyjne, a mianowicie pierwszorzę- O N C
dowy, drugorzędowy, trzeciorzędowy i czwartorzędowy (ryc. 2.1). Analiza CH C R
tej hierarchii rosnącej złożoności wykazała, że niektóre elementy struktu- O C N

rzeniach lub obiektach”. W zestawieniach biochemicznych koncepcje

H
ralne powtarzają się w różnych białkach, co sugeruje, że istnieją ogólne
2
C Struktura
N
drugorzędowa
zasady dotyczące sposobów, którymi białka osiągają aktywną, funkcjo- R C H O
O
nalną postać. Elementy strukturalne powtarzają się w zakresie od pro- H
N C
stych kombinacji α-spiral i β-kartek, tworząc małe motywy, do złożonych O
C

układów polipeptydowych domen białek wielofunkcyjnych (zob. s. 21). NC

C H C R
N
R C

obejmują abstrakcje (na przykład wolna energia), procesy (na przykład

H
II. Struktura pIerWSzorzędoWa

Sekwencja aminokwasów w białku określana jest mianem struktury

pierwszorzędowej białka. Zrozumienie podstawowej struktury białek
jest istotne, bowiem w wielu chorobach uwarunkowanych genetycznie 3 Struktura
trzeciorzędowa
sekwencje aminokwasowe białek są nieprawidłowe, co powoduje nie-
właściwe fałdowanie i utratę normalnej funkcji białek. Jeżeli pierwszorzę-

fosforylacja oksydacyjna) i związki chemicze (na przykład glukozo-

dowe struktury prawidłowego i zmutowanego białka są znane, informacje
te mogą posłużyć do diagnozowania lub badania choroby.

a. Wiązanie peptydowe

W białkach aminokwasy łączą się kowalencyjnie wiązaniami peptydo-

wymi, które są amidowymi wiązaniami pomiędzy grupą α-karboksy-
lową jednego aminokwasu i grupą α-aminową drugiego. Na przykład
4 Struktura
czwartorzędowa

-6-fosforan). Te ogólnie zdefiniowane pojęcia są traktowane prioryte-

walina i alanina mogą tworzyć dipeptyd waliloalaninę przez utworze-
nie wiązania peptydowego (ryc. 2.2). Wiązania peptydowe są odporne
na działanie czynników denaturujących białko, takich jak ogrzewanie
lub wysokie stężenie mocznika (zob. s. 22). Nieenzymatyczna hydro-
liza tych wiązań wymaga długotrwałego działania silnego kwasu lub
zasady w wysokiej temperaturze. rycina 2.1
Cztery poziomy organizacyjne

towo z centralną ideą umieszczoną w górnej części strony. Pojęcia,

struktury białka.

15

które wynikają z tej centralnej idei, są następnie rysowane w polach

(ryc. 1.13A). Rozmiar druku wskazuje względną wagę każdej kon-
Rycina 1.13
cepcji. Między polami koncepcji są nakreślone linie, aby pokazać ich
A-C. Symbole używane
w zestawieniach pojęć. powiązania. Metka na linii definiuje relację między dwoma pojęciami,
tak że czyta się ją jako wiążące stwierdzenie (co oznacza, że połącze-
V. Streszczenie rozdziału11

nie tworzy znaczenie). Linie ze strzałką wskazują kierunek, w którym

połączenie powinno być odczytywane (ryc. 1.14).

B. Wzajemne powiązania
W odróżnieniu od liniowych diagramów lub schematów, zestawienia
pojęć mogą zawierać wzajemne powiązania, które pozwalają czytel-
nikowi na wizualizację złożonych relacji między pojęciami występują-
cymi w różnych częściach zestawienia (ryc. 1.13B) lub między danym
zestawieniem a innymi rozdziałami tej książki (ryc. 1.13C). Takie „usie-
ciowanie” może pomóc w identyfikacji pojęć, które są kluczowe dla
więcej niż jednego zagadnienia w biochemii, wzmacniając jednocześ-
nie efektywność studentów w sytuacjach klinicznych i na Lekarskim
Egzaminie Końcowym (LEK) lub innych egzaminach, które wymagają
zintegrowania materiału. Studenci uczą się wizualnie postrzegać nieli-
niowe relacje między faktami, w przeciwieństwie do powiązań w obrę-
bie tekstu liniowego.

V. STRESZCZENIE ROZDZIAŁU

Każdy aminokwas ma grupę α-karboksylową i pierwszorzędową

grupę α-aminową (z wyjątkiem proliny, która posiada drugorzę-
dową grupę aminową). W fizjologicznym pH grupa α-karboksylowa
jest zdysocjowana, tworząc ujemnie naładowany jon karboksylanowy
(–COO-), a grupa α-aminowa jest uprotonowana (–NH3+). Każdy
aminokwas zawiera również jeden z 20 charakterystycznych łań-
cuchów bocznych przyłączony do atomu węgla α. Charakter
chemiczny tej grupy R określa funkcję aminokwasu w białku i sta-
nowi podstawę klasyfikacji aminokwasów na niepolarne, polarne
bez ładunku, kwasowe (o ładunku elektrostatycznym ujem-
nym) lub zasadowe (o ładunku elektrostatycznym dodatnim).
Wszystkie wolne aminokwasy, a także obdarzone ładunkiem ami-
nokwasy w łańcuchach peptydowych, mogą funkcjonować jako
bufory. Ilościowa relacja pomiędzy wartością pH roztworu a stęże-
niem słabego kwasu (HA) i sprzężonej z nim zasady (A-) jest opisana
równaniem Hendersona-Hasselbalcha. Buforowanie występuje
w ±1 pH jednostki wartości pKa i jest maksymalne, gdy pH = pKa,
w której [A–] = [HA]. Ze względu na to, że atom węgla α każdego
aminokwasu (z wyjątkiem glicyny) jest połączony z czterema różnymi
grupami chemicznymi, jest atomem asymetrycznym (chiralnym),
a aminokwasy mogą występować w formie d- i l-izomerów, które są
optycznie czynnymi odbiciami lustrzanymi (enancjomerami). Tylko
l-forma aminokwasów jest obecna w białkach syntetyzowanych
przez organizm człowieka.
12 1. Aminokwasy

Aminokwasy

są złożone z gdy są uprotonowane, mogą

Grupy -karboksy- Grupy -aminowej Łańcuchów Uwalniać protony (H+)

lowej (-COOH) (-NH2) bocznych (grup R)
(20 różnych) i działają jako
jest jest

Odprotonowana (COO-) Uprotonowana (NH3+) pogrupowanych jako

Słabe kwasy
w pH fizjologicznym w pH fizjologicznym
opisane przez

Równanie
Hendersona-Hasselbalcha
[A–]
pH = pKa + log
[HA]

Niepolarne Polarne bez Kwasowe Zasadowe przewiduje

łańcuchy boczne ładunku łańcuchy boczne łańcuchy boczne
łańcuchy boczne Kwas asparaginowy Arginina
Alanina
Asparagina Kwas glutaminowy Histydyna* Pojemność buforowa
Glicyna
Izoleucyna Cysteina Lizyna
Leucyna Glutamina
charakterystyka charakterystyka przewiduje
Metionina Seryna
Fenyloalanina Treonina
Prolina Tyrozyna Łańcuch boczny Łańcuch boczny
Buforuje w pH ±1
Tryptofan dysocjuje do –COO- jest uprotonowany
wartości pKa
Walina w pH fizjologicznym i ogólnie ma dodatni
ładunek w pH
fizjologicznym
przewiduje
obecne obecne obecne obecne
Maksimum buforowania,
Na zewnątrz białek, które działają w środowisku wodnym gdy pH = pKa
i we wnętrzu białek związanych z błoną

przewiduje
Wewnątrz białek, które działają
w środowisku wodnym i na powierzchni
białek (np. białek błonowych), które
oddziałują z lipidami
pH = pKa, gdy [HA] = [A–]

W białkach, W ten sposób Struktura białek 2

większość grup charakter chemi- I. WPROWADZENIE

…gdy białko
H H H H
N C C N C 1 Struktura
C pierwszorzędowa

Dlatego te grupy
Dwadzieścia aminokwasów występujących powszechnie w białkach

α-COO– i α-NH3+
łączy się ze sobą wiązaniami peptydowymi. Liniowa sekwencja połączo- H O CH3
nych aminokwasów zawiera informację niezbędną do wygenerowania

czny łańcucha
cząsteczki białka o unikatowym kształcie trójwymiarowym, który determi-
N C
nuje jego funkcję. Złożoność struktury cząsteczki białka najlepiej badać, H O
C
uwzględniając cztery poziomy organizacyjne, a mianowicie pierwszorzę- O N C

zwija się do
dowy, drugorzędowy, trzeciorzędowy i czwartorzędowy (ryc. 2.1). Analiza CH C R
tej hierarchii rosnącej złożoności wykazała, że niektóre elementy struktu- O C N
H

nie uczestniczą
ralne powtarzają się w różnych białkach, co sugeruje, że istnieją ogólne
2
C Struktura
N
drugorzędowa
zasady dotyczące sposobów, którymi białka osiągają aktywną, funkcjo- R C H O

aminokwasów
O
nalną postać. Elementy strukturalne powtarzają się w zakresie od pro- N C

bocznego określa
H
stych kombinacji Į-spiral i ȕ-kartek, tworząc małe motywy, do złożonych O
C

układów polipeptydowych domen białek wielofunkcyjnych (zob. s. 21). NC

C H C R

swojej natywnej
N
R C H
II. STRUKTURA PIERWSZORZĘDOWA

w reakcjach
Sekwencja aminokwasów w białku określana jest mianem struktury

jest zaangażowana
pierwszorzędowej białka. Zrozumienie podstawowej struktury białek

rolę, jaką amino-

jest istotne, bowiem w wielu chorobach uwarunkowanych genetycznie 3 Struktura
trzeciorzędowa
sekwencje aminokwasowe białek są nieprawidłowe, co powoduje nie-
właściwe fałdowanie i utratę normalnej funkcji białek. Jeżeli pierwszorzę-

konformacji.
dowe struktury prawidłowego i zmutowanego białka są znane, informacje
te mogą posłużyć do diagnozowania lub badania choroby.

chemicznych.
A. Wiązanie peptydowe

w tworzeniu wiąza- kwas odgrywa

W białkach aminokwasy łączą się kowalencyjnie wiązaniami peptydo-
wymi, które są amidowymi wiązaniami pomiędzy grupą Į-karboksy-
lową jednego aminokwasu i grupą Į-aminową drugiego. Na przykład
4 Struktura
czwartorzędowa

walina i alanina mogą tworzyć dipeptyd waliloalaninę przez utworze-

nie wiązania peptydowego (ryc. 2.2). Wiązania peptydowe są odporne
na działanie czynników denaturujących białko, takich jak ogrzewanie
lub wysokie stężenie mocznika (zob. s. 22). Nieenzymatyczna hydro-

nia peptydowego. w białku, zwłaszcza...

liza tych wiązań wymaga długotrwałego działania silnego kwasu lub
zasady w wysokiej temperaturze. Rycina 2.1
Cztery poziomy organizacyjne
struktury białka.

15

Rycina 1.14
Zestawienie podstawowych pojęć dotyczących aminokwasów. [Uwaga: *Wolna histydyna jest głównie odprotonowana
w pH fizjologicznym, ale w białku może być uprotonowana lub odprotonowana, zależnie od odczynu (pH)].
V. Streszczenie rozdziału13

Pytania sprawdzające

Wybierz najlepszą odpowiedź.

1.1 Które z poniższych stwierdzeń dotyczących krzywej mia-

Prawidłowa odpowiedź = C. Punkt C reprezentuje punkt
reczkowania aminokwasu niepolarnego jest prawdziwe? izoelektryczny (pI) i jako taki znajduje się w połowie drogi
2.0 pomiędzy wartościami pK1 i pK2 dla niepolarnego amino-
kwasu. Aminokwas jest w pełni uprotonowany w punkcie A.
Dodawane mole OH–

D Punkt B reprezentuje region maksymalnego buforowania,

1.5
podobnie jak punkt D. Lizyna jest aminokwasem zasado-
1.0 C
wym, a wolna lizyna, oprócz grupy α-aminowej i α-karbok-
sylowej, ma jonizujący łańcuch boczny.
0.5 B
A
0
0 2 4 6 8 10
pH

A. Punkt A reprezentuje zakres, w którym aminokwas

jest odprotonowany.
B. Punkt B reprezentuje zakres minimalnego
buforowania.
C. Punkt C reprezentuje zakres, w którym ładunek netto
aminokwasu jest zerowy.
D. Punkt D reprezentuje pK grupy karboksylowej
aminokwasu.
E. Aminokwasem mogłaby być lizyna.

1.2 Które z poniższych stwierdzeń na temat peptydu

Prawidłowa odpowiedź = C. Grupa hydroksylowa seryny
Val-Cys-Glu-Ser-Asp-Arg-Cys jest poprawne?
może przyjąć grupę fosforanową. Asp jest asparaginia-
A. Peptyd zawiera asparaginę. nem. Drugorzędową grupę aminową posiada prolina.
B. Peptyd zawiera łańcuch boczny z drugorzędową Dwie reszty cysteiny mogą w warunkach utleniających
grupą aminową. tworzyć wiązanie disiarczkowe (kowalencyjne). Ładunek
netto peptydu w pH = 5 jest ujemny i peptyd wędrowałby
C. Peptyd zawiera łańcuch boczny, który może być
w kierunku anody.
fosforylowany.
D. Peptyd nie jest w stanie utworzyć wewnętrznego
wiązania disiarczkowego.
E. W pH = 5 peptyd migrowałby w polu elektrycznym
w kierunku katody (elektrody ujemnej).

1.3 Dwuletnie dziecko wykazuje objawy kwasicy metabolicz-

nej po zażyciu nieznanej ilości aromatyzowanych table- Prawidłowa odpowiedź = 10 000 do 1. pH = pKa + log
[A–]/[HA]. Dlatego 7 = 3 + x, a x = 4. Iloraz A– (zjonizo-
tek aspiryny. Podczas badania pH krwi wynosiło 7.0.
wanej) do [HA] (niezjonizowanej) jest więc 10 000 do 1,
Zważywszy, że pKa aspiryny (kwasu acetylosalicylowego) ponieważ log 10 000 wynosi 4.
wynosi 3, oblicz iloraz formy zjonizowanej do niezjonizo-
wanej w pH 7.0.